4ILGB

Crystal structure of aar2p in complex with the prp8p rnaseh and jab1/mpn domains
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
AMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILG
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis for dual roles of Aar2p in U5 snRNP assembly.
pubmed doi rcsb
molecule keywords A1 cistron-splicing factor AAR2
molecule tags Splicing
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 84
structure length 252
sequence length 252
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4ilgB02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ilgB01
4JKBA 3E9LA 3E66A 4JKGB 4JKCA 4JKEA 4JKFA 4ILGB 4JKHA 4ILJA 4JKDA 4JK9A 4JK7A 4ILHA 3E9OA 3E9PA 4JKAA 3SBTA 4JK8A 3SBGA 4JKGA 3ENBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PHTX 4B3RK 4W5OA 1J5EK 1ATSA 1NM1A 4BRDA 1DKGD 4H5TA 2P1JA 1KLMA 1JCFA 4WQ5A 3BZKA 4CZMA 2VG5A 3P1GA 3VGKA 4PKGA 4B3TK 1NKEA 3AY9A 2Z1IA 4BVOA 3D2FA 4M7YA 1MK9B 1TUYA 3HZ6A 4O4GA 3K2PA 4V19S 3GE1A 1BIUA 4J8FA 5FPMA 3CD6N 1ILYA 3SPYA 3TANA 4IEIA 2G8UA 3AARA 5EY4A 3U3GA 3VN5A 2B5JA 2Q97A 4IBNA 4CZHA 4JI2K 1B9FA 1S1XA 5C2DA 1RBSA 4C1NI 3CFOA 3LANA 1BQMA 5GINA 4M3UA 2I1JA 1XMOK 3TSQA 3LM9A 2Q0RA 1EETA 2HHQA 1RTIA 2A42A 3QEVA 3QESA 3CXCM 1WSGA 3AO5A 4B1WB 2NLXA 3VQQA 2WC9A 4WQ4A 3ENHA 3OY9A 2F8TA 1YVUA 3CJCA 2EMSA 1A5WA 4FOIA 2YVCA 5BRHA 2YNFA 3HXMA 2V7YA 1LV5A 2HNZA 4DFKA 4WE1A 3LWMA 4FWPA 4H5RA 4YHHK 3LDNA 4BRHA 3GG4A 1L3UA 2JWLA 5J2PA 1K8AO 1K8KA 3PSIA 4M3XA 3CETA 3R9PA 1S6PA 2GEMA 2WBNA 3H3OB 1VQNN 2E2NA 3TAGA 5J1EA 5CR4A 1TGOA 3KKSA 3OBYA 4B1ZA 4DU1A 2ASPA 1YHQN 4GNIA 1G15A 3AVKA 5AQIA 2RN2A 3TWHA 2DPNA 2H3GX 1CXUA 3D0PA 3WT0A 4CEBA 4BDZA 1WSHA 1U4BA 1NJZA 3SAGA 4BWMA 1QTMA 1Z25A 4XIUA 4JI5K 4K42A 4BR0A 4RWTA 1W7AA 2P9PB 4PUOA 4JI6K 4CJPA 2BDPA 4KREA 1YIJN 2NRHA 5JVHL 3OYJA 1C1CA 3AA5X 5M1OA 4J2AA 4DCHA 1QSYA 2PYLA 4HWIA 3PSFA 3G71N 4BC4A 2OTJN 3OYKA 5A2QO 3EO3A 3CJ7A 4K25A 3KD1E 2E2QA 2JGUA 4M63C 4NO7A 2NRVA 4B9QA 4M3WA 5C12A 3WNHA 2A6AA 4XH5A 3ZCMA 3TAQA 3R8EA 4CJEA 3CMEN 1E4GT 2J0KA 5KTQA 3M8RA 3IG1A 1NJIO 4DSKA 2ZM6K 3O4QA 3H1VX 4CBUA 2P9KA 3KJVA 1TL1A 4BRFA 3AO3A 2ZF5O 3R6MA 4BR9A 3ENOA 1T6DA 2D1KA 3MX2A 4CFDA 1QVFM 5AQFA 1IBKK 3PVLA 2P9KB 1S9EA 4A62A 5HBMA 3NVMA 1NBWA 3AVBA 1L5UA 1DLOA 3U3YA 3V9WA 5FRMA 4BE1A 3EE8A 4B1YB 2R7YA 3DLGA 2B6AA 4CHYA 3H45C 1J6ZA 2PAVA 2KLAA 3WQTA 3WQUA 4AQYK 2YHYA 2F9TA 4A61A 1RT2A 2F7TA 4BRCA 3J81O 1YJWN 1ZBHA 3LDSA 1Z6RA 2PY5A 1O13A 2HOEA 3R1XA 4CI6A 4IEEA 3ZX2A 4DFMA 1XHZA 3SQ1A 4O0JA 4LF4K 3IDHA 4H0YB 4YORA 5GIPA 2FC0A 4NXMK 1RT5A 3SNNA 4JI7K 3F73A 4DR7K 2WOMA 3A2FA 1NK4A 2HRJA 4FWRA 1K9MO 5GIOA 1U49A 1C0FA 3O08A 3THXB 2P9IA 2X6NA 1VQ6N 4BRPA 1HKCA 4CHQA 5E41A 3P38A 3CIPA 5EX5A 4DV3K 3K5MA 3RMDA 3PUFA 3QIPA 1C0UA 4BC2A 1RBTA 3M6GA 5JVLA 4CJUA 1VQPN 2FDQA 2E2PA 3T1HK 2OCEA 2EMTA 3CERA 4C8MA 1HYSA 2D0PA 4O5BA 3SLCA 5FPDA 4H0TB 4M45A 1RGIA 3PX4A 2HW3A 3RR8A 3PIPL 1LCUA 4DR2K 1VSKA 3HOSA 3VQEA 4KHYA 5CY4A 2DTUA 3CG7A 4BRNA 4AF1A 5KQ8A 1SAZA 5AQZA 4YL8A 3BGRA 5FDLA 3RTVA 3VGLA 5HOOA 3HK2A 4RCHA 2BANA 4JKEA 1SUQA 4C8LA 4QOZB 4CGHA 5LJWA 3IRXA 1RNHA 4OJRA 3I8DA 2E8AA 4Q0BA 4LF8K 1HR0K 3SUQA 1NNEA 1TUUA 4LFAK 5DMRA 1NJXA 3TSPA 2B4JA 3IUCA 3T1AA 4GY2B 1EO1A 3VOVA 2YHXA 2RQ1A 4CERA 3BEXA 3CC7N 4FK2A 3QEWA 3VQAA 2P5GA 2F9WA 1VSMA 3QEXA 3N4PA 4CF0A 3TAPA 3K0SA 2XO7A 4CJVA 4XEIA 4ILJA 1LAVA 1T3VA 2OPRA 4CE9A 1RDBA 4BRLA 3WNEA 3KK2A 4Y1CA 4CFBA 1QHTA 3AVLA 2GX9A 5BRFA 5BR9A 5AQJA 3SK3A 3U9ZA 3KLFA 4ID5A 1W0HA 2V51B 4BR5A 5AQPA 4O8UA 4CK1A 3OYDA 3CC4N 2NRWA 1BOTO 1X3MA 4CF1A 2O8BB 2DIKA 4TSXA 4BROA 3THVA 4CJ4A 4FK4A 4H4MA 4DTNA 1RT3A 2E2OA 1IJJA 1VSIA 4EKUA 1KVCA 3NF9A 2ATQA 1QQMA 4O0IA 3TAFA 5C0YA 4CGGA 4RG8A 2UXDK 1VQ5N 2P9LB 2FBVA 3TAEA 2WH5A 5T7BA 3IFRA 1BCMA 1KRPA 1NKBA 2GBZA 1R59O 4QS9A 2KFNA 4QS7A 4ISFA 2ASOA 4WQ5C 4EZ9A 5DM6L 4WFNL 4Z4HA 3NGZA 3K9KA 4CJSA 3RMAA 4CJ5A 3CCSN 4BR7A 1EP4A 3N4QA 2YHAA 4IG3A 4WCEL 1DIKA 3H46O 3THYA 4RW9A 1KAZA 1KFSA 4JI4K 4JN4A 4JI1K 2P9SA 4KBOA 3CCLN 3THYB 4DLEA 1EX4A 5SZTA 1SQKA 2P9SB 1TL3A 1N6QA 3VEWA 2YNIA 4H0VB 4DUYK 4M3YA 3O9TA 1RFQA 4FWMA 5AFUH 1LWEA 4PKIA 4JI3K 4X62K 1CZ9A 4CZKA 1KQSM 2YNHA 2G8WA 1NU0A 1H4RA 5K14A 3WXMB 3DLLL 3S9HA 1UOCA 3U8ZA 3M1FA 4MO5A 5AZIA 4HDQA 1NOYA 2FF3B 1XI1A 4Z4IA 3QFPA 1M90O 2HNDA 4HTLA 3O9QA 3VQDA 4FM2A 3OYBA 3L2VA 5LJVA 2Q36A 4OO1J 4BG9A 3VQ8A 1MIZB 3A5MC 1SL0A 1GGOA 3RR7A 1N33K 4FCYA 3QNNA 4DTSA 3L2QA 1JLFA 1FK9A 2HMIA 2WUSA 1TKDA 4JYAK 1JLAA 2D0AA 4B3MK 1ZXOA 3MXMA 4JLHA 4KI4A 4CJLA 4MLHA 1RT7A 3MEGA 3VGMA 1NVLA 1ASVA 1Q81O 3RSEA 2HBKA 3ZT4A 4KTQA 3EPYA 1TKTA 5IWAK 3BZCA 4NYFA 4FPAA 4IWVA 3V1OA 1Q82O 2FSNA 5AQOA 2CH6A 4FWSA 1TK8A 3W3DA 1O1WA 1KAYA 4CJWA 3O6WA 1CZBA 5HRNA 5GADP 3CF5L 3C94A 1YITN 4CZFA 3TR8A 1L3VA 1D5AA 3KTQA 3B8AX 1N32K 3FE1A 2AEHA 4DV1K 3M3ZA 2YHWA 2QWMA 1HNIA 3O3FA 3V1QA 1BA1A 4GMJB 3NGYA 3SV3A 1JLQA 4CZIA 1NGEA 4BDYA 1BDGA 2VGMA 3VEZA 4DMNA 2WONA 4E19A 3JYTA 3SUPA 4C1NK 4BE2A 4CGIA 3VETA 1E5WA 1WBBA 4FJKA 4CBWA 1NI2A 2ZQBA 5EOYA 1XUPO 4KO0A 4FWOA 3NH1A 3TSUA 1ASUA 2IAJA 3BF1A 3WUHA 2UYTA 4DV7K 2G8HA 1WN7A 3MXJA 2QTDA 2P9UB 2LBBA 4LSLA 3KD5E 1REVA 3HM9A 4RW7A 1RT1A 2VG7A 3QEPA 3MN5A 3SJHA 4A2BA 1KXPA 3QINA 1J54A 5M1FA 2QXLA 4F2SA 3OS1A 4KI6A 3L4IA 4MFBA 2VG6A 4J2BA 4DQ8A 3TTCA 2QA4N 3O4NA 4BVPA 2IIRA 3DOLA 4YFUA 1GLBG 3EKUA 4U67L 3ZSWA 3VQ7A 4MDBA 2GUIA 1HNXK 5IT9O 1SL1A 3CHWA 5FLXO 3L8BA 3DLRA 4L8RB 2W6KA 4FWKA 1HKGA 2EX3A 4F9OA 2HHUA 1NK9A 1HQEA 3NH2A 3AV9A 1U2VA 4CCHA 3U8XA 2Z1HA 4DR1K 3QIJA 4JKAA 4LH5A 3KZBA 1WAFA 2LSNA 4N47A 3NMUA 5AQGA 4DR3K 3G10A 3FLCO 1BU6O 1GC6A 1XQSC 3ZT1A 2QK9A 3VESA 4IZ9A 5HP1A 4KTZA 3UIQA 3DMJA 4FJHA 4MDAA 4CVNE 4N56A 2D11A 2IS3A 1WSEA 3LWLA 2IVPA 3VQ9A 3HVRA 2YCHA 4CD3A 3IVFA 3WNFA 3O9SA 4HUFA 3DWLA 4FJMA 1YUWA 3CFRA 4GXBA 4ICLA 3SI6A 4Z4FA 4GVMA 3CFPA 1Q8IA 3O4WA 3DXMB 4LF5K 4CHPA 2DY4A 1WOQA 3J7YP 3MEDA 3MN9A 3KHYA 3SQ4A 3PV8A 1V4TA 5EVZA 1RT6A 2GWKA 2HNYA 3HVTA 2KFZA 1TKXA 2HE7A 3I33A 4R5PA 4FZXC 1WSFA 3AVAA 3PX6A 3AA3A 4F2RA 2IDOA 3OVNA 2O8CB 2BH1A 2FBXA 1OVYA 1HBKA 1WNSA 4KHSA 2OPSA 2UU9K 1UA1A 4TKNA 2QWNA 2VQEK 1RDDA 3QNOA 3KLGA 4Z0UA 2UUBK 4HVJA 1VHXA 1WSJA 3L4QA 4FLYA 2OZSA 5HRSA 1L3TA 4E7LA 4CHNA 4BY9C 3SV4A 3IS9A 2I7NA 3PIOL 3NGIA 4CEZA 3M8SA 4X64K 4E7JA 4JD2B 4OGCA 4B9TA 1OKJA 2UXBK 2KQ2A 4OKJA 3VQCA 1ITGA 3VEYA 1J5OA 3EEQA 3B6OA 3D6RA 4CECA 2W6LA 3QLHA 1ST7A 1BWFO 3HI0A 1KVAA 1U04A 1NG9A 3DLHA 4K43A 4I9QA 2D0BA 2D5RA 4CJ7A 4FW2A 2A41A 4FM1A 4IJAA 1KD1O 1UA0A 1E4FT 3B6PA 4JKFA 1C0GA 5M1QA 3U4LA 4AHCA 1GG3A 1NGCA 4YOWA 4FYDA 1S1WA 3T1YK 5GAEP 5JMVA 3LPTA 3AVCA 4X65K 3C6TA 5ADXA 2VCPA 3D45A 2GTDA 4J2EA 4E89A 1Q9XA 4A59A 5I42A 4CIGA 3LZIA 4F3TA 4Z4EA 3OA9A 3NF6A 1K73O 2P9PA 3K57A 3EYZA 4DTOA 3MN6A 4JK9A 1DGKN 3QICA 3LDPA 4I6MA 5AR0A 1KC8O 4FOEA 2NRZA 5AQYA 3L0QA 4O44A 4H8KA 1VAZA 1KCFA 4DHYA 4I6MB 2PYJA 2DFEA 3HL8A 3VQPA 3EE9A 2HHWA 1NWKA 2QXFA 3G25A 2QWOA 2Z1GA 3LAMA 5F0XA 4FVMA 2E4LA 5KQDA 2BUPA 3OYEA 2NUBA 4GVEA 1X9MA 3CCUN 1MWMA 1VQMN 4JKDA 5J2QA 4IFYA 3SMPA 1QHAA 2ZGZA 3G9WA 5BPMA 4OKEA 3TARA 3BF3A 3P31A 4BRIA 1RBUA 1B92A 4FLVA 2Q3SA 4HDOA 4R79A 3TABA 1E3MA 2BTFA 1EWQA 2GV9A 3E01A 4FJXA 1BI4B 5AQLA 4F7GA 1T05A 1LW0A 4WFAL 3VF4A 1ZBLA 4DF8A 3DLBA 3SAFA 3PLAA 4LF9K 3AA2A 1SGHA 1HNZK 4OKKA 1NK0A 3SPZA 4ZRKA 1CZAN 4BR4A 1JXEA 3PX0A 1HJRA 5M1KA 4KH5A 1GLFO 2PBDA 3CCEN 1C1AA 4NY0A 1ZBFA 3ULDA 4DF4A 1IH7A 4JV5K 1HJOA 1HYVA 5AQRA 4E7HA 3OJSA 4IG0A 3QERA 2QI2A 1HQUA 4P7IA 4DSIA 3J80O 2XHBA 1OVQA 3EL2A 2KW4A 5C24A 3SYZA 5JLHA 3MMVA 4BQZA 2COPA 1QS4A 2P9NA 4HHTA 1HKBA 5AZJA 4RW6A 3AA4A 1MK7B 3THXA 1QVGM 2P9NB 3CCQN 3S3MA 5AZJB 1J53A 2CGLA 3HSCA 5EXWA 1DT9A 4Y0WA 1NJYA 2J0MA 4CIEA 5J2MA 4IOXA 2YJFA 3MXIA 2OA8A 1U6ZA 4HCBA 4CD1A 1GC7A 5AJ3K 4I2PA 4CGFA 4EFHA 4A5AA 2RF2A 3TI0A 3J8AA 4CEQA 1RDAA 4YOTA 1ATNA 3G6EN 4DQRA 1S9GA 4CEEA 1T44A 3V4IA 1Q18A 2D4WA 3SQ0A 3AO4A 1BGXT 2Q0UA 4FWNA 4DQSA 4H0PA 4GV9A 3S41A 5E26A 5AQVA 3ZETA 3F2KA 4E3SA 4KAZA 1X3NA 3V9ZA 4FJGA 4NCBA 4OPJA 3O8MA 1D8YA 3MK6A 3ZETB 1TKZA 2IC3A 1YXQA 3W0LA 1EXQA 4M3TA 1JKHA 2E20A 2G8IA 3LALA 4IFVA 4ZTJA 4YDUA 2QM1A 1BA0A 4U7BA 4CEAA 2E1YA 2CH5A 1C6VA 3CJ1A 1FKOA 3T19A 3FP5A 1P90A 4B9VA 1J19A 1WSIA 2XY7A 2GELA 3CI5A 2HBLA 4JI8K 1SKWA 3ULEB 1ISNA 1JL2A 2ZPYA 2NRRA 5DK5A 4CIFA 4ZRJA 3L2WA 4N5SA 3DYAA 1JL1A 3MN7A 5BREA 3EY1A 3CM5A 3LP1A 3NVKA 2CGKA 3ZT0A 5C2FA 1EKEA 4HTUA 3EZ5A 2OANA 4FM0A 3J7AP 3MECA 4LSNA 3KK3A 2O8BA 4FWLA 4CJRA 4CF9A 4DTPA 3P4IA 1P8ZA 1UWBA 3RMCA 4ZTFA 5TKWA 1HB8A 1YVNA 5CHIA 5HRPA 2QWRA 4L3QA 4PKHA 5FRNA 5M1PA 2O8FA 2ZWHA 2P9LA 1RT4A 2YKNA 3VF6A 4BGAA 3WNGA 2ABDA 2O8FB 4Z94A 5AQKA 2WFBA 3WXLA 1NGGA 3ENBA 4KRFA 4FLXA 4G9ZA 5HLFA 4DTJA 3NAEA 5AQSA 1BHLA 2BE2A 3HSTB 3ATVA 5BN9A 3T3FA 1QZ6A 4DWIA 4FJ9A 4FJNA 4JEPA 5CYMA 1VQ7N 1XHXA 5J2NA 4CJKA 4H5NA 4EAHD 4FLTA 4FVUA 5HL7L 1VBGA 2ZE2A 3VEOA 3KLEA 1WUAA 3DM2A 4DS4A 3WEEA 2VWJA 1VSLA 5C25A 3OJUA 1NK5A 1S5JA 1HB6A 2O8EA 4ILGB 4NLCA 3HPHA 3QFUA 5AQUA 3WEEB 3ZSRA 3IMXA 3U6FA 3GDQA 3ZSYA 2O8EB 4CHOA 2ASMA 3DXKB 3MAQA 3DRPA 4KHPK 3DLKA 4CESA 4C8KA 4B9UA 4E7KA 2I1KA 2YHBA 4H4OA 3RRHA 2VGNA 4YOXA 3TTDA 4CGJA 5KGXA 3ITHA 4MQ3A 4WQ4C 2JLEA 4JHDB 1HNVA 4DS5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKB A;  3E9L A;  3E66 A;  4JKG B;  4JKC A;  4JKE A;  4JKF A;  4ILG B;  4JKH A;  4ILJ A;  4JKD A;  4JK9 A;  4JK7 A;  4ILH A;  3E9O A;  3E9P A;  4JKA A;  3SBT A;  4JK8 A;  3SBG A;  4JKG A;  3ENB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4PHT X;  4B3R K;  4W5O A;  1J5E K;  1ATS A;  1NM1 A;  4BRD A;  1DKG D;  4H5T A;  2P1J A;  1KLM A;  1JCF A;  4WQ5 A;  3BZK A;  4CZM A;  2VG5 A;  3P1G A;  3VGK A;  4PKG A;  4B3T K;  1NKE A;  3AY9 A;  2Z1I A;  4BVO A;  3D2F A;  4M7Y A;  1MK9 B;  1TUY A;  3HZ6 A;  4O4G A;  3K2P A;  4V19 S;  3GE1 A;  1BIU A;  4J8F A;  5FPM A;  3CD6 N;  1ILY A;  3SPY A;  3TAN A;  4IEI A;  2G8U A;  3AAR A;  5EY4 A;  3U3G A;  3VN5 A;  2B5J A;  2Q97 A;  4IBN A;  4CZH A;  4JI2 K;  1B9F A;  1S1X A;  5C2D A;  1RBS A;  4C1N I;  3CFO A;  3LAN A;  1BQM A;  5GIN A;  4M3U A;  2I1J A;  1XMO K;  3TSQ A;  3LM9 A;  2Q0R A;  1EET A;  2HHQ A;  1RTI A;  2A42 A;  3QEV A;  3QES A;  3CXC M;  1WSG A;  3AO5 A;  4B1W B;  2NLX A;  3VQQ A;  2WC9 A;  4WQ4 A;  3ENH A;  3OY9 A;  2F8T A;  1YVU A;  3CJC A;  2EMS A;  1A5W A;  4FOI A;  2YVC A;  5BRH A;  2YNF A;  3HXM A;  2V7Y A;  1LV5 A;  2HNZ A;  4DFK A;  4WE1 A;  3LWM A;  4FWP A;  4H5R A;  4YHH K;  3LDN A;  4BRH A;  3GG4 A;  1L3U A;  2JWL A;  5J2P A;  1K8A O;  1K8K A;  3PSI A;  4M3X A;  3CET A; 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