3EQ1A

The crystal structure of human porphobilinogen deaminase at 2.8a resolution
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
338
structure length
312
Chain Sequence
RVIRVGTRKSQLARIQTDSVVATLKASYPGLQFEIIAFTKELEHALEKNEVDLVVHSLKDLPTVLPPGFTIGAICKRENPHDAVVFHPKFVGKTLETLPEKSVVGTSSLRRAAQLQRKFPHLEFRSIQGNLNTRLRKLDEQQEFSAIILATAGLQRMGWHNRVGQILHPEECMYAVGQGALGVEVRAKDQDILDLVGVLHDPETLLRCIAERAFLRHLEGGCSVPVAVHTAMKDGQLYLTGGVWSLDGSDSIQETMQATIHVPQHEDDPQLVGITARNIPRGPQLAAQNLGISLANLLLSKGAKNILDVARQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of human porphobilinogen deaminase at 2.8 A: the molecular basis of acute intermittent porphyria
pubmed doi rcsb
molecule keywords Porphobilinogen deaminase
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 312
sequence length 338
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2008-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 3eq1A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3eq1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3eq1A02
1B3FA 1DTGA 1MY0A 2HZLA 4ECFA 3WAFA 3G3JA 3W15C 1A8EA 1P1QA 2I0BA 1SD3A 3EPEA 3KSJA 3TCFA 3RTWB 3MP8A 1VFEA 4DXCA 1FTLA 3PPRA 3O9PA 4DZ1A 4POXA 1A55A 5CRYA 1D3KA 3USDA 4DE8A 3KZGA 5TU0A 3MAMA 3BFUA 3N6TA 2H99A 5K2XA 4OXVA 4G68A 2PVUA 5DT6A 1UIUA 2P1SA 4ESXA 3SEWA 3RLFE 1DPEA 1N84A 1NNKA 2G93A 3LC8A 3VXBA 4U4SA 4GRKA 4E0XA 3MPLA 1O64A 2P0SA 4Q5TA 1LCTA 3M3FA 1YPNA 4F1UA 3JZJA 3CIJA 2D3IA 5DYHA 3TMGA 3QK6A 4F3PA 2I4BA 3A3UA 2PX1A 5H8FB 1MXYA 3C33A 3IJOB 4IGTA 3OELA 3OO6A 2F6GA 4GIZA 1LAHE 2XXHA 2ZNUA 4YKPA 4P11A 5LOMA 3V89B 4ZEFA 2THIA 2ZNSA 3THIA 1L5TA 2GH9A 3MW0A 3VLWA 5CC2A 1B1XA 1MQDA 5H8NA 4U2RA 1N3XA 1GR2A 2O68A 4OEVA 1OVTA 4AB5A 3G3IA 2H9BA 1IXGA 3K01A 4PFYA 3MVYA 5H8FA 4JWYA 1ATGA 1JNFA 3IAZA 4MH5A 3PD8A 5CM6A 1BP5A 1QJMA 1CB6A 3IB0A 2HQ0A 4NWCA 3RT8A 3I3VA 2PMSA 2YJPA 1NNTA 3K0VA 3FJ7A 3IB2A 4G8HA 1FQFA 1RYOA 1BIYA 3IR1A 3OSRA 3KGCA 3N6UA 1NFTA 4R9GA 3BKIB 1S9TA 3DP6A 3SEUA 1LSTA 4G68C 3O28A 5I56B 4KHZE 4NF8A 3T9HB 4BDOA 4IO3A 1YTVA 4FATA 4FE8A 4X9TA 1Y3QA 3E4RA 1RKMA 1FQAA 4KCCA 3VLVA 1YCJA 4EQ7A 2AL5A 2IA4A 1YAEA 3KG2A 1URGA 3KN3A 4YB6A 3E9XA 5F7VA 1RYXA 3E13X 3CFXA 4NF6A 4EUOA 4ZEDA 5H8HB 1B40A 3SESA 1B7HA 2A5SA 2O1LA 1ZKBA 3C32A 3FV1A 3GZGA 4KFQA 3QYTA 1FQBA 5I56A 3C34A 2REGA 4XTCQ 2GHAA 4FORA 4Q8RA 2V3TA 5HM4B 2QJEA 2OWSA 3CSGA 4MF3A 2Y7KA 4C1TA 1SYIA 4R2FA 4FECA 3W9WA 4ND9A 2DYXA 1AIVA 4GWOA 3IO4A 2YLNA 3PUVE 3K02A 5DVFA 4EDPA 1LFHA 4ZEIA 1XT8A 1MXWA 1D9YA 4OVJA 1MQGA 4KYSA 3MUQA 4YKIA 2GRVA 4F2OA 3IK6B 3KOSA 5H8HA 4C0RA 3ILTB 1TFDA 1R1NA 4I9DA 3OO7A 4ZS9A 1IITA 1ELJA 4ZZAA 2R9JA 1MG1A 3PUXE 5AA3A 2H98A 3RT6B 2DVZA 3U1OA 2X7PA 3SEVA 3TELA 3E3KA 4FEDA 4PQJA 2NXOA 2A5TB 1B9JA 4XKPA 5FHOA 3U92A 3VV5A 5HPQA 2PT2A 1LGBC 2RF1A 4U1ZA 1PC3A 3FATA 3K6UA 3QAXA 1JW4A 4RA1A 1UTHB 4RXLA 1F9BA 3U94A 3PPPA 1DMBA 4GOTA 1P1OA 3ZSFA 3RTFB 4XKQA 2XHDA 4LVQA 5CMBA 1IQ7A 3FASA 3OD7A 4ZZEA 4F31B 3OEKA 3RY3A 4GFRA 5EHSA 1MY4A 4F1YA 4M1VA 1QUKA 3OSQA 2OJTA 2UYFA 2ONKE 1LCFA 4FIMA 2ZYOA 5I58A 3VVFA 5HBCA 2Y7IA 4F39A 2KLFA 2ZYMA 4NF5B 2F35A 1P1WA 3KFMA 4DCXA 3TPAA 1TFAA 4LP2B 3H6UA 4JSDA 1P1NA 3SERA 1JQFA 2QPQA 4H1XA 2YPNA 4G8MA 4TLMB 2DE2A 3S4UA 4H6DA 3VLUA 4GXAA 4YMBA 1MDP1 4LZ5A 4OFJA 1NMUA 3QUJA 1NL5A 4NWDA 3O2AA 4OWDA 1IZ1A 1M5EA 3LR1A 1SW4A 4R73A 4ZEBA 5KCJB 4IY5A 3K6VA 4U23A 1LAFE 2UYEA 4LZ7A 1SW2A 4PP0A 4NF4B 4FEBA 4EF2A 2HXWA 1B32A 2Z22A 3KJTA 4L17A 2CMOA 3HV1A 4OQOA 3F11A 3K1PA 2XXPA 1FTMA 1OLCA 3QXMA 4O3CA 3VDFA 3ILUB 1WODA 4KPTA 3N26A 4WXJA 1MQIA 3H6VA 3A09A 4ELRA 4M4GA 5I2NB 1B6HA 2D21A 2O7IA 5ICTA 1USYH 3V83A 3PV0E 3SEYA 2FNCA 4G8NA 5B70A 3B6WA 1A7LA 1UTBA 3FVOA 1LB9A 5KCJA 4R75A 1JW1A 4O3BA 4FAJA 3KBRA 3H3GA 4EXKA 2Q9TA 2V93A 5JEIA 3SDFA 1JVYA 2RKMA 3CR9A 4RK2A 2QS2A 5CBRA 3G3HA 3FXRA 3Q26A 1LAGE 4MFIA 2FYIA 2RC9A 1N76A 5CMMA 4ELPA 3VVDA 3R26A 3FZVA 2DVCA 2OK2A 3LBSA 1B0HA 1EH3A 2Z8DA 1N3WA 3I5OA 3CVGA 5AA4B 1J1NA 5AA2B 3FVKA 3IL1B 2R6GE 4ZE9A 3R6UA 3T22A 3EN3A 3IOTA 4BDRA 4R2BA 5ITPA 5I59B 1H44A 2XXVA 3MZBA 1B52A 3D4CA 3SKPA 4KQPA 1FW0A 4C1UA 2AL4A 3Q28A 1N7XA 1ZTYA 3IX1A 4IO2A 3EHTA 1OIBA 4THIA 1WDNA 2XXUA 4POWA 1VR5A 2NUVA 5BWJA 2F34A 2O51A 2XD2A 1ZMGA 4GQOA 4QFKA 4YKKA 1B58A 1T0KA 4DXUA 3I6VA 4IO6A 3V8XB 1B4ZA 1Q1KA 1Y3PA 1FQDA 2F8DA 2AYSA 2X26A 3G3GA 3H6WA 1N0TA 4DCYA 1SQYA 1XOCA 1MQHA 4LQ5A 4WEPA 3TTRA 2F6PA 3M3LA 2I58A 1A40A 3Q25A 3EHSA 2XXWA 3TAJA 3EF7A 4OEUA 3HN0A 1EZPA 1GVCA 1M5BA 2Z8FA 2B3FA 4GVOA 4JDFA 3BBRA 4JBZA 3ZKKA 4ELOA 1MXZA 2DWIA 1VE4A 3FGSA 2VHAA 5ITOA 2I6EA 2DWJA 4X1BA 2LAOA 3T9XB 1M5CA 3O6HA 4LONB 1MXVA 5K2YA 4OHNA 3CI8A 2H5YA 4H5GA 1URSA 4NMYA 5AE4A 2F7AA 1QVSA 3RUMA 5I57B 3MZ9A 3FVNA 4XKRA 3K2DA 4F3BA 4H67A 4YU0A 3DP4A 4QF9A 3RN8A 2F36A 2H4IA 3TODA 4K3FA 3IO6A 4ISUA 3GLBA 5CI5A 3C36A 4DXBA 1URDA 1LB8A 4H0WA 2UVGA 1R9LA 2PT1A 2B65A 4RY1A 1B3EA 2R71A 3TQWA 4XKNA 2M8CA 3KSXA 3O97A 5I84A 4YICA 3T93B 2NVUB 2PYYA 2Z8EA 4DLDA 5H8QB 2Q2AA 2V3QA 4F1VA 4LZ8A 1B0LA 3K00A 3H06B 2OLBA 4PETA 2E1SA 4XXUA 1DSNA 5DVIA 1WVJA 1ZBMA 3IORA 1LFIA 5AA2D 3TUSA 4ZECA 3PUZE 4H65A 4RJZA 1Z7ME 3PMXA 4LQ2A 2ABHA 3K4UA 4X48A 4R6YA 1HSJA 4HCYA 3HSTA 3HHFA 4LATA 4KYDA 3MP1A 3L6GA 2QS1A 3PPNA 3RPWA 1MS7A 3MVZA 4IO5A 4RPOA 5DEXB 4F29A 4BDMA 3IOUA 4ZDMA 1BLFA 3OO9A 5I2KB 1QKAA 5ISUA 5L9OA 2I3WA 3TCGA 5CMKA 3PUWE 3HHGA 3FJGA 1N7WA 1FQCA 3CFZA 4GF8A 1VFDA 1FTJA 3ZKLA 4KI0E 1UIVA 2OCUA 1P1UA 2F5XA 1D9VA 3C31A 4YMAA 3SEXA 2I0CA 3V5AA 1QKBA 1D4NA 5AA1A 3R7XA 5CBSA 1XC1A 2HFBA 1HSLA 4U1OA 3N94A 4EQ9A 1SVXB 2Y7WA 4LUBA 3GXAA 3GBAA 1NKXA 3PU5A 1CE2A 5DEXA 4QHQA 2XD3A 1S50A 4QFOA 3O66A 1MY1A 4MLQA 3A3CA 4OYVA 3JYRA 3MVWA 4NE4A 3TQLA 3KN8A 3WAEA 4NTLA 1Y9UA 5EHMA 3LSFB 1PB9A 5DVJA 1SI1A 3QIMA 2NWJA 2ZYNA 1ZJLA 4OENA 2Y7PA 3P7IA 4IGRA 4ZE8A 1MPCA 1I6AA 2QL3A 2A5TA 4F3GA 4GL8A 1SW1A 1FTOA 2DSFA 4PFUA 1N04A 2DS9A 4TLLB 3G7WA 4QFLA 2GFEA 2RC8A 3L6HA 1UTHA 2RINA 3U8QA 1AL3A 3IOVA 1MPBA 4KYEA 3TKDA 3N5LA 3FXQA 5TPAB 5CMCA 3VE1B 1Z7NE 1GGGA 3K1NA 3TTLA 3IB1A 4N6PA 4U21A 4AB6A 4OTEA 3MP6A 1XVYA 1US4A 1ANFA 4HS7A 3MC2A 4F22A 2VD2A 1OQGA 2RCBA 1QULA 4H8IA 4RK9A 3Q27A 4Z0IA 3OOAA 3LSXA 1PDAA 4I62A 3TZAA 3ZS6A 4NF5A 5ICQA 1ZLQA 5FTIA 3K1MA 1MY2A 3HPIA 1R9QA 1TT1A 2DWAA 4QFPA 1QW0A 5KDTB 1GTKA 3OXNA 3UA8A 4BDLA 4U22A 1SBPA 5TPAA 3U93A 3MJNA 4G77A 4DDDA 1DPPA 3LUYA 3CG3A 3TTNA 2ALUA 4FJPA 4HCWA 4ESWA 3M8UA 4IY6A 5L9MA 1OLAA 4Z7EA 2OWTA 4EXLA 3PMWA 3PMVA 1B05A 2REJA 1US5A 3LSWA 2RC7A 2XXQA 3GBBA 3H6TA 3QSLA 4NF4A 3D4GA 3G3FA 3PPQA 5FHMA 2HEUA 3ONMA 3IOWA 2DWHA 3FXUA 3S2VA 1QUJA 4H8JA 5KDTA 2F78A 3T66A 4NEDA 1IIWA 1Y4TA 2NOOA 3CG1A 1MQJA 3H03A 5I2NA 1H76A 2G29A 4BLAA 1XHYA 5H8SA 4P0GA 1LBBA 3O6IA 4G4PA 4OETA 2O7UA 3KN7A 4Q30B 4BDNA 1PB8A 3HCQA 2HAVA 2UVHA 5BUUA 4R6KA 3KJ7A 5JK4A 2X7QA 1OMPA 5H8NB 1A54A 3SETA 2ZNTA 4R74A 1OQHA 1FCKA 1NNFA 3RGYA 2UXAA 3FVGA 4R72A 1A99A 3B7DA 4GD5A 4ELQA 2O84X 2O69A 2XXRA 1NH7A 1PBQA 3MWBA 2DXYA 3H7MA 4TOZA 3M3KA 4XIGQ 3FUZA 3ECRA 2CZLA 2UVIA 2O1MA 3FJMA 1FQEA 1M5FA 3VVEA 5AA4A 5AA2A 4JB7A 4IB2A 4GLIA 2AIXA 2D5WA 1B5JA 2RCAA 3CSBA 1MY3A 4OFOA 4OMBA 4RYAA 4P0IA 1IXCA 2XX9A 1FTKA 5F1QA 4YKJA 1MM7A 5I59A 4F18A 2BJJX 1H43A 3B6TA 1Y3NA 3TTMA 1VSOA 3PPOA 1MXXA 3UK4A 2V3UA 1EZ9A 5EYFA 4HTGA 4O3AA 4UA8A 2IEEA 3PUYE 2Q89A 1NH8A 1II5A 5IKBA 1POY1 5B7DA 3AXFA 4NF8B 3U72A 5ELVA 1QUIA 4MLVA 1EU8A 3OMBA 1I6QA 3UN6A 1JEVA 1M5DA 2VGQA 4KR5A 3TTKA 4WKMA 3C9HA 2F97A 4QFNA 4GXSB 1B5HA 1JW5A 3DELB 2Q88A 3PGFA 1JVXA 4JXIA 3T9VA 2QMXA 4YAHX 2O6AA 2DOJA 2Z23A 3PD9A 2GHBA 4NF6B 3UORA 1TWYA 5J1DA 1B3LA 3S9NC 4R6HA 3UP9A 1B7ZA 4LA9A 4AQ4A 1H45A 4OFLA 1IXIA 1AOVA 3O29A 4N07A 1O63A 4JWOA 1ZU0A 2XXIA 3FD3A 3MZ1A 1B5IA 1MPDA 2PBWA 2VOZA 3TFLA 5I57A 1IEJA 2OBGA 2OZZA 5JTYB 3OO8A 2DQVA 2QS4A 3RQTA 4MBPA 3OENA 1IXHA 4TQUQ 1LLSA 4KCDA 1Y1MA 1B51A 1GV8A 1EZOA 3JV9A 4ONYA 4N13A 3QUFA 1P99A 4IO7A 3T9UA 1PEBA 2B3BA 3DLNA 5L9SA 2ONRA 4RNSA 2XXTA 2P2AA 3BFTA 1MM6A 1O7TA 2ANJA 4QSCA 2I4CA 3UGWA 1AH5A 5H8QA 1Y20A 2H25A 4E0WA 1JETA 2ONSA 2I48A 1TXFA 2ZYKA 1NNPA 5A5XB 5DTBA 5KZTA 1AMFA 2DE3A 2UVJA 4F2QA 5JTYA 3MVXA 2XX7A 3TDJA 3KOTA 4EF1A 3EHUA 3H4ZA 4BDQA 2Y7RA 1BKAA 1IUDA 3MQ9A 4KD5A 1HSEA 1XS5A 1POTA 2V25A 2ZXTA 4F19A 5IAIA 3DM0A 2VD3A 3FV2A 3B6QA 2ZMBA 1USYE 2F7BA 4GL0A 1SYHA 4X1DA 5I2KA 1OVBA 5A5XA 2DXRA 4Q0CA 1MRPA 4U4XA 3T96B 3UIFA 3TEPA 1MH4A 5I58B 4I8CA 1DOTA 4WEDA 5L8DA 1LAXA 3G3KA 4HW8A 4I1DA 2QS3A 4DIGA 2I49A 1I69A 2W7YA 4R9FA 3W9VA 1A8FA 1SI0A 1B3HA 2HCAA 4JSOA 1B4HA 3VXCA 3HO7A 3OEMA 4H5FA 2HAUA 5TP9B 1I6BA 1SW5A 4OESA 4ZEKA 2F7CA 2XX8A 1Q35A 3MPKA 4UACA 3EQ1A 3Q29A 4OERA 2Y84A 2Q8JA 1PB7A 2QMWA 1R6ZA 1Y4CA 2XXYA 4QSDA 3VFJA 5FTHA 1XVXA 4YB7A 3O6GA 2QRYA 1MH3A 2XXXA 3C4MA 4RPNA 5M2VA 4PFWA 1JEUA 1B1HA 4YB5A 4YZZA 3DP8A 1S7YA 1H3DA 1SDXA 3S9EA 3CRBA 3LSLA 1B3GA 4F3SA 1BTJA 1Y1ZA 5FHNA 3TYHA 3C35A 1MXUA 4OZ9A 4EQBA 2ESNA 5TP9A 3CFLA 4PE5B 2DP8A 1B2HA 1LBCA 1DTZA 2E0SA 1MDQA 1PBPA 3MBPA 4G2ZA 2Q2CA 2FA7A 2V84A 3ODBA 4QSEA 2WKYA 3S9LC 1ZIUA 2HZKA 2VP1A 3K6WA 4JWXA 3FIRA 1UTBB 4QRZA 2QSXA 1KWHA 2I3VA 4PFTA 4IO4A 1B46A 3KEIA 1LFGA 2DE4A 3S9MC 1B7UA 3RNNA 3IJXB 1UQWA 3TCHA 3K6XA 4G68B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FPKA 1NUWA 4QXDA 1B3FA 1DTGA 1MY0A 2HZLA 5IV8B 4ECFA 3WAFA 3KC1A 2V4CA 4HXVA 3G3JA 3W15C 2ZM6E 1YSAC 1A8EA 2YWQA 1P1QA 2I0BA 4TUIA 2EOOA 1SD3A 3CHGA 1IMAA 3EPEA 3KSJA 3TCFA 2HJJA 3RTWB 2ODRC 3MP8A 1VFEA 4DXCA 1FTLA 2BBGA 3PPRA 3O9PA 1Q9DA 4DZ1A 4POXA 1A55A 5CRYA 3LMLA 1D3KA 1KYQA 3USDA 4DE8A 4LU9A 3KZGA 5TU0A 1PJSA 1HNXE 3MAMA 1IMCA 3BFUA 3N6TA 4MNPA 2EMCA 2H99A 5K2XA 1WHNA 4OXVA 2CTDA 4G68A 2PVUA 5DT6A 2VRDA 1UIUA 2P1SA 3A29A 3ISPA 4ESXA 1I94E 3SEWA 3B50A 3RLFE 1DPEA 1N84A 1NNKA 1T4LB 2G93A 3LC8A 3VXBA 2E1MA 4U4SA 4DR3E 3EPHA 4DUZE 4GRKA 4E0XA 3MPLA 2FTXB 1O64A 1TF6A 2CZHA 4L8NA 1EYJA 2P0SA 4Q5TA 1KJKA 1LCTA 3M3FA 2LBSB 1YPNA 4Q28A 1K9YA 3JZJA 4F1UA 3CIJA 4JV5E 2EOEA 4DV1E 2D3IA 2YRKA 5DYHA 3TMGA 4DI4B 3QK6A 4F3PA 2I4BA 3A3UA 2PX1A 5H8FB 1MXYA 1X3CA 4WYQB 3C33A 2YT4A 3IJOB 2CEYA 2XWIA 4IGTA 4M2ZA 3OELA 3OO6A 1IQOA 2F6GA 4GIZA 1LAHE 2XXHA 2EMLA 2ZNUA 3HPSA 4YKPA 2LV2A 4P11A 3RPLB 1YYKA 5LOMA 2L92A 4X8RA 1NV0A 2F8BA 2K4VA 2LUPB 3V89B 4JI3E 4ZEFA 1YYWA 2DRPA 4PAIA 4XFEA 2THIA 1IMBA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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