4HTGA

Porphobilinogen deaminase from arabidopsis thaliana
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
TAIIRIGTRGSPLALAQAYETREKLKKKHPELVEDGAIHIEIIKTTGDKILSQPLADIGGKGLFTKEIDEALINGHIDIAVHSMKDVPTYLPEKTILPCNLPREDVRDAFICLTAATLAELPAGSVVGTASLRRKSQILHKYPALHVEENFRGNVQTRLSKLQGGKVQATLLALAGLKRLSMTENVASILSLDEMLPAVAQGAIGIACRTDDDKMATYLASLNHEETRLAISCERAFLETLDGSCRTPIAGYASKDEEGNCIFRGLVASPDGTKVLETSRKGPYVYEDMVKMGKDAGQELLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the mechanism of pyrrole polymerization catalysed by porphobilinogen deaminase: high-resolution X-ray studies of the Arabidopsis thaliana enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Porphobilinogen deaminase, chloroplastic
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 96
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2012-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 4htgA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4htgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4htgA02
5JK4A 4F22A 4G8NA 1XHYA 4GVOA 2XD3A 3IK6B 4RPOA 5H8NB 3U72A 3DM0A 1JW1A 2RCBA 4NEDA 4MF3A 3TCFA 4DDDA 4OVJA 2HFBA 3H6UA 2PYYA 2UVJA 3C33A 1OQGA 2XD2A 4FIMA 3GBBA 2B65A 3K01A 4G68B 4U2RA 4GFRA 4JWOA 4XTCQ 1VE4A 3T9UA 2HCAA 5B70A 4AB5A 5AE4A 5I2KA 1XC1A 5TP9A 2H4IA 2PVUA 1SVXB 1XOCA 4QSDA 3HN0A 2H99A 3D4CA 3C32A 2Q88A 1D9YA 5A5XB 4DZ1A 1TT1A 2F7AA 1N7XA 5I59A 3C36A 3PPQA 3PUZE 4OENA 3LSXA 2RF1A 2B3BA 1I69A 4KD5A 3VXCA 4YKIA 4M4GA 3ILUB 3R26A 1NH7A 4WKMA 4BDQA 1B4ZA 4G8MA 4F1UA 1T0KA 1A54A 4FORA 1SDXA 3TTKA 1FQDA 3DP8A 5L9MA 5H8HB 2BJJX 5CC2A 4EQ7A 4EXLA 1US5A 2WKYA 3OEMA 4HCYA 4PFWA 4NF6B 2G93A 3KOSA 3MP8A 2Q8JA 4H0WA 4X1DA 3A3UA 4HS7A 2ZNSA 5DT6A 1B1XA 5AA2B 4C0RA 3UN6A 5CMBA 1B2HA 5FTHA 3FUZA 3R6UA 2REGA 2DQVA 3CFZA 1OVBA 1ZMGA 1LCFA 3CFLA 3HHFA 2QMWA 3HO7A 4ZEDA 4IGRA 4ZS9A 2ZXTA 5HBCA 3FZVA 4ZECA 3FATA 2P0SA 4PFTA 4ESWA 3MPKA 3GLBA 3N26A 1B7ZA 5ITOA 1UTHA 3N6UA 1ZU0A 5I84A 3MWBA 2GHBA 1VFDA 1H43A 3CR9A 3CI8A 1LBCA 2Z22A 3IOVA 3G3KA 3IB2A 1ANFA 3UIFA 1EZPA 1HSLA 3GZGA 2NWJA 3MW0A 1Q35A 3L6HA 1URSA 4ND9A 5I2KB 1IITA 5TP9B 4ISUA 4HCWA 2OWTA 4RNSA 1USYE 1LFIA 3K1NA 4GOTA 3K6VA 3THIA 3H6TA 5I59B 4QHQA 1UIUA 4GRKA 4DIGA 1J1NA 4YKJA 3CSGA 3OXNA 5DVIA 4EQ9A 1MY3A 4LQ5A 5EYFA 3W15C 4IO6A 1H76A 2E1SA 2F7BA 1GTKA 1O64A 1GR2A 4LZ5A 2OWSA 3MVWA 3LSFB 1URGA 3OSQA 4GXAA 1IXIA 4G77A 4BDNA 2M8CA 3M3FA 5H8QA 3CG3A 2A5TA 1WODA 5TU0A 3SERA 3A09A 1MXUA 4OMBA 4ZE9A 3FIRA 4QFLA 2G29A 1MRPA 2VOZA 4ZDMA 1M5CA 5BWJA 3OO8A 2O84X 3SDFA 1RYXA 3FD3A 1JEVA 2DE2A 4ZE8A 1TXFA 3S9NC 1PEBA 3PUXE 4JB7A 4FJPA 3U8QA 5HPQA 4XKQA 2O69A 3PD8A 2XXXA 3D4GA 3TTMA 3TAJA 2OK2A 1FCKA 4ZZEA 3G3FA 5L9OA 5L8DA 2GRVA 1N7WA 4RK2A 1UTHB 3C34A 1JVYA 4RA1A 4UA8A 5DTBA 1I6QA 4LZ8A 5AA3A 3TZAA 3VE1B 2PT2A 3HSTA 4G68C 3FJGA 4IGTA 4KCCA 1MXYA 1LAGE 5FHOA 4BDOA 4E0WA 1LSTA 4I1DA 1YTVA 1PC3A 1MDQA 1QKAA 3K6WA 3FV2A 1B58A 1MH3A 2HQ0A 3CG1A 1MXXA 3KJTA 2ZYOA 3EF7A 4F29A 3G3IA 1DPPA 1S7YA 1FQBA 2CMOA 1LB9A 2DE3A 4NMYA 3N5LA 3U94A 5JTYA 1L5TA 2XX7A 2RKMA 1A55A 2R71A 1B0LA 1DTGA 4DE8A 4PFUA 1ELJA 1SD3A 3FVKA 3U93A 4Q5TA 3TTLA 4KQPA 3SEXA 2NVUB 1UQWA 1B9JA 4KCDA 2I4CA 3C4MA 5I58A 3T9XB 4JSDA 4RY1A 4U1OA 2Y7PA 3UK4A 2Y7RA 1P1UA 1TFAA 3TPAA 2O1LA 4F3GA 1NH8A 2V84A 4F31B 4P11A 1LFHA 5H8QB 2XXUA 5CMCA 3IR1A 2HZKA 3V83A 2A5TB 3RTWB 3K6XA 3FJ7A 2DWHA 3O6IA 4OETA 1US4A 4IO2A 3RGYA 1Y1MA 2W7YA 4FEDA 2AL5A 4BDMA 1FQEA 4QSEA 2ONRA 5ICTA 1XT8A 4FECA 1PB9A 4GQOA 3I5OA 1IXHA 4LP2B 5KCJA 5CBRA 4YB5A 1MM6A 4H65A 3T22A 1Q1KA 1O7TA 3MVYA 3E4RA 3KJ7A 3VLVA 3WAEA 1JEUA 3OEKA 4OERA 3ZS6A 1QW0A 2OZZA 3T9HB 3K0VA 5CBSA 1FQAA 5I2NA 3PD9A 2H9BA 4KYEA 4ESXA 3K4UA 4XXUA 3OMBA 1LB8A 2FYIA 4ECFA 2X7QA 4I62A 3TELA 3UA8A 3EQ1A 2RCAA 2DXRA 3LSLA 1QVSA 1F9BA 1SQYA 1NNFA 4H1XA 4WXJA 3HCQA 3H4ZA 4KR5A 2ONSA 3U1OA 4R6KA 1AH5A 4GWOA 3SEWA 3HPIA 5JTYB 4F19A 4OEVA 2DOJA 2LAOA 2HEUA 4N6PA 2I4BA 4P0GA 3IAZA 2RINA 3VLWA 1UTBB 3Q28A 3ZKLA 1WDNA 3E9XA 2PT1A 3H6VA 1BKAA 4YZZA 4G8HA 5I58B 2ZYKA 1HSJA 1I6AA 2ANJA 4OXVA 1Z7NE 4IO5A 3TYHA 2DWAA 4QRZA 3G3JA 3BFTA 3H3GA 3BFUA 4F3PA 2O6AA 4EXKA 2XXWA 4MH5A 1N3WA 4OEUA 3MQ9A 3M8UA 2ESNA 3DELB 1Y4TA 1FQFA 1BIYA 3PUWE 5JEIA 3TQLA 2Y84A 5KZTA 3ONMA 1QUIA 4LQ2A 2Q2AA 5AA4A 2RC7A 1MDP1 4OFLA 3RN8A 3C31A 2UXAA 4IO3A 2Z8EA 5KCJB 2YLNA 2DXYA 3V5AA 3IL1B 4KI0E 3TFLA 4YU0A 3T66A 4AQ4A 3PPPA 4O3AA 3PMVA 4GL8A 3MZ1A 3FGSA 4IB2A 1DTZA 2F7CA 2Z23A 4OFJA 1B5IA 5I2NB 4ELRA 4TOZA 2VD2A 1PBPA 3Q27A 4ZEIA 2V3UA 1O63A 2I0BA 5EHMA 2HXWA 3RNNA 1SW1A 4R2FA 1XVYA 2RC8A 3MAMA 1LBBA 4DXUA 3OELA 1S9TA 3H7MA 1MPDA 3H06B 4ZEKA 4JWYA 1OVTA 2D21A 4EF2A 1B32A 1RKMA 3OSRA 1MY1A 1ZBMA 2FNCA 4JBZA 2DVZA 4OWDA 4KYDA 2O7IA 3EHUA 4THIA 4KHZE 5BUUA 4N13A 1SW4A 1B3GA 2H5YA 2DE4A 4UACA 2Y7IA 4LONB 3KEIA 1H45A 3FVNA 4NWDA 4F1VA 5IAIA 2F6PA 3QUFA 4ZEBA 3S4UA 1CB6A 3EN3A 4QF9A 1B05A 3Q26A 1NMUA 1YCJA 4LATA 3IOWA 2V3TA 4YAHX 5CI5A 3SEYA 4L17A 1Y3NA 3MP6A 4OQOA 4FAJA 4H67A 3OOAA 1NNPA 3CSBA 1MQHA 4OZ9A 2UVHA 3QAXA 1OQHA 3TTNA 4LUBA 2XXRA 1ZTYA 4MLQA 4EF1A 5AA4B 2A5SA 3QSLA 3TUSA 1B3FA 4R73A 2XXVA 1R1NA 4YKPA 1B3LA 4Q8RA 3L6GA 4GL0A 4MFIA 3Q25A 4NF5A 4NE4A 1FTJA 2XXQA 3RTFB 1B7UA 3S9EA 5EHSA 4RK9A 2DYXA 1DMBA 3AXFA 3W9VA 1N04A 3MVZA 1PDAA 2ABHA 2D3IA 4C1UA 3RQTA 3CRBA 3KGCA 1Y1ZA 1ATGA 3LBSA 1A7LA 2F97A 4H8IA 3PGFA 3MC2A 3PPNA 3T9VA 3S9MC 3B7DA 2I48A 2X26A 3RPWA 2F34A 3V89B 4Q30B 1R9LA 3CVGA 4QFOA 3VVFA 1MQDA 1LAXA 5H8FA 1NKXA 1BTJA 4RXLA 3UORA 5ITPA 5CM6A 4O3CA 4X48A 3W9WA 4H6DA 4F2OA 2YPNA 2QS2A 3B6QA 2UYEA 2IA4A 3TODA 1GGGA 4FE8A 2VGQA 1Z7ME 3M3LA 1LFGA 1POY1 3OO6A 5DYHA 3C35A 5CMMA 3EHSA 4R6YA 3BKIB 1URDA 1CE2A 1B5HA 5AA2D 3K1MA 4PETA 4BDRA 3OENA 2XHDA 2ONKE 2ZNTA 5KDTA 1UTBA 2XX9A 3DLNA 5ELVA 4DLDA 3JV9A 3IJXB 1H44A 2NUVA 1VFEA 3S2VA 2HAVA 2VHAA 2Y7WA 4NTLA 4DXBA 1B4HA 4QFKA 1PB8A 5CRYA 3KN8A 3LR1A 4EQBA 1LCTA 4RJZA 3KN3A 4M1VA 4IY6A 4JSOA 3IJOB 5IKBA 3EHTA 1B40A 4PP0A 1SI0A 2F35A 4I8CA 5DVJA 4NF5B 3RT8A 4Z0IA 1AIVA 2P2AA 2XXPA 2XXYA 4NWCA 3OO9A 3B6WA 2ZYNA 3QIMA 5FHMA 2E0SA 1EZ9A 1BP5A 4F39A 5FTIA 1QKBA 2O68A 1IXGA 4WEDA 2NXOA 3WAFA 1D3KA 4HTGA 1DPEA 1MPCA 3GBAA 1B1HA 3QXMA 5TPAA 4GIZA 2V93A 4TLLB 4F1YA 5J1DA 3TDJA 3IB0A 1R6ZA 2OBGA 1TWYA 1LAFE 4PFYA 1SW2A 3FVGA 2ZNUA 5M2VA 4U21A 1IXCA 1ZLQA 5H8FB 1KWHA 1FTOA 4F18A 1P1NA 3IB1A 3A3CA 3U92A 1B3EA 3G7WA 3QYTA 2VP1A 2QSXA 1MM7A 4U22A 4U4XA 3I6VA 4X9TA 3EPEA 1SW5A 4EDPA 4POWA 2REJA 2PMSA 4O3BA 4ELQA 4YKKA 2QS4A 1FTMA 2DWJA 4EUOA 5K2YA 3P7IA 4HW8A 3RUMA 5LOMA 2DWIA 3TKDA 4P0IA 5AA1A 1GVCA 5KDTB 3QUJA 1MQIA 1B3HA 3KBRA 4RYAA 1R9QA 1B0HA 3HV1A 2X7PA 4R2BA 3O97A 1USYH 3KOTA 4FEBA 3MBPA 1MPBA 1VR5A 2THIA 5K2XA 5DVFA 2F78A 1P1OA 1IQ7A 5H8SA 1Y20A 4OFOA 1N76A 3CFXA 3VLUA 4GD5A 1IIWA 3O29A 3KFMA 4YMAA 4NF8A 4K3FA 4FATA 3IO4A 3F11A 4KFQA 4R6HA 1MXZA 3FVOA 3FJMA 3RY3A 3ZSFA 1A99A 2F8DA 3G3HA 2F5XA 4OHNA 1M5FA 1II5A 2V3QA 3R7XA 1I6BA 3N6TA 3O6GA 2Y7KA 2H25A 5I56A 1N3XA 2AL4A 1EZOA 3ZKKA 4QFPA 3KSJA 3UP9A 1UIVA 5TPAB 4XKRA 1PB7A 1TFDA 3OD7A 4F3SA 2F6GA 3H03A 1ZIUA 2HZLA 1NNTA 2I3WA 1JW4A 3KSXA 4U23A 2I3VA 2UVIA 4F3BA 1QULA 3PPOA 2ALUA 4QFNA 3O66A 1MXWA 1ZJLA 3N94A 1AOVA 1FW0A 4G4PA 4AB6A 3KG2A 1SYIA 2AIXA 1AMFA 2Q2CA 3PV0E 3K6UA 3LUYA 1N0TA 4R74A 5F7VA 4YMBA 3PUYE 1YPNA 3VVDA 2PBWA 2OLBA 1MY4A 2XXHA 1MG1A 3E3KA 3TMGA 2RC9A 2GH9A 4I9DA 3FXUA 1B7HA 3FXQA 5L9SA 3TEPA 1MY2A 3RLFE 3SKPA 4TLMB 3PUVE 2QMXA 5FHNA 2AYSA 1OIBA 1EU8A 1M5EA 4PQJA 4H8JA 2ZYMA 2Q9TA 4Q0CA 4NF4A 4IO4A 2Z8FA 1N84A 3IX1A 4MBPA 1JQFA 1S50A 5ICQA 3MPLA 3O6HA 1VSOA 3DP4A 2I49A 4U4SA 4POXA 4NF8B 4GXSB 1YAEA 1QUJA 5DEXA 3FASA 4YICA 3VDFA 1B52A 2I58A 3KZGA 4OTEA 4R75A 3SEUA 4DXCA 2GFEA 1ZKBA 4WEPA 4F2QA 3B6TA 3KN7A 2QPQA 4ELPA 1FQCA 3MZBA 5I56B 4R9FA 2R6GE 4LA9A 4YB6A 1NL5A 3MVXA 3LC8A 2DP8A 3SETA 1SYHA 4Z7EA 3O28A 2Q89A 3TTRA 4OYVA 3T93B 4X1BA 1MQJA 3GXAA 2UYFA 2QS1A 3T96B 3HHGA 1IUDA 2QJEA 3VV5A 1Y3QA 3PPRA 4XKNA 3JYRA 3C9HA 1D4NA 5I57A 2XXTA 1JNFA 3JZJA 3K1PA 1NFTA 2B3FA 1B6HA 4U1ZA 1XS5A 2PX1A 3E13X 1LGBC 1P99A 2GHAA 1IZ1A 4PE5B 3PMXA 5F1QA 3TQWA 1B51A 3USDA 4C1TA 3S9LC 3MZ9A 2QRYA 4KPTA 1GV8A 1WVJA 2Z8DA 3ECRA 4IY5A 4TQUQ 3TCGA 2QS3A 3M3KA 3SEVA 3IOUA 4BDLA 1MQGA 3QK6A 2VD3A 2I0CA 1JVXA 1Y9UA 4DCXA 3VFJA 1POTA 2DS9A 1LLSA 1JW5A 4DCYA 2QL3A 2OCUA 5H8NA 1H3DA 1XVXA 2IEEA 2HAUA 2H98A 1IEJA 1QJMA 1OLCA 3FV1A 3SESA 2V25A 3UGWA 4KYSA 4G68A 1OMPA 3VVEA 2DSFA 1FTLA 3FXRA 3VXBA 2KLFA 4NF4B 4OESA 1P1WA 1A40A 3CIJA 1P1QA 4LZ7A 1A8EA 2YJPA 3ILTB 4GF8A 1MXVA 4QSCA 4ONYA 3IO6A 4H5FA 5HM4B 1JETA 2F36A 2ZMBA 2XXIA 3BBRA 5DEXB 1OLAA 1RYOA 2R9JA 3PU5A 5A5XA 3H6WA 3TCHA 1LAHE 1SBPA 2OJTA 3RT6B 1QUKA 3ODBA 2UVGA 2NOOA 1NNKA 1PBQA 1AL3A 1MH4A 1FTKA 3IORA 4R9GA 1D9VA 3K00A 1M5BA 3G3GA 1MY0A 4IO7A 3MP1A 4RPNA 1EH3A 3K02A 4ZZAA 3V8XB 4JXIA 2O51A 2O1MA 3O2AA 3DP6A 1Y4CA 4G2ZA 3I3VA 1Y3PA 1B5JA 4JDFA 4BLAA 4GLIA 4ELOA 5I57B 5H8HA 5ISUA 4XIGQ 3K2DA 1DOTA 3Q29A 4H5GA 4MLVA 4XKPA 1SI1A 4JWXA 1M5DA 3OO7A 2I6EA 4ZEFA 5B7DA 4N07A 1B46A 2XX8A 5CMKA 4NF6A 4LVQA 3IOTA 2D5WA 1DSNA 1BLFA 2FA7A 2DVCA 4R72A 3LSWA 2CZLA 2O7UA 1A8FA 5AA2A 4E0XA 3MJNA 3PMWA 1HSEA 3MUQA 1MS7A 4YB7A 3O9PA 2P1SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2EOR A;  5JK4 A;  4F22 A;  4G8N A;  1XHY A;  2EL4 A;  4GVO A;  2XD3 A;  3IK6 B;  4RPO A;  5H8N B;  3U72 A;  3DM0 A;  4DR2 E;  2EM6 A;  4X65 E;  1JW1 A;  2RCB A;  4NED A;  4MF3 A;  3TCF A;  5IZ3 B;  4DDD A;  1GZ6 A;  4OVJ A;  1FTA A;  2HFB A;  3H6U A;  2PYY A;  2UVJ A;  2L33 A;  3C33 A;  1OQG A;  2XD2 A;  4FIM A;  3GBB A;  2B65 A;  3K01 A;  4G68 B;  4HXV A;  4U2R A;  1RDX A;  4GFR A;  2XA5 A;  4JWO A;  4XTC Q;  1VE4 A;  4B3S E;  2EN8 A;  3T9U A;  2HCA A;  3JAM C;  5B70 A;  4AB5 A;  5AE4 A;  2YTO A;  5I2K A;  1XC1 A;  5TP9 A;  2CTD A;  2H4I A;  2PVU A;  1YFH A;  1SVX B;  1IMC A;  3C6K A;  1XOC A;  4QSD A;  2OWZ A;  3HN0 A;  2H99 A;  2LMZ A;  3D4C A;  1TF3 A;  3C32 A;  3IWD A;  1D9Y A;  2Q88 A;  5J16 A;  4FBP A;  5A5X B;  4DZ1 A;  1TT1 A;  3EKI A;  2E1M A;  5AE1 A;  2F7A A;  1N7X A;  5I59 A;  4R2S A;  3C36 A;  3JU0 A;  3PPQ A;  3PUZ E;  2CPN A;  4OEN A;  4BS9 A;  2RF1 A;  3LSX A;  2B3B A;  1I69 A;  2EMI A;  4KD5 A;  3VXC A;  4KXP A;  4YKI A;  4M4G A;  2EML A;  3ILU B;  3R26 A;  2V86 A;  1NV5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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