4HTG | Genus

Total Genus 96

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	96
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	TAIIRIGTRGSPLALAQAYETREKLKKKHPELVEDGAIHIEIIKTTGDKILSQPLADIGGKGLFTKEIDEALINGHIDIAVHSMKDVPTYLPEKTILPCNLPREDVRDAFICLTAATLAELPAGSVVGTASLRRKSQILHKYPALHVEENFRGNVQTRLSKLQGGKVQATLLALAGLKRLSMTENVASILSLDEMLPAVAQGAIGIACRTDDDKMATYLASLNHEETRLAISCERAFLETLDGSCRTPIAGYASKDEEGNCIFRGLVASPDGTKVLETSRKGPYVYEDMVKMGKDAGQELLS

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3804657014968922__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3804657014968922__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4HTG/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3804657014968922__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3804657014968922","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4HTG/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3804657014968922__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/transferase inhibitor
source organism	Arabidopsis thaliana
publication title	Insights into the mechanism of pyrrole polymerization catalysed by porphobilinogen deaminase: high-resolution X-ray studies of the Arabidopsis thaliana enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Porphobilinogen deaminase, chloroplastic
total genus	96
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date	2012-11-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01379	Porphobil_deam	Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A	PF03900	Porphobil_deamC	Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.160.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Double Stranded RNA Binding Domain	Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain	4htgA03
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	4htgA01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	4htgA02

3EHTA 3I3VA 1ANFA 5DTBA 2NXOA 1OVTA 3TKDA 5JTYA 3V5AA 1IZ1A 5H8NB 3HSTA 1OQGA 1NL5A 2QS4A 3K01A 3HV1A 2XXUA 2W7YA 3U92A 4DE8A 3LSLA 5CMKA 1PC3A 2I4CA 4RK2A 1JW4A 4OQOA 3MPKA 4IGRA 3MP1A 5AE4A 2XXVA 2I49A 4H65A 3VLVA 2HQ0A 5I84A 1TT1A 3JZJA 4EQ9A 3PV0E 3FXRA 3HN0A 2V25A 1LFIA 3E13X 4F1YA 3BFUA 4ZZAA 2H25A 2DOJA 4PP0A 1QVSA 4PFYA 3TPAA 3W15C 5H8FB 4QSCA 3B7DA 5BUUA 5CBSA 3M3LA 3FJGA 3KJ7A 2UYFA 2X26A 4EDPA 3KOTA 4GF8A 3SEWA 4YMAA 4FATA 4OERA 1N7XA 2DVZA 5IKBA 1FQCA 1IIWA 5A5XA 1FTLA 4EXKA 2PBWA 3H6TA 4YZZA 4ELRA 3TELA 5FTIA 4XKRA 1HSEA 4POXA 3SKPA 1MY3A 2I0BA 3C31A 3G3GA 3T96B 3M3KA 4OWDA 1QUJA 4I62A 2V3QA 3OXNA 1MY0A 3S9LC 4X48A 2QSXA 2X7PA 1O63A 1CB6A 2XXYA 3Q29A 3GBAA 4OEVA 1VFEA 3H06B 3KSJA 3LSFB 3FXQA 3MVZA 1P1QA 3PMWA 4NF6B 4YAHX 2O68A 3EF7A 1TFDA 2UVIA 1IEJA 3H7MA 4BLAA 4C1TA 1B4HA 3RN8A 1SQYA 3OELA 4U4XA 1Y1ZA 4E0XA 2UVJA 1VE4A 3G3IA 2DXRA 1VR5A 5H8HB 2F34A 1M5BA 1R9QA 3KGCA 4NMYA 1NNFA 4HCWA 4H67A 2YLNA 2ZMBA 2XXTA 2F78A 2I58A 4LVQA 1Y3PA 3C34A 4JDFA 1POY1 2H5YA 4LP2B 3DLNA 1FQDA 5DVJA 3K6WA 1I6QA 2REJA 5ICTA 4KPTA 3TTNA 4DCXA 3MVWA 3ZKLA 5K2XA 3N26A 4F3PA 1B3HA 4F22A 5JEIA 1QJMA 4HTGA 1B51A 1QW0A 2OK2A 3H6WA 1GV8A 1T0KA 2QS2A 3OENA 3EHSA 3MUQA 4PFWA 3TCHA 1POTA 2F8DA 4ND9A 2XHDA 1USYH 5KZTA 4WEPA 3KN8A 5I2KA 2V93A 4IO4A 4ESXA 2REGA 2HAUA 2Y7KA 5LOMA 2QL3A 2AL4A 3RTWB 1DPEA 4JWXA 3FV1A 5F7VA 4H8JA 2QMWA 1JVYA 4QFOA 3B6QA 3FVKA 5H8NA 1D9YA 1PBQA 2CZLA 3U94A 4ZEDA 1XC1A 1MPCA 3O97A 5ITPA 2PMSA 3DELB 3DP4A 4GRKA 2Z8DA 4F18A 4MLQA 2XD3A 4NE4A 1DMBA 1DTZA 4P11A 4QFKA 4X1BA 1JW1A 1B40A 2ZYMA 4Q5TA 4EUOA 3T9XB 2ANJA 5AA1A 4G68B 2V84A 1A54A 4NF5A 1B0LA 1UIUA 4H8IA 1P1UA 3H3GA 4H5FA 5KCJA 4XKQA 2VP1A 3I6VA 5I59A 3K02A 2OCUA 2B3FA 4RJZA 5CM6A 3MW0A 1OLCA 5H8FA 1S7YA 1JW5A 3U8QA 1H45A 3HO7A 2Z22A 3H03A 1M5CA 4KYEA 1N3WA 2Q2AA 4BDOA 2QJEA 1MQHA 1B1XA 4LUBA 1B7UA 5M2VA 3PUXE 2HAVA 3E4RA 4ZZEA 1SI1A 4ELOA 3LSXA 4LZ7A 4N6PA 1P1WA 4Q0CA 4EXLA 3OSRA 5DT6A 1NNKA 3LSWA 4HW8A 3TTRA 4GD5A 3CIJA 2OLBA 3FVOA 2F7AA 3LBSA 1B52A 1SVXB 4F31B 2F5XA 4OENA 1XVYA 1JEUA 4Z0IA 1JVXA 4C0RA 2DXYA 4XIGQ 1MY4A 1USYE 1XVXA 4QHQA 1D3KA 2UVGA 4WEDA 4DLDA 2P1SA 1LGBC 4R9GA 4R6KA 3O6IA 5EHSA 4GFRA 4IO6A 4F29A 1OVBA 1FCKA 3MVXA 4U23A 3C9HA 2H4IA 3VFJA 3T22A 4R72A 4U1ZA 2D21A 1IITA 3RT8A 1B4ZA 1LFHA 4EQ7A 4KYSA 5CI5A 3DP8A 1Y3QA 4G2ZA 2LAOA 4ZEKA 1EH3A 4KHZE 3L6GA 4FJPA 4RY1A 3EN3A 5AA2A 1YPNA 1TXFA 1VSOA 3ZS6A 2F36A 5H8HA 3R7XA 1SI0A 2OZZA 4X1DA 3ECRA 3FV2A 2X7QA 3QUJA 3M8UA 1NMUA 1B3EA 4M4GA 1PB9A 3SEUA 2Y7RA 2E1SA 4IGTA 5I2KB 5AA3A 1URDA 1WODA 3QIMA 3HHGA 3OOAA 1BTJA 4R73A 1Z7NE 5DYHA 3ILUB 3W9VA 3FATA 4LZ5A 5TPAB 2HZLA 3PUWE 2XXQA 4GLIA 2RCBA 1XHYA 2NUVA 4NEDA 1IXIA 2Z8FA 5DEXA 5F1QA 4OZ9A 1R9LA 4FECA 3KFMA 4TLLB 4WKMA 3A09A 4NTLA 2DVCA 4YICA 3E9XA 2HCAA 5JK4A 3IOWA 1B5IA 4MBPA 1H76A 4R6HA 4K3FA 1SBPA 1Z7ME 3C32A 3UORA 1MQGA 1JEVA 1UTHA 3K4UA 2HZKA 1FQAA 1BLFA 4U1OA 2HEUA 4BDLA 1MPBA 3MZ9A 3FXUA 2XXRA 1M5FA 4NF5B 1PEBA 4BDQA 1MQIA 1QUIA 1MH4A 3PUYE 1NKXA 2KLFA 2GHAA 5KCJB 3V8XB 4ELPA 5I59B 3WAFA 2GHBA 1QULA 1LAHE 4KFQA 3RNNA 2Q9TA 3SESA 1AL3A 1XT8A 2FA7A 3FASA 4OFLA 3K1PA 3EHUA 3I5OA 4OYVA 2QS3A 1MXUA 1QKAA 2I48A 5I56B 2OWTA 2VD3A 4MH5A 1DTGA 4ESWA 4LA9A 4GVOA 1S50A 4F3GA 5BWJA 4G68A 2AL5A 1O64A 2WKYA 4IO2A 3VXBA 1MDQA 3L6HA 3S9NC 4UA8A 2P0SA 1A7LA 2DE3A 2XX8A 4QFPA 3VVEA 3VLWA 1LB9A 4GL8A 3ILTB 2Y7WA 3VLUA 3DP6A 4ECFA 1RKMA 4OTEA 2RC9A 3PPNA 4MF3A 4ZEIA 3TEPA 2QS1A 4YB7A 1RYOA 4BDRA 3N6TA 4GXAA 5L9OA 4ZDMA 2QMXA 4DDDA 2O1MA 2F97A 3K6XA 4YU0A 5K2YA 4ZEFA 5ITOA 3T9HB 1R1NA 4RA1A 3MAMA 2CMOA 2DSFA 1LCTA 3S9MC 3PGFA 1JNFA 2I3VA 5AA2B 1LFGA 1II5A 2PT2A 3IJOB 3E3KA 4QFLA 3IB2A 1H3DA 2R71A 4JWYA 3PUVE 1B0HA 1GR2A 3N94A 3RT6B 1NFTA 3CRBA 5I58B 3U93A 2F35A 3VXCA 2XX9A 4OHNA 2DYXA 3RTFB 1B46A 3MJNA 2GFEA 2QPQA 2UVHA 3K00A 1MXYA 3T66A 3UN6A 5DEXB 3HHFA 1IXCA 1OLAA 4Q30B 4IO5A 5I57A 1BIYA 1OMPA 4U2RA 5L9SA 3V89B 2ZNTA 1H43A 1SYIA 2XXPA 4GOTA 3T9VA 4LONB 4JSDA 4OVJA 3CVGA 1N84A 3IOTA 1QUKA 4EF2A 4QRZA 4MFIA 3OEKA 3ODBA 3N6UA 4ZE8A 4OMBA 1ZIUA 4R75A 1LLSA 3H4ZA 1UTHB 3R6UA 3UGWA 3O66A 2GH9A 1SW2A 4F3SA 4YKPA 5HBCA 4NWCA 5TPAA 5ICQA 1UIVA 4DIGA 1I6AA 4I8CA 4ZS9A 3VVDA 1L5TA 5FHOA 3TMGA 3KN7A 1R6ZA 5CC2A 3HPIA 3KZGA 2THIA 5TP9B 3IO4A 4RPNA 4PFUA 1DOTA 1ZU0A 1Y3NA 4PE5B 1AMFA 3MZ1A 3VV5A 4GL0A 2FNCA 1KWHA 2XXIA 3B6TA 3OO6A 1ZMGA 1LAXA 2I3WA 1O7TA 5H8SA 5HM4B 2OJTA 1B3FA 5AA4B 3QUFA 5ELVA 3VVFA 1XOCA 1MY2A 4QF9A 3KSXA 2Q8JA 1ZJLA 3CI8A 5CRYA 3PPPA 2R9JA 2B65A 3QYTA 1LBBA 5TU0A 1ZLQA 2DWIA 2DS9A 3UA8A 5B70A 5CMBA 1EZPA 3MWBA 1EU8A 3VE1B 3C35A 1A40A 3A3UA 2NVUB 3PUZE 4TOZA 1Y4TA 3T9UA 4UACA 4AQ4A 3QXMA 3CSBA 4OEUA 4PETA 4Z7EA 1JQFA 1FTMA 2Q89A 4THIA 3TTLA 5I56A 3WAEA 1B58A 2ZYOA 1Y4CA 4FIMA 2DQVA 4TLMB 2ZNSA 3AXFA 1FQEA 4H5GA 4IY5A 1MY1A 4KR5A 5FTHA 2DP8A 3R26A 1UTBA 3N5LA 4QSEA 2ONSA 2I0CA 1BKAA 4RPOA 1YCJA 1MS7A 1US5A 2ONKE 1M5DA 3IJXB 4KYDA 3W9WA 2GRVA 3O6GA 4BDNA 4FORA 4RNSA 3TDJA 2RCAA 3KN3A 4NF4B 4PFTA 1N04A 1XS5A 4RXLA 4LQ2A 4MLVA 2PT1A 4EQBA 3QSLA 3TAJA 1GTKA 3UK4A 3ONMA 1J1NA 4X9TA 3MC2A 1NNTA 3TZAA 5CMCA 3IOUA 4JB7A 4EF1A 2O7UA 4KI0E 3CSGA 4YMBA 1YAEA 2I6EA 3RQTA 5I57B 2QRYA 2D3IA 4LATA 2UXAA 5H8QA 1A99A 3TQLA 1SDXA 4OFJA 1DSNA 3UIFA 4I9DA 4JWOA 4F3BA 3SEVA 3TUSA 4N13A 3H6VA 5DVFA 3JV9A 1N7WA 2ONRA 2IA4A 2YJPA 3G3FA 5L8DA 1LAGE 5FHMA 5I58A 4RK9A 4XKPA 4F19A 1AOVA 1LSTA 3KBRA 4P0IA 1WVJA 2DWJA 4IY6A 3KOSA 3FZVA 1B05A 2Z23A 1FQFA 3CFXA 2UYEA 1MDP1 4HCYA 3D4CA 3K1NA 3ZSFA 1NH8A 4OFOA 1GGGA 1MH3A 4KD5A 1P99A 1VFDA 4ISUA 4H1XA 3RGYA 2B3BA 2O7IA 2P2AA 3FVGA 3O28A 3G7WA 4F1VA 2O84X 3SERA 1MQJA 3OO9A 4GXSB 3O2AA 3IK6B 3P7IA 1SW5A 2IEEA 4YKKA 3H6UA 4YKIA 5KDTA 4KCDA 2DE2A 4AB5A 4M1VA 4R6YA 4R74A 1ATGA 3K6UA 1DPPA 2ABHA 2RF1A 4HS7A 5TP9A 5FHNA 4XKNA 2F6GA 3KEIA 1Y20A 4IO7A 3V83A 3S2VA 3C36A 1FTJA 4QFNA 4F2OA 2VD2A 3OEMA 4NWDA 1URSA 3PPRA 2HFBA 2XXXA 5AA4A 3C4MA 3IOVA 5I2NA 4DZ1A 3SETA 2VGQA 5L9MA 3TQWA 3K6VA 1FQBA 4R2FA 4U22A 3D4GA 1B9JA 4LZ8A 1UTBB 1IQ7A 2M8CA 4G68C 3TCFA 2O69A 3G3JA 3FIRA 3T93B 4YKJA 1OIBA 3JYRA 2PX1A 3OO7A 2XXWA 1S9TA 3CFZA 1MPDA 3O6HA 1CE2A 4F1UA 4OESA 1LBCA 3TFLA 4GIZA 3MZBA 1FTOA 1MXXA 1N3XA 1B7ZA 3TTKA 2A5TB 1B5HA 1MXWA 1P1NA 3K2DA 2OWSA 4ZE9A 4G8NA 3SEYA 1I6BA 1Y1MA 1JETA 3MPLA 3CG3A 3M3FA 2Y84A 4XTCQ 4FEDA 4NF8B 1SYHA 1NH7A 4G8HA 5H8QB 1AH5A 5EHMA 3G3HA 2Y7PA 3SEXA 3CR9A 1HSLA 2HXWA 4E0WA 4H6DA 3TODA 1MXZA 3PD8A 4OETA 4BDMA 4AB6A 2O6AA 4ZEBA 1RYXA 4NF4A 3FJMA 4PQJA 2Q88A 3A3CA 2A5SA 3PU5A 3KJTA 2ZNUA 4G77A 1IXHA 2G93A 3FD3A 2NOOA 1QKBA 3MBPA 2DWHA 1B3LA 3TCGA 1TFAA 3IL1B 1B6HA 3EQ1A 2H9BA 3PMXA 3IORA 1LCFA 3ZKKA 4ONYA 3THIA 1B5JA 2F7BA 2XD2A 2BJJX 1F9BA 3SDFA 3K0VA 4O3BA 1Q35A 4GWOA 1SW1A 5JTYB 3MVYA 1URGA 2ZYNA 1M5EA 4KCCA 5J1DA 2PVUA 3Q27A 3RUMA 2V3TA 1UQWA 4H0WA 4TQUQ 4P0GA 1EZ9A 3BFTA 1MQDA 5B7DA 2ALUA 2VHAA 1MM6A 4G8MA 3PPQA 1IXGA 5KDTB 4L17A 5CBRA 3KG2A 1Q1KA 2XX7A 3FGSA 1PB8A 1N76A 1B7HA 2H98A 3CFLA 3G3KA 5CMMA 4LQ5A 4WXJA 4FEBA 3TYHA 2F6PA 2E0SA 1NNPA 3RLFE 1YTVA 1P1OA 4G4PA 3OSQA 2DWAA 4OXVA 4DXUA 3S9EA 2F7CA 2RC8A 3IB0A 2ZYKA 4F2QA 3UP9A 1I69A 2G29A 5EYFA 2YPNA 1HSJA 5I2NB 3BBRA 1B3GA 3GXAA 4U4SA 1D9VA 1D4NA 2PYYA 4FE8A 2DE4A 4C1UA 4ZECA 1MRPA 2H99A 3IR1A 3MQ9A 3PD9A 3O9PA 5A5XB 1A8EA 1BP5A 3U1OA 3MP6A 2AIXA 4F39A 3FUZA 2NWJA 1EZOA 4Q8RA 3QAXA 3LUYA 1ELJA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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