3EQ1A

The crystal structure of human porphobilinogen deaminase at 2.8a resolution
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
338
structure length
312
Chain Sequence
RVIRVGTRKSQLARIQTDSVVATLKASYPGLQFEIIAFTKELEHALEKNEVDLVVHSLKDLPTVLPPGFTIGAICKRENPHDAVVFHPKFVGKTLETLPEKSVVGTSSLRRAAQLQRKFPHLEFRSIQGNLNTRLRKLDEQQEFSAIILATAGLQRMGWHNRVGQILHPEECMYAVGQGALGVEVRAKDQDILDLVGVLHDPETLLRCIAERAFLRHLEGGCSVPVAVHTAMKDGQLYLTGGVWSLDGSDSIQETMQATIHVPQHEDDPQLVGITARNIPRGPQLAAQNLGISLANLLLSKGAKNILDVARQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Structure of human porphobilinogen deaminase at 2.8 A: the molecular basis of acute intermittent porphyria
pubmed doi rcsb
molecule keywords Porphobilinogen deaminase
total genus 96
structure length 312
sequence length 338
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2008-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 3eq1A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3eq1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3eq1A02
1M5BA 3DM0A 1GR2A 2RF1A 1LBCA 4ZDMA 3EN3A 3TUSA 4IB2A 3G3FA 1EZ9A 1D9VA 2XX7A 1H44A 1MDQA 1B3HA 1BTJA 3IK6B 1EZPA 4ZEBA 4KCDA 4ZECA 4O3CA 1YCJA 3G3KA 4F3SA 4IGTA 1SYHA 5ISUA 3LSWA 3PMXA 1B5IA 1B52A 1Q1KA 3KJTA 1P1QA 3PPQA 2QMXA 3DLNA 5TPAA 2B65A 4G68C 1MQDA 2XXPA 2XXRA 3SEYA 1VFDA 1OVTA 3OENA 2VD2A 1LAGE 4R6KA 2DYXA 1ZLQA 1LCFA 2FNCA 3SEUA 4ZZEA 2Z8DA 1CE2A 4YB6A 3O6HA 3K1MA 3KN3A 2Q88A 4JSDA 2PMSA 1JW5A 1MS7A 3CR9A 2I0BA 4P11A 5H8HB 3M8UA 4QSDA 3TZAA 4ZEFA 5JTYB 3QUFA 4TLLB 3VVFA 5IKBA 1FTMA 1Y9UA 4POXA 3UN6A 4ND9A 2DWAA 3UGWA 2HAVA 3SESA 4EQ9A 1N84A 1PB8A 2R71A 5CC2A 4FAJA 2Q89A 5H8HA 4XTCQ 1GVCA 2Z22A 5JK4A 2I48A 5JTYA 1MY2A 3L6GA 3FZVA 3B6WA 4GIZA 4H5GA 3SKPA 5F1QA 3DP4A 3O28A 3U8QA 3BBRA 4H65A 2QL3A 2OLBA 1GGGA 1USYH 1H76A 3TKDA 1Z7NE 2NUVA 2H4IA 3Q29A 3KSXA 2DWIA 3BKIB 2VOZA 3TPAA 4ZEIA 1Y3NA 3H6TA 1ZIUA 3GXAA 2Q8JA 5AA4B 2O7UA 2XX8A 3MWBA 3C4MA 3KN7A 2RC7A 3GBAA 1Y3PA 4ZS9A 1H3DA 2V3TA 3GLBA 2F6GA 1YAEA 1PBPA 4XIGQ 4IO3A 3SETA 2OK2A 4LP2B 4DZ1A 4E0XA 3H3GA 5L9SA 3U72A 5HBCA 4BDLA 5KCJB 4XKRA 1IIWA 5CMMA 1Q35A 3HO7A 3KEIA 2I0CA 2BJJX 4QHQA 2NOOA 1NL5A 3MJNA 4QFPA 3MUQA 1D3KA 3FVGA 1A7LA 2P0SA 4F31B 4HS7A 3HHFA 4NWCA 4NE4A 2F6PA 5FHOA 2A5TB 5BUUA 4DXUA 5DEXA 3QAXA 5DT6A 2DXYA 1R9LA 2YJPA 2HEUA 4YICA 2XXHA 4IO4A 2F7CA 4LZ7A 3B6QA 5A5XB 1B46A 3A3UA 1FQDA 4TLMB 3O6GA 1R6ZA 4G4PA 4GFRA 3JZJA 3H06B 3LSXA 3IL1B 1XC1A 3FUZA 3TQLA 3O66A 4GD5A 1N76A 3EQ1A 1QUKA 2Z23A 3K0VA 3PUWE 5A5XA 3QUJA 5L9OA 4QFOA 4OERA 2ZNUA 2F7BA 4TQUQ 2ESNA 5IAIA 2I3VA 3KG2A 3VVEA 4GVOA 4R9FA 5I2NB 2OWSA 3TDJA 2OWTA 1LAXA 4JSOA 5ITPA 3DP8A 2DS9A 1NMUA 4NF5A 4MFIA 4Q30B 3T9VA 1MQGA 4G77A 2REJA 3SEVA 4Q0CA 1ELJA 4LUBA 4Z0IA 5H8QA 1DTZA 4U4XA 5EHSA 1P99A 4QFLA 3FVNA 3EF7A 4KCCA 3C31A 4JDFA 5KDTB 5EHMA 3FATA 1B1XA 3KFMA 3CG3A 2ZYNA 2REGA 4BDRA 3OO9A 3T96B 3E4RA 4OESA 3I6VA 4H8JA 4WXJA 4U1OA 3G3IA 1SW5A 1ZJLA 4C0RA 3VE1B 5KDTA 1UTHB 2R9JA 1A99A 2PVUA 2X7PA 1R1NA 1LBBA 2I4CA 3TTMA 1AL3A 3T9UA 3MP8A 4OWDA 2DSFA 3KSJA 3V89B 5CMCA 4KD5A 3G7WA 1AMFA 3OELA 1JQFA 1UTHA 2LAOA 3MBPA 4FEBA 3TAJA 1GV8A 2ONKE 3QSLA 2H99A 3U93A 1D4NA 4GOTA 3OO6A 4DXCA 4O3BA 3TYHA 3LR1A 4RPNA 3USDA 1US5A 4OEVA 1AOVA 1Y1MA 1O64A 4OXVA 3RPWA 1M5FA 1LCTA 4HTGA 2Y7RA 4YB7A 3W9VA 4DXBA 2QRYA 4EUOA 3KBRA 1IQ7A 2A5SA 1P1WA 1MH4A 1WODA 4F1YA 1ZMGA 2XXVA 1IXHA 3K01A 3MC2A 5I57B 2XXIA 3PMWA 3MP1A 4AQ4A 1BP5A 4EF2A 2RKMA 4NEDA 3LSLA 4F39A 3D4GA 4YMAA 2ZXTA 1S7YA 5ICQA 4EQBA 1JETA 1PBQA 1ZU0A 4GXAA 1OIBA 1ZBMA 3O9PA 3VFJA 1TT1A 4G68A 4NF8B 3FXRA 2HZKA 1Y1ZA 2DXRA 3K00A 4PQJA 1XVXA 1TFDA 1A8EA 4H0WA 3HHGA 3K2DA 4NMYA 2GFEA 2GRVA 2Y7WA 2RCBA 3ZKKA 1QUJA 2ABHA 2V25A 2NVUB 4MLQA 1KWHA 4NF8A 1MXUA 4FJPA 4YAHX 3ECRA 4KI0E 4IO7A 3IOTA 4RNSA 3S9MC 4NF6B 1MQIA 3PPPA 4KR5A 5F7VA 4KQPA 1LB8A 1JVYA 3KOTA 4M4GA 4G2ZA 2DP8A 3VVDA 3MPKA 4RPOA 2THIA 4OZ9A 2NWJA 1LFHA 1IXIA 1A8FA 4NF6A 3MZBA 4OFOA 5K2XA 2XD2A 1B9JA 2O84X 1MXYA 1A54A 5TU0A 4LZ5A 2HXWA 2DWJA 3PPRA 5HM4B 3FJ7A 2F35A 1FW0A 4THIA 3MPLA 3RN8A 5I56B 4DLDA 4XKPA 1B5JA 2F34A 3IORA 4K3FA 4MLVA 3M3LA 4H1XA 1SBPA 1B51A 2B3FA 5CBSA 5I56A 4OYVA 3RT6B 2D3IA 4GL8A 3WAFA 2FYIA 3CFXA 2YPNA 1FCKA 1SVXB 2O7IA 4IO6A 4R73A 5ITOA 2KLFA 1OLAA 3VV5A 2P2AA 3OSRA 3V5AA 4Z7EA 3V8XB 3BFUA 2O6AA 3E13X 1AIVA 3QXMA 3Q28A 3F11A 3T9XB 1Y4TA 3RTFB 3G3JA 1MY1A 4GRKA 5AE4A 2O69A 3EHTA 4P0IA 1YTVA 1LSTA 1R9QA 4H6DA 3U94A 4DCYA 3CIJA 1JW1A 4IY6A 4ONYA 1SI0A 2HZLA 3JV9A 1MRPA 4G8NA 4AB6A 5B70A 4AB5A 5TP9B 3E3KA 2DE3A 4DCXA 1EU8A 2XXTA 4P0GA 1LAFE 4ESXA 1M5CA 4R74A 3VXBA 4YB5A 3H6WA 2QS4A 3A3CA 1UTBB 3MVWA 4OEUA 5TP9A 1ZTYA 1VE4A 5ICTA 1B0LA 1YPNA 1IZ1A 1MXVA 2B3BA 3MVZA 1Y4CA 2ZYKA 2DE2A 1I6QA 3KOSA 4ELRA 3HSTA 1N7WA 1EZOA 2H9BA 4UACA 1IUDA 5AA2B 2AIXA 2Y7IA 3C35A 1ANFA 2O1LA 1VSOA 1XS5A 5AA4A 4ELQA 3U1OA 1UIUA 3K6WA 1P1NA 3BFTA 5AA2A 5CRYA 4OETA 3HCQA 2F97A 1S9TA 2ZNSA 2GH9A 3H6VA 2XXXA 1B3GA 5I59B 4EF1A 2HCAA 1EH3A 5KCJA 3OO7A 2O1MA 1RYXA 4IY5A 2ONSA 4U21A 4X9TA 5CMBA 3W15C 2V93A 5I59A 4H5FA 2Q2CA 2UVJA 4R72A 1B7ZA 1J1NA 5FHMA 2A5TA 3TEPA 4QSCA 2VGQA 2UVHA 3IO4A 3PUYE 4OTEA 5CI5A 1SDXA 2QMWA 3I5OA 5AA3A 2V3QA 3B6TA 4FATA 5BWJA 1O63A 1DTGA 4KFQA 3CI8A 4BDNA 3K6VA 3OO8A 1JEVA 1B6HA 3MAMA 3JYRA 1SW2A 3H03A 3P7IA 3UORA 4LVQA 4GLIA 1TXFA 2IA4A 4YKKA 1QULA 5ELVA 3H6UA 1NNPA 2D5WA 4OQOA 1S50A 3FIRA 4QSEA 1POY1 3AXFA 3QIMA 4JBZA 4ZZAA 3TTKA 3PUVE 2F8DA 4YZZA 5I2NA 3N5LA 1QKBA 3ILUB 1MY3A 5DYHA 5FHNA 4LONB 3KJ7A 2RC9A 1FQAA 2XXUA 2GHAA 1BKAA 1XHYA 3PPNA 1DMBA 5AA2D 1FTLA 3LSFB 5I58B 2Z8FA 1DPEA 2G29A 1LFIA 3N6TA 1N04A 1B7UA 3M3KA 1N7XA 3Q27A 3CFZA 4LATA 2O68A 3WAEA 1B7HA 4KPTA 1Z7ME 5I58A 4WEDA 4Q5TA 1MQHA 3A09A 1LLSA 4MH5A 4POWA 1GTKA 3S4UA 3IB1A 3ILTB 3FV1A 4IGRA 1H45A 1MXWA 3K6XA 4N6PA 3CSBA 4NF4B 2UVIA 3PD8A 3S9EA 3FVKA 3K4UA 3R6UA 2CZLA 2OCUA 2OBGA 2AL5A 5DTBA 4XXUA 2XXWA 2ZMBA 3C32A 1NNFA 4XKNA 1XOCA 4NF4A 1MQJA 1NKXA 5DVFA 4JB7A 2I3WA 1HSLA 2HQ0A 1LAHE 1NH8A 2Q2AA 2XD3A 5H8FB 3S9NC 4YMBA 3I3VA 2DVZA 4ELOA 4G8HA 4OENA 4ESWA 3VLWA 2E0SA 3RNNA 4F3GA 5J1DA 2QPQA 3MP6A 1UIVA 1VR5A 1WVJA 4LQ2A 3N26A 3SDFA 1OQGA 3CRBA 5I57A 4C1TA 2NXOA 2P1SA 5H8FA 1JEUA 3MW0A 1QVSA 3CSGA 3OXNA 2M8CA 4R75A 1ZKBA 3UK4A 4PFWA 4QFKA 3PD9A 2DWHA 3ZSFA 1QW0A 3RGYA 4E0WA 5M2VA 5FTIA 4QF9A 1CB6A 3TTRA 2ZYMA 3CVGA 4JXIA 2PBWA 4F29A 1BIYA 4OHNA 2ALUA 3TMGA 2F78A 2W7YA 3L6HA 3UP9A 4GXSB 2V3UA 4NWDA 1SW1A 3FD3A 2X7QA 3FXUA 4OMBA 4R2BA 2DQVA 2G93A 1LB9A 1JW4A 3TELA 4DE8A 3THIA 2ONRA 4YKIA 3OSQA 4YU0A 2QS1A 2UVGA 2ZYOA 1QUIA 3OEMA 1B4ZA 4F19A 3C33A 3KZGA 1SD3A 4MF3A 2E1SA 5TPAB 3Q26A 1DPPA 3O97A 2IEEA 1URSA 4GWOA 2XXYA 2I4BA 4TOZA 4X1BA 1I6BA 4KYSA 5HPQA 1B40A 4HCYA 1NH7A 3ODBA 1SI1A 1MXZA 4BLAA 1Y20A 4NTLA 4R9GA 4ISUA 4ECFA 1MDP1 1I69A 1MM7A 4DIGA 4U22A 2QSXA 2AL4A 1MPBA 4KHZE 1ATGA 1MXXA 4C1UA 5KZTA 3TCFA 3KGCA 4F1UA 4L17A 3PPOA 4F3PA 4FECA 3FJMA 1USYE 4WEPA 5I84A 4EXLA 3K1PA 4ZEKA 2WKYA 1B32A 1PC3A 3MVXA 5CMKA 1IXGA 1UQWA 1JNFA 3E9XA 1FTJA 2QS3A 3FVOA 5I2KB 3D4CA 1SYIA 4RK2A 4Q8RA 1LGBC 1PDAA 5B7DA 4DDDA 3RLFE 1B3FA 1MPDA 3TODA 1OQHA 3H4ZA 1MH3A 4BDMA 3O2AA 5I2KA 2D21A 4IO2A 3HN0A 4IO5A 2PT1A 2F36A 4JWOA 1A55A 3IB0A 2VP1A 3EPEA 3FGSA 4R6HA 3FJGA 3IX1A 3N6UA 3DP6A 3SERA 1UTBA 4I9DA 1FQBA 5DVJA 1SW4A 1OVBA 3RT8A 2UXAA 2PX1A 3TTLA 5AA1A 3Q25A 4F1VA 3MZ1A 3HV1A 1BLFA 3W9WA 3K6UA 2PT2A 4OFJA 1HSJA 1VFEA 1POTA 4F22A 4HCWA 5FTHA 5K2YA 2ANJA 3EHSA 3OOAA 4M1VA 4EQ7A 2QS2A 5DEXB 1DSNA 3H7MA 1MY0A 1B05A 3TQWA 3DELB 1QJMA 3C34A 5CBRA 3VXCA 4WKMA 3IB2A 5H8NB 5L9MA 3K1NA 1OMPA 3SEXA 4XKQA 2UYFA 2X26A 4OVJA 1FQFA 4I8CA 4JWXA 3T9HB 2Y84A 1B5HA 1SQYA 5H8NA 2FA7A 1I6AA 2QJEA 1B4HA 4O3AA 3VDFA 4PFUA 2YLNA 1TFAA 1PB7A 4UA8A 1A40A 4U2RA 4RYAA 1PEBA 2F7AA 3RQTA 3IOWA 4F18A 3FXQA 3V83A 2RINA 3RY3A 3GBBA 3C9HA 4KYEA 1US4A 3MZ9A 4NF5B 3M3FA 4QRZA 4PFTA 4ELPA 2H5YA 4JWYA 3LBSA 2VD3A 4RXLA 3R26A 3T66A 4ZEDA 2Z8EA 5LOMA 4FORA 4GF8A 4KYDA 2I49A 2XX9A 1M5DA 1Y3QA 4R2FA 3T22A 5H8QB 2RCAA 2H98A 3PU5A 4X1DA 3TCHA 1MPCA 4BDOA 1B0HA 1P1OA 2PYYA 4HW8A 1NFTA 4RJZA 3QYTA 3T93B 1JVXA 3MVYA 1N3WA 2F5XA 1RKMA 3O29A 3ZKLA 3CFLA 3OEKA 2OJTA 4I1DA 5JEIA 3OD7A 3MQ9A 4F2OA 1D9YA 1NNKA 3HPIA 2HFBA 3CG1A 3FV2A 1IITA 3G3GA 2O51A 2ZNTA 3S2VA 4EXKA 4R6YA 1B58A 4PETA 4BDQA 2DOJA 4FE8A 5H8SA 3N94A 1WDNA 2OZZA 1H43A 4GQOA 1NNTA 4LA9A 4FEDA 2HAUA 3IR1A 3B7DA 1XT8A 4U4SA 4PFYA 4U23A 1IEJA 1N0TA 4N13A 4I62A 4PE5B 2AYSA 4N07A 2Q9TA 1XVYA 2XHDA 1T0KA 3FASA 1B1HA 5CM6A 4F3BA 1FTOA 4GL0A 1MM6A 4F2QA 3PMVA 4OFLA 4RK9A 1MY4A 3O6IA 2V84A 4ZE8A 3SEWA 3RUMA 1QKAA 3S9LC 3IJXB 3OMBA 2XXQA 1DOTA 1F9BA 1FQCA 3PGFA 3VLVA 3G3HA 3IJOB 2RC8A 3RTWB 4EDPA 4U1ZA 1L5TA 1FQEA 2GHBA 1HSEA 1FTKA 4ZE9A 3IOVA 2I6EA 1URGA 1LFGA 3IO6A 3IOUA 1B3EA 1M5EA 5L8DA 1IXCA 3KN8A 1O7TA 4FIMA 4G68B 3UIFA 3PV0E 3LC8A 3TFLA 4H8IA 3PUXE 1RYOA 4YKPA 1B3LA 1TWYA 2R6GE 1B2HA 3R7XA 4RY1A 5EYFA 4X48A 4MBPA 1MG1A 1P1UA 3TTNA 3ONMA 3UA8A 1OLCA 4LZ8A 4LQ5A 3ZS6A 2CMOA 4H67A 1II5A 4RA1A 3GZGA 3QK6A 5DVIA 2DVCA 4PP0A 2DE4A 4QFNA 2VHAA 3PUZE 1PB9A 3U92A 2I58A 1N3XA 2UYEA 1URDA 2Y7PA 4YKJA 3C36A 4G8MA 1AH5A 2H25A 2Y7KA 3EHUA 3K02A 3VLUA 3IAZA 3TCGA 3LUYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CEYA 1A1KA 1M5BA 3DM0A 1GR2A 2RF1A 1X49A 4R03A 1LBCA 4ZDMA 2CZKA 3EN3A 3F6GA 1FJGE 3TUSA 4IB2A 2R8TA 3G3FA 4PGNA 2PRTA 1EZ9A 1D9VA 2XX7A 1FPBA 1H44A 4OOGC 1MDQA 1B3HA 1BTJA 3IK6B 4X64E 1EZPA 2EOSA 2EPRA 2L8TA 4KCDA 4ZEBA 4ZECA 4O3CA 2DSYA 1YCJA 4MMPA 4WXCA 3G3KA 1G2FC 4F3SA 2HHHE 4KWYA 4DR7E 2EMHA 4IGTA 1SYHA 3LV0A 3HTXA 2RSMA 5ISUA 3LSWA 3PMXA 2E1MA 4O4KA 1B5IA 5A6BD 2CZHA 3OTOE 2WBSA 1B52A 4DUZE 1Q1KA 3KJTA 4WFTA 1P1QA 2ZZWA 3PPQA 4OX9E 2QMXA 3DLNA 1FPDA 1G0IA 5TPAA 1NV3A 2L3JA 2DMIA 3IWBA 2B65A 1FPIA 1MQDA 4G68C 3ADGA 1RDYA 2RS6A 2XXPA 2EWLA 1ZAAC 2XXRA 3SEYA 1VFDA 1OVTA 2PFYA 4DV0E 3OENA 2XA5A 2VD2A 2VRDA 1LAGE 4R6KA 5EYHA 5AE2A 2PCRA 2DYXA 5T6JA 4IJDA 1ZLQA 2HJJA 1LCFA 2FNCA 2WBUA 1O0WA 4ZYGA 3SEUA 2WYPA 4ZZEA 4PAKA 2Z8DA 1CE2A 4YB6A 3O6HA 3CHGA 3K1MA 3KN3A 2Q88A 4K0KE 4JSDA 2PMSA 2A25A 1JW5A 1MS7A 2HXRA 2EMIA 3CR9A 2I0BA 4ZYDA 4P11A 4H45A 5H8HB 3M8UA 2EQ0A 2LV2A 4WYQB 3D1RA 4QSDA 3TZAA 4ZEFA 5JTYB 2ODRC 3QUFA 2JOBA 4TLLB 3VVFA 5IKBA 1FTMA 1Y9UA 1HNXE 2QVRA 4POXA 3JAMC 2N3GA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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