1PDA | Genus

Total Genus 102

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	102
sequence length	305
structure length	296
Chain Sequence	DNVLRIATRQSPLALWQAHYVKDKLMASHPGLVVELVPMVTRGDVIGKGLFVKELEVALLENRADIAVHSMKDVPVEFPQGLGLVTICEREDPRDAFVSNNYDSLDALPAGSIVGTSSLRRQCQLAERRPDLIIRSLRGNVGTRLSKLDNGEYDAIILAVAGLKRLGLESRIRAALPPEISLPAVGQGAVGIECRLDDSRTRELLAALNHHETALRVTAERAMNTRLEGACQVPIGSYAELIDGEIWLRGLVGAPDGSQIIRGERRGAPQDAEQMGISLAEELLNNGAREILAEVY

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__767493259003669__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__767493259003669__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1PDA/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__767493259003669__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"767493259003669","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1PDA/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__767493259003669__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfbc9a8a9fe6971e1f45c07/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfbc9a8a9fe6971e1f45c07/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfbc9a8a9fe6971e1f45c07/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfbc9a8a9fe6971e1f45c07/pdb.gz): 653 ms

reading 296 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

296 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:295});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
publication title	Structure of porphobilinogen deaminase reveals a flexible multidomain polymerase with a single catalytic site. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PORPHOBILINOGEN DEAMINASE
total genus	102
structure length	296
sequence length	305
ec nomenclature	ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date	1992-11-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01379	Porphobil_deam	Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A	PF03900	Porphobil_deamC	Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.160.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Double Stranded RNA Binding Domain	Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain	1pdaA03
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	1pdaA01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	1pdaA02

1SI1A 1ZJLA 1UTHB 1OLAA 3SEVA 4GVOA 4OWDA 1B3EA 1N76A 4H8IA 3H03A 2W7YA 4H65A 4OEUA 3EF7A 4G68B 3FXQA 3CSBA 1S9TA 4LONB 4U1ZA 5I2KB 2Z8FA 1P1OA 1JEUA 5K2YA 3RNNA 4ZEDA 2XD3A 3V5AA 1N04A 5AA2D 2VOZA 3IOWA 5I59A 2UXAA 4N6PA 4LQ2A 4QHQA 4F1UA 2OJTA 2XXXA 3HO7A 1FQDA 1LB9A 2H9BA 3U94A 1LCTA 1UQWA 3UA8A 1XVXA 2FNCA 3HSTA 3N6UA 1N0TA 2KLFA 2O84X 1JVXA 2QS2A 4M4GA 4G2ZA 3ECRA 1AH5A 2XXPA 3CVGA 3KJTA 4IO4A 1B58A 4F3GA 1Y1MA 3KEIA 1IZ1A 3TTRA 4GD5A 4I9DA 2PX1A 3EHSA 4XKNA 1MQDA 1B9JA 3OSQA 1SW5A 5BUUA 2ZYNA 3T9XB 4LZ7A 3PUZE 1OIBA 4Z0IA 4RJZA 4ZZAA 1ZLQA 5AA4A 1OLCA 1VFEA 2Q88A 4HTGA 2H25A 2QS1A 1VSOA 4PP0A 2DXRA 1OMPA 2XXUA 4ZEKA 3ONMA 3SDFA 1HSJA 3PPOA 1NNKA 1O63A 4NEDA 3DP6A 5L9MA 4EQ9A 4YAHX 3R7XA 1B4ZA 1BLFA 1MG1A 3O29A 4F31B 3G3KA 2DP8A 1H76A 2Z23A 3KN3A 4X1BA 1B51A 1B5HA 1B0HA 1MY4A 3PPPA 4H8JA 1S7YA 4EQ7A 3IJXB 3ILTB 2YPNA 5TP9B 3CFXA 1LB8A 1PB9A 4KI0E 4MBPA 3U1OA 4E0WA 5CM6A 3E4RA 4R74A 4FIMA 3AXFA 4GL0A 5ITOA 4IO5A 4ND9A 4THIA 3L6HA 2Z8DA 2A5TA 3MVWA 3RT6B 3FD3A 5H8HA 2ONSA 1BKAA 2H4IA 2GFEA 4GIZA 4NMYA 1MXUA 5BWJA 1LFIA 2ALUA 3TCFA 1II5A 1FQEA 2F34A 4PFUA 4DXBA 3O28A 3H4ZA 4C0RA 3F11A 3SKPA 2V84A 2QJEA 4U4XA 3QK6A 3QYTA 3H3GA 3M3FA 4FE8A 3IOTA 5KDTB 1MY2A 3K1NA 1QKAA 2DYXA 4RA1A 3EQ1A 2R71A 1LSTA 1JW5A 1PC3A 3Q27A 1JQFA 1WVJA 3IOVA 2DWHA 3DLNA 4KR5A 3U72A 4GFRA 5DTBA 3LSWA 5F7VA 4PE5B 3FJMA 1BP5A 1Y1ZA 3UIFA 4OZ9A 3TTLA 2I6EA 1N7WA 3PPQA 3HCQA 2AL4A 2CZLA 2Z22A 1FTMA 2OK2A 4G8NA 5A5XA 2VGQA 1XVYA 4Q5TA 3BFTA 2YLNA 2FA7A 2PMSA 2G93A 4FAJA 3VVEA 3CFLA 3RY3A 4WEPA 3HN0A 3MJNA 1MM6A 3TAJA 1ANFA 5I84A 3THIA 4WKMA 4F39A 1Z7ME 5IAIA 1H3DA 4HS7A 1JEVA 4R6KA 1OVTA 3MPLA 1ZTYA 4U2RA 4ZEBA 4UACA 4LQ5A 4MLQA 1DPEA 4OFJA 1MXVA 2XHDA 1T0KA 1PDAA 3A09A 4OERA 1YTVA 3TDJA 2HCAA 3G3FA 3N26A 2F36A 4FATA 5JTYA 2RC7A 4BDMA 1LBCA 3RPWA 5B7DA 1R1NA 2G29A 1Y3QA 4ONYA 3S9NC 4JDFA 3PMVA 3QUFA 2I48A 4U4SA 4F3SA 3JYRA 1NH7A 4F2OA 3GXAA 5B70A 3B6TA 4LATA 1B5IA 5L9OA 4R2FA 2NWJA 3W9WA 3MZ1A 1NL5A 3RQTA 4MLVA 4P0IA 2X7PA 1TT1A 3E13X 3PMXA 3EHUA 1UTBB 1Q35A 5H8NB 2V93A 2RC8A 3KSJA 1XT8A 4H6DA 1IXGA 2XXTA 3Q25A 3RLFE 2DWJA 1MQIA 1Y20A 4NF6B 4OFOA 1FTKA 1PB7A 5I56A 3PUXE 4EUOA 1CB6A 4U1OA 4R9GA 2V25A 3TODA 5TPAA 3IL1B 2OLBA 1SDXA 1WDNA 1US5A 2XXVA 3TZAA 4YB6A 3CFZA 2O6AA 3TCGA 2DVCA 4QSEA 4DDDA 1DPPA 3MP1A 1FTLA 3UORA 1YAEA 3OO8A 1QVSA 4EF2A 5I57A 3H6VA 3SERA 5DEXA 5I2NB 3KG2A 1A54A 3PV0E 3KBRA 4ESWA 4IO2A 1AOVA 4I62A 3R26A 2H99A 2UYFA 4DCYA 1B3LA 2PVUA 1LAFE 5FTHA 3W15C 1D9YA 3TMGA 1EZPA 4RPOA 1LAXA 4YU0A 4PFYA 2ONKE 1N84A 2ONRA 5IKBA 1I6AA 3T22A 4O3AA 1PB8A 4H0WA 4LZ5A 4KQPA 4EXKA 4MF3A 3VXCA 2OWSA 1DTZA 1SBPA 3CRBA 1SI0A 2QRYA 2ZXTA 1R9LA 5HM4B 2UYEA 1URGA 4XKRA 2NXOA 3C31A 1MQHA 4GXSB 4OMBA 1ATGA 2DQVA 2LAOA 3VLVA 3PUVE 3S4UA 4EDPA 2PYYA 4FEBA 2DE3A 5ITPA 1M5EA 1XS5A 4EQBA 2OZZA 1A40A 1Y3PA 4L17A 2HQ0A 4QF9A 2Y7KA 2F35A 4JWOA 2B65A 2NVUB 1IEJA 1FQBA 3IO4A 4H5FA 1BTJA 2UVJA 2PBWA 3PGFA 2P1SA 1B46A 1NNFA 1GTKA 2NUVA 3M8UA 1NMUA 3O9PA 1UIUA 2I0BA 1MH4A 3LSXA 3C34A 3SEWA 1JW4A 1QW0A 4H1XA 1USYE 2XXYA 4Q30B 3FUZA 3FASA 1MH3A 1OQGA 3C32A 1A55A 2XXIA 1POTA 2QPQA 3EN3A 3SESA 3RUMA 4BDLA 5CRYA 3E3KA 3K6UA 4YB7A 2V3TA 3IX1A 3OEKA 1Y4CA 1LAHE 4YKPA 4KHZE 5KCJA 1AMFA 1R9QA 2Q2CA 1MXXA 1USYH 1P1NA 3KJ7A 4ESXA 3S9EA 3PPRA 4RK9A 3TTKA 1I6QA 4K3FA 3T9HB 3A3UA 3ODBA 4TQUQ 1HSLA 2H5YA 2QS3A 3QXMA 3N94A 3FVGA 3OMBA 2R6GE 4NF5B 3TELA 3HPIA 3TTNA 5H8SA 5I2NA 1SW1A 5DVFA 4BLAA 1OQHA 3SETA 1ZIUA 1D4NA 3CI8A 3G3JA 3T96B 4PQJA 2RINA 1N3XA 1S50A 4HCWA 3FZVA 3MP6A 1MRPA 4TOZA 1JVYA 2F7AA 4HW8A 4YB5A 1OVBA 5FTIA 2Q89A 4TLMB 4NF8A 4IO6A 4G77A 1MPBA 3G7WA 1LCFA 5TU0A 5DVJA 1LBBA 3ZSFA 3OSRA 3K2DA 1AIVA 3DM0A 2M8CA 1UTHA 3C33A 2I3WA 2Y7RA 2DS9A 4OHNA 4ZE9A 1MY0A 1SYIA 1LLSA 3FIRA 3VXBA 4DIGA 4RNSA 1EH3A 3IORA 3FXRA 1D9VA 3K02A 4G68A 2I58A 3O6IA 4X1DA 5I2KA 5CMKA 3KN8A 5ELVA 2Z8EA 4KD5A 5FHOA 1CE2A 2HAVA 4O3BA 2H98A 4GXAA 2GRVA 3MWBA 2QS4A 2HZKA 1B7ZA 1A99A 4LUBA 4ZEFA 2RCBA 3WAEA 1B0LA 4R6HA 3H6TA 1GGGA 2O68A 5JEIA 3M3LA 3G3GA 3RT8A 1B7HA 2PT1A 5DT6A 1IUDA 3EHTA 1DTGA 2XX9A 3IOUA 2UVIA 4IY5A 1PEBA 1SD3A 5AA2B 3CG3A 4JSOA 1P99A 3MVZA 5EYFA 1B52A 3LUYA 4ELRA 5I58B 5K2XA 1MS7A 3MVYA 3I6VA 3UN6A 3V8XB 4LP2B 3OXNA 4DLDA 4RYAA 1FTOA 1JW1A 3KN7A 3PUYE 3PD9A 4OXVA 3TUSA 3BBRA 4F1VA 1B7UA 3FVOA 2ZYMA 1H43A 2ABHA 1M5BA 3O66A 5AA1A 4H67A 1URSA 1Z7NE 3IB2A 3U93A 1B1HA 3P7IA 3IO6A 1ZU0A 4NWCA 3FATA 2OBGA 4F19A 1EZOA 1MDP1 4NF4B 2YJPA 1MQJA 3RTFB 4GF8A 4AB6A 2AIXA 4FECA 4NF5A 4DCXA 5AE4A 3DP8A 2F78A 2REJA 2DOJA 4C1UA 5H8QB 1M5CA 4ZEIA 3O6HA 5TP9A 4QFKA 3OENA 3GZGA 3OO7A 3IB1A 1Y3NA 2WKYA 4YKKA 2D5WA 4R6YA 2X7QA 3KZGA 1MPDA 2HZLA 1PBPA 3MC2A 3SEYA 1B3HA 2ZYKA 4OYVA 3I3VA 4BDRA 3TEPA 2X26A 1IQ7A 3VDFA 1KWHA 1NNPA 2F8DA 3BKIB 2HFBA 4F29A 1VR5A 3CG1A 4N13A 1YPNA 1VFDA 5H8FB 4FORA 5AA3A 3VVDA 1QUJA 2P0SA 3K1PA 3TTMA 4OTEA 1B3GA 1P1QA 2RC9A 3G3HA 3UGWA 3ZS6A 4P11A 1QUKA 3FJ7A 4F18A 3Q28A 3H06B 4R9FA 2Y7IA 3MUQA 3M3KA 2B3FA 4YKIA 5KZTA 4XIGQ 4GQOA 3PUWE 4GL8A 5AA4B 5KDTA 2F7CA 3VE1B 3CIJA 1HSEA 2O1LA 1F9BA 4LZ8A 3KFMA 2ZNUA 3KGCA 3R6UA 4E0XA 4G8HA 5M2VA 1IIWA 1BIYA 1MY3A 1GR2A 4BDNA 4X9TA 5CMMA 1MY1A 2AYSA 3RGYA 4BDOA 3IR1A 1FTJA 3USDA 4X48A 3K0VA 4PETA 4YKJA 1UIVA 1AL3A 1B05A 4WXJA 4N07A 1NKXA 3FJGA 4FJPA 4KYSA 5I58A 4PFTA 3SEUA 3MBPA 2Q2AA 1M5DA 2ZYOA 2Q9TA 4NE4A 3N5LA 3Q26A 2RCAA 3UP9A 3PU5A 5LOMA 3A3CA 1LGBC 4PFWA 3TCHA 2Y7PA 3FV1A 2A5TB 3GBAA 5EHMA 5CMBA 3IB0A 1Q1KA 5H8HB 2BJJX 2IA4A 1NFTA 1JNFA 4IGRA 1LFHA 2RF1A 3KSXA 4IGTA 4NF4A 2E1SA 3L6GA 4HCYA 4Q8RA 2QSXA 3U92A 5DYHA 5L8DA 3QAXA 1IXHA 1TFDA 3OD7A 3LR1A 3FV2A 1MXWA 1A8FA 3N6TA 4ZS9A 4XXUA 4R73A 5H8QA 4NWDA 3IJOB 4I1DA 4ELPA 2DE4A 3ZKLA 2GH9A 2XX7A 4ECFA 1MXYA 4POXA 1WODA 3K01A 2I4CA 4OFLA 1IITA 1O7TA 4IO3A 3O97A 4XKPA 4YZZA 4POWA 4LA9A 3B6QA 3B7DA 1XHYA 5CBSA 1UTBA 1RYOA 2VD3A 5H8NA 5L9SA 3ZKKA 3SEXA 4IY6A 4ELQA 5CMCA 3GBBA 1SVXB 3DP4A 2I3VA 4F2QA 5H8FA 1POY1 5A5XB 3JZJA 1NH8A 3K6XA 3MW0A 4NF6A 2DE2A 3D4GA 1FW0A 3V83A 1L5TA 1Y9UA 3MZBA 3LSFB 5JK4A 5J1DA 3E9XA 2F5XA 2HXWA 1XOCA 2GHBA 4KCDA 3TQLA 2RKMA 3OELA 3GLBA 1FQCA 3V89B 4LVQA 3PMWA 1N3WA 3BFUA 3MP8A 2DWAA 2F6GA 3K00A 2Y7WA 3CR9A 4BDQA 3TKDA 4DXUA 5CBRA 4GRKA 3VLUA 3TFLA 2OWTA 1J1NA 5JTYB 1IXCA 2P2AA 4WEDA 1M5FA 4KYEA 2Q8JA 1US4A 1SYHA 4ZZEA 5EHSA 1QUIA 1B2HA 4KPTA 3MZ9A 2XXHA 1LFGA 4G8MA 4OEVA 1YCJA 3Q29A 3LBSA 3T9UA 4GWOA 2VP1A 3IK6B 3ILUB 3QSLA 4F1YA 4QFOA 3HV1A 2O7IA 3UK4A 1GV8A 1SW2A 3T66A 2ESNA 3T93B 3O2AA 2DVZA 4XKQA 2OCUA 4QSCA 1VE4A 3H7MA 3K6VA 4ZE8A 2O69A 3FXUA 4DZ1A 4R2BA 4OETA 3OO9A 4AQ4A 4OENA 4AB5A 2ZNTA 4ISUA 5I56B 3VLWA 1B32A 3FGSA 1A8EA 3K1MA 3KOSA 4QFNA 1TFAA 5TPAB 2F7BA 1A7LA 1O64A 3G3IA 1LAGE 1DMBA 2HAUA 1B1XA 3TQWA 2XXRA 4JBZA 1FQAA 3LC8A 4KCCA 2V3UA 2I49A 1NNTA 1I6BA 2I4BA 1XC1A 2ANJA 2REGA 2AL5A 5ICTA 5I57B 3K4UA 1GVCA 4RY1A 3O6GA 5DEXB 4YMBA 2I0CA 4P0GA 3VVFA 1B3FA 2XXWA 4F3PA 1P1WA 1B5JA 1EZ9A 4RPNA 4H5GA 4IO7A 4EXLA 4KFQA 2THIA 1H44A 2V3QA 2O51A 3PPNA 2Y84A 3TYHA 1H45A 1D3KA 5HBCA 4G4PA 2ZNSA 1QJMA 3EPEA 5FHMA 3C36A 2XX8A 3CSGA 3OEMA 4RXLA 2F6PA 4O3CA 2XD2A 4OQOA 2HEUA 4OVJA 4QRZA 2DSFA 1TWYA 4F3BA 3VV5A 4R75A 1IXIA 1TXFA 3MQ9A 4F22A 3QIMA 3TPAA 4MFIA 2ZMBA 4Z7EA 3H6WA 1ELJA 3RTWB 4ZECA 1N7XA 1P1UA 4ELOA 2DWIA 4ZDMA 1URDA 3C9HA 4Q0CA 2FYIA 3C35A 4NTLA 5I59B 3K6WA 1EU8A 4QFLA 4JB7A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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