4MLVA

Crystal structure of bacillus megaterium porphobilinogen deaminase
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
311
structure length
290
Chain Sequence
SHMRKIIVGSRRSKLALTQTKWVIEQLKKQGLPFEFEIKEMVKEIEQAMLDKEIDMAVHSMKDMPAVLPEGLTIGCIPLREDHRDALISKNGERFEELPSGAVIGTSSLRRGAQLLSMRSDIEIKWIRGNIDTRLEKLKNEDYDAIILAAAGLSRMGWSKDTVTQYLEPEISVPAVGQGALAIECRENDHELLSLLQALNHDETARAVRAERVFLKEMEGGCQVPIAGYGRILDGGNIELTSLVASPDGKTIYKEHITGKDPIAIGSEAAERLTSQGAKLLIDRVKEELD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural evidence for the partially oxidized dipyrromethene and dipyrromethanone forms of the cofactor of porphobilinogen deaminase: structures of the Bacillus megaterium enzyme at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Bacillus megaterium
molecule keywords Porphobilinogen deaminase
total genus 102
structure length 290
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2013-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 4mlvA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mlvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mlvA02
3PD8A 2AYSA 3G3IA 3PD9A 3KG2A 3MC2A 3VXCA 2RC7A 4XKRA 4QFPA 2F6GA 5BUUA 4DCXA 4U1ZA 2RC9A 1SW2A 4F3PA 3FXUA 2UYFA 3BBRA 4IO3A 3Q26A 3TCGA 3UA8A 3CRBA 3H03A 3IX1A 5KZTA 4FIMA 1B7HA 3CVGA 2I48A 4G4PA 1EZPA 4ZS9A 5CMMA 5EYFA 1B3GA 2VGQA 1NFTA 4MF3A 3SERA 2ZXTA 1US5A 1ATGA 1ZJLA 1B3FA 1B58A 2XD3A 1Q1KA 1FQDA 2HAVA 4I1DA 3RT8A 4RA1A 2UXAA 4H1XA 4RXLA 4H5GA 4QSCA 4O3CA 3M3FA 4GFRA 2VD2A 4OVJA 2F78A 4ZEFA 2Q2AA 2GHBA 3O6GA 2NVUB 4F3BA 2ONKE 3VLWA 3L6GA 4H0WA 4EUOA 5KDTB 1JVXA 1MXYA 4GRKA 2X7QA 4QSDA 4ZEIA 3W15C 4LP2B 2ZNSA 5I57A 3GLBA 2ZMBA 5K2XA 4G68B 4RY1A 4LVQA 1S50A 3T9HB 3EF7A 1B32A 4JB7A 2PVUA 3TTRA 3RTWB 1B3LA 3UORA 2H99A 2F35A 1FTLA 5FTHA 1T0KA 4ZE9A 1MY3A 1XC1A 3K4UA 4RNSA 3V83A 4C1UA 3EHUA 3N5LA 2QPQA 4WXJA 1Y3QA 1PC3A 3SKPA 1Y3PA 2H25A 2XXYA 4R72A 1B40A 3QUFA 4IY6A 1R9QA 2XXXA 1Y4TA 3KOSA 4UA8A 3K6XA 3O29A 2DVCA 2YPNA 1ELJA 4MLVA 4IGTA 3PPRA 2QJEA 3JV9A 3D4GA 3TCFA 2B65A 3DP8A 4X9TA 3K02A 1N04A 1BTJA 3TCHA 3MPLA 2DWHA 2Q89A 2I4CA 3FVOA 5KDTA 4FECA 2D3IA 3PMXA 1Y3NA 3FASA 5FHNA 3SEUA 1POTA 3FJ7A 3VLUA 1B1HA 5AA4B 1A40A 1FTJA 3MZBA 3MP8A 3G7WA 4G68A 3MVXA 1LGBC 3W9WA 2FYIA 1MXUA 1MY1A 1RKMA 4P0GA 2O1LA 1B3EA 4BLAA 4F19A 3FVKA 4IO7A 1AOVA 2YJPA 1B51A 3MWBA 3RTFB 2NOOA 2DQVA 3IB2A 3MP1A 2PBWA 3KJ7A 1H3DA 2O7IA 5I56B 5DVFA 1FQBA 4HW8A 3C31A 2ABHA 2XX7A 3K1MA 2UVIA 3C32A 4DLDA 2Q8JA 3TELA 3KN3A 4OFLA 1B52A 4JSDA 3ZKKA 1B4HA 3FV2A 4OESA 4TLLB 4AB6A 4BDRA 4OEVA 4LZ7A 3EQ1A 2R71A 3M3KA 5H8FB 4NF4B 4U2RA 4DE8A 1QJMA 1SW1A 2DWIA 5KCJB 3TUSA 2V84A 4U23A 2Z8FA 3FZVA 3EPEA 2F36A 3TTMA 3E4RA 1VE4A 5DEXB 4POXA 2I0BA 3PUVE 2DYXA 4ZE8A 1LB8A 1NNPA 2DXYA 3T96B 5AA4A 3MW0A 4G68C 4Q0CA 1I6QA 4ISUA 1SW4A 4XKNA 2O84X 3CSBA 4GVOA 1P1QA 4OWDA 1IEJA 3C34A 2IEEA 1MY4A 3IB0A 5CI5A 4YB5A 3QIMA 4R6YA 1OLAA 4IB2A 3C35A 4X48A 2A5SA 3FVGA 1TWYA 2RCAA 1PEBA 3LC8A 2IA4A 1R9LA 3KZGA 4M1VA 4KCCA 1HSJA 4YMBA 1LAHE 2Q88A 2Y84A 3LUYA 4HCWA 4OFJA 4F2OA 3K6WA 5H8HA 2I3VA 4NF5B 3PUZE 1PB7A 1UIUA 4QFNA 3N6TA 2I49A 2I58A 3MVYA 1D3KA 3L6HA 3V89B 5H8FA 4NF4A 1OLCA 1ZTYA 3TTNA 4ELQA 4I8CA 1B7ZA 3RPWA 1N7WA 5KCJA 3FGSA 3O66A 5LOMA 3LSLA 5H8QA 5EHMA 5DEXA 4KCDA 1FQFA 3H3GA 1A55A 4RPNA 1XT8A 1IXGA 3CG1A 2OCUA 2HFBA 3Q27A 1B7UA 1SVXB 3CG3A 1JNFA 5M2VA 1M5BA 2OWTA 5A5XB 4FE8A 3HV1A 3FV1A 1IQ7A 4PFUA 5HBCA 4P0IA 3PUWE 1MQHA 1AMFA 3PPNA 3R26A 1JEUA 1SI1A 4GXAA 3OSRA 2F7CA 2F7BA 1UTBB 2Z23A 4YKIA 2DWAA 1OQHA 1TXFA 2FA7A 1AH5A 3A3UA 4G8MA 3OO7A 4FJPA 4NF5A 3PMWA 4JSOA 3JZJA 4DIGA 1QW0A 2F34A 2XXRA 4KHZE 4ZECA 3CFLA 4L17A 1DSNA 4EXLA 1FTKA 1NNFA 1A8EA 2ZYNA 1P1OA 4JWOA 1Q35A 2GHAA 3HO7A 3Q29A 4GQOA 3VVEA 5I57B 1XHYA 4RYAA 3TDJA 3TYHA 4DXUA 1Y20A 2RCBA 1OIBA 5DYHA 3I6VA 4POWA 1KWHA 3E13X 4BDQA 3PUXE 3MQ9A 5AA3A 1CE2A 4FEBA 4F39A 2H9BA 3QAXA 2AIXA 3UP9A 3G3JA 2XXPA 3FJGA 1SQYA 4LQ2A 1LFIA 2QS4A 1DTGA 5A5XA 1MH4A 3LSXA 4C1TA 2V3UA 1POY1 2B3BA 1I69A 3OEKA 4K3FA 2OZZA 3SEXA 2E1SA 3HCQA 5L9SA 5F7VA 1YTVA 4MH5A 3UIFA 5CM6A 1VSOA 3WAEA 3CI8A 1UTBA 4KYDA 1ZBMA 3MZ9A 3IORA 4ECFA 3H6TA 4IO2A 1JW4A 1QUJA 2GFEA 1B46A 3KEIA 1B4ZA 1MPDA 4NWDA 3EHTA 1DMBA 4YKKA 3FATA 1ZU0A 2Z22A 1SD3A 2V3TA 3TTKA 3TKDA 4XTCQ 4ZDMA 3U1OA 3IOVA 4YMAA 2RINA 3FIRA 1URDA 4EQBA 3SESA 3ZS6A 3HHGA 5I58A 1LCFA 1CB6A 2XXIA 2ZYMA 3R7XA 5IKBA 3PUYE 4NWCA 4Z0IA 4OENA 4RPOA 3V8XB 3TEPA 4G77A 4JWYA 1S9TA 5TP9B 4ESXA 4LQ5A 4WKMA 2ALUA 3K1PA 1ZLQA 1FQCA 3CIJA 1B3HA 1IXIA 1H44A 3KSXA 1VFDA 5FTIA 1P1NA 3G3HA 1GTKA 2VOZA 5TU0A 3IAZA 3MBPA 3IOUA 3OSQA 3TTLA 2F8DA 4EXKA 1M5CA 2OBGA 4E0XA 3MVWA 3MPKA 1OVTA 1MG1A 2F7AA 3KFMA 3WAFA 2Y7WA 1MM6A 1DOTA 3VFJA 2A5TA 3PPPA 1SBPA 3ILUB 4G8NA 5DTBA 4KI0E 4AQ4A 5CBRA 3B6QA 2RC8A 3N94A 1DTZA 2R9JA 1GGGA 2H4IA 2OLBA 3I3VA 3SEYA 2OK2A 3ZSFA 3E3KA 1URSA 3LBSA 1TFAA 3DM0A 5L9MA 4PETA 1B2HA 4WEDA 4ESWA 2HZKA 2OWSA 4QFKA 3GZGA 2P1SA 1UIVA 3OELA 2I4BA 1F9BA 1XVYA 4WEPA 4YB6A 3RGYA 2P0SA 3C9HA 5TP9A 3VXBA 1UTHB 4KQPA 2Q2CA 3RLFE 1MQDA 3K6VA 4N07A 5ICTA 3QYTA 4TLMB 1LFHA 2Z8DA 3PPQA 4RJZA 1A8FA 3B6WA 1EU8A 4GIZA 4IY5A 3VLVA 3ZKLA 2QMXA 3CFZA 3HHFA 2F5XA 4BDLA 3QUJA 4U4SA 5H8HB 2XXHA 3Q28A 2H98A 3U8QA 1LBCA 3IB1A 1ZKBA 3FUZA 2GRVA 3DLNA 1MDP1 3D4CA 2AL5A 4H67A 2VP1A 3TAJA 5AA1A 3P7IA 1MY0A 5ITPA 1M5FA 3S9NC 4PP0A 4Z7EA 2XXTA 1IITA 1WODA 5H8QB 2XHDA 3MP6A 5JTYB 4R2FA 4ELPA 5FHMA 4F3GA 1US4A 4F29A 3K2DA 4O3BA 3N26A 3TFLA 2HCAA 3TODA 3ONMA 4N13A 3FXRA 3GBBA 3KN8A 4OTEA 3MUQA 2ANJA 3CSGA 1BIYA 4YZZA 4F1VA 2DE2A 3MVZA 1D9VA 2KLFA 2DE4A 1UTHA 1NH7A 4OXVA 2O68A 4LZ8A 1FTOA 1LCTA 1IUDA 3K6UA 3DP6A 3OEMA 3C33A 5CMKA 2HZLA 4LATA 1MXXA 5HPQA 2PYYA 1HSEA 4XXUA 3IO4A 2P2AA 3ILTB 3LR1A 4IGRA 1JW1A 3T9XB 1VR5A 5K2YA 1VFEA 3T93B 1QUIA 1YAEA 1YCJA 3OMBA 3RUMA 5F1QA 4QHQA 4NTLA 4RK9A 3IL1B 4IO4A 3AXFA 1P1UA 3QXMA 3UK4A 4P11A 1SI0A 2XXQA 4DXCA 1DPEA 1FTMA 1Y1MA 2QS1A 4MLQA 2XXUA 3QK6A 1JVYA 5JTYA 1SYHA 2AL4A 5I59A 3T22A 1P99A 1R1NA 2DS9A 1AIVA 1QUKA 4QRZA 3RN8A 4U22A 4R6KA 3VV5A 2O6AA 1I6BA 4H6DA 1B0HA 2H5YA 3I5OA 1IXCA 4GOTA 1I6AA 1MY2A 2LAOA 1USYE 3G3FA 4QFLA 1LB9A 4XKPA 5BWJA 1XS5A 1JETA 2XX9A 3K01A 1D9YA 4KFQA 3RQTA 1SYIA 1MPCA 2R6GE 1B6HA 4R9GA 2FNCA 2I0CA 4FORA 4EDPA 5ITOA 2D5WA 3PPOA 5I2NA 4DDDA 3ECRA 1N3XA 2QL3A 1H43A 5CRYA 1RYOA 4FEDA 3CR9A 2PT2A 3TQLA 1J1NA 2Y7IA 2HEUA 2NWJA 2YLNA 4LONB 4PFYA 5L9OA 3S9LC 4KPTA 1JW5A 4F2QA 3SDFA 4YKJA 3USDA 3DELB 4NF6B 5CMCA 3SETA 4I62A 4OETA 1UQWA 1NNTA 2D21A 2QRYA 1WDNA 3KSJA 2QMWA 4PFWA 5I58B 4HCYA 1RYXA 1O63A 4KYSA 4NF8B 4U1OA 3VVFA 1ZIUA 1N0TA 5CC2A 4BDNA 3T9VA 4OYVA 2DOJA 2XX8A 4TOZA 3O28A 4BDOA 3TZAA 1MRPA 3V5AA 5DVJA 2W7YA 2ONSA 2PT1A 1N84A 1LBBA 1JEVA 1O7TA 2I6EA 3M3LA 3PU5A 4E0WA 5L8DA 1GVCA 3T66A 1H45A 4DXBA 1ANFA 3RT6B 3HN0A 3IOWA 2A5TB 4YAHX 3ODBA 5ICQA 1B0LA 3MAMA 3VDFA 1FW0A 4JDFA 4AB5A 4Q8RA 3THIA 1MQIA 1USYH 4O3AA 4G8HA 2O69A 4F3SA 5H8SA 4QSEA 4NF6A 2OJTA 4FAJA 4OEUA 1B05A 4OHNA 2XXWA 4LZ5A 4TQUQ 4OERA 4NF8A 2CZLA 3SEVA 1MDQA 4R73A 2ZNTA 4JBZA 4GD5A 5AA2B 3IR1A 5I84A 1WVJA 2V3QA 3EHSA 3IO6A 3OD7A 5TPAB 2VD3A 3KJTA 1FQAA 4LUBA 5CMBA 4Q5TA 1MS7A 3K0VA 1IZ1A 3A3CA 3U94A 1A99A 2O7UA 2UVGA 1QVSA 1BKAA 3PMVA 3OO6A 3LSWA 2RKMA 3O6HA 4BDMA 3C4MA 1NNKA 4F1UA 1QKAA 2Q9TA 4N6PA 4ONYA 2Z8EA 3EN3A 1ZMGA 4GL8A 1FQEA 3B6TA 3FD3A 2UVJA 3RY3A 3GBAA 3G3GA 2DWJA 5IAIA 2HQ0A 3IK6B 1MPBA 4C0RA 3M8UA 4XKQA 4H8IA 1QKBA 3OO8A 1BP5A 1NH8A 1B5HA 4PE5B 5ELVA 1LAXA 4GL0A 4MBPA 1HSLA 2QS2A 4I9DA 2HXWA 2WKYA 2PX1A 2XD2A 4OFOA 4KYEA 1FCKA 4R2BA 1D4NA 5I2KB 5B70A 3OENA 1EZ9A 1MXZA 3K1NA 3H6WA 3K00A 4ZZAA 3MJNA 3MZ1A 4KR5A 3SEWA 1MQGA 1N3WA 1GR2A 5FHOA 3TMGA 2ZYOA 1JQFA 4ZEBA 1OMPA 2THIA 5AA2A 5EHSA 4EF1A 3U93A 2B3FA 4F31B 3KOTA 2E0SA 3TQWA 4H8JA 4YKPA 5TPAA 1AL3A 3E9XA 5DVIA 4KD5A 4RK2A 1PBPA 4Q30B 3UGWA 4F18A 2BJJX 3H4ZA 3PV0E 4R9FA 5DT6A 3JYRA 3F11A 5H8NB 2ZNUA 3HPIA 1B9JA 4QFOA 4ZEDA 1NL5A 3LSFB 1SW5A 4ZEKA 3A09A 3KGCA 1PB9A 5JEIA 1EZOA 1II5A 1LLSA 3BFUA 1XVXA 2VHAA 4EQ7A 2ONRA 2QS3A 4IO5A 4F1YA 4OQOA 1OVBA 2CMOA 3T9UA 2Y7RA 2UVHA 3O2AA 3O97A 3UN6A 4JWXA 4NEDA 2REJA 3O9PA 1IXHA 1B1XA 2V25A 4R6HA 5I59B 2UYEA 2F97A 4GWOA 1YPNA 4ELRA 1DPPA 3TPAA 4IO6A 3FXQA 2GH9A 1IIWA 4OZ9A 1O64A 2G29A 1Y1ZA 1P1WA 3OOAA 2DP8A 1MXWA 4MFIA 4JXIA 3BKIB 4GF8A 5J1DA 1N7XA 4YB7A 3VE1B 3FVNA 5I2KA 4R75A 3C36A 4R74A 3H7MA 4PFTA 2V93A 3OXNA 4OMBA 2RF1A 1QULA 4U21A 3S9MC 4DZ1A 1LSTA 3U92A 4ND9A 3KBRA 1LAFE 4PQJA 3HSTA 2DXRA 1URGA 1OQGA 2PMSA 4H5FA 2NXOA 1H76A 4FATA 1A7LA 4UACA 3VVDA 1MQJA 3BFTA 2DVZA 1MH3A 2REGA 5H8NA 1L5TA 4EF2A 5I2NB 5AE4A 3G3KA 4M4GA 2X26A 3S4UA 1LFGA 3S9EA 3IJXB 5I56A 4YICA 3O6IA 4ZZEA 4QF9A 2DE3A 4X1DA 3R6UA 2ZYKA 2O51A 1MM7A 1PDAA 1A54A 1PB8A 1Y9UA 4YU0A 5AA2D 1NKXA 4LA9A 1R6ZA 2ESNA 3OO9A 1SDXA 3H06B 1Z7ME 3IJOB 4EQ9A 1TT1A 2I3WA 4NMYA 4HS7A 2DSFA 1BLFA 3S2VA 3Q25A 4GXSB 3KN7A 2Y7PA 3IOTA 4DCYA 3RNNA 4G2ZA 4H65A 3H6UA 2F6PA 1Z7NE 3DP4A 2O1MA 1S7YA 5JK4A 1PBQA 1NMUA 3W9VA 4X1BA 1Y4CA 1B5JA 4GLIA 1B5IA 4HTGA 3CFXA 2HAUA 5CBSA 2Y7KA 1N76A 3FJMA 2XXVA 5ISUA 2QSXA 4ELOA 3H6VA 5B7DA 3PGFA 2X7PA 2M8CA 1GV8A 3QSLA 4U4XA 1XOCA 4F22A 1EH3A 5HM4B 3GXAA 1M5DA 4XIGQ 3N6UA 1MXVA 1TFDA 1M5EA 4NE4A 2G93A 3U72A 1LAGE 2NUVA 3B7DA 4THIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GBWA 4MEVA 1SPIA 3PD8A 2AYSA 1NV1A 3G3IA 3PD9A 4PC9A 4R2AA 3KG2A 2EL4A 1IQSA 2VPNA 3MC2A 3VXCA 1LBZA 2RC7A 2KHXA 3VK6A 4AS4A 2EPKX 3KC0A 4XKRA 4O4KA 5A6BA 4PAFA 4QFPA 2F6GA 1XNRE 5BUUA 2EPUA 4DCXA 4U1ZA 3C4TA 2RC9A 1SW2A 4F3PA 3F6GA 4DV3E 3FXUA 2UYFA 3BBRA 2OX3A 4IO3A 3Q26A 5I5PA 3TCGA 3UA8A 3CRBA 2CT1A 2XWIA 3H03A 3IX1A 5KZTA 3EPKA 4FIMA 4OVQA 1B7HA 3CVGA 4X04A 2I48A 4G4PA 1WHQA 2P3NA 3RPLA 4NXNE 2E1MA 2EM3A 1EZPA 4GX3A 4ZS9A 5CMMA 5EYFA 2JR1A 4BS9A 1YUIA 3DF6A 1B3GA 2VGQA 1ZU1A 1FJ6A 1NFTA 1A1GA 4MF3A 3SERA 2ZXTA 1US5A 2RSIA 1ATGA 5AE3A 1ZJLA 1B3FA 5A6AA 1B58A 2XD3A 1Q1KA 5ESYA 1FQDA 1N33E 5DNYA 2HAVA 4LF7E 4KWYA 1RDZA 4I1DA 4FBPA 3RT8A 4RA1A 2QVRA 2UXAA 2EOXA 4H1XA 4RXLA 4H5GA 4QSCA 4O3CA 2MC6A 3M3FA 4GFRA 2DGCA 2VD2A 4OVJA 3J7Yp 1FPDA 2F78A 4ZEFA 2Q2AA 2GHBA 3O6GA 2NVUB 4F3BA 2ONKE 1PJSA 2LE2A 3VLWA 2EPLX 4O24A 3L6GA 4H0WA 1FRPA 2EMXA 4EUOA 1NV6A 5KDTB 1JVXA 1MXYA 4F6MA 4GRKA 2X7QA 4QSDA 4ZEIA 3W15C 4LP2B 2ZNSA 5I57A 2K4VA 3GLBA 2ZMBA 5K2XA 1ZR9A 4BHBA 4O5GA 4G68B 2WBDA 4RY1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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