The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
81
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sequence length |
257
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structure length |
257
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Chain Sequence |
EPYLSSQNYGELFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILADYGKKNNVNVASLTQSEIRDIILGMEI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and function of an RNase H domain at the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
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| molecule tags |
Rna binding protein, splicing
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
81
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| structure length |
257
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| sequence length |
257
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-08-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF12134 | PRP8_domainIV | PRP8 domain IV core |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Acyl-CoA Binding Protein | Acyl-CoA Binding Protein | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JKC A; 4ILJ A; 4ILH A; 4JKB A; 4JKE A; 3E66 A; 3SBT A; 4JKH A; 3SBG A; 4JKG B; 3ENB A; 4JKD A; 3E9O A; 4JKA A; 3E9L A; 4JK8 A; 4JK7 A; 4JKF A; 4JK9 A; 3E9P A; 4ILG B; 4JKG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3WA0 A; 4DQ8 A; 4RW4 A; 3U9Z A; 1U4B A; 3AO1 A; 4EKU A; 3QEI A; 3L0Q A; 4H5W A; 4YOR A; 3CMA N; 4CHO A; 3QIO A; 2HHT A; 4E1N A; 3W3D A; 1Z6R A; 1OH7 A; 1Q86 O; 1LWC A; 1ZBH A; 1W0H A; 4JKD A; 2W6K A; 3KLG A; 1NK0 A; 4BDY A; 2GUP A; 5IWA K; 1BIS A; 2R82 A; 4IOC L; 4J2A A; 3IDH A; 1NM1 A; 3HSC A; 4CEZ A; 4K25 A; 1S5J A; 1KC8 O; 3O9U A; 3HJF A; 4BR9 A; 3OS2 A; 1BDG A; 4H03 B; 4PWD A; 4B1Z A; 4F4K A; 1RT3 A; 3SYZ A; 4F9O A; 1ASU A; 3AVB A; 4LD0 A; 2KQ2 A; 4XH1 A; 2O8E B; 1NGI A; 2P9I A; 4TSX A; 1Q9X A; 2XY5 A; 2E8A A; 3KWI A; 1IJJ A; 4DV3 K; 3VGL A; 3WNH A; 2BDP A; 4AF1 A; 4KAZ A; 3PVL A; 3KIO A; 3P39 A; 5BRE A; 5LY3 A; 1ZBF A; 3TAG A; 3PX6 A; 3CJ9 A; 3VER A; 1NG9 A; 4KRF A; 5JIC A; 2CGK A; 2FDQ A; 1LWF A; 1YJ9 N; 4Z4G A; 2P9P A; 4KO0 A; 4FLT A; 1YI2 N; 1RGI A; 1BGX T; 1UOC A; 2IVO A; 4KH6 A; 5C2F A; 2G8K A; 4FZZ A; 2VCP A; 4BDP A; 2KW4 A; 3D45 A; 4LY7 A; 1EKE A; 2GWK A; 3CC2 N; 1HNV A; 4WF9 L; 4OPH A; 3AVA A; 4UY8 O; 1HRH A; 5GAD P; 1U04 A; 3VQE A; 3VEZ A; 3V1O A; 3VQ4 A; 4NLC A; 3UKU A; 1XC3 A; 2VGN A; 4CHN A; 4I2Q A; 1DIK A; 1HJR A; 2F7T A; 3VQB A; 1RT7 A; 1KAY A; 1YUW A; 1A5V A; 3MN7 A; 1S1V A; 3WXM B; 1HKG A; 1CZ9 A; 1GGO A; 5BN9 A; 1FKO A; 3FZF A; 3DLG A; 2FBX A; 2X0S A; 1BCM A; 5A2Q O; 3KLI A; 2Q36 A; 4IZ9 A; 4CER A; 4QS8 A; 1KXP A; 1JKH A; 5FPE A; 2VWB A; 3H6E A; 2IIR A; 4L3Q A; 4BG8 A; 2A40 A; 2DFE A; 2A5X A; 1FKP A; 3D6R A; 1TKT A; 1LWE A; 5AQQ A; 4KBO A; 2YVC A; 1GOA A; 3ALY A; 4W5Q A; 4CHQ A; 3K2P A; 4MO5 A; 1WOQ A; 3AV9 A; 3O3G A; 1HKC A; 3HXM A; 3NMU A; 2WC9 A; 1RTI A; 1M1K O; 4JKE A; 5JVL A; 1XHX A; 4O44 A; 1XMO K; 4DR7 K; 2VGM A; 2KFZ A; 5FPM A; 3MN6 A; 3D2F A; 1IKY A; 3A2F A; 4FK0 A; 3JSM A; 3GDQ A; 4CZL A; 1BA0 A; 3G71 N; 1VSD A; 3C6H A; 4E89 A; 4CEA A; 3LM2 A; 4FJG A; 4N41 A; 1CZB A; 4E19 A; 1WN7 A; 1B9F A; 4J8F A; 5E41 A; 5KPR A; 2EMT A; 3OJU A; 4E1M A; 3VQ6 A; 4OLB A; 1SQK A; 1IKX A; 5JLF A; 3V6D A; 2A3Z A; 3KTQ A; 4CGF A; 4GKK K; 1EWR A; 5AFU A; 4JI5 K; 3OYC A; 1NJX A; 1CLQ A; 3D0P A; 3KLE A; 1S1U A; 3HPH A; 1VSI A; 1TL1 A; 1CXQ A; 2OTJ N; 4JN4 A; 4FWP A; 3CCU N; 4FM2 A; 5HLF A; 4P7I A; 1ZBL A; 2W6L A; 1YT3 A; 1KAZ A; 3LDQ A; 4OVL A; 5C10 A; 4YOX A; 3LPU A; 4DKW A; 4FWL A; 1SV5 A; 1NBW A; 4B9L A; 1BU6 O; 2AP1 A; 2HHS A; 3CCV N; 5DMR A; 5CZ2 A; 3LWM A; 3MEG A; 3MWP A; 4YOW A; 3AAP A; 1VSE A; 4KH4 A; 2O8C B; 4IWV A; 4DFP A; 3HK2 A; 3GOI A; 1NNE A; 4DTR A; 4FWR A; 3VN5 A; 3CJA A; 4BRD A; 2I7P A; 1HUX A; 3HVT A; 3L4I A; 5EVZ A; 1M90 O; 1N33 K; 1RBU A; 2ASO A; 4FL9 A; 3EE9 A; 3S3O A; 1NK7 A; 1X3N A; 1FW6 A; 4OKJ A; 1KTQ A; 3IRX A; 1NKE A; 4B3S K; 4H8K A; 3HM8 A; 5I42 A; 2G8F A; 2UYT A; 3SK3 A; 3KD1 E; 4NO7 A; 1VSK A; 2GX9 A; 4H0V B; 5AQG A; 1QS4 A; 2NUB A; 4BG9 A; 1D9D A; 2P51 A; 3NHG A; 1VQM N; 3MMV A; 4E0D A; 1VSF A; 4NXM K; 1F21 A; 1NVL A; 3EKU A; 1HX1 A; 1N36 K; 1RBV A; 2NRR A; 3CQX A; 4CJV A; 2COP A; 4CFB A; 2WUS A; 4NLB A; 1XNR K; 1VQ8 N; 3CIP A; 3OA9 A; 4DSI A; 3KZB A; 4C1N K; 2P9K A; 4HDQ A; 1RBT A; 1HQU A; 1EET A; 4X64 K; 1E5W A; 5H1S Q; 1HYS A; 3LAN A; 4JHD B; 4CIE A; 3PX4 A; 4ZHR A; 2F4V K; 1VAZ A; 3VQA A; 1K9M O; 3SUQ A; 2O8B B; 2YV0 X; 4I9L A; 5KPZ A; 4PKI A; 4DSF A; 4CEO A; 1XUP O; 1KCF A; 4A61 A; 4YDU C; 3CHW A; 4GNI A; 1W9H A; 3O08 A; 3BIN A; 1NGE A; 2VG7 A; 2P9N B; 1HNI A; 4XEI A; 2O8D B; 4H4M A; 1TUY A; 1QZ6 A; 1NGH A; 4WCE L; 2UXB K; 2YKN A; 3B6O A; 4DWI A; 1VQ9 N; 2B5J A; 2VG6 A; 2HHH K; 2EMS A; 2XO7 A; 3RMA A; 3ENH A; 3AVC A; 1UAX A; 3HP9 A; 4J2B A; 3L2V A; 2OPP A; 4EIA A; 5C15 A; 3O8M A; 3CG7 A; 3CM6 A; 3PSF A; 5ADX A; 1EXQ A; 4O0J A; 1T7P A; 2Y1I A; 3ZEU B; 4CGJ A; 2HOE A; 2KTQ A; 1QQC A; 4MFB A; 5LJW A; 2CQU A; 2AA4 A; 3V9X A; 2FBT A; 4FJ9 A; 2DFH A; 2QKB A; 3CER A; 2UUC K; 4BE1 A; 2YNF A; 5FPD A; 1UA0 A; 1B92 A; 3NE6 A; 3QBW A; 1EQY A; 3NFA A; 1NK6 A; 3AVK A; 5CYM A; 5FRO A; 4M7Y A; 3S9H A; 4JKG B; 1IBM K; 2DY4 A; 4CK1 A; 4DU3 A; 3V1R A; 2FXU A; 4C8K A; 1BHL A; 1WLJ A; 2IVN A; 5AQJ A; 1XQS C; 2GEM A; 5HRN A; 2E88 A; 3V9W A; 3CFP A; 2OCE A; 4JI6 K; 1WB9 A; 3M6G A; 3AVH A; 2YI1 A; 4CJP A; 1X9M A; 4BQZ A; 1SL0 A; 1HPZ A; 4I6M A; 1EP4 A; 4GKJ K; 1TK8 A; 1YVN A; 3KKR A; 3LDS A; 3CPE A; 2HMP A; 4HCB A; 2P9S A; 2QWO A; 1KVB A; 5LL6 Z; 3CFR A; 1TVR A; 1Y19 B; 2YHW A; 4OX9 K; 3QDK A; 3I56 N; 5AQL A; 4F8R A; 3QEV A; 1ST7 A; 3THY A; 4KH5 A; 3SQ4 A; 2A1S A; 1X9S A; 3I8B A; 5EXW A; 3HZ6 A; 3NH1 A; 1C1B A; 3FP5 A; 5AQU A; 4JI1 K; 4CJ4 A; 3BDP A; 4G1Q A; 4KTZ A; 4BRQ A; 1MDU B; 3MWT A; 1JDE A; 1IH7 A; 4BRP A; 1C0F A; 4JKF A; 3KLF A; 5HRO A; 4M3T A; 5AZJ A; 3E9P A; 3BUZ B; 2Z1I A; 1VQ4 N; 4BRK A; 1S72 N; 4ZRK A; 3DLE A; 4LSL A; 4FOE A; 2BTF A; 3EL2 A; 3LDO A; 4DTP A; 4JI3 K; 3MEC A; 3OJS A; 3VQ9 A; 4CI6 A; 2FBY A; 3OY9 A; 5GAH P; 2A41 A; 1NKB A; 4YL8 A; 1QZ5 A; 3RWU A; 3A0I X; 1VRU A; 2VWK A; 2OPR A; 3WQT A; 4DLG A; 1KLM A; 3E1Y A; 3BF1 A; 1YAG A; 3UKR B; 2HVI A; 2WTU A; 4FYD A; 2O4G A; 5C42 A; 3ATU A; 1N8R O; 3U4L A; 4C8M A; 4FLX A; 3OS0 A; 4M42 A; 3IS9 A; 3TAF A; 1MIX A; 1RDU A; 4KHU A; 4B1W B; 5AFU H; 5D3G A; 4U67 L; 3MXM A; 3CQ8 A; 1C0U A; 3H1Q A; 1J6Z A; 2YJE A; 1JXB A; 1E4G T; 3AA3 A; 4FW2 A; 5KGX A; 1WBB A; 3HM9 A; 4N5S A; 3MCP A; 1S1W A; 4CIG A; 3DRS A; 5J2M A; 2ZJQ L; 1FJG K; 4FM0 A; 3DXM B; 4QS7 A; 4K0K K; 4WQ4 A; 3AO3 A; 4IG0 A; 5K14 A; 4DFK A; 4X66 K; 1SAZ A; 1S1X A; 3QO9 A; 1QHA A; 4QOZ B; 4BC4 A; 5FRN A; 4E7H A; 3ZX3 A; 3KD5 E; 4JI4 K; 4YNQ A; 4B9M A; 1J5O A; 3QIJ A; 5EU7 A; 1EF1 A; 5HBM A; 1RTH A; 1N5Y A; 4CVN E; 4C8O A; 1VHX A; 4FWQ A; 2CH6 A; 5TKY A; 4OO1 J; 3C0B A; 3VF2 A; 4CEF A; 4YDU A; 2V7Y A; 4B9U A; 3VTH A; 2UXC K; 3I55 N; 3RMB A; 3OYJ A; 3RR8 A; 3PO5 A; 3QLH A; 3WNF A; 1T03 A; 2NRX A; 2NRZ A; 4DG1 A; 3EZ5 A; 3DLK A; 4M7X A; 1VSH A; 1T6D A; 1VQP N; 2NNW A; 1DTQ A; 3LAM A; 4A62 A; 3D2E A; 5HRR A; 3G25 A; 1SKW A; 4H5R A; 2HW3 A; 5SWM A; 4FJI A; 4RWT A; 4Y0W A; 2IS3 A; 3U8X A; 1Y64 A; 4DB3 A; 3LZJ A; 4JEP A; 5AZI B; 2QKK A; 1TV6 A; 4CJW A; 3JS6 A; 5KRS A; 1RT1 A; 4FWO A; 3SPZ A; 1QVG M; 1NI2 A; 2F9T A; 5EOY A; 3Q7C A; 4KI4 A; 1UA1 A; 5AQR A; 2KKZ A; 1XI1 A; 4R5P A; 1C1A A; 1YTA A; 4CJL A; 4EAH D; 1BQM A; 4CGG A; 5MLC Q; 4QS9 A; 5AQI A; 4RW9 A; 3RVC A; 3U8Z A; 4CGH A; 3CCR N; 4M45 A; 3NAE A; 3D7E O; 4BRH A; 3NBP A; 3WEE A; 1SL2 A; 4CJK A; 3ZET B; 1QVF M; 1DEJ A; 3THX A; 4YOY A; 2G8W A; 2PYJ A; 3CET A; 2IDO A; 4DR6 K; 1RNH A; 4DR5 K; 3QER A; 4AHT A; 2UUA K; 3AGK A; 4HUF A; 1VK0 A; 3RSE A; 1BUP A; 1S22 A; 4J2E A; 4HUG A; 4PA1 A; 4HVJ A; 4O5B A; 3JYT A; 3WT0 A; 2IOC A; 4PKH A; 1QSY A; 4HCC A; 2AEH A; 3LP3 A; 4DQQ A; 4CHZ A; 4DTS A; 4EZ9 A; 5BRD A; 3MX5 A; 1TK0 A; 2AL6 A; 3A5M C; 3KK7 A; 4RTF D; 3M8P A; 4Z94 A; 2D0B A; 5E84 A; 3CCM N; 5CYQ A; 3NF7 A; 1RIL A; 2P9I B; 3ENO A; 3ZSO A; 3M1F A; 3H46 O; 4M3R A; 4WQ5 A; 3IKM A; 4B08 A; 4BRA A; 5ADX H; 3ATV A; 3VET A; 2DFF A; 2LBB A; 2P9L B; 2X78 A; 3ZLJ A; 3T3F A; 2F96 A; 3QIP A; 1NLV A; 4CF9 A; 3O4W A; 1MWM A; 4KTW A; 1U2V A; 3ZSR A; 2QWL A; 5FRM A; 3N4P A; 4IFE A; 2V51 B; 4LF6 K; 5FDL A; 2P9P B; 3F2K A; 3MCA B; 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4YFU A; 4MLH A; 1HNZ K; 1ATN A; 4FWN A; 4OPK A; 1WAF A; 2ZD1 A; 3L3U A; 4B3T K; 1RTJ A; 1MK7 B; 1U47 A; 4LF7 K; 4CGI A; 1U48 A; 5AQS A; 1MU2 A; 4CJ3 A; 1ASV A; 4NCB A; 4CBU A; 1KQS M; 1S3X A; 1YF5 L; 2JWL A; 3LP0 A; 1BIU A; 1QSS A; 3LL3 A; 2B4J A; 3N4Q A; 4FOI A; 4ELV A; 3AU5 A; 3VPZ A; 1L3T A; 3IAY A; 3PV8 A; 5KQ8 A; 1R0A A; 4OGC A; 4CZH A; 3K9K A; 5AQV A; 4NB4 A; 1YVU A; 3AU4 A; 4H0Y B; 2OZM A; 1Q7Y O; 4F2R A; 2Q97 A; 3BEX A; 4BC5 A; 3L6Q A; 3BZC A; 2Q0U A; 3P5J A; 4B9N A; 3ZSY A; 3THV A; 4AQY K; 1JJ2 M; 1TAQ A; 3J8A A; 4JD2 A; 2E2O A; 1YHQ N; 5T7B A; 1W97 L; 5M1F A; 4ID1 A; 2YHB A; 2ZF5 O; 4A5A A; 5C12 A; 4CIF A; 3G0Z A; 1J54 A; 4FXD A; 1NJZ A; 3GBT A; 4BE0 A; 5IT9 O; 2ZPY A; 2D10 A; 4RW8 A; 3OYB A; 3VQC A; 1K8K A; 1Z26 A; 3LP1 A; 3P83 D; 4C23 A; 4DR4 K; 3OBY A; 4E7K A; 4MDA A; 4CJF A; 1NMN A; 3HPG A; 4GV9 A; 5BPN A; 4DU1 A; 5EX5 A; 3O5B A; 4CCH A; 2UU9 K; 4O4G A; 1NOZ A; 3T19 A; 1NJW A; 4Z4I A; 3U6F A; 2FC0 A; 3HBT A; 2A42 A; 3CJ7 A; 2D4W A; 4FO0 A; 4CJQ A; 3MXI A; 3UB5 A; 3FLC O; 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