1YPN | Genus

Total Genus 92

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	304
structure length	294
Chain Sequence	DNVLRIATRQSPLALWQAHYVKDKLMASHPGLVVELVPMVTRGDVGQGLFVKELEVALLENRADIAVHSMKDVPVEFPQGLGLVTICEREDPRDAFVSNNYDSLDALPAGSIVGTSSLRRQCQLAERRPDLIIRSLRGNVGTRLSKLDNGEYDAIILAVAGLKRLGLESRIRAALPPEISLPAVGQGAVGIECRLDDSRTRELLAALNHHETALRVTAERAMNTRLEGGCQVPIGSYAELIDGEIWLRALVGAPDGSQIIRGERRGAPQDAEQMGISLAEELLNNGAREILAEV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8163433299141__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8163433299141__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1YPN/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8163433299141__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8163433299141","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1YPN/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8163433299141__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfc811e8454d17f813fcc2b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfc811e8454d17f813fcc2b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfc811e8454d17f813fcc2b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfc811e8454d17f813fcc2b/pdb.gz): 2495 ms

reading 294 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

294 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:293});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
publication title	Time-Resolved Structures of Hydroxymethylbilane Synthase (Lys59Gln Mutant) as It Isloaded with Substrate in the Crystal Determined by Laue Diffraction doi rcsb
molecule keywords	HYDROXYMETHYLBILANE SYNTHASE
total genus	92
structure length	294
sequence length	304
ec nomenclature	ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date	1998-06-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01379	Porphobil_deam	Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A	PF03900	Porphobil_deamC	Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.160.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Double Stranded RNA Binding Domain	Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain	1ypnA03
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	1ypnA01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	1ypnA02

3FXRA 1GTKA 1DTGA 1NL5A 3OEKA 4GVOA 4ZEBA 5ITPA 5BUUA 1MQDA 1LCTA 3A3CA 3P7IA 5CMBA 3TTRA 5H8QA 2B3FA 3MVWA 4FIMA 4F1YA 3CRBA 3GXAA 3K2DA 1D9YA 3K1PA 2ZXTA 1S9TA 3DM0A 4XKNA 3MZ1A 2O69A 1IUDA 4EUOA 2OWTA 3IL1B 3MW0A 2Y7IA 2PBWA 3OOAA 4ZS9A 3O6IA 4MLVA 3TCFA 1Y3QA 2H5YA 3I5OA 5KCJA 3UK4A 4FAJA 1QJMA 4ZEKA 5IKBA 4ISUA 1TWYA 2NWJA 1DOTA 1NNKA 4QFOA 3SEYA 5JEIA 1HSEA 5HPQA 2YJPA 4DXBA 1LCFA 1P1UA 1QW0A 1MXYA 2CZLA 3EQ1A 4DCXA 1B4HA 3EN3A 3N5LA 4H1XA 3T9XB 3QXMA 1PBPA 3RLFE 1XT8A 4ELRA 5H8FA 3C32A 2DQVA 4IO6A 3CVGA 2X26A 1IZ1A 2PX1A 1B3HA 3QYTA 4TOZA 3A09A 2VOZA 3MBPA 2YLNA 3GBBA 4EQ7A 2REJA 1P1NA 1SI0A 3K1NA 1OVTA 3FVOA 4K3FA 4PFWA 1POTA 1UIVA 2FNCA 1LAGE 2R6GE 3MP6A 3M3KA 5J1DA 2DYXA 1N0TA 3KG2A 3SEWA 4KFQA 4G2ZA 3PPOA 3TQWA 1QKBA 4LQ2A 1N7XA 2H4IA 2I6EA 1FTKA 1LBBA 3T9UA 3OEMA 1VR5A 4KYDA 4I62A 1Y9UA 1JEUA 3E4RA 1LAFE 3FJGA 3VVDA 1I6BA 3GBAA 2XD3A 1LLSA 3LBSA 2X7PA 4FEDA 4BDLA 1OLCA 4ELPA 3ONMA 4F31B 1B05A 3VE1B 4JB7A 4E0WA 2OJTA 5AA3A 3K4UA 1LFHA 1ZBMA 1MY0A 4OMBA 1M5DA 3KOSA 4HW8A 5ICTA 4H8IA 4KD5A 1SD3A 2R71A 3SDFA 2XXUA 5DVIA 2DWIA 4KCDA 3Q28A 3VLVA 2D3IA 3B6TA 3IB1A 5IAIA 4QSCA 3C36A 4JBZA 2Q2AA 3BBRA 2DE4A 4BDOA 4C0RA 3MVYA 4G8NA 1FQDA 2HAVA 4M4GA 1P1QA 3RPWA 5AE4A 4I9DA 2PMSA 3R26A 1EZOA 3IJOB 4LZ8A 1FTJA 3H3GA 1US5A 5AA4B 4EXLA 5I58A 3ECRA 4R6KA 4NF6A 1S7YA 1PB7A 3HHGA 4KYSA 3L6GA 4P0GA 4YAHX 4GOTA 1NH7A 2RINA 3G3KA 3N94A 4IY6A 2Y7RA 3TTLA 3BFTA 3PMVA 2ONKE 3TTMA 3KSXA 4U21A 1N76A 2P1SA 2F78A 1MY3A 5I2KB 3DELB 4LA9A 1TXFA 3S9NC 2NXOA 3PGFA 1ZU0A 4XKPA 1AOVA 1B6HA 3RTFB 4F3PA 3QAXA 3DP6A 2LAOA 4R73A 5H8NA 4ESWA 4RA1A 1FCKA 4ESXA 1MQGA 1UQWA 2XX9A 3CFLA 3IR1A 3O6GA 4UACA 1B2HA 3U94A 1FQCA 4H8JA 1D4NA 3OXNA 4C1UA 4Q0CA 3RY3A 3KFMA 3C33A 4UA8A 4RPNA 2RF1A 2ZNSA 2H98A 2Z8DA 4AB6A 2ZYKA 2NOOA 2Q88A 3QK6A 2AYSA 4HCYA 4U1OA 1JNFA 3T66A 4F3BA 2DVCA 4EQ9A 1FQBA 3MJNA 4JSDA 2H25A 5FTHA 1LGBC 1FW0A 2B3BA 2HXWA 4Q8RA 1N3XA 2YPNA 1ZIUA 1XVYA 4FECA 3H6VA 2V3UA 3UP9A 1HSLA 5KDTA 2Q8JA 2PYYA 4OWDA 1AMFA 1IEJA 3C9HA 5EYFA 4GQOA 4KI0E 4FATA 3OENA 1NNTA 2F36A 1FTMA 1NKXA 2FYIA 4Z0IA 3FV2A 2A5SA 4X1DA 2H9BA 4KPTA 5JTYB 3LSWA 3CG1A 1B9JA 2ZYNA 1A99A 1EU8A 2QSXA 3OD7A 4LQ5A 4H6DA 1R9QA 2QS4A 4RK2A 1A55A 3U8QA 1SYHA 5L9MA 4F2QA 3E3KA 1GV8A 2O1MA 4P0IA 4H5GA 3O66A 4OFLA 2I58A 3IO6A 3OMBA 4NF5B 3THIA 5DEXB 4MFIA 3CG3A 3TTNA 1MPDA 4F2OA 4ZZAA 1ELJA 1QVSA 5ICQA 5I56B 4NF8A 4FE8A 1NNFA 1Y1ZA 4JXIA 4NF4B 4Q30B 5I59B 1B5JA 2UVHA 4G8HA 1M5CA 1PB8A 2IA4A 4X1BA 1B0LA 4OYVA 3S9LC 5CRYA 4YB6A 5I57B 4ZECA 3SKPA 4YKIA 1B1HA 1M5EA 3G3GA 4GD5A 4H5FA 2V93A 3O6HA 5AA2D 2XXYA 3O2AA 3C35A 4DE8A 2B65A 4ZE9A 3PU5A 3VV5A 3MP8A 5TU0A 2QS1A 2A5TB 1SW4A 4ND9A 5ITOA 4O3CA 2I4CA 3D4GA 2F97A 2X7QA 3MQ9A 2XXWA 5ELVA 1H45A 3SEXA 1D9VA 3A3UA 3HCQA 1US4A 1MXZA 3VFJA 3MC2A 4U23A 1F9BA 2Y7PA 4OERA 4OXVA 3SEUA 4ZZEA 4KCCA 4OESA 2VD2A 3VXBA 3FXQA 1AH5A 2F7AA 1JETA 3KBRA 2BJJX 1B32A 1JEVA 4RNSA 2I3WA 1UTBB 3HSTA 4P11A 1BKAA 4ZE8A 4YKKA 4JWYA 1IXIA 2Y7KA 3SESA 3FUZA 4ECFA 3S9MC 1B7HA 4JWOA 1OQGA 2ZNUA 3OO6A 5CC2A 4FEBA 1B0HA 3RTWB 2I48A 1ZJLA 4PFUA 3I3VA 4M1VA 2REGA 4MF3A 5FHOA 5I2NB 4R2BA 4WEDA 2FA7A 2W7YA 4RJZA 5AA2B 1RYOA 4GLIA 4POXA 4BDMA 4U4XA 4N6PA 4OVJA 2I0CA 2RCBA 3B7DA 4XKQA 2XXVA 4HCWA 3H7MA 3UN6A 1FTOA 1FQFA 4DXUA 3OSRA 3G3JA 3S9EA 3HPIA 4LZ5A 3TZAA 2NVUB 1PC3A 4LZ7A 3KOTA 1OMPA 5H8HB 1IQ7A 3FV1A 4GWOA 4OFOA 5DYHA 1B3LA 3U72A 1I69A 2XHDA 1USYH 1QUIA 5CI5A 3TCHA 1JVXA 1A40A 4QF9A 3G3HA 3H06B 2ZYMA 3TDJA 5CBSA 3EHTA 4G68B 3K6VA 1XVXA 4KHZE 4Q5TA 2RC7A 1MG1A 3O28A 3E9XA 1SW5A 3V8XB 2DE2A 4EF1A 3QIMA 2P0SA 4ELOA 3IJXB 3TKDA 1Y1MA 1SI1A 1XHYA 2XXIA 1DMBA 2F8DA 4LONB 5LOMA 1M5FA 1XC1A 2AL5A 4DZ1A 3CSBA 2UVIA 1SVXB 3VVEA 2XXQA 3M3FA 4F3GA 2OCUA 5A5XB 1IXGA 1BP5A 2IEEA 4ZEIA 3MAMA 3FJMA 2HCAA 5B7DA 2PT2A 1VSOA 2ESNA 4G4PA 5TPAB 4XIGQ 2THIA 4HTGA 4TQUQ 1T0KA 5L9SA 1UTHA 4N13A 4MLQA 3TTKA 3G7WA 3MUQA 2D5WA 1FTLA 3PUZE 2QS2A 5TP9A 3LSLA 3TCGA 3IOWA 3ZKLA 1YTVA 1NNPA 1JW4A 4EF2A 3ODBA 3UA8A 5L9OA 4IY5A 3B6QA 3K6UA 3HN0A 3ZS6A 3G3FA 3FVNA 3BKIB 2HQ0A 2DWHA 3RQTA 2Z23A 4PP0A 1MXUA 2GHBA 1UTBA 3KN7A 4WKMA 4C1TA 3W9VA 1P99A 1MY1A 4WXJA 2Y84A 5DTBA 5H8QB 3K6WA 4NE4A 4YU0A 2OLBA 3UGWA 4LATA 4TLLB 3CR9A 4QFKA 4TLMB 4JDFA 4JWXA 4XKRA 3RN8A 3SETA 2Y7WA 3MWBA 5FHMA 2GHAA 3U1OA 3Q26A 3IAZA 2VGQA 1SW2A 3KJ7A 2OZZA 4X9TA 4FORA 4ZEFA 5KCJB 1YPNA 2O1LA 3FATA 3OO9A 1B7UA 2VHAA 5L8DA 1YAEA 2DS9A 1O63A 3VVFA 4E0XA 1DPEA 4YMBA 1MXVA 3TAJA 3E13X 4R2FA 3W15C 4KR5A 3I6VA 1B3EA 2UYFA 1I6QA 4YKJA 3PMXA 4OEVA 2ALUA 1N3WA 1Z7ME 1EZ9A 3R7XA 4EQBA 4R75A 2Z8EA 2F6GA 4OEUA 4YMAA 4LVQA 4AB5A 1NMUA 3RT6B 4GF8A 4BDQA 2DXRA 2V25A 2ANJA 4RXLA 5BWJA 3F11A 1QKAA 2GH9A 3V83A 4OETA 4KYEA 3Q27A 3C4MA 4DLDA 3MP1A 1DTZA 2XXPA 5H8FB 3Q25A 4GXAA 3PPQA 1Q35A 1DPPA 1M5BA 3IOTA 1JW5A 3O97A 1VE4A 2XXTA 3B6WA 3OSQA 2UXAA 5K2YA 1L5TA 3PPNA 1MXWA 2RCAA 4R6YA 1MQIA 4OTEA 4H0WA 2ZMBA 4QFLA 1B58A 3O9PA 3PD9A 4IO3A 1IXHA 1MM6A 3GLBA 1B3FA 1LSTA 3RGYA 1USYE 3W9WA 4GIZA 1FQAA 1H76A 2DWJA 1NFTA 2OWSA 2XX8A 2GRVA 2P2AA 4G8MA 5ISUA 3G3IA 1XS5A 4IO4A 1B7ZA 1A54A 3M3LA 3FXUA 2VD3A 4H65A 4QSEA 1PDAA 2QL3A 4IGRA 4GXSB 3LC8A 1RYXA 3CSGA 1QULA 3IB2A 1URGA 1R1NA 2QPQA 4U1ZA 1ZMGA 2XD2A 3H6UA 4PE5B 4THIA 5F7VA 1MDP1 1J1NA 1DSNA 3JZJA 1JVYA 4OENA 3PUWE 3BFUA 5AA1A 3CI8A 3QUFA 5CM6A 5DVJA 5AA4A 1BLFA 3EPEA 3T93B 3UIFA 1ZTYA 2Z22A 4GFRA 1Z7NE 5DT6A 4U4SA 4DDDA 2AL4A 4F19A 4NWCA 3SERA 3K1MA 3TQLA 3RT8A 3VLWA 1EH3A 1SYIA 5I58B 3IOUA 1JW1A 1B4ZA 4NF6B 1OVBA 5CMCA 4DCYA 2UYEA 1FQEA 5I2KA 3U92A 3D4CA 1AIVA 4U22A 2HEUA 2QJEA 1H3DA 1VFDA 1MH4A 2RC9A 3IK6B 1LFIA 3C31A 3FJ7A 3TELA 3LUYA 4YB7A 1MY4A 3TPAA 3MZBA 3PMWA 3VXCA 2Q2CA 1XOCA 5K2XA 4MH5A 1Y4TA 2HZKA 1GR2A 2Q89A 3T96B 2V3QA 1MDQA 2DWAA 2R9JA 2QS3A 5H8NB 1WVJA 3WAEA 2G93A 3PUYE 3FVKA 4ZDMA 4EDPA 4L17A 5I84A 3MZ9A 2QRYA 1P1WA 1OIBA 2QMXA 3PPRA 1PB9A 1I6AA 2O51A 4GL8A 4YICA 3EHUA 2O7IA 3KJTA 1TT1A 2V3TA 5DVFA 4PQJA 4X48A 1N04A 1PBQA 3UORA 4IO2A 3V5AA 3FZVA 1II5A 3IORA 3HO7A 3ILTB 5JTYA 4R6HA 4IO5A 2QMWA 1B52A 4N07A 1SW1A 3RNNA 5KDTB 1B51A 3ZSFA 1S50A 2F35A 1A7LA 4R74A 5KZTA 4LP2B 3FD3A 3MPKA 5B70A 4G77A 4QFNA 2I49A 1B40A 3IO4A 3T22A 5HBCA 1WODA 3EHSA 4NF5A 1B1XA 2G29A 5DEXA 3HV1A 4U2RA 1P1OA 1R9LA 1SQYA 2HFBA 3JYRA 2E0SA 4PFTA 3QSLA 4POWA 4RK9A 4QSDA 4MBPA 1MY2A 2XXRA 1H44A 3OELA 1CE2A 1BIYA 1URSA 5I56A 1GGGA 1ZKBA 4QHQA 4QFPA 1B5HA 4NTLA 5M2VA 1SBPA 2DOJA 4XXUA 1SDXA 4NF4A 5I59A 2ONSA 2KLFA 1TFAA 4F39A 3LR1A 2OBGA 2ZNTA 1KWHA 1ATGA 3TUSA 1D3KA 4BDNA 4QRZA 4YB5A 4DXCA 2H99A 3T9HB 3JV9A 3USDA 5I57A 3PD8A 4R9GA 3R6UA 1MS7A 3TYHA 1B5IA 4NF8B 2F6PA 3T9VA 2I0BA 2F7BA 3N26A 2ONRA 3S4UA 4OQOA 2A5TA 4IO7A 4O3BA 1MXXA 3HHFA 1N7WA 2CMOA 1Y3NA 3S2VA 4ZEDA 2D21A 2VP1A 4LUBA 3IOVA 3CFXA 4OZ9A 1N84A 1GVCA 3TODA 4BLAA 3KZGA 3TMGA 3C34A 3PUVE 3OO8A 4I1DA 2XX7A 3EF7A 1VFEA 1LB9A 4AQ4A 1Q1KA 1Y3PA 5CMMA 2O68A 1URDA 4RY1A 4GRKA 4PFYA 1NH8A 1POY1 1LAHE 3L6HA 3ZKKA 4I8CA 3KEIA 2UVGA 1TFDA 3PUXE 2WKYA 2RC8A 4F3SA 3AXFA 1LBCA 1BTJA 2ABHA 2Q9TA 3DP4A 2DE3A 3PV0E 5I2NA 1A8FA 3FVGA 3DLNA 3O29A 4IB2A 5AA2A 3K01A 3KSJA 1LB8A 2PVUA 5CMKA 3VLUA 3H03A 3PPPA 4WEPA 5EHMA 1LAXA 2O7UA 1JQFA 3K0VA 1OLAA 2NUVA 3H6TA 5EHSA 2PT1A 1RKMA 3KGCA 2F34A 2DXYA 4DIGA 4G68C 3SEVA 3IB0A 3VDFA 5F1QA 1QUKA 2OK2A 4Z7EA 2V84A 1AL3A 3MPLA 4OHNA 2O84X 3N6UA 5H8HA 1PEBA 2XXHA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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