1AH5A

Reduced form selenomethionine-labelled hydroxymethylbilane synthase determined by mad
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
311
structure length
299
Chain Sequence
DNVLRIATRQSPLALWQAHYVKDKLMASHPGLVVELVPMVTRGDKGLFVKELEVALLENRADIAVHSMKDVPVEFPQGLGLVTICEREDPRDAFVSNNYDSLDALPAGSIVGTSSLRRQCQLAERRPDLIIRSLRGNVGTRLSKLDNGEYDAIILAVAGLKRLGLESRIRAALPPEISLPAVGQGAVGIECRLDDSRTRELLAALNHHETALRVTAERAMNTRLEGGCQVPIGSYAELIDGEIWLRALVGAPDGSQIIRGERRGAPQDAEQMGISLAEELLNNGAREILAEVYNGDAPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title Determination of the structure of seleno-methionine-labelled hydroxymethylbilane synthase in its active form by multi-wavelength anomalous dispersion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYDROXYMETHYLBILANE SYNTHASE
total genus 89
structure length 299
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 1997-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 1ah5A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ah5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ah5A02
1Z7NE 2ZNUA 1D3KA 1WDNA 1FQFA 1NH8A 1Y3PA 5CMKA 1MDP1 4PETA 3L6HA 2Z22A 4AB6A 4G4PA 1LFHA 4DE8A 3S9LC 3G3KA 4XKRA 2Y7RA 3N6TA 4OXVA 3RTFB 3EPEA 4RYAA 4IB2A 1H76A 3QIMA 1P1QA 3KOTA 1A7LA 3SEUA 1N0TA 4QFOA 2I3VA 4F3GA 1NMUA 1QKBA 3MVYA 4RJZA 1YTVA 2THIA 3RUMA 1B3HA 4KD5A 2QS3A 3G3GA 2VD3A 3MVZA 3LUYA 3N6UA 3CRBA 1A8EA 3TCGA 4F18A 1B2HA 3S4UA 3T22A 3FUZA 4LVQA 4HW8A 1LFGA 3TEPA 3MVXA 1DTGA 1JW4A 2DE4A 1NH7A 3GBBA 1USYH 1RKMA 2XXTA 3U94A 4ELRA 4BDMA 3FVOA 5L8DA 1P1NA 3B6QA 2Z8DA 1MPDA 4C0RA 3S9MC 2Y7WA 1II5A 2GHBA 2HZLA 3KG2A 4OMBA 1YPNA 1VR5A 2PT2A 4EQBA 5EHMA 5AE4A 4R2BA 2DWHA 1FTKA 3C34A 3IJXB 3VXCA 1DSNA 4F31B 5JK4A 3VV5A 4MF3A 2Y84A 5K2XA 1ZKBA 3VLUA 3IOTA 4FJPA 4Z7EA 1GTKA 3I5OA 1SW4A 4PQJA 1AL3A 1BTJA 3IJOB 2XXPA 5CMCA 2R9JA 2QL3A 4HTGA 4YMAA 2ZMBA 3WAFA 1M5DA 2Z8FA 3QSLA 5KZTA 4O3BA 1MH3A 4KI0E 2UVJA 4R9GA 1DOTA 4Q8RA 1N04A 4HCYA 3FXRA 4G68A 3WAEA 2OZZA 2QS2A 3FJGA 3PMXA 3TCFA 3T9VA 1UIVA 3C31A 2DWIA 4R74A 4N13A 4OEVA 3UP9A 1P99A 1PBQA 5DVJA 1PEBA 1A55A 3K01A 1OIBA 4GL0A 4DCYA 2OWTA 4RK9A 5A5XA 5AA4B 4EXLA 4R6KA 2DOJA 3KN8A 1USYE 2ZNSA 1FW0A 3BKIB 4NWCA 3ZSFA 1ATGA 4E0WA 1S9TA 1NNTA 2H4IA 3DLNA 3RPWA 3SESA 4OYVA 1GGGA 1IUDA 4LP2B 2RF1A 1TT1A 3DP8A 4ZS9A 4ZZEA 5HPQA 2UVIA 1OVTA 4PFWA 3S9EA 4H67A 3MVWA 3IR1A 1GV8A 4R2FA 4G8MA 1BLFA 1PC3A 1D9VA 1SYIA 2V3UA 3K6WA 2Q89A 4OHNA 4TOZA 3MP1A 1MS7A 2F7AA 1XT8A 3U1OA 4NF4A 4X48A 3KGCA 5FTHA 1BKAA 2F8DA 1HSJA 3EHSA 5H8QB 3UORA 1HSEA 2NWJA 5JEIA 1O63A 4DZ1A 3LR1A 2XXRA 4RA1A 2XXIA 4N07A 4F2OA 4IO4A 4U4SA 5L9MA 5L9OA 4AB5A 3VFJA 4MLVA 4U22A 5LOMA 4KCDA 2E0SA 3K6VA 1A54A 1EZ9A 1MY3A 1VFEA 2ZYMA 3GLBA 3V89B 1I6QA 1EH3A 1TXFA 1B4ZA 4LONB 3ILTB 5I2KA 3A09A 3QK6A 2XX7A 4QF9A 2NUVA 3PUZE 1PB8A 2QSXA 3VDFA 3A3CA 2XXYA 3SEWA 4KYEA 1WODA 3KN3A 5CBSA 2AIXA 3PUYE 2F36A 3H6TA 4OFLA 1LAXA 1POY1 4XKPA 3RT6B 2DQVA 1HSLA 3MC2A 2F78A 4YKJA 5AA3A 2QPQA 3K4UA 2V84A 4KYDA 4BDLA 1POTA 4GFRA 1MQIA 4OZ9A 3KZGA 3EHUA 3K2DA 1EZOA 4DXCA 1WVJA 3T9XB 1F9BA 1CB6A 4X9TA 3CVGA 3T96B 3CG3A 1PBPA 3QXMA 3PPRA 2YJPA 3HHFA 3PD9A 2WKYA 2RC8A 5B70A 2B3BA 2RC9A 2QMWA 1B3LA 4NF6B 2QRYA 5JTYB 3K6XA 1T0KA 2AYSA 1GR2A 1QW0A 3TPAA 3QAXA 2DP8A 1TFDA 4OWDA 1Y1ZA 4DCXA 3H3GA 4C1UA 1B46A 1Y9UA 4P0GA 1MXXA 5I58B 2NXOA 1Q35A 5DVFA 2YPNA 3K6UA 2FA7A 1Y4TA 4RPNA 3ILUB 1SQYA 4OTEA 3FD3A 5HM4B 2IA4A 4H5GA 2YLNA 2X7QA 2HZKA 1H44A 1N76A 2H98A 4MFIA 5DVIA 4RK2A 4OESA 4OVJA 3H06B 4POWA 3P7IA 1S50A 5TPAB 2DSFA 2NVUB 1SBPA 3I6VA 2ESNA 3KN7A 2CZLA 3LBSA 2DE3A 5AA4A 3T9HB 1B0HA 2O69A 2OBGA 2OCUA 1B05A 3O9PA 3FV2A 1QUJA 3K02A 2HCAA 2REJA 3V83A 2DYXA 1BIYA 4UACA 1SDXA 1VE4A 4H1XA 2R6GE 2PYYA 2UVHA 1YAEA 3GZGA 1MQHA 5DEXA 1IITA 4ZE8A 1B5HA 3C4MA 3MZBA 2A5TB 2F6GA 1LSTA 2XD2A 1UTBB 3M3KA 4QSEA 3RTWB 2QS1A 3PMWA 4TLMB 3O6HA 4LA9A 4PFUA 3PV0E 3FXUA 3KEIA 1B58A 2AL5A 4Q0CA 4U4XA 2Q8JA 3UK4A 2UYFA 3S9NC 3FASA 2D3IA 2RKMA 3TELA 1UTHB 2ZXTA 4I1DA 1LFIA 1H43A 4FORA 4Q5TA 4R6YA 1SW1A 2XX8A 1DPPA 1VFDA 5H8QA 3OD7A 5AA2B 1MPBA 2ONSA 4JXIA 2OJTA 1FTJA 3OEMA 3MWBA 3O6IA 3UGWA 3K00A 2R71A 3IB0A 3DM0A 3SEYA 4U1OA 5F7VA 3K1PA 2F97A 1XOCA 3HN0A 4LZ5A 4JB7A 1LCFA 3VLWA 3PPNA 1FCKA 4GRKA 4LQ2A 2D21A 3FXQA 1ZJLA 1AOVA 2GRVA 3DP4A 2DS9A 4U21A 1US5A 2V93A 3T93B 3QUFA 4EDPA 4NEDA 3PPQA 3D4GA 3TQWA 3R26A 3RLFE 4THIA 3CIJA 1NKXA 5EHSA 1LLSA 5H8SA 5I56B 3ODBA 3IL1B 2H25A 4KHZE 3H6VA 2O84X 1SI1A 2A5SA 3VVFA 2HFBA 4GXAA 1SVXB 4H65A 3SEXA 5I57B 4F29A 3TKDA 1OLAA 5L9SA 4LATA 4QFNA 3C36A 1PB7A 1A8FA 1LCTA 1FQAA 2VOZA 4JDFA 1MY2A 3E3KA 5I84A 4NMYA 4LZ7A 1XVYA 1MH4A 4FEDA 3Q25A 1N3WA 3ZS6A 2PT1A 4ECFA 4YZZA 2VHAA 4QFLA 1LBBA 3FV1A 4TLLB 3C32A 3TYHA 1URDA 5KDTB 4F1YA 4ELQA 3BFUA 3IO4A 3CG1A 4YU0A 3ECRA 5CC2A 4ELOA 3MJNA 2I3WA 2QJEA 3MBPA 2XXXA 2E1SA 5ITPA 2Q88A 1FQEA 1AIVA 1N84A 4I8CA 1NNPA 4XIGQ 4KYSA 3SKPA 5JTYA 5FHMA 3O66A 3OXNA 1R9QA 3ONMA 2ABHA 3A3UA 1ZBMA 3O6GA 1P1UA 2XD3A 1MG1A 1QUIA 5I59A 5I58A 3TAJA 2FYIA 2W7YA 2V3QA 1M5EA 4GIZA 3ZKKA 5HBCA 2VD2A 2I0CA 4YKPA 5M2VA 3B7DA 1OVBA 3EN3A 1OMPA 4R72A 4OFJA 3L6GA 3TUSA 4P11A 2ZYKA 3CR9A 1MM6A 3TTLA 1B9JA 1Y1MA 1B3GA 4Q30B 2HQ0A 4KFQA 1B7HA 1B5IA 3CSBA 2UYEA 4I62A 1B3FA 2ANJA 5KCJB 2OLBA 4U2RA 4YB7A 1IXCA 2CMOA 4WEDA 3FATA 1JEVA 3RY3A 2Q9TA 1A40A 4MBPA 4NF8B 3TFLA 3THIA 1SW5A 3MP6A 4JWXA 4GLIA 3KJ7A 5K2YA 2O6AA 1MPCA 2ZYNA 4NE4A 1JEUA 5IKBA 3BBRA 4I9DA 1CE2A 4AQ4A 4ZEFA 4RPOA 4ZEBA 4NF5B 3GXAA 4K3FA 4EQ7A 2PBWA 4ZEKA 3TQLA 4YAHX 3MAMA 5F1QA 4JWYA 1IXIA 3C33A 5ELVA 1LBCA 4U23A 2RC7A 1UTBA 5FTIA 4C1TA 4H6DA 3OO6A 4X1DA 4BLAA 1M5FA 3CFXA 2XXHA 3HHGA 1H45A 2FNCA 2XXWA 4JSOA 4ESXA 1NFTA 5CMMA 3BFTA 5TP9B 3OMBA 3D4CA 5I2NB 4O3CA 3MZ1A 1LB8A 3TCHA 4JSDA 2QMXA 4LZ8A 5EYFA 1R1NA 1YCJA 2H9BA 4EF2A 2B65A 1AMFA 4IGRA 1J1NA 3FVKA 2GH9A 2AL4A 1LGBC 3N94A 4FEBA 1ANFA 4OFOA 3PUVE 2ZYOA 2G29A 4F3BA 5H8HB 3OSRA 3RT8A 1NNFA 1Y20A 2O1MA 4NTLA 3CSGA 3USDA 3M3FA 4QSCA 1GVCA 3G3HA 2ONKE 2LAOA 3VXBA 3G7WA 2VP1A 4YB5A 3E9XA 3GBAA 4N6PA 4G77A 3SDFA 2Y7PA 2XXQA 4F22A 4GL8A 4ZEDA 4R9FA 4IO5A 4BDQA 4ESWA 5TU0A 1MQDA 1JVYA 4FAJA 1B40A 1KWHA 1DMBA 4JWOA 4DXBA 3IB2A 1FQBA 3OELA 5CRYA 3TTKA 3IX1A 1MY1A 2P2AA 2GHAA 4ISUA 2I48A 3JYRA 2Q2AA 3T9UA 2X7PA 4OETA 1S7YA 1EZPA 3B6WA 4Z0IA 3E4RA 5FHOA 3VE1B 2UVGA 3S2VA 5ISUA 3EF7A 5KDTA 4F3PA 3SERA 2I58A 3FJ7A 3E13X 2M8CA 2Q2CA 4G8HA 4FIMA 3EHTA 3KOSA 1DTZA 3TTMA 1Y3QA 3Q29A 4PFYA 4YKKA 1B7UA 3AXFA 3FVGA 2OK2A 3FIRA 4HCWA 2F5XA 3W9VA 4NF4B 1D4NA 3K1NA 4M4GA 4F19A 4YB6A 1LB9A 2I49A 1IIWA 5ICTA 3OSQA 3OEKA 1OQHA 3LC8A 1UQWA 5H8NB 2I6EA 1XC1A 1M5CA 4G8NA 1IZ1A 3TMGA 4DIGA 2B3FA 2F6PA 4G2ZA 3M3LA 1MXZA 2P1SA 1MDQA 2V3TA 1Z7ME 4H0WA 5KCJA 1JNFA 1O64A 2PX1A 1EU8A 1B5JA 5H8FB 4F1VA 5I2KB 3U93A 3IO6A 1US4A 2DE2A 4KR5A 1B4HA 1B0LA 4NF8A 3PPPA 3VVDA 2O1LA 1FQCA 3U72A 3DELB 3LSWA 3QYTA 2VGQA 4GWOA 1SW2A 2V25A 4H5FA 4R6HA 4F2QA 3FVNA 4RXLA 3H6UA 5BWJA 4NF5A 4QFPA 2DXRA 3LSFB 3Q26A 4EQ9A 4YKIA 3MP8A 1I6AA 3O28A 1UIUA 2RCBA 4U1ZA 3PU5A 1PB9A 3R6UA 4XXUA 3IOVA 3PGFA 3IORA 3HSTA 2HEUA 4HS7A 4YICA 4PFTA 1MY4A 1URSA 1PDAA 4F39A 2QS4A 5TP9A 4IO6A 4ZEIA 3HO7A 3VVEA 5I2NA 4KCCA 4NWDA 5FHNA 1QJMA 3KFMA 4QSDA 2X26A 3M8UA 1JW5A 3PPOA 3OO9A 1JW1A 4TQUQ 3FGSA 2XX9A 3UIFA 3RNNA 1DPEA 2PMSA 1Y3NA 4L17A 1B32A 3HPIA 1JETA 2ONRA 3TDJA 4GXSB 5ICQA 2RINA 4EUOA 2ALUA 1MQJA 5IAIA 4GD5A 3CI8A 5H8HA 3Q28A 1B51A 1FTMA 2ZNTA 5CBRA 4ZECA 1IXHA 3JV9A 1IQ7A 2Y7KA 4R73A 1TWYA 1N3XA 2H99A 5AA2D 3MPKA 3H6WA 4OERA 2I4BA 3N26A 3U92A 4NF6A 4O3AA 2DWAA 4BDOA 5DYHA 1B3EA 3OO7A 1M5BA 3T66A 3CFZA 3OO8A 1QVSA 3H4ZA 2Z8EA 4X1BA 4GQOA 4H8IA 2HAUA 1B6HA 1MQGA 3MW0A 4OQOA 1RYOA 3VLVA 4XTCQ 4OEUA 4IO3A 4XKQA 3UA8A 4ELPA 2GFEA 4H8JA 2NOOA 4DLDA 3LSLA 3KBRA 1N7WA 4ZE9A 2XHDA 1AH5A 4P0IA 1LAFE 4UA8A 1R6ZA 1JQFA 1BP5A 3I3VA 1MY0A 4KQPA 4QRZA 5DEXB 3IOUA 5TPAA 5B7DA 1TFAA 4POXA 2XXUA 3IK6B 4GF8A 3W15C 1P1WA 4QHQA 2KLFA 1VSOA 1MXYA 2DVCA 3FJMA 2P0SA 1MRPA 1SYHA 1B52A 4ZDMA 1IXGA 4JBZA 4GOTA 1ZIUA 3H7MA 3U8QA 1Q1KA 1OQGA 3K1MA 1JVXA 1ELJA 1IEJA 4FATA 1P1OA 3V5AA 3B6TA 3C9HA 3KSJA 1I6BA 1ZU0A 3G3IA 3UN6A 3G3JA 2OWSA 1FTLA 4WKMA 2O51A 4BDRA 3DP6A 3FZVA 1QULA 5H8NA 3RGYA 1R9LA 2A5TA 5DTBA 5CI5A 3QUJA 5ITOA 3MUQA 3TZAA 3O2AA 1L5TA 3OOAA 4M1VA 3F11A 3TTNA 3Q27A 4WXJA 1MXUA 1I69A 3JZJA 3V8XB 2F7CA 5CM6A 2F35A 3SEVA 1UTHA 1N7XA 2DVZA 5H8FA 1XVXA 2RCAA 4LUBA 3KJTA 1O7TA 2UXAA 1FQDA 4IGTA 5AA2A 1ZLQA 1OLCA 1RYXA 1ZMGA 2IEEA 5CMBA 4MH5A 1MXVA 2O7UA 1D9YA 2Z23A 4EXKA 2XXVA 2REGA 4RNSA 1B1XA 1H3DA 5AA1A 3W9WA 4OENA 3O29A 2HXWA 4IO2A 4R75A 3SETA 1A99A 4GVOA 4YMBA 3C35A 4G68B 1NNKA 3K0VA 2H5YA 4E0XA 3EQ1A 2I0BA 1NL5A 4XKNA 3G3FA 4ONYA 1FTOA 3TODA 4G68C 1SD3A 3OENA 3TTRA 1XHYA 5I56A 3HV1A 4BDNA 3HCQA 5BUUA 1MM7A 1LAGE 4PE5B 4QFKA 2O68A 1QKAA 2DXYA 3ZKLA 3O97A 3LSXA 5I57A 4IO7A 2F7BA 2O7IA 5A5XB 3PMVA 2PVUA 3KSXA 5J1DA 3MPLA 3RQTA 3MQ9A 3IB1A 2D5WA 3N5LA 4ZZAA 2F34A 4F3SA 2DWJA 5I59B 1QUKA 1MXWA 4FE8A 4IY6A 4KPTA 3PUXE 4RY1A 5DT6A 2HAVA 1URGA 3RN8A 3PD8A 3H03A 3PUWE 3R7XA 4DDDA 4EF1A 2Y7IA 1SI0A 3MZ9A 4F1UA 4FECA 3IOWA 1ZTYA 4MLQA 3IAZA 2BJJX 4IY5A 1B1HA 2G93A 4DXUA 1LAHE 4LQ5A 1B7ZA 1XS5A 4ND9A 4PP0A 2I4CA 3CFLA 4WEPA 1Y4CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Z7NE 4X9JA 2ZNUA 1D3KA 1WDNA 1FQFA 2HPGA 1NH8A 1Y3PA 5CMKA 1MDP1 4PETA 3L6HA 1NUWA 2FIEA 2Z22A 2CEXA 4AB6A 4G4PA 3ADJA 1LFHA 2WX9A 4P1LA 2EPOA 4DE8A 4MNIA 3S9LC 5ESYA 2DMYA 3G3KA 4XKRA 4BS9A 2Y7RA 3N6TA 1ZBTA 4OXVA 3RTFB 3EPEA 4RYAA 4IB2A 1H76A 3QIMA 1P1QA 3KOTA 4O8MA 4JI0E 3AUZA 2EM7A 1A7LA 3SEUA 1N0TA 4QFOA 2I3VA 4F3GA 1PJQA 1NMUA 3BIGA 4OVSA 1QKBA 5EQAA 3MVYA 3FIGA 4RJZA 1YTVA 2THIA 3RUMA 1B3HA 4KD5A 2EM5A 4TUGA 2QS3A 4PE3A 4BMJA 1NV3A 1K9ZA 3G3GA 2VD3A 3MVZA 3LUYA 3N6UA 1NV6A 3CRBA 1A8EA 3TCGA 4F18A 1B2HA 3S4UA 3T22A 3FUZA 1D9QA 4LVQA 4HW8A 2YT4A 1LFGA 3TEPA 2EPNA 3MVXA 1DTGA 3VYXA 1JW4A 2DE4A 1NH7A 4OX9E 3GBBA 2E5LE 2LMZA 2ZM6E 1USYH 2EN2A 4PBQA 1RKMA 2XXTA 3KWRA 1TF3A 3U94A 4ELRA 4BDMA 4BBYA 3FVOA 5L8DA 1P1NA 3B6QA 2Z8DA 1MPDA 4DR1E 2EMCA 4C0RA 3S9MC 2Y7WA 3ADLA 1II5A 2GHBA 2HZLA 4WXCA 3KG2A 4OMBA 3J81C 4O7MA 1YPNA 2L2NA 3BGHA 1VR5A 1YUIA 3C6MA 2PT2A 4EQBA 5EHMA 5AE4A 2UUAE 4JI4E 4R2BA 2DWHA 1FTKA 3C34A 3IJXB 4GX3A 4N8YA 3VXCA 1DSNA 2WEFA 4PAFA 2PRTA 4P1EA 4F31B 1AWBA 4LF8E 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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