4ILHA

Crystal structure of an aar2p c-terminal deletion mutant in conplex with prp8p rnaseh
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
GAMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis for the Aar2p-mediated regulation of Prp8p interactions with Brr2p and U4/U6 di-snRNA
rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
molecule tags Splicing
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 88
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4ilhA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ilhA01
3E9LA 3E66A 3E9PA 3SBGA 4JKDA 3E9OA 4JKCA 4JKEA 4JKHA 4JK7A 4JK8A 4JKGB 4ILJA 4ILGB 3ENBA 4JKGA 4JKFA 4JKBA 4ILHA 4JK9A 3SBTA 4JKAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI1K 3IVFA 1DKGD 3SUQA 3HO1A 1HNWK 4CFAA 4PUOA 2ZF5O 1KTQA 4A59A 2IVOA 3CERA 3T1YK 3KLIA 3U6FA 5I42A 4CHYA 5CYMA 5AQSA 4CK2A 3A2FA 1J9AA 5IT9O 4JLHA 5KPTA 4HUEA 2HVHA 2VCPA 5HP1A 4JI6K 4DR6K 3WUHA 1KVAA 4DTNA 4Z4EA 2P5OA 1VQMN 1GLAG 2QXLA 3TAQA 4B9SA 2W6KA 1WAJA 2QWLA 4BC5A 4O0IA 4JKDA 1YJWN 4CEOA 4FJGA 3T1HK 3E9OA 3LDNA 2V7ZA 4GMJB 3SV3A 2Q97A 4NCGA 2R7YA 3ZSWA 3VQAA 1S9EA 1RDAA 4B3SK 2FDQA 1HX1A 3QIPA 3MK6A 3IMXA 3VF2A 1U47A 3OYLA 4I2QA 3K57A 4ISFA 4JRPA 4OO1J 1C1AA 4PHTX 5BN9A 4AHSA 3THWA 1C6VA 4FPAA 4CBXA 3UKRB 1IBMK 2NRWA 2ETJA 4J2AA 1ZBLA 1L3SA 3MECA 3DRSA 2HHTA 3U8ZA 3WXLA 1KBLA 4YFUA 1NMDA 4DV1K 3AVBA 3CJ9A 4BRKA 1NI2A 4DTUA 4FJHA 3DXKB 4EFHA 5AR0A 3SZ2A 1OVQA 1X3NA 3MAQA 1NGCA 3B6PA 5LY3A 2HBJA 5C42A 1EXQA 4FWKA 1NG9A 3CFPA 3AA4A 3B6OA 1K8KB 1NMNA 2BUPA 1MK9B 4FLVA 4PKGA 1NOZA 3WXJA 1KC8O 2VWBA 1CLQA 2OA8A 3AAPA 4BRCA 1JLFA 4CIGA 3RRGA 2Y1JA 3PSFA 5KTQA 5AQUA 2OZMA 4N41A 4ZTFA 3AVJA 3MN7A 5JVHL 1RBUA 4FWSA 1HQUA 4W5OA 3O3HA 1RBTA 1A5XA 4FZXC 2VG5A 5GADP 2G8IA 4FJ5A 3SPZA 2HOEA 3JSMA 1VSEA 2O8BB 1J6ZA 4J2EA 1WSEA 3ZETA 4LF5K 3NF6A 1NGFA 2A3ZA 2OPRA 3VESA 3VQ7A 4W5NA 1VSMA 3H3NO 4AM7A 1Q7YO 4JD2B 3EKSA 3N4PA 1HKCA 3O6WA 2OTLN 5KQDA 3ZT4A 4M45A 3QEXA 4B08A 5D3GA 4QAGA 3LZIA 1Q9YA 4NYNA 1TUYA 3O4WA 4FJ9A 3MXMA 4NCAA 3SMPA 2DTUA 2RKIA 1NTIA 4CBWA 4HDOA 2E20A 4H0PA 5A2QO 3IFRA 4IO9L 4A5AA 1KQSM 4XIUA 4H4OA 1ZBUA 4DS4A 3O5BA 2IVPA 4CHOA 5FRNA 3V1OA 3N4QA 4K25A 2YNHA 4CJ7A 4E7JA 1RT3A 3OS0A 5GAHP 3AV9A 2OPPA 3NF9A 4PL7A 1GOBA 3LDQA 4O0JA 4MDAA 4N5SA 3TSPA 3HRGA 3S3OA 4JYAK 4FJ8A 4E0DA 4WF9L 2AJQA 3HOSA 4CJ4A 5E26A 1JL2A 4JK8A 3AVCA 2J0KA 1XC3A 4AHTA 4X62K 1IKYA 3P1GA 4CBUA 4RW4A 2YHYA 3CJCA 4KTWA 3OYBA 2D4WA 4OKKA 3PIPL 3HPOA 3LP0A 3LDPA 3HSCA 1KRPA 1QE1A 3HVRA 2HMPA 1JLAA 1TK0A 3O9SA 3DOKA 2X0SA 3VQ4A 4BG9A 4B3OA 3TTDA 3BUZB 5AFUA 3RR7A 5FROA 3CCRN 1A5VA 2KW4A 5SZTA 2J4RA 4IOCL 1TK8A 1IJJA 4KTQA 3CMAN 4H0TB 3CHWA 3ZT2A 1VQPN 1NGIA 4I2PA 1R0AA 3LDOA 2HHQA 5F0XA 3FR0A 4N56A 1HB6A 1D9FA 3I55N 2CH6A 3L3UA 2RPIA 2F9WA 3ASMA 4V19S 2D10A 1V4SA 2WBNA 3THYA 4QS8A 1IBKK 4EHUA 1Q82O 1VSLA 3PLAA 5CR4A 3V4IA 3GDQA 3H1QA 2AEHA 5KGXA 3AA2A 1BDGA 3Q7BA 5ADXH 1NJXA 4W5QA 1VSFA 4WQ4C 3AVNA 3NFAA 1QHTA 4H5TA 4JI3K 1XI1A 3OJSA 4F3TA 1HNVA 2VQEK 3V81A 4A61A 5F2RA 4CF9A 4ILJA 4WQ5C 3VF6A 4CEFA 4M3WA 3PVLA 4PKHA 1KCFA 4KHYA 2O8FB 2WOMA 4CIEA 3T69A 3UKUB 4CZKA 1IBLK 2P5GA 1BHLA 3JXUA 1NK7A 1BCMA 3VOVA 4CJEA 3AVHA 4RTFD 2YX6A 1MA9B 4DXAB 3R3LA 5DK5A 1EP4A 3RRHA 1QSLA 3D0PA 5CZ2A 3OBYA 4C8KA 2AL6A 4E1NA 2YJEA 4FSVA 5DMRA 4CJ5A 3RR8A 1L3UA 3UKRA 3OYNA 1U48A 1NOYA 4WFAL 2KZMA 4O8UA 4PWDA 4H03B 2VGNA 3MDQA 4HTLA 3CJ1A 4X65K 3A5NC 1IKVA 4I9LA 4DF4A 1MWMA 3KK7A 5AZJA 3AVMA 2EX3A 2QKBA 3AVAA 3DXKA 1QQMA 3VMFB 3M8RA 2XRIA 3HVTA 1OH6A 3R1XA 3TR8A 3AGRA 2NLXA 4UY8O 1EWRA 3CM6A 4R79A 4JI8K 5I3UA 4WCEL 3OJUA 1K8KA 5FLXO 4YL8A 3CCUN 4KHUA 4U7BA 5BR8K 3TAFA 4I7FA 4BQLA 3G9WA 3X23A 5J1EA 4CIFA 2E6MA 4BDPA 1KVCA 1JDEA 4KPYA 3VQ6A 1DTTA 1NBWA 3U8XA 4QCLA 2UYTA 1T05A 3ZSOA 5KRSA 4KREA 2JGUA 4B1UB 1Q9XA 1VSHA 1Q18A 4CZGA 2O8BA 1BI4A 4DSLA 2WC9A 4C8OA 4QOZB 3THWB 4OPJA 4DSEA 4CJVA 4G1QA 1DT9A 5C15A 4IKFA 1NGJA 2KFZA 5AQFA 4B1VA 1SS6A 2CH5A 5I9EB 1S72N 3ULEB 4E7KA 4L8RB 1EWQA 2ZJQL 1GLLO 1NGBA 3LANA 2E2QA 1QQCA 3J80O 4DQPA 1MDUB 4QS9A 3WEEA 3NE6A 1WSFA 1X9WA 1RTDA 4IFEA 3HBTA 4IWVA 5TKYA 5FPMA 2F8TA 1RCHA 1ASVA 4KB0A 2OANA 1WSHA 2P9IB 4Z4HA 3DMJA 4BREA 4BQZA 1ZC6A 2PFUA 1HB8A 3FFIA 1T6DA 3U9ZA 2P51A 3EY1A 1QSSA 2P9KB 2E2OA 1B92A 5FPDA 3TAMA 3OYAA 4FM0A 4DG1A 4Z4CA 4BVPA 1YXQA 1RBRA 4NXNK 3NF8A 3V9WA 1P90A 1GC6A 3SAGA 1J5OA 1NWKA 3KWIA 4HWIA 1ILYA 4O5BA 3FFKB 4H5NA 1ZBHA 2HF3A 3CJAA 2D5RA 4CE9A 4FJKA 3CCSN 2ASPA 4FLTA 1XUPO 1RBVA 4CJUA 4Z94A 3P39A 3K9KA 5E41A 3AO2A 3ZEUA 3NAEA 1Y64A 3LM2A 3ZSYA 4CGJA 4FJMA 4I9QA 1CZAN 2HMIA 4B9VA 4CF8A 2E5LK 2ZPYA 3TAEA 4M3XA 4EZ9A 4PA1A 4CEEA 3WNGA 2W41A 2GELA 4DUYK 1TKZA 3QFUA 4AHRA 2E2PA 5C12A 1NK5A 4FWQA 4O4GA 5HL7L 3QICA 1BISA 1HR0K 3QNOA 3VEYA 4MLEA 4GW6A 4CEZA 1EETA 1QZ6A 5JICA 1C1BA 2G8UA 1D5AA 1UWBA 1T44A 3LPUA 3ZSZA 1XQSC 2Q31A 2VG6A 1WOQA 3BZKA 2R82A 3TPQA 4DV3K 3VTIA 1K8AO 4M3TA 1KXPA 1BQMA 2ZJRL 3CPWM 2V52B 3I0RA 3NH0A 1W9HA 2I1KA 4DQIA 5LL6Z 4IZ9A 4YDUA 3T1AA 2QW9A 2Q2RA 4K8XA 1LOTB 1VQKN 2FSNA 3MEGA 4CEQA 4YHHK 1BIZA 1YI2N 1EQYA 1RDCA 1C0MA 4BC3A 3AVIA 2QWNA 1YJ9N 3E1YA 2NRZA 2IAJA 4LF4K 3M1FA 2LSNA 3AO4A 3BGRA 1E5WA 5J2PA 4L3QA 4BE2A 1NJWA 4IOXA 3CQ8A 5AZIA 1HQEA 1G15A 2YHBA 3J7ZO 4FJLA 1FJGK 4W5TA 1VRTA 1JCFA 3EE8A 1QZ5A 3KKRA 3VQ5A 2RE2A 2I5JA 3MCAB 2BANA 4GY2B 3DYAA 3ENHA 2EMTA 4Y1CA 1XWLA 4DKWA 4DFPA 4NO7A 2X78A 4DHYA 1Q8IA 3TTFA 2BH1A 4K8ZA 3WXKA 2GX9A 2ZGZA 2KZZA 1QHAA 2HB5A 1QSYA 5AQWA 3HL8A 3THYB 3WQTA 4FW2A 3CMEN 1LAVA 3ZT1A 3LAMA 3L4IA 3FLVA 1N8RO 3M8PA 2IVNA 2A40A 3DWLA 1VQ5N 2BDPA 3SBTA 3I56N 5M1PA 4CGFA 3QO9A 4XEIA 3CCQN 1WB9A 4R5PA 4W5RA 4B1WB 3P4IA 1LW0A 2IC3A 3Q7CA 2I7NA 4JHDA 1J53A 3V1QA 3MXIA 3VGMA 3VEOA 1T3VA 3F9MA 4RW6A 1N5YA 3KKSA 3OW2M 1TKDA 1RT6A 3P31A 1GOAA 4DV0K 4E7HA 1VQ7N 1ZBIA 4H5WA 4FLUA 3R8EA 3UE5A 4K41A 1EKEA 1TKXA 1VSDA 4H0VB 4CJTA 3NF7A 3KZBA 4FXDA 2E1YA 3RMCA 5FPEA 4JKEA 3UIQA 2FSJA 4OKJA 3VQPA 3T19A 4CZFA 3D45A 3QBWA 4I6MB 2D1KA 2YNFA 4IG0A 5K14A 3DRPA 3MX2A 2P1JA 2X6NA 5AQVA 4KTZA 1KC7A 4E89A 4JKBA 2ASOA 1YF5L 3ULEA 1VSIA 4AQYK 5AQLA 3MMVA 1ZYQA 3S3NA 5LMUK 4DLGA 3EPYA 5AZJB 4CJQA 2DPNA 4MQ3A 2I7PA 4CJFA 4PQUA 2FBTA 3VENA 4OGCA 1N34K 2WTUA 2G8WA 3DLKA 4YY3K 4E19A 5M1FA 4DFMA 1RT1A 4RCHA 4M41A 1IV0A 1NGHA 3U9DA 1QQNA 3C6UA 4OGEA 3S9HA 4B9LA 4EAHD 3LM9A 5J2NA 2OZSA 3V1RA 2P9IA 1HUXA 2QWRA 4CHPA 3O4QA 2PAVA 3DJCA 4KHQA 4GNIA 3CCLN 4BE1A 3ZDTA 3VPZA 2P9KA 4CW7B 3NH1A 3GG4A 3TTCA 4EP5A 2P9SB 4YOYA 1LWEA 1NJZA 4FK0A 4FWMA 1WAFA 4C8LA 1FKPA 3QNNA 3GOIA 3L6QA 1VQON 1WNSA 1JJ2M 1TK5A 4IEIA 1BG3A 5F1XA 1OH8A 3CFOA 3EE9A 3U3YA 3J7YP 2G8FA 1NK8A 4AILC 1CXUA 4DTPA 1TAUA 1JXBA 4AM6A 3ZLJA 1BI4B 1NK9A 5ELZA 5KI6A 3FZFA 1YUWA 4HDQA 3QESA 3OYKA 3D2EA 1HNIA 4H0XB 5EU7A 3CFRA 3AO1A 3KK2A 2OPQA 2AA4A 5C24A 4CF1A 1WLJA 3SQ0A 2UU9K 4DU4A 1XNRK 3AVGA 4F9OA 5BRHA 2GBZA 4GXBA 1U6ZA 5AQGA 4CZMA 4B1XB 1J19A 2D2QA 1BQNA 4Z4GA 1I39A 1V4TA 3A5LC 3VGLA 2YV0X 3RWUA 3K59A 3WEEB 3GL1A 3I8DA 4WFBL 3M8SA 1L5UA 3SUOA 3KD5E 3V9XA 5BPMA 3L2QA 3FZKA 4DSKA 1VRUA 3O9TA 1A5WA 1B9DA 3F9KA 3HPHA 1IG9A 1W97L 4M3YA 4CGGA 4CF0A 2QWQA 1K9MO 3EYZA 4NXMK 2JLEA 3LAKA 4M3RA 3K5NA 2KLAA 3CC4N 2J0MA 2ZD1A 3SPYA 2PY5A 5LJWA 1HRHA 2UUCK 1REVA 3JYTA 2I1JA 2G8HA 4CJKA 5CY4A 1DIKA 4WQ4A 1WSJA 5BN8A 3BZCA 1WBDA 4NLBA 1ESVA 4ELTA 3CM5A 4MDBA 3IKMA 4FM2A 1Z6RA 3PZDA 3LPTA 3I33A 2Z1HA 1QQOA 3ZT3A 3ZEUB 3BINA 4FJJA 2JWKA 4BY9C 3DI6A 2KQ2A 3A5MC 3LWLA 1VHXA 3H46O 3SJJA 3O9UA 3TABA 4H4MA 4BWMA 4BRLA 3OYMA 4BR0A 5M1KA 3CYMA 2FLOA 3C65A 1Z26A 1NKEA 3TSQA 2HF4A 1GLCG 4CGDA 3CC7N 1KLMA 3MXJA 3JS6A 2DY4A 4QS7A 3CC2N 3U3GA 4M3UA 2A42A 3O3FA 3PY8A 4FOIA 3CJ7A 1MWKA 5HRSA 3WT0A 1X3MA 4JI7K 2O8DB 3AARA 5HLFA 5BR9A 2X6SA 1WUAA 2GUIA 4BR9A 4CF2A 1NJYA 3OYDA 2O8CB 2VQFK 3HP6A 4FPBA 5IWAK 3LWMA 1Z05A 4ELUA 1CZ9A 4CESA 4CJLA 3SUNA 3U4LA 1IH7A 1H1VA 5GIPA 3TU5A 3A8YA 3NBPA 1DTQA 2RQ1A 5GIOA 4JS4A 4TSXA 4BVOA 3OVNA 4CZHA 1RT2A 3E9PA 1OVYA 1S22A 1S1WA 5BPLA 1ITGA 3IUCA 4BRNA 1Q81O 5GINA 2D11A 1LCUA 3SUPA 4BRFA 1VQ8N 4LF8K 5BRDA 2DIKA 1RTJA 5T7BA 3NH2A 3AVFA 4HVJA 3KK1A 2H3GX 4CZLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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