The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
73
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sequence length |
265
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structure length |
265
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Chain Sequence |
NNVENTAKEALHQLAYTGREYNNIQDQIETISDLLGHSQSLYDYLREPSKANLTILENMWSSVARNQKLYKQIRFLDTSGTEKVRIKYDFKTSIAGPSLILRDKSAREYFKYAQSLDNEQISAWGIELERDKGELVYPLSPSLRILMPISVNDVRQGYLVLNVDIEYLSSLLNYSPVRDFHIELVKHKGFYIASPDESRLYGDIIPERSQFNFSNMYPDIWPRVVSEQAGYSYSGEHLIAFSSIKFVSNEPLHLIIDLSNEQLSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
The crystal structure of the domain of putative sensory box/GGDEF family protein from Vibrio parahaemolyticus
rcsb |
molecule tags |
Transcription
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source organism |
Vibrio parahaemolyticus rimd 2210633
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molecule keywords |
Putative sensory box/GGDEF family protein
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total genus |
73
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structure length |
265
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sequence length |
265
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2007-03-20 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
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A | PF02743 | dCache_1 | Cache domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta-Lactamase | Beta-Lactamase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3M9B A; 3OAK A; 4KUK A; 4MN5 A; 3NOT C; 5HWT A; 5AVV B; 2Q7C A; 5HWV A; 3A0R A; 4MN6 A; 4HHD A; 4WUJ A; 3F1N A; 3KDP B; 5AW9 B; 3L35 A; 2PD7 A; 1KQL A; 2V1A A; 3IS2 B; 2JHE A; 1XJ2 A; 3H9W A; 1NWQ A; 2JJL A; 2ZFC A; 3LIF A; 5HD3 A; 3VE4 A; 1SLQ A; 1T2K D; 2ZOI A; 1GU4 A; 2PD8 A; 4YWZ A; 1JNU A; 4PKY A; 3MQQ A; 5AW3 B; 3NFQ A; 4HQA A; 2PYR A; 2A24 B; 2ZBB A; 3LID A; 4I3A A; 3VE3 A; 1VB6 A; 3TK1 A; 2R32 A; 5AW5 B; 1HUC A; 1J2J B; 4LRX C; 4R38 A; 3NMD A; 1GU5 A; 4HYT B; 4I3J A; 3EEH A; 1TS8 A; 3BY8 A; 4WLA A; 4GKG A; 5HDC A; 5DJT A; 5AVR B; 5HD5 A; 2Z5I A; 1NWZ A; 1DRM A; 1GK6 A; 3H82 A; 3LIC A; 5G4Z A; 4EOT A; 4R70 A; 1G28 A; 3GEC A; 1YYC A; 3IR9 A; 1UWP X; 1FOS E; 5APY A; 3F1P A; 3VN0 A; 3NJA A; 4I5S A; 3UIA A; 2WPS A; 4HP4 A; 5J4E A; 4NXB A; 1H89 A; 4EXO A; 4HY8 A; 4K08 A; 2L1M A; 2PR6 A; 4C7N A; 2XU6 A; 4JGO A; 1OJG A; 3LIB A; 2VV8 A; 1N9O A; 4HH3 A; 2C9L Y; 2XV5 A; 3HJK A; 3VMZ A; 3LUQ A; 1N9N A; 4I38 A; 4AQR D; 1LSW A; 2VEA A; 3T50 A; 2J80 A; 4L9E A; 2N9B A; 5APV A; 3LIA A; 1Y28 A; 1CSB A; 3CAX A; 3F1O A; 1SP4 A; 4XT2 B; 3NOU C; 1CI6 B; 5TBM B; 3VMX A; 1HWT C; 1P97 A; 4B9O A; 1S4R A; 2WKQ A; 1XJ4 A; 2P67 A; 4NXG A; 3NXS A; 2PYP A; 2R5B A; 2XZR A; 1IO4 A; 3FC7 A; 1X0O A; 4HJ3 A; 4HOI A; 4I2L C; 3UB9 A; 4H6J A; 3P8M C; 3E4P A; 4M3L A; 5IS1 A; 5HZH A; 4L9G A; 5AVT B; 2Z5H A; 1FOS F; 1LT0 A; 3K3D A; 3BWL A; 1T18 A; 2QHK A; 2Z6D A; 5AVZ B; 3HE5 A; 3H7W A; 1CZQ A; 1MZU A; 3CLO A; 4KUO A; 2I9V A; 4EES A; 3LIE A; 3LI8 A; 2B02 A; 3TYY A; 1N9L A; 4NXE A; 3C8C A; 5APU A; 3L36 A; 4EET B; 1T1B A; 2QJ7 A; 2CMN A; 2V0U A; 5AW1 B; 5KIZ A; 2EA9 A; 3FG8 A; 4EER A; 5AVF A; 1GSW A; 3A7O A; 5AVQ B; 3B8E B; 3F1N B; 3MJQ A; 4LPZ A; 4F3L A; 4RES B; 3M0A A; 2D02 A; 4HJ6 A; 2WWW A; 1X8Y A; 1HBW A; 4GHI A; 1V9Z A; 5F69 A; 3A0V A; 2W27 A; 2BAS A; 3NOP C; 2WPQ A; 2VV6 A; 3RTY A; 5HWW A; 1GZL A; 2YKH A; 4EQ1 A; 2YKF A; 3E4O A; 4GS9 A; 4AYC A; 3VYI A; 1S4S A; 1XJ3 A; 5APQ A; 4DZO A; 3P7K A; 4PKY G; 1G2C B; 5DKK A; 5HSQ A; 2H7H A; 3V4W A; 3VOL A; 2WTY A; 5I5L A; 3HJI A; 5APW A; 3TNU A; 1D7E A; 4RQ9 A; 1BYW A; 3RH8 B; 5AW0 B; 3A0S A; 2R78 A; 2WT7 A; 1OTI A; 1V9Y A; 5AVS B; 3MQO A; 3I5C A; 2VV7 A; 3NTN A; 4KHX A; 3PYP A; 2YO2 A; 3V5B A; 3H82 B; 1UWN X; 3B33 A; 2C9N Y; 5AVY B; 2P7J A; 3KX0 X; 1OTA A; 4I6M C; 1D06 A; 4B86 A; 5F6A A; 3UB8 A; 3MR0 A; 4HH2 A; 2W0N A; 1HJB A; 3F1P B; 2P2U A; 2V1B A; 1OJ5 A; 5IU1 A; 1A02 J; 4HNB A; 3ZQ5 A; 4LC1 A; 4R6L A; 1H8A A; 2Q5U A; 3A2A A; 4XE5 B; 3MFX A; 3UMD A; 1JNM A; 3E4Q A; 5J7E A; 3UME A; 2L4R A; 5APS A; 1WA9 A; 3HTK A; 2KDK A; 2E43 A; 5F5Y A; 3CWF A; 3UB6 A; 3VMY A; 1T2K C; 5TBM A; 3EWK A; 1XFQ A; 3G6O A; 1MUU A; 5DJU A; 1OTB A; 4HJ4 A; 5EFW A; 3P7N A; 2QKP A; 3GDI A; 2R3C A; 4NXF A; 3L37 A; 3LI9 A; 3HE4 A; 4KQD A; 3F1O B; 5AVU B; 2QJ5 A; 3KQG A; 2QM7 A; 4AUW A; 4GW9 A; 3ULF A; 2R5D A; 2Q3I A; 2PR5 A; 1DP6 A; 2ZXE B; 4JYB A; 4BBT A; 4R3A A; 1JUN A; 3UB7 A; 2KX6 A; 2V0W A; 2YO3 A; 4H6J B; 1MV8 A; 3M06 A; 4GT1 A; 4M4X A; 5DKL A; 3M9H A; 5G4Y A; 4E04 A; 4GCZ A; 1OT9 A; 4DJ3 A; 5APX A; 3A5T A; 2WPR A; 3SWF A; 5J3W A; 2ZOH A; 1F9I A; 3IS2 A; 1H88 A; 5AW4 B; 3C2W A; 3D72 A; 3HE5 B; 3H7W B; 5HDD A; 1LL8 A; 1P0Z A; 3O8Z A; 4WF0 A; 1S1Y A; 1DP8 A; 4JGP A; 3UE6 A; 2WKP A; 5A8B A; 1DP9 A; 2E42 A; 1FAV A; 1XJ6 A; 5APT A; 3M0D A; 2QWS A; 1TS7 A; 4HIA A; 1GSV A; 3M91 A; 3LYX A; 1GD2 E; 4JGQ A; 3P32 A; 2A24 A; 3A3Y B; 1LSX A; 1F98 A; 4I39 A; 4F3L B; 1NAF A; 5CMZ A; 3MGN A; 2D01 A; 4I3I A; 1S1Z A; 1OT6 A; 4GHI B; 2VRS A; 2YNY A; 4BBV A; 2L0W A; 5AW8 B; 3PHY A; 4LLO B; 3SW1 A; 3BY9 A; 1OTE A; 4C46 A; 4EW7 A; 1OXZ A; 2OOL A; 2VLG A; 1LSV A; 2OWJ A; 4DJ2 A; 2INW A; 1T1A A; 4GS9 B; 5AW7 B; 2M1C A; 2W6A A; 2OWH A; 1S9K E; 5AVX B; 1GK4 A; 3K3C A; 2PDR A; 2WKR A; 3V4Q A; 1OTD A; 3TNU B; 1KOU A; 2QM8 A; 3ICY A; 1UGU A; 2KP8 A; 2WT7 B; 1TS6 A; 3OLO A; 3IBR A; 1GSX A; 4BBU A; 4WN5 A; 3MD0 A; 4C7N B; 4EEP A; 4XT2 A; 1XFN A; 2JN7 A; 1DH3 A; 1CI6 A; 5AW2 B; 4HP9 A; 3VTP C; 4JYC A; 3MXQ A; 5F68 A; 2Z6C A; 3T97 A; 1TS0 A; 2IPP A; 2H28 A; 1S67 L; 4JGR A; 4WL9 A; 2GJ3 A; 4LRZ E; 4EEU A; 1EW0 A; 2K7S A; 1S66 L; 1ODV A; 1OWA A; 2PHY A; 2HV1 A; 1A02 F; 5AVE A; 1T1C A; 4HI4 A; 1GTW A; 1T19 A; 5AW6 B; 2V9A A; 5HDS A; 1MFZ A; 3HE4 B; 1S9K D; 3NHQ A; 5AVW B; 4L9F A; 4LRY C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3M9B A; 1NU1 K; 3WWX A; 1BGY E; 2HG5 D; 4QY5 A; 4E3N A; 1KYO I; 1JWZ A; 5HAP A; 1L0E A; 2Y2I A; 3M2K A; 2KXP B; 4MN6 A; 4WUJ A; 3F1N A; 4A5R A; 1IEM A; 3NI9 A; 5KZH A; 5E2H A; 5GTI H; 4IL6 E; 1KQL A; 3W67 A; 3IS2 B; 3QP2 A; 1EZV I; 1XJ2 A; 3RXW A; 5FL3 A; 1SQX G; 3L74 J; 1PZO A; 2B95 A; 3CI6 A; 1T2K D; 1BSH A; 3B71 A; 1CQA A; 2QYB A; 1SKO A; 1GU4 A; 3RK2 D; 2QRX A; 4YWZ A; 1YPR A; 4YFM A; 1YJW P; 3QP8 A; 2WUQ A; 1J3W A; 1PL5 A; 4PKY A; 4HKZ H; 3S7P A; 3KSH A; 4OON A; 3OPR A; 3AE8 C; 4JXS A; 2A24 B; 1G2C A; 3RBZ A; 3HUS B; 2Y9Y A; 3MZD A; 4Y0O A; 4DXB A; 3DAV A; 1XKZ A; 1J2J B; 4LRX C; 4X69 A; 4IED A; 4L73 A; 1HGZ A; 4PJ0 E; 1GU5 A; 1RF1 A; 1NTK J; 1ZLL A; 2GA1 A; 1HVB A; 4I3J A; 1JVJ A; 2OSU A; 3EEH A; 3N8L A; 4OP8 A; 1TU3 F; 3L75 J; 3BY8 A; 4WLA A; 2WAF A; 5HDC A; 5HD5 A; 1BE3 G; 3RK2 B; 1M90 Q; 2A45 I; 4UA6 A; 1GA9 A; 2VGL M; 3KSI A; 1PWD A; 2PGD A; 2Y59 A; 1K05 A; 1TEM A; 4GDN A; 3WS4 A; 1GMJ A; 1IC2 A; 3GEC A; 1BZA A; 4KZ6 A; 1ES2 A; 5A91 A; 5B5E H; 1N8R Q; 3VP8 A; 3NJA A; 4FSF A; 2H43 A; 4Y13 A; 1NU1 G; 3R2P A; 3V2N A; 2HPC A; 1H8Z A; 4HP4 A; 3CZD A; 3BJN A; 3O6Q A; 2NPS C; 2LB5 A; 1BDD A; 4XXR A; 3L72 D; 3H1K D; 4K08 A; 1LT9 B; 3S4X A; 3TDK A; 4JGO A; 1NY0 A; 1ONG A; 3UE1 A; 5FQQ A; 2ZC7 A; 2ITA A; 1K4E A; 4X25 A; 3R7W B; 1FR6 A; 2MJ6 A; 3O86 A; 4HH3 A; 4MCW A; 4IBX A; 3MP7 B; 4E3M A; 2X01 A; 5J8X A; 2QPN A; 4KQO A; 4PAU A; 2VGK A; 4NK3 A; 3FKW A; 3KZI H; 4MN4 C; 4KZ7 A; 4CPG A; 1CSB A; 4GOG A; 3Q07 A; 5A90 A; 3F1O A; 4XT2 B; 3QHY A; 1CI6 B; 1L0L D; 2WSC J; 3VMX A; 3AGE A; 1BT5 A; 3JYI A; 2WKQ A; 1PNE A; 2XRO A; 4Z9Q A; 3U59 A; 4UEY A; 5F83 A; 1FZC C; 4OLD A; 4L0L A; 1AQT A; 2OAQ 1; 4D6T G; 1X0O A; 4EBP A; 2A45 G; 1W5D A; 1OW6 A; 1OIP A; 3C30 A; 3KXD A; 3MIW A; 1YSP A; 3T1X A; 4I7Z C; 4M3L A; 4GD8 A; 4L9G A; 2O9C A; 5AVT B; 4HES A; 5AQ9 A; 3BWL A; 1T18 A; 2WGV A; 5AVZ B; 3Q3D A; 1FCM A; 1JY3 N; 2J3T C; 3H7W A; 4H8R A; 1CZQ A; 1KDW A; 2QJK B; 4KUO A; 2I9V A; 3H1J J; 1LTS C; 3W68 A; 2WKE A; 2PT7 A; 1QMF A; 2Y2J A; 5EM0 A; 3ZCZ A; 3R4K A; 1IK7 A; 3BCC E; 3RK3 D; 1G6A A; 4Z1W A; 4IL6 H; 2E76 D; 4WM9 A; 4EU0 A; 1LTT C; 4WBG A; 4K0W A; 3IXB A; 2CMN A; 3LEZ A; 3BFE A; 4R0Q A; 1Q2N A; 5AW1 B; 3BM6 A; 2O99 A; 5KIZ A; 3FG8 A; 2NPS A; 4EER A; 3IBJ A; 3DWK A; 2Y2G A; 5AVQ B; 1OW7 A; 3MJQ A; 2IBZ D; 5I94 A; 3M0A A; 4XUX A; 2Q9N A; 3G6E P; 3CC4 P; 1S1C X; 5L8M A; 2KS1 B; 2FZ0 A; 2BTF P; 4Y17 A; 4PD4 I; 3CUE C; 3KYE A; 1Q81 Q; 4ME4 A; 1V9Z A; 4C75 A; 2D2C D; 2M5A B; 1NTZ K; 2WPQ A; 3RTY A; 4BXL A; 4K0X A; 2ZYA A; 4W7Z A; 2GX5 A; 4UQI M; 1GZL A; 3AEG C; 2E76 B; 1N7L A; 4PJ0 H; 4GS9 A; 3VFH A; 1L0G A; 1M1J C; 2A3U A; 3M2J A; 5APQ A; 1K04 A; 3VFF A; 1KZU B; 5DKK A; 3UPN A; 5HSQ A; 4S2I A; 5CX7 A; 3CL3 D; 3VOL A; 2WTY A; 1FZC A; 1E79 H; 1IFI A; 5APW A; 2KLU A; 3ZNT A; 5IHV A; 3PR6 A; 5IT5 A; 5CEC A; 4GDO A; 1D7E A; 1HLU P; 1JMB A; 2OLU A; 3RH8 B; 2QMI A; 2KLI A; 4QPR A; 3D6Y A; 2DNS A; 2R78 A; 1SVF A; 3G71 P; 2JKT M; 2ZC5 B; 2D2C B; 3A3F A; 1SQV D; 4UAA A; 3T1S A; 4WYY A; 1FJK A; 4KT0 J; 2C0X A; 3FXE A; 1L0D A; 1UWN X; 5AQA A; 2I72 A; 3AGD A; 1EDJ A; 5CGW A; 2FYU J; 1MWU A; 2HPB A; 4KZA A; 4B86 A; 5CER A; 2KNC B; 3UB8 A; 2IYO A; 3PBS A; 3RL0 g; 1HH0 A; 1FQG A; 1HVV A; 2V1B A; 1OJ5 A; 2FYU K; 3IF5 A; 5GLB A; 3IWI A; 1DJA A; 3QP1 A; 5AJG A; 3JSV C; 4R6L A; 2Q5U A; 4FUW A; 2WK0 A; 2GNX A; 4Q0J A; 1JTH B; 3A2A A; 2XDJ A; 4XE5 B; 3UMD A; 3E4Q A; 5KLV D; 2ZMV A; 4BMW A; 2L4R A; 4ETX A; 1PWC A; 3FPV A; 4O8G A; 1S5L X; 1D1J A; 2JEE A; 4NPF X; 2GM4 A; 2H89 C; 1IYS A; 1OW8 A; 3UB6 A; 1LTJ B; 1NTM E; 4RYE A; 3VMY A; 3N8R A; 1PI5 A; 3G6O A; 1RGZ A; 1OTB A; 4HJ4 A; 3CUE A; 2H5S A; 1L0N E; 1M1K Q; 2HR3 A; 2QKP A; 3C38 A; 3JPU A; 4O01 A; 3L73 D; 1NTZ G; 3L37 A; 3LI9 A; 1N2D C; 3DWZ A; 4GLQ A; 2BCC E; 3G32 A; 2ZQA A; 4ZTK A; 4H0L C; 2Y2O A; 5HAR A; 3UDX A; 5M18 A; 3KQG A; 2FYZ A; 4EYY Q; 1GDT A; 1RGY A; 3A3I A; 4GW9 A; 2NUT C; 5DF7 A; 3DW0 A; 1M1J A; 1G6O A; 1PFL A; 4JPZ B; 2JBF A; 2YXR B; 2QJP C; 4LCM A; 3M9Q A; 1VL2 A; 3E2K A; 2KX6 A; 1SQQ D; 3AEB C; 5D3O A; 1PP9 D; 1AVO A; 1FSY A; 3DTM A; 2ZMF A; 2AEF A; 2Y4A A; 3CI9 A; 4MNR A; 4X1M A; 2IX7 C; 2FFD C; 5G4Y A; 5E2F A; 3CX5 D; 4DJ3 A; 3GHG C; 2GZA A; 5APX A; 2WPR A; 5EVI B; 1X9V A; 3TGU G; 2K3R A; 1QVG O; 4H13 C; 1ZG4 A; 4P85 A; 1X22 A; 3HE5 B; 1BCC D; 1LL8 A; 3O8Z A; 2QA4 P; 1YQ3 C; 4H44 C; 4LLH A; 1DP8 A; 4NPD A; 3C4O A; 5KAF H; 3U2A A; 2WKP A; 2P9V A; 2Q1K A; 1XJ6 A; 1KIL E; 5FAQ A; 4HIA A; 1GSV A; 4GN2 A; 3H1L E; 4QWO A; 3ZVW A; 5M19 A; 5CCG C; 1E25 A; 1L4A D; 3H1I E; 2LR2 A; 4UHU A; 1LSX A; 3MZW B; 4DXC A; 3ZDM A; 2B9B A; 2E5T A; 1KYO D; 4F3L B; 4UQI S; 3NUL A; 5CHU A; 3BEC A; 1FSW A; 1L3L A; 1KMI Z; 4Y99 C; 1ZW0 A; 2V2F F; 3MGN A; 3CCU P; 5GHZ A; 3L72 J; 3H1K J; 2WSE H; 3UPO A; 4GHI B; 1ZRT E; 1SZV A; 2K31 A; 2ZQD A; 2Z2M B; 1M8O B; 4GJ4 A; 1H0T A; 4LLO B; 1ES5 A; 2NZ2 A; 4RKU J; 2XEP A; 4C46 A; 4OPY A; 1EZV D; 2OWJ A; 2WQY C; 4I1L A; 1SQX E; 3KO6 A; 5DFX A; 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