1GTKA

Time-resolved and static-ensemble structural chemistry of hydroxymethylbilane synthase
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
311
structure length
294
Chain Sequence
DNVLRIATRQSPLALWQAHYVKDKLMASHPGLVVELVPMVGLFVKELEVALLENRADIAVHSMKDVPVEFPQGLGLVTICEREDPRDAFVSNNYDSLDALPAGSIVGTSSLRRQCQLAERRPDLIIRSLRGNVGTRLSKLDNGEYDAIILAVAGLKRLGLESRIRAALPPEISLPAVGQGAVGIECRLDDSRTRELLAALNHHETALRVTAERAMNTRLEGGCQVPIGSYAELIDGEIWLRALVGAPDGSQIIRGERRGAPQDAEQMGISLAEELLNNGAREILAEVYNGDAPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Time-Resolved and Static-Ensemble Structural Chemistry of Hydroxymethylbilane Synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords PORPHOBILINOGEN DEAMINASE
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 93
structure length 294
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2002-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 1gtkA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1gtkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1gtkA02
1IXIA 3TQWA 1US4A 2UVGA 4RJZA 1B6HA 5CRYA 1IUDA 2VD2A 4RK9A 4NWDA 1LBCA 3TFLA 4N13A 3FUZA 1LLSA 4GLIA 5L9MA 3OMBA 4OESA 4F39A 1I6QA 5AA1A 4MF3A 1VFEA 3TUSA 2R71A 3EN3A 1PBQA 3K00A 3K02A 4POWA 1MY2A 3G7WA 3PMVA 3WAEA 5I58B 2Z8DA 1POY1 4GQOA 4YU0A 4M1VA 3RT6B 3C33A 3QK6A 1N7WA 3U94A 3KJ7A 1AH5A 4YMAA 2Q9TA 4LZ5A 4TOZA 1MQJA 3CSBA 1MXUA 5M2VA 3I3VA 4R6HA 5ELVA 3D4GA 4FIMA 1J1NA 5CMBA 3FD3A 3FZVA 4PETA 1R1NA 4IY6A 4ELRA 2D3IA 1SVXB 3JYRA 3Q28A 3S4UA 4AQ4A 2I0CA 2B3FA 4YB6A 1M5CA 4YKIA 2Q8JA 4G77A 3TZAA 2Y7RA 3DLNA 3PV0E 4H1XA 2D5WA 3SDFA 3VDFA 3C36A 1NNTA 5H8HA 1B3LA 4EQ9A 4R6YA 2XXHA 3H06B 4UA8A 2I6EA 1B3HA 4LP2B 1B0LA 4JWYA 2XXXA 3FIRA 2XD3A 4ZEIA 4F19A 3S9EA 3N6UA 3O6HA 5KDTA 1R9LA 2ZNTA 3O6GA 3RY3A 2I3WA 2RC8A 2RC7A 1H45A 2OCUA 3O29A 2XXUA 4R2FA 3S9MC 4IY5A 3B7DA 4ZEBA 4EF2A 3TTRA 4YAHX 4OFJA 2Y7IA 3IJXB 4GFRA 3EQ1A 4LUBA 3PPOA 1QUKA 3CFZA 2PX1A 3ZKKA 1FTKA 2GHBA 2XXRA 2V3QA 3LSFB 1Q35A 1DTGA 4F3SA 2AYSA 5H8HB 2AIXA 2Q89A 1TXFA 3W15C 2VHAA 1YPNA 4XKPA 4I8CA 1NMUA 1VE4A 1LCFA 1Z7NE 1FQBA 4FATA 5KDTB 4KFQA 4GD5A 1LB9A 5CM6A 3OENA 3THIA 5I56A 4PE5B 1SDXA 2XXVA 2YJPA 1B5HA 1DPEA 1MG1A 3HHGA 4PP0A 2XXWA 1SI1A 3KGCA 3O2AA 4NF4A 5FHNA 3K6UA 4RPOA 4U4SA 2HAVA 5ICQA 4AB6A 1OLAA 2XXPA 3KOTA 3SESA 4IO4A 2F7BA 1DSNA 4IO7A 4GWOA 3Q27A 3KN8A 5CMMA 4H6DA 5HM4B 1ANFA 2DVZA 3O9PA 4WKMA 1PDAA 3G3KA 2FNCA 1IXCA 3V8XB 2RC9A 2O68A 1FQEA 1S7YA 3PUZE 3ECRA 5I56B 1NKXA 1Y9UA 1PEBA 4DXBA 1P1NA 4OZ9A 2CZLA 1JEUA 4IO2A 1JW5A 4NF4B 4FECA 3G3HA 4EUOA 1Y3NA 2PYYA 3E9XA 4DXCA 4FE8A 2IEEA 1B5IA 2O69A 3Q25A 4OEUA 1GV8A 5H8SA 2HAUA 1D9YA 3ILUB 3KFMA 2HZKA 3C32A 3TODA 3IB1A 1EZ9A 1OLCA 1TFAA 4GXAA 4Q0CA 1XHYA 4NTLA 5I57A 1LGBC 3OO6A 5J1DA 3MP1A 1DTZA 1MQIA 2NOOA 2Z8FA 1HSEA 3KBRA 3C9HA 1MY0A 1BLFA 1SYIA 1NNKA 2NUVA 3GZGA 3G3FA 5FTHA 1WVJA 3KZGA 3QIMA 3MZ9A 3PPRA 1NNFA 3HV1A 4OMBA 2REJA 3FATA 4DLDA 3TTNA 1USYE 1FTJA 3B6TA 4LONB 1B51A 2DE3A 1N76A 5DT6A 2O6AA 1FQFA 4RNSA 3U72A 4MBPA 4OYVA 2I3VA 5I57B 2DSFA 4FAJA 4ND9A 3M3KA 1MM6A 2H4IA 3FASA 3IOTA 1Q1KA 1XVYA 1B52A 2QL3A 1BIYA 1MQHA 3R7XA 3PGFA 3HSTA 4BDOA 2X7PA 3K6WA 1XT8A 4KCCA 1Y1MA 2NWJA 4MLQA 2NXOA 5CBSA 4E0WA 3O66A 4WEDA 2Y7WA 2REGA 1ZTYA 5FHOA 4G68C 2D21A 1JVYA 5AA2A 4LATA 2DE4A 3PMWA 5I2KA 2DQVA 3H3GA 4U1ZA 3LBSA 1MPBA 5KCJA 5I2NA 3IK6B 2P1SA 5L9OA 4KYSA 1MH3A 3H7MA 2M8CA 2IA4A 3KEIA 2I4CA 1B3GA 2HFBA 3O6IA 4LZ8A 4R6KA 4R74A 1A8FA 5JK4A 4RYAA 4LQ5A 4X9TA 3TPAA 1DOTA 4R2BA 3U92A 4BLAA 2H99A 3E4RA 5AA2B 3KG2A 3AXFA 5I2KB 3H4ZA 3BBRA 2UYFA 1R6ZA 4DDDA 3EPEA 5KCJB 2DWJA 2P2AA 4ZEKA 3T96B 1MM7A 3TTLA 3K01A 4OXVA 2DYXA 4DZ1A 3USDA 3SETA 5LOMA 2ZYNA 4NF5A 4DE8A 1CB6A 2ANJA 2FYIA 5ICTA 1MXVA 3T9HB 3RUMA 3TCHA 4BDLA 4ELPA 5EYFA 5CMCA 2E1SA 2ZYKA 1KWHA 2ZNUA 3O28A 4GRKA 3MBPA 3IOWA 4AB5A 4ONYA 3ZS6A 1Y4TA 4IB2A 1MH4A 4YB7A 1SW5A 3E13X 5BWJA 3RQTA 2QS1A 3GBBA 3DP4A 4NWCA 1P99A 4PFWA 2QS3A 1FCKA 4NF5B 1QULA 1MY3A 5ISUA 1JNFA 3UGWA 4YZZA 3CIJA 4R72A 1MS7A 1LAFE 4E0XA 3CFXA 2F78A 2DE2A 1Z7ME 3MC2A 2QJEA 1MQDA 4KPTA 1B40A 1JEVA 3OELA 1JVXA 5ITPA 4GVOA 1MXXA 3CG1A 1OQGA 1IITA 4ZE9A 2O1MA 1LFGA 4ZS9A 3OO8A 1Y3QA 5L8DA 4U2RA 5DYHA 1B2HA 4IO3A 3T9UA 1PB7A 3CSGA 3LSLA 3TMGA 1B7UA 4K3FA 4XKQA 5JTYA 1Y1ZA 3H6VA 3H03A 1QKAA 3PUYE 1QUJA 3TKDA 3DM0A 4C1TA 4L17A 1MXWA 2QRYA 1O63A 2I0BA 1UIUA 3EHSA 4M4GA 3BFUA 5EHMA 2F6PA 2YPNA 3T66A 1QW0A 5CBRA 5IKBA 4ISUA 1FTOA 4EDPA 2OLBA 3A09A 2OZZA 2R6GE 1O7TA 4JXIA 4QRZA 1SBPA 1I6AA 3FXUA 4N6PA 1B4ZA 1LB8A 3K4UA 3TCGA 3SEXA 2Y7PA 2Q2AA 5JTYB 1JETA 3LSXA 3EF7A 4P0GA 4QHQA 3U93A 4PFYA 2DXYA 2QS4A 1IIWA 3RNNA 4GOTA 4KR5A 3HCQA 5DEXA 2NVUB 2H98A 4OERA 3RTFB 3C34A 4XKNA 4MFIA 2OJTA 3F11A 1IQ7A 3KOSA 3OEMA 1OVTA 2PMSA 1A8EA 4HTGA 3K1NA 3QXMA 5A5XA 4OEVA 2XXQA 3P7IA 1LBBA 3SEWA 4PFTA 5IAIA 1IEJA 1Y20A 2QMWA 3MUQA 2F7AA 4YMBA 1SW1A 3MVXA 3K2DA 2I49A 4Z7EA 2G29A 2XXTA 5DEXB 4U22A 3GBAA 4F22A 1QVSA 3IB2A 1FTMA 4IGRA 1B1HA 1PB8A 4QSDA 1H43A 1A54A 1B7ZA 4HS7A 3S9LC 2XX7A 2CMOA 4JWOA 3FVOA 2YLNA 3RGYA 3S2VA 3IB0A 1B0HA 5CC2A 1NNPA 4F1YA 1RKMA 2F35A 4XTCQ 5A5XB 1M5BA 3QUJA 1TFDA 2DVCA 1M5EA 4GF8A 3U1OA 3FVNA 2O1LA 2F7CA 3VXBA 1JQFA 2GFEA 1FTLA 4YKKA 4ELOA 4P0IA 3IX1A 4F29A 3LC8A 1II5A 3H6TA 2ONSA 4LZ7A 3Q29A 3B6WA 1ZMGA 1JW4A 5CI5A 3IAZA 4ECFA 4JSDA 4HCYA 3BKIB 2DP8A 3V83A 5AA4A 1MPDA 3G3JA 1MDQA 4H5FA 1SQYA 2ZMBA 3OSRA 2QS2A 4G2ZA 4F18A 3EHTA 1T0KA 3H6UA 4Q8RA 5TPAA 4TLMB 1MY1A 2DWIA 3L6HA 4Z0IA 1FQAA 4GXSB 1WDNA 3B6QA 3MZBA 3IO6A 2P0SA 3WAFA 1Y4CA 2ALUA 3IOUA 2HZLA 2I48A 3FVKA 4NF6A 1MRPA 1P1WA 4JSOA 3UK4A 4KHZE 2Q88A 4RPNA 3MJNA 3PD9A 2VP1A 2PT1A 2VOZA 2B3BA 1FQDA 3ZKLA 5AA4B 1M5FA 4ZZEA 3FJ7A 1AOVA 3GXAA 2XXIA 5TPAB 1US5A 1NH8A 1FW0A 2I58A 3IOVA 1H76A 3O97A 3K1MA 3VLVA 1N0TA 1VR5A 2ZNSA 5ITOA 2OBGA 2Q2CA 3FGSA 4H65A 2V93A 1B3FA 1RYOA 3HN0A 3TEPA 2F34A 4QFLA 3PU5A 4YICA 4H8JA 2VGQA 1D4NA 4ZDMA 4NF6B 2PBWA 5F1QA 1XVXA 3C35A 1L5TA 4XIGQ 3M3LA 3UA8A 3W9VA 4R9FA 3OOAA 1OVBA 2ONKE 1HSJA 4U23A 4OVJA 4ZE8A 1P1OA 1N3XA 3IL1B 3LUYA 4RK2A 4H8IA 4GL0A 3PMXA 1MXYA 3OSQA 3MPKA 3PUXE 2OWTA 1B32A 1XS5A 1A99A 1GGGA 3LSWA 3UORA 2KLFA 4FORA 4H5GA 1AL3A 2H5YA 4KQPA 1JW1A 3BFTA 4QFOA 1VFDA 2UVIA 3IORA 1B5JA 1B46A 4X48A 3QUFA 5H8NA 4ZZAA 3FXQA 2F5XA 5H8QA 4QSCA 2HXWA 3MPLA 4NEDA 4KI0E 2W7YA 4Q5TA 1AMFA 3QYTA 3TAJA 3Q26A 4F3PA 3HPIA 4O3BA 2Z22A 5FHMA 1H44A 3FVGA 4HW8A 3CI8A 3L6GA 3ZSFA 5K2YA 1IXHA 2GHAA 3QAXA 2GRVA 1MXZA 1B1XA 3C31A 4H0WA 1NL5A 4POXA 2F6GA 4F31B 1YTVA 2BJJX 2F36A 2UVHA 2E0SA 2ZXTA 4DXUA 4YB5A 4FEBA 3CVGA 3OEKA 1WODA 1QKBA 1N04A 2PVUA 3MQ9A 3N26A 4IO6A 4XXUA 4TLLB 4EQ7A 5H8NB 4F3BA 4WXJA 5H8QB 2F97A 2UVJA 3TTMA 3PPPA 4OTEA 4OENA 3IR1A 5B70A 1CE2A 3PUVE 3ONMA 4FEDA 1H3DA 4EXLA 3TTKA 1N84A 1OQHA 1QJMA 5JEIA 3G3IA 3CFLA 4GIZA 4EXKA 2QPQA 1MPCA 5B7DA 3T9XB 3RLFE 4PFUA 3MVYA 5AA3A 3RTWB 1YAEA 2O7IA 4G68A 5BUUA 1A40A 1PB9A 2DXRA 4RY1A 2WKYA 3K6XA 2B65A 3OD7A 3SEVA 1ELJA 3N6TA 3VXCA 4FJPA 1VSOA 3VVFA 3OXNA 4NMYA 3PD8A 4JBZA 1UTBA 1ATGA 4GL8A 5F7VA 1SD3A 4QFKA 1MY4A 3N5LA 4EQBA 1TT1A 4DCYA 1RYXA 3GLBA 4BDNA 1D3KA 1PBPA 1NH7A 4XKRA 1MDP1 1SI0A 1M5DA 1D9VA 1EZOA 3KSXA 4F3GA 4G8MA 4F2QA 1I6BA 1QUIA 3EHUA 4QFNA 3HO7A 3M3FA 2FA7A 1A7LA 4U1OA 4ZECA 3CG3A 2H9BA 4IO5A 4ESXA 4OFOA 3DP8A 4BDMA 4G68B 3T22A 2R9JA 4I1DA 4P11A 3D4CA 2HQ0A 3G3GA 2DS9A 2OK2A 4THIA 4X1BA 3RT8A 4QFPA 1GTKA 3KN7A 1ZBMA 1LAHE 4F2OA 5AA2D 4PQJA 1UTBB 4ELQA 3TCFA 3UIFA 2QSXA 1LFHA 1B05A 1SW2A 4OFLA 1UTHA 3K1PA 3MW0A 2V84A 3FJGA 2Y7KA 4OETA 1LAXA 3IJOB 2DOJA 1N3WA 2XXYA 3MP8A 1B3EA 3TELA 4JB7A 2QMXA 5TU0A 1GR2A 4R9GA 1LAGE 1LSTA 4WEPA 5I84A 3VV5A 3V89B 3KSJA 1P1QA 2XD2A 4OHNA 3U8QA 2V3TA 4C0RA 1ZJLA 2AL4A 5AE4A 1URGA 3MWBA 2UYEA 4N07A 4TQUQ 4LA9A 1URDA 3ODBA 5EHSA 1IZ1A 3VLWA 2PT2A 1UTHB 3FXRA 1BKAA 1EU8A 4O3AA 2RCAA 2XX8A 2Z23A 1S9TA 2RCBA 3FV2A 2ESNA 4R75A 3SERA 1B58A 4G4PA 2ONRA 1POTA 2AL5A 3JZJA 3HHFA 3CR9A 1DPPA 3VFJA 4OQOA 3FV1A 1URSA 4RXLA 3R26A 3E3KA 1B4HA 2A5SA 4G8NA 3SEYA 4G8HA 4BDRA 3UP9A 3CRBA 3PUWE 1ZIUA 3MVWA 4F1UA 1O64A 5CMKA 1MQGA 5H8FA 3K0VA 2A5TA 2XHDA 4DCXA 5HBCA 5DVJA 4JDFA 1B9JA 4NF8A 2HEUA 1HSLA 3MAMA 4JWXA 3OO7A 5FTIA 3DELB 2DWHA 4ESWA 4U4XA 1ZLQA 3I5OA 3QSLA 2O84X 4KCDA 1ZKBA 3VVEA 3LR1A 3DP6A 4YKJA 5I59A 1IXGA 1YCJA 1OIBA 3K6VA 3H6WA 2G93A 3VVDA 1SW4A 4OWDA 2ZYOA 2RINA 3V5AA 3PPNA 4Q30B 3TQLA 4HCWA 4O3CA 4YKPA 3VE1B 1NFTA 3W9WA 5H8FB 3MVZA 1SYHA 3ILTB 2A5TB 1A55A 2V3UA 1UIVA 2ZYMA 2THIA 1EZPA 1BP5A 4NF8B 1N7XA 5DVIA 3FJMA 1S50A 2HCAA 1DMBA 1XOCA 3RPWA 1PC3A 5KZTA 3PPQA 2UXAA 4QSEA 2X7QA 2O51A 2V25A 1BTJA 1Y3PA 1LCTA 2X26A 3T93B 2DWAA 3TYHA 4MLVA 3C4MA 4F1VA 1XC1A 2GH9A 4I9DA 5I59B 2XX9A 3JV9A 3TDJA 1P1UA 3OO9A 2VD3A 4IGTA 2I4BA 5L9SA 3UN6A 1R9QA 5HPQA 2LAOA 4ZEFA 1EH3A 3N94A 4LVQA 4U21A 3KJTA 2RF1A 4H67A 5DVFA 5TP9A 1UQWA 3MZ1A 4X1DA 1ZU0A 1AIVA 4QF9A 2F8DA 3KN3A 4DIGA 3T9VA 1F9BA 3VLUA 5K2XA 1GVCA 3RN8A 4LQ2A 4C1UA 4KD5A 3MP6A 3R6UA 2OWSA 3A3CA 4R73A 1TWYA 1USYH 2ABHA 2O7UA 3SKPA 3M8UA 4MH5A 4RA1A 1FQCA 5DTBA 4UACA 5I2NB 3I6VA 4EF1A 2RKMA 4NE4A 2H25A 4I62A 4KYDA 1LFIA 2Y84A 3A3UA 4ZEDA 3IO4A 5I58A 3S9NC 1B7HA 2Z8EA 4BDQA 5TP9B 4KYEA 3SEUA 1I69A 1OMPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BS9A 1IBKE 1IXIA 4PTKA 2MKNA 3F6GA 2XWIA 3TQWA 1US4A 2VRDA 2UVGA 4RJZA 1B6HA 5CRYA 1IUDA 2VD2A 4RK9A 4NWDA 1LBCA 3TFLA 4N13A 5AE2A 2EM4A 3FUZA 4TUGA 1I94E 1LLSA 4GLIA 1YSAC 5IZZA 1AAYA 4DR4E 2RSIA 5L9MA 3OMBA 4OESA 4F39A 4DV4E 1I6QA 5AA1A 4H45A 4MF3A 4LFBE 4PAIA 4KXPA 1NUZA 1VFEA 3TUSA 2R71A 1NV0A 3EN3A 1PBQA 2LCEA 3K00A 3K02A 1L4SA 4O7IA 4POWA 2JXPA 2DMIA 2GPIA 1MY2A 3G7WA 1FJ9A 2FGGA 3PMVA 2JY9A 1ZU1A 3WAEA 5I58B 2ENCA 2EMBA 2Z8DA 4PFIA 1POY1 4YHHE 2LUPB 4GQOA 4YU0A 4GWWA 2EQ0A 4M1VA 4PDHA 1NI9A 2RSMA 2EMKA 4GBWA 3RT6B 4X8WA 2EPOA 3C33A 3QK6A 1N7WA 1XNQE 2EMAA 2F3BA 2EPXA 4OVQA 3U94A 1DCUA 4JYAE 3KJ7A 5A6AA 1AH5A 1X6EA 4YMAA 2Q9TA 1JP4A 4LZ5A 1X6FA 4TOZA 1MQJA 3CSBA 1MXUA 5M2VA 3I3VA 4R6HA 5ELVA 3D4GA 4FIMA 1J1NA 5J16A 5CMBA 2V83A 3FD3A 3FZVA 4PETA 1R1NA 3JTZA 2YTPA 4IY6A 5I3SA 1X49A 4ELRA 2D3IA 1SVXB 3JYRA 3Q28A 3S4UA 4JVIA 4AQ4A 2I0CA 2B3FA 4YB6A 1M5CA 4YKIA 2Q8JA 4G77A 2EOFA 3TZAA 2Y7RA 3LV0A 3DLNA 3HXLA 3PV0E 4H1XA 2D5WA 3SDFA 3VDFA 3C36A 4LTYA 1NNTA 4OOGC 5A6BA 1EH6A 5H8HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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