4ILHA

Crystal structure of an aar2p c-terminal deletion mutant in conplex with prp8p rnaseh
Total Genus 88

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
GAMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKWKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Splicing
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structural basis for the Aar2p-mediated regulation of Prp8p interactions with Brr2p and U4/U6 di-snRNA
rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
total genus 88
structure length 255
sequence length 255
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4ilhA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4ilhA01
4JKFA 3SBTA 4ILJA 4JK7A 4JKGB 4JKDA 4ILGB 3E9LA 4JK9A 3E9PA 4ILHA 4JKAA 4JK8A 3ENBA 4JKGA 4JKEA 4JKCA 3E66A 3SBGA 3E9OA 4JKHA 4JKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Y1DA 1Q18A 4KV8A 4F8RA 2BE2A 5AQXA 1NGAA 4DR3K 3H08A 4IJAA 4DR5K 1UWBA 1X9WA 2Z1JA 5CZ2A 1MIXA 3IRXA 3SQ2A 2OTLN 4JI1K 3Q7CA 4W5NA 3CC2N 3TARA 4E7JA 5M1NA 4WE1A 1HNXK 4CJKA 3HP6A 4V19S 4BWJA 1UA1A 5BN8A 1ZBFA 2E2PA 4NYNA 1NG9A 3TAPA 3CCJN 2GWKA 3WNHA 1NOZA 2E5LK 1TKZA 2VWBA 4DS5A 4DR7K 1VQPN 1XNQK 1VQ8N 4Z4FA 5BRDA 3WNGA 5JLFA 1W2BM 3A5MC 4DMNA 1Z6RA 4BDYA 5F1XA 1IH7A 1FJGK 4CEZA 3AA4A 4AHCA 3JS6A 2G8FA 2W40A 5I9EB 5KRTA 2VWKA 4WF9L 2HB5A 3V1RA 3NGZA 3ZT0A 4EHTA 5CE3A 1NKBA 1SUQA 2RPIA 1NJIO 3PV8A 2UXBK 3CJ7A 1YAGA 2Z1IA 1OVQA 1HNWK 2YHYA 2ZGYA 1ZBSA 1GOAA 1TAUA 3SUPA 3IDHA 5E84A 3CMEN 1N5YA 4YNQA 1WLJA 2I7NA 4FW1A 1U2VB 1NJYA 1UOCA 4WFNL 4CERA 3CHWA 4MLHA 3WA0A 1HPZA 4CW7B 1JLGA 4DSEA 4ID5A 3OY9A 2ASOA 3CJAA 4B9MA 3NH1A 4UQGA 3SMPA 1KQSM 3V9XA 1Z25A 2FBYA 3VQ6A 3WXJA 4BRFA 5M1KA 1TYQB 3VQQA 2XY8A 1WSJA 3JXUA 4KHSA 4CE9A 2DFEA 3KIOA 2HBMA 1NOYA 4CJPA 2J0JA 3QBWA 1HUXA 1RNHA 5AQPA 3KJVA 4H0VB 4JK8A 3L2RA 3NF7A 1S1WA 3O5BA 3DLLL 3VGKA 5BRFA 4DCHA 4DFJA 3MX2A 1NJWA 4GV9A 3FGUA 3KKRA 3RRHA 4FOIA 4NO7A 1N32K 5AZIA 4RG8A 3SK3A 1ZBLA 5EXWA 4M41A 3KD1E 2KQ2A 3OYKA 1N36K 3KKSA 3ZX3A 1JLEA 1RDBA 3CETA 2B5JA 2DFFA 4IEIA 3LP2A 3VGMA 3ZYYX 1N6QA 4K8ZA 3NVKA 4GV6A 3VOVA 2Z1GA 2OANA 1BHLA 1QZ6A 2RKIA 2HHWA 3FZKA 1YJWN 2P9IB 3T1AA 4JI8K 3D2EA 5JMVA 5BRHA 3P38A 5HBMA 5KPZA 4ICLA 3ULEB 1TK5A 1U04A 2IOCA 3ISNC 1ATSA 4CGFA 3AO4A 3MCPA 1JDEA 2E6LA 1O13A 4BR7A 3UKUB 1ZBUA 5HRPA 4KI4A 4FJGA 5ADXA 4ILHA 2UUBK 4IO9L 4CI6A 4CGDA 1JCEA 2GELA 3A5OC 4B9SA 4DKWA 4EZ6A 3OYDA 5HL7L 1HB8A 1TGOA 3MEDA 3LWMA 3EE9A 4H4MA 4EP4A 4JLHA 2IVOA 3AAPA 5TKWA 3PX0A 2F8TA 3EKUA 4CZLA 1V4TA 4XH5A 3HP9A 3I33A 3PX6A 4FJ5A 4JS4A 3K2PA 3OYGA 1NLVA 1RGIA 4IOCL 3PLAA 2ZJPL 3CF5L 1W7AA 4OGCA 3C65A 3AO5A 3OBYA 5JS1A 3AVGA 2F8SA 2P9KB 4CEBA 1CLQA 3OA9A 1MU2A 4H5RA 4B1WB 2DPNA 4J2DA 4J8FA 3C7NA 1B9FA 1L3UA 4OPJA 1VQNN 3TSQA 3RR8A 2E88A 3JYTA 4PKHA 1ATRA 4JI3K 4A59A 2FSNA 1RDDA 3T19A 1KVAA 2QWPA 1T44A 1FXXA 4LD0A 4FK4A 5BPLA 4DQIA 1RT3A 1NK6A 3AVMA 3L2UA 4JKBA 3S3OA 3C95A 2HMIA 4BGAA 2O8CB 2RN2A 3ATVA 4RW8A 3HBTA 4ID1A 2V51B 4BDPA 3ID8A 4BRAA 4A62A 2QTDA 3PIOL 4LFAK 5T7BA 3VTHA 3QMLA 3GDQA 2Q1NA 1S6PA 2IIRA 3CXCM 3MN7A 2V7YA 2VCPA 3MDQA 1DEJA 5I42A 3NVMA 5IJMA 4RCHA 2X6NA 4NCAA 4JK7A 3SUNA 4C1NI 4MO5A 3O4NA 1RT5A 4NLCA 3BZCA 1V4SA 5KPTA 3ZDTA 4FJJA 1VRUA 5EY4A 1Y64A 4AM7A 3AVLA 2F7TA 4BRIA 3SPYA 2ABDA 3AGKA 3CM5A 3VA3A 3MX5A 1S3XA 4AQYK 3H6EA 3K5MA 1HNIA 3HSCA 2Q3SA 1WSHA 2RQ1A 2HNZA 2NUBA 2HBLA 2P9NB 4YHHK 2AP1A 2W6LA 1WSIA 5C2FA 3J81O 3O80A 3QEPA 4OGEA 4DR2K 3VQEA 4DQSA 1GLAG 3PZDA 4WQ5A 4GKKK 4CIEA 1XWLA 4DSFA 2WFBA 3G6EN 3QETA 4ILJA 3L3UA 4RTFD 1KFDA 4DU4A 3O3GA 1CXQA 2Q36A 1S72N 3ZETA 2HF3A 4CK1A 3F9MA 3AVAA 2YNFA 1IKXA 1S1UA 3D2FB 3OYIA 2ATQA 1NGDA 2YI1A 3WQUA 3G9WA 1HNVA 1VHXA 3VGLA 3P4IA 1OVYA 4AHRA 4AH9A 4HHTA 1VQON 2IGIA 2NRVA 2CGKA 2E1ZA 4BR9A 4CHYA 3E1YA 3OS2A 2OYQA 2A6AA 5AQIA 1VSHA 1H4RA 5JVLA 1FW6A 3TSPA 2NNWA 1SKWA 4IEEA 4JKCA 5LJWA 4JI4K 3IG1A 3CJ1A 2A5XA 1FKOA 1KVBA 2G8VA 3IAYA 4FM2A 4BRLA 2A42A 3DMJA 4FWKA 4CEAA 2UUCK 2CGJA 4GVMA 2A40A 3CCQN 3EN9A 5AQGA 4FWSA 3M8PA 4HUGA 3WUHA 1NK4A 1DTQA 4E1MA 1K8KB 3WEEB 5GINA 2DIKA 4CEDA 1JL2A 3HM9A 2HHQA 4WQ4C 3FZLA 4KREA 3A8YA 2QXFA 1S1VA 3CJBA 3TI0A 2FLOA 1VSKA 4HDQA 1TL3A 2BGGA 4BY9C 3M8QA 2PZSA 2IS3A 4FZXC 1IBKK 4CD1A 3OW2M 3MEGA 3UKRA 4BG9A 2IC3A 4BR5A 3ZX0A 1I3AA 3O9UA 1KAXA 1RTHA 4IG3A 4F4KA 4BR2A 1YI2N 4NXMK 2O8BB 4B8CA 4A57A 3O6WA 3R8EA 4H8KA 5HRNA 1QQOA 3F73A 4CHPA 1G99A 4KPYA 4LF4K 5CR4A 1MK7B 1YF5L 3UIQA 4QS7A 1LCUA 3SZ2A 1Z26A 4CEQA 5BPMA 5SZTA 3L6QA 1C6VA 5JVHL 2P9LB 3ASMA 2OPQA 2P9PB 3VN5A 1T8EA 1NGIA 4E7KA 2HBJA 3NGYA 4FWOA 2VQEK 5GAGP 3LPTA 4XH1A 1C0FA 2VG7A 1T7PA 5GIPA 1C0TA 3THWB 2YVCA 4B08A 2E20A 4LFBK 1EP4A 1Q86O 4M63C 3G0ZA 2P9SA 1EF1A 1NK8A 4BRPA 1YHQN 4FWMA 5BR8K 3IMXA 1K8AO 3RVCA 2X0SA 4ZRKA 2BTFA 4BR4A 3OJUA 2O4IA 3CD6N 3QDKA 1LAVA 1RBTA 4CHQA 4FCYA 1X3NA 4W5QA 3W0LA 3AU4A 4DFKA 2NRZA 3HOTA 3ZEUB 1YVNA 3ID6A 2ITGA 3TU5A 4E7IA 3OVNA 4Y1CA 4DQ8A 1BL3A 3U6FA 1QVFM 1GLDG 4LY7A 2BDPA 5FPDA 4FLXA 5I3UA 2XRIA 4W5TA 3I8DA 4I6MB 4I2PA 3J80O 1ILYA 3QO9A 4FJXA 3ENBA 5KTQA 3AARA 1JLCA 5KGXA 4CFCA 1VSFA 2HOEA 2ZGZA 2KTQA 4LSLA 3WXKA 4E1NA 2B6AA 3RSEB 1NI2A 4X64K 4M3XA 3TAEA 3U8XA 3OYBA 3B6OA 2UXCK 3E9LA 3CFPA 3KK2A 3EZWA 2Q2RA 1DTTA 1IKWA 4J2EA 4LH5A 3EO3A 3MWTA 3GL1A 2XHBA 1WBDA 3C6HA 1MWMA 1VQLN 3QBXA 4CF8A 4FWRA 3THXA 4DV6K 1BGXT 1S1TA 4BWMA 3CCUN 4F2SA 2O4GA 2QW9A 3RMBA 1HPMA 3ZSOA 4IFVA 4NB4A 3SAHA 1ACAA 4N41A 4FJKA 1JCGA 4FJ7A 5CY4A 3AAQA 1IG9A 4G9ZA 1TK8A 3LDLA 3L2WA 3CFOA 3HI0A 4LF9K 2HNDA 4Z4CA 2YV0X 5SWMA 4MQ3A 2WOMA 4I7FA 3E9PA 3P83D 5KGWA 4BACA 3DM2A 3NGIA 4FWQA 4Z4EA 4K42A 3FZMA 3VQ7A 1KCFA 1NGHA 1LWCA 4PA1A 1D4XA 4O8UA 5B8HA 1KLNA 1QZ5A 4CIGA 2OA8A 4DTOA 4DWIA 4HUEA 2V52B 1NGCA 3I0RA 4M3ZA 1DKGD 2O8EB 4U67L 4YOVA 1Q8IA 1WBBA 4B9UA 5KPRA 1SS6A 2DTUA 3LL3A 5GAEP 2Y1IA 2HHXA 1TV6A 4X65K 4CJSA 3O9TA 3K9JA 1XHZA 1P8ZA 4L3QA 3CCVN 3V9ZA 4BRMA 1RBVA 3CCEN 4J2AA 3NH2A 3N4PA 3IVFA 4OX9K 2YJFA 3F9KA 1HLUA 4QAGA 4DF4A 1QSSA 3OS1A 1TL1A 1BCOA 1Z05A 2IVPA 4M3WA 2P9PA 1WOQA 2G8HA 5E26A 1C0UA 3V6DA 4B8AB 4CYEA 1VQ7N 3LPUA 4LF6K 4JKGB 4I9QA 1EKEA 3CM6A 5AQVA 3N4QA 3LANA 3P31A 3P39A 1MDUB 1RT2A 3O4QA 3TTDA 2H3GX 4KFBA 1HNZK 1J19A 3MN6A 5KQDA 5AFUA 1MA9B 3ZSWA 1GLBG 4JNEA 1U49A 4B1XB 3THVA 4KHUA 4CK2A 3U7DA 1Q82O 3QIJA 1YTUA 4IXCA 2HHHK 3ZSXA 2AA4A 4PHTX 3ITHA 4CECA 3X23A 4JD2B 4JKAA 4FLTA 3AA3A 4C8MA 3FFIA 3RTVA 3HM8A 1GLFO 2FF6A 3AVFA 2A1SA 1S5JA 4AILC 3M6GA 3O9SA 3J7YP 1VRTA 5J2NA 3EKSA 1U6ZA 5M1OA 4E19A 1YTAA 2QWOA 4HWIA 4FYDA 3DLGA 5FPEA 3J8AA 1A5VA 1TAQA 1KRPA 3CQ8A 4OLAA 3C6UA 3GOIA 1XNRK 4H0TB 3NMUA 3DRPA 2A41A 3WQTA 5DM6L 4E89A 2I5JA 4H5WA 2KFZA 1HMVA 3H3OB 1Q9XA 3S41A 3WXIA 4BQZA 2ZPYA 4A2BA 1NKCA 1W9HA 2GEMA 2IAJA 1KVCA 3AVBA 3TAMA 4CJRA 4H0XB 3Q7BA 4YOXA 1JJ2M 3LALA 1GLEG 3A5LC 2P51A 3VQAA 3OYMA 5DK5A 1WAJA 1T6DA 4MFBA 1SL2A 1HJRA 4QCLA 3THYB 2BUPA 4CFAA 4FLZA 1VQKN 1TKXA 4KBOA 2J0MA 3QNNA 4CVNE 1RTIA 4DV1K 3ULDA 3BY5A 4DU1A 5C15A 2WBNA 3DLRA 2GTDA 4KRFA 1E4GT 1OH6A 2E4LA 4BRHA 1RT4A 2P9UB 2QKKA 4CF1A 5KRSA 2B4JA 4I2QA 3VF6A 1BOTO 2HHSA 3AVCA 3E01A 4Q0BA 2XY5A 4Z4HA 3AVKA 3P1GA 5AQOA 4CESA 1C1BA 2RHKA 2G8KA 1LAWA 3KK1A 1X9SA 5AR0A 1BISA 1S22A 4DV4K 3QLHA 3TAFA 2FXUA 4ISGA 2O8DB 4EAHD 3MAQA 1S1XA 3OS0A 2E6MA 1LWEA 4NLBA 3CQXA 5GADP 4FZZA 3HPHA 3OYFA 2ASMA 3ZX2A 5IWAK 3DWLA 1G15A 2R82A 4IJNA 1NGGA 3O4WA 3KVGA 1RTJA 3HYFA 3E9OA 1RBRA 5AQTA 4BG8A 1QHAA 3O8MA 4AF1A 4CZJA 1HB6A 5AQYA 3FFKB 4KTWA 3FZFA 3AA5X 2E8AA 4B3MK 2BANA 3RMDA 2LBBA 3LAKA 3O9QA 2CH6A 3T7ZA 2X74A 3AGRA 2ZF5O 5D3GA 4TKNA 2D2QA 4CGIA 5C12A 3I56N 3SBGA 4IOAL 1ITGA 4EIAA 4EZ9A 3VEWA 4DQRA 3QB0A 5AQKA 1JKHA 3V4IA 4C8KA 4KB1A 4AHTA 4FJ8A 2WONA 3DXMB 3O1WA 3OHRA 1KLMA 4WFBL 5HROA 1XUPO 1XC3A 3ZT4A 1NWKA 4J2BA 4FZYA 2QWLA 3VQ4A 4YL8A 3HRGA 3K5OA 3AO3A 4CCHA 4BRQA 2E2NA 3VF2A 3VQPA 4ELTA 1GOCA 4WQ5C 4JEPA 3SQ4A 1U2VA 3MECA 4YOYA 2W6KA 3O1BA 1GLLO 2HRJA 3VEXA 2GV9A 5C24A 2HW3A 1SL0A 3BINA 4XIUA 1BG3A 4CZKA 4AHSA 5AZJB 4KAZA 3DI6A 3H45C 1A5WA 3BEXA 3HK2A 1TYQA 3HTVA 1RT7A 1T03A 2F4VK 1RCHA 3AY9A 2LSNA 1ZXOA 3HT3A 3LM2A 1X1PA 3R3LA 3DRSA 4IZ9A 3UB5A 5HRSA 2YHAA 1TUYA 1HYZA 1BA0A 4OPAA 3LDPA 3QIOA 2PFUA 1KD1O 4RW4A 5J2PA 2JGUA 3V9SA 2OZMA 1S9GA 3CC4N 4YDUA 3LP1A 4DFPA 2FJ9A 1A5XA 5CHIA 4K41A 3DXKB 3AVHA 4N76A 5AQJA 5ADXH 1R59O 1VQMN 4CEFA 2P9IA 5EU7A 4DSKA 3KLEA 2OPSA 3THYA 3K5NA 4EFHA 3RMCA 2FSKA 2UYTA 4OKKA 3ULEA 4EP5A 3JAMO 5J1EA 4DSLA 3WXLA 5DM7L 4NYFA 1KFSA 4LFCK 5EOYA 1EQYA 2D0OA 1T6CA 1XQSC 5BR9A 3UKUA 4B3SK 1NGEA 4K43A 3ZSQA 3OTOK 4DF8A 4YORA 2VQFK 4CHZA 4JKDA 2QI2A 3VQ5A 4ZTFA 3VERA 4CJWA 3CCSN 3CFRA 3K58A 3U8ZA 5LL6Z 2FC0A 4IOXA 4P7IA 1NM1A 4Y0WA 3BDPA 3OYHA 1XMQK 2A3ZA 4H4OA 1ASVA 2P5GA 3CYMA 4JI2K 3K57A 3TABA 1BQNA 5LMUK 4C8LA 4FJIA 3D6RA 3MEEA 4BROA 4DTXA 1NK0A 2JWKA 4QS9A 4WYBA 2UUAK 4BC5A 4KH5A 1MK9B 5AQZA 4DXAB 1UAXA 2DY4A 2P9KA 5AQWA 2QWQA 4N56A 4FWPA 4O5FA 2OPRA 1BI4B 2DFHA 1T05A 3LAMA 3AV9A 4OKEA 4GMJB 1S6QA 4CD3A 3DJCA 4FJMA 1D9DA 3PVLA 4IFYA 4H0YB 1VQ4N 1SL1A 4CJUA 1I39A 2KW4A 1N34K 1DGKN 4CJFA 4H0PA 4MDAA 4O55A 2O8CA 3CPWM 4GKJK 3ZSVA 3SYZA 3BGRA 3KD5E 4GW6A 5MLCQ 2ZM6K 1QQNA 1ESVA 5HLFA 4XEIA 3LDSA 2RE2A 2ITMA 4BE0A 3O9RA 2KZMA 4F3OA 3AA2A 2Z1HA 1JXEA 3CMAN 3CCRN 5TKYA 1RDCA 4HUFA 3MWPA 4H03B 3V1OA 1H1VA 2VG6A 4FO0A 3ZLJA 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 4JKF A;  3SBT A;  4ILJ A;  4JK7 A;  4JKG B;  4JKD A;  4ILG B;  3E9L A;  4JK9 A;  3E9P A;  4ILH A;  4JKA A;  4JK8 A;  3ENB A;  4JKG A;  4JKE A;  4JKC A;  3E66 A;  3SBG A;  3E9O A;  4JKH A;  4JKB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4Y1D A;  1Q18 A;  4KV8 A;  4F8R A;  2BE2 A;  5AQX A;  1NGA A;  4DR3 K;  3H08 A;  4IJA A;  4DR5 K;  1UWB A;  1X9W A;  2Z1J A;  5CZ2 A;  1MIX A;  3IRX A;  3SQ2 A;  2OTL N;  4JI1 K;  3Q7C A;  4W5N A;  3CC2 N;  3TAR A;  4E7J A;  5M1N A;  4WE1 A;  1HNX K;  4CJK A;  3HP6 A;  4V19 S;  4BWJ A;  1UA1 A;  5BN8 A;  1ZBF A;  2E2P A;  4NYN A;  1NG9 A;  3TAP A;  3CCJ N;  2GWK A;  3WNH A;  1NOZ A;  2E5L K;  1TKZ A;  2VWB A;  4DS5 A;  4DR7 K;  1VQP N;  1XNQ K;  1VQ8 N;  4Z4F A;  5BRD A;  3WNG A;  5JLF A;  1W2B M;  3A5M C;  4DMN A;  1Z6R A;  4BDY A;  5F1X A;  1IH7 A;  1FJG K;  4CEZ A;  3AA4 A;  4AHC A;  3JS6 A;  2G8F A;  2W40 A;  5I9E B;  5KRT A;  2VWK A;  4WF9 L;  2HB5 A;  3V1R A;  3NGZ A;  3ZT0 A;  4EHT A;  5CE3 A;  1NKB A;  1SUQ A;  2RPI A;  1NJI O;  3PV8 A;  2UXB K;  3CJ7 A;  1YAG A;  2Z1I A;  1OVQ A;  1HNW K;  2YHY A;  2ZGY A;  1ZBS A;  1GOA A;  1TAU A;  3SUP A;  3IDH A;  5E84 A;  3CME N;  1N5Y A;  4YNQ A;  1WLJ A;  2I7N A;  4FW1 A;  1U2V B;  1NJY A;  1UOC A;  4WFN L;  4CER A;  3CHW A;  4MLH A;  3WA0 A; 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