3EQ1A

The crystal structure of human porphobilinogen deaminase at 2.8a resolution
Total Genus 96

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
338
structure length
312
Chain Sequence
RVIRVGTRKSQLARIQTDSVVATLKASYPGLQFEIIAFTKELEHALEKNEVDLVVHSLKDLPTVLPPGFTIGAICKRENPHDAVVFHPKFVGKTLETLPEKSVVGTSSLRRAAQLQRKFPHLEFRSIQGNLNTRLRKLDEQQEFSAIILATAGLQRMGWHNRVGQILHPEECMYAVGQGALGVEVRAKDQDILDLVGVLHDPETLLRCIAERAFLRHLEGGCSVPVAVHTAMKDGQLYLTGGVWSLDGSDSIQETMQATIHVPQHEDDPQLVGITARNIPRGPQLAAQNLGISLANLLLSKGAKNILDVARQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (29-45)S2 (51-54)TI1 (46-49)S8 (185-189)TIV1 (183-186)EMPTYTIV3 (271-274)S9 (204-205)TI6 (208-211)AH2 (78-87)S7 (162-164)TVIII1 (88-91)S3 (92-96)3H1 (97-99)TVIII2 (101-104)TII1 (105-108)AH3 (148-157)S4 (108-116)S5 (121-125)3H2 (127-129)TI3 (134-137)TI2 (133-136)S6 (142-144)TII3 (138-141)AH4 (170-179)TI7 (225-228)AH6 (229-235)AH5 (190-196)S12 (275-283)3H3 (199-201)TI5 (207-210)TII4 (214-217)S10 (219-225)AH7 (241-257)TIV2 (260-263)3H4 (236-238)S11 (265-272)TI4 (158-161)TII5 (216-219)TI8 (284-287)TVIII3 (287-290)S13 (290-298)TII2 (129-132)S1 (21-24)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Structure of human porphobilinogen deaminase at 2.8 A: the molecular basis of acute intermittent porphyria
pubmed doi rcsb
molecule keywords Porphobilinogen deaminase
total genus 96
structure length 312
sequence length 338
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2008-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 3eq1A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3eq1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3eq1A02
3KN3A 1MY1A 3C32A 4OQOA 5CBSA 3RT6B 5AA2D 3LC8A 3KBRA 1URSA 1TXFA 1OIBA 1D3KA 1FQBA 2O68A 2Q88A 4G4PA 2PVUA 2AYSA 2DP8A 2XD3A 4OETA 2B3BA 3F11A 3K6WA 5EHMA 5ELVA 5I56A 1MPDA 3JZJA 4KR5A 2PT2A 4EQ9A 3UIFA 3JV9A 5AA4A 4G68B 4IO7A 4NF8B 3C34A 1N0TA 3W9WA 3PMVA 4IY5A 1IXIA 5JK4A 2HAVA 3BBRA 2VOZA 4HW8A 3RGYA 5DT6A 5I57B 4YMAA 4WEDA 5TPAA 3IB2A 2I3VA 5L9OA 3OMBA 5EHSA 4MF3A 1VFDA 3TTMA 5A5XA 2H98A 5K2YA 3UGWA 5ICTA 2OJTA 1JW5A 2V3UA 2H25A 5EYFA 2I4BA 4KHZE 1DMBA 4ELQA 2Q2CA 1H76A 4H8JA 3E4RA 3BFTA 1URDA 3LSWA 2G93A 2AL4A 3RNNA 1PBPA 1NNKA 4NWDA 4H8IA 1A8EA 4IO4A 3IK6B 1N04A 3EN3A 4LZ8A 4N13A 3K6UA 1MPBA 3TZAA 1R9QA 3T22A 1MXVA 3A3CA 1SD3A 3U1OA 5BWJA 3B6WA 1WVJA 2Z8EA 1ZIUA 3N5LA 3PPRA 2H5YA 1MDQA 3PGFA 2DWHA 3R26A 1VR5A 2FYIA 4QFOA 2G29A 3K1NA 3G7WA 4H5GA 3H6WA 3FXRA 1B46A 2DE3A 3N6UA 2LAOA 2E1SA 3CFZA 3KJTA 1MXXA 3PD8A 4U1ZA 3PMXA 4QSEA 5CRYA 2X26A 2OWTA 5DYHA 5B7DA 3HO7A 4YKJA 4H65A 1Y4CA 1GGGA 4F1YA 2REJA 1B3HA 4X1DA 4PP0A 2VD2A 1NNPA 4NF5B 1PB9A 4KI0E 2P2AA 1FQEA 4OHNA 3V8XB 1NNTA 5HM4B 2DVCA 4GF8A 5JTYB 3MVYA 1TFAA 3OO8A 1MM7A 4H6DA 2NXOA 4ZEKA 4MLVA 1S7YA 1MQDA 4RY1A 1M5CA 4FATA 5H8FA 4NF4A 1B1XA 2FNCA 1LB8A 5L9MA 3RN8A 2V84A 4RJZA 3HHFA 4ONYA 5H8QA 1POY1 3E9XA 2O51A 4FECA 4MBPA 2XXTA 3CFLA 3MJNA 3FZVA 4GXAA 1N84A 3N6TA 4ZZEA 3PPQA 4FEBA 4G8NA 1P1WA 3DP8A 3PV0E 4QFPA 4JSOA 3OD7A 5KDTB 3EHUA 3MQ9A 4H1XA 3Q26A 5I59B 2DE4A 4LVQA 4F2QA 1FTOA 3C33A 5LOMA 3TQLA 4QHQA 4UA8A 4TLMB 2UVIA 3MWBA 1UTBB 2OBGA 3ODBA 5CMMA 1O63A 1LFGA 3CFXA 2F34A 5DVIA 2DQVA 2BJJX 3MVXA 1B05A 2Y7WA 4F3SA 2XX7A 1LB9A 3LSLA 4P0IA 4RXLA 4YB6A 3C4MA 1LFHA 2UYEA 3VLVA 1M5DA 4EQ7A 2UVGA 3VV5A 4FIMA 4QFNA 4F3PA 2F5XA 4POWA 3R7XA 3SEVA 4R9FA 4O3BA 3U94A 4GL0A 2DXRA 1D4NA 4F1UA 2D3IA 3K1MA 3MVZA 1ELJA 1ZBMA 4G68C 4F19A 2QSXA 1SQYA 3GXAA 1B6HA 4KFQA 2H4IA 5DTBA 3AXFA 5CMCA 1PDAA 3G3KA 3BKIB 3MVWA 3FXQA 4OVJA 2XXRA 2DXYA 3IOVA 2DVZA 3CRBA 1L5TA 2PMSA 3O2AA 2V93A 2QS4A 4IO5A 1BTJA 3IJXB 2I3WA 5I56B 3H3GA 5FTIA 3UN6A 1FTKA 2RC9A 2V25A 3I3VA 3OO7A 3I5OA 1A54A 2XXIA 1LAFE 3H6TA 4YKPA 2XXXA 2Y7PA 5AA4B 4R6HA 4ND9A 2VGQA 4R75A 2DWJA 3PUZE 3C35A 1O64A 1OLAA 4QSDA 3MP6A 3V83A 4TOZA 3ECRA 3IO4A 1MQGA 1NMUA 1FCKA 1II5A 2Q9TA 5TPAB 2THIA 4YMBA 4NF6A 3C31A 1Q35A 5A5XB 4OTEA 3Q27A 3THIA 3W15C 2D5WA 2O84X 4HCYA 1J1NA 1QUIA 2O1MA 2O69A 4EQBA 4U2RA 3A09A 5AA2A 2M8CA 4IO2A 2XXHA 4THIA 1HSEA 4BDQA 1SBPA 4K3FA 1QUJA 1LBBA 3QSLA 4ZE8A 4IO3A 4N6PA 3TCGA 1SI1A 1NH8A 1TT1A 4QSCA 3ZKLA 5I58A 2HXWA 1CE2A 4U22A 3OELA 3U8QA 4XKQA 4ZEBA 1JEUA 3E3KA 2WKYA 1H43A 1B58A 3IOWA 1P1NA 2QMWA 3FXUA 2OK2A 3KFMA 4DXUA 3OEKA 4ELOA 2F7AA 1DOTA 1XHYA 3FASA 2XXUA 1IITA 3SKPA 3FVKA 2RCBA 1PB7A 4POXA 2Z8DA 3VVDA 2V3QA 1R6ZA 1S50A 3FATA 3S2VA 1ZTYA 4EXLA 3FVNA 4ZZAA 4ZE9A 2XXPA 1SW4A 4E0XA 1I69A 4XKRA 1Y3PA 5CM6A 5TU0A 2DOJA 2QJEA 2XXQA 1TWYA 2ZXTA 3GLBA 4KD5A 2P0SA 4IO6A 3TCFA 1Y3NA 3UP9A 2XXYA 2QPQA 4KPTA 4YAHX 5KCJA 1FTJA 4Q8RA 4OFOA 1DPPA 4DXCA 4X48A 3EPEA 2ZMBA 2QS1A 2O7IA 4Q0CA 2DS9A 1Y9UA 3M8UA 2GH9A 2Q8JA 4OMBA 4FJPA 1NNFA 2I6EA 5CBRA 4ZEDA 4OEVA 4O3AA 4YICA 4HTGA 5H8FB 4DCXA 4NF4B 2RKMA 1ZLQA 4DXBA 3O6HA 4LATA 3E13X 1Y20A 1QVSA 4O3CA 2Y84A 4IGTA 4IY6A 4G8HA 4I8CA 3U93A 3M3KA 5H8QB 3GZGA 2UVHA 4DLDA 4FORA 1Z7NE 4EUOA 2OWSA 1JW1A 1I6QA 3ILTB 1OVBA 5BUUA 1QW0A 3G3HA 1MQJA 4Z7EA 3LSXA 1F9BA 4DE8A 2VHAA 1AOVA 2ZYOA 3CR9A 1P99A 3FD3A 2QL3A 3OSRA 3VXCA 1LGBC 4XKNA 3QAXA 4XIGQ 5FHMA 1KWHA 4NWCA 4U23A 4H0WA 3C9HA 4I62A 3TDJA 2NOOA 4YKKA 3TUSA 3PPPA 3VE1B 2H9BA 2UVJA 3N26A 2ZNSA 4OWDA 4XXUA 5CMKA 3TTNA 1JQFA 1PEBA 5F1QA 1B7ZA 1FTMA 3H03A 5I84A 1YPNA 4KYEA 4HCWA 1SYIA 2PYYA 2O6AA 4BLAA 4BDNA 3TTRA 4QF9A 3TODA 4OZ9A 1LAHE 4R2FA 1OVTA 3G3IA 3MW0A 3IJOB 3O97A 5JEIA 3K4UA 4R73A 4G2ZA 3CG1A 4NEDA 2YLNA 3USDA 1MG1A 1H3DA 1B7UA 3KSXA 2NVUB 4WEPA 2B3FA 5I2KA 4NMYA 5B70A 5TP9A 3PPNA 3SEXA 3Q29A 1FQAA 3O28A 4LUBA 4LA9A 3VLUA 2ALUA 3RQTA 3PUXE 5L8DA 1IQ7A 5F7VA 2OZZA 4NE4A 4AB6A 4GOTA 4JDFA 1ZU0A 4NF6B 4OXVA 1N3WA 1MXYA 1QJMA 3O6GA 3MP8A 2XHDA 3GBAA 1MXZA 2REGA 4PFUA 4OFJA 3KGCA 4KCCA 3CG3A 4EF1A 3KSJA 1IXCA 4PFWA 1M5FA 1MPCA 3OOAA 1IXGA 1QKBA 3OO9A 5AA2B 3QYTA 1PBQA 3LR1A 3RPWA 4JB7A 1CB6A 1MY4A 2ZYMA 2ZNTA 4UACA 5AA1A 3RT8A 5I58B 2HEUA 3V89B 3G3GA 4PFYA 4U4SA 4EXKA 1FTLA 3VDFA 3O6IA 4RK9A 4OENA 1GV8A 3TYHA 4P0GA 4JWYA 3FVGA 2RF1A 4JBZA 2Z22A 1Y4TA 3ILUB 3TMGA 1UIUA 2I0CA 2I49A 3O9PA 3OSQA 4F2OA 1VE4A 1USYH 5ICQA 1B9JA 3HHGA 5HBCA 2YJPA 1MQIA 3SEUA 1MS7A 2F7CA 4QFLA 2DSFA 2P1SA 2F7BA 1B1HA 4JWOA 4RPNA 3TQWA 3TKDA 3MP1A 1B3LA 4X1BA 1US5A 4FAJA 4OESA 1AH5A 1EZPA 3TEPA 2PX1A 4GWOA 1GVCA 4C0RA 5CC2A 1LLSA 4PE5B 1JETA 3H4ZA 3DLNA 4ZS9A 1MXUA 5KCJB 4Q5TA 4M4GA 3SEYA 3K01A 1US4A 1SI0A 5FTHA 4XTCQ 1UQWA 2ZYKA 3Q25A 2GFEA 3KOSA 4GD5A 2A5TA 4HS7A 1MQHA 1GR2A 4IB2A 2OCUA 3G3JA 1MRPA 3KZGA 3T9XB 5FHNA 3VXBA 1Y1MA 2GRVA 1BLFA 1XVYA 4DDDA 1N76A 2Y7RA 3O29A 1XC1A 3TCHA 3MPKA 1IUDA 1I6BA 3FV2A 1DSNA 3RUMA 2RC7A 4IGRA 2HQ0A 1VFEA 3SDFA 3DELB 3K1PA 4ZECA 4Q30B 3W9VA 4GVOA 3IO6A 1URGA 4Z0IA 2F6PA 4OFLA 2E0SA 4KCDA 2DE2A 3QIMA 1XT8A 3S9LC 3IR1A 2ONKE 2Q2AA 4N07A 2W7YA 3T9HB 3VFJA 2Y7KA 3PPOA 3IL1B 2GHAA 4OERA 3HCQA 2HCAA 4U4XA 1B0LA 5CMBA 1RYOA 3N94A 5DEXA 1D9YA 3VVFA 3SEWA 3MUQA 5H8HA 1S9TA 2UXAA 1B0HA 3HN0A 4R2BA 2QS3A 3D4GA 4M1VA 3R6UA 3IOUA 3VVEA 3UK4A 3ZSFA 3TPAA 4AB5A 1LFIA 3QK6A 4U1OA 3H06B 1P1OA 2VD3A 4R6KA 1R9LA 5H8NA 3RLFE 1NKXA 1YTVA 3K02A 3PUWE 3ZS6A 1GTKA 2DWIA 1SYHA 2F36A 2I4CA 1XVXA 2PBWA 1IZ1A 1QKAA 3KJ7A 1ZMGA 1NFTA 1FQDA 2XXWA 5ITOA 5ISUA 3TTLA 5IKBA 1XS5A 4I9DA 2RC8A 2QS2A 3K0VA 1NL5A 3OO6A 3HPIA 4R74A 1O7TA 4ZDMA 2IA4A 4WKMA 4G8MA 3BFUA 1UTHA 4BDOA 2VP1A 1A55A 3EF7A 2HZLA 1IXHA 3FVOA 2NWJA 3T93B 5AE4A 1M5EA 4RYAA 2V3TA 4KQPA 3MBPA 5M2VA 1RKMA 4PFTA 3KN7A 5I2KB 1B3GA 4JWXA 5TP9B 4QRZA 5I2NA 2X7QA 3KOTA 1MY0A 1USYE 1SW5A 2DWAA 3LSFB 4ESWA 4EDPA 3I6VA 4GQOA 1B5JA 3RTWB 4R72A 5L9SA 1AL3A 1B4HA 2Z23A 3S9NC 1DPEA 2XX9A 3L6GA 2ABHA 3FIRA 3KEIA 2Q89A 2F8DA 3H7MA 5DVJA 4BDMA 4ISUA 2HFBA 2R71A 1EZ9A 5CI5A 1HSJA 3QUFA 4YB7A 4F39A 1I6AA 1BP5A 1AMFA 3MAMA 4GL8A 2RINA 3IAZA 4LQ5A 1SW1A 3DM0A 3QXMA 4ZEIA 3EHTA 2I0BA 2I58A 1WDNA 2KLFA 1EZOA 5DVFA 4OEUA 4F31B 1H44A 1JEVA 2X7PA 1JW4A 4XKPA 2UYFA 4KYSA 3CSBA 1B52A 3S4UA 4RA1A 2XX8A 1JNFA 3MZBA 3QUJA 1B4ZA 1IIWA 3UORA 2Z8FA 2ZNUA 3TTKA 2OLBA 4EF2A 1FQCA 4C1TA 4F29A 2Y7IA 2GHBA 3HV1A 1ZKBA 4GIZA 2F35A 4PETA 3L6HA 1A99A 3T9UA 1MH3A 3RY3A 4G68A 3MZ1A 4NF8A 1MY3A 5AA3A 3LUYA 2QMXA 1HSLA 4H5FA 4F3BA 3D4CA 1OMPA 1B5HA 4I1DA 1BIYA 2R6GE 5I57A 1D9VA 1EH3A 1JVXA 3FJ7A 1B40A 4F22A 1NH7A 1FQFA 5IAIA 4R9GA 1A8FA 4KYDA 4GRKA 1MM6A 3FJGA 1N3XA 2AL5A 3A3UA 1P1UA 2XXVA 1Z7ME 3H6UA 1IEJA 4PQJA 2DYXA 3IB0A 3TFLA 5FHOA 3PUVE 3K2DA 3K6XA 3FUZA 2B65A 2AIXA 3PUYE 3C36A 2IEEA 4NTLA 2O1LA 2HZKA 3WAFA 3TELA 2A5TB 3FJMA 3M3LA 1B32A 1OLCA 1B7HA 2RCAA 1FW0A 3PMWA 2F78A 4H67A 1PB8A 4RNSA 4LZ7A 1T0KA 1MH4A 1A7LA 4ESXA 3HSTA 2FA7A 4QFKA 4JSDA 4JXIA 2F97A 2I48A 4LONB 4MLQA 4E0WA 3B6TA 3JYRA 1QULA 2H99A 5ITPA 3CIJA 1N7XA 3CI8A 4U21A 1ANFA 1POTA 1LSTA 3IOTA 3O66A 1VSOA 1LAXA 4TLLB 1TFDA 3OENA 3U72A 1R1NA 1P1QA 4GLIA 2CMOA 4BDRA 4MH5A 4DZ1A 3SESA 4FE8A 1QUKA 3ZKKA 4GXSB 5DEXB 3MPLA 4ELPA 4AQ4A 3H6VA 3T66A 5H8HB 3IORA 1ATGA 4ELRA 1LBCA 3U92A 3IB1A 4NF5A 4R6YA 2F6GA 1DTZA 4MFIA 5HPQA 3MC2A 3Q28A 1MY2A 3VLWA 3FV1A 2CZLA 3LBSA 2YPNA 4RPOA 4LP2B 5J1DA 4TQUQ 3P7IA 2XD2A 4RK2A 5JTYA 1WODA 1DTGA 5H8NB 2ANJA 4WXJA 3K00A 1AIVA 1SDXA 3M3FA 1YCJA 1M5BA 1B51A 1B3EA 3CVGA 5H8SA 4G77A 3V5AA 4DIGA 4YU0A 2PT1A 3TAJA 3WAEA 1JVYA 1RYXA 3K6VA 2ONRA 4BDLA 4L17A 1UIVA 3B6QA 4LZ5A 3MZ9A 4P11A 3IX1A 3T9VA 4GFRA 1PC3A 1UTHB 4FEDA 1Q1KA 1SW2A 2A5SA 1OQGA 2D21A 5KDTA 5I59A 4YZZA 4F18A 3S9EA 1YAEA 4DCYA 4F3GA 1UTBA 1LAGE 2ESNA 1N7WA 1B3FA 3B7DA 3ONMA 4F1VA 1MDP1 2ONSA 2NUVA 3SERA 3EHSA 5I2NB 1Y3QA 4YKIA 3CSGA 3OXNA 1LCTA 2HAUA 3G3FA 3DP4A 4LQ2A 5K2XA 2ZYNA 4ZEFA 3RTFB 1SVXB 4OYVA 1XOCA 1B5IA 3GBBA 3PD9A 3KN8A 1A40A 5KZTA 3DP6A 3KG2A 1OQHA 3OEMA 1ZJLA 1MXWA 3PU5A 3UA8A 1EU8A 1B2HA 4X9TA 1BKAA 1LCFA 2O7UA 3EQ1A 2QRYA 3SETA 3FGSA 1H45A 1Y1ZA 3T96B 4C1UA 4ECFA 4YB5A 3S9MC 2R9JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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 3U72 A;  1R1N A;  1P1Q A;  4GLI A;  2CMO A;  4BDR A;  4MH5 A;  4DZ1 A;  3SES A;  4FE8 A;  1QUK A;  3ZKK A;  4GXS B;  5DEX B;  3MPL A;  4ELP A;  4AQ4 A;  3H6V A;  3T66 A;  5H8H B;  3IOR A;  1ATG A;  4ELR A;  1LBC A;  3U92 A;  3IB1 A;  4NF5 A;  4R6Y A;  2F6G A;  1DTZ A;  4MFI A;  5HPQ A;  3MC2 A;  3Q28 A;  1MY2 A;  3VLW A;  3FV1 A;  2CZL A;  3LBS A;  2YPN A;  4RPO A;  4LP2 B;  5J1D A;  4TQU Q;  3P7I A;  2XD2 A;  4RK2 A;  5JTY A;  1WOD A;  1DTG A;  5H8N B;  2ANJ A;  4WXJ A;  3K00 A;  1AIV A;  1SDX A;  3M3F A;  1YCJ A;  1M5B A;  1B51 A;  1B3E A;  3CVG A;  5H8S A;  4G77 A;  3V5A A;  4DIG A;  4YU0 A;  2PT1 A;  3TAJ A;  3WAE A;  1JVY A;  1RYX A;  3K6V A;  2ONR A;  4BDL A;  4L17 A;  1UIV A;  3B6Q A;  4LZ5 A;  3MZ9 A;  4P11 A;  3IX1 A;  3T9V A;  4GFR A;  1PC3 A;  1UTH B;  4FED A;  1Q1K A;  1SW2 A;  2A5S A;  1OQG A;  2D21 A;  5KDT A;  5I59 A;  4YZZ A;  4F18 A;  3S9E A;  1YAE A;  4DCY A;  4F3G A;  1UTB A;  1LAG E;  2ESN A;  1N7W A;  1B3F A;  3B7D A;  3ONM A;  4F1V A;  1MDP 1;  2ONS A;  2NUV A;  3SER A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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