2YPNA

Hydroxymethylbilane synthase
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
311
structure length
294
Chain Sequence
DNVLRIATRQSPLALWQAHYVKDKLMASHPGLVVELVPMVGLFVKELEVALLENRADIAVHSMKDVPVEFPQGLGLVTICEREDPRDAFVSNNYDSLDALPAGSIVGTSSLRRQCQLAERRPDLIIRSLRGNVGTRLSKLDNGEYDAIILAVAGLKRLGLESRIRAALPPEISLPAVGQGAVGIECRLDDSRTRELLAALNHHETALRVTAERAMNTRLEGGCQVPIGSYAELIDGEIWLRALVGAPDGSQIIRGERRGAPQDAEQMGISLAEELLNNGAREILAEVYNGDAPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Accurate and highly complete synchrotron protein crystal Laue diffraction data using the ESRF CCD and the Daresbury Laue software
pubmed rcsb
molecule keywords PROTEIN (HYDROXYMETHYLBILANE SYNTHASE)
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 93
structure length 294
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 2ypnA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ypnA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ypnA02
2M8CA 1DMBA 4ZZAA 3AXFA 2HAUA 4C1TA 4KFQA 2QPQA 4KYEA 2UXAA 3JYRA 3T22A 4LA9A 4LQ5A 1OIBA 2I0CA 1YAEA 1MPDA 1B3HA 3H3GA 1R9QA 5FTIA 4PETA 5AA2A 1MM7A 2Q89A 4KYDA 3RQTA 1LGBC 5I2KA 1MXZA 4HS7A 1IXCA 4R75A 4F2OA 4H6DA 2Q2AA 1A55A 1JW5A 3V83A 2Z23A 4Q0CA 5L9OA 3S9NC 4ELOA 2DS9A 3RTWB 4DCYA 1B5HA 3ONMA 1JW1A 4QHQA 5CMMA 1I6AA 1ZU0A 4IB2A 3B7DA 5BUUA 3KZGA 2ZYNA 1LAHE 3ODBA 3UORA 3HPIA 3VXBA 1XVXA 5I2NA 3HN0A 3UP9A 4F1UA 4N07A 2ESNA 1B4ZA 2V3UA 1B6HA 3TUSA 1YCJA 1FQCA 1PB7A 4BDNA 5HBCA 3LC8A 3MQ9A 3KN8A 1N76A 3U92A 4PE5B 3I3VA 4OYVA 3MUQA 2D21A 5JK4A 1FCKA 3GXAA 4MH5A 5J1DA 4RXLA 3I5OA 1N3XA 4FORA 1O63A 3TAJA 3CSGA 3K4UA 4DE8A 4YAHX 2Y7PA 1DPPA 2GHBA 1MY2A 1VE4A 3A3UA 2F8DA 1MY4A 3FVNA 4IO2A 5ITPA 2QS1A 2ZYMA 3R26A 3LBSA 4EXLA 1LB8A 2AYSA 3LSLA 1I6QA 2RINA 4QFOA 3FZVA 3IAZA 1MQIA 3FUZA 1JVXA 3K01A 3Q25A 2DE2A 1POY1 3TEPA 1NL5A 1ZMGA 5M2VA 3GBBA 2I4CA 4NF6B 3IOVA 5EHSA 1TT1A 2NOOA 5AA3A 3Q26A 2VP1A 2V3TA 4U4XA 2P0SA 3FV2A 4XKQA 5FHNA 3MP6A 3KFMA 1EZOA 1IQ7A 2HAVA 1B3LA 4X9TA 1GGGA 4O3BA 3Q27A 3OO9A 2DE3A 3C34A 5I56B 4NE4A 4R2FA 1Y20A 1B9JA 1M5CA 1FQAA 3KSXA 1MPBA 4RPOA 2XXHA 4ZE8A 4XTCQ 2CZLA 3RT6B 3V5AA 4P0GA 5ISUA 4NWDA 4C0RA 3TTNA 3KN3A 4OEUA 3IB2A 1VR5A 3C4MA 4JDFA 5H8NB 1D3KA 4TQUQ 2XXYA 2UVIA 4WKMA 4YMBA 1Y1MA 3LSFB 3BKIB 5A5XB 2F7CA 1MXVA 2I6EA 3OELA 3OENA 5H8SA 3RY3A 1B3GA 3B6TA 3L6HA 3IJXB 4Q5TA 5H8QB 3PPNA 3A3CA 3MZ9A 3PUYE 3RLFE 2V25A 3FASA 3SKPA 1USYH 1FTMA 1LCTA 3CRBA 1MS7A 3CIJA 4GL8A 5DTBA 3ILTB 1IEJA 1II5A 1UTBB 2DWHA 1ZIUA 3CR9A 1B0HA 3E3KA 3KG2A 4IO3A 1D4NA 1MQHA 2O1LA 2DP8A 4WEPA 5KCJB 3N5LA 4OTEA 3HV1A 3C35A 2GRVA 1Y3NA 3PMWA 3GZGA 4JXIA 2OK2A 3K6UA 1FTKA 3LSXA 5L9MA 2DVCA 1ZJLA 4ZEIA 2O51A 2YLNA 5BWJA 2WKYA 2THIA 3H7MA 3PUZE 4GLIA 4F2QA 1Q1KA 1SQYA 2HXWA 3TQWA 3U94A 1J1NA 1B7UA 1XVYA 3SEUA 1Z7NE 1ZTYA 2H99A 1OVBA 4HCWA 5ICQA 1LBCA 2PYYA 1MRPA 4F22A 3CFXA 1Y3QA 4N6PA 4LATA 1UTBA 3Q29A 3SERA 4NF8B 1FQBA 3H6VA 5CRYA 4G4PA 4DXBA 4O3AA 3DLNA 5KCJA 3T93B 4U23A 4MFIA 4OERA 4LZ8A 3BBRA 1DPEA 4G68C 3QUFA 2I58A 1URGA 2O69A 3O66A 1SI0A 2X7PA 4EXKA 2ABHA 3T96B 3KBRA 5KZTA 3HO7A 4DIGA 2DE4A 3D4CA 1FTOA 1A40A 3TFLA 2XD2A 4QSEA 4DDDA 1L5TA 3TTKA 3CSBA 3V89B 5I59B 4EQBA 1N3WA 1VFEA 5I58A 2QS3A 4F3PA 1SYHA 1B32A 1GVCA 1B40A 2HQ0A 4MBPA 3PD9A 4H65A 2F78A 2R9JA 4IGTA 4RY1A 4ZDMA 1LAFE 4H0WA 4ZZEA 4EUOA 1A54A 1NH8A 2Y7KA 3S2VA 4F1VA 4HW8A 4OFJA 3EPEA 3N6TA 5DEXB 2B3FA 4OWDA 2PX1A 2AL5A 5I59A 4PFYA 5DVFA 3PPRA 2RC8A 3BFTA 4ESWA 1B1HA 5CM6A 4OFOA 4H5FA 3QIMA 2GH9A 3OXNA 5TU0A 3RUMA 3S4UA 4F19A 3UN6A 2DVZA 1I69A 2I3VA 4JWYA 2NXOA 4F29A 4O3CA 5DVJA 2PVUA 1IXIA 3B6WA 2ZNUA 1FTJA 5I84A 2FYIA 3QUJA 1MXWA 5H8FB 4DCXA 1OLAA 4YKIA 4NMYA 1SW2A 2H4IA 3VLWA 1B5IA 4JBZA 2P2AA 1EZPA 3FATA 2F7AA 1D9VA 1SW5A 3THIA 2Q9TA 2GHAA 4R73A 4RYAA 3UK4A 3GBAA 2VGQA 1RYOA 1PEBA 4JB7A 1JEVA 4KQPA 3MP8A 2Q2CA 1FQDA 3IO6A 1YPNA 4GWOA 1MH4A 1EH3A 2XXWA 1BKAA 4GD5A 1PBPA 3ZSFA 2Z8EA 5H8FA 4RK2A 1RKMA 1NMUA 3TDJA 3T9HB 2A5TB 1NH7A 3CG3A 3K2DA 1SDXA 5HM4B 1FQEA 3HSTA 1M5EA 1UTHB 2XXRA 1B4HA 3EHTA 4PFWA 3SEYA 4GRKA 1LFGA 4RJZA 5DVIA 2XX8A 2OJTA 1N0TA 4ZEBA 1BTJA 4GL0A 1FW0A 4GXAA 1BLFA 5AA4B 4H67A 1NNPA 5TP9B 3R6UA 3QYTA 1QUIA 3P7IA 1SI1A 4M4GA 4DZ1A 3G3JA 5JTYB 4WXJA 1ELJA 1URDA 1CB6A 4BLAA 3N6UA 2QJEA 1AMFA 2ALUA 3PUWE 3JZJA 1B3FA 2IEEA 4GF8A 4Z7EA 3MAMA 4N13A 4FAJA 1Y3PA 3PMXA 3FVKA 2QRYA 2FA7A 3TQLA 4KD5A 3FGSA 3MJNA 2RCAA 4IO6A 1GR2A 1JW4A 2QSXA 3EHSA 4PFTA 5IKBA 2H98A 5AA4A 5CI5A 1B7HA 3IOUA 2VOZA 2F36A 4QF9A 1US5A 4QFNA 2I49A 4U4SA 2OZZA 4R6KA 2HEUA 3D4GA 4FEDA 1MXUA 5CMBA 5L9SA 5HPQA 3RPWA 1AL3A 3SDFA 3VVEA 4NF5B 4TLMB 2QMXA 2XXVA 3FJMA 5I57B 3R7XA 2X7QA 1UIUA 3MBPA 1BIYA 1B1XA 2OWSA 3PMVA 3TCFA 1QULA 2PT1A 3OD7A 1MQJA 2RCBA 5AA2D 2V84A 2XHDA 1NKXA 4PFUA 4QSDA 2G29A 4OEVA 4ZEFA 4AB5A 2OWTA 5FHOA 4KCDA 3IB1A 3O28A 4R9FA 5FHMA 4OZ9A 3JV9A 4UACA 1A7LA 3PPQA 3G3GA 2Q8JA 4F1YA 4JSDA 2W7YA 4NF6A 4U21A 2ONRA 3MVYA 3V8XB 1N7WA 4F39A 2D3IA 4OVJA 3ZS6A 4AB6A 3FV1A 3RN8A 1M5DA 3H03A 1A8EA 4OFLA 5AE4A 1GV8A 2YPNA 4X1DA 3KN7A 3FD3A 3DP4A 1MQGA 4G68B 1XC1A 1DOTA 4IGRA 4NWCA 4KI0E 3QAXA 3B6QA 4GIZA 3IOWA 4LZ7A 1ZLQA 3K02A 5I56A 4G77A 1IZ1A 4RNSA 4ZEKA 1M5FA 1ZBMA 4F3BA 1POTA 1R6ZA 4BDRA 2IA4A 2HFBA 4POXA 1B58A 3FJ7A 1S7YA 3UA8A 5H8NA 1LB9A 3HCQA 3FIRA 3VE1B 1VFDA 3CFLA 5A5XA 2RKMA 3H6UA 4GOTA 1Y1ZA 4GFRA 1P1WA 2ANJA 4E0XA 3MZBA 3H6WA 4AQ4A 4NEDA 5DYHA 4QFKA 3O6GA 1QJMA 3TTMA 4E0WA 4XKPA 1N04A 4YB6A 5H8QA 3OO8A 4YKKA 2UVJA 5B70A 3KOTA 2F6PA 4Q30B 3RNNA 2XXPA 3C33A 1QVSA 2QS2A 4LUBA 2P1SA 3U93A 5IAIA 3QK6A 1NNKA 1PDAA 3A09A 3CFZA 4NF4B 1PBQA 1B05A 2XD3A 3VXCA 3K6WA 3PUVE 3Q28A 2DWJA 4THIA 1CE2A 1QW0A 1SYIA 3VFJA 1ATGA 4QRZA 1LAGE 3PPPA 4GQOA 3MP1A 3FXQA 4GXSB 4G2ZA 1SBPA 5LOMA 4IY6A 1DSNA 1HSLA 3IK6B 2OCUA 1TFDA 4LQ2A 3OO6A 5CC2A 3MVZA 4DXCA 3CI8A 4NF8A 3KOSA 1IUDA 2XXTA 2ZNSA 4X1BA 3DM0A 3TCHA 1QUKA 3K0VA 5KDTB 4LONB 1F9BA 1MPCA 3DP8A 3SEWA 3ILUB 3MC2A 4YB7A 4P11A 2BJJX 2Y7IA 2O1MA 3IB0A 4YMAA 4OHNA 2DWIA 1LSTA 4G8MA 3MPLA 3VDFA 3U8QA 1USYE 2Z8FA 3F11A 5K2YA 4JWOA 4BDLA 2D5WA 3TZAA 3ZKKA 4HCYA 4BDOA 2ONKE 3O6HA 4ZS9A 3WAFA 3OEMA 4OENA 3QSLA 3KJTA 4U2RA 1PB8A 1MH3A 2OLBA 1H44A 4MF3A 4GVOA 4FATA 3TODA 2XXQA 2REGA 5AA2B 2O6AA 1H45A 3TPAA 1I6BA 3FJGA 3O97A 5I2KB 4R6YA 3E13X 3HHGA 3OMBA 4R6HA 4NTLA 1UQWA 4YU0A 4ZECA 2F5XA 2ZYKA 1MY0A 4H8IA 1P99A 4U1OA 5CBSA 4OETA 2ZNTA 3OEKA 1LBBA 3SEVA 1NNFA 4Z0IA 3KJ7A 1OQHA 3H4ZA 3IJOB 2LAOA 4PP0A 4LVQA 1MDP1 5DEXA 3WAEA 2HZLA 5EHMA 3FVOA 4YICA 1EU8A 5I2NB 5F7VA 1IITA 3O29A 4JWXA 3C31A 3MZ1A 3W9WA 1XHYA 3PPOA 3TTLA 3IR1A 1XOCA 3O6IA 3T9XB 4HTGA 1AH5A 4MLVA 1P1NA 4LP2B 2OBGA 4BDMA 1US4A 1SW4A 4KCCA 4DXUA 3G3IA 1IXGA 1FTLA 2XX9A 1A8FA 2Z8DA 1T0KA 2F6GA 2UYEA 3BFUA 1P1QA 3CG1A 1LLSA 3K00A 4YKPA 2VD3A 3FVGA 3TTRA 3VV5A 1SW1A 4TLLB 2I3WA 5L8DA 1A99A 3IO4A 4C1UA 1B46A 1B5JA 1MXYA 3KSJA 1R9LA 2HZKA 3G3KA 1JNFA 4IO5A 3IOTA 1N84A 1O7TA 4X48A 3O2AA 4G8HA 1NFTA 4H8JA 1KWHA 4FJPA 3DELB 3TMGA 3EHUA 4K3FA 2O7IA 4FIMA 2A5TA 4IY5A 4ND9A 4RA1A 1D9YA 1UIVA 5AA1A 3LR1A 1UTHA 1B52A 1B2HA 1JVYA 4EF2A 3TCGA 2ZMBA 2DQVA 1S50A 3S9EA 2R6GE 4EQ9A 3PV0E 5TP9A 5CMKA 1QKBA 1R1NA 3PD8A 3K1MA 2I48A 1ANFA 2A5SA 2H25A 4BDQA 5JTYA 2VD2A 1AOVA 3TKDA 1EZ9A 4XIGQ 2DOJA 3M3FA 1LCFA 2V93A 3UGWA 4H1XA 1MG1A 1MDQA 3K1PA 3ECRA 1H76A 2Q88A 3MVXA 3H6TA 2PBWA 3U72A 3ZKLA 4KR5A 3TYHA 1NNTA 2O7UA 3HHFA 5H8HB 1MM6A 4ZE9A 3RGYA 2Y84A 1TXFA 2ZYOA 3DP6A 3O9PA 2E0SA 4R2BA 1Y4CA 4XXUA 1BP5A 3RTFB 2RC9A 1LFHA 2GFEA 2XXIA 1XS5A 3FXRA 3K1NA 4OQOA 4ZEDA 3VLUA 4OMBA 2I0BA 2UYFA 4NF5A 4OXVA 1M5BA 5I57A 2I4BA 5EYFA 3UIFA 1Y9UA 3H06B 4G8NA 4QFPA 1WDNA 1IIWA 4FE8A 4EDPA 3S9MC 4U22A 2HCAA 5H8HA 3M3KA 2REJA 3EN3A 1S9TA 4ELRA 3KEIA 1O64A 4DLDA 2AIXA 4TOZA 2XX7A 4QFLA 4FEBA 2Z22A 1MY3A 4F3SA 1JQFA 1DTGA 1MY1A 3G3HA 4JSOA 1OLCA 2Y7WA 2O68A 4KHZE 1LFIA 3C32A 1Z7ME 3PU5A 2DWAA 3OO7A 4H5GA 3SESA 4EF1A 4OESA 2H5YA 1JETA 2YJPA 5F1QA 1FQFA 3RT8A 2F97A 2ZXTA 5ELVA 4IO4A 3PUXE 4G68A 1H43A 2V3QA 3W15C 4MLQA 4ONYA 4EQ7A 5CBRA 3VVDA 4ISUA 3CVGA 4I9DA 3T66A 4XKNA 2RC7A 3K6XA 4I1DA 4Q8RA 2DXYA 3TELA 3FXUA 5K2XA 3E9XA 3T9VA 3PGFA 3IX1A 3MPKA 2QMWA 3C9HA 1IXHA 3QXMA 4F31B 3N26A 4ECFA 2B65A 5FTHA 3M8UA 5ITOA 2PT2A 1TFAA 1N7XA 4RK9A 4KYSA 4I8CA 3KGCA 5JEIA 1XT8A 1Y4TA 2NVUB 2E1SA 2UVHA 5B7DA 1SVXB 4UA8A 3MVWA 1URSA 3VVFA 5DT6A 4KPTA 2XXUA 4P0IA 4ESXA 4YKJA 3I6VA 1QUJA 4ELQA 3LSWA 1PC3A 1OQGA 3T9UA 4M1VA 4R74A 4LZ5A 1GTKA 3IORA 5ICTA 1PB9A 3MW0A 2Y7RA 1B51A 2F7BA 5CMCA 2B3BA 4YB5A 1MQDA 4POWA 4R72A 5I58B 1AIVA 2DSFA 4R9GA 1OMPA 2R71A 2NWJA 3L6GA 3N94A 4WEDA 2FNCA 4RPNA 3W9VA 4NF4A 1TWYA 2UVGA 3USDA 2X26A 2AL4A 1JEUA 3IL1B 3EF7A 3C36A 3SEXA 2G93A 2DYXA 5TPAB 2PMSA 4ELPA 4PQJA 4L17A 2ONSA 1B7ZA 1LAXA 4F18A 1H3DA 2XXXA 2DXRA 4F3GA 1B0LA 1HSEA 2QS4A 4U1ZA 1QKAA 1OVTA 2KLFA 1SD3A 1P1UA 3S9LC 3OSQA 1WVJA 1WODA 1Q35A 3GLBA 3OSRA 1HSJA 1MXXA 3OOAA 1VSOA 1DTZA 1RYXA 2NUVA 5KDTA 2F35A 3EQ1A 2H9BA 1ZKBA 4FECA 1YTVA 2F34A 2CMOA 2RF1A 3LUYA 2VHAA 3E4RA 3M3LA 3U1OA 4I62A 2QL3A 1P1OA 3VLVA 3MWBA 4YZZA 5TPAA 3K6VA 1B3EA 2O84X 4IO7A 3G7WA 4XKRA 3SETA 3G3FA 4QSCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2M8CA 4IJDA 1DMBA 1J5EE 4ZZAA 3AXFA 4PBQA 2HAUA 4C1TA 4KFQA 2QPQA 1PJTA 4KYEA 2UXAA 3JYRA 3T22A 4LA9A 4LQ5A 1X6FA 3CHGA 1OIBA 2I0CA 1YAEA 1MPDA 1B3HA 1EKZA 1X3CA 1PJQA 3H3GA 1R9QA 2EPNA 1A1JA 2EL4A 1A1FA 5FTIA 2DRPA 2RS7A 4PETA 5AA2A 2DMIA 2JXPA 1MM7A 5IZ3A 2Q89A 4KYDA 3RQTA 1LBYA 5TSEA 4GX3A 4R2EA 3RPLA 2YRHA 4N91A 3KC0A 1LGBC 2MC6A 5I2KA 5LMNE 1MXZA 2VPNA 4KWYA 2FV4B 4DUYE 2EP3A 4HS7A 1IXCA 4PDDA 4R75A 4F2OA 4H6DA 2HPGA 3IWDA 2VQFE 1RMDA 2Q2AA 1A55A 2L5VA 1JW5A 3V83A 2Z23A 4Q0CA 5L9OA 3S9NC 4ELOA 2DS9A 2EOXA 3RTWB 4DCYA 2XA5A 4KHPE 1B5HA 2EMYA 4RH8A 3ONMA 1JW1A 4QHQA 5CMMA 1I6AA 1ZU0A 3EPHA 4IB2A 3B7DA 1BBOA 5BUUA 3KZGA 2ZYNA 5EQ7A 4LF7E 1TN9A 1LAHE 5IT9C 3ODBA 3UORA 4N8GA 2YTJA 3HPIA 3VXBA 1XVXA 5I2NA 4LF9E 1XNRE 1ZBQA 3ADJA 4NG7A 3HN0A 3UP9A 2EN4A 1X48A 4F1UA 4N07A 2ESNA 4MIJA 5LMUE 1B4ZA 2V3UA 1B6HA 3TUSA 1YCJA 1FQCA 1PB7A 2EMWA 4BDNA 5HBCA 3D1RA 3EPLA 1KA0A 3LC8A 3MQ9A 1A1LA 3KN8A 1N76A 4GWZA 3U92A 4PE5B 3RMPA 3I3VA 4OYVA 2VF1A 3MUQA 2D21A 4O24A 5JK4A 1FCKA 3GXAA 1IQSA 4MH5A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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