4HTGA

Porphobilinogen deaminase from arabidopsis thaliana
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
TAIIRIGTRGSPLALAQAYETREKLKKKHPELVEDGAIHIEIIKTTGDKILSQPLADIGGKGLFTKEIDEALINGHIDIAVHSMKDVPTYLPEKTILPCNLPREDVRDAFICLTAATLAELPAGSVVGTASLRRKSQILHKYPALHVEENFRGNVQTRLSKLQGGKVQATLLALAGLKRLSMTENVASILSLDEMLPAVAQGAIGIACRTDDDKMATYLASLNHEETRLAISCERAFLETLDGSCRTPIAGYASKDEEGNCIFRGLVASPDGTKVLETSRKGPYVYEDMVKMGKDAGQELLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the mechanism of pyrrole polymerization catalysed by porphobilinogen deaminase: high-resolution X-ray studies of the Arabidopsis thaliana enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Arabidopsis thaliana
molecule keywords Porphobilinogen deaminase, chloroplastic
total genus 96
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2012-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 4htgA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4htgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4htgA02
4Z0IA 4HW8A 2OJTA 2I49A 1USYH 1DOTA 2YLNA 4G68B 4EQ9A 4U22A 3TCGA 5DVJA 4LZ5A 4YKKA 3OO8A 1MM6A 3MZBA 5H8HA 4G77A 3CVGA 2QSXA 1UTBB 4YU0A 5I2KA 4NEDA 3RLFE 3I5OA 3EHSA 3RGYA 4ZZAA 1LBBA 3PUWE 3T9VA 3B6TA 2I3VA 3RN8A 4RNSA 1BIYA 1UIUA 4ZE9A 1B7HA 4PETA 2HXWA 1QUKA 4U4XA 4YMBA 1S9TA 3TFLA 1Y20A 3D4GA 3IOUA 4NWCA 3FVKA 3FJMA 2UVJA 4OERA 4FIMA 3M3FA 4PFUA 1A54A 1IXCA 3KBRA 1QJMA 1JVXA 3C32A 1XT8A 4C1TA 1IQ7A 4H8JA 4X48A 2F7CA 1LFHA 3OMBA 3K4UA 2NOOA 1VSOA 4ZEKA 2GRVA 3T9XB 1B51A 1BKAA 4GL0A 3SESA 3TQLA 2F6PA 2I48A 4LZ7A 1S50A 1N76A 5DVIA 3FGSA 2RF1A 4EUOA 1WVJA 5I2NB 3UP9A 5BUUA 1XOCA 2XXVA 5A5XB 4GL8A 3GZGA 4ZEBA 2B65A 4M4GA 4FAJA 2F6GA 4HCYA 1SYHA 2UYEA 4GRKA 2CZLA 5B70A 4ZS9A 3MP1A 2R71A 1JVYA 1SDXA 3TQWA 5HPQA 3PPQA 1P1OA 2FNCA 2XXRA 5DEXA 1NFTA 3T9UA 1RKMA 3HV1A 1TXFA 3LC8A 1PDAA 2DP8A 3M3KA 3H7MA 1LLSA 1FQBA 3ZS6A 3T66A 2O69A 4MH5A 4TLLB 4G8MA 5ICQA 1YPNA 4F18A 4MLQA 2M8CA 2Y7PA 5L9OA 4P0GA 5FHOA 2HZLA 2ZNUA 3IR1A 4ISUA 4PFWA 5JK4A 1OQHA 2Z23A 4OENA 1JNFA 5KCJA 1MY3A 3L6GA 1R1NA 3SETA 1US5A 4G8HA 4EDPA 3H06B 1I6AA 1Y4TA 2A5TB 3G7WA 1B52A 4MBPA 1GTKA 4GD5A 2DWHA 1MH4A 3JZJA 3IB2A 4QFLA 2D3IA 2IA4A 3QXMA 1WDNA 1EZ9A 1TWYA 4JWYA 3QYTA 4OZ9A 4U1OA 1IEJA 5AA3A 2I3WA 2RC8A 4JXIA 5M2VA 3FATA 5H8NB 5FHNA 4DDDA 1B3EA 4OXVA 4F22A 3DELB 2PBWA 3OO9A 3O29A 2Q2AA 1VFEA 2GHAA 3AXFA 3PUYE 1B05A 4U4SA 2LAOA 2XD3A 3HSTA 5L9SA 3LSXA 4OESA 2PT1A 3RT8A 1MH3A 1MM7A 3K6XA 4OVJA 5ELVA 5ISUA 1NKXA 4YKIA 2H5YA 1B3HA 4RJZA 3C36A 2NWJA 1LFIA 1AH5A 1HSLA 5TPAB 2RKMA 3GBAA 3LR1A 3O6IA 3K02A 3TZAA 1H76A 4QSCA 4O3AA 3RTFB 4NF4A 1NNFA 3K1MA 3DP6A 2XXIA 3QUFA 3IORA 3IL1B 3U94A 4F39A 3ILTB 1B0HA 2IEEA 5HM4B 2ESNA 4OTEA 4I1DA 4DXCA 1IXIA 3FZVA 1LB8A 2I4CA 3FD3A 3GLBA 1MXWA 2RC7A 1NNPA 2HEUA 3KN3A 3MVZA 3EF7A 1FQEA 1A99A 2X26A 3MVWA 1NMUA 4P11A 1SD3A 3F11A 4ESXA 1UTHB 2GHBA 3HHFA 2QMWA 2HCAA 4YICA 1I69A 2DWAA 1OVBA 3K00A 1RYXA 5H8HB 3ECRA 1N0TA 1B6HA 2F8DA 4IGTA 4U23A 1B1HA 3IO4A 1I6BA 1B5IA 3A09A 3LBSA 1ZKBA 3KEIA 2DVCA 4WEDA 3H3GA 3DLNA 1A8EA 4XTCQ 1QW0A 1IITA 2ZXTA 1Y3QA 4F19A 3UN6A 4ELOA 2ZNTA 3DP8A 3TAJA 3MBPA 3MVYA 3BBRA 5H8FB 5I56B 1YAEA 2NXOA 3OOAA 2V84A 1NH8A 1B46A 3PMVA 2ANJA 3OXNA 3OELA 2HAVA 4IO2A 2QJEA 3G3HA 3IOVA 2F5XA 2BJJX 1SQYA 4F31B 4NF8A 2ALUA 2ONKE 3S9LC 2PT2A 4DCYA 3O66A 4ZECA 3T9HB 5KDTA 4R2FA 1MPBA 2NVUB 3KSXA 3MWBA 5I58A 4RYAA 3RPWA 3KGCA 4TQUQ 4H5GA 1QUIA 1IIWA 3LUYA 3JYRA 2QS3A 2E1SA 3U92A 1LSTA 1LFGA 2DWIA 5H8SA 3FV2A 3UK4A 1MQJA 3MAMA 3ZKLA 5TP9B 2ZYMA 1S7YA 3FVGA 3G3IA 2UVGA 4OQOA 5JTYA 2O84X 5B7DA 3Q29A 4PE5B 2XX9A 5AA2A 3E4RA 4NF5A 2VP1A 3D4CA 5ICTA 3MQ9A 4YB7A 4E0XA 5F1QA 3RNNA 1B0LA 3RY3A 2QS2A 4ELRA 1SYIA 3K6UA 4ELQA 2AIXA 4RK2A 2R6GE 4IY5A 3TCFA 1ZMGA 1EZPA 3N6UA 4JB7A 1URSA 4R75A 1R9QA 3DP4A 2REGA 3VE1B 3V89B 4F1UA 1YCJA 2Y7RA 5I59A 4ZE8A 1PBPA 4OYVA 1LAXA 4JWXA 1YTVA 4NF6B 4IO6A 3TELA 3B6QA 3UORA 2H99A 5EHSA 1QULA 3RQTA 3C9HA 1HSJA 2VGQA 3IJXB 1JETA 3V83A 2XXUA 1JEVA 2V25A 5CMKA 2ZYNA 3PD9A 4FORA 3T22A 4FJPA 1FW0A 4BDOA 4X9TA 4H1XA 2B3BA 4JWOA 2REJA 1MXXA 4BDMA 4GVOA 3UIFA 1VFDA 2V3TA 3SEXA 1ZIUA 1OIBA 5L8DA 2ZMBA 2I6EA 3K6WA 4O3CA 5JEIA 5I57B 4OMBA 4JBZA 3CSGA 3EN3A 4X1DA 4KCCA 3IAZA 3FVNA 4YB6A 3K01A 1IXGA 3EQ1A 3VXCA 1BLFA 3VVEA 4GQOA 5H8QB 3M8UA 1B40A 3R26A 2QPQA 3MUQA 4FEDA 1B9JA 1NNKA 1B5HA 1B3GA 1FQDA 2ZYKA 2DSFA 1OLAA 4M1VA 1R9LA 4GOTA 3N6TA 3N94A 4Z7EA 3WAFA 1FTOA 4QSDA 3RT6B 3PPPA 2OLBA 1M5CA 1JW5A 4G2ZA 3TPAA 3PV0E 4Q30B 1TFDA 1XVYA 4G68A 1LCTA 3K1PA 4UA8A 2VHAA 1Y9UA 1JW1A 4QFPA 2Z8DA 3B7DA 1L5TA 2F97A 3W15C 3IOTA 4U21A 4ELPA 1UTBA 3FASA 4ZEDA 3PGFA 4X1BA 3O97A 3U1OA 5CI5A 3ZKKA 1GGGA 3PPOA 4KYEA 4DXBA 1ATGA 1DTGA 2F7AA 2XXTA 3R7XA 1PBQA 3FV1A 3SEWA 4Q8RA 3E13X 4ZZEA 4H67A 3BFTA 4LA9A 2Z8EA 5AA4B 4EXKA 3TMGA 1T0KA 3S4UA 1II5A 2Q8JA 5ITPA 1ZJLA 3TEPA 4U1ZA 2D5WA 1FTMA 2FYIA 1FCKA 3S9MC 2I4BA 1BP5A 2Q89A 3EHTA 4JSOA 2V3QA 1Q1KA 4EQ7A 4RXLA 1IZ1A 4TOZA 1MY2A 3LSWA 3GXAA 4DZ1A 2XHDA 2QL3A 2KLFA 4LUBA 3U93A 2O1MA 4BDNA 5DT6A 1MY4A 3TTKA 4GFRA 3SEUA 3U72A 4DE8A 5I2NA 2O6AA 5CBSA 2XXQA 4XKQA 3KG2A 3KFMA 4QFOA 1US4A 5A5XA 2F35A 3PMWA 1VR5A 5K2YA 5AA1A 3KSJA 3TTNA 4HTGA 3LSFB 5TU0A 4IGRA 1AIVA 4ZDMA 3BFUA 1MQIA 1NH7A 2ABHA 1B3LA 3Q28A 4GXSB 1OMPA 3I6VA 2VD3A 2DYXA 1H44A 4ONYA 3UA8A 1QKAA 2WKYA 4H6DA 3KJTA 4QSEA 1UIVA 3B6WA 2Y7WA 5I84A 1OQGA 2H9BA 2H25A 1AMFA 3C4MA 3W9VA 2G29A 2NUVA 3K6VA 4L17A 4QFKA 4THIA 4YMAA 3K1NA 3G3GA 3HCQA 1SI0A 2XD2A 4XKPA 1B2HA 3R6UA 3L6HA 3OO7A 1URDA 3QK6A 2B3FA 3SDFA 3OEMA 2ONRA 4LQ5A 4OEUA 4H0WA 2XXYA 3KZGA 3VFJA 4FATA 2DE3A 4QHQA 2RCAA 2O7UA 4DLDA 4QRZA 1F9BA 5I2KB 4RA1A 2F36A 1D9YA 2ZYOA 1JEUA 3KOSA 4YKJA 3TTMA 1D4NA 1FQAA 2A5TA 4OFOA 3VLWA 3OENA 3OO6A 2DXRA 5F7VA 4WEPA 3MVXA 3CG3A 2PMSA 3EPEA 3TKDA 2QS1A 3QUJA 1ZBMA 3RUMA 1MS7A 5H8NA 3VVFA 2XXWA 3O9PA 1PC3A 2OCUA 1Z7ME 5KZTA 2F78A 1MQHA 1JQFA 4R9GA 3OSRA 3FUZA 5DVFA 1ANFA 3O2AA 2O1LA 1R6ZA 4KYSA 1O63A 2Q88A 3MJNA 3U8QA 4P0IA 2DOJA 1FQFA 2DXYA 4R74A 5ITOA 1IUDA 2Y7IA 4OWDA 3K2DA 5CM6A 3O28A 3H6WA 1JW4A 2PX1A 3EHUA 1A40A 4LATA 3N5LA 5TPAA 4F1YA 4PQJA 4HCWA 2V93A 3V5AA 1D9VA 5FTIA 1LGBC 2XXXA 4G4PA 2RC9A 4N6PA 4IO5A 3HN0A 4KYDA 5AA2D 3C35A 3IB0A 2F7BA 3IB1A 2H98A 1UQWA 1ELJA 1BTJA 2QS4A 4GF8A 2DE2A 1Y1MA 3TCHA 1B4ZA 5DEXB 1MRPA 2AYSA 3H6UA 4LZ8A 4RY1A 1CE2A 1XC1A 2I58A 1UTHA 1MXZA 3ONMA 2YJPA 2OK2A 1LB9A 4KHZE 4KD5A 1MXYA 2W7YA 1M5EA 2RCBA 1B58A 1Y3PA 3H6VA 3TYHA 1LAFE 2Q9TA 1N04A 2XXHA 1LBCA 2HFBA 2Q2CA 4R73A 4YB5A 3KOTA 1DTZA 4PP0A 4NE4A 1FQCA 4LP2B 3PPNA 4PFYA 4AQ4A 4E0WA 1XVXA 4ZEIA 4FEBA 4N07A 3VLVA 3UGWA 1FTJA 5IAIA 1SW4A 1PB7A 1OVTA 4HS7A 4N13A 3ZSFA 1B1XA 5H8FA 5I56A 3TODA 5CMBA 3O6HA 3Q27A 1TT1A 2O7IA 2I0BA 5KCJB 3RTWB 4C0RA 3MC2A 3KN8A 1MY0A 1EH3A 3CR9A 3QIMA 3MW0A 4WXJA 2UYFA 1M5BA 3PMXA 3FXQA 1URGA 3OD7A 2DS9A 4EF2A 1H43A 4H65A 3FVOA 4EF1A 2GFEA 3LSLA 2XXPA 4GXAA 2O68A 3VDFA 1ZTYA 4F29A 1MG1A 1SW1A 1LAGE 4MLVA 3FXRA 1B5JA 4R2BA 4H8IA 1GV8A 4IO4A 4R6YA 4KI0E 3SERA 1MQGA 4H5FA 4LONB 5TP9A 4KQPA 2PVUA 2X7QA 4NWDA 4F2OA 1ZU0A 2OBGA 1FTKA 4OETA 4JDFA 2P0SA 4I9DA 4MFIA 1XS5A 3MP8A 2CMOA 3G3FA 3FXUA 4POWA 2A5SA 1Q35A 4F3SA 1FTLA 4EXLA 3K0VA 4ZEFA 1N7WA 1O64A 3A3UA 3SKPA 4IY6A 2Y84A 1A7LA 5IKBA 5CMMA 1SBPA 1NL5A 3MPLA 2F34A 1N3XA 3P7IA 4IB2A 4NF4B 2HQ0A 5BWJA 3VV5A 2DVZA 1HSEA 1IXHA 2AL5A 2V3UA 3A3CA 3DM0A 4BDRA 5CMCA 1EU8A 4OFJA 4GWOA 2PYYA 3V8XB 4F3GA 3M3LA 4KR5A 4NF6A 3OSQA 3CFXA 1AOVA 3CIJA 2DQVA 5EHMA 4OEVA 4R9FA 4KCDA 3BKIB 3HPIA 1B4HA 2ZNSA 1QKBA 2YPNA 3VXBA 4G68C 3CFZA 4RK9A 2DWJA 4I8CA 4R6KA 1DSNA 2Z8FA 4IO3A 1GR2A 4PFTA 1SVXB 1N84A 2QMXA 2UVIA 4R72A 4FE8A 3VLUA 5CC2A 4NTLA 5J1DA 4OFLA 4DXUA 4K3FA 5I57A 4YKPA 1NNTA 3MP6A 1MPDA 4UACA 4U2RA 2QRYA 3Q25A 3C31A 2UVHA 1P1QA 3MZ1A 3VVDA 3FJGA 1PB8A 1P1UA 2D21A 1USYE 4BDLA 3Q26A 5H8QA 2VOZA 3H4ZA 4G8NA 1CB6A 3MZ9A 4GIZA 2O51A 4I62A 2OWTA 5EYFA 1TFAA 4NF8B 2VD2A 4KPTA 2THIA 1MQDA 5FHMA 3WAEA 4OHNA 5CRYA 5KDTB 5CBRA 4KFQA 4POXA 1B7UA 1MDP1 5I58B 4MF3A 4YZZA 2I0CA 3JV9A 5L9MA 3IO6A 1O7TA 1VE4A 5LOMA 1POTA 3CSBA 2FA7A 3PU5A 2G93A 1MDQA 1N3WA 2P1SA 1A8FA 3H03A 4NMYA 3C34A 3KJ7A 3FJ7A 3HO7A 3OEKA 2OWSA 1Y3NA 3SEVA 3TUSA 1LCFA 2X7PA 5JTYB 1M5DA 4F2QA 5AA2B 4JSDA 4FECA 1PB9A 3IK6B 4NF5B 5DYHA 3IX1A 1DPPA 1D3KA 4R6HA 4F3BA 4GLIA 1P99A 1H3DA 4TLMB 3GBBA 3H6TA 4BLAA 4AB6A 3TTRA 3N26A 3G3KA 2OZZA 3PUVE 3TTLA 5AA4A 1OLCA 3T93B 5HBCA 3E3KA 4RPNA 3E9XA 4EQBA 4QF9A 1RYOA 3PUXE 4LQ2A 5AE4A 3SEYA 1QVSA 4QFNA 5I59B 3I3VA 4F1VA 2HZKA 2Y7KA 3QSLA 3S2VA 3CRBA 1H45A 3CG1A 1P1WA 1MXVA 2AL4A 3QAXA 4XIGQ 5DTBA 5K2XA 1SI1A 1A55A 3CI8A 1DPEA 3T96B 1SW2A 1MY1A 3FIRA 2R9JA 4IO7A 1WODA 3O6GA 1PEBA 5FTHA 3S9EA 1B7ZA 4F3PA 1ZLQA 4BDQA 2XX7A 4Q0CA 3MPKA 2E0SA 3HHGA 3THIA 2Z22A 4O3BA 4XKNA 1DMBA 4YAHX 2HAUA 2XX8A 1J1NA 4C1UA 3ODBA 1Z7NE 3KN7A 2ONSA 3IJOB 4XKRA 3CFLA 4LVQA 3S9NC 2UXAA 1Y4CA 1N7XA 1M5FA 2H4IA 1MPCA 1SW5A 1B32A 1KWHA 4DIGA 2RINA 1B3FA 1QUJA 2DE4A 4ND9A 3TDJA 3USDA 2P2AA 1LAHE 3W9WA 1POY1 3G3JA 4ESWA 1GVCA 3PUZE 1I6QA 4RPOA 4ECFA 2GH9A 1Y1ZA 3PD8A 4WKMA 1AL3A 4XXUA 1EZOA 3PPRA 4Q5TA 1XHYA 1MXUA 3C33A 3IOWA 3ILUB 4AB5A 4DCXA 1P1NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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