1AH5 | Genus

Total Genus 89

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	311
structure length	299
Chain Sequence	DNVLRIATRQSPLALWQAHYVKDKLMASHPGLVVELVPMVTRGDKGLFVKELEVALLENRADIAVHSMKDVPVEFPQGLGLVTICEREDPRDAFVSNNYDSLDALPAGSIVGTSSLRRQCQLAERRPDLIIRSLRGNVGTRLSKLDNGEYDAIILAVAGLKRLGLESRIRAALPPEISLPAVGQGAVGIECRLDDSRTRELLAALNHHETALRVTAERAMNTRLEGGCQVPIGSYAELIDGEIWLRALVGAPDGSQIIRGERRGAPQDAEQMGISLAEELLNNGAREILAEVYNGDAPA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__176247968110807__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__176247968110807__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1AH5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__176247968110807__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"176247968110807","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1AH5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__176247968110807__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfab6789b8cf0c6cfe5231a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfab6789b8cf0c6cfe5231a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfab6789b8cf0c6cfe5231a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfab6789b8cf0c6cfe5231a/pdb.gz): 2539 ms

reading 299 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

299 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:298});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
publication title	Determination of the structure of seleno-methionine-labelled hydroxymethylbilane synthase in its active form by multi-wavelength anomalous dispersion. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HYDROXYMETHYLBILANE SYNTHASE
total genus	89
structure length	299
sequence length	311
ec nomenclature	ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date	1997-04-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01379	Porphobil_deam	Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A	PF03900	Porphobil_deamC	Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.160.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Double Stranded RNA Binding Domain	Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain	1ah5A03
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	1ah5A01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	1ah5A02

2DOJA 3EHTA 3C36A 1VE4A 2RF1A 1MDP1 3FVKA 3BKIB 1USYH 3I3VA 1UQWA 5LOMA 4TLLB 1PB8A 4NWCA 4QFOA 2A5SA 3TPAA 1MY3A 1B5JA 2Z8FA 4C1TA 1B0HA 3TTKA 1VSOA 4E0WA 3UP9A 4TOZA 5DTBA 3C33A 3KEIA 1FTJA 4H5FA 1ATGA 1A55A 3FV2A 4POWA 5TPAA 3OSQA 2ANJA 3CI8A 3KN3A 1MY2A 2DXYA 2Y7WA 1NH7A 1Y3PA 3PUXE 4P11A 4EF1A 1B40A 1SYIA 3VVFA 3N6TA 5H8QA 1LAGE 4GLIA 3CFXA 2B3BA 3KN8A 5I2KB 3V83A 2ZNUA 3TCHA 2UVGA 5ISUA 1ZU0A 3VXBA 3V8XB 1BLFA 1B32A 3H03A 2OK2A 1VFEA 3O2AA 1QUIA 4ND9A 1JQFA 2VGQA 2Q9TA 2RC7A 5EYFA 3ILUB 4IO6A 1MS7A 1Y1MA 5TP9A 1I6BA 1UTHB 2YLNA 3BFUA 4KD5A 1HSEA 4U23A 3N94A 3IL1B 1MQDA 2THIA 2DE2A 1P99A 2M8CA 4ELPA 4LONB 1B58A 2OZZA 1NH8A 4RXLA 5J1DA 1N7WA 2O7IA 3A09A 4QFKA 3Q25A 5I56B 1B1XA 3IOWA 5AA1A 1DTZA 2HXWA 4NE4A 3H4ZA 2XXQA 3JV9A 3HHGA 3VFJA 5FHMA 4JB7A 3OXNA 5IKBA 3U1OA 4F31B 3OEKA 3BBRA 2I58A 1H76A 4XTCQ 5F1QA 1MQGA 4JWYA 5CC2A 3ZKLA 2PYYA 4OFOA 2ZYOA 3CFLA 4L17A 2D3IA 2XXXA 4BDQA 1IEJA 2FYIA 3KSJA 2H9BA 1JETA 3MVWA 3G3IA 4GXSB 4EUOA 3G3FA 3K6VA 2PX1A 4E0XA 1FCKA 4RYAA 1TFAA 4M1VA 5JTYB 5TPAB 4GRKA 4EQBA 3FXRA 4OXVA 1XOCA 4YMBA 1FTKA 3TQWA 2NUVA 4XKRA 4BDOA 4R6KA 5H8QB 2O69A 3QYTA 2ABHA 5AA2B 3EHUA 3T22A 5I58A 5DYHA 5JK4A 4FATA 3FZVA 1LLSA 3ZKKA 4LATA 2NWJA 1QULA 2ZNTA 3S4UA 4C0RA 4Q8RA 3RT6B 5AE4A 3FJMA 4KYDA 4Z0IA 3SEYA 3PMWA 5K2XA 4R75A 4KYEA 5I2NA 4U4SA 2Y7PA 1B6HA 5CBRA 2UXAA 4G68A 4G8HA 4WKMA 3GBBA 5FHNA 3JYRA 3RTWB 4KCCA 1Y4CA 1MXUA 3RUMA 2O1MA 2VP1A 1B1HA 3OO7A 4ZEIA 4EF2A 4GL0A 1DPPA 1OLCA 1R1NA 4FEDA 2PVUA 3Q27A 2XXIA 1USYE 4EDPA 1ZIUA 2GHAA 3O6HA 2H25A 3C34A 3U92A 2DSFA 3FD3A 4YB5A 4QFPA 3RTFB 4P0IA 2H4IA 3MZBA 1B5HA 3PPQA 3K01A 3IK6B 2GFEA 4I1DA 2G93A 4LVQA 4ELRA 2I3WA 2E1SA 4IO5A 1A7LA 1O64A 4NF4B 1SW4A 1AIVA 1P1UA 4H1XA 1SQYA 5KCJB 3CR9A 3I6VA 3CSGA 3RPWA 2UYEA 4GVOA 4IB2A 3T96B 4EXKA 2QL3A 1ZMGA 4F2OA 3O6IA 1B9JA 1DPEA 4IO4A 4FE8A 1MM6A 4KPTA 3IR1A 2UYFA 1BTJA 2OJTA 4GWOA 5AA4A 5BUUA 4JSOA 3IO6A 4C1UA 4ZZEA 5L8DA 1MQHA 3QAXA 5DEXB 4LP2B 1H43A 3QUFA 1NNFA 3A3CA 4N07A 4ZECA 1TXFA 1UIVA 1I6AA 4WEDA 1LBBA 3F11A 1RYXA 4PFWA 3C31A 5I2NB 4F3BA 1CE2A 4KQPA 4M4GA 1Y1ZA 2F36A 4F3PA 3MP1A 1I6QA 1D4NA 4LZ8A 1MH4A 1AOVA 4XIGQ 3UGWA 2DE4A 1B4ZA 4ESXA 4YKIA 3UN6A 3HN0A 2I3VA 4GFRA 1MH3A 3N5LA 1PC3A 1B2HA 4ZEDA 4RJZA 1OQHA 5HPQA 1MPCA 1QW0A 4F1YA 3QK6A 4MBPA 2OLBA 1LFGA 4ZEKA 1MQJA 3U93A 4PETA 4X9TA 3G3KA 2AYSA 3S9MC 2QJEA 1MXZA 2LAOA 4R2BA 3SKPA 2RC8A 3LUYA 3CFZA 1JEUA 4F1VA 1B3EA 5DVFA 3JZJA 1P1NA 1P1QA 1N76A 3RT8A 3VVDA 5HM4B 4IY6A 3K4UA 3PPOA 2RINA 5I59B 3K6XA 3UIFA 1S7YA 2HQ0A 3I5OA 4R6YA 4YU0A 2DXRA 2F78A 2XX9A 1ELJA 1M5DA 4ELOA 5H8FA 1NNTA 1VR5A 3MPKA 1XVXA 4RNSA 2NXOA 5AA3A 1II5A 2HAVA 1XHYA 3ZSFA 1N04A 5L9OA 2W7YA 2KLFA 2B65A 1OIBA 2Y7KA 4YKPA 3MW0A 1BIYA 2I4BA 3EQ1A 5CBSA 4F39A 3K00A 4MH5A 1QKAA 4ISUA 4Q0CA 1B3FA 1FQBA 1PDAA 2VD2A 1PEBA 1US5A 2I6EA 1MDQA 3MJNA 1H44A 2Z8EA 3SEVA 3MVXA 3OO9A 4YZZA 3IOVA 1FTLA 2XX7A 4WXJA 3O6GA 4YKKA 1FQDA 4RA1A 4U2RA 5L9SA 3MC2A 1B3LA 2DYXA 3OSRA 3IX1A 1Q1KA 3QIMA 4GOTA 2XXYA 1B3GA 4PFTA 4JSDA 4NMYA 4F22A 4OERA 3S2VA 3LC8A 3H6WA 2R71A 1NMUA 3N6UA 1D9VA 5ITOA 4HTGA 5CMBA 2Z22A 2R6GE 1N84A 4ZE8A 2OWTA 3CG1A 4IY5A 3MP6A 3G3GA 3SEUA 3PMXA 4G8NA 4GL8A 3MQ9A 1MPBA 4LQ5A 1HSLA 2XXTA 2A5TA 3RY3A 1MXVA 1MPDA 1XVYA 4UACA 3C9HA 3PD8A 1KWHA 4K3FA 1A8FA 1IXHA 2I49A 3H6VA 3RLFE 2DQVA 3IOUA 4H65A 1H3DA 1XS5A 2Y7RA 5H8NA 3OO8A 1YPNA 4XXUA 1US4A 1YTVA 2XXUA 5KZTA 3DP6A 2VHAA 1FW0A 5KDTA 3IORA 4F3SA 2DVCA 3SDFA 3B6WA 4NF6A 1IZ1A 3EPEA 1FQFA 2F34A 4ZE9A 4H8JA 3S9NC 1LAXA 4AB6A 2H98A 2V3QA 4FEBA 5DVIA 4OEVA 1HSJA 1Y3QA 4WEPA 3VXCA 3H7MA 3VV5A 1UTBA 4IGTA 3MVYA 3ZS6A 2YPNA 2DS9A 2R9JA 3HSTA 2F35A 4YMAA 1SD3A 1ZBMA 4X1BA 2UVHA 5H8SA 3K0VA 1FTMA 1O7TA 4Z7EA 2I0BA 4OHNA 2ZYMA 1Q35A 1RKMA 1AL3A 4Q5TA 1QJMA 2CMOA 2DP8A 3U72A 5CMMA 2XXHA 3TAJA 1IXIA 4TQUQ 3TUSA 3KOSA 3VLWA 4DDDA 3CVGA 1B46A 4PQJA 4BDRA 3RNNA 4FORA 3PD9A 4MLVA 3T9XB 2HEUA 5TP9B 1OVTA 1BP5A 3DM0A 4F29A 1DSNA 3IOTA 5A5XA 2OCUA 3ECRA 1AMFA 1PB7A 1IIWA 1O63A 1YCJA 3RGYA 3OEMA 3DELB 4BDMA 1A99A 4GQOA 1Z7ME 4H0WA 4LQ2A 5ELVA 4KYSA 3R6UA 1JW5A 1MY4A 3D4GA 3O28A 1SI0A 4NF5A 1BKAA 3T9VA 3TCGA 2F5XA 3KG2A 4O3BA 1SVXB 1SW1A 2O6AA 4TLMB 3OENA 1P1OA 3K2DA 1UTBB 3BFTA 4G68C 1H45A 4AB5A 4JWOA 2QMWA 3FJGA 4MLQA 4R2FA 2XX8A 1Z7NE 2GHBA 4F2QA 2V3UA 2Z23A 4DXCA 3FVOA 2F8DA 1RYOA 4POXA 3TMGA 2DWJA 4U1ZA 3V89B 1POTA 1J1NA 3FATA 2NOOA 4XKPA 4G8MA 4KR5A 2F6PA 2OBGA 3ILTB 1JW4A 2O51A 4ECFA 3B7DA 1MQIA 2P0SA 3OELA 5L9MA 5I58B 2DE3A 3MWBA 4N6PA 4QF9A 1EZPA 1T0KA 4OETA 4JXIA 4PE5B 1P1WA 3C35A 4R9FA 3SETA 3KJTA 1UIUA 1B7HA 2QS3A 4DIGA 3VE1B 2Q2CA 3OD7A 3CIJA 3M3LA 2H99A 4PP0A 1A40A 3TYHA 3IB0A 4DCXA 1URSA 4G68B 2RCAA 4FJPA 3GXAA 2XXPA 3TFLA 3E9XA 1B7UA 1B51A 1LFHA 3O29A 1TWYA 3MAMA 1FQCA 2O84X 4QSCA 1B3HA 1SYHA 2RKMA 4XKQA 3HV1A 3R26A 2XD2A 2F97A 2H5YA 4IGRA 2PT1A 2ONSA 1OQGA 4RY1A 5I2KA 3R7XA 1B7ZA 3PUZE 1SBPA 4KCDA 2QS4A 3O9PA 3MP8A 3HPIA 1B5IA 5EHSA 4N13A 4U1OA 2P2AA 3E13X 3RQTA 3FUZA 1OMPA 2IEEA 5H8HA 3LSLA 5CM6A 1IQ7A 1LBCA 1MXWA 1IITA 2XXVA 4JDFA 3IB2A 3VLUA 1UTHA 1PBPA 3KSXA 2XXRA 4F1UA 3E4RA 4BDNA 1CB6A 1IUDA 2AL4A 1FQEA 4QFNA 3LBSA 1LB8A 5DVJA 2F6GA 5I56A 4BDLA 1URGA 1JVXA 4XKNA 4IO3A 5I84A 4G4PA 3KFMA 2ESNA 3WAFA 3K1PA 1NNPA 2Y84A 4HW8A 4LUBA 1GR2A 3H6UA 2IA4A 4BLAA 4GF8A 3VDFA 5AA4B 3K6UA 3CG3A 3MPLA 3FASA 4IO7A 4R74A 3V5AA 4RPOA 4HCWA 5ICTA 4DE8A 3Q26A 4I9DA 2ZYKA 1EH3A 3IAZA 3ODBA 4ZDMA 4X1DA 2OWSA 3PPRA 3KOTA 1JW1A 3KZGA 1R9LA 4QSEA 1Y9UA 4U21A 1R6ZA 2ONRA 3EF7A 3AXFA 2Q89A 3T9HB 1N7XA 3K1MA 1VFDA 5JTYA 1XC1A 4DLDA 5B7DA 2I4CA 3FXUA 3Q29A 4QFLA 3FGSA 3N26A 1M5FA 5FTHA 1SW2A 4EXLA 2FA7A 3W9WA 3C4MA 2QS2A 4H5GA 2PT2A 3K6WA 1GGGA 2XD3A 3IO4A 5AA2A 4OFJA 2V25A 3H6TA 4ESWA 4AQ4A 1B52A 3QUJA 3KGCA 2E0SA 2AL5A 3MUQA 1AH5A 3S9EA 2X7PA 5H8HB 1M5BA 5FHOA 3SERA 2YJPA 1B4HA 1LAFE 2P1SA 1N3WA 2HCAA 1MY1A 2HFBA 5EHMA 3G3JA 3T66A 1I69A 3U94A 2QSXA 3ONMA 4MFIA 1MY0A 4KHZE 4NEDA 3UK4A 4FIMA 1SDXA 3RN8A 2B3FA 3TTMA 4ELQA 3P7IA 3M3KA 3USDA 2RC9A 4NF8A 5H8FB 2O1LA 4FECA 1PBQA 3LSXA 3IJOB 3UORA 2WKYA 3O97A 4NTLA 2G29A 2REJA 4G77A 2DWAA 1M5EA 2ONKE 2UVIA 4GXAA 2I0CA 4KFQA 4P0GA 4GIZA 4YICA 3DP4A 1LGBC 1JNFA 1LCFA 5CMKA 5B70A 3O66A 3W9VA 5ICQA 5F7VA 1B05A 3B6TA 5JEIA 2Z8DA 3TZAA 4NF4A 3CRBA 4EQ7A 2QRYA 2FNCA 1ZKBA 3S9LC 1N0TA 3H06B 5BWJA 4KI0E 5KCJA 1NKXA 4OWDA 1MG1A 4DZ1A 3FXQA 4OQOA 5FTIA 3FVGA 3GBAA 4OEUA 1OVBA 3IJXB 1Y20A 1TFDA 4YAHX 1LAHE 2VOZA 4EQ9A 4ZEBA 2AIXA 3OMBA 4I8CA 1ZJLA 4THIA 1QKBA 3T9UA 2ZYNA 2D21A 1D9YA 4OZ9A 1FTOA 1Y3NA 3M3FA 3CSBA 1DOTA 3MZ9A 4H67A 1S9TA 1SI1A 1YAEA 5DEXA 2PBWA 1POY1 3UA8A 3L6GA 3OO6A 5HBCA 1D3KA 1EU8A 1SW5A 3KN7A 3QXMA 4DCYA 3PU5A 2HAUA 2QMXA 2QS1A 4IO2A 3TELA 2A5TB 4ZZAA 4F18A 3PUWE 3G3HA 3L6HA 3K02A 4FAJA 4U22A 1LB9A 2DWHA 1ZTYA 4UA8A 3TCFA 3SEWA 3HHFA 1JEVA 1EZ9A 3MVZA 1QVSA 4I62A 5H8NB 1F9BA 1MM7A 2ZXTA 4OESA 3LR1A 4JWXA 4LA9A 3DLNA 3PUVE 4JBZA 3MBPA 5KDTB 1MXXA 4NF8B 3B6QA 4DXUA 3TEPA 3EHSA 3PPPA 2O68A 2DWIA 1Y4TA 4NF6B 2BJJX 2PMSA 4OFLA 1JVYA 1ANFA 5AA2D 1WDNA 4QRZA 4R73A 1NNKA 1A54A 1LCTA 4OTEA 4H8IA 2CZLA 2F7CA 4YB6A 3WAEA 1M5CA 1GV8A 4LZ7A 1LSTA 5I57A 3EN3A 3H3GA 1S50A 1GTKA 2ALUA 4R9GA 4RK9A 4OYVA 2D5WA 5K2YA 3OOAA 4MF3A 3LSWA 4OENA 3FV1A 2V3TA 5I59A 4ZEFA 1FQAA 3SESA 3Q28A 3GZGA 3HO7A 3TODA 2F7AA 3TDJA 1MXYA 4QSDA 4YKJA 2DVZA 2HZLA 3TQLA 2UVJA 3W15C 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1AH5A

Total Genus

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Chain Sequence

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