3E66A

Crystal structure of the beta-finger domain of yeast prp8
Total Genus 85

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
PFLNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Splicing
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Crystal structure of the beta-finger domain of Prp8 reveals analogy to ribosomal proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PRP8
total genus 85
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12134 PRP8_domainIV PRP8 domain IV core
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e66A02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e66A01
4JKGA 3E66A 3E9LA 4JKGB 4JKEA 3SBGA 4JKCA 4JK9A 4ILJA 4JK8A 3E9OA 3ENBA 3SBTA 4JKDA 4JKAA 4JKBA 4ILHA 4JKFA 4JK7A 3E9PA 4ILGB 4JKHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LBBA 1RDWX 2OZSA 3RMAA 2WC9A 2P9IA 2VQEK 4RW9A 1WSHA 1M90O 4ISGA 4CJRA 5JMVA 4B9NA 3L2VA 2D11A 4DR2K 4F7GA 5BN9A 4J8FA 4IKFA 1B9FA 3CJCA 2Q97A 3THVA 4CYEA 4HCBA 1J53A 1BWFO 1Q18A 1SKWA 2HB5A 3D45A 5C12A 1T6CA 2P9KA 2G8IA 4JK9A 1GG3A 4OPAA 1IJJA 3PSIA 3C0BA 3DXKA 3CCVN 2KZZA 4FLXA 3SMSA 4LFAK 3ZSYA 4CESA 4B9VA 2A41A 1BIZA 3F9MA 3EPYA 1KC8O 5HRRA 1RT6A 4CGIA 4CF1A 3QDKA 4CZIA 2J4RA 3FFKB 1HNZK 2DFHA 1LW0A 4BG9A 5I3UA 3KJVA 5M1NA 1C1AA 2QKKA 2FXUA 3CPEA 1N8RO 3M6GA 2FC0A 4YORA 2QEXN 2O8DA 2YNFA 4JHDB 3DLHA 5AQSA 4K25A 3X23A 2E8AA 2QA4N 2Q0RA 4FL9A 3NF7A 3OY9A 1VQ6N 2E2NA 3NH2A 4LH5A 4FJNA 1RDBA 5AZJA 4G1QA 4GVEA 4FZXC 2FSJA 5HRNA 4H0TB 4PKGA 4Z4GA 1K6YA 3JAMO 4CZGA 2PY5A 1ISNA 1BU6O 4RG8A 3WEEB 2HNDA 4DV5K 4KHSA 5AQTA 1JLEA 3I0SA 3SJHA 4FLZA 5AR0A 5J2NA 3EKSA 1EP4A 2I1JA 5I9EB 4FJ8A 3ID8A 1VRUA 2ZD1A 4OKKA 3WUHA 4CJWA 3SJJA 1VAZA 4PL8A 2YHAA 2F8SA 4DR1K 1HYZA 4CK2A 4O5BA 4ZRJA 4CE9A 4CF9A 1ACAA 1IBLK 2D10A 2F96A 3VETA 3ENBA 3CC2N 4NXNK 3MEEA 2FJ9A 2G8UA 4DTSA 5FPNA 1I39A 1FW6A 1HNWK 4DSEA 3THYB 1J9AA 1K8KB 2P9LB 1GLEG 1YVUA 4KHQA 1XHZA 2JWLA 4H4OA 1ASVA 4BROA 4DXAB 2YHWA 5AQXA 2V7ZA 4FLVA 1KSPA 4B1WB 3CQXA 3T1YK 3LP2A 4A59A 4DV6K 1YUWA 1BIUA 1FK9A 3UKRB 2UUCK 1BA1A 1CLQA 3AA5X 4E7JA 4DCHA 2NRTA 2P9SB 1QVGM 3S3NA 1W2BM 4GV9A 2BTFA 3HP9A 1NK4A 3AO4A 4DQ8A 3OYNA 4KHWA 4FYDA 3VEXA 1EWRA 1L3TA 4DSJA 1HYVA 1X9MA 1D9DA 4IWVA 1KAZA 4CHOA 5BPLA 3MXIA 1GLJO 1DTTA 3L4QA 4HUGA 4DFKA 4NCGA 3LL3A 1JJ2M 5AQZA 3VPZA 3MN9A 3FZMA 1SKRA 3OYJA 1N34K 1S5JA 4HWIA 2WOMA 3SMPA 4IOXA 1YAGA 5HBMA 4JS5A 3ZDTA 2YCHA 4I2QA 1VSMA 1DIKA 4BGAA 4B3OA 1C6VA 4H4MA 3R1XA 1U6ZA 3IG1A 3VGKA 1XMQK 4BRIA 2H3GX 4BACA 4Z4CA 4FJIA 2FF6A 3CCMN 1T3VA 4JNEA 4CERA 3IUCA 3AVHA 1S72N 4DQRA 3ZSWA 4ZRKA 5KQDA 2O8EB 2QWPA 4IG0A 5FRNA 3U8XA 4H5NA 5M1PA 4CZFA 1VQLN 1NKBA 2LSNA 3F73A 1EWQA 3O3GA 3L2WA 2E5LK 3BZKA 4A5AA 2V51B 2HMIA 1GLCG 1T7PA 1NOZA 5HRSA 4JI2K 5BPNA 3A5MC 4KO0A 2D0AA 4CEQA 2P51A 1NK9A 2J0JA 3FE1A 4AHCA 1TL3A 1WSGA 3M8QA 4DV3K 3AARA 2VQFK 1JL2A 5J2MA 1S1WA 5M1OA 3H6EA 1Q81O 1Y97A 4MLEA 3TTDA 2HW3A 1U2VB 3CIPA 4DTOA 4BQLA 3SAFA 2RN2A 4BR4A 4JYAK 5AQQA 2CH5A 5DM6L 1NBWA 3S41A 3WNFA 3ZEUA 1RNHA 1BHLA 1P8ZA 1TYQB 2HMPA 3QMLA 3NF9A 4M63C 4FJGA 4BVOA 3IAYA 1QS4A 3O1WA 3LP3A 1K8AO 4DB3A 4H0YB 3OYCA 3QIPA 3OJUA 3DLRA 4U67L 2HHHK 4Z4IA 5IT9O 3AVLA 3AVAA 2WFBA 3CJ9A 4DSLA 2AL6A 2YVCA 2PZSA 1ZBUA 2W41A 5AZJB 1HLUA 3TWHA 3KK3A 3LAKA 4PY5A 3LDQA 3AV9A 4YNQA 4OKEA 2GWJA 4JKCA 5JS2A 1RDUA 3MECA 5GAGP 3RMDA 2YHYA 1JDEA 2YI1A 3P39A 3ULEA 3O9SA 2YHXA 1Y19B 2FBTA 1Q9YA 4HDOA 4I6MB 5MLCQ 1RGIA 3C6AA 3HL8A 4H5RA 5DK5A 3J8AA 4ZTFA 4OLAA 2A5XA 1B9DA 3U3GA 2VG6A 2ZJQL 3A5LC 4DTRA 3J7AP 4CBUA 3AU4A 5AQFA 2DTUA 5AQIA 3D2EB 1YTAA 1W0HA 1BOTO 4B8CA 1NJIO 3EL2A 4N41A 4AHSA 2UUAK 3H1VX 4B1XB 4YHHK 4L3QA 4TKNA 1S22A 5JVLA 1X3NA 1EX4A 2E1ZA 3H46O 3CQYA 4KHYA 1JLFA 2YX6A 3NVKA 3MK6A 3THWA 3FZKA 1REVA 5FPDA 3ATUA 2VWKA 2ASOA 2DFEA 5CZ2A 1FKPA 1MK7B 3LDPA 3NGYA 2X6NA 3AVFA 1HR0K 1EO1A 2CQUA 4FW2A 4B3TK 2W42A 2FBXA 4PQUA 3O4WA 1L3UA 1KXPA 3G71N 3S3MA 1EXQA 3CM6A 4RCHA 3TSUA 4IO8A 4NYNA 4M3XA 1HKGA 4BE0A 4DSFA 3CCSN 1NG9A 4Q0BA 3HSCA 3VN5A 3MEGA 1JLAA 4YOTA 3LZJA 3PLAA 3ZCMA 3UIQA 1OH8A 4K43A 3SK3A 2Z1HA 4OKJA 4HCCA 3KIOA 3DXMB 3OYMA 3RSEA 1N33K 4OO1J 1NK7A 4WQ5C 3TSPA 3L6QA 3KKRA 5FPEA 4K0KK 3SLCA 4JKFA 1IKYA 3ULDA 4BY9C 3ZT4A 4HVJA 1HQUA 3AA4A 4ELVA 1XC9A 2P9NA 2OTJN 3OS2A 4BRCA 2UXBK 4JHDA 2OZMA 3M3ZA 3K5NA 3TU5A 3J7ZO 4DV0K 4A61A 1BGXT 1ATNA 4JKAA 1NGEA 1TGOA 2D5RA 4DF8A 3GBTA 5HLFA 1HNXK 3HI0A 2P9PA 3DLEA 3ZSQA 3TPQA 5LY3A 4E89A 4LFBK 4W5NA 2YHBA 1JLGA 3PY8A 1IKVA 3OYFA 3FR0A 2HSTA 4KB1A 2XY5A 4CHZA 2GX9A 4YDUC 4FK0A 3TAGA 3BZCA 3WEEA 4Z4HA 3AO1A 1RTHA 3VQBA 3C6HA 3QEXA 3KK7A 3G6EN 4A62A 3IRXA 4HTUA 4GW6A 3ALYA 5E26A 4YOWA 2PYLA 4ILHA 3O9RA 3P4IA 4O8KA 2P9UB 1X9SA 1JCFA 1CZBA 2IVOA 2GUPA 2D1KA 4NXMK 3ZT1A 3R6MA 1GLLO 3VOVA 1WN7A 4CFDA 4CEZA 5F2RA 3UB5A 3OYIA 4O8UA 3IKMA 5KPZA 3NFAA 4FWPA 1VSIA 2JGUA 4J2EA 3THYA 1FKOA 2VWBA 2YJFA 3ZEUB 3VEYA 1GLDG 1K8KA 4JK7A 3AO2A 2D2QA 2X0SA 4KKOA 3VEWA 2J0KA 3NHGA 1RT4A 1VSEA 5GAHP 1E4GT 1T05A 3NDKA 3TR8A 1WAFA 4CEOA 3TANA 3L0QA 3AVKA 3K0SA 1KQSM 1VQ7N 3UKRA 5KTQA 1HJOA 2A40A 4BGBA 1CZAN 3WXJA 3QNNA 4AILC 3MAQA 4ID1A 3SUNA 2P9SA 3GOIA 5EY4A 3CM5A 4YY3K 5IJMA 2YNGA 4ILGB 1BO5O 1KFDA 1LAWA 4BE1A 2UUBK 4ELTA 3A2FA 4Y0WA 3NGIA 1Q8IA 4MO4A 3LDLA 3R8EA 2BUPA 1YITN 1MDUB 4N5SA 3ULEB 4GKJK 3MX5A 3OVNA 5C15A 1ZBLA 1LWCA 2XHBA 4CGJA 5AQJA 4CZLA 4ZHRA 3E01A 4EIAA 4DV4K 4FCYA 4BR5A 3OYDA 3OW2M 4JV5K 3J80O 3FLCO 2KQ2A 2V7YA 4YL8A 3G4SN 4JI8K 1W7AA 4DKWA 1U04A 3ZLJA 3OYKA 4G9ZA 3VQPA 1U47A 1G15A 5AQOA 2HVIA 4CJSA 1S9EA 3EY1A 3SQ4A 3A5NC 4DQQA 1NNEA 3PV8A 4M7XA 3SQ0A 3DRSA 4V19S 2O8EA 4M3ZA 2KFNA 4XH5A 3H3NO 4CHPA 5EXWA 3KK1A 1ZBFA 3U4LA 1NGDA 2EMTA 2E4LA 4WE1A 3SQ1A 4B9QA 3AA3A 3V1OA 4HDQA 4BRQA 5BREA 3KZBA 3LDNA 5CY4A 1SGHA 4CVNE 2CGJA 4I9LA 2QWOA 4GY2B 5JLHA 3G0ZA 4AH9A 3T69A 2OPQA 3OTOK 4CZJA 3HM9A 4WFNL 1VQNN 4FJHA 4BRFA 3I8BA 5JVHL 2HHUA 3ZSOA 3I0RA 3E9PA 1QSLA 4H5TA 1KVAA 4DTUA 5H1SQ 3NBPA 3BF1A 1JKHA 1TK0A 3OS0A 2KW4A 4HHTA 1P90A 1U2VA 4CEDA 4GV3A 1NK0A 1QHAA 3HJFA 1HUXA 3WNGA 1RDDA 3O4QA 3NMUA 2KZMA 3RSEB 5M1QA 3CJAA 3AO3A 3AU5A 5FPMA 3UKUA 1TYQA 4FSVA 5M1FA 3LP0A 3P1GA 3V81A 3QEVA 1RBRA 3F2KA 2A1RA 4FK2A 4CIFA 2PBDA 2P9NB 4M3YA 4Q5VA 5KPRA 5GADP 5D3GA 4KRFA 2IVNA 3NAEA 4H0PA 1R0AA 1IO2A 2E6MA 5DM7L 4C8KA 1C0UA 3T1AA 1QHTA 4UQGA 4FPBA 2P9PB 1N32K 5KGWA 2ASPA 4AHRA 5ADXH 1XQSC 3K57A 2HBJA 3I33A 3KTQA 5JVGL 3VF2A 3BINA 3QEWA 2R82A 4YOYA 2HVHA 2HHTA 4DUZK 3K59A 3RMBA 2PAVA 2IC3A 1TKDA 4M3WA 4I6MA 4CJQA 1KVCA 4OGEA 4OPKA 4RTFD 4JEPA 4FW1A 4FOEA 4E1MA 3V4IA 4C1NI 4CHNA 4FZYA 3O08A 3U9DA 3LWMA 3D2EA 5IWAK 4LC9B 2WONA 1GC6A 1HB6A 2E88A 3V9UA 4WFBL 4LSLA 3U9ZA 3GG4A 1NJYA 3VQ5A 4PL7A 3L2RA 4NLBA 3LWLA 1GGOA 5J2PA 4DF4A 1JCEA 3U7DA 5HRPA 1TAUA 5ELZA 3CCJN 2VG7A 1G99A 4FZZA 4DS4A 4EZ6A 4KHPK 2Q36A 3E1YA 4FWLA 2B6AA 4DG1A 3MN7A 3SBGA 1YJWN 4IDHA 3L3VA 5FROA 1BISA 2NNWA 2W40A 4B9MA 2Q3SA 3IVFA 2HNYA 3CERA 2WBNA 1Y64A 4KV8A 2KFZA 3CCEN 3QBXA 2F9TA 5K14A 3VERA 1T44A 3ZX0A 3C65A 4EHUA 4BE2A 2O8BB 4CI6A 3P31A 3A0IX 2XRIA 1LCUA 2D0BA 1V4SA 2NRZA 3E9LA 4B1ZA 2FSNA 1M1KO 2QW9A 4TSXA 4ILJA 1S1UA 3SBTA 3DXMA 4IJNA 3ASMA 4IJAA 3THXB 4JLHA 3MCAB 1Q7YO 1SV5A 2ZE2A 2BGGA 2F4VK 5CR4A 2ASMA 3EEQA 1HBKA 4Y1CA 4BRHA 3DRPA 1RT2A 3TABA 3QB0A 3SZ2A 2QWLA 1D9FA 1HYSA 4C8NA 4E7IA 4F2RA 1UA0A 3R3LA 4FWMA 1NK5A 2KLAA 3K5MA 1A5XA 5AQWA 3P38A 2XY8A 3H08A 4K41A 4ID5A 2RPIA 1NVLA 2WUSA 4DFMA 4Z94A 5C2DA 3LANA 1ZC6A 4FJMA 1YXQA 1RDAA 4GMJB 4AHUA 5AQLA 2OPPA 3MMVA 4BRAA 3HT3A 1EKEA 4JK8A 4DFPA 3SV3A 4IOAL 5E84A 3EYZA 1X9JA 1K9MO 4CF2A 2G8VA 1NK6A 1BI4A 1C1BA 2HBMA 3PO4A 3PSFA 1YIJN 2KKZA 1WB9A 4A2AA 4BRKA 2P5GA 2P9UA 4JRQA 3DRRA 1WNSA 4FO0A 4DV7K 4QOZB 2NRVA 5J1EA 2XY7A 4OLBA 1NU0A 4M41A 4CIGA 4LF5K 2YNIA 3VENA 2YKMA 4LF9K 3R9PA 2DFFA 4BC4A 3HOSA 3RRHA 5EVZA 3U3YA 4BR0A 3P5JA 4YOXA 2ZGYA 4DQPA 3KKSA 5GIPA 1N5YA 3NGZA 1HRHA 1BQNA 1MU2A 4BRDA 2Y1JA 3QIOA 4FWNA 3UKUB 3ZSZA 3CC7N 3L3UA 2DIKA 4JI0K 4JD2B 1JL1A 3ZSRA 4FJLA 4ISFA 4JKHA 4N56A 4BDYA 1EQYA 4DQIA 1NM1A 1UOCA 3TTCA 4FWSA 3HVRA 1U45A 4DFJA 2YV0X 3LZIA 1VSKA 1TAQA 1UA1A 1GLBG 5AQNA 3KLIA 4EAHD 3ATVA 3WQTA 4IZ9A 3CFRA 5HOOA 3TTFA 1R59O 2E20A 2BDPA 4MQ3A 1TKXA 3K2PA 3VQAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKG A;  3E66 A;  3E9L A;  4JKG B;  4JKE A;  3SBG A;  4JKC A;  4JK9 A;  4ILJ A;  4JK8 A;  3E9O A;  3ENB A;  3SBT A;  4JKD A;  4JKA A;  4JKB A;  4ILH A;  4JKF A;  4JK7 A;  3E9P A;  4ILG B;  4JKH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2LBB A;  1RDW X;  2OZS A;  3RMA A;  2WC9 A;  2P9I A;  2VQE K;  4RW9 A;  1WSH A;  1M90 O;  4ISG A;  4CJR A;  5JMV A;  4B9N A;  3L2V A;  2D11 A;  4DR2 K;  4F7G A;  5BN9 A;  4J8F A;  4IKF A;  1B9F A;  3CJC A;  2Q97 A;  3THV A;  4CYE A;  4HCB A;  1J53 A;  1BWF O;  1Q18 A;  1SKW A;  2HB5 A;  3D45 A;  5C12 A;  1T6C A;  2P9K A;  2G8I A;  4JK9 A;  1GG3 A;  4OPA A;  1IJJ A;  3PSI A;  3C0B A;  3DXK A;  3CCV N;  2KZZ A;  4FLX A;  3SMS A;  4LFA K;  3ZSY A;  4CES A;  4B9V A;  2A41 A;  1BIZ A;  3F9M A;  3EPY A;  1KC8 O;  5HRR A;  1RT6 A;  4CGI A;  4CF1 A;  3QDK A;  4CZI A;  2J4R A;  3FFK B;  1HNZ K;  2DFH A;  1LW0 A;  4BG9 A;  5I3U A;  3KJV A;  5M1N A;  1C1A A;  2QKK A;  2FXU A;  3CPE A;  1N8R O;  3M6G A;  2FC0 A;  4YOR A;  2QEX N;  2O8D A;  2YNF A;  4JHD B;  3DLH A;  5AQS A;  4K25 A;  3X23 A;  2E8A A;  2QA4 N;  2Q0R A;  4FL9 A;  3NF7 A;  3OY9 A;  1VQ6 N;  2E2N A;  3NH2 A;  4LH5 A;  4FJN A;  1RDB A;  5AZJ A;  4G1Q A;  4GVE A;  4FZX C;  2FSJ A;  5HRN A;  4H0T B;  4PKG A;  4Z4G A;  1K6Y A;  3JAM O;  4CZG A;  2PY5 A;  1ISN A;  1BU6 O;  4RG8 A;  3WEE B;  2HND A;  4DV5 K;  4KHS A;  5AQT A;  1JLE A;  3I0S A;  3SJH A;  4FLZ A;  5AR0 A;  5J2N A;  3EKS A;  1EP4 A;  2I1J A;  5I9E B;  4FJ8 A;  3ID8 A;  1VRU A;  2ZD1 A;  4OKK A;  3WUH A;  4CJW A;  3SJJ A;  1VAZ A;  4PL8 A;  2YHA A;  2F8S A;  4DR1 K;  1HYZ A;  4CK2 A;  4O5B A;  4ZRJ A;  4CE9 A;  4CF9 A;  1ACA A;  1IBL K;  2D10 A;  2F96 A;  3VET A;  3ENB A;  3CC2 N;  4NXN K;  3MEE A;  2FJ9 A;  2G8U A;  4DTS A;  5FPN A;  1I39 A;  1FW6 A;  1HNW K;  4DSE A;  3THY B;  1J9A A;  1K8K B;  2P9L B;  1GLE G;  1YVU A;  4KHQ A;  1XHZ A;  2JWL A;  4H4O A;  1ASV A;  4BRO A;  4DXA B;  2YHW A;  5AQX A;  2V7Z A;  4FLV A;  1KSP A;  4B1W B;  3CQX A;  3T1Y K;  3LP2 A;  4A59 A;  4DV6 K;  1YUW A;  1BIU A;  1FK9 A;  3UKR B;  2UUC K;  1BA1 A;  1CLQ A;  3AA5 X;  4E7J A;  4DCH A;  2NRT A;  2P9S B;  1QVG M;  3S3N A;  1W2B M;  4GV9 A;  2BTF A;  3HP9 A;  1NK4 A;  3AO4 A;  4DQ8 A;  3OYN A;  4KHW A;  4FYD A;  3VEX A;  1EWR A;  1L3T A;  4DSJ A;  1HYV A;  1X9M A;  1D9D A;  4IWV A;  1KAZ A; 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