3E9OA

Crystal structure of yeast prp8, residues 1836-2092
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
GAMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and function of an RNase H domain at the heart of the spliceosome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
molecule tags Rna binding protein, splicing
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 72
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-08-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 3e9oA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3e9oA01
4ILHA 4JKFA 3E9PA 4ILJA 4ILGB 4JKEA 4JKBA 4JKGA 4JK8A 4JKCA 4JKAA 4JKDA 3E9OA 3ENBA 3SBGA 4JK9A 4JKGB 4JK7A 3E9LA 3E66A 3SBTA 4JKHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DV6K 3SI6A 4XH1A 3TARA 1U2VA 3AGRA 2JWLA 2HE7A 3BDPA 3NFAA 3T1AA 4BGBA 2QWQA 1BIZA 1RT3A 2GTDA 1DTQA 3PUFA 1FKPA 1NMDA 1K6YA 1KRPA 3DLBA 3QEXA 1ASVA 4A5AA 1QQOA 1C0TA 3NH0A 4GV9A 2FSNA 3FZMA 3DLRA 4BRAA 4XIUA 3LDLA 3OYFA 3QLHA 3T1HK 1KAYA 4W5OA 3E9PA 2J4RA 4CE9A 5M1QA 3QB0A 1BU6O 1JCEA 1S9EA 3CJ1A 2J0MA 1T7PA 4FJJA 4DTJA 1XC9A 3RMCA 3AARA 2YVCA 3L6QA 5HROA 4YHHK 3ENBA 2E1YA 1SL0A 3H1VX 4IDKA 3CCLN 2J0KA 1HRHA 3MN6A 4BWJA 4BRNA 2FSJA 4CJEA 4M42A 5SZTA 4CBWA 2YNHA 4BY9C 3G0ZA 4GV3A 4I6MB 2DFEA 3AVNA 5I42A 3ZT1A 3H6EA 4QOZB 5TKWA 3NHGA 2OZMA 1NGCA 1RT2A 2YV0X 2YNGA 2D0BA 4GMJB 3KK7A 3OHRA 3TAEA 3ISNC 1NKCA 1YAGA 1RT1A 1IG8A 1XC3A 2ATQA 1RILA 3LP3A 1NOYA 3QEVA 3H45C 5BREA 4DS5A 3LANA 4O4GA 3SV4A 1NK5A 2WONA 4LFBK 3MXMA 4DR1K 4CGFA 3WEEB 2EHGA 4CCHA 3CFPA 1ATNA 1KXPA 3C65A 4CJ3A 3HVTA 3DLEA 4NB4A 3PLAA 3H3NO 4I6MA 2BTFA 4GNIA 5HRSA 1NJYA 1RBVA 3D2EA 4DU3A 4DFMA 1T6DA 3VQDA 4CJ5A 4LF4K 2IDOA 2QKBA 1K73O 1YJNN 1YVUA 5BRFA 4KI4A 3D2FB 3JS6A 2A1RA 4FLTA 4JV5K 3VQAA 5KQ8A 1BL3A 5BPMA 1JKHA 1R0AA 2IVPA 1S22A 2G8IA 2FJ9A 1ASWA 3LAMA 3D45A 5AR0A 5AQXA 4CJRA 2RHKA 4F8RA 2I1JA 4ZRKA 1VQON 5F0XA 1YUWA 3VN5A 3CFRA 3SV3A 5AQSA 1QQMA 3CQXA 5EY4A 1XNRK 4JK8A 2FBTA 2Q97A 1NM1A 3ITHA 2VG7A 4FLZA 4E7HA 3U6FA 1GGOA 2PAVA 1TAQA 3C7NB 4FWMA 3DRRA 1LAWA 2HOEA 4DR2K 2E2QA 1NI2A 4FJNA 4BE0A 4CHNA 4BC4A 1O13A 3AO3A 3C0BA 5KGXA 2I5JA 3CI5A 4CJUA 3RSEB 3VEOA 5C12A 2D5RA 3V4IA 3TABA 2KFNA 4FWQA 1NJXA 4JKCA 5EU7A 4KTWA 5F1XA 2F96A 4CECA 3H46O 4BRFA 4J8FA 5JLFA 2FXUA 4CJ7A 3CCSN 2P5GA 3ENHA 4ZRIA 3P4IA 5KGWA 2Q0RA 1J5OA 1VQKN 4B08A 1IH7A 3CJBA 4GVMA 4FJHA 1HYSA 3C7NA 2KW4A 4B9SA 3M5RA 4ZHRA 2PY5A 3TPQA 3F73A 4NCGA 4Q0BA 4DB3A 4O8KA 5ADXA 1BWFO 1SL1A 4FK4A 2A6AA 4CW7B 5AQOA 3TR8A 3QNNA 3RTVA 3HZ6A 3LDPA 1X3NA 3PSFA 4FLXA 2UXDK 3RSEA 1HNVA 3L4QA 4O8UA 3A5MC 3WNGA 3VGMA 4FLVA 4BACA 3TSQA 4F3TA 3J8AA 5HP1A 4FWLA 2ZJPL 3IUCA 3MEGA 3AO5A 2O8FB 4Z4CA 2QM1A 4RW6A 4IEEA 1BCOA 4B1XB 2UUBK 4W5RA 5E26A 2OPSA 2QI2A 5GINA 3OS1A 1LW0A 4F2RA 4DU1A 3P83D 3C6TA 1RDDA 2Z1GA 3V9UA 4CZMA 1NK0A 3ZEUB 3E01A 1N34K 1TK8A 1K9MO 5AZJB 4N76A 3BGRA 4KB0A 4ELUA 4DG1A 4IBNA 4IDHA 4NCBA 3PO4A 4DTPA 3O80A 1HUXA 3OYIA 3K9KA 3J7YP 3ULEB 4RCHA 1YXQA 5AQIA 2W42A 1A5WA 4IOCL 2I7NA 1VQMN 1IV0A 3AA4A 3NE6A 4FWNA 3ZSYA 2O8FA 1NTIA 2QXFA 4IFVA 3AU5A 4PL7A 3AY9A 4K25A 1E3MA 2VGNA 2UXBK 3KKSA 1YHQN 4F3OA 2OZSA 3CCVN 1WSJA 5BN8A 4PY5A 3CQYA 3UKRA 4JKAA 5F2RA 1MWMA 3OJSA 1GLBG 3ZEUA 2YCHA 2YHYA 3K2PA 5E41A 3KK1A 4O5FA 4FM2A 4H5WA 3RRHA 2OA8A 2WBNA 1JDEA 4CEQA 4WQ5A 3NBPA 3FZKA 3OVNA 2HHXA 4FPAA 4DSEA 3KD1E 2W6KA 3F5TA 3EO3A 3NF6A 2Q0UA 1TGOA 1C0MA 4G1QA 4HUFA 4FJXA 2ZJQL 2Q31A 2I1KA 3K0SA 4OJRA 1NJWA 1ZBSA 4DV1K 5AQJA 2O8DA 5AQKA 3LP0A 1GC6A 4BC5A 4GW6A 4IG3A 5AQUA 3PZDA 1ZC6A 2Q2RA 4KHQA 2Y1IA 3VQPA 1RDCA 4A5BA 4KRFA 1GOCA 2RN2A 1JCGA 1DT9A 3WUHA 2F7TA 3AA5X 4JS4A 1L3SA 3A5LC 1B92A 1E5WA 3FGUA 1ATSA 3IKMA 2GEMA 2FBYA 3WQTA 2D2QA 3CCQN 4OKKA 1J5EK 4FJMA 1SS6A 3MX5A 3ZT3A 4YOXA 1HKGA 3M8RA 5B8HA 4DUYK 3CIPA 1K8KB 4LSNA 3HVRA 4FZXC 3ZSRA 3HPGA 1WBDA 4N47A 3TAGA 3NF9A 4OPJA 3ZDTA 4DR7K 3LZJA 4AF1A 2V7ZA 1HQEA 4MLEA 3QIOA 1VQLN 3VGLA 4KHUA 1ITGA 5DM7L 3QMLA 3U9ZA 1GLFO 1FXXA 1WLJA 2YHAA 5AQPA 4BROA 3B6OA 1KC8O 2UUAK 3RRGA 3OA9A 3PV8A 1HQUA 4KKOA 3DWLA 5FROA 1XUPO 2VG5A 4V19S 4K8ZA 2HRJA 4HUGA 4UY8O 3DLHA 4JI7K 3RMBA 3KVGA 4BRCA 1JXEA 4H4MA 1SGHA 4KV8A 1GLEG 3CJCA 4E0DA 3ENOA 4DQIA 2O4IA 1K8KA 1JLAA 4HUEA 3CCEN 2AP1A 3RMDA 4BDPA 2D0PA 2HBMA 1Q8IA 4Z4IA 3U8XA 3MWPA 1E4GT 1OH5A 4CIFA 3PX0A 3VQ8A 3DXMB 4WQ4A 3GOIA 4FJGA 1NGDA 4JKDA 1JLQA 2HNDA 4O0IA 4A62A 4Z0UA 3EKSA 1BUPA 1F21A 2EWSA 3L0QA 1U6ZA 1VSIA 4O5BA 4EZ6A 1HMVA 3V9WA 4DQQA 3OJUA 2QWOA 4WFNL 4JI2K 2AEHA 4MDAA 1Q82O 3QBWA 5E84A 3CYMA 4O44A 1Q18A 3THYB 4BRQA 4CJLA 2P9UB 2ABDA 2HW3A 1XNQK 4DUZK 4CK3A 4CFAA 3O4QA 4ID5A 3ZSXA 3QESA 1NJIO 3M8QA 4BRMA 4LF6K 2XHBA 2NRHA 3DXMA 3A5OC 3OY9A 3V81A 1YF5L 1N36K 4NXMK 4DLEA 1JLGA 2W6LA 3OS0A 3T1YK 1OH8A 4FWKA 1VQ6N 1NBWA 3ZT0A 1N32K 1NGAA 1XMQK 2D0CA 4FWPA 4BR2A 2OTLN 3CMEN 2BUPA 5J2QA 1G15A 1U4BA 4HDOA 1VSMA 3AA3A 2P51A 3THYA 1HNWK 2HSTA 4FK2A 2P9UA 2HHTA 4KHNA 3CERA 5EOYA 1N8RO 3OTOK 1VQ4N 1W0HA 4BG9A 3M1FA 4DFKA 4IXCA 3CCMN 4M7YA 1WAFA 4CJFA 3MAQA 4DF8A 1IJJA 4KHYA 3RVCA 1T8EA 1Q7YO 3NMUA 4E7LA 1O1WA 2HHUA 3F9MA 4WFBL 1OH6A 1KLNA 4WE1A 1XI1A 3G10A 4M3ZA 4MLHA 3O6WA 1NK9A 1ZYQA 3UIQA 4GV6A 4KH5A 2VWJA 1ILYA 4DHYA 3KK3A 4M3WA 2XRIA 2VG6A 4EAHD 1RGIA 3BZKA 3AVBA 3KLEA 5C24A 4GKKK 3QICA 3W3DA 2YNFA 1U2VB 5CZ2A 4BR0A 3SMSA 2KKZA 2PBDA 4FOEA 4IO8A 4F9OA 2CH6A 1SV5A 4FM0A 2YJFA 3E66A 3EN9A 4QS7A 3SPZA 3SYZA 1QZ6A 1SUQA 4HDQA 1EXQA 4DR6K 1GOAA 5CR4A 4DTMA 1NGJA 3IDHA 1LV5A 5CHIA 1JL1A 1RTDA 3CPEA 3G9WA 3H1QA 2QK9A 4ZTFA 4IKFA 1NK8A 2DFHA 3T69A 5CYMA 4DSKA 5AQLA 2NNWA 5HL7L 4H0PA 1YI2N 2P9IA 1YJ9N 4CD1A 2YHXA 5I3UA 1KBLA 4IOAL 1VK0A 1HKCA 3HK2A 3WNEA 5ADXH 1Q86O 2Z1IA 1EP4A 3S3MA 2CH5A 3WXMB 3BZCA 1TL3A 3CHWA 1JLBA 4BR7A 3PX4A 3VERA 1QQNA 4M3YA 4CJVA 2G8VA 1CZ9A 1X9JA 2OCEA 5J1EA 2VWBA 3E9LA 1D5AA 3AVFA 1C1CA 3SK3A 4B1ZA 3OYEA 3WXJA 3GDQA 1EWQA 5BPNA 3VEVA 3QIPA 4FZZA 1WSIA 2YKNA 3AVGA 4BR5A 5KTQA 4JKEA 2P9NB 4DR5K 5FDLA 3SPYA 1YIJN 1WAJA 1NKBA 4RWTA 3WQUA 3HM8A 4PKGA 1LW2A 3V1OA 1HJOA 4NLBA 4C1NI 1J19A 4H8KA 2OPQA 3MECA 5T7BA 2HHSA 4BC3A 3HRGA 4G9ZA 3I0SA 3H08A 1QHAA 1KVAA 1WOQA 5J2MA 3ZSWA 4WQ5C 4I2QA 2HHWA 1U04A 2FLOA 1T03A 3HBTA 4OKEA 3KLHA 4J2DA 5AQGA 3KZBA 1QVFM 4N56A 1S1XA 2QWPA 5EVZA 5EX5A 2X0SA 3O08A 3K59A 4DSFA 2P9NA 2DTUA 3D2EB 1ZBHA 1RDAA 1Z05A 1CXQA 5JVHL 3AGKA 2HMPA 4ILJA 4M3RA 3AO1A 3KLFA 1BHLA 4BR4A 3HTVA 2P9PB 1TKDA 5M1PA 4JRPA 1L5UA 1NK4A 4KO0A 1IO2A 4RW4A 3FFKB 3U3GA 3VQQA 3MCPA 2J0JA 3A0IX 3DRSA 2HNYA 5LY3A 4BVOA 2ZM6K 3JYTA 1DEJA 4FJKA 4CEEA 3VEXA 1UWBA 1KVBA 2RKIA 1BQMA 4JKGA 1QHTA 4ISEA 3C95A 2F8TA 5IWAK 5C15A 5DMRA 3SQ2A 1UOCA 4NYNA 4M41A 2WFBA 3VENA 4YL8A 5C0YA 1RDWX 2P9PA 1DKGD 3EZWA 3HPHA 2OPPA 4BWMA 4I9QA 2WH5A 1KTQA 3U9DA 3QEIA 3VEYA 4CHOA 4I7FA 3MXIA 5AQWA 3D0PA 4CF8A 3VQEA 5GIPA 3V6DA 1OVQA 4JN4A 1ST7A 4PWDA 1ESVA 4CJKA 3DYAA 3VGKA 4YFUA 4R5PA 1YT3A 4CEOA 4H4OA 4EKUA 3P38A 1BIUA 3DRPA 4GY2B 3K5OA 1RFQA 1U47A 2KLAA 5AQTA 5FPNA 3DM2A 3QIJA 3VF6A 4OPHA 5JLHA 4FJ7A 4FJLA 4N41A 3K5LA 1BG3A 2P1JA 4B9QA 3LDNA 4E19A 1T3VA 4CERA 3AAPA 3KTQA 1HBKA 2EX3A 4JI8K 4WQ4C 4JK9A 4IOXA 1VRUA 4NLCA 1W97L 3AU4A 1UAXA 1RDUA 4JI0K 4GXBA 2P9KB 3NVKA 4JI6K 1R59O 1V4SA 4E1MA 5AZIA 1YTUA 3GBTA 3EKUA 3U8ZA 2F9WA 2O8CB 3S3OA 1SKRA 4B9NA 3ATVA 4BQZA 2HVHA 4CI6A 4A2AA 5M1KA 5M1FA 3TAPA 4FOIA 4OLAA 4FO0A 4CK1A 1VQPN 3VETA 3OYDA 2VQEK 3SBTA 5M1OA 4EP5A 3ZETB 2KQ2A 1EWRA 2RE2A 3BUZB 3WT0A 1VQ9N 4CF0A 3LAKA 3TWHA 3K57A 4NXNK 1Z26A 2D10A 3R1XA 2IS3A 3VQ9A 3EE9A 4MDBA 1T05A 2P9KA 2FF3B 2WC9A 1S1VA 2IGIA 3OBYA 3SBGA 3VOVA 1S6QA 4JI4K 5IJMA 2BGGA 3WXLA 2O8CA 3W0LA 3UKRB 2QWMA 4CJPA 1KVCA 5AQZA 4DU4A 2GBZA 2Q36A 2ZGYA 2P9LB 1KCFA 3ZETA 4AM6A 4HCCA 5JICA 2UXCK 4BRPA 5C10A 3MMVA 5DM6L 3B6PA 1JCFA 1VSHA 1LWFA 1NVLA 4FJ8A 2LSNA 1NGBA 3IAYA 1QS4A 4DV4K 1NWKA 2NRRA 3L4IA 4LFCK 1S1UA 1KFDA 1SKWA 4FCYA 5CZ1A 1QSSA 2FDQA 3ZSZA 2O8DB 3EL2A 1GLCG 3DLKA 3IMXA 5AFUA 1GLJO 4NYFA 3OYMA 1BQNA 4JS5A 4KB1A 3QINA 4DSIA 2WTUA 5FRMA 2HHHK 4JHDA 1J6ZA 2HVIA 2NUBA 4E89A 2P9LA 1LOTB 3CCUN 3AVKA 1H4RA 1W7AA 3NGZA 1ZBUA 1IG9A 1GLAG 4B3RK 3LP1A 3KKRA 3SUPA 2E20A 2ASOA 4CFBA 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1HNZK 3L8BA 1HKBA 1N6QA 3DOLA 1KLMA 3G6EN 4E7IA 2WOMA 1IKVA 1P90A 5FLXO 1SQKA 4LF5K 3PVLA 3U7DA 4FWOA 3F9KA 4BRGA 3I55N 2QKKA 1VHXA 4Y1CA 3QEPA 3DLLL 1TK5A 3SAFA 2D1KA 3JSMA 3OYKA 5LJVA 1SAZA 4ID1A 4FM1A 1KQSM 3OYCA 2RPIA 5AQYA 1TUUA 3LDSA 2E2PA 3G71N 3TI0A 4LY7A 2YHWA 3EYZA 4CZHA 1BA0A 2IC3A 4CJ4A 3R8EA 5LJWA 1TL1A 3TSUA 1B9DA 1XHZA 2UU9K 2KFZA 5SWMA 4CEZA 2NZTA 3J80O 5M1NA 4AHCA 4BRHA 4CESA 2NLXA 3MDQA 3HOTA 3PIPL 1HX1A 3LDQA 4CGDA 4FLYA 1L3UA 4JLHA 5H1SQ 1SZ2A 2E6LA 3S3NA 4FXDA 2GX9A 2X6SA 1SL2A 5AQMA 3OBWA 4CZFA 3O4NA 3X23A 2BE2A 3SJHA 3JXUA 1X9WA 2GELA 3DXKA 5D3GA 4RW8A 3TTCA 4DTUA 1XHXA 2YKMA 4FWSA 4JKBA 4B1UB 4C8NA 3L2QA 3KJVA 4B9UA 4E1NA 1GOBA 4NCAA 2A41A 2P9IB 3TAQA 2BDPA 3G25A 1S3XA 3CCRN 1Z25A 3H3OB 4PHTX 5KPZA 4FLWA 3O4WA 1NK7A 4J2BA 4RW7A 3HP9A 3JAMO 4H5VA 4LF7K 2DPNA 4KHWA 4CHPA 1QE1A 3CPWM 2AL6A 2HMIA 4TKNA 4ILGB 4C8LA 4M3TA 3ZSQA 3TTFA 1WN7A 4M45A 4AHSA 4KI6A 3KWGA 4H0TB 2AA4A 3AV9A 3C6HA 2P5OA 2G8KA 1NMNA 2ZE2A 4EZ9A 5GADP 3CC2N 4C8MA 5JVGL 1QVGM 1BCMA 1MA9B 2Y1JA 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 4ILH A;  4JKF A;  3E9P A;  4ILJ A;  4ILG B;  4JKE A;  4JKB A;  4JKG A;  4JK8 A;  4JKC A;  4JKA A;  4JKD A;  3E9O A;  3ENB A;  3SBG A;  4JK9 A;  4JKG B;  4JK7 A;  3E9L A;  3E66 A;  3SBT A;  4JKH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DV6 K;  3SI6 A;  4XH1 A;  3TAR A;  1U2V A;  3AGR A;  2JWL A;  2HE7 A;  3BDP A;  3NFA A;  3T1A A;  4BGB A;  2QWQ A;  1BIZ A;  1RT3 A;  2GTD A;  1DTQ A;  3PUF A;  1FKP A;  1NMD A;  1K6Y A;  1KRP A;  3DLB A;  3QEX A;  1ASV A;  4A5A A;  1QQO A;  1C0T A;  3NH0 A;  4GV9 A;  2FSN A;  3FZM A;  3DLR A;  4BRA A;  4XIU A;  3LDL A;  3OYF A;  3QLH A;  3T1H K;  1KAY A;  4W5O A;  3E9P A;  2J4R A;  4CE9 A;  5M1Q A;  3QB0 A;  1BU6 O;  1JCE A;  1S9E A;  3CJ1 A;  2J0M A;  1T7P A;  4FJJ A;  4DTJ A;  1XC9 A;  3RMC A;  3AAR A;  2YVC A;  3L6Q A;  5HRO A;  4YHH K;  3ENB A;  2E1Y A;  1SL0 A;  3H1V X;  4IDK A;  3CCL N;  2J0K A;  1HRH A;  3MN6 A;  4BWJ A;  4BRN A;  2FSJ A;  4CJE A;  4M42 A;  5SZT A;  4CBW A;  2YNH A;  4BY9 C;  3G0Z A;  4GV3 A;  4I6M B;  2DFE A;  3AVN A;  5I42 A;  3ZT1 A;  3H6E A;  4QOZ B;  5TKW A;  3NHG A;  2OZM A;  1NGC A;  1RT2 A;  2YV0 X;  2YNG A;  2D0B A;  4GMJ B;  3KK7 A;  3OHR A;  3TAE A;  3ISN C;  1NKC A;  1YAG A;  1RT1 A;  1IG8 A;  1XC3 A;  2ATQ A;  1RIL A;  3LP3 A;  1NOY A;  3QEV A;  3H45 C; 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