4HTGA

Porphobilinogen deaminase from arabidopsis thaliana
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
TAIIRIGTRGSPLALAQAYETREKLKKKHPELVEDGAIHIEIIKTTGDKILSQPLADIGGKGLFTKEIDEALINGHIDIAVHSMKDVPTYLPEKTILPCNLPREDVRDAFICLTAATLAELPAGSVVGTASLRRKSQILHKYPALHVEENFRGNVQTRLSKLQGGKVQATLLALAGLKRLSMTENVASILSLDEMLPAVAQGAIGIACRTDDDKMATYLASLNHEETRLAISCERAFLETLDGSCRTPIAGYASKDEEGNCIFRGLVASPDGTKVLETSRKGPYVYEDMVKMGKDAGQELLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the mechanism of pyrrole polymerization catalysed by porphobilinogen deaminase: high-resolution X-ray studies of the Arabidopsis thaliana enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Arabidopsis thaliana
molecule keywords Porphobilinogen deaminase, chloroplastic
total genus 96
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2012-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 4htgA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4htgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4htgA02
1IEJA 1B7ZA 4F1YA 4BDMA 1Y3QA 2X7PA 2YLNA 1EU8A 3G3KA 4OZ9A 5FHMA 4G2ZA 2VOZA 5BUUA 3EHSA 3U8QA 1H3DA 4XKNA 2H5YA 1B0LA 1AL3A 3CIJA 2KLFA 4IY6A 5CBSA 2Y7KA 1DTZA 5HBCA 4LONB 5DVIA 2H98A 4QFLA 3CSGA 3SDFA 2F36A 3QUFA 4M1VA 1LB8A 5KDTB 4HCYA 3C35A 2I48A 1URDA 3B6TA 5TU0A 5DTBA 1LBCA 4R75A 3CG3A 1MQGA 3RNNA 4NF6A 5CRYA 2VHAA 5A5XA 1AOVA 3C36A 1ZMGA 3L6HA 3W9WA 5I57A 4G8NA 3UORA 2F6GA 4MFIA 2ZXTA 4JBZA 4K3FA 4ZE8A 2F7CA 1MM6A 3E9XA 3VLVA 4X9TA 3PUVE 1XVYA 5BWJA 1MM7A 1B0HA 3RLFE 4RPOA 1POTA 1JW1A 1Y3PA 3TTRA 4KR5A 5B70A 4DXUA 3IOWA 1ATGA 4U1ZA 3R7XA 1SDXA 2GHAA 1B3LA 1D4NA 2AIXA 2F78A 2Q9TA 2UVIA 3TPAA 4RA1A 5I58A 3IO6A 3KOSA 1Y3NA 3SESA 4QFOA 1MY2A 1PBPA 1DPEA 1JVYA 2F7AA 2H9BA 1B5HA 3FV2A 4R2FA 3BKIB 3TTNA 2XX9A 1O63A 4OEUA 1A54A 3CRBA 2ZNUA 1UTHB 1FCKA 4OETA 2QMXA 4F31B 3A3CA 1MXYA 1TXFA 2ESNA 4OHNA 4BDLA 2PT2A 3CFZA 3MQ9A 4P11A 5AA2B 4ONYA 1Y1ZA 1JNFA 3DLNA 5AA2D 1ANFA 1UTBB 3ILUB 3PMXA 3CG1A 3QSLA 4F1VA 3EQ1A 2XX8A 4RNSA 4YB7A 5CBRA 1ELJA 3RGYA 3M3KA 3C4MA 4IB2A 5TPAA 2OWSA 4PFWA 3F11A 2O68A 4JSDA 1IXHA 2PBWA 1P1OA 3H06B 4TLMB 1MPCA 1SYIA 4U2RA 4DIGA 4ZECA 1B9JA 1H43A 1NL5A 4H6DA 4ZZEA 4AB6A 4PE5B 2O1LA 4IY5A 4L17A 4TQUQ 1DSNA 5AA3A 3K2DA 3CSBA 1DMBA 5CC2A 2VP1A 5DVJA 3RQTA 3SETA 1AMFA 4PFTA 4F3BA 1UIUA 2XXQA 2O7UA 4KI0E 2NWJA 2H25A 3LSXA 4NF5A 5I59A 2XX7A 4NWCA 4F39A 2ABHA 4I1DA 3IOVA 4YKIA 4DZ1A 1OIBA 1SW4A 3E3KA 2ZYKA 2DS9A 2OBGA 3Q27A 2HZKA 4LQ2A 1EZ9A 3K4UA 3I6VA 4G68C 4G8HA 2F6PA 1CE2A 1LGBC 3THIA 3KN8A 3TODA 3DP8A 4MH5A 3WAFA 1PBQA 1Y1MA 2DQVA 1USYH 4RJZA 3KN3A 5K2YA 2OZZA 5CMKA 4QFPA 3TEPA 1MDQA 2O84X 4ZDMA 2I6EA 2HCAA 3KSXA 3C31A 1FTLA 3A09A 1JW4A 3VVEA 1BP5A 1Z7ME 3FVOA 3A3UA 1B46A 1N7WA 4U23A 4U1OA 1PC3A 2HXWA 4QSDA 2Y84A 4NF8B 1OLCA 3U72A 1AH5A 4YKJA 3W9VA 4E0XA 3DELB 1FW0A 1P99A 1SD3A 2XXPA 1D9VA 2I3VA 2CZLA 3K00A 4RK9A 1B4HA 1R1NA 4EXKA 3H6UA 4DDDA 2QS2A 1BTJA 5EHMA 5FTHA 4FAJA 1P1WA 3K6XA 2YJPA 3VDFA 4R74A 1S50A 1XT8A 4BDQA 5KZTA 4G8MA 5F7VA 3W15C 1N0TA 3CFXA 4KYDA 3ECRA 5I2KA 2DE3A 3OMBA 3IX1A 2F97A 2Z23A 4DLDA 1SBPA 5CMMA 5ICQA 3TTMA 3BFUA 4ESXA 5ELVA 3T66A 3O6IA 1UIVA 3M3FA 4EQ9A 1LAGE 3KOTA 4ELOA 2H4IA 2D5WA 4EF1A 1N3XA 3H03A 4LP2B 4YU0A 2UVGA 3T96B 4F1UA 5I56A 5LOMA 2V84A 5FHOA 3S2VA 3G3GA 3KG2A 1N84A 1LBBA 2OCUA 1B05A 1SYHA 1SW5A 1PB9A 1Y4CA 3PPQA 1IXIA 3KEIA 4MLVA 3N94A 3TCFA 4UACA 3PUYE 3KBRA 1FTMA 2UXAA 1Q1KA 3O97A 1MY1A 3MC2A 4NF6B 2XXHA 4M4GA 2O6AA 5A5XB 4G68A 3PPOA 1ZU0A 2VD3A 3IJXB 4G4PA 5L9MA 4PQJA 1SI0A 1MXXA 1MXUA 1MY4A 2HFBA 3K6WA 1WODA 2ZNSA 4PP0A 1MPDA 1MXZA 4FIMA 5L9SA 1WDNA 4H67A 3M8UA 3H4ZA 3LR1A 3DP6A 4POXA 1T0KA 3IR1A 3GLBA 3EHTA 1YAEA 5I58B 3OSRA 2P2AA 4IO4A 2Q88A 3ZSFA 3FXQA 5H8NA 1CB6A 4XXUA 2V93A 3N6TA 2B3BA 3O29A 4BDOA 1B7UA 4F19A 3MW0A 3OELA 3QIMA 4X1BA 4R73A 2DSFA 1VFDA 2REJA 4HW8A 1EH3A 1S9TA 2QRYA 3Q26A 2Z22A 1B1XA 4R6KA 4GL0A 4PETA 1NNPA 3EN3A 1B5JA 5IKBA 2QPQA 3FJ7A 3C32A 4OQOA 4C1TA 4RY1A 3FD3A 3RTWB 3S4UA 1MPBA 4EQBA 3N5LA 4EXLA 3FVKA 3P7IA 4R6HA 4F3PA 3HSTA 2P1SA 3UN6A 5TPAB 1ZLQA 3V5AA 3IL1B 1JEVA 4JWYA 3SEWA 4XKPA 3MP6A 1MS7A 1NH7A 2QJEA 1R9QA 1N3WA 2PX1A 3N26A 1H76A 4R9GA 4OERA 4I8CA 1ZIUA 1XHYA 4R2BA 4LZ7A 1L5TA 1I6QA 1PB8A 1TFAA 2G93A 5FTIA 1VFEA 1I6BA 3PPNA 2V3TA 4Z7EA 1GV8A 3AXFA 1FQBA 3UP9A 1I6AA 3DM0A 3IB2A 3VV5A 1MXVA 5JEIA 2RC8A 3OO7A 4FATA 2HZLA 4JWOA 4IGRA 2QS1A 3B7DA 3CI8A 4NF5B 3ZKKA 5I59B 3TCGA 1URGA 1H44A 4U22A 4H8JA 2O1MA 4H65A 4N6PA 1MG1A 2V25A 3MVWA 3IO4A 4BDRA 2ZYMA 1NFTA 4HS7A 3RY3A 3VE1B 3OD7A 3RUMA 4NTLA 3LC8A 2I49A 1II5A 1A7LA 2RC9A 3TDJA 4O3AA 3MBPA 2I0CA 1B5IA 1RKMA 3GBAA 1B51A 1B4ZA 3H7MA 1MRPA 3T9XB 1B58A 4OXVA 3EF7A 1QULA 3TAJA 2RF1A 3FV1A 3N6UA 3PMWA 2DXYA 2HAVA 2R71A 3RPWA 4QHQA 3KJTA 5HPQA 1SW2A 3FJGA 4IO5A 2FA7A 1MY3A 1B52A 4ELQA 5CI5A 2DOJA 3TFLA 2OLBA 2NXOA 1P1QA 2DVCA 1EZOA 4MF3A 4YMAA 2O7IA 2UVHA 1YCJA 2XXIA 3TMGA 2Y7IA 1Y9UA 5DT6A 1QKAA 4YKKA 4IGTA 2D3IA 2GRVA 4OFOA 1FQFA 4QFNA 1FQEA 4LZ8A 3IOUA 3Q25A 5M2VA 3CVGA 4F2OA 3E13X 1O64A 3T22A 2THIA 5KCJA 4HTGA 4GIZA 2Z8EA 4YB5A 3H6WA 4ZEDA 3M3LA 2I0BA 3H3GA 3LSWA 5I2KB 3MWBA 3UA8A 4MLQA 4NWDA 3TZAA 4WKMA 5H8HA 2DWIA 1B32A 1JQFA 1OMPA 3RT6B 5ITOA 1BLFA 2RKMA 1MY0A 4O3CA 1MQHA 4EF2A 1US4A 4QF9A 1LFIA 2G29A 2R6GE 3TTLA 1RYOA 1HSEA 2HQ0A 4OENA 2P0SA 1B3EA 2UVJA 2XXXA 5I56B 3PPRA 2ALUA 3E4RA 3SEXA 3TCHA 5ITPA 4F3SA 3UIFA 4E0WA 3H6TA 4XTCQ 1MDP1 4Q0CA 5K2XA 2ZNTA 1SI1A 3U1OA 2ANJA 2ONKE 1M5EA 3VXBA 3I5OA 3B6QA 2F8DA 2Q8JA 4OEVA 3VLUA 3SEYA 2FNCA 1GTKA 3EHUA 2RC7A 3QUJA 4G68B 4XIGQ 1BIYA 4H5GA 3PU5A 3FVGA 1BKAA 1KWHA 3K1MA 4ELPA 3JZJA 2XXUA 3HHFA 5HM4B 1JVXA 4FECA 3OOAA 3MVZA 1SW1A 2FYIA 1DPPA 5TP9A 3OEMA 2HAUA 3TTKA 2B65A 5I84A 1A99A 1A40A 2Y7RA 3K1NA 1DOTA 1Y4TA 2RCAA 2O51A 2NUVA 4ND9A 4KYEA 4JWXA 3SEVA 1VR5A 1QUIA 5H8NB 4KPTA 3BFTA 3R26A 3USDA 3MAMA 1OVBA 5AA4A 3PGFA 5EYFA 2AL4A 2W7YA 1QVSA 1GVCA 1LFGA 3HV1A 3H6VA 1JETA 5H8QA 2YPNA 4DCXA 1GR2A 3BBRA 1NNFA 3OO9A 4KQPA 2DXRA 3S9EA 3OENA 4KD5A 3C9HA 1OLAA 2ONRA 2E1SA 1TT1A 3MVXA 1AIVA 3OEKA 1XOCA 1EZPA 3ODBA 1Y20A 1RYXA 3S9MC 1OVTA 4DXCA 3V89B 1ZBMA 2F7BA 3QK6A 2I3WA 2LAOA 4NMYA 3U93A 3MPKA 4Z0IA 2Y7PA 1SVXB 3TYHA 1A8EA 3LSFB 3PPPA 2DWJA 2UYFA 1FTOA 4EUOA 1USYE 4Q8RA 3PUZE 4FORA 1TFDA 3G3IA 2GHBA 2PT1A 5ISUA 1FQAA 3V8XB 1B3FA 4ZEFA 3D4CA 4EQ7A 1IXCA 1P1UA 4WEPA 3IORA 1XC1A 1A8FA 1IUDA 1B1HA 4BLAA 5L8DA 4QFKA 1PDAA 4YZZA 1MQJA 1M5BA 4F29A 1IQ7A 1N04A 4BDNA 5H8FA 1QUJA 4NF4A 5CMBA 3MPLA 1MH4A 3O28A 3FJMA 4YMBA 5L9OA 3FATA 4WEDA 4LA9A 1M5FA 2HEUA 4LATA 2DE4A 3FASA 3WAEA 4XKRA 1D3KA 3T9VA 2F35A 3LBSA 2V3UA 2ZMBA 3MZBA 1YTVA 4FEDA 2PVUA 2H99A 2DYXA 3D4GA 1FTKA 3TQWA 2QMWA 3O9PA 1PEBA 3UK4A 3KFMA 3FGSA 3PD8A 3IAZA 3VVFA 1NNKA 3MP1A 5DYHA 4Q30B 4F22A 2R9JA 3KSJA 4KCDA 3L6GA 2O69A 4G77A 4ELRA 2AYSA 1B2HA 2DWAA 4UA8A 3HPIA 2XHDA 5KCJB 3G7WA 4R72A 4KCCA 3O66A 1LAXA 4RK2A 3RTFB 2XD3A 4PFUA 4H0WA 4AB5A 3GBBA 1M5DA 4I9DA 2QSXA 3FVNA 4C0RA 3OO8A 3K02A 4FEBA 5H8HB 4F3GA 5JK4A 4YKPA 4C1UA 3I3VA 1JW5A 4F2QA 1J1NA 5JTYA 3FXRA 3MVYA 3C33A 3S9NC 3T93B 5I2NA 1VSOA 1FQCA 2D21A 1VE4A 3RT8A 3TKDA 4RXLA 1GGGA 3B6WA 4JXIA 2Q2AA 3C34A 1QW0A 2VD2A 1ZJLA 3CFLA 4YB6A 4OVJA 4DXBA 4X48A 2QS3A 4NE4A 4AQ4A 4EDPA 3OO6A 3R6UA 1MQDA 3K0VA 3SEUA 4MBPA 1QUKA 3V83A 2X7QA 3QXMA 2NOOA 2E0SA 3PUXE 4GD5A 3S9LC 1MH3A 3ZS6A 2Z8DA 2VGQA 3KZGA 3TQLA 1MQIA 2A5TB 1MXWA 4RYAA 1M5CA 3ONMA 1A55A 1NMUA 4GFRA 3FZVA 2ZYNA 4QSCA 1N76A 5DEXA 5CM6A 4N13A 4ZEIA 3IOTA 2I58A 4ECFA 1US5A 4JSOA 2IA4A 2DP8A 2OJTA 4GQOA 1H45A 2XXVA 3KGCA 3HO7A 3OXNA 1HSJA 3KN7A 2OWTA 4ZEKA 4IO3A 2BJJX 2M8CA 1S7YA 5TP9B 2OK2A 5AE4A 3SKPA 4I62A 3G3JA 1UQWA 4YICA 3G3FA 1R9LA 4GRKA 2I4CA 5KDTA 1Z7NE 3IB1A 2DWHA 1QJMA 3TELA 2QL3A 4IO2A 4QSEA 4QRZA 1OQGA 1O7TA 3QYTA 5F1QA 3MJNA 3FUZA 4GWOA 5AA4B 4GLIA 4HCWA 4OTEA 1D9YA 2UYEA 4KFQA 2V3QA 4ESWA 2NVUB 5H8QB 4FE8A 4THIA 3DP4A 4JDFA 2PMSA 5IAIA 4GXSB 4IO6A 4WXJA 5FHNA 4ZEBA 3CR9A 2IEEA 2Z8FA 3MUQA 4TOZA 3JV9A 3O6GA 4KYSA 2CMOA 3VVDA 3U94A 1ZKBA 1FTJA 4YAHX 4NEDA 4IO7A 3T9HB 2GH9A 4GOTA 3PUWE 3RN8A 2RCBA 3HN0A 2ONSA 3HHGA 2A5TA 5CMCA 4LQ5A 4OESA 2XXTA 1LFHA 2PYYA 4TLLB 4ZS9A 3FIRA 5H8SA 3IJOB 1B3GA 5DVFA 1UTHA 4F18A 3KJ7A 4ISUA 1ZTYA 4U4XA 1TWYA 3GXAA 4OYVA 3U92A 1F9BA 1FQDA 2F5XA 4LVQA 4LZ5A 5AA2A 2QS4A 4GL8A 3K01A 2GFEA 5J1DA 1UTBA 3K6VA 1LB9A 3O2AA 3Q28A 5H8FB 2A5SA 4OFJA 2X26A 4NF4B 3PMVA 1R6ZA 3T9UA 3JYRA 4RPNA 1B40A 1N7XA 4H8IA 1LCTA 2DE2A 4DCYA 3MZ9A 4POWA 4R6YA 1DTGA 3SERA 2Q89A 3PV0E 1POY1 1IITA 4GF8A 3FXUA 4R9FA 2Y7WA 2F34A 1YPNA 4P0IA 4Q5TA 1HSLA 5ICTA 4OFLA 1LCFA 1LSTA 4JB7A 4H5FA 1WVJA 2DVZA 4GVOA 4XKQA 4H1XA 1NKXA 1LAHE 1LAFE 3K1PA 1B3HA 2XXYA 3IB0A 3VXCA 1IIWA 1I69A 1PB7A 1Q35A 2XD2A 2ZYOA 3MP8A 1SQYA 4U21A 5EHSA 4U4SA 2XXRA 2XXWA 4P0GA 3LUYA 1B6HA 4N07A 1QKBA 2AL5A 3VLWA 3ZKLA 2REGA 3MZ1A 1NNTA 3ILTB 4ZZAA 1OQHA 5I57B 5JTYB 4X1DA 1B7HA 3G3HA 5I2NB 1IZ1A 2Q2CA 3K6UA 3QAXA 1LLSA 3VFJA 3EPEA 1NH8A 4PFYA 4NF8A 3OSQA 5B7DA 4KHZE 1P1NA 1IXGA 3IK6B 1XVXA 4O3BA 1URSA 4OMBA 2B3FA 1XS5A 3Q29A 4LUBA 4DE8A 3LSLA 3UGWA 3GZGA 4FJPA 3HCQA 4GXAA 4OWDA 1JEUA 3O6HA 2RINA 3TUSA 5AA1A 2I4BA 2WKYA 4ZE9A 5DEXB 3PD9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2L3JA 1IEJA 1B7ZA 4F1YA 4G61A 4BDMA 1Y3QA 4B3ME 2X7PA 4MX6A 2YLNA 1PKPA 1DGCA 5I5PA 1EU8A 3T1BA 3G3KA 4OZ9A 4NHBA 5FHMA 4G2ZA 2VOZA 4BMJA 5BUUA 5A69A 3EHSA 3U8QA 1F2IG 1H3DA 4XKNA 2H5YA 2R1FA 1B0LA 3KC0A 1BB8A 3JU0A 4R03A 1AL3A 3CIJA 2KLFA 4IY6A 5EQ8A 5CBSA 2Y7KA 1DTZA 5HBCA 2QVRA 4LONB 5DVIA 3TQMA 2H98A 1XMOE 2EN3A 2NUGA 2VF1A 3CSGA 4QFLA 3SDFA 1A1FA 2LT7A 2F36A 3QUFA 2M9AA 4M1VA 2EPUA 1LB8A 5KDTB 4HCYA 2HHHE 3C35A 2I48A 1URDA 3B6TA 5TU0A 5DTBA 3C4TA 1LBCA 4R75A 4X66E 3CG3A 1MQGA 3RNNA 4NF6A 2EJ4A 4OVPA 5CRYA 2VHAA 5A5XA 2N8XA 4F9BB 1AOVA 3C36A 4JVIA 1ZMGA 3L6HA 4O7IA 3W9WA 5I57A 4G8NA 4N6DA 3UORA 2I13A 5LDZA 4GWUA 2F6GA 4MFIA 1UHZA 4N81A 1X6HA 1IBLE 2ZXTA 2YRHA 4YY3E 3IFCA 4JBZA 4K3FA 4ZE8A 5KL2A 2F7CA 1MM6A 1FBGA 3E9XA 4P1LA 3VLVA 4X9TA 4DV5E 1XVYA 3PUVE 2ZM6E 3QMFA 5BWJA 1MM7A 1EH6A 1B0HA 3RLFE 2RSIA 4RPOA 1POTA 1JW1A 1Y3PA 3TTRA 4KR5A 5B70A 4PF6A 2HHMA 2BB8A 4WPYA 4DXUA 3IOWA 1SR9A 1ATGA 1FBCA 2PFZA 3E79A 4R2PA 4U1ZA 2K7IA 3R7XA 1SDXA 2GHAA 1B3LA 1D4NA 2EM8A 2AIXA 2F78A 2Q9TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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