The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
194
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sequence length |
535
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structure length |
535
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Chain Sequence |
RLTVVKQYVDNVLNKASDTYHGDKPSPLLADGVDPRTGQQLEWIFPDGRRAVLSNFSAQQNLMRVMSGLSQLSGDPRYQKRAEDIVRYHFQNYQDPSGLLYWGGHRFVDLKTLQPEGPSEKEMVHELKNAYPYYDLMFSVDSDATARFIRGFWNAHVYDWRILETSRHGEYGKPMGALWESKFEQQPPFFATKGLSFLNAGNDLIYSASLLYKHQQDQGALTWAKRLADQYVLPRDAKTGLGVYQFTQALKREEPTDDADTHSKFGDRAQRQFGPEFGPTALEGNMMLKGRTSTLYSENALMQLQLGKDLGPQGQDLLKWTVDGLKAFAKYAYNDQDNTFRPMIANGQDLSNYTLPRDGYYGKKGTVLKPYKAGNEFLISYARAYAIDNDPLLWKVARGIANDQGLGDIGTAPGKEVKVNMDTTNSDPYALFALLDLYHASQVADYRKLAEKIGDNIIKIRYIDGFFMASSDRQYADVDAIEPYALLALEASLRNKPQAVAPFLNGAGFTEGAYRMDDGSARVSTRDNELFLLNV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Family 2 Pectate Lyase Displays a Rare Fold and Transition Metal-Assisted -Elimination.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lyase
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| source organism |
Yersinia enterocolitica
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| molecule keywords |
PECTATE LYASE
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| total genus |
194
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| structure length |
535
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| sequence length |
535
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| ec nomenclature |
ec
4.2.2.2: Pectate lyase. |
| pdb deposition date | 2007-08-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase | ||
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb | ||
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1FT2 B; 4M76 A; 1N4R B; 1SQC A; 2SQC A; 2WY8 A; 1O1R B; 3OXU A; 1GXN A; 1GSZ A; 3DSU B; 5FO7 B; 3HXF B; 1LD8 B; 1MZC B; 4KKJ A; 2V3N A; 2V8K A; 2BBC A; 2G02 A; 1N4P B; 2ZIR B; 4GTM B; 3C72 B; 2BB6 A; 4GTO B; 5JPM B; 2V3P A; 4FXG B; 1FPP B; 2A73 B; 4GTS B; 1TN7 B; 4KKI A; 3DRA B; 1TNY B; 1N4Q B; 3D5S A; 4V1R A; 1D8D B; 5FO8 B; 3G6J B; 1S64 B; 1TN8 B; 3DSV B; 3EU5 B; 3Q79 B; 4D94 A; 2ZIS B; 2XWB B; 3CU7 A; 1O6R A; 1H3C A; 1H3B A; 2H6G B; 3Q7F B; 4ZRP A; 2V8I A; 4ZRQ A; 4ONT A; 3E33 B; 4D4C A; 2H6I B; 1QQF A; 4GTP B; 1W6K A; 1H36 A; 4D4D A; 1S63 B; 1D8E B; 1H37 A; 1O1S B; 3Q78 B; 5AGD A; 1JCR B; 4LNB B; 2I07 B; 5FOB B; 1H35 A; 5JPN B; 1O1T B; 1N4S B; 1TN6 B; 1O6H A; 1KZP B; 2GOX A; 3DSS B; 3EUV B; 3Q75 B; 4GTV B; 1X81 B; 4MBG B; 3RJ3 A; 2H6H B; 2BED B; 1DCE B; 1KZO B; 4GTQ B; 1H39 A; 4LNV A; 3D5R A; 3Q7A B; 1HZF A; 4BOK A; 3PZ1 B; 3DST B; 3PZ2 B; 1TNU B; 1LD7 B; 3PZ4 B; 1TNZ B; 1JCQ B; 2PMV A; 2V8J A; 3HXE B; 2XWJ B; 1TNB B; 4GTT B; 3OED A; 1O79 A; 3DSX B; 4L9P B; 1NI1 B; 1N95 B; 1GXO A; 4YDE B; 1GXM A; 1C3D A; 3HXC B; 4FXK B; 1H3A A; 1N9A B; 3PZ3 B; 4D4B A; 3SFX B; 1W6J A; 2IEJ B; 3SFY B; 1UMP A; 3KSL B; 2PN5 A; 2H6F B; 2XQW A; 1NL4 B; 1QSJ A; 3K7X A; 4D4A A; 1JCS B; 3KLS A; 1LTX B; 3SQC A; 3E30 B; 4LNG B; 3Q73 B; 3HXD B; 3KSQ B; 4C1S A; 4YDO B; 2WII B; 2BB5 A; 1TNO B; 1SA5 B; 3HXB B; 2G0D A; 4EHM B; 3E32 B; 1N94 B; 3KQ4 A; 1SA4 B; 2F0Y B; 3DPY B; 2WY7 A; 3E37 B; 2B39 A; 4BOJ A; 4ZH1 A; 4GTR B; 1R76 A; 2WIN B; 4MU9 A; 4V1S A; 1O5M B; 3DSW B; 3E34 B; 1QBQ B; 5FO9 B; 2R2L B; 1FT1 B; 1GHQ A; 2NOJ A; 1O6Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1G3Y A; 3QDE A; 1OYX A; 3O5Z A; 4Z02 A; 1JXM A; 2NUT B; 3EG9 B; 4ZG8 A; 1NYG A; 1SQC A; 4DOE A; 2E6Z A; 1GXN A; 1G2B A; 3VJP A; 5M7I A; 1TWC I; 4Y7N I; 4A4K A; 4PLL A; 3HSB A; 3OYE A; 1YHQ 1; 2DVE A; 4J7I A; 3M01 A; 2EQI A; 1WJS A; 2OOX B; 1FMW A; 3FEO A; 1VQM 1; 5CO7 A; 4FNV A; 1VQN 1; 3G71 Z; 1NZ9 A; 2KXD A; 3ON6 A; 1RLY A; 1CEM A; 1K9M C; 1SG5 A; 1VQ5 Q; 3NDJ A; 5LJ3 h; 3GTM S; 3CD6 T; 3GTP I; 2CKK A; 2B86 A; 1M90 1; 1VQL 1; 2Z0W A; 3RDV A; 3CCV T; 2LQK A; 1VQ7 A; 1MHN A; 1K1Z A; 2QNO A; 5D6X A; 2Q4Z A; 4MDX A; 4PJO C; 2KSS A; 1QMC A; 1RAG B; 1Q7Y C; 1FXX A; 1O1S B; 3M78 A; 3E9G A; 5IT9 b; 1IGQ A; 5CK9 A; 5I11 A; 2JN0 A; 3QBY A; 2IIM A; 2I07 B; 4PJO G; 4II1 A; 1U3O A; 4KRT A; 2V1Q A; 4XU3 A; 3WKG A; 1O6H A; 3CC4 Q; 4GTV B; 1X81 B; 1WJR A; 3M4O I; 4AYO A; 1TUG B; 3MO8 A; 1DCE B; 1VQK Z; 3MPU B; 1UT9 A; 2RMO A; 3KXT A; 4HKE A; 3EH2 A; 3WIW A; 3MEV A; 1GLM A; 1O75 A; 3RNJ A; 3J81 E; 3EHQ A; 4E33 A; 1HYO A; 5LJ5 j; 2K5R A; 1EFN A; 2COY A; 4EL8 A; 3A3V A; 3OYD A; 4FYX B; 2E4H A; 5C0M A; 5J3B A; 3URG A; 8ATC B; 2JS4 A; 2RQV A; 2JVV A; 4O5V A; 1ZSZ B; 5D1P A; 3OA6 A; 2QKD A; 3H7L A; 1X6O A; 3OYA A; 3S9V A; 3SFY B; 3O8V A; 3X20 B; 1T0J A; 3G71 1; 3VRZ A; 1YNZ A; 2V1R A; 4OB1 B; 1M1K 1; 1GAI A; 1YJN T; 1IHV A; 1VYV A; 2YT6 A; 2KK4 A; 1Q95 G; 1JS4 A; 2QXF A; 3V8J A; 4WCI A; 5IH2 A; 3TSZ A; 4RTW A; 1Z9Q A; 1VQ7 Q; 5KYX A; 4V1S A; 3G6E Q; 3CMA Q; 3CIH A; 1YJW Q; 3M59 A; 1FT1 B; 2YRV A; 3RER A; 1KRL A; 2GFU A; 1UG1 A; 3CC4 T; 3M54 A; 2XK0 A; 1C6V X; 5CKD A; 3X28 B; 1I0C A; 2QDY B; 1GSZ A; 5IP9 I; 1ARK A; 2VYT A; 1JB0 E; 1MZC B; 1QWE A; 1JJ2 Y; 1ZHI A; 5E2J A; 4GTM B; 2FPE A; 4K11 A; 1BI1 A; 3OW2 Z; 2IVW A; 2K79 A; 2BZY A; 4FUS A; 3V7S A; 1ZSZ C; 2OTJ Z; 2IZ4 A; 1TWH I; 1VQ9 T; 4V1R A; 1Q82 1; 1D8D B; 5HK0 A; 1KFZ A; 2EQJ A; 2LCS A; 3L2W A; 3JB9 D; 1C82 A; 4LDY A; 1QVF S; 1IS9 A; 1KC8 2; 2F1L A; 2F4O A; 3WKH A; 4NBC A; 5GAN 3; 1F9G A; 1RO0 A; 4Q88 A; 1PNJ A; 2F69 A; 3HOV I; 1UB4 A; 3TRE A; 2HQE A; 2NVX I; 2K3R A; 1S63 B; 1IA6 A; 3H0I A; 3QFY A; 4QTU A; 1KJW A; 1K73 C; 3EGD A; 2A3L A; 4J83 A; 3JB9 F; 3G6E T; 3PMT A; 3CMA T; 3CCL A; 4NBF A; 3CPW S; 4J5T A; 1YJW T; 1WU4 A; 1M2O A; 4CC4 B; 2K2M A; 1M2V B; 1V7V A; 3NMZ C; 1HSQ A; 2FV0 A; 3CCV 1; 2DK3 A; 2L3Q A; 5GAO m; 1WX6 A; 1X43 A; 2PVD B; 5CIU A; 1M3B A; 1D1C A; 1YN8 A; 1PWT A; 5FU7 B; 3W7S A; 4OMF B; 2ZPF B; 3M0S A; 3BE3 A; 5IT9 f; 3S4B A; 2ECZ A; 2F6D A; 3WKF A; 3W5M A; 3VUZ A; 1S72 T; 1KRE A; 3QWU A; 4KGV B; 1X1I A; 5AT1 B; 4QW2 A; 2DEQ A; 2HD0 A; 2OZK A; 2XDP A; 4M7D B; 2RQW A; 4FT4 A; 3CCM A; 1YIT A; 3G4S Q; 4FXK B; 3ACT A; 5M9O A; 3VMI A; 3AT1 B; 3QYH B; 4RCC A; 1UMP A; 2OTJ 1; 5GAN 2; 3OYN A; 5LJ3 j; 3IX0 A; 5CAI A; 3J7A F; 1VQP T; 2FVU A; 5LL6 S; 1RWC A; 1BU1 A; 4JUV A; 2X4X A; 4A93 I; 1NE8 A; 1K8A C; 1H3H A; 2F0Y B; 4ME7 A; 3JB9 J; 3RES A; 2B39 A; 3HOZ I; 5KCH A; 4JLI A; 2YDL A; 3BFM A; 3QDF A; 3RSY A; 5KE3 A; 4FYW B; 1N7N A; 1RAE B; 3L2U A; 3MP8 A; 3UA6 A; 1GA2 A; 4RG8 A; 2W03 A; 1KQS P; 3T9N A; 1XOV A; 3A1P A; 4NFR A; 2VXF A; 4J7F A; 3EFO A; 4DEY A; 2RHU A; 2COW A; 3CCS Q; 2QA4 A; 1X01 A; 4RG2 A; 1R0C B; 1VYU A; 2XU8 A; 3IQL A; 3GTM I; 3S1N I; 1NJI 1; 4L6V 5; 4MZM A; 4FXG B; 2KXC A; 1N21 A; 5AN9 F; 2RA2 A; 4RUG A; 4M7D C; 1V7X A; 2RI5 A; 5D1O A; 3CCQ A; 4XU0 A; 2CS7 A; 3HOU I; 1S7M A; 1TNY B; 1KFG A; 1ACM B; 5ILJ A; 3G4S T; 3CC7 T; 5EG2 A; 3S4C A; 4M7D G; 3FKI I; 5GMK j; 1N1Z A; 2LJ1 A; 1OU8 A; 2KYM A; 3CCM Q; 3PVL A; 2FL7 A; 3NH5 A; 2SRC A; 2GTH A; 1VQ9 1; 2VUG A; 2P0Q A; 2JUB A; 4ZGE B; 2D5J A; 2GZ6 A; 3SWN A; 5EAU A; 2QDL A; 3TDH B; 3GTJ I; 1JWH C; 1TWB A; 3MP6 A; 4PLI A; 4DOW A; 3NH8 A; 5KYU B; 2ONG A; 2E9H A; 2RBL A; 3OS1 A; 2A08 A; 1W2B P; 2DRO A; 4BE2 A; 4F7U F; 3RJ3 A; 4CE7 A; 2DF6 A; 2RHX A; 3CCS T; 1I3Q I; 1YUA A; 3HOY I; 4A3K I; 1RWH A; 2OAW A; 2BJO A; 2Y0S A; 4F7U E; 3CCR Q; 2K3X A; 2EGT A; 3CCJ Z; 2F2X A; 4L9P B; 2LMJ A; 2JA7 I; 1RAF B; 4N0A C; 2KYB A; 1NXC A; 1MV0 B; 2IEJ B; 4KUI A; 4EMK C; 2K5I A; 2PN5 A; 3K7X A; 1NL4 B; 4RNQ A; 4HVV A; 1AWJ A; 3VSN A; 3M76 A; 4F7U A; 4C1S A; 4YDO B; 5GW7 A; 4RVF A; 1S72 1; 3NGP A; 1TNO B; 3CCE A; 4EHM B; 4IKF A; 4ZGJ B; 3DPY B; 1VA7 A; 3E37 B; 3OS0 A; 2E7Z A; 3RKW A; 4XX2 A; 4C0Z A; 3VS7 A; 4BB7 A; 4ELZ C; 3HKZ A; 1ZX6 A; 3CME T; 2EBP A; 4F04 B; 4F17 A; 1N9R A; 1PSE A; 2PM9 A; 2JA8 I; 1VQP 1; 2CQS A; 2RB6 A; 3NNB A; 1KHI A; 1TTH B; 2AHG A; 3X24 B; 4NB9 A; 1QVF A; 4A53 A; 4FW1 A; 1R77 A; 1ZQ1 A; 4EPC A; 1OJP A; 4GAX A; 4N4G A; 4VUB A; 2PMZ A; 4OML A; 3LWH A; 2GBQ A; 3KFV A; 1OJM A; 2F2V A; 2JS0 A; 5IL8 A; 3G1J A; 3H41 A; 3CCR T; 4C8Q C; 4PFZ A; 1HV6 A; 2GTO A; 1VQM A; 1KC8 R; 4J9H A; 1F1B B; 1VQ4 A; 1VQN A; 4NBG A; 2VUB A; 3QFZ A; 2DD5 A; 1WU5 A; 1U06 A; 3CPW A; 1JJ2 S; 1D1B A; 4C8Q G; 4FL6 A; 1V7W A; 3I55 T; 2CYZ B; 2E2J I; 1IZ6 A; 3WC3 A; 1BIA A; 4M77 D; 1U8R A; 1VLA A; 1Q86 U; 4UC4 A; 4JZ3 A; 1BCO A; 2E2H I; 1MMN A; 5KKB A; 3CCL Z; 5DGQ A; 1V1C A; 2FPF A; 1ZA2 B; 2H6I B; 2C0O A; 4GTP B; 1KQS Z; 2R93 I; 3W7U A; 3H0H A; 4BI8 B; 4HVU A; 4DBF A; 3CC7 1; 3E19 A; 1YP5 A; 3H8Z A; 5CKF A; 1N1B A; 1YJ9 Z; 4NBD A; 3PMM A; 2WAC A; 5JMF A; 2LJ3 A; 4A3F I; 1KSD A; 1D1A A; 2XKO C; 4M77 F; 1K9M 1; 2LNH B; 1N4S B; 1KKT A; 3MON A; 3X25 B; 3C4S A; 2HMA A; 1YBY A; 2JMC A; 2DLP A; 2AKL A; 2E3I A; 3SDV A; 1KZO B; 2X51 A; 3M4G A; 2NVP A; 1E6H A; 1NM7 A; 1XJW B; 2EJ9 A; 3CQT A; 4CJ1 A; 1M90 R; 2IG0 A; 5IXB A; 1FYN A; 2FBA A; 3PZ1 B; 2VKN A; 1KHC A; 1WHM A; 1TNU B; 3M9Q A; 3E9F A; 2JTF A; 2DL3 A; 4AFQ C; 3DKM A; 1N27 A; 4PJN A; 1Q7Y 1; 4C92 C; 3CXC Y; 2QTV A; 4F16 A; 2HSE B; 4FIB A; 3X17 A; 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3ZL7 C; 1G6I A; 3MKD A; 1YHQ T; 2XID A; 3QPF A; 1QYP A; 4M7A G; 5FO8 B; 1LCK A; 2COZ A; 1TN8 B; 4WVB A; 2CZ6 B; 1H3Z A; 2L3R A; 4MZT A; 3QPH A; 1KWF A; 3LZ9 A; 3RKX A; 4MD7 A; 4M75 C; 4DGL A; 4JJD A; 1O6R A; 5FRO A; 3QWX X; 3WUX A; 1H3B A; 2V8I A; 1AHJ B; 4TXT A; 3HRS A; 3NPF A; 1OX9 A; 3H9N A; 3I56 Q; 2O9S A; 3CCU Z; 1UEC A; 3G71 Q; 1W6K A; 4M75 G; 1VQL T; 4BAC A; 4XU1 A; 1H37 A; 1HXD A; 1JU5 C; 3G4D A; 2GCX A; 4JZ4 A; 1X1H A; 3E1S A; 1WYX A; 3REA B; 2OTL 1; 1YI2 1; 3MEU A; 1AA6 A; 1XTD A; 2EQK A; 3CD6 A; 3MZL B; 2IPO B; 2KRM A; 4JJC A; 1Q82 R; 3OQ5 A; 3CCV A; 5DLO A; 2H6H B; 2IZ3 A; 1YUK A; 2CDT A; 1QWF A; 1HZF A; 4KT0 E; 2AT1 B; 3PTA A; 1M1K U; 4WF2 A; 2EAD A; 1GAH A; 4C5H A; 4A3E I; 2LP5 A; 1TNZ B; 2MK5 A; 2L5Q A; 1D09 B; 3I5S A; 5DHI A; 1O9S A; 2G6F X; 1OI1 A; 1K73 1; 1YIJ 1; 4MDW A; 2JMO A; 1D3B A; 1W1F A; 4MMH A; 1VQO 1; 1SSF A; 1MNE A; 1AEY A; 4EMH A; 3NFC A; 3CCE Z; 1H3A A; 1WQ7 A; 3SHW A; 3QYG B; 4E2F B; 1M5Q 1; 5I2M A; 1Q81 U; 4QVD A; 4QTT A; 1Q86 1; 3GT5 A; 2F5T X; 2LEX A; 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