4MLV | Genus

Total Genus 102

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	102
sequence length	311
structure length	290
Chain Sequence	SHMRKIIVGSRRSKLALTQTKWVIEQLKKQGLPFEFEIKEMVKEIEQAMLDKEIDMAVHSMKDMPAVLPEGLTIGCIPLREDHRDALISKNGERFEELPSGAVIGTSSLRRGAQLLSMRSDIEIKWIRGNIDTRLEKLKNEDYDAIILAAAGLSRMGWSKDTVTQYLEPEISVPAVGQGALAIECRENDHELLSLLQALNHDETARAVRAERVFLKEMEGGCQVPIAGYGRILDGGNIELTSLVASPDGKTIYKEHITGKDPIAIGSEAAERLTSQGAKLLIDRVKEELD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2126995217527465__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2126995217527465__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4MLV/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2126995217527465__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2126995217527465","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4MLV/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2126995217527465__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00782558d5532c5c8ee073/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00782558d5532c5c8ee073/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00782558d5532c5c8ee073/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00782558d5532c5c8ee073/pdb.gz): 2678 ms

reading 290 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

290 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:289});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Bacillus megaterium
publication title	Structural evidence for the partially oxidized dipyrromethene and dipyrromethanone forms of the cofactor of porphobilinogen deaminase: structures of the Bacillus megaterium enzyme at near-atomic resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Porphobilinogen deaminase
total genus	102
structure length	290
sequence length	311
ec nomenclature	ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date	2013-09-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01379	Porphobil_deam	Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A	PF03900	Porphobil_deamC	Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.160.40	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Double Stranded RNA Binding Domain	Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain	4mlvA03
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	4mlvA01
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	4mlvA02

5CBSA 3N6TA 5H8FB 4RXLA 1B7ZA 2Z22A 3KBRA 4R9FA 1M5EA 4LZ5A 4OHNA 3LSWA 4H1XA 3Q27A 1EZOA 1JVYA 3GXAA 3Q26A 3K4UA 1RKMA 4N07A 1JW4A 1BTJA 1B0LA 2XXXA 2ZYOA 1N76A 4I8CA 2QS4A 5TPAA 5I57B 4QSCA 1LB8A 4QFLA 3C36A 5A5XB 2O69A 1UTHA 4ZEBA 4AB6A 4H67A 2WKYA 4TQUQ 3FATA 5CMBA 4JDFA 2DP8A 4LVQA 4OFJA 2PBWA 4KI0E 3VXCA 3G3HA 3OSQA 3PD8A 3TELA 2R9JA 3LUYA 1B3LA 2D21A 4ELPA 2QMWA 1XVXA 5I2KA 2HZLA 1TT1A 1UIUA 1T0KA 1UIVA 4G68C 1SW2A 1LBBA 2HXWA 3FVKA 3BBRA 2XXWA 3K2DA 2H99A 4F39A 3OELA 5K2YA 3TUSA 3H3GA 2I4CA 3OEKA 3VLUA 3FJMA 2RC9A 4LQ2A 3O6HA 3E3KA 4YB6A 3UGWA 3ZKKA 5AA4B 1LAFE 1Y3QA 4F3SA 5CM6A 5H8SA 4O3CA 3HPIA 4H6DA 4ZZAA 4U23A 3TQWA 4KHZE 4OXVA 1PB8A 3Q29A 3FXQA 1UTHB 1AMFA 1B52A 3TCGA 2DOJA 3FJ7A 3K0VA 1O7TA 4ZZEA 4RNSA 2F7BA 2NOOA 4ZEKA 2QS1A 1MXYA 1Y1MA 1US4A 5HPQA 4H8JA 1B3HA 2VOZA 1H76A 1GVCA 3K6XA 1JETA 4O3BA 2OJTA 3AXFA 1URSA 3T9HB 1R9LA 4MLVA 2F5XA 1NNFA 3KN3A 3R7XA 3IK6B 2XXUA 4YB7A 4IGRA 3VDFA 4FATA 1SI1A 2XXRA 4GIZA 4OZ9A 2VHAA 1D9VA 1USYE 3KZGA 3E9XA 5EYFA 2X7QA 1OQHA 2REGA 4WKMA 1Y1ZA 4H0WA 3MW0A 2DS9A 3TYHA 4PE5B 5CMMA 3TQLA 2OWSA 1B3FA 3SEXA 3KN7A 4G8NA 4U4XA 2VP1A 1FQCA 5ITOA 3T9VA 4EF2A 5CI5A 3W9WA 4DDDA 2M8CA 4DIGA 3ONMA 4HCYA 1MQJA 3PUVE 3RTWB 2H9BA 5B7DA 1XHYA 5H8QA 4IGTA 1B1XA 2DWIA 3PMXA 1N84A 3TODA 3TEPA 3DLNA 5JK4A 3QUJA 3WAFA 4LQ5A 3SDFA 4MBPA 4UA8A 1IEJA 3KJTA 5AA2D 3CI8A 2Y7PA 2ESNA 4H8IA 3V83A 1FTMA 1AIVA 1SBPA 5ITPA 1J1NA 4GFRA 3T22A 2QL3A 2Z8EA 3OXNA 3TTLA 3RQTA 4ZEIA 3TTNA 3O97A 2Z8FA 4OTEA 2RKMA 4LATA 4LA9A 3L6GA 1SD3A 4U21A 3MVXA 1Q1KA 1Y4CA 4Q30B 5M2VA 2B3BA 3T93B 1NFTA 2P2AA 3QYTA 4F2QA 1NNPA 1B3GA 5ISUA 5JEIA 3MC2A 4LP2B 3TDJA 3KOTA 1N7XA 2V3QA 1NNTA 1Y4TA 4POWA 2YPNA 3N6UA 3O2AA 4F3GA 1P1WA 3IOUA 3H4ZA 4ZEFA 3FUZA 3Q25A 3FD3A 1MH4A 4IO2A 5H8QB 2ONSA 4GD5A 4KD5A 4FEDA 4PFUA 1D3KA 3EHSA 4NF8A 2RCBA 2HCAA 1FQAA 2Q2AA 2R71A 4TLMB 3BFUA 2NVUB 4IO7A 1IQ7A 1DOTA 4EXLA 4ESXA 4IO6A 1Y3NA 4OYVA 1ZU0A 4GXAA 2F34A 1CB6A 1B1HA 4HS7A 3VXBA 3PUWE 4NF5B 4KYDA 5HM4B 1B5IA 4G77A 1DPPA 3CFXA 2I3WA 3N26A 2OZZA 2A5SA 4NEDA 2OBGA 3HN0A 4NWDA 1R1NA 4XTCQ 1R6ZA 1LAHE 1UQWA 2HAUA 1EZPA 2OCUA 3FVGA 2PT1A 1TFDA 1MRPA 3KEIA 1VSOA 3R26A 3IOVA 3VVDA 4F22A 5I58B 4FORA 1NL5A 4F1YA 1OIBA 1ZIUA 3G3JA 3B7DA 4ZE8A 5CC2A 3VE1B 2ONKE 5FHOA 3VLWA 1LCFA 1ELJA 4QFKA 4O3AA 4IO3A 1QULA 4QF9A 5KDTA 1QJMA 2KLFA 1B9JA 4KYSA 3MVYA 1FQBA 3C35A 3FVOA 1QUIA 4H5GA 3M3KA 2V3TA 1FW0A 1A54A 1FQFA 2W7YA 4RJZA 2UYFA 1MY4A 4QFOA 4DCXA 3MPLA 5FHMA 3QIMA 2UXAA 2R6GE 4THIA 3MZ9A 2QPQA 4YKPA 1NH8A 1FTKA 2AL5A 5IKBA 4XKRA 3KOSA 4U4SA 2DWJA 3DP8A 3TPAA 3IB2A 4EXKA 4GXSB 3CVGA 1S50A 3ILTB 1PBQA 3FXRA 1IUDA 3ODBA 3VFJA 3C9HA 2DE3A 3CG3A 3S9NC 1IIWA 2Y7WA 1DPEA 1R9QA 1ZBMA 3RGYA 1I6QA 4X1DA 5H8HA 4GL8A 4C0RA 1M5DA 1MPCA 5KDTB 3VVFA 2F7AA 4R73A 2O1LA 5I59B 2F97A 5ICQA 2H5YA 1ZJLA 4OQOA 3IOTA 3SKPA 4GWOA 2O68A 3PPQA 1B7HA 1IXCA 2PYYA 2XHDA 3FGSA 3G3KA 3QSLA 1XT8A 3S2VA 1OMPA 3MBPA 5KCJB 4G68A 1YPNA 4OFLA 4FAJA 3OO6A 4NF6A 4F1VA 2F36A 2DQVA 5DVJA 5I2NA 1EZ9A 2I0CA 2GHBA 2CZLA 4GOTA 1MDQA 1O63A 1LBCA 2UVGA 3H6TA 4IO4A 4ZEDA 3H03A 1P99A 2DXRA 2QRYA 4F29A 4BDQA 5F7VA 4ZS9A 4L17A 1A7LA 4DE8A 3U94A 4NMYA 2XXQA 1FCKA 3C33A 2XXHA 3W9VA 2NXOA 3RT6B 3MP6A 2E1SA 5ELVA 4R72A 2ZNUA 1MQDA 4KCCA 3K1PA 5DVFA 1SW4A 1Q35A 4RY1A 1B58A 4EUOA 3TMGA 1HSJA 2O7IA 3O28A 1BIYA 1USYH 4ZE9A 2I58A 1YTVA 3PV0E 4JBZA 1N3WA 3K6UA 5TPAB 3DP4A 4DXUA 3H6WA 2B3FA 4U1OA 1B51A 3TTRA 3PUXE 5AA1A 4MF3A 3T9UA 2ZNTA 4XKQA 4HCWA 4G68B 2ONRA 4QSDA 4QFPA 1OLAA 3T66A 4NTLA 3MP1A 2I3VA 5I2NB 3P7IA 4JWOA 3T96B 5B70A 4F18A 2Q2CA 4I62A 5I2KB 4HW8A 5FTHA 1M5FA 1ZMGA 3K1NA 5KZTA 4TLLB 3FV1A 2IEEA 1MPDA 1P1QA 4GF8A 5BUUA 5AA2A 1O64A 1MDP1 3QAXA 2RF1A 4ZDMA 3VLVA 1B4ZA 3N94A 1D4NA 2QS3A 5JTYA 3PPNA 3FV2A 4U1ZA 2PMSA 1B0HA 4GVOA 4RK9A 1MM6A 4OENA 1H45A 3K00A 1B05A 4OESA 4P11A 3GBBA 4F2OA 3KJ7A 4C1TA 2X7PA 4JWYA 4G8MA 2H4IA 4JSDA 3K02A 1OLCA 2O7UA 1IXHA 3H06B 2QS2A 2H25A 3KSXA 1FQEA 2NUVA 4NE4A 2DWHA 1B2HA 4P0IA 2LAOA 3C32A 4WEPA 3O29A 4QRZA 3IO6A 1Y20A 3SEWA 2PVUA 4KCDA 4KR5A 5AA2B 3IO4A 1B40A 4OEUA 3IR1A 3VVEA 1N7WA 1PB9A 3HV1A 1NNKA 3PUYE 3C31A 5JTYB 3U8QA 1B3EA 2Y7KA 2UVIA 4MLQA 3EF7A 3TTMA 2QMXA 2Z23A 1QVSA 1P1OA 3KG2A 3QXMA 3TKDA 1PDAA 3KN8A 1QUKA 2ZMBA 1MXVA 3EQ1A 1PEBA 3KGCA 3MP8A 2ZYKA 5DTBA 1DTZA 4ESWA 1MXUA 3W15C 2DYXA 3HCQA 1SI0A 1AL3A 2GHAA 4OWDA 4PFWA 3GLBA 3OO7A 3V8XB 4FJPA 3LC8A 2A5TA 3V89B 3RT8A 4OFOA 5CMCA 3CFLA 4U22A 1A55A 4FIMA 4FEBA 1LFHA 3LR1A 1PB7A 2V93A 1LFIA 3UP9A 5I56A 1N3XA 1A99A 3CRBA 3N5LA 1LLSA 3U93A 4RK2A 3ZS6A 1MPBA 3GBAA 3U92A 2OWTA 1P1NA 2HFBA 3U1OA 4DXCA 4XKPA 3EHTA 1GV8A 1MM7A 4OEVA 3C34A 2DXYA 4NF4A 5TU0A 4JWXA 5BWJA 3RPWA 3PPRA 2PT2A 2NWJA 1QKBA 3O6IA 3JV9A 1WODA 3UIFA 3PU5A 4H5FA 3RLFE 1PC3A 4EQBA 3OMBA 1PBPA 1SQYA 2THIA 2ZNSA 3B6QA 1ATGA 2F6GA 2RINA 3HHGA 1LCTA 3PMVA 2UVHA 1MQIA 2O84X 4XIGQ 4GLIA 3RN8A 2DVCA 4YB5A 1Z7NE 3M8UA 3TCFA 4X48A 2YLNA 1N0TA 3JYRA 3CG1A 4F19A 4QFNA 1LAGE 4KYEA 4N13A 5J1DA 1IXIA 3MVZA 1DMBA 2F6PA 3OSRA 2XX9A 2UYEA 1BP5A 3JZJA 4NF8B 2VD3A 5I56B 4ELOA 1FQDA 2XD3A 2OK2A 1TWYA 3IORA 4WXJA 3H6VA 2VGQA 4XXUA 2REJA 3IB0A 1FTJA 3G7WA 2E0SA 4EF1A 3SESA 3SEYA 4XKNA 1HSEA 2O51A 3SEVA 3OO9A 2XXPA 3G3FA 1JVXA 1N04A 1LGBC 2I6EA 2Y84A 2HAVA 3OENA 3A09A 1MXXA 5CRYA 3EN3A 1JEUA 1JW5A 1MY2A 3LSFB 1TXFA 3RY3A 2IA4A 5DYHA 3I6VA 3R6UA 2PX1A 1IITA 1LB9A 4I1DA 3TFLA 1XS5A 4YZZA 3FJGA 4YKKA 1RYOA 3BKIB 4ELRA 2XXIA 3G3GA 4ELQA 3TZAA 3K01A 3PPOA 4QSEA 2O6AA 4M4GA 4BDOA 4K3FA 3TTKA 4C1UA 1IXGA 4R6YA 1P1UA 3ECRA 1VFDA 1Z7ME 2XXTA 3PMWA 4E0WA 1EU8A 5DVIA 1DSNA 2FYIA 1IZ1A 4PFYA 5AA4A 4EQ7A 1M5CA 4R2FA 2DWAA 5FTIA 3G3IA 1KWHA 3QUFA 3RNNA 3A3UA 1OVTA 3ZKLA 3FXUA 5DEXA 4YICA 3BFTA 3VV5A 4BDLA 4BLAA 2V84A 5LOMA 1YCJA 3IB1A 1UTBA 1URDA 3E4RA 1H44A 2OLBA 3DELB 3OO8A 1H3DA 4LZ8A 3THIA 3FASA 3IAZA 4E0XA 3LSXA 4WEDA 4HTGA 2AIXA 5H8HB 3IX1A 3I5OA 4OETA 2ZXTA 3CSBA 1LAXA 1A8FA 4PP0A 1BLFA 4GRKA 4M1VA 5CBRA 4PQJA 4NWCA 1MY0A 1M5BA 2F78A 1F9BA 3V5AA 2H98A 3CIJA 1DTGA 2F7CA 2QJEA 3IJXB 2I0BA 1MQGA 1XOCA 1Y9UA 4AQ4A 2D5WA 4OMBA 1Y3PA 3C4MA 1AH5A 3LSLA 1H43A 4MH5A 4RYAA 2FA7A 3EHUA 3S9EA 1SVXB 4KQPA 2RC7A 3FVNA 4G2ZA 3D4GA 3RTFB 2P0SA 4LZ7A 3HSTA 4RA1A 1B5JA 1HSLA 4NF6B 4JSOA 5DEXB 4G4PA 2V25A 3E13X 1OQGA 2Q9TA 3M3LA 2FNCA 1SYIA 1POY1 2V3UA 4R2BA 1UTBB 3UN6A 3MJNA 5H8NA 2ANJA 2P1SA 2GRVA 2XD2A 2YJPA 1WDNA 4EDPA 5F1QA 2HZKA 1I6AA 3IJOB 3S9LC 3DP6A 3O66A 5I84A 1B5HA 3HO7A 4YMAA 5HBCA 3UORA 3PPPA 4R6KA 3RUMA 4YU0A 2G29A 3LBSA 4R75A 4F3PA 1B7UA 1LFGA 1SW1A 1MY1A 4OVJA 1EH3A 4LONB 3FZVA 3MAMA 4Z0IA 4F31B 4R9GA 1D9YA 1FTOA 2XX7A 5L8DA 1ZTYA 2RC8A 2Y7RA 1RYXA 2ZYNA 1JQFA 4GQOA 3O6GA 4ONYA 2Y7IA 3D4CA 4DLDA 5TP9A 4Z7EA 4PETA 4R6HA 1GR2A 1MS7A 5K2XA 1L5TA 3K6VA 1B4HA 2B65A 4IB2A 2ABHA 3KFMA 4R74A 1ZLQA 3MQ9A 5H8NB 3A3CA 1MQHA 5AE4A 2Q88A 3Q28A 4EQ9A 1VFEA 3OEMA 1AOVA 2ZYMA 1BKAA 4H65A 2F35A 4ISUA 2DE4A 4G8HA 4N6PA 3UA8A 1JNFA 4IO5A 3QK6A 3I3VA 4GL0A 4JB7A 3TCHA 2HQ0A 1QUJA 1NKXA 3OOAA 1II5A 1URGA 3MVWA 3EPEA 4NF5A 4YMBA 2VD2A 4AB5A 1SYHA 2Q8JA 3MZ1A 1CE2A 4Q0CA 1MH3A 4FE8A 2DVZA 1POTA 5TP9B 4TOZA 3T9XB 3WAEA 4YKIA 2AL4A 5I58A 3HHFA 4ZECA 3B6WA 3UK4A 4ND9A 4OERA 3IL1B 3L6HA 1NH7A 4KPTA 4RPNA 1WVJA 2DSFA 1QW0A 5L9OA 2XXVA 4BDRA 2AYSA 3SETA 1QKAA 2Q89A 3O9PA 3ZSFA 1US5A 3MZBA 1VE4A 5EHSA 1NMUA 3CSGA 3IOWA 4QHQA 1B32A 4IY6A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4MLVA

Total Genus

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Chain Sequence

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