4MLQ | Genus

Total Genus 95

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	310
structure length	289
Chain Sequence	SHMRKIIVGSRRSKLALTQTKWVIEQLKKQGLPFEFEIKEMVKEIEQAMLDKEIDMAVHSMKDMPAVLPEGLTIGCIPLREDHRDALISKNGERFEELPSGAVIGTSSLRRGAQLLSMRSDIEIKWIRGNIDTRLEKLKNEDYDAIILAAAGLSRMGWSKDTVTQYLEPEISVPAVGQGALAIECRENDHELLSLLQALNHDETARAVRAERVFLKEMEGGCQVPIAGYGRILDGGNIELTSLVASPDGKTIYKEHITGKDPIAIGSEAAERLTSQGAKLLIDRVKEEL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__24894612104165__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__24894612104165__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4MLQ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__24894612104165__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"24894612104165","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4MLQ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__24894612104165__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Bacillus megaterium
publication title	Structural evidence for the partially oxidized dipyrromethene and dipyrromethanone forms of the cofactor of porphobilinogen deaminase: structures of the Bacillus megaterium enzyme at near-atomic resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Porphobilinogen deaminase
total genus	95
structure length	289
sequence length	310
ec nomenclature	ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date	2013-09-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01379	Porphobil_deam	Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A	PF03900	Porphobil_deamC	Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.160.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Double Stranded RNA Binding Domain	Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain	4mlqA03
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	4mlqA01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	4mlqA02

4UACA 1MY1A 3O97A 4KYSA 1PB7A 3TMGA 4FE8A 1P1UA 3S9NC 4H67A 1YTVA 1MM7A 3K6UA 2Z22A 1EZOA 5FHMA 2QRYA 4RK2A 4NWCA 3PUVE 4C0RA 1TXFA 5M2VA 4EDPA 3JYRA 1SW4A 3I6VA 1ANFA 3FATA 3UN6A 3USDA 5KCJA 4H8IA 2XXIA 3IX1A 2XX8A 5I2KA 4F3BA 1L5TA 3OENA 4HCYA 1LFHA 2B3BA 2H4IA 4Q0CA 4ZEKA 3ZSFA 3O28A 5J1DA 5FTHA 1OIBA 2DWJA 5TP9B 4ONYA 1OLAA 1I6QA 4ELQA 4BLAA 4WKMA 1Q35A 3C31A 3IR1A 4GIZA 1QULA 3E3KA 2NWJA 2ONSA 4DLDA 4G77A 2UVGA 1RYOA 1LFIA 1LAHE 4R6HA 3OSRA 1ZKBA 4P0IA 4F2OA 1B7HA 1CE2A 3FZVA 4QSEA 1MRPA 2DXYA 1WVJA 4YKJA 1B1HA 3RN8A 1UIVA 1NH8A 2GH9A 1B32A 3MQ9A 1XVXA 2OBGA 3U72A 5B70A 1B40A 2GFEA 5JTYA 1QUIA 4HS7A 1ZU0A 3CFZA 2VHAA 4DXUA 3TEPA 1LSTA 4P11A 4DCYA 1D9YA 4AQ4A 1SD3A 2DQVA 1BP5A 4OERA 3RPWA 1N3WA 3RGYA 5BWJA 3MUQA 3G7WA 4AB6A 4OENA 1P1OA 4BDQA 3U8QA 5H8QA 2F34A 4ND9A 2PT1A 4PFYA 3K1PA 1URGA 4QF9A 1FTMA 3C35A 3IO4A 1PB9A 3D4GA 2QPQA 5TPAB 5BUUA 1P1WA 1VR5A 4LA9A 3H6UA 1MXZA 2XHDA 4GF8A 4BDOA 2DS9A 3R6UA 1JNFA 4G8MA 5AA1A 5H8NA 1MQGA 3U92A 4DCXA 2GHBA 4NF5A 1POY1 1XC1A 2WKYA 1NH7A 4U1OA 1B0LA 5ITPA 4H0WA 3OO6A 5H8HB 3IOWA 4GL0A 1JVYA 3QK6A 4MLQA 2ZNUA 3PUWE 1JQFA 1BKAA 1M5EA 5AA2B 4RNSA 5TU0A 1FW0A 3MP8A 3K01A 3ZKLA 3ZKKA 3G3HA 4RY1A 5CRYA 1B52A 4F39A 2QJEA 2HQ0A 4H65A 2XD2A 1B1XA 1GV8A 1P99A 2XX9A 3EPEA 1D9VA 1IXGA 4QHQA 4OFOA 5CI5A 1M5CA 1B46A 1GR2A 5I56A 3O9PA 2XXQA 4LUBA 3OO9A 2O6AA 3JZJA 2XXRA 4PE5B 4MBPA 4PFWA 5I57B 1OVBA 3BKIB 3H3GA 1VFEA 3P7IA 4N07A 4PQJA 3PPQA 2I3WA 3V8XB 5FHOA 4G68C 2O68A 1IZ1A 4I62A 4IO7A 3SDFA 2VP1A 3ILTB 3THIA 4IO3A 4WEDA 4OEUA 3LBSA 2DXRA 4C1TA 4FEBA 1DOTA 3N26A 2A5TA 1TFAA 3KJ7A 3LSFB 1A8FA 3H6VA 3MVZA 3TELA 4P0GA 2R9JA 1SYHA 1B3FA 2REJA 3O2AA 5CMKA 3MP1A 2PYYA 4XKNA 5A5XA 1O64A 4NF4A 3TQWA 2QMWA 3LR1A 1DPPA 1B2HA 4NF8B 4KHZE 5I58A 3K1NA 1B5HA 2XXPA 2UYFA 3TYHA 4OZ9A 3TTNA 3UGWA 1US4A 5F1QA 3CFXA 1SW2A 1EU8A 4DIGA 4NWDA 4XXUA 3UORA 1B7ZA 4EF1A 4FORA 4Q8RA 4NF6B 3TQLA 4QFLA 2LAOA 1N84A 4XKRA 4QFNA 4U23A 1GTKA 1F9BA 1MXWA 3IORA 1A99A 3LSWA 4JB7A 1B9JA 4EQ7A 4E0XA 2RC9A 2H99A 4GFRA 1B3LA 1JW5A 3PUYE 1B5JA 2FNCA 3VFJA 3FJMA 3H6WA 3VVFA 4U21A 1II5A 2VD2A 4R6KA 5FTIA 2I4CA 2Z8DA 1MXYA 3TAJA 1B51A 1B58A 4KYDA 3PPRA 3OEMA 4POWA 1ZJLA 4YB5A 4DDDA 1BIYA 1J1NA 4JXIA 3MVYA 1S50A 5AA4B 5CMBA 3ONMA 3OXNA 4E0WA 3MZ1A 3S9LC 3TPAA 4FIMA 3TTKA 2OZZA 1FTKA 2BJJX 3CSBA 2ONKE 4OTEA 3S9EA 5HBCA 3FASA 5DYHA 3ILUB 2XXUA 5I2KB 4ZE8A 3V83A 1FTLA 4H6DA 5FHNA 3TZAA 3K1MA 3FVGA 3DELB 3SEWA 4EQ9A 4QRZA 2G93A 3M8UA 1RYXA 3IJXB 3QSLA 2PT2A 1ZTYA 3T93B 2ABHA 3IOVA 1T0KA 1PB8A 4KCDA 4LP2B 5L9MA 1JEVA 3N6TA 2AL5A 5KDTA 4HCWA 2DWHA 3K00A 1R1NA 3QXMA 1XT8A 3MZ9A 4ZEBA 3EHTA 1M5FA 2XXVA 1LFGA 1XOCA 4OMBA 4KYEA 1GVCA 4FATA 3PPPA 4JWXA 1LBCA 1B0HA 4LQ5A 2R71A 3VLWA 1R9QA 5CBSA 3T9XB 5EHSA 1EH3A 3U1OA 2VD3A 4KCCA 3FV2A 4OFLA 2DOJA 1WDNA 3KOTA 1NL5A 1ZIUA 3PU5A 4R72A 4IO6A 4WXJA 1MPCA 1IUDA 1B7UA 3SETA 1LLSA 4GOTA 3M3KA 4JWOA 3A3CA 1VSOA 3C33A 4YZZA 3TCHA 2E1SA 1ZBMA 3HN0A 4Z7EA 3Q29A 2DWAA 3K2DA 3OOAA 3M3LA 1SW5A 3MWBA 1NNTA 1FTOA 2F6PA 3I5OA 2F6GA 3E4RA 1UTBB 2DVCA 4XTCQ 1B3GA 3FXQA 3RUMA 2HZKA 2O84X 2HAUA 4EF2A 3FVKA 4YMBA 4N13A 4JSOA 5K2YA 1DMBA 1HSEA 4F3PA 3TTMA 3TCGA 3FXRA 2Z8FA 3FXUA 2XXWA 3FGSA 3O6GA 4ZECA 1JETA 3BFTA 4I8CA 3VXCA 4YKPA 3TFLA 1MY0A 3G3IA 4IY6A 1N7WA 2UXAA 5CBRA 4X1BA 3GBBA 2ZNTA 1MQIA 2DSFA 4H1XA 4R74A 4IO4A 1FQFA 3DP4A 3UIFA 4NMYA 2H25A 3K4UA 2O1MA 3FUZA 2V93A 4F3GA 3KBRA 4RPNA 2DP8A 3RLFE 3GZGA 2AYSA 3BBRA 4U1ZA 1RKMA 1CB6A 4O3AA 3VLUA 3SKPA 3A09A 2DE2A 1NFTA 5TP9A 5L9OA 1MDP1 1B5IA 3PMXA 3MZBA 3LSXA 1M5BA 1NMUA 4KPTA 1SVXB 4I1DA 2PBWA 1EZPA 3Q26A 1QW0A 1AMFA 1MQDA 5H8FB 4QSCA 1Y3NA 1Z7ME 5AE4A 1IIWA 3T66A 1PEBA 1AIVA 2Q2AA 1IXIA 2ONRA 5JK4A 2HAVA 3SEXA 4LZ7A 3CG3A 5CC2A 5KZTA 3HPIA 1YCJA 2Q9TA 4ZDMA 3KZGA 2RCBA 3O29A 4OQOA 3VVEA 1MH4A 2VGQA 3RT6B 3G3JA 4GWOA 1FCKA 1MS7A 4U2RA 3OSQA 2VOZA 5IKBA 4RXLA 2I48A 3IOUA 4YB6A 3RQTA 3T9HB 3MBPA 3C9HA 4L17A 1HSJA 3I3VA 3VDFA 4G68B 2B3FA 1QKAA 1OQGA 1D4NA 5TPAA 1IITA 2ZNSA 4YKKA 2HZLA 4FECA 2M8CA 3M3FA 1H76A 3ECRA 3VLVA 2X26A 4Z0IA 1N0TA 1PC3A 4G8NA 3QUFA 4G2ZA 3C34A 4YMAA 1JW4A 2XXTA 4KD5A 3MJNA 3ZS6A 2RC8A 5I2NB 5H8HA 5I59B 2RKMA 4THIA 1LBBA 2O1LA 3W9VA 1USYE 5DTBA 5EYFA 2Q89A 4ESWA 5AA2D 5AA2A 2W7YA 4R75A 4NE4A 5ICQA 1USYH 3LUYA 3OMBA 3FJGA 5JEIA 4OESA 2I4BA 3ODBA 2XXHA 3CR9A 4G4PA 3IJOB 4GVOA 4BDRA 3HO7A 2H9BA 4PP0A 1N76A 1US5A 1P1NA 5CM6A 3KSXA 3UK4A 2RC7A 4N6PA 2R6GE 2DYXA 1A8EA 1R6ZA 2REGA 2Z23A 4R2BA 5I57A 2F78A 4ZZEA 1SI1A 4LZ8A 4U4SA 2F35A 3EF7A 1IQ7A 1DPEA 4OETA 3C4MA 1UTHB 1BLFA 2DE4A 1ZMGA 1AOVA 4MH5A 2FYIA 3JV9A 3RY3A 4XKPA 2UVIA 1DSNA 1OMPA 1R9LA 4LATA 4ZE9A 4YICA 3VVDA 3A3UA 4BDLA 1TFDA 3K6WA 3N6UA 1FQEA 2OWSA 3O6HA 3Q28A 3HSTA 2GRVA 3H4ZA 3W9WA 1GGGA 1Z7NE 4GD5A 3D4CA 4JSDA 4GQOA 2Y7WA 3H06B 2DWIA 1FQDA 3DLNA 4RK9A 4IB2A 3FJ7A 3H6TA 2ZYNA 1SYIA 3MPKA 2I3VA 2XX7A 5CMMA 2E0SA 2P0SA 3R7XA 1FQBA 4NF8A 2X7QA 5KCJB 4HTGA 3CRBA 1MG1A 3HHGA 1LCFA 1A40A 3GLBA 1S9TA 3FD3A 4K3FA 3FVNA 1PDAA 3SESA 2V25A 4ELRA 3Q25A 5ISUA 5L8DA 4R6YA 4ZEFA 4G8HA 3SEYA 4GXAA 2XD3A 1FQAA 1A54A 3G3KA 1Y3PA 5K2XA 1IXCA 3V5AA 1DTZA 4NF6A 4F31B 3GBAA 2H5YA 5ICTA 3TUSA 4KR5A 4UA8A 1B3EA 1M5DA 3O6IA 4KI0E 2ZYOA 1QUKA 5DEXA 3DP6A 4QFOA 3MW0A 2RCAA 2YJPA 4LZ5A 3U94A 4DE8A 4YU0A 1H3DA 4RPOA 3KEIA 2QS1A 3RNNA 1Y20A 2X7PA 4GXSB 1SI0A 3CI8A 2ZYMA 1ATGA 3IAZA 5JTYB 3PD9A 2QL3A 3TCFA 4R73A 4F2QA 1MM6A 1PBPA 4EXKA 2G29A 4FEDA 3FIRA 5AA4A 2RF1A 3PUXE 4M4GA 4POXA 4LVQA 1OQHA 3B7DA 2OJTA 3VXBA 2V3UA 1Y1MA 3FV1A 3S9MC 3C32A 3FVOA 3MP6A 4PFTA 4WEPA 3SEUA 5H8QB 1Y3QA 2V84A 2Q2CA 4YAHX 3V89B 3SEVA 4BDMA 4GLIA 4ELOA 2PMSA 2F8DA 4ECFA 3CG1A 2D21A 3EN3A 1B6HA 2Y7RA 3N94A 1A55A 2AL4A 4F19A 3B6QA 1URSA 5HPQA 3TODA 1MQJA 4F29A 4IY5A 2A5SA 1MPDA 3K6XA 1UIUA 3L6GA 2ZXTA 1LB9A 1NNPA 3IB0A 5H8NB 2P2AA 4TLMB 3W15C 4MFIA 4DZ1A 2OWTA 4NTLA 1O7TA 5EHMA 3QUJA 4NF5B 2I0BA 2OCUA 5LOMA 3EQ1A 2UVHA 4GRKA 4ZEIA 1SQYA 2O7UA 3E13X 3DP8A 1LGBC 1HSLA 3IL1B 1XS5A 2QS3A 2THIA 4X48A 4FJPA 4FAJA 4DXCA 1LB8A 2D3IA 2XXXA 3H03A 3OO8A 2ALUA 5DVFA 3E9XA 3UP9A 3C36A 1H44A 1I6AA 4F22A 5H8SA 2I0CA 3QIMA 2NUVA 5CMCA 2CMOA 2I58A 1MXVA 4RYAA 5I56B 4GL8A 2IEEA 2D5WA 1Y1ZA 4ZS9A 3OD7A 4HW8A 2ANJA 2DVZA 5B7DA 4OEVA 3KGCA 4LONB 1AL3A 3B6TA 1UTBA 4OXVA 4O3BA 3KOSA 4YB7A 1NNKA 2YPNA 4MLVA 3RTWB 4I9DA 2O51A 2Y84A 4H5FA 2FA7A 1A7LA 4ZZAA 2ZMBA 3G3GA 2A5TB 1P1QA 4TQUQ 2DE3A 1JVXA 3PPNA 4IGTA 3RTFB 4R9GA 4H8JA 2RINA 1FQCA 2OLBA 1N04A 3H7MA 2Q88A 2F7BA 1AH5A 3PGFA 2XXYA 2CZLA 5A5XB 4H5GA 3O66A 4NF4B 2ESNA 3KJTA 1ELJA 4KFQA 2I6EA 3PMVA 1SDXA 4XIGQ 2PVUA 4U4XA 1NNFA 2O69A 2B65A 5L9SA 3U93A 5I58B 2UVJA 3WAEA 1KWHA 4IGRA 4TLLB 4F18A 3KN8A 3GXAA 5HM4B 4ELPA 4ZEDA 4QSDA 1TT1A 2F97A 2Q8JA 3KG2A 4JBZA 4ISUA 3S2VA 4R9FA 1MPBA 3KFMA 2PX1A 1XHYA 3T22A 4X9TA 5F7VA 4KQPA 1Y4CA 1TWYA 1QKBA 2HEUA 3MVXA 4R2FA 3VV5A 5H8FA 3K0VA 2QMXA 5DT6A 2HFBA 1YPNA 3TTLA 3IB2A 3MAMA 4C1UA 1I6BA 1I69A 4DXBA 4JDFA 3HHFA 1SBPA 4AB5A 3F11A 2Y7PA 1LAGE 4TOZA 2AIXA 4OHNA 1Y9UA 5IAIA 1B3HA 3UA8A 4PETA 1D3KA 4XKQA 1URDA 4IO2A 4F1UA 1B05A 2KLFA 3KSJA 4QFKA 3SERA 2Y7KA 1LAXA 2I49A 2NOOA 3LC8A 3OO7A 2Y7IA 3EHSA 1NKXA 3S4UA 1QVSA 1XVYA 2QS2A 5DVIA 4ESXA 1O63A 2F7AA 1B4HA 4G68A 3CIJA 3MPLA 4OVJA 2HCAA 1UQWA 3R26A 1JEUA 1MY4A 1ZLQA 3BFUA 4OYVA 2F36A 3PMWA 3T96B 4O3CA 1Y4TA 5ITOA 3OEKA 3TDJA 3VE1B 1MXUA 2F7CA 1OLCA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2Y7K A;  1LAX A;  2I49 A;  2NOO A;  3LC8 A;  3OO7 A;  2Y7I A;  3EHS A;  1NKX A;  3S4U A;  1QVS A;  1XVY A;  2QS2 A;  5DVI A;  4ESX A;  1O63 A;  2F7A A;  1B4H A;  4G68 A;  3CIJ A;  3MPL A;  4OVJ A;  2HCA A;  1UQW A;  3R26 A;  1JEU A;  1MY4 A;  1ZLQ A;  3BFU A;  4OYV A;  2F36 A;  3PMW A;  3T96 B;  4O3C A;  1Y4T A;  5ITO A;  3OEK A;  3TDJ A;  3VE1 B;  1MXU A;  2F7C A;  1OLC A;  3PPO A;  3RT8 A;  3PV0 E;  3TTR A;  3IB1 A;  1OVT A;  1DTG A;  1LCT A;  3QYT A;  5KDT B;  4RA1 A;  5ELV A;  3DM0 A;  3HCQ A;  3MVW A;  3EHU A;  2NVU B;  4LQ2 A;  4RJZ A;  3IO6 A;  5DEX B;  4PFU A;  4BDN A;  4EQB A;  1VE4 A;  3IOT A;  1MXX A;  2ZYK A;  4MF3 A;  3KN7 A;  3PUZ E;  3PD8 A;  1Q1K A;  5I2N A;  5I59 A;  1H43 A;  1H45 A;  2OK2 A;  1QJM A;  3L6H A;  4IO5 A;  5I84 A;  4M1V A;  1LAF E;  5AA3 A;  1N3X A;  1VFD A;  2F5X A;  2QS4 A;  4JWY A;  3QAX A;  2YLN A;  3K6V A;  4QFP A;  2IA4 A;  3K02 A;  2QSX A;  1FTJ A;  3T9V A;  1MQH A;  4X1D A;  1MY3 A;  2P1S A;  4U22 A;  3LSL A;  1WOD A;  1N7X A;  4EUO A;  2NXO A;  3G3F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4MLQA

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