1PDAA

Structure of porphobilinogen deaminase reveals a flexible multidomain polymerase with a single catalytic site
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
305
structure length
296
Chain Sequence
DNVLRIATRQSPLALWQAHYVKDKLMASHPGLVVELVPMVTRGDVIGKGLFVKELEVALLENRADIAVHSMKDVPVEFPQGLGLVTICEREDPRDAFVSNNYDSLDALPAGSIVGTSSLRRQCQLAERRPDLIIRSLRGNVGTRLSKLDNGEYDAIILAVAGLKRLGLESRIRAALPPEISLPAVGQGAVGIECRLDDSRTRELLAALNHHETALRVTAERAMNTRLEGACQVPIGSYAELIDGEIWLRGLVGAPDGSQIIRGERRGAPQDAEQMGISLAEELLNNGAREILAEVY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of porphobilinogen deaminase reveals a flexible multidomain polymerase with a single catalytic site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PORPHOBILINOGEN DEAMINASE
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 102
structure length 296
sequence length 305
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 1992-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 1pdaA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pdaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1pdaA02
3MP6A 4F18A 3WAFA 4GWOA 2RC8A 1SI1A 5H8QB 3TZAA 2I4BA 2DOJA 3MVXA 4JWXA 4LUBA 4OEVA 3MC2A 3DP4A 3V89B 5H8SA 3TTRA 4FECA 1MQHA 4YKPA 3U8QA 1MPCA 3MAMA 2OLBA 3V83A 4NWDA 2DWHA 2Q8JA 3DLNA 3G3IA 3M3KA 4GF8A 4H0WA 5HPQA 1CE2A 1VSOA 3B6QA 4MLVA 3PPPA 5BUUA 3MP8A 4U22A 1N84A 4ESWA 3FASA 3S2VA 1DSNA 5F1QA 1DPPA 1B3HA 2P1SA 4QF9A 4P0IA 5CC2A 1ANFA 4R6KA 4R9FA 4R6HA 2O7IA 3TCGA 1H45A 3LC8A 2RINA 1IXHA 4F3PA 3WAEA 3QUFA 1B0LA 4P11A 3VVFA 1IXIA 1DPEA 3EF7A 2DVCA 4YKKA 1DOTA 3ZKLA 4LA9A 5I56B 4NF6B 1URDA 3OD7A 1JEVA 3T96B 4F3GA 3MZ1A 4H8JA 3KBRA 3O2AA 4GQOA 3O6HA 5H8QA 4ZS9A 2OJTA 4G8MA 4KFQA 1USYE 3EHSA 2XXRA 3K02A 5IAIA 1BIYA 1R9LA 4OETA 4NF4B 2Q2AA 1I6AA 4G77A 3CVGA 4JBZA 3A3UA 1T0KA 1XC1A 5K2YA 1IXGA 4FEDA 4I9DA 1JNFA 4IY6A 3C36A 2DE4A 3G3KA 1PDAA 3RQTA 4JXIA 5AA4A 4F3SA 1WVJA 4G68C 5I2NB 1LFHA 2FNCA 3MUQA 4ZDMA 1ZLQA 3QK6A 1OQHA 2H99A 3RN8A 5J1DA 2ZXTA 5ELVA 2Z8EA 4OMBA 4HCYA 5EYFA 5ICQA 4R9GA 2YLNA 5DVIA 2F8DA 1N3WA 4POXA 2BJJX 4G2ZA 2O1MA 4QSCA 5I56A 4NF6A 1BKAA 3E3KA 5EHMA 4YMBA 1B5JA 4RXLA 1XVXA 2PMSA 2O68A 2F5XA 1QUIA 4R2BA 3Q25A 4BDQA 2DXYA 2AL4A 1LBBA 4NF8B 1WDNA 1OLCA 1LB8A 3RTFB 3ONMA 1B2HA 2NUVA 1QKAA 1P1OA 2XXHA 1B32A 2HXWA 3VLUA 3H6VA 4NF4A 4X1BA 4DLDA 1IZ1A 2V93A 1P99A 3TTLA 1LFGA 3K0VA 5DEXB 3EHTA 1GR2A 3PUYE 3MWBA 5I2NA 4QHQA 4NF5B 1M5BA 3LSLA 4IO2A 3KEIA 1R6ZA 4ZZEA 1VFDA 3D4GA 1MXWA 1MXVA 3IB2A 1ZKBA 3IL1B 4IO7A 4TLMB 4EF2A 4DXCA 2Y7PA 2FA7A 1LB9A 2REGA 2DYXA 4NWCA 2QSXA 2XXIA 1FTJA 2DWJA 1MPBA 1YTVA 3RTWB 1MY0A 4EF1A 2IEEA 4KCDA 2A5SA 2ZNTA 3PUXE 1HSEA 2E0SA 3O9PA 4GD5A 3FVOA 5KDTB 3L6HA 3OENA 4NF8A 4YZZA 2DS9A 2DSFA 4JSDA 3KN3A 1AOVA 3R7XA 4IO6A 3LSWA 4RPOA 2THIA 2CZLA 1B7ZA 3H06B 4XXUA 3OELA 3GXAA 4RA1A 1VE4A 3OO6A 3MJNA 3H6TA 5CM6A 1B3LA 4HCWA 1QULA 1PB7A 5DEXA 1A40A 3ECRA 3TTMA 1SW2A 3CIJA 3K00A 3U92A 1FQDA 4NF5A 3VFJA 2VD3A 5JK4A 1NH7A 2PX1A 2AYSA 3FATA 2RC7A 4KCCA 5TU0A 1MH4A 3K1NA 2QRYA 1JW1A 1LAXA 4AB6A 3EPEA 1D3KA 1D4NA 4BDNA 2Y84A 3C4MA 3THIA 3UN6A 1B4HA 1POY1 3RUMA 5H8HB 1I6QA 5KDTA 4F3BA 4C0RA 1MXZA 3JV9A 4FIMA 2QS1A 1B58A 2YJPA 3T9VA 4ONYA 3E4RA 3EQ1A 1Q1KA 4ELPA 2B3BA 2HZKA 2I4CA 4ESXA 3HHGA 1D9VA 5KCJB 1EU8A 2HQ0A 1VFEA 3IORA 2I6EA 3IOVA 4LP2B 3O29A 4Q5TA 3SEVA 5DYHA 4POWA 3V8XB 3Q27A 1MY1A 1GGGA 1Y3QA 4BDOA 3IOTA 3B7DA 1MY4A 1B3EA 1NNTA 3RT8A 4R2FA 1EZPA 1R9QA 4ZEDA 1S7YA 3U1OA 2XXWA 2XXUA 3SKPA 3LSXA 3K1PA 4N07A 4EQBA 3Q28A 3MPKA 2ABHA 2R9JA 4RK2A 1Z7NE 4YU0A 2GH9A 3SESA 3TKDA 3OSRA 4MFIA 4ZECA 1QJMA 3KJTA 1ATGA 4F2QA 1B5IA 2I3VA 3UORA 4HS7A 5CRYA 1B3FA 4DXBA 3G7WA 4GRKA 4RNSA 1II5A 1US5A 2ZYMA 2DWIA 3CFZA 1GV8A 4KD5A 1M5DA 3FJMA 1B3GA 4ISUA 5H8HA 2H4IA 5FHMA 4KI0E 3FV2A 3FJ7A 4YICA 4OVJA 4FJPA 3HHFA 2V3TA 2R6GE 3A09A 4U1ZA 3CSGA 5ICTA 5KCJA 2NWJA 3IO4A 1IITA 3LBSA 1IQ7A 2HZLA 1P1WA 2UYEA 1OLAA 1DTGA 1XHYA 3TTKA 4AQ4A 1Y9UA 3W9WA 5CBRA 5TPAB 4ELOA 1B05A 3G3GA 3PGFA 4G8HA 3O28A 3Q26A 3TTNA 2Z8FA 2HFBA 3OOAA 2AL5A 3QIMA 1B4ZA 4M4GA 4LZ8A 4H65A 3R26A 3MZBA 2XD2A 1NL5A 1N0TA 1ZU0A 2V25A 4PFUA 3PUZE 2HAVA 1DTZA 3K6XA 1IUDA 4G8NA 2RC9A 3FVKA 4IB2A 3I6VA 1H44A 1MM7A 3ZKKA 1FQAA 1POTA 1GTKA 2Q9TA 1Y4CA 1LLSA 2UXAA 3ILUB 1A55A 1DMBA 2V3QA 1FTMA 1B1HA 2KLFA 3PPOA 3FJGA 4F1YA 4OYVA 3RPWA 2F34A 4U4SA 1B7HA 1L5TA 5HM4B 4E0WA 1LAGE 2ZNUA 1YPNA 4O3AA 5I59B 1SYIA 3MBPA 3VVDA 3GBBA 1IIWA 2H98A 3VV5A 4IO4A 3FIRA 1QUJA 4QRZA 1I6BA 1Y20A 1B9JA 2VP1A 2ZYOA 3T9UA 1MXXA 4WKMA 3HO7A 5TPAA 4OQOA 5CMCA 2F7CA 4KYSA 2PYYA 1EZ9A 1BTJA 1SD3A 2GFEA 3O97A 4LZ7A 3MVZA 1YAEA 4ELRA 3OXNA 1UTBB 3PPRA 4Q30B 4F1UA 1B7UA 3SEYA 1LCTA 5ITOA 1FQFA 3S9MC 4X9TA 2X7QA 4IGTA 3KSJA 3O66A 2GHAA 1FQEA 3SEXA 3PMVA 1H76A 3FXRA 4PFWA 3GBAA 3U93A 2D21A 1MDQA 3H7MA 3H3GA 1EH3A 3TCFA 4H8IA 4P0GA 2QPQA 3VVEA 1JW5A 5I58B 1O64A 2O1LA 3C35A 4Z0IA 4GXAA 3BFTA 3C33A 1URSA 4U4XA 1J1NA 4FEBA 3VDFA 1P1QA 3K6UA 4EQ9A 4KYDA 3HN0A 4I1DA 3D4CA 3CI8A 1SYHA 1D9YA 3BKIB 5L9MA 1Q35A 4FAJA 1R1NA 4Q0CA 5I59A 1OVTA 3OO8A 4ZZAA 3RGYA 3IOUA 2F6GA 1B6HA 3TODA 4GVOA 4JSOA 4GL0A 4LONB 4QFNA 3UK4A 3TPAA 1LBCA 4LZ5A 2XXPA 3LUYA 3FV1A 5FHNA 2G93A 1AMFA 2PT1A 4PETA 2P0SA 2HEUA 1P1NA 3CG1A 2I0CA 3H6WA 1H43A 1UTBA 1BP5A 2DP8A 4KQPA 5DT6A 3TDJA 3CFLA 2Q2CA 3FZVA 2F7AA 4G4PA 3S4UA 2ESNA 2DXRA 3JYRA 4FORA 3ZS6A 1RKMA 4G68B 4WXJA 1PEBA 4M1VA 5DTBA 5I2KB 3L6GA 3GZGA 4EQ7A 4H1XA 2ZMBA 2UYFA 4DZ1A 1O63A 4MLQA 4QFOA 2DVZA 5BWJA 3E9XA 4Z7EA 5I58A 1N7XA 4KPTA 4ZE8A 4FE8A 3AXFA 3OEMA 5AA3A 3VXCA 4C1UA 3QAXA 2R71A 4NMYA 4QSEA 4OXVA 4F29A 2Z22A 2PT2A 3PPNA 4R72A 3PMWA 1JEUA 2NVUB 2ZNSA 3T22A 3RNNA 1XT8A 3U72A 2V3UA 3MPLA 5CMKA 4YKJA 3M3LA 1QW0A 1BLFA 2D5WA 2FYIA 1MQDA 2VOZA 2QS2A 3PD9A 2H5YA 4F1VA 1TT1A 3IJXB 2V84A 3OMBA 2XHDA 4GIZA 2OWTA 2OK2A 1WODA 5H8FB 3CRBA 1MXYA 3CFXA 1QVSA 4KR5A 4O3CA 4UA8A 4G68A 1SW1A 3C32A 4OEUA 4HTGA 4OFLA 2F78A 5I2KA 5LOMA 1O7TA 4R73A 1UIVA 1XOCA 4ECFA 3QXMA 5TP9B 1B51A 1UIUA 2F7BA 3UIFA 1SI0A 1MXUA 5H8NB 1NH8A 1XS5A 1JVXA 4DCXA 3OEKA 3FXUA 2O6AA 4N6PA 2LAOA 1MQIA 2YPNA 4YB6A 2RCAA 4OFJA 1NNPA 3G3FA 3E13X 3TELA 1SW5A 1LSTA 1Y3NA 1B46A 2PBWA 2O7UA 3LSFB 3ODBA 1TFAA 1JETA 2O84X 2XXYA 3PUVE 4R6YA 4F22A 3PMXA 5DVJA 3OO9A 1Y4TA 4GOTA 4JDFA 5ITPA 2P2AA 3CR9A 1ZTYA 3O6GA 4ZE9A 4GFRA 4OERA 2DE2A 5FTHA 1MPDA 1M5EA 4DCYA 2DE3A 4YMAA 2Y7WA 1SQYA 3ILTB 3MVYA 1B1XA 2XXVA 5H8FA 4H5FA 1OIBA 2XX8A 1AIVA 3N5LA 1EZOA 1LCFA 3FD3A 4E0XA 2VGQA 5HBCA 2DWAA 2UVIA 2I49A 4QFPA 1MDP1 3KFMA 5TP9A 3OO7A 5F7VA 5H8NA 4BDMA 3TYHA 3TQWA 3PV0E 1MS7A 3K6WA 2F36A 4F19A 5AA4B 2GRVA 1OMPA 3DP6A 2UVHA 1LGBC 4TOZA 2ONRA 4OHNA 1GVCA 4TQUQ 1SW4A 2OWSA 1TFDA 4Q8RA 1Z7ME 3S9EA 1JQFA 4LQ5A 3N94A 3USDA 3TQLA 1S9TA 1MRPA 4BLAA 2I0BA 3KN7A 1A7LA 1SBPA 3UP9A 5AA2D 4K3FA 4ZEKA 2Y7IA 2Q89A 5CI5A 3KGCA 2XXTA 3KSXA 4WEDA 5L9OA 1AH5A 1LAFE 4MBPA 2ZYKA 2XX9A 4MH5A 3P7IA 5JEIA 1B5HA 3H6UA 4YB7A 3ZSFA 1AL3A 3N6UA 2GHBA 5JTYB 3MW0A 2IA4A 3SEUA 3LR1A 4OZ9A 4OWDA 3Q29A 4PFYA 4DIGA 5B70A 3W9VA 4L17A 4KYEA 2AIXA 1UQWA 3KOTA 5M2VA 1USYH 1A8FA 3C31A 4IO3A 3HV1A 1MH3A 4NTLA 4NE4A 5IKBA 2ZYNA 3TAJA 2DQVA 3SETA 2HCAA 4HW8A 3FGSA 1MY3A 1N7WA 4KHZE 1ZJLA 2VD2A 5AA2B 2HAUA 4RPNA 3TMGA 1FTLA 2A5TB 2Q88A 3UA8A 5KZTA 1ZMGA 4UACA 1RYOA 2QMXA 1OQGA 2I48A 1FQBA 2B3FA 3B6WA 4R75A 1FCKA 3HSTA 2QJEA 1N3XA 4XKNA 3FUZA 4WEPA 1HSJA 5CMBA 1N76A 4N13A 4JWYA 4RK9A 3C34A 1S50A 1PB8A 3TEPA 3IB0A 3FXQA 4NEDA 5B7DA 3KZGA 2G29A 5AA1A 1FTOA 2REJA 2NOOA 3SEWA 3EHUA 5K2XA 3QUJA 3QSLA 4GLIA 5JTYA 3KN8A 4EXLA 2H25A 3IOWA 3K2DA 3S9NC 3QYTA 1MM6A 3FVGA 4EXKA 3O6IA 5I84A 3HCQA 5I57B 5ISUA 2Y7RA 1QUKA 3G3HA 1FTKA 1P1UA 2QS3A 5DVFA 3FVNA 4QSDA 1FW0A 3RT6B 1M5CA 3IB1A 2I58A 3R6UA 4BDLA 4DE8A 3F11A 4AB5A 1PBPA 4YKIA 1OVBA 3IK6B 1M5FA 1TWYA 2ALUA 1NMUA 2B65A 1US4A 3CG3A 4F39A 4IY5A 3MQ9A 1MQJA 1N04A 3T9XB 5FHOA 3HPIA 5AA2A 4MF3A 4XKQA 1I69A 3MZ9A 3EN3A 4EDPA 3TUSA 2A5TA 2UVGA 3PUWE 5L9SA 4H6DA 4U1OA 3PPQA 1B40A 4X48A 2M8CA 4LVQA 1ZIUA 5L8DA 1A8EA 4YAHX 3M3FA 2WKYA 2XXQA 3C9HA 4ELQA 1SVXB 4XIGQ 4XKRA 3U94A 2O69A 1JVYA 4TLLB 3VLVA 3I3VA 3MP1A 2F35A 1UTHB 4ND9A 1NNFA 3H03A 1MY2A 4H5GA 4H67A 4U2RA 5CBSA 4GXSB 3RY3A 2E1SA 1SDXA 3KOSA 2Z23A 3JZJA 5I57A 1CB6A 2RCBA 2XD3A 4ZEIA 3VLWA 4ZEFA 3N26A 4THIA 3TCHA 5A5XB 2RF1A 4PFTA 5EHSA 2ONKE 2PVUA 1B0HA 4IGRA 1PC3A 4OENA 3IX1A 1QKBA 3BBRA 4U23A 1LFIA 4YB5A 4LATA 3N6TA 3RLFE 1A99A 1Y1ZA 1KWHA 4PQJA 3S9LC 4OESA 1NFTA 3VE1B 4PE5B 3K4UA 2XXXA 4RY1A 3G3JA 3I5OA 3B6TA 2F97A 3KG2A 1YCJA 1Y1MA 3KJ7A 1B52A 1VR5A 2ONSA 3SERA 3IR1A 2NXOA 4FATA 4DXUA 1ELJA 2ANJA 3IO6A 2UVJA 4EUOA 4LQ2A 3DP8A 4C1TA 4F2OA 1MQGA 1NNKA 3GLBA 4GL8A 1ZBMA 1TXFA 1FQCA 4U21A 1PBQA 2QL3A 2RKMA 4X1DA 2XX7A 1PB9A 4XTCQ 5CMMA 1RYXA 1UTHA 2VHAA 2X26A 3H4ZA 3PU5A 1MG1A 3PD8A 3UGWA 1XVYA 3BFUA 2I3WA 3DM0A 4I62A 2W7YA 2Y7KA 3T93B 2Z8DA 3K6VA 3CSBA 3M8UA 2OBGA 2CMOA 3K01A 4XKPA 1A54A 4RYAA 2QS4A 4QFLA 4RJZA 5FTIA 3MVWA 4QFKA 1LAHE 4OFOA 3W15C 4R74A 3T9HB 5A5XA 4JWOA 2OZZA 2H9BA 3TFLA 1H3DA 4JB7A 4I8CA 3IJOB 4PP0A 3V5AA 3OSQA 2QMWA 1JW4A 4IO5A 2F6PA 2O51A 3A3CA 3SDFA 1Y3PA 2OCUA 3DELB 2X7PA 4DDDA 1IXCA 2D3IA 4O3BA 4OTEA 5AE4A 4F31B 3T66A 1IEJA 3IAZA 3VXBA 1F9BA 1HSLA 3K1MA 1URGA 4ZEBA 1NKXA 4BDRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZBTA 3MP6A 4F18A 2FIXA 3WAFA 2EOJA 4GWOA 2RC8A 5AE1A 1SI1A 5H8QB 3TZAA 4KWYA 2I4BA 2DOJA 3MVXA 3C6MA 4DV6E 1P47A 4JWXA 2MC5A 3SZPA 4LUBA 5LMNE 4OEVA 3MC2A 2B7TA 3DP4A 2LV2A 2LCEA 1IBLE 2Q8MA 1YZ9A 3V89B 4F9BB 1Q9DA 5H8SA 3TTRA 4FECA 1MQHA 2QFLA 1FBHA 4YKPA 3U8QA 3MHSC 1MPCA 4HE1A 3MAMA 1GQEA 2OLBA 3V83A 4NWDA 2DWHA 2Q8JA 3DLNA 3G3IA 3BIHA 3M3KA 4GF8A 2K7IA 2QVRA 4H0WA 5HPQA 3KWRA 1CE2A 4P78A 1VSOA 5FBPA 3B6QA 4MLVA 3PPPA 5BUUA 3MP8A 4U22A 2EM9A 1N84A 2LJHA 4ESWA 1NUWA 3FASA 1YFHA 3S2VA 2RSMA 1DSNA 5F1QA 1DPPA 1B3HA 2P1SA 4QF9A 4P0IA 1HNXE 5CC2A 1ANFA 4R6KA 2F8BA 4R9FA 4R6HA 2O7IA 3TCGA 1H45A 2CPNA 4P56A 3IWDA 3LC8A 2WZOA 2RINA 1IXHA 4N81A 4F3PA 3WAEA 3QUFA 1B0LA 4P11A 3VVFA 1IXIA 1DPEA 3EF7A 2EL6A 3BBGA 2DVCA 4YKKA 1DOTA 3ZKLA 4K0KE 4LA9A 5I56B 3EPHA 1URDA 4NF6B 3OD7A 2DLKA 1JEVA 3ADJA 3T96B 4F3GA 3MZ1A 4H8JA 3KBRA 3O2AA 4GQOA 2WBDA 2B7VA 1PJQA 3F6GA 2Q74A 3O6HA 5H8QA 2FGGA 2WBBA 4ZS9A 3MHHC 2OJTA 4G8MA 4KFQA 4AQYE 1USYE 3EHSA 1X3CA 2EPRA 4LFCE 2XXRA 2CT1A 3K02A 5IAIA 1BIYA 1R9LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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