3TSQA

Crystal structure of e. coli hypf with atp and carbamoyl phosphate
Total Genus 209
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
209
sequence length
647
structure length
647
Chain Sequence
QIVPDAATCPACLAEMNTPGERRYRYPFINCTHCGPRFTIIRAMPYDRPFTVMAAFPLCPACDKEYRDPLDRRFHAQPVACPECGPYLEWVSHGEHAEQEAALQAAIAQLKMGNIVAIKGIGGFHLACDARNSNAVATLRARKHRPAKPLAVMLPVADGLPDAARQLLTTPAAPIVLVDKKYVPELCDDIAPGLNEVGVMLPANPLQHLLLQELQCPLVMTSGNLSGKPPAISNEQALEDLQGIADGFLIHNRDIVQRMDDSVVRESGEMLRRSRGYVPDALALPPGFKNVPPVLCLGADLKNTFCLVRGEQVVLSQHLGDLSDDGIQTQWREALRLMQNIYNFTPQYVVHDAHPGYVSCQWASEMNLPTQTVLHHHAHAAACLAEHQWPLDGGDVIALTLDGIGMGENGALWGGECLRVNYRECEHLGGLPAVALPGGDLAAKQPWRNLLAQCLRFVPEWQNYPETASVAAANWSVLARAIERGINAPLASSCGRLFDAVAAALGCAPATLSYEGEAACALEALAASCDGVTHPVTMPRVDNQLDLATFWQQWLNWQAPVNQRAWAFHDALAQGFAALMREQATMRGITTLVFSGGVIHNRLLRARLAHYLADFTLLFPQSLPAGDGGLSLGQGVIAAARWLAGEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
publication title Structure of Hydrogenase Maturation Protein HypF with Reaction Intermediates Shows Two Active Sites.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transcriptional regulatory protein
total genus 209
structure length 647
sequence length 647
ec nomenclature ec 2.1.3.-:
pdb deposition date 2011-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01300 Sua5_yciO_yrdC Telomere recombination
A PF07503 zf-HYPF HypF finger
A PF17788 HypF_C HypF Kae1-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.110.120 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Translation Initiation Factor IF3 Translation Initiation Factor IF3 3tsqA02
3.30.420.350 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3tsqA04
3.30.420.360 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3tsqA03
3.90.870.30 Alpha Beta Alpha-Beta Complex DHBP synthase DHBP synthase 3tsqA01
3VF4A 3VEZA 3VERA 3TTFA 3TTCA 3TTDA 3VF2A 3TSUA 3VEXA 3VESA 3VENA 3VETA 3VTHA 3TSPA 3VEOA 3TSQA 3VTIA 3VEWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LY7A 2HB5A 1P8ZA 3B6OA 4CEBA 2HBMA 2VYPA 4M3RA 1DLOA 3ZEUB 2Q36A 1OVYA 4OKKA 1JXEA 3RR8A 4H0OA 4O55A 2P51A 3I56N 3MK5A 3NE6A 2JLEA 3A5NC 2RF2A 3DXKB 1QQOA 4I6MB 3T3FA 4DR7K 2RHKA 3ASMA 4M3TA 3OYKA 2XY8A 1J9AA 3SLCA 1S1VA 4GV6A 5I42A 1SV5A 3CCSN 3GG4A 3P39A 4NO7A 4FWMA 3CCMN 3RRHA 1H1VA 1VSKA 4JD2A 2ZJRL 4FLTA 2RISA 5DMRA 3KTQA 3SYZA 3LP3A 4CGJA 2E5LK 4JI3K 2L8YA 4CGHA 4FJ5A 5AQQA 1BIUA 3F2KA 4B1UB 4BGAA 3VMFB 2G8KA 4CJ7A 4I2QA 4MQ3A 2P9UA 3AA4A 2Y1JA 2GTCA 1QTMA 3QEVA 4E7LA 4M3WA 1ZBHA 4CJTA 1NOZA 4EFHA 2YV0X 3SUOA 3RVCA 3IMXA 3UKUA 4BRQA 1RT2A 2HHHK 3I0RA 1I3AA 1C0GA 1TL3A 2BANA 4B3TK 3OW2M 1YIJN 4DB3A 1LAVA 4CEQA 3TU5A 3LDSA 2QWNA 3VQ5A 4JKGB 1NNEA 3UIQA 1ASVA 2VCPA 4A5AA 3H45C 4H0VB 4ISEA 1BO5O 3R8EA 4H5NA 3LP2A 1D9DA 4ISGA 4DSKA 2YHAA 4H8KA 3SUNA 3EZWA 3K0SA 2HVIA 1X1PA 3FZFA 2NRXA 3ZT0A 4CJKA 3GE1A 5SWMA 4H0XB 3C6TA 3QKBA 4BVOA 3DLEA 1NM1A 4Z0UA 4KI6A 1N5YA 4LF8K 4OKJA 4DG1A 4K87A 3AA5X 2QWQA 4K8XA 1XHZA 5DM6L 1RTJA 5AFUH 4W5NA 4B9LA 3OS2A 4ELVA 1U47A 4RTFD 5BRHA 3WEEB 1G15A 4JHDA 1RILA 1U6ZA 1C6VA 2H3GX 3ZX2A 2XRIA 3OVNA 1RTDA 1PAVA 4KI4A 1U2VB 2HF3A 4A62A 3W0LA 3AA2A 3MX5A 4GMJB 4BRAA 3KIOA 1KAZA 3P83D 4CEZA 3KKRA 4CZGA 3WQTA 5M1QA 1A5VA 3NF6A 5HBMA 3VQ7A 1DTQA 2E6MA 3V9XA 2OPPA 4AHUA 2W40A 3TAPA 1LW0A 4CF1A 2LN3A 4H03B 1QHAA 3H1QA 5KPZA 2Z1IA 4YDUC 4DV3K 5FRNA 4E1MA 4IJAA 3ZT3A 3O3GA 4CZLA 1T03A 2I7PA 4CJPA 3LZJA 1GOAA 3ENBA 2PYJA 4DFMA 1NGBA 1RT1A 2O8CA 3LDOA 3EE9A 3H08A 1NK0A 2VGMA 4IG3A 3IABB 4O0JA 4BY9C 2GBZA 1XNRK 1S8EA 1Q9XA 1KTQA 1X3MA 1BI4A 1BDGA 4JI4K 3LWMA 1RTHA 5AQTA 2BE2A 3NF8A 1R59O 3C7NB 5JS2A 3OYCA 3T69A 5KRSA 5KGXA 1ZBSA 1RBTA 3CPEA 2QKKA 1KQSM 3HJFA 4DR5K 2ITGA 1VSIA 3VGMA 4CBWA 2P9SA 1GOBA 5HRSA 1KAXA 3F9KA 2NZTA 3SAGA 2I5JA 1W97L 1Y97A 3H07A 1VSDA 4JEPA 4WQ5C 3VERA 1X3NA 3OA9A 3AVHA 4AHTA 5BREA 1FK9A 2PBDA 2GELA 4ID5A 4GKKK 2QI2A 4OPJA 4E7KA 1YJWN 4FOIA 3VENA 1RBUA 2O8BB 3QDKA 2NRRA 2FF6A 1C0UA 1HLUA 5HRRA 2ASOA 1UWBA 3LPUA 1SKSA 4FPBA 4NLBA 2ITMA 3DYAA 3KWIA 4H0YB 4CEDA 3EZ5A 1YJNN 1QSLA 3ZIHA 4E1JA 3TABA 3E01A 4B9NA 3K58A 3THXA 3VGLA 4DUYK 3O4WA 4FLXA 1XMOK 1C1CA 1N36K 5HLFA 1HX1A 5CYQA 4DQQA 4LSNA 3IFRA 3VTIA 3RR7A 1DCJA 4YDQA 3K59A 3LDNA 4J2AA 3CJCA 3TI0A 2ZGYA 1R0AA 3AVIA 2BDPA 2W6LA 3NFAA 4OLFA 3VEYA 4JKDA 1G99A 4F3TA 3VQ6A 1RDCA 4YDUA 3KLGA 5AQNA 2GV9A 2O8DB 1N32K 1TAQA 4IFEA 4HCBA 2ZWHA 1S1WA 2IGIA 1HPZA 2ZJPL 2E8AA 4LD0A 2Y1BA 3L2UA 4O0IA 3CQ8A 3MGZA 2A5XA 3L3UA 4WQ4C 2HHXA 1B9FA 1W9HA 4IDHA 3GDQA 1BIZA 4FJ9A 3DLKA 4BRNA 5FPDA 3O9SA 4ZTJA 1JLCA 1JE3A 2GEMA 4HHTA 3FE1A 4CF9A 3I8BA 4PUOA 4CEAA 3QB0A 4DU4A 3ZIEA 4C8LA 4P6DA 3SV3A 3SUPA 4KHYA 3ZEUA 4NCGA 4KH6A 1JL2A 3WNEA 3H3OB 2WFBA 4JV5K 3MXJA 4Y1CA 3B6PA 4N5SA 3HM9A 4WE1A 1NK7A 5AZJB 3J81O 4ILHA 3L2VA 1VK0A 3PO5A 4CIGA 1Y64A 4CHZA 1UAXA 4KTQA 3VQ4A 2VWBA 2QWMA 3LAKA 2ZM6K 3DXKA 4I6MA 1QQMA 3SI6A 4CF0A 4YOUA 1H4SA 2WBNA 5LMNK 2NRWA 4E19A 4YFUA 1MA9B 4HWIA 4BDYA 1HYVA 4N76A 5FPEA 4B9MA 3K5MA 1LW2A 1KVBA 1Q18A 4O8UA 4PL8A 5C25A 1JKHA 1EXQA 4AHRA 2ETJA 2AA4A 2Q3VA 4FWKA 4L8RB 3MCPA 2A1RA 1N6QA 1TKZA 5ADXH 4Z9EA 3VQBA 3M1FA 4H5TA 4FL9A 4CF2A 4B9TA 4BRDA 3J8AA 2F8TA 2NRZA 1ZXOA 4OPKA 4BRFA 1GLFO 2B6AA 1KAYA 3VQPA 4PKIA 1KFDA 3QFUA 3L2WA 3OYLA 4AHSA 4BREA 3P38A 1U48A 3SQ1A 5GIPA 3U8XA 4OLAA 1YXQA 3U3YA 2EK0A 4P6PA 3V6DA 2VG7A 3DLRA 1NJIO 4B1XB 3V9ZA 3THYB 1RGIA 4K41A 4B1VA 3O80A 3P31A 4B1YB 1TAUA 4DV4K 4IEEA 4C8KA 3CJ9A 2OANA 4DR4K 4BG9A 1WN7A 1RT6A 3VQ9A 4KREA 1S72N 3T1IA 1MU2A 1M1KO 2OZSA 5TKWA 3LDLA 4IWVA 4WQ4A 3ENOA 3AGKA 1NU0A 3HK2A 2O8EB 3O5BA 3J7YP 4EHUA 2HW3A 1K8AO 4H4MA 3KK1A 3LM9A 4FBKA 2KW4A 4X66K 4M63C 4FJNA 4H0TB 1NKEA 4GNIA 5KPTA 5C10A 1BU6O 4CK1A 3NH0A 4I2PA 1Z26A 4IG0A 2Z7CA 1SL2A 4YORA 2X6NA 1IBMK 3CQXA 4ID1A 4FJJA 1KK9A 2UUAK 1F21A 1TVRA 3CF5L 2YI1A 4W5QA 1S1UA 4CGGA 3A0IX 4DHYA 3FFKB 2ZJQL 4CBXA 3DMJA 1C0TA 3L0QA 4DU1A 5HOOA 3ZSOA 1ATRA 2ZQBA 3LP0A 3RWUA 1OH7A 2QWOA 4BE1A 1UDVA 1C1BA 3WQUA 4OGEA 3R9PA 4HD0A 5DK5A 3ZSXA 3WXLA 4CJFA 4F4KA 3Q7BA 2R7YA 4DMNA 3A5OC 3MXIA 1HNWK 3P04A 2E88A 1NJ2A 4BR5A 4B9VA 4DR1K 3D0PA 3R6MA 3HSTB 1VHXA 4BWMA 1V4TA 4KH4A 3VQAA 1IG9A 1T6CA 1JO0A 2P9LB 4U67L 4HVZA 1ASUA 3FZLA 2H9UA 5LJVA 3MECA 4FSVA 2FBTA 3ZSZA 1SKWA 1IJJA 3FR0A 4CEFA 1RBSA 1HNVA 1ZYQA 2NRHA 3TOEA 1HYSA 3D45A 3CCEN 1G57A 5HRNA 3M6GA 3O9UA 1EETA 1B9DA 5FROA 5C24A 4BC4A 5JLFA 3VETA 3IABA 1RDDA 3SMPA 3KLEA 1JLFA 1EX4A 4CCHA 4DR6K 2YNIA 2D4WA 3AVNA 4CJUA 4XH4A 5F2RA 1NGHA 5CY4A 4FWLA 4PA1A 3WXJA 3CJAA 3C7NA 3W3DA 4A2BA 4CIEA 4DUZK 5CZ1A 1GLLO 1DEJA 3VEWA 3QNNA 3D7EO 3C95A 4RG8A 3AVGA 3HTVA 4M41A 1SS6A 1TUYA 1HMVA 4B1ZA 3AV9A 2A40A 3TTCA 4KRFA 5C12A 3AVCA 3CFOA 4NXMK 3ZETB 4CZFA 2Q97A 1QQCA 4FBWA 5M1NA 1CZBA 3SBTA 4M7YA 4BRPA 3VQ8A 4LFCK 2YNHA 1RDAA 3RMBA 1HKGA 2P9BA 1IBKK 3EKUA 1HRUA 3BGRA 3ZSVA 3CM6A 1TV6A 5EX5A 3TANA 4K42A 3IAYA 3TAFA 1YTUA 2KZMA 1EKEA 4DFPA 3IS9A 4LH5A 5AQZA 3NF7A 4CECA 1EWQA 1RBVA 2P9KB 4JYAK 5ADXA 2MX1A 3VEZA 3ZCMA 5DM7L 4P6CA 4DFKA 1LWEA 3TSPA 3D2FB 4NB4A 4FJKA 4LFAK 3ZSQA 3K9JA 4LF5K 3M5RA 4IO9L 1JLAA 1RDWX 3S3OA 2YHXA 4ZTFA 1NJ6A 3K9KA 1RDBA 4IZ9A 1XMQK 4RW6A 3V81A 4KPYA 3KLFA 4BRLA 4FYDA 1NGEA 3EL2A 5HP1A 3PSIA 1TKSA 4K86A 5AQHA 4W5OA 3OTOK 1X9JA 4A61A 3NDKA 3V4IA 2XY7A 5HROA 3VOVA 4C8NA 4CJ5A 3CPWM 4CHQA 1VSHA 2A2YA 4K88A 1CZ9A 5MLCQ 4CJ3A 3MN5A 2YX6A 1HKCA 1NK6A 1K7JA 4CZKA 2UUBK 3OYEA 2IFEA 3DLHA 3BUZB 3WUHA 3DLGA 3LVKB 3TAEA 3CMAN 4CZJA 2AP1A 4BACA 4BQLA 4HUFA 1VQ5N 1NJZA 3PO4A 4CD1A 4PY5A 2HNYA 1XC9A 2HNZA 2W6KA 4DQPA 4G9ZA 2P1JA 5AJ3K 1XNQK 2NNWA 2IVOA 2P9PA 4FZXC 4FO0A 3DAWA 4Z4GA 2NLXA 5JICA 4DQSA 1SNNA 2F8SA 5LMUK 1EWRA 1QQNA 3NBPA 5T7BA 1VQ6N 3LAMA 1VQ8N 1JJ2M 1FW6A 2F96A 5FDLA 3HO1A 1C1AA 1V4SA 1B92A 3E9LA 4IOAL 1S9GA 3OJSA 5CR4A 5AZJA 2Z1HA 1LOTB 4PKHA 3J7AP 4ISFA 1RNHA 3CJBA 3HYFA 3ULDA 4FLVA 3TAQA 5AQXA 1I39A 1YUWA 4CJVA 1HQEA 2RPIA 3JXUA 3O6WA 4OO1J 1NG9A 1X9MA 1J5OA 4CBUA 1JCGA 5EOYA 1RT4A 4JKAA 3MDQA 5AZIB 3QEWA 1VSEA 1ILYA 3VQQA 4E3SA 4HCCA 4CJEA 2KZZA 4KB1A 3PUFA 1W0HA 2F9WA 1CXUA 4BROA 2WTUA 2VGNA 3VQDA 4KH5A 3O1WA 3M3ZA 3PIPL 2V7ZA 5KQ8A 2PFUA 5CYMA 3M8QA 4NYNA 5TKYA 3ZIGA 1RQ8A 1BOTO 2GWJA 4DF4A 3L6QA 1RTIA 3I0SA 4H0PA 2J4RA 4PWDA 1D8YA 1IEZA 3MWPA 1KVCA 4FJMA 4B3SK 4O44A 3HOSA 2ATQA 1NJ5A 4CESA 1S5JA 2G8IA 1L3TA 4I7FA 4GV9A 4F3OA 4LH4A 3TWHA 3FFIA 4A59A 2D0BA 4BC3A 4IJNA 3AVFA 3QESA 1YVNA 1QSSA 4A5BA 1Z05A 3C6UA 4EHTA 1ATSA 4GVMA 1HPMA 4DV2K 4AQYK 2RIUA 3E9PA 3ULEB 3BY5A 4IFYA 2XY6A 2QW9A 4CGFA 1ATNA 2O8EA 4Q5VA 3TPQA 1JLQA 1P90A 3DSDA 3ZT2A 4FWSA 2VWKA 4E7IA 3CM5A 3AGRA 5M1PA 4DTUA 2ASPA 4K43A 1WAFA 3EEQA 1NJXA 1TIGA 4FJXA 2QWLA 1VR4A 3F5TA 4CJQA 3T1YK 2Y1IA 4BR4A 3CD6N 3EE8A 4E0DA 3O9TA 1GLBG 4LSLA 3U4LA 3LL3A 2W42A 2KQ2A 4NXNK 3GL1A 4JK9A 3CCQN 3HVRA 3D2EB 3KVGA 3ITHA 1JLGA 1TK0A 1NGJA 4JI0K 5E84A 3CJ1A 5BN8A 1T7PA 1CLQA 2YNGA 4BRCA 3ID8A 5J2MA 4NZTM 4CF8A 1S1XA 3SQ2A 1ITGA 4FPAA 1LV5A 4JKBA 5FLXO 1T6DA 3HXMA 3WNFA 1NJ1A 2CH5A 4DCHA 2P9LA 4H5RA 4M3YA 5HL7L 4EP5A 3T7ZA 3ZYYX 4WI1A 4TWAA 1GLEG 4MFBA 2E2OA 4ELUA 3P4IA 1BA1A 4WFBL 1JDQA 3K2PA 5KTQA 4OKEA 3K5NA 3S3NA 3PX6A 3PV8A 1YT3A 3V9SA 3LQUA 1H0XA 4GV3A 4H4OA 4GKJK 3OBYA 3AO3A 3QINA 3JSMA 1BL3A 2OPSA 2HHSA 3V1OA 1TL1A 5KGWA 1II7A 4IXCA 4YOXA 3RMDA 3J7ZO 1BA0A 2G8WA 2Q0UA 5M1FA 3SAFA 4DV7K 4CZMA 3SV4A 3ATUA 3L8BA 4CFBA 5M1KA 4OJRA 1C0FA 4FCXA 2Q3SA 4BR0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VF4 A;  3VEZ A;  3VER A;  3TTF A;  3TTC A;  3TTD A;  3VF2 A;  3TSU A;  3VEX A;  3VES A;  3VEN A;  3VET A;  3VTH A;  3TSP A;  3VEO A;  3TSQ A;  3VTI A;  3VEW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LY7 A;  2HB5 A;  1P8Z A;  3B6O A;  4CEB A;  2HBM A;  2VYP A;  4M3R A;  1DLO A;  3ZEU B;  2Q36 A;  1OVY A;  4OKK A;  1JXE A;  3RR8 A;  4H0O A;  4O55 A;  2P51 A;  3I56 N;  3MK5 A;  3NE6 A;  2JLE A;  3A5N C;  2RF2 A;  3DXK B;  1QQO A;  4I6M B;  3T3F A;  4DR7 K;  2RHK A;  3ASM A;  4M3T A;  3OYK A;  2XY8 A;  1J9A A;  3SLC A;  1S1V A;  4GV6 A;  5I42 A;  1SV5 A;  3CCS N;  3GG4 A;  3P39 A;  4NO7 A;  4FWM A;  3CCM N;  3RRH A;  1H1V A;  1VSK A;  4JD2 A;  2ZJR L;  4FLT A;  2RIS A;  5DMR A;  3KTQ A;  3SYZ A;  3LP3 A;  4CGJ A;  2E5L K;  4JI3 K;  2L8Y A;  4CGH A;  4FJ5 A;  5AQQ A;  1BIU A;  3F2K A;  4B1U B;  4BGA A;  3VMF B;  2G8K A;  4CJ7 A;  4I2Q A;  4MQ3 A;  2P9U A;  3AA4 A;  2Y1J A;  2GTC A;  1QTM A;  3QEV A;  4E7L A;  4M3W A;  1ZBH A;  4CJT A;  1NOZ A;  4EFH A;  2YV0 X;  3SUO A;  3RVC A;  3IMX A;  3UKU A;  4BRQ A;  1RT2 A;  2HHH K;  3I0R A;  1I3A A;  1C0G A;  1TL3 A;  2BAN A;  4B3T K;  3OW2 M;  1YIJ N;  4DB3 A;  1LAV A;  4CEQ A;  3TU5 A;  3LDS A;  2QWN A;  3VQ5 A;  4JKG B;  1NNE A;  3UIQ A;  1ASV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

 
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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