2YPNA

Hydroxymethylbilane synthase
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
311
structure length
294
Chain Sequence
DNVLRIATRQSPLALWQAHYVKDKLMASHPGLVVELVPMVGLFVKELEVALLENRADIAVHSMKDVPVEFPQGLGLVTICEREDPRDAFVSNNYDSLDALPAGSIVGTSSLRRQCQLAERRPDLIIRSLRGNVGTRLSKLDNGEYDAIILAVAGLKRLGLESRIRAALPPEISLPAVGQGAVGIECRLDDSRTRELLAALNHHETALRVTAERAMNTRLEGGCQVPIGSYAELIDGEIWLRALVGAPDGSQIIRGERRGAPQDAEQMGISLAEELLNNGAREILAEVYNGDAPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Accurate and highly complete synchrotron protein crystal Laue diffraction data using the ESRF CCD and the Daresbury Laue software
pubmed rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords PROTEIN (HYDROXYMETHYLBILANE SYNTHASE)
total genus 93
structure length 294
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 2ypnA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ypnA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2ypnA02
3CFLA 3IB1A 1N0TA 1AMFA 5I57A 3N6UA 2B3FA 2GRVA 1M5BA 5EHSA 3IJOB 5ITPA 4FJPA 4U4XA 4FEDA 2QRYA 4KPTA 3VDFA 1A99A 1N3WA 3WAEA 1UTBA 3IORA 3AXFA 4YB5A 4NF5A 1LFHA 1B4ZA 2XD2A 4OFOA 4FE8A 2RC7A 3JZJA 4Z0IA 3MP8A 4IO2A 2XX8A 5CMMA 4H65A 4U21A 2FYIA 3RQTA 2ZNSA 3R26A 2ESNA 4RPOA 3SEUA 1JVXA 1B1XA 1BLFA 4BDOA 1A8FA 4QFOA 4M1VA 1SD3A 4DZ1A 1LFGA 3QXMA 3MPKA 1MY0A 4OESA 1VFDA 4E0XA 5H8NB 4QSEA 3P7IA 4U4SA 1US5A 1Z7ME 4RA1A 2NUVA 2ZNUA 1M5FA 3O66A 1AOVA 1SQYA 4TLLB 2Y7IA 5L9MA 4Q8RA 3PV0E 4ESXA 1R9LA 2O1LA 3HV1A 2H25A 3GXAA 2NVUB 2OCUA 1BTJA 4OEVA 1XS5A 3BFTA 3PUYE 1SDXA 1LAFE 4N07A 5B7DA 1DTZA 2I0CA 3MVWA 1POTA 4O3CA 3OO9A 3C31A 1R1NA 1MDP1 1B4HA 3GBAA 5KCJA 2I49A 4U23A 2YLNA 4ELOA 2XXIA 2Y7KA 3D4CA 2PT2A 1SBPA 1SYIA 1ZMGA 5J1DA 2DOJA 3RLFE 2ALUA 4YMAA 3S2VA 4R9FA 4JBZA 4NF5B 4XKPA 2RC9A 4ZZAA 2P1SA 5FTIA 2DVZA 1KWHA 4JSDA 2Q2AA 4ECFA 4BDMA 2Q88A 2OWTA 1RKMA 3Q26A 3TZAA 1NKXA 5AA2D 1P1NA 3G3IA 1MPCA 4GXSB 1NH7A 1B46A 2O6AA 5HM4B 4KI0E 4MF3A 4G8HA 2AL5A 5EHMA 5FHMA 3LBSA 3K2DA 5AA1A 3BBRA 2REJA 4G68B 1LB8A 2ONKE 3N6TA 3K02A 1TXFA 1SW4A 3VXCA 1ELJA 4EF2A 3G3FA 3FJ7A 5K2YA 3DP4A 3W15C 4HCWA 2NOOA 4KCCA 3IL1B 2F78A 4YAHX 1HSLA 3N94A 4AQ4A 4ZEIA 3RN8A 1Q35A 2RINA 4F31B 4QFLA 5TPAA 4ISUA 2XXXA 3A09A 1JEVA 4H6DA 5FTHA 4R74A 2I6EA 3I3VA 3LSWA 3M3KA 4F1UA 1D9YA 5KCJB 2XXUA 1LBCA 4I1DA 1MQDA 3FXUA 1WDNA 5DVIA 3OEKA 4NMYA 4YICA 4R2BA 1B32A 4RJZA 1SI0A 3V5AA 2QMXA 2F36A 3S9EA 3EQ1A 4EQ7A 5CRYA 4F18A 3FXRA 3DP6A 3TEPA 3MZBA 3KSJA 3SEVA 2DE4A 4E0WA 2HAUA 3QSLA 4ZE8A 3S9NC 2F35A 3CSGA 1MXUA 2F7CA 1FCKA 3V83A 2V3QA 2XX9A 4MFIA 2Z8DA 1MXZA 4R75A 3G3GA 3HHFA 5DVFA 1JW1A 3K00A 2HZKA 3FXQA 2OK2A 5ITOA 3CIJA 1I69A 4R6YA 1EZOA 2Q89A 1QUKA 3I6VA 4C1TA 2O7IA 4QF9A 2FNCA 5I2NA 2ZNTA 4NEDA 3C35A 3S4UA 5CMKA 1XHYA 2ZYOA 1NNFA 4LVQA 5TPAB 3FV2A 2FA7A 4LQ2A 3SKPA 4R73A 3TQLA 1II5A 4BLAA 1BKAA 2A5TB 3PMVA 3IOVA 3KJ7A 2F97A 4LP2B 1MDQA 4ZEBA 4PFYA 3TFLA 3O28A 3TTMA 4DE8A 2O1MA 4RPNA 2DVCA 3MQ9A 1PBQA 4F39A 4OHNA 3L6HA 1A7LA 5M2VA 1B6HA 1FQCA 2QSXA 4NWDA 1Q1KA 5L8DA 1B3HA 2PBWA 3K6WA 3B6QA 3KBRA 2O69A 3K4UA 3GZGA 3KN7A 3TUSA 1DPPA 3EF7A 1MQHA 3H4ZA 3FJMA 2OJTA 4FECA 1MS7A 5AE4A 1PEBA 3FD3A 3K1MA 5JTYB 3IR1A 1VE4A 1MY2A 2ZXTA 4QSCA 1A8EA 4YKPA 3TTRA 3RTWB 4LQ5A 4POWA 4OWDA 4QHQA 2OWSA 2HQ0A 2O68A 2DWJA 3RNNA 3TCHA 4HW8A 3VV5A 4KQPA 4EQBA 3ZKLA 4M4GA 3Q28A 1M5EA 2P0SA 2VD2A 1B05A 3MP6A 5I2NB 4HS7A 2DQVA 1B5HA 5KZTA 4Q30B 4KYDA 1N84A 3CVGA 1US4A 2D21A 4NF8A 2UVIA 4LATA 2X7PA 4R2FA 3ZS6A 2I0BA 3K6VA 4OMBA 1I6QA 1AL3A 1ZIUA 3U1OA 1QJMA 3EPEA 4RNSA 5H8QB 1YPNA 1BP5A 3A3CA 4F3PA 3B6TA 2DYXA 3HHGA 3W9WA 1B5IA 1HSJA 1AH5A 3SDFA 4LZ5A 5ICQA 3MC2A 3HO7A 3FVNA 3O29A 5B70A 2XHDA 4KHZE 3T96B 4YB7A 4GD5A 2QS4A 5I59A 3T9HB 1B58A 2P2AA 4ONYA 4JDFA 4NF4A 1A55A 5IKBA 4LZ7A 2F34A 4YB6A 3TTKA 4P0IA 3FUZA 5HBCA 2F7BA 4LONB 3MVXA 2E1SA 1FQBA 5ISUA 3G3JA 3FVOA 4N13A 2HEUA 1MM7A 2RC8A 1UIVA 4ND9A 1SYHA 3CSBA 3MZ9A 4YKJA 4G4PA 4XKNA 3C32A 1JVYA 3K0VA 1J1NA 3PU5A 1JQFA 4YZZA 2PT1A 1H43A 4GFRA 1B9JA 4H67A 4NF6B 1B3FA 2E0SA 1IUDA 4DCXA 3Q29A 2O51A 3JV9A 1FQFA 3T93B 3E13X 1SW1A 1Y1ZA 2XXTA 2I4BA 4NF8B 3HPIA 2VGQA 3PPRA 1B0LA 1JETA 1B3LA 1MH3A 4G68C 4KD5A 1B2HA 1IXGA 1FTJA 1ZU0A 3EHUA 4F1YA 4OFLA 1NL5A 5LOMA 2V3TA 5FHNA 5ELVA 3IO6A 1H3DA 1XC1A 3ONMA 3K6UA 3LC8A 3M8UA 4H5GA 1JEUA 3MW0A 1WVJA 3RGYA 2GHAA 4AB6A 4C0RA 1H76A 4ZE9A 2Z23A 5I59B 2B3BA 1GVCA 3SESA 4NF4B 4P11A 2DWAA 2Y7WA 3FV1A 3VVFA 3HSTA 1XVXA 3Q25A 4UA8A 1I6BA 2F6PA 2DS9A 5I57B 4BDQA 1M5CA 3MP1A 2CMOA 1ZBMA 2VD3A 3OSRA 1P1WA 1YTVA 3HN0A 5I2KA 2I3WA 4OEUA 4O3AA 3UP9A 1Y1MA 3KJTA 4GXAA 1UTBB 3UORA 1MM6A 4YKKA 3SERA 4PP0A 4R6KA 3EHTA 2QMWA 2XXWA 1SW2A 3FIRA 3H6UA 3THIA 2V84A 2PX1A 2H9BA 3VXBA 1GV8A 3CG3A 3JYRA 4ZECA 4EXLA 2Q2CA 1R6ZA 3W9VA 4IGRA 3VLWA 1OVBA 3PMXA 3MVYA 4U1ZA 3T22A 3VVEA 3WAFA 1EU8A 4BDNA 2UVJA 1QUIA 5F1QA 1QUJA 4OETA 3FATA 1DPEA 5FHOA 4X48A 5TU0A 3O6GA 3CFZA 3S9MC 1L5TA 2G29A 4X1BA 4QFPA 2V25A 4OZ9A 3KOSA 1LAHE 3M3FA 1URDA 4P0GA 2DWHA 1TFDA 2Z22A 3LUYA 2M8CA 3EHSA 1MXYA 4L17A 1FTKA 5I2KB 3EN3A 4ZZEA 1TFAA 2Y7PA 1P1QA 3MPLA 4ELQA 4ZEFA 2DE2A 1LGBC 2NXOA 3L6GA 2UXAA 1P1UA 3H03A 3KEIA 4R72A 1B40A 3VE1B 3PPPA 4WKMA 1PDAA 2UVHA 4I9DA 1UQWA 3D4GA 1D3KA 2XXVA 1B7ZA 4MBPA 3TYHA 1MXXA 4OVJA 3PUZE 2R9JA 2PVUA 2X7QA 5H8HA 3KN3A 3UIFA 1NNKA 1Y4TA 5TP9A 1UTHA 1N7XA 1OVTA 2DWIA 2I4CA 3OO7A 4RYAA 2R6GE 1PB7A 1TWYA 1B51A 4QFNA 3O6HA 3E3KA 2OBGA 2XXPA 2H98A 2QJEA 5CI5A 2RCAA 4JWOA 3N5LA 5CMCA 3C4MA 1IXHA 2B65A 1ANFA 2RCBA 2PYYA 3PUXE 5I58A 1USYH 2Y7RA 4F19A 1Y4CA 3TKDA 4F29A 1FQEA 4KYSA 1Y3QA 2AYSA 4FAJA 3TELA 2HCAA 2VP1A 1URGA 1ZTYA 2GH9A 3MZ1A 4XIGQ 3RTFB 3PPQA 5AA3A 1LCFA 4GL8A 1ATGA 3ZKKA 3TTLA 1MY4A 2O84X 5CBRA 5I56A 4OQOA 1FTLA 1LSTA 3UGWA 3IAZA 1Y9UA 5IAIA 1H45A 4F2OA 3PD9A 4N6PA 3O97A 1DOTA 4WEDA 5H8HB 2BJJX 1VR5A 3SEYA 5CBSA 3C9HA 3KSXA 2D3IA 4AB5A 1A40A 3I5OA 3S9LC 1GR2A 5H8FA 3OOAA 3TDJA 2QS3A 1H44A 2VHAA 3ZSFA 2I58A 4YKIA 4NTLA 3RUMA 1TT1A 3T66A 5I58B 4JWYA 5A5XA 5H8SA 1NNPA 2CZLA 4XTCQ 4F22A 4F1VA 2A5SA 5JEIA 2DXYA 4JXIA 4JSOA 4H0WA 4O3BA 4DLDA 4TQUQ 2ZYKA 4YMBA 3H3GA 3RT6B 4IGTA 4GOTA 1MXWA 1LFIA 4EXKA 3OD7A 2PMSA 2REGA 4DIGA 3T9XB 4F3SA 3K1PA 2W7YA 3R6UA 4ZDMA 1ZLQA 3G3HA 2R71A 4DXCA 4THIA 3RY3A 1NFTA 5BWJA 1S50A 2X26A 4JWXA 3DELB 4GLIA 1SVXB 4IY5A 3O9PA 3VFJA 4OXVA 4MLQA 4G8NA 4U22A 3UN6A 3FJGA 3IOWA 2V3UA 2XD3A 4ZEKA 4KFQA 2H99A 4OYVA 1MQIA 1YCJA 4IO3A 2XX7A 4QFKA 4NWCA 1VSOA 3ECRA 1NH8A 1FTOA 3O2AA 1PC3A 3DP8A 5A5XB 3N26A 1ZKBA 2F5XA 1IZ1A 4KR5A 3TODA 2DXRA 1MQGA 4ZEDA 3PMWA 5ICTA 3DM0A 1PB8A 3U93A 5DTBA 3UA8A 4KCDA 2WKYA 2G93A 5I84A 2IEEA 4QRZA 4PETA 2ONSA 5AA4A 1QW0A 1USYE 3OMBA 1URSA 4OENA 3IO4A 4K3FA 2XXHA 4RY1A 1UIUA 5BUUA 3OO6A 3BKIB 4RK2A 3KOTA 2GFEA 4PFUA 4HCYA 3OEMA 5DEXA 1FW0A 4JB7A 2KLFA 4X9TA 2AIXA 3E9XA 4G68A 4DDDA 4IO5A 3U94A 3USDA 1S7YA 1EH3A 4YU0A 3VVDA 3T9UA 5L9SA 1GTKA 1IITA 3B7DA 1D4NA 3Q27A 3C36A 2UYEA 1F9BA 3KG2A 4GIZA 1MQJA 4RXLA 1MRPA 4LA9A 4PFTA 3VLVA 3MWBA 1XT8A 4ESWA 5F7VA 1LCTA 3FGSA 3KGCA 5AA2A 1N3XA 1N76A 3CR9A 1T0KA 1DMBA 3RPWA 2V93A 4I62A 1RYXA 4HTGA 4IY6A 3UK4A 3DLNA 2D5WA 3MBPA 4H1XA 3QIMA 3SETA 4DCYA 3CFXA 3MVZA 3ODBA 3IB2A 1DTGA 4TOZA 3IJXB 2QL3A 1YAEA 1B3EA 1OMPA 1PB9A 3B6WA 4C1UA 3K6XA 1IXIA 5CMBA 1B3GA 5AA4B 3IB0A 4GQOA 1A54A 4FATA 3IOTA 2F7AA 1P1OA 3LSLA 2HAVA 1MPDA 2H4IA 5CC2A 3V8XB 4POXA 3MJNA 2UYFA 4G77A 5L9OA 1FQAA 5DEXB 1IQ7A 4XKQA 1P99A 1GGGA 4DXUA 1POY1 3R7XA 1RYOA 3CG1A 3TMGA 2HZLA 3PPNA 4X1DA 3IX1A 4XXUA 1LAGE 5HPQA 2RF1A 1LLSA 4DXBA 4R9GA 5DVJA 3LSXA 1N04A 4QSDA 1JNFA 2Q8JA 3QK6A 4F3BA 1EZ9A 2A5TA 3G7WA 1LB9A 2Y84A 3FVKA 5AA2B 3KFMA 1OIBA 3TPAA 1IXCA 3QUFA 3TCGA 2O7UA 3OENA 1SW5A 3VLUA 4LZ8A 4EDPA 3HCQA 2ZYNA 4GF8A 1QKAA 1SI1A 3KN8A 2HFBA 4IO6A 2ZMBA 2HXWA 3U8QA 4LUBA 1B1HA 1B7UA 3PD8A 4BDRA 2IA4A 1Z7NE 3IOUA 2I48A 1JW4A 3IK6B 5CM6A 4OTEA 2Z8EA 1Y3PA 4MLVA 2YJPA 3U92A 1FQDA 3BFUA 3GBBA 4FORA 2ANJA 5JTYA 2ZYMA 4ELPA 3TTNA 4F2QA 4GWOA 2OLBA 1MG1A 4F3GA 3H7MA 4IO7A 1OLAA 2OZZA 1B5JA 1BIYA 3PGFA 2YPNA 1M5DA 3SEXA 2DSFA 1NMUA 4ZS9A 1QULA 3H06B 1QKBA 3F11A 1QVSA 4PFWA 5DT6A 2XXQA 1Y3NA 3C34A 4BDLA 3FZVA 2Q9TA 4FIMA 1CB6A 1FTMA 4U2RA 2RKMA 2DE3A 4PQJA 2QS2A 1OQGA 4WEPA 3E4RA 3OO8A 3A3UA 1MY3A 3LSFB 5H8QA 4R6HA 5K2XA 3M3LA 4I8CA 4EQ9A 5KDTA 5TP9B 5DYHA 4Z7EA 1UTHB 1AIVA 3PPOA 2XXYA 4TLMB 3C33A 1OQHA 1R9QA 4OERA 1ZJLA 1B52A 5JK4A 4H8IA 1D9VA 2NWJA 3OELA 3TAJA 3CI8A 1LAXA 4Q5TA 2QS1A 1XOCA 3LR1A 1I6AA 2DP8A 4RK9A 1NNTA 2ONRA 3QUJA 3CRBA 3MUQA 4FEBA 1XVYA 4G2ZA 2VOZA 3QYTA 4KYEA 3GLBA 4UACA 2UVGA 3FVGA 2LAOA 3SEWA 3OSQA 4EUOA 3O6IA 1CE2A 3T9VA 4PE5B 1S9TA 3MAMA 3QAXA 1LBBA 4NF6A 3H6WA 1O7TA 3K1NA 3KZGA 1IIWA 1B0HA 1N7WA 1OLCA 4H5FA 3PUWE 4EF1A 4IO4A 3K01A 1WODA 1HSEA 2ABHA 4IB2A 1IEJA 5I56B 1VFEA 2F6GA 2THIA 3ILUB 2QPQA 4U1OA 2F8DA 3U72A 1MPBA 3OXNA 5EYFA 4GVOA 1Y20A 3PUVE 1MY1A 4OFJA 2H5YA 3ILTB 1MXVA 1MH4A 3RT8A 2AL4A 4Q0CA 2Z8FA 1B7HA 5KDTB 5H8NA 4MH5A 3H6VA 3TQWA 4ELRA 4H8JA 1JW5A 1O63A 3FASA 1EZPA 3G3KA 1PBPA 1DSNA 5H8FB 4NE4A 4GL0A 3H6TA 4WXJA 2I3VA 4GRKA 2GHBA 4XKRA 4G8MA 3TCFA 2XXRA 3V89B 1O64A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CFLA 3IB1A 1N0TA 1AMFA 4P47A 2I13A 3TQMA 5I57A 3N6UA 2B3FA 4X8WA 2GRVA 1M5BA 5EHSA 1FTAA 3IJOB 2EWLA 1PJQA 4FJPA 5ITPA 2WEFA 2RSIA 4FEDA 2QRYA 4OVTA 4U4XA 4DV1E 2LT7A 2HPGA 4KPTA 2EPMX 2YTEA 3VDFA 1A99A 2EJ4A 1N3WA 3WAEA 4Q28A 2NUGA 2GQ1A 2EMFA 4RHBB 1UTBA 2ELYA 3IORA 3AXFA 1NV0A 5IGAA 4YB5A 4F9CB 1FBDA 4NF5A 1LFHA 4GBWA 1B4ZA 2XD2A 1G0IA 4OFOA 4FE8A 5I5PA 2RC7A 3JZJA 4Z0IA 3MP8A 2EPUA 3LUZA 4IO2A 3MHSC 2XX8A 2EM6A 2LMZA 2EE8A 5CMMA 4H65A 3EPHA 4U21A 4OVRA 2FYIA 3RQTA 4L5NC 4M9VC 2CTDA 2ZNSA 3R26A 2ESNA 4RPOA 3SEUA 1J5EE 1JVXA 3QG5C 1B1XA 1BLFA 4BDOA 3M99B 4TUGA 2EN3A 1EYJA 1A8FA 1FBCA 1UILA 4MNIA 2WX9A 4QFOA 4M1VA 1SD3A 4DZ1A 1LFGA 3QXMA 3MPKA 1MY0A 4OESA 1VFDA 4E0XA 4N6KA 2LTRA 5H8NB 5AE1A 2XWOA 4QSEA 3P7IA 4U4SA 4GWSA 1US5A 1Z7ME 2B4MA 4RA1A 2NUVA 4N15A 2CZIA 2Y5KA 2ZNUA 2M9AA 1M5FA 5ET5A 1A1GA 3O66A 2EPXA 1AOVA 1SPIA 2EOJA 1SQYA 4TLLB 2Y7IA 5L9MA 3E78A 3IWBA 3PV0E 4Q8RA 4YY3E 4ESXA 1R9LA 1IBKE 2O1LA 3HV1A 2H25A 1BB8A 3GXAA 2NVUB 4F2JC 1N36E 1N3GA 1FRPA 2OCUA 1BTJA 4OEVA 2EMKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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