4MLVA

Crystal structure of bacillus megaterium porphobilinogen deaminase
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
311
structure length
290
Chain Sequence
SHMRKIIVGSRRSKLALTQTKWVIEQLKKQGLPFEFEIKEMVKEIEQAMLDKEIDMAVHSMKDMPAVLPEGLTIGCIPLREDHRDALISKNGERFEELPSGAVIGTSSLRRGAQLLSMRSDIEIKWIRGNIDTRLEKLKNEDYDAIILAAAGLSRMGWSKDTVTQYLEPEISVPAVGQGALAIECRENDHELLSLLQALNHDETARAVRAERVFLKEMEGGCQVPIAGYGRILDGGNIELTSLVASPDGKTIYKEHITGKDPIAIGSEAAERLTSQGAKLLIDRVKEELD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural evidence for the partially oxidized dipyrromethene and dipyrromethanone forms of the cofactor of porphobilinogen deaminase: structures of the Bacillus megaterium enzyme at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Bacillus megaterium
molecule keywords Porphobilinogen deaminase
total genus 102
structure length 290
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2013-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 4mlvA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mlvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mlvA02
1LAHE 5JK4A 3IB2A 3M3KA 4AB6A 4R6YA 5I2KB 1B40A 3PMXA 4GWOA 4PETA 4IO5A 2Y7WA 4X9TA 4KYDA 3SEWA 2Z8EA 3W9WA 1NL5A 3KFMA 1GGGA 3H7MA 2HQ0A 1B32A 3PPPA 3JV9A 1UTBB 4LUBA 1LBBA 1R9LA 3CIJA 1UTHB 4NMYA 4O3AA 3S4UA 1MG1A 5J1DA 2QS3A 3TEPA 4X48A 4IO3A 4BDRA 3VVDA 4KFQA 1Y9UA 1B3LA 1AIVA 2KLFA 5H8NB 2RCAA 2NWJA 3IOUA 3IOWA 1LAXA 4G68A 1OVBA 3O28A 1JVYA 1RKMA 4TLLB 1MPBA 2HAUA 2HFBA 4P0GA 1MS7A 1R6ZA 4RK2A 3FJMA 5ICTA 4R6HA 4ZDMA 4DLDA 5HPQA 1YPNA 3IAZA 3D4GA 3S9LC 4OXVA 3VVFA 3SDFA 4U1OA 5FTIA 2F8DA 1R9QA 5AA4B 1O63A 3U92A 2Y7IA 2Z23A 2QJEA 4JWYA 3BFTA 4PP0A 3UA8A 4DXUA 3H6VA 2A5SA 4NF6A 2ESNA 1N0TA 4RPNA 2Q8JA 2I0CA 5A5XA 2UYFA 1NFTA 4YKPA 3G3FA 1URSA 4QRZA 5K2XA 1P1WA 5ITPA 3FASA 3H06B 3G3KA 5IKBA 3FD3A 1POTA 1XVYA 3W9VA 3O6HA 1DSNA 2XD2A 3U72A 3FJGA 3G7WA 4C0RA 4NWDA 1QULA 3G3HA 4KD5A 3R6UA 4JSOA 1MXXA 3B6TA 1DTZA 4QFKA 1TFAA 2ZNTA 2X26A 1B1XA 5DTBA 5TP9A 2A5TB 3MW0A 3K0VA 4NF5A 4I62A 1DPEA 1SW5A 1D4NA 1FTLA 3PD8A 4GF8A 3TAJA 2DXYA 4DCXA 4RNSA 2PYYA 4POWA 1VFEA 3LSXA 4HW8A 4FAJA 4WEDA 3KGCA 2CMOA 1B7HA 1SW2A 3RT6B 4XXUA 1N3XA 2W7YA 4WEPA 2DWHA 3MBPA 5DYHA 1N3WA 2I0BA 4OVJA 2Y7PA 1L5TA 1NMUA 3CFXA 2XXVA 2F78A 4YB6A 2RC9A 1B6HA 1M5EA 3HPIA 2ZXTA 5EHSA 1LCFA 3H6WA 3ZKLA 3GZGA 2OZZA 2OCUA 3OO9A 2QRYA 3MUQA 4MLQA 1J1NA 2UVGA 4ZE8A 1BLFA 5B7DA 5HM4B 3UGWA 1FQCA 4PFTA 2VHAA 3MP6A 2DVZA 1MM7A 4H5FA 4O3BA 2REGA 2XX9A 2DWJA 1B7ZA 3FZVA 5L9SA 2QSXA 1MY0A 3ECRA 4BDOA 4C1TA 3OSQA 4N07A 5ITOA 1USYH 4F29A 1A55A 5CBSA 1SYIA 4IO6A 4FJPA 3N94A 5KDTA 1RYOA 5H8FA 1MRPA 1MH4A 5F1QA 1H3DA 1M5BA 5AA2A 4JWOA 2Q2CA 4YU0A 4NTLA 2NXOA 2O68A 3SEXA 1FTKA 3ONMA 4H5GA 4F31B 1NH7A 2M8CA 4G4PA 2V3UA 4QFOA 2H25A 4F1VA 2R9JA 1AMFA 4R73A 2O84X 2V3QA 1B0HA 4IO7A 4R2FA 1NNTA 2ZYOA 1XOCA 1FW0A 3PD9A 3EHTA 3CG3A 2OWSA 3K00A 3T9XB 2V25A 1D9YA 2XXQA 1IXCA 2Y7KA 3RN8A 4RA1A 3C31A 1LB9A 3N6TA 1Y4TA 2RKMA 3K02A 2I49A 3KOTA 4I8CA 4QSDA 5I58A 3CG1A 4ELOA 3LC8A 3M3LA 1I69A 2ONRA 3SETA 4ZZAA 2ZNUA 2QL3A 1DOTA 1EU8A 4N13A 4YB5A 3EPEA 2UYEA 2RCBA 2RC7A 4OERA 1JW1A 1Y1MA 3FXUA 1USYE 3IOVA 1B4ZA 4KI0E 3PUWE 3P7IA 1H76A 4HTGA 3KSJA 4F1YA 4DIGA 4OENA 3TQWA 2PVUA 3FXQA 2XXPA 2NUVA 1Y1ZA 2XXRA 4XKQA 3UK4A 1XC1A 5BUUA 3VXCA 4U22A 2DE3A 5DT6A 4ZE9A 3PPRA 3C9HA 4F22A 1MY1A 1MQIA 1VSOA 4EQ7A 4NWCA 1URGA 1DTGA 3LSFB 4BDMA 4H67A 3TCGA 1JNFA 3H03A 3RGYA 3G3JA 5JEIA 4FIMA 4MFIA 5EHMA 3MVYA 3OD7A 1Y4CA 2PMSA 4Z7EA 1RYXA 1ATGA 4GL8A 4BDQA 2FYIA 3FJ7A 5I56A 4F3GA 4F19A 4GRKA 2XXIA 2O51A 3KN8A 4OZ9A 5I2KA 2X7QA 3RTFB 4YKKA 1EZ9A 3OO8A 5JTYB 4C1UA 1B1HA 2Q2AA 3TQLA 4YZZA 4QF9A 3T93B 2F7BA 1MXVA 1TT1A 4DDDA 2HEUA 5I57B 3OEKA 4TLMB 1Y3NA 4PFWA 4ZZEA 3PUVE 3K1NA 4RYAA 4ZEDA 3N5LA 3GBAA 3CFLA 3L6GA 1UTBA 4QHQA 4EF2A 4YAHX 2X7PA 4EXKA 1UTHA 3RQTA 3MAMA 4AQ4A 3C32A 1IEJA 4U23A 1B5IA 5TU0A 3DP8A 5H8NA 2VP1A 4NF4B 2PT2A 4KR5A 4GVOA 5I84A 2OJTA 5H8QB 3M3FA 3KJTA 5CI5A 3Q25A 1QUKA 4XIGQ 1N7XA 2I6EA 4PQJA 1BIYA 3KOSA 3M8UA 2Y84A 1I6BA 4DCYA 3K01A 2QS1A 1B3GA 4PFUA 1Q1KA 3IL1B 1WDNA 3THIA 2VD2A 5AA4A 3FXRA 1B3FA 4ESXA 5AA1A 4E0XA 2O1MA 1MXYA 4DZ1A 2XXHA 1M5FA 1MXWA 2ZMBA 4FECA 4PE5B 2I58A 2P0SA 4LATA 1QKBA 5FHOA 2O1LA 4YICA 3DLNA 5L9MA 1PBQA 2OWTA 3PMWA 3SEYA 5TPAB 3F11A 3FVGA 1ZBMA 3O97A 4KYEA 3OELA 3HO7A 4GIZA 3SEUA 4OMBA 1SW1A 1P1NA 2F7CA 3OENA 3TCHA 3CR9A 1QUJA 4U4SA 5KCJB 3DELB 3Q26A 4M4GA 1B52A 1B58A 1H45A 1SI0A 4YKIA 5DVJA 3FV1A 2V93A 3TKDA 2A5TA 3MZBA 4QFLA 2B3FA 1ZIUA 3K2DA 2O6AA 4OEVA 1I6QA 3C34A 1D9VA 4M1VA 4EF1A 5L9OA 5FHNA 1NKXA 3MZ9A 4OFOA 2AL4A 4ELQA 1NH8A 3FUZA 1US5A 4DE8A 3OO6A 1QJMA 3TPAA 3FIRA 2H4IA 1ZLQA 4JXIA 5L8DA 2RINA 2CZLA 5CC2A 1NNPA 4IGRA 1ZU0A 4Q8RA 4OWDA 1TXFA 4F1UA 3H6UA 4KHZE 2DYXA 2HZLA 3MWBA 3UN6A 2IA4A 4LA9A 1DPPA 2OLBA 3RTWB 2Z8DA 3SEVA 1WODA 2DP8A 2G93A 1IXGA 3UIFA 3TCFA 3K6WA 3PUXE 3U93A 4NF8A 1EH3A 4FORA 1ELJA 2AIXA 3QIMA 4FEBA 3T96B 3B6QA 1HSLA 4R2BA 3K1PA 4JSDA 2Z22A 4Q0CA 4RK9A 3OSRA 2GH9A 2PBWA 3WAEA 2XXUA 3KEIA 1URDA 1Z7ME 3VFJA 4UA8A 5ELVA 3TFLA 1FCKA 1B3HA 4ZEFA 3HV1A 1PEBA 3Q27A 1OIBA 3H6TA 2XD3A 3L6HA 3HCQA 4ONYA 4R75A 4OESA 2VD3A 1GV8A 4H1XA 1BKAA 1H43A 4I9DA 3R26A 4Z0IA 3EHSA 4BDLA 4F3SA 4ZEBA 4NF8B 1WVJA 4N6PA 3K6UA 4OETA 3A3UA 2I4CA 2ONKE 2D3IA 2R6GE 2YJPA 1EZPA 2QMWA 3E4RA 4OTEA 1CB6A 5ICQA 4X1BA 3O6IA 3B6WA 5DEXB 3I6VA 1XS5A 1JW5A 3TODA 1FQFA 3VE1B 4RXLA 1ZMGA 1AH5A 2H9BA 3QSLA 1FQDA 1CE2A 4F2QA 3LSLA 4ECFA 1SDXA 4DXBA 1IQ7A 3JZJA 1B0LA 1B3EA 3I5OA 5CBRA 4YKJA 3EF7A 1MY3A 4IB2A 3V83A 3SESA 2DVCA 3DP4A 1QKAA 1LLSA 4ND9A 4TQUQ 1N76A 1SW4A 2ANJA 4JB7A 3H3GA 3MVZA 1MM6A 3HHGA 3B7DA 3FV2A 4H8IA 4H0WA 2ZYNA 3CSGA 1VFDA 2VGQA 2QS4A 3MQ9A 1OMPA 3FVKA 3H4ZA 1KWHA 1B7UA 4OQOA 5ISUA 3QYTA 4EQBA 1Y3PA 1ZTYA 4LONB 3IOTA 4R9FA 1OVTA 3V8XB 2B3BA 1P1QA 2D5WA 2HCAA 3KN3A 1F9BA 4LP2B 3ODBA 2LAOA 4Q30B 2UVIA 3U8QA 3V5AA 3Q29A 2F7AA 3TELA 3RPWA 4G2ZA 3MPKA 1LAFE 4IO2A 1LFGA 4QSEA 2F34A 3QAXA 5H8HB 3ZSFA 1NNFA 3KBRA 5I2NB 3PUZE 4OYVA 4JWXA 3QUJA 5JTYA 1Z7NE 2Q89A 3IO4A 4H6DA 5I57A 3ZS6A 4QFNA 3S9NC 1FTJA 2I48A 4R9GA 1O64A 2XXTA 3TDJA 4LQ2A 1S7YA 4P11A 4QSCA 1A99A 1UIUA 5AA3A 2RF1A 1GTKA 3CSBA 3LR1A 1I6AA 3BKIB 2F6GA 4MBPA 1HSJA 3HSTA 4U2RA 1IXIA 4NF4A 1FTMA 3KSXA 2E0SA 3VVEA 4MLVA 1GVCA 1LFIA 4NEDA 5H8QA 2QPQA 4XKNA 1JEVA 3TTRA 1IXHA 1SYHA 1PB7A 3ILUB 1XHYA 4HS7A 3Q28A 1S50A 1FTOA 3FVOA 5B70A 3KZGA 3T22A 4G68C 3OMBA 4GOTA 4R72A 4BLAA 2XXYA 3KG2A 2I3VA 1MY2A 2DXRA 4ELRA 4Q5TA 2NVUB 4G8MA 2DWIA 4GD5A 4GXAA 1A7LA 3O6GA 1MDP1 1POY1 2F36A 3PUYE 3S2VA 4XKRA 4THIA 3FATA 5TPAA 4EXLA 3T9HB 5I59B 4KCCA 1LB8A 5F7VA 2FA7A 5KCJA 3WAFA 1LFHA 4U1ZA 1JQFA 2ZYKA 5BWJA 4OHNA 3AXFA 4YMBA 3QK6A 1LBCA 2BJJX 1IUDA 1LGBC 2O7UA 5H8SA 3RUMA 3OOAA 3CRBA 5IAIA 2DWAA 4FE8A 1SI1A 1A8EA 3PGFA 3IJOB 1SBPA 2UVHA 3SERA 2O7IA 3TYHA 1B05A 4G77A 4RJZA 3D4CA 4R6KA 3VLWA 3V89B 3TZAA 3HHFA 4F3BA 2HZKA 4AB5A 1GR2A 4LZ7A 3IB1A 2XX7A 1Y20A 1Y3QA 3TTMA 1B5JA 1P1UA 1M5CA 4GLIA 2HAVA 1HSEA 3QUFA 4IGTA 1JVXA 4FEDA 3KN7A 4EDPA 5DVIA 2F97A 2OK2A 2GFEA 2H99A 3GXAA 4TOZA 3USDA 1MPDA 5DVFA 5K2YA 3IO6A 1II5A 1VR5A 4YMAA 3VLVA 1IZ1A 2DS9A 1T0KA 1N7WA 4HCYA 4L17A 4P0IA 3S9EA 3PU5A 1N04A 3O9PA 1FQAA 1EZOA 5CMMA 3MJNA 1DMBA 3K6VA 4G68B 4ISUA 1MXUA 2F5XA 1QVSA 3N6UA 1MH3A 4ESWA 3T9VA 1YCJA 2GHBA 2Y7RA 4K3FA 5LOMA 4ZS9A 1PC3A 3OO7A 2DE4A 1LSTA 4RY1A 4X1DA 1MPCA 2ZNSA 1MY4A 3ZKKA 4OEUA 4QFPA 2ONSA 1FQEA 1MDQA 3MZ1A 1B4HA 3FGSA 1AL3A 3RLFE 3K4UA 1TFDA 3IR1A 1TWYA 4NF6B 3OXNA 3U1OA 5HBCA 1XT8A 1PBPA 4FATA 3EN3A 1QW0A 3O2AA 3K1MA 1IIWA 3TTKA 3SKPA 1LCTA 5DEXA 3HN0A 1OLAA 4WKMA 5A5XB 1US4A 5FHMA 2D21A 2FNCA 1D3KA 3U94A 1B9JA 3T9UA 4F39A 3E13X 5CM6A 3TTLA 4MF3A 1PB8A 3PPQA 4POXA 4WXJA 3MP8A 1A40A 3E9XA 4KPTA 1MXZA 2VOZA 3TMGA 2XHDA 1IITA 2GRVA 1MQDA 2G29A 4JBZA 1LAGE 5TP9B 3VXBA 1MQHA 5CMCA 2PX1A 3MVWA 4NF5B 4BDNA 2H98A 4YB7A 3IORA 1B46A 2REJA 4H8JA 3MPLA 3G3IA 3VV5A 4F3PA 3FVNA 1SD3A 3DP6A 3N26A 1O7TA 4H65A 1SVXB 4E0WA 4EUOA 4LVQA 1MQJA 3A09A 5AE4A 2XX8A 2UXAA 4NE4A 3C4MA 4UACA 1NNKA 2I4BA 3E3KA 4IO4A 1PB9A 3W15C 3I3VA 1JETA 3UORA 2QS2A 1QUIA 3MC2A 1PDAA 5EYFA 1BTJA 3TTNA 1UQWA 3IJXB 1XVXA 2ABHA 4F2OA 3PMVA 1R1NA 2YLNA 3CFZA 2DSFA 4JDFA 4U21A 2GHAA 4GL0A 4RPOA 1P99A 5H8HA 5I2NA 3GLBA 2P2AA 1H44A 2P1SA 3IB0A 3KJ7A 2DQVA 4KYSA 3VDFA 1VE4A 1ANFA 2E1SA 4LZ8A 2AYSA 4R74A 3OEMA 2F6PA 2Z8FA 3R7XA 2PT1A 1YTVA 2Q88A 3EQ1A 2OBGA 4GXSB 3GBBA 2H5YA 5KDTB 4HCWA 4G8HA 2QMXA 5H8FB 4ZEKA 2V84A 2ALUA 5CMBA 5AA2B 3EHUA 1P1OA 1B5HA 3VLUA 1B51A 4LQ5A 1ZJLA 2XXWA 2IEEA 3ILTB 3JYRA 1OQGA 3PV0E 5CRYA 1N84A 4XTCQ 1SQYA 5FTHA 1S9TA 3QXMA 3MP1A 5CMKA 4MH5A 2RC8A 3S9MC 1OQHA 2WKYA 4F18A 2I3WA 2AL5A 3IX1A 1B2HA 3BFUA 1M5DA 3K6XA 3LUYA 2XXXA 1JEUA 3PPNA 1A54A 4KQPA 3O29A 2B65A 2Q9TA 2UVJA 5I58B 1MQGA 3O66A 2THIA 2DOJA 4XKPA 4ZECA 2R71A 5M2VA 3C33A 3T66A 3G3GA 5I59A 4IY5A 1ZKBA 1YAEA 1UIVA 4GFRA 3MVXA 3RT8A 4ZEIA 3C35A 3PPOA 3DM0A 4OFLA 2F35A 1FQBA 4DXCA 2NOOA 3LBSA 4OFJA 3CVGA 2ZYMA 2V3TA 4G8NA 5AA2D 4O3CA 4LZ5A 1A8FA 3IK6B 1JW4A 2DE2A 4KCDA 4U4XA 3RNNA 4PFYA 3RY3A 2HXWA 1Q35A 3CI8A 2YPNA 1OLCA 3C36A 4I1DA 5KZTA 3UP9A 4IY6A 3TUSA 4GQOA 5I56B 3A3CA 4ELPA 1BP5A 3LSWA 3BBRA 1AOVA 4EQ9A 2O69A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LAHE 2JXPA 5JK4A 4MCOA 2CTDA 3IB2A 3M3KA 4AB6A 4R6YA 5I2KB 3VYYA 1B40A 3PMXA 4GWOA 4PETA 4IO5A 2Y7WA 4P3LA 3HPSA 4KYDA 4X9TA 3SEWA 3C4TA 3EPJA 3RYDA 4KZSA 4P1EA 2Z8EA 2PCRA 3W9WA 2JR1A 1NL5A 2NABA 1FBCA 1NV0A 1IBKE 3KFMA 4LF8E 1GGGA 3H7MA 2HQ0A 1B32A 4AQYE 3PPPA 4PGNA 3JV9A 1UTBB 1INPA 4LUBA 1IMFA 1LBBA 1R9LA 3CIJA 1KA0A 1UTHB 4NMYA 4O3AA 3S4UA 1MG1A 5J1DA 2QS3A 2JYAA 4WX9A 3TEPA 2XXKA 4IO3A 4X48A 4BDRA 3VVDA 4KFQA 1Y9UA 5CFFE 1B3LA 1AIVA 4WFTA 4X8WA 2KLFA 1D9QA 5H8NB 2RCAA 2PFYA 2NWJA 3IOUA 3IOWA 1LAXA 4G68A 1OVBA 3O28A 4TUGA 1JVYA 1RKMA 1IQOA 4TLLB 1MPBA 2HAUA 2HFBA 4P0GA 1IMAA 1MS7A 1R6ZA 4RK2A 3THNA 3FJMA 2B3TB 5ICTA 1A1GA 4R6HA 4ZDMA 3JU0A 2CPNA 4DLDA 4IR8A 2CZHA 5HPQA 1YPNA 4PFIA 1XNQE 3B50A 3IAZA 3D4GA 3S9LC 4OXVA 2EPRA 3VVFA 3SDFA 4U1OA 1DCUA 2RS7A 5FTIA 2F8DA 2R1FA 1R9QA 5AA4B 1O63A 3U92A 3ADLA 3U65A 2Y7IA 1RQ0A 2Z23A 2QJEA 4JWYA 3BFTA 4PP0A 3UA8A 4XEQA 2UXBE 3H6VA 4DXUA 2A5SA 2B9DA 4NF6A 3T1YE 1XNRE 2ESNA 1N0TA 2EOIA 1BBOA 1MEYC 2EQ0A 4DR1E 3L00A 4RPNA 2FGGA 2UXCE 2ENHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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