The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
206
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sequence length |
729
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structure length |
708
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Chain Sequence |
LAIVFAVLIAIYGVYLDQKIRSRIDGKVWQLPAAVYGRMVNLEPDMTISKNEMVKLLEATQYRQVSKMTRPGEFTVQANSIEMIRRPFDFPDSKEGQVRARLTFDGDHLATIVNMENNRQFGFFRLDPRLITMISSPNGEQRLFVPRSGFPDLLVDTLLATEDRHFYEHYSIGRATLTQQLVKNLFLSSERSYWRKANEAYMALIMDARYSKDRILELYMNEVYLGQSGDNEIRGFPLASLYYFGRPVEELSLDQQALLVGMVKGASIYNPWRNPKLALERRNLVLRLLQQQQIIDQELYDMLSARPLVQPRGGVISPQPAFMQLVRQELQAKLGDKVKDLSGVKIFTTFDSVAQDAAEKAAVEGIPALKKQRKLSDLETAIVVVDRFSGEVRAMVGGSEPQFAGYNRAMQARRSIGSLAKPATYLTALSQPKIYRLNTWIADAPIALRQPNGQVWSPQNDDRRYSESGRVMLVDALTRSMNVPTVNLGMALGLPAVTETWIKLGVPKDQLHPVPAMLLGALNLTPIEVAQAFQTIASGGNRAPLSALRSVIAEDGKVLYQSFPQAERAVPAQAAYLTLWTMQQVVQRGTGRQLGAKYPNLHLAGKTGTTNNNVDTWFAGIDGSTVTITWVGRDNNQPTKLYGASGAMSIYQRYLANQTPTPLNLVPPEDIADMGVDYDGNFVCSGGMRILPVWTSDPQSLCQQSEMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of the membrane-bound bifunctional transglycosylase PBP1b from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transferase, hydrolase/antibiotic
|
source organism |
Escherichia coli
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molecule keywords |
Penicillin-binding protein 1B
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total genus |
206
|
structure length |
708
|
sequence length |
729
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ec nomenclature |
ec
2.4.1.129: Peptidoglycan glycosyltransferase. |
pdb deposition date | 2011-12-09 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00905 | Transpeptidase | Penicillin binding protein transpeptidase domain |
A | PF00912 | Transgly | Transglycosylase |
A | PF14814 | UB2H | Bifunctional transglycosylase second domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Penicillin binding protein transpeptidase fold | Biosynthetic peptidoglycan transglycosylase-like | ||
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Penicillin-binding protein 1b fold | Penicillin-binding protein 1b domain | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MBF A; 5M1A A; 2IWC A; 4H8R A; 4KZ5 A; 3LEZ A; 2HP9 A; 4PM9 A; 5DF7 A; 5DTT A; 2PU4 A; 4DF6 A; 1Q2Q A; 5TGF A; 3NC8 A; 1YQS A; 1IKI A; 2EX2 A; 1XGI A; 3PRJ A; 1HZO A; 5F83 A; 1PPJ D; 1JTD A; 4R1G A; 4Q8I A; 1LI0 A; 1ESU A; 4WEJ A; 3OC2 A; 4OPY A; 1TDG A; 2Q3E A; 2EFU A; 5TFQ A; 1XPB A; 1EWZ A; 4U0X A; 1SQX D; 4BD0 A; 4JXW A; 4N92 A; 3HVF A; 3NB7 A; 3VMT A; 3BYD A; 3L71 D; 4JXS A; 3QNB A; 3WWX A; 2Y91 A; 3KHU A; 4GDB A; 5HAI A; 3P98 A; 4E3J A; 1BZA A; 4JF4 A; 3PHL A; 5FQK A; 3IXB A; 1K54 C; 3EQV A; 3V3R A; 5A90 A; 1BLP A; 5AQ9 A; 3H1K D; 1NU1 D; 5GLD A; 1K6S A; 3GQZ A; 5EOO A; 4E6X A; 1LHY A; 3GTC A; 2K9J B; 4OLG A; 2XR0 A; 1K56 D; 1PWD A; 4WZ4 A; 3EQU A; 5FAT A; 4E3M A; 4KG2 A; 3AGE A; 4E3L A; 1MBL A; 4WEK A; 5A91 A; 1PIO A; 1BGY D; 3IF5 A; 5KLI B; 3VFF A; 3FPN B; 2HDR A; 2Z2L B; 3C7U A; 3GR2 A; 3WS2 A; 4UAA A; 5GLC A; 5KMW A; 1KYO D; 3S4X A; 1YLT A; 1Y54 A; 1ERQ A; 2J7V A; 2ZC3 B; 1T5L A; 2C6W B; 2B5R A; 1HD8 A; 5G18 A; 4WZ5 A; 1KB9 D; 1FSY A; 4UHU A; 3ISG A; 4S2M A; 1KVM A; 4KZA A; 3PLN A; 5CXW A; 4CJN A; 1M40 A; 4JXV A; 4P87 A; 1ES2 A; 5KKZ B; 3E2K A; 1ES4 A; 1GCE A; 3BFC A; 3ZVW A; 5EVI D; 1KGF A; 5HFO A; 3ZG8 B; 4E3K A; 1WE4 A; 3B3X A; 3D4F A; 3ITK A; 4OOL A; 4QU3 A; 1I5Q A; 2ZQ9 A; 1I2S A; 4PM5 A; 4DFC A; 2G2W A; 1W8Q A; 2HDS A; 4OP8 A; 3OCN A; 3VMQ A; 4LV0 A; 4OOM A; 1CI8 A; 5F82 A; 3ZGA B; 3N8S A; 1LL9 A; 4ZJ2 A; 3IH8 A; 4P85 A; 5GLB A; 3AGD A; 4MNR A; 5F1F A; 2Y2K A; 3A3F A; 3SS4 A; 3CX5 D; 3QHY A; 3GG2 A; 3NIA A; 1G68 A; 2WK0 A; 3IXG A; 3VSK A; 1U60 A; 3HLB A; 4DE3 A; 1O07 A; 2BLS A; 4FH2 A; 5GLA A; 3UPO A; 4ZBE A; 3VSL A; 4EDF A; 2EX8 A; 2Y55 A; 1K25 A; 3IF6 B; 4S2P A; 3VMS A; 4A7P A; 1ZG6 A; 4RYE A; 4DDS A; 2JBF A; 3V5M A; 5IHV A; 5HAR A; 3Q7V B; 2ZLY A; 1FQG A; 3NDE A; 1YMS A; 5JYP A; 3TG9 A; 4QHC A; 3O88 A; 3GRJ A; 1FCO A; 3DWK A; 1DY6 A; 2EXB A; 5FI7 A; 5FQM A; 4OLD A; 3ZCZ A; 3FKW A; 1BLS A; 5DF9 A; 3WRT A; 1AXB A; 4R4S A; 5FI6 A; 4PD4 D; 2EX6 A; 1FOF A; 1GHM A; 3BLM A; 5GHY A; 3W4P A; 3A3J A; 4DE2 A; 1H5X A; 1SQB D; 3PBT A; 5GL9 A; 1E3U D; 3GW6 A; 5FQI A; 2L91 A; 1SDN A; 4JF5 A; 4S2I A; 4JPM A; 3BM6 A; 5F1G A; 1BUE A; 2H5S A; 5E2G A; 4OKP A; 1IYS A; 1WYB A; 4HBT A; 2ZC6 B; 3L72 D; 3W8K A; 3GSG A; 1I2W A; 2WUQ A; 4QY6 A; 4BEN A; 4KQR A; 2A49 A; 2HP6 A; 4X6T A; 3Q07 A; 3NDG A; 4U3F D; 2J9O A; 1G6A A; 3ZFZ A; 1Z6F A; 2WYX A; 3A3I A; 1SQP D; 5AQ7 A; 2EXA A; 4EQI A; 1BSG A; 3C4O A; 4KZ3 A; 2ZC4 B; 5BOH A; 4KZB A; 3BFD A; 3ITA A; 2FYN B; 3VOY A; 4DRT A; 1IEL A; 4LCM A; 4NK3 A; 1TVF A; 4WZ5 C; 1J9M A; 2XD1 A; 3N8L A; 4PPR A; 3C5A A; 3VOZ A; 2Y59 A; 5EE8 A; 2IWB A; 3UDX A; 2V1Z A; 4S2N A; 5FAQ A; 4X56 A; 1XA7 A; 5FAP A; 3V3S A; 1JVJ A; 4XXR A; 2OLU A; 5FA7 A; 3LY4 A; 1RGY A; 3PBS A; 4KG6 A; 1IYO A; 4WYY A; 2BCC D; 3HL9 A; 3UDI A; 3ZG9 B; 1VM1 A; 4OQI A; 4WMC A; 2E8I A; 3L75 D; 3TGU D; 1ERM A; 3AGF A; 3G30 A; 4YIN A; 4GD8 A; 3UNW A; 3O87 A; 1K38 A; 4HBU A; 1GHI A; 1XX2 A; 2WGI A; 4LV1 A; 2Q9M A; 3SH8 A; 4PM8 A; 2WZZ A; 1QME A; 5E2E A; 1FCM A; 5FQJ A; 3HLD A; 1LL5 A; 5A93 A; 4QD4 A; 4BQM A; 5TR7 A; 3IF6 A; 4OON A; 1ONH A; 3N8R A; 4M3K A; 4BJP A; 2WAD A; 2DCF A; 1K57 A; 3Q7V A; 4D2O A; 2H0Y A; 4WEL A; 3LCE A; 5L2F A; 2XF3 A; 4HEF A; 5HL1 A; 4FD8 A; 1VQQ A; 1FSW A; 3H1I D; 3FKV A; 4U0T A; 4X68 A; 2Y0D A; 2JCH A; 2X02 A; 1BUL A; 4EV4 A; 3G32 A; 2Y2M A; 4EBP A; 2Y2Q A; 3N6I A; 5D3O A; 3BRM A; 2Y2G A; 1XP4 A; 1W7F A; 4Z9Q A; 1MKI A; 3GVB A; 1BCC D; 4BD1 A; 4NET A; 4ZTK A; 3ZNY A; 4ZAM A; 3ZVT A; 2KNC B; 3VFH A; 5HW3 A; 2EYQ A; 3HRE A; 2HDU A; 4O7D A; 1PW1 A; 2FYU D; 4OP5 A; 5FAO A; 1HTZ A; 3UN7 A; 2R9X A; 2VGK A; 3HUM A; 2ZQA A; 1QMF A; 3Q7Z A; 3IWI A; 1PWC A; 4IBX A; 4JKT A; 1PW8 A; 2UWX A; 1MWT A; 3VP4 A; 1PZO A; 1SQV D; 1YLP A; 4N9K A; 2DNS A; 5EPH A; 2WGV A; 1SCW A; 3SS3 A; 1GA0 A; 1K55 A; 2WAF A; 3ZG5 A; 1K4F A; 1DJA A; 2P9V B; 2Q9N A; 3N7W A; 3Q1F A; 4S2K A; 3UPN A; 1RGZ A; 4C3Q A; 3MFD A; 4GNU A; 4R4R A; 2V20 A; 3TOI A; 3VP1 A; 4DDY A; 3PAE A; 1H8Y A; 4KQO A; 4S2N C; 1RCJ A; 4L0L A; 5CGX A; 4WM9 A; 1PWG A; 3TF5 A; 3S22 A; 3UE3 A; 3DTM A; 3BLS A; 3Q81 A; 4P6B A; 3MZF A; 5EEC A; 2J8Y A; 3V39 A; 3HBR A; 1ALQ A; 1XGJ A; 3RJU A; 3CXH D; 3IHB A; 3QNC A; 3SOI A; 3UPP A; 4N1H A; 2X01 A; 3HLG A; 4KZ9 A; 4R3J A; 1K6R A; 2XDM A; 2QJP B; 3HLE A; 4Y0U A; 4EBL A; 3HLF A; 1L0E A; 1W8Y A; 3C7V A; 4UA7 A; 2FFY A; 4JLF A; 4YFM A; 2QPN A; 1LI9 A; 1PI4 A; 3CJM A; 3FZC A; 3IXH A; 4FSF A; 3RXW A; 4DXC A; 5CHU A; 3G35 A; 3E2L A; 5CRF A; 4MEZ A; 4QY5 A; 3PBQ A; 2R9W A; 2Y2L A; 1YLZ A; 3IH9 A; 4KZ8 A; 5FQ9 A; 1KE0 A; 3PTZ A; 1HVB A; 5E43 A; 2WAE A; 3IF6 C; 3GMW A; 5EUA A; 1YT4 A; 1H8Z A; 3VP0 A; 3BCC D; 1K57 C; 4MBH A; 1GHP A; 2RL3 A; 2ZC7 A; 1NRF A; 3HLW A; 3CG5 A; 3UO9 A; 2RCX A; 4EWF A; 2XH9 A; 3MZE A; 4F94 A; 5KSC A; 2EX9 A; 1MWS A; 4X55 A; 3SH9 A; 2JE5 A; 3ZNT A; 1KE3 A; 4HES A; 4ZJ3 A; 2J9P A; 1D9Z A; 3D3H A; 1JWV A; 1JTG A; 2G2U A; 2VGJ A; 3MKF A; 3PAG A; 4B4Z A; 3OCL A; 5FI2 A; 3UE0 A; 5GHX A; 1KE4 A; 1C3B A; 1TEM A; 3C4P A; 1W79 A; 4GOG A; 3RXX A; 5FAS A; 3IT9 A; 1JWP A; 1NY0 A; 1RP5 A; 4IVI A; 5EVI B; 1L0L D; 3L70 D; 1ZRT D; 4LEN A; 3TSG A; 4UA9 A; 3GV9 A; 1L0G A; 1NXY A; 5HAQ A; 3VMR A; 3V50 A; 4OH0 A; 4MLL A; 4KZ6 A; 1KDS A; 2WKE A; 2OQO A; 2CC1 A; 2Y2O A; 3FV7 A; 4GB7 A; 5CER A; 2P9V A; 1K55 C; 1SHV A; 1ZG4 A; 2ZQ7 A; 1MPL A; 2EFX A; 4FCF A; 3A3D A; 4QB8 A; 1N4O A; 5FSR A; 1BLH A; 3H1H D; 1BLC A; 1IEM A; 4RVA A; 3V4R A; 3PTE A; 4K0W A; 4X69 A; 3IHA A; 5U47 A; 5TJH A; 5CTM A; 3NCK A; 3G34 A; 4JBF A; 4OOY A; 1D9X A; 3SH7 A; 4BLM A; 2XFT A; 2Y0E A; 3BEB A; 1CEF A; 4GDN A; 4B88 A; 3OZH A; 3HZS A; 4U3T A; 4Y0O A; 1NTZ D; 1W5D A; 4JF6 A; 3O86 A; 2HP5 A; 4S2L A; 3CWB D; 1ES3 A; 2A3U A; 4OQH A; 1ZKJ A; 4LCL A; 4RA7 A; 1FCN A; 2Y2N A; 1ZC2 A; 3HUN A; 2Y0C A; 4DE0 A; 1YLY A; 3PBO A; 3WS1 A; 4C6Y A; 4RX3 A; 5J8X A; 1SKF A; 4OPR A; 3W4Q A; 1S0W A; 1Q2P A; 2OLV A; 2RN0 A; 3NB6 A; 1BT5 A; 1K56 A; 4OVD A; 3SS5 A; 1PZP A; 5HAP A; 4P0M A; 4ZDX A; 1MWU A; 1NYM A; 1KGE A; 2RMZ A; 2GDN A; 4IVK A; 4BL2 A; 2H0T A; 4C75 A; 3DW0 A; 4FH4 A; 5CHM A; 4KEN B; 3IQA A; 1CK3 A; 4R3B A; 3VP3 A; 2XD5 A; 3A3E A; 3MZD A; 4Y7P A; 3M2J A; 3O3V A; 1GA9 A; 4R23 A; 5GHZ A; 1ERO A; 2D7D A; 4RJT A; 5CTN A; 3IWQ A; 5AQB A; 1OME A; 3NBL A; 2HDQ A; 2QG4 A; 1FR6 A; 1NJ4 A; 2PBY A; 2A06 D; 2ZM8 A; 3BEC A; 2WGW B; 3G2Y A; 4JXG A; 1E4D A; 1XA1 A; 3VMA A; 4E3N A; 2HPB A; 1CI9 A; 3PBR A; 2N9Y B; 4UA6 A; 4E3I A; 2XEP A; 5EVI A; 4LV2 A; 1SQQ D; 4WBG A; 2OSU A; 2QJY B; 4WMC D; 2Y4A A; 2B2N A; 5DTK A; 5CEB A; 2C5W B; 1IKG A; 1NZU A; 2ZQC A; 5M18 A; 4ID4 A; 1MY8 A; 3IXD A; 3LO7 A; 4ZJ1 A; 1NTM D; 2QZ6 A; 5M19 A; 1KVL A; 3N4I A; 2ZQD A; 3UDF A; 3G31 A; 2OV5 A; 1DJC A; 2WZX A; 5E2H A; 2FFF B; 3BFF A; 4K91 A; 1ONG A; 2WKH A; 3M6H A; 4DKI A; 2H10 A; 1BE3 D; 3CMZ A; 3DWZ A; 1YLJ A; 1KDW A; 3ITB A; 2JC7 A; 4KZ7 A; 4LV3 A; 5EOE A; 3BFE A; 5DTS A; 5CEC A; 3WS4 A; 2Y2P A; 5AQA A; 2XFS A; 1NTK D; 2ZMA A; 4S2J A; 1E25 A; 1LLB A; 2WKI A; 1K4E A; 2XLN A; 5DVA A; 5E2F A; 1SDE A; 1BTL A; 3M2K A; 4KQQ A; 1JWZ A; 3M6B A; 1EI5 A; 4S2O A; 3OPH A; 4DE1 A; 4EBN A; 3G2Z A; 2PU2 A; 5KLV D; 3NY4 A; 1E3U A; 1KGG A; 1L0N D; 3WRZ A; 1MWR A; 4A5R A; 4DXB A; 1L2S A; 5FDH A; 4CPK A; 4GKU A; 3Q82 A; 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