1AH5A

Reduced form selenomethionine-labelled hydroxymethylbilane synthase determined by mad
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
311
structure length
299
Chain Sequence
DNVLRIATRQSPLALWQAHYVKDKLMASHPGLVVELVPMVTRGDKGLFVKELEVALLENRADIAVHSMKDVPVEFPQGLGLVTICEREDPRDAFVSNNYDSLDALPAGSIVGTSSLRRQCQLAERRPDLIIRSLRGNVGTRLSKLDNGEYDAIILAVAGLKRLGLESRIRAALPPEISLPAVGQGAVGIECRLDDSRTRELLAALNHHETALRVTAERAMNTRLEGGCQVPIGSYAELIDGEIWLRALVGAPDGSQIIRGERRGAPQDAEQMGISLAEELLNNGAREILAEVYNGDAPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Determination of the structure of seleno-methionine-labelled hydroxymethylbilane synthase in its active form by multi-wavelength anomalous dispersion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYDROXYMETHYLBILANE SYNTHASE
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 89
structure length 299
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 1997-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 1ah5A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ah5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ah5A02
2HFBA 4IO3A 3T9HB 2PVUA 4GD5A 2QL3A 4BDRA 3B7DA 2ANJA 2ABHA 1R6ZA 4ISUA 2X7QA 2UVJA 1IXGA 1LFGA 2H9BA 3PV0E 2ZYKA 3EHUA 3CSBA 4ELQA 1AOVA 1QJMA 4DCYA 1ZMGA 1ZTYA 3FXUA 1H44A 1I69A 2F78A 3IOWA 3C32A 1FTOA 1MH3A 3OO8A 1Y3NA 5KCJB 1MDP1 3KGCA 3IB0A 4GIZA 4PFWA 1POTA 1IXCA 3O6GA 2IEEA 4ZEBA 5ICTA 1MQJA 1D9VA 2DXRA 1OQHA 4GVOA 3QK6A 1HSLA 2QJEA 3LC8A 1WVJA 1A7LA 3Q26A 2QPQA 3ILUB 1B7HA 3SEUA 2D21A 4KYSA 3M8UA 2F35A 3H6TA 4OETA 1KWHA 1MXZA 3QIMA 2P2AA 2RINA 1LBBA 1MXXA 5BWJA 1PB7A 3OXNA 1SW5A 3G3FA 4LONB 3SDFA 4R9FA 1MY2A 1MPCA 4LZ8A 5FHOA 1A55A 2RKMA 3SEYA 1IXHA 1B1HA 3TTLA 3MVWA 5CBSA 4JSDA 4Q30B 3VLUA 1OLAA 4RPOA 1LFHA 2DSFA 1FW0A 1BLFA 2ZXTA 2ZMBA 1MQGA 3WAFA 3ZKKA 1ZJLA 3OMBA 4G68A 5H8FA 4ELOA 1TFAA 3CRBA 3IORA 3PUYE 2FNCA 3KOSA 3TCHA 3W9VA 1OVBA 1AL3A 5FHNA 1GTKA 1B4ZA 3C33A 3C4MA 1D3KA 4GXSB 5IAIA 2HZLA 3VDFA 4OWDA 5I56B 2A5TB 1FQCA 2DE3A 3TELA 4GQOA 2QS4A 1MM7A 4H5GA 4IY6A 4YZZA 3M3LA 4KR5A 1GVCA 1B5HA 1FQBA 1US5A 5I2NA 3ODBA 2Q9TA 1MXWA 1FTKA 4PP0A 4DE8A 4RNSA 1HSEA 4MFIA 1H43A 1M5EA 4OMBA 1PBPA 4E0XA 1B1XA 2O1MA 3KOTA 4NF5A 2W7YA 2XXPA 3FJGA 5ITOA 3VE1B 4XKQA 4YMAA 3C35A 3DLNA 1OQGA 3S9NC 3IL1B 3MQ9A 4G4PA 3EPEA 2R6GE 3FVGA 3U8QA 1MY0A 5AA1A 1R9LA 1QUIA 2Y84A 2XXXA 1MS7A 3U92A 4G8NA 5H8NB 2X26A 4WXJA 1USYH 2P0SA 4NF8B 3H06B 3RQTA 4R75A 2XXVA 2DS9A 1P1OA 2PX1A 4O3BA 4P11A 3QSLA 3RT8A 2M8CA 1VR5A 3V8XB 4FE8A 5FHMA 1QVSA 1Y3QA 3OD7A 3ZKLA 2ONRA 1Y4TA 1N04A 4U4SA 3TQWA 1NL5A 4ZEIA 3SESA 5AE4A 1GR2A 5H8QB 3KZGA 2VOZA 4LZ7A 3VXCA 2XX8A 5KDTB 3O66A 3PUXE 2O68A 2DVZA 1B5JA 3K6UA 2O7UA 4NF4B 4LZ5A 3KN3A 5M2VA 3IOVA 2O51A 3O97A 1JEUA 3N6TA 1UIUA 3Q27A 2HEUA 1ANFA 3KEIA 1SI0A 2B65A 2DWIA 4OZ9A 3G3GA 3K1PA 1YAEA 1NH7A 3TODA 4H1XA 1J1NA 1F9BA 3TDJA 4ZEDA 4KYEA 2V3QA 3SEVA 2I48A 5I57B 2NUVA 3SERA 2IA4A 4HCWA 1ZIUA 1RYXA 1XC1A 4JXIA 2NXOA 3LUYA 3H3GA 3ONMA 4ZE8A 4DXCA 2RC8A 4QSEA 1LLSA 1B46A 3I5OA 5DVIA 3M3FA 5CC2A 3KJ7A 3W9WA 4P0GA 3UORA 2PT1A 1MPBA 1IQ7A 1EU8A 1N3WA 4NF6B 3PMWA 3N5LA 3CSGA 1D9YA 5B7DA 4OTEA 1MQIA 2XXIA 2Z23A 4OFLA 1MY4A 4X1DA 3OSQA 1Y4CA 4QFPA 3PPPA 1DSNA 1FTJA 1DPEA 4X48A 2OK2A 2HXWA 1IEJA 2QS2A 3VXBA 2HAUA 4YKPA 4FATA 1B40A 5L9MA 3QXMA 3K00A 1OVTA 3SEXA 3FASA 4KCCA 4YU0A 5ELVA 4ECFA 1UTHB 5AA4B 5JTYB 3B6TA 4ZZAA 4I62A 3IO4A 4YB6A 3CFZA 3D4GA 4EF1A 4FAJA 3OEMA 2XXTA 4YAHX 1ZKBA 1LGBC 2Z8FA 3KSXA 5EHSA 4F1UA 3VLVA 4IO6A 4TLMB 2Y7KA 5HM4B 3G3JA 4M1VA 3H6VA 4QFKA 1BIYA 2QRYA 2HQ0A 5DVFA 5CBRA 5CMKA 3N6UA 2ONSA 1B6HA 3LSXA 1B3HA 3VVDA 4AQ4A 5TU0A 1SD3A 1NFTA 1MPDA 1UIVA 1B0LA 3L6GA 4R6YA 1XVYA 4IGTA 4KCDA 1B9JA 3K1MA 3PPOA 4BDQA 4F3GA 2XXWA 1SW1A 3KFMA 1US4A 3IB1A 4XKRA 1FQDA 1NKXA 5I58A 2HZKA 2XHDA 2DWHA 3BFUA 3FATA 1A8FA 3MPKA 5ISUA 4F1VA 4IO7A 4PETA 3DM0A 4JSOA 1BTJA 1NMUA 5CM6A 4HS7A 2PBWA 2RC7A 3T93B 3FIRA 2RC9A 1N0TA 1P99A 2REGA 2OWTA 4ONYA 1AH5A 1MG1A 3OOAA 4EQ7A 2GHBA 2QS3A 3MZBA 4GF8A 4GRKA 4NE4A 2I4BA 3FXRA 5CRYA 2NVUB 4C0RA 2O1LA 1FQAA 4LQ5A 5H8SA 2H5YA 1SVXB 2Z8DA 2XXQA 2PYYA 2F7BA 4GL0A 2QMWA 2E1SA 1QKBA 4GL8A 4ZE9A 1OMPA 1SW4A 4F19A 2FYIA 1VFDA 2I3VA 3H03A 3SKPA 4BDOA 2DVCA 3TTRA 3GZGA 1MXYA 3MWBA 1NNPA 3N94A 5AA2A 3WAEA 1O7TA 1B3GA 4KYDA 2OLBA 4U22A 3K4UA 4F18A 2PT2A 3U93A 5KZTA 3UP9A 4LVQA 3TCGA 3O6HA 3OO9A 1R9QA 4LATA 3N26A 4DDDA 3IB2A 1SDXA 3MPLA 1WODA 4QRZA 1B4HA 5A5XB 4U2RA 3VV5A 2V25A 4XXUA 2REJA 3T9UA 4R6HA 1UTBA 1JVYA 5DEXA 3GXAA 3HO7A 4OESA 2I0BA 4U4XA 3UK4A 2NOOA 5TP9B 1MRPA 2GHAA 1NNTA 2AL5A 2DE2A 4F3BA 4BDLA 3HSTA 3RPWA 1JETA 2D5WA 1N3XA 5I59B 4Q0CA 1LFIA 5L8DA 2XD2A 3ZSFA 3K2DA 3C36A 3FUZA 4P0IA 5FTHA 2OZZA 3HPIA 3RT6B 1BKAA 1TXFA 4F31B 3OENA 4DZ1A 3BFTA 1I6QA 4OXVA 2Y7IA 5TPAA 4IY5A 5K2YA 1TT1A 1FTMA 3U72A 4OFJA 5H8HA 1PB8A 2V93A 4ELPA 2Z22A 4DCXA 4XIGQ 2QMXA 4LUBA 5I84A 1B2HA 1URDA 1I6AA 2I3WA 2RCBA 3PMVA 3MW0A 1POY1 1OIBA 3CR9A 4JWXA 1R1NA 2FA7A 4EXLA 2ONKE 3FVOA 3LSWA 3SETA 3H6WA 4F3PA 1URGA 2HCAA 1LB8A 2ZNUA 4HW8A 4I9DA 1B58A 2ALUA 4JDFA 5I2KB 3FJ7A 3CVGA 4MBPA 3K1NA 3DP4A 3VVFA 3MJNA 4IO4A 3U1OA 4EF2A 1AMFA 1ZLQA 3IJXB 1TFDA 2QS1A 3IR1A 1A40A 3EHTA 1PEBA 2Z8EA 3K01A 4TQUQ 4YMBA 2WKYA 3QAXA 4OENA 4IO2A 3TEPA 2B3BA 4QFLA 4F22A 2RCAA 3IJOB 3UIFA 4UA8A 4R2FA 3CFXA 2UVGA 3S2VA 3V83A 4U1ZA 4GOTA 1P1QA 3VVEA 2F7AA 1B3EA 1NNKA 1URSA 3DELB 3OSRA 3IX1A 3A3CA 3H6UA 4F29A 1A8EA 2I6EA 5EYFA 3RN8A 5KCJA 1B7UA 1H76A 1XHYA 3H7MA 1EH3A 4JBZA 1LAFE 2XX9A 2R9JA 5EHMA 1JQFA 5ICQA 1LSTA 4ESXA 3PUWE 4G2ZA 1DOTA 3M3KA 4H5FA 4POXA 2DYXA 4YKJA 1NNFA 1UQWA 2THIA 2XXHA 3KJTA 2VGQA 1Q35A 4U1OA 4PE5B 1LAHE 1LBCA 1ZBMA 2AYSA 2O84X 2H99A 4MF3A 4EUOA 3E4RA 2OWSA 5AA2B 4NTLA 4GFRA 4H65A 4ESWA 1IXIA 3HV1A 3Q25A 4NEDA 1A99A 3PUZE 4OYVA 1DMBA 3ECRA 1SQYA 2CMOA 4R72A 2Q88A 3F11A 3G3HA 4MLVA 4IB2A 4O3CA 5DYHA 4K3FA 4FEDA 3BKIB 3OEKA 4H8JA 1H45A 3B6QA 1HSJA 3DP8A 4OHNA 5L9OA 1S50A 1M5DA 3PGFA 1MXVA 4C1UA 5JK4A 2Q2CA 3ILTB 1DTZA 2Y7PA 4RK2A 4G68B 5H8FB 3G3IA 4ND9A 2DOJA 3HCQA 2ZNTA 4I8CA 2DWAA 1M5FA 1II5A 3FV1A 2XXYA 4WEPA 2Y7RA 2ESNA 3O2AA 4C1TA 3MVXA 4ZEKA 1WDNA 1EZ9A 1B0HA 1B05A 1H3DA 3LSFB 5AA3A 3O29A 1SYHA 5I56A 2A5TA 2UYEA 2F36A 4N13A 4F2OA 4PFTA 3MZ1A 1XS5A 3KN8A 3OELA 5TPAB 3Q28A 5I2NB 4DXUA 1Y3PA 1QUKA 4OEVA 4BLAA 3AXFA 4XKNA 3A3UA 3TPAA 4Q5TA 5ITPA 3T9VA 1DTGA 1LAXA 3U94A 1O64A 4NWCA 1MH4A 2F34A 4NF5B 3S9MC 2H98A 3UA8A 1JW1A 3KG2A 2AL4A 3P7IA 3TCFA 4KHZE 4UACA 3KN7A 1Y20A 2UVIA 2O7IA 1GV8A 1ZU0A 3PPRA 5H8NA 4Q8RA 4ZEFA 4Z0IA 4WKMA 1PBQA 1I6BA 4NF8A 2D3IA 5DT6A 3QUFA 4OFOA 1B5IA 1B32A 1Y1ZA 1FCKA 3MZ9A 3MAMA 3E3KA 1N76A 3K02A 1YCJA 4YKKA 1B7ZA 1T0KA 2GRVA 2GH9A 2I4CA 2E0SA 3FJMA 4R73A 1S7YA 1D4NA 1YTVA 3CG1A 3UN6A 1A54A 3RNNA 5H8QA 2F8DA 3TZAA 1LCFA 3W15C 1AIVA 3TYHA 3O28A 1RYOA 3E9XA 5KDTA 4F1YA 2ZYOA 3THIA 3S4UA 2F7CA 4NMYA 1YPNA 1O63A 3OO6A 3IAZA 4RYAA 4NF4A 1N84A 3MUQA 1MDQA 2P1SA 4QFNA 2Q8JA 2A5SA 1LCTA 3UGWA 2CZLA 5CMCA 3FGSA 3O9PA 3TAJA 4LP2B 3MVYA 3RGYA 2DWJA 3HHFA 4QFOA 4JWYA 4KD5A 5I57A 3C31A 1JVXA 4H67A 4YKIA 3BBRA 3DP6A 3H4ZA 3HHGA 1N7XA 4MH5A 4R9GA 1IZ1A 5F1QA 2ZYMA 3FV2A 4OVJA 4HCYA 3R7XA 3K0VA 3A09A 3D4CA 1PC3A 3R6UA 3FVNA 3MP6A 2YLNA 1FTLA 3K6WA 4X9TA 4FJPA 4FIMA 4NF6A 2O6AA 4R2BA 2DP8A 1B52A 2G29A 3FVKA 4E0WA 5AA2D 4YICA 4BDMA 2DQVA 3K6VA 4IGRA 2Q2AA 2XXUA 3RLFE 3EHSA 3I6VA 3VFJA 1BP5A 1B3LA 4H8IA 4FECA 1EZPA 2V84A 4JWOA 3B6WA 3S9LC 3L6HA 4EXKA 1MY1A 4GXAA 3JYRA 3GLBA 1VE4A 2LAOA 3C9HA 2OCUA 4YB7A 3TKDA 1VFEA 5CMMA 3OO7A 2XXRA 4Z7EA 2DXYA 1UTHA 3MP8A 5AA4A 5JTYA 4IO5A 2QSXA 3CIJA 2NWJA 2ZNSA 4G77A 1SYIA 2AIXA 4AB5A 3RTWB 2VD2A 1XT8A 1M5CA 2V3UA 1Z7ME 1CE2A 2UXAA 1ATGA 4ZZEA 3C34A 4GWOA 2HAVA 3TQLA 1CB6A 3CI8A 3MC2A 5JEIA 1Y9UA 5LOMA 2I0CA 1XOCA 4M4GA 4DLDA 2DE4A 3QYTA 1QULA 3T9XB 3TMGA 4RJZA 3TTMA 4OQOA 4TLLB 3TUSA 4THIA 2XX7A 3MP1A 3RUMA 1NH8A 3G7WA 4G68C 3K6XA 1JW5A 4FEBA 5HBCA 4KPTA 5I58B 1VSOA 1EZOA 4QHQA 3EF7A 1XVXA 2R71A 3FXQA 3LBSA 4NWDA 4N07A 5CMBA 4KQPA 4BDNA 3LSLA 3E13X 3I3VA 4R6KA 4U21A 4QF9A 1FQFA 1JEVA 4FORA 1QUJA 3JV9A 4PQJA 1LB9A 4HTGA 4RA1A 3Q29A 4O3AA 1L5TA 3QUJA 4ZDMA 3CG3A 5IKBA 3GBAA 2G93A 2KLFA 4XKPA 3KBRA 5F7VA 2F6PA 2H25A 1M5BA 1P1WA 4QSCA 3V5AA 3IO6A 5B70A 3ZS6A 2Y7WA 5K2XA 3R26A 4YB5A 2B3FA 4L17A 4R74A 1QW0A 4F3SA 3FZVA 3RTFB 5L9SA 1MM6A 4OEUA 4GLIA 3KSJA 3PPNA 1MY3A 2VHAA 4I1DA 1Q1KA 2V3TA 5HPQA 4U23A 3USDA 4PFUA 3IOUA 1Y1MA 4POWA 2VD3A 4DXBA 5A5XA 3RY3A 4EQBA 4X1BA 2PMSA 4EQ9A 2XD3A 1QKAA 1P1UA 2F5XA 1PDAA 1MQDA 1SBPA 4F2QA 2GFEA 3V89B 2O69A 2YJPA 1ELJA 4F39A 1SW2A 3LR1A 3JZJA 4RXLA 1P1NA 4G8HA 1UTBB 1S9TA 2X7PA 5DEXB 3FD3A 2VP1A 4ELRA 5TP9A 3MVZA 3PU5A 3SEWA 3O6IA 4LA9A 4KFQA 4H0WA 2Q89A 1JNFA 3TTKA 1JW4A 3IOTA 5I59A 1USYE 2OBGA 2OJTA 4JB7A 5DVJA 3PD8A 1N7WA 1DPPA 4KI0E 1IUDA 3T22A 4H6DA 1B51A 2I58A 3PUVE 3G3KA 3EN3A 2UVHA 5DTBA 1OLCA 4N6PA 4RPNA 3T66A 3IK6B 3PPQA 2ZYNA 2YPNA 1MQHA 5H8HB 2H4IA 1MXUA 3HN0A 4RY1A 1LAGE 3CFLA 5CI5A 1PB9A 3EQ1A 2F97A 3VLWA 1SI1A 4TOZA 3GBBA 1IITA 1B3FA 4QSDA 4PFYA 4DIGA 1GGGA 5J1DA 2UYFA 4G8MA 3S9EA 3MBPA 4OERA 3PMXA 4EDPA 4LQ2A 5I2KA 1TWYA 2BJJX 3TFLA 1FQEA 2RF1A 2F6GA 3PD9A 4MLQA 3TTNA 1RKMA 1Z7NE 4XTCQ 4AB6A 3T96B 1IIWA 4ZECA 2I49A 5FTIA 5BUUA 4WEDA 4ZS9A 4RK9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IZ1A 2HFBA 2PRTA 1EYIA 1K9ZA 4IO3A 3T9HB 2PVUA 4GEQB 4GD5A 1FPDA 2QL3A 4O7MA 2GLIA 4BDRA 3B7DA 2ELZA 2ANJA 2ABHA 4DV5E 2XWVA 1R6ZA 1J26A 4ISUA 2X7QA 2EM2A 2UVJA 1IXGA 1LFGA 2H9BA 3PV0E 2ZYKA 3KC1A 3EHUA 3CSBA 4ELQA 4LF7E 1AOVA 1QJMA 2KR0A 4DCYA 4JI8E 1ZMGA 1ZTYA 4DUYE 2ZZXA 3BIDA 2EMIA 3FXUA 1H44A 4O7IA 4O5GA 2EM3A 2CTDA 3ADIA 1I69A 2F78A 1EH7A 3IOWA 3C32A 4R2RA 1FTOA 1MH3A 3KC0A 3OO8A 2DMYA 1Y3NA 2HHMA 5KCJB 2G7HA 3FIGA 1MDP1 3KGCA 3IB0A 4LF4E 4GIZA 4PFWA 1POTA 1IXCA 3LLHA 3O6GA 1XI6A 2IEEA 1IBLE 4ZEBA 5ICTA 1MQJA 5AC5A 1D9VA 2DXRA 1OQHA 2YTDA 4DR2E 4GVOA 3QK6A 1HSLA 2QJEA 3LC8A 1WVJA 4I3YA 1A7LA 4R2AA 1EKZA 3Q26A 2QPQA 3ILUB 1B7HA 3SEUA 2D21A 4KYSA 3M8UA 1G2DC 1X6FA 2F35A 3H6TA 2P3NA 4OETA 4JI7E 1KWHA 2EMKA 1MXZA 3QIMA 1TN9A 2P2AA 2RINA 1STUA 1LBBA 4DR6E 5I5PA 5A5LA 1MXXA 3MHSC 5BWJA 2V88A 1PB7A 2V83A 3OXNA 1SW5A 3G3FA 4LONB 3SDFA 4R9FA 4I8OA 1MY2A 4NN3A 1MPCA 4LZ8A 4N91A 1ZBQA 5FHOA 1Q9DA 1A55A 2RKMA 5IZ3A 4N17A 3SEYA 1IXHA 2LUQA 2V86A 1B1HA 3TTLA 4F2JC 3MVWA 5CBSA 4GWYA 4JSDA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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