4ILJA

Crystal structure of an prp8p rnaseh w1911a mutant protein
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
GAMNSSNYAELFNNDIKLFVDDTNVYRVTVHKTFEGNVATKAINGCIFTLNPKTGHLFLKIIHTSVWAGQKRLSQLAKAKTAEEVSALVRSLPKEEQPKQIIVTRKAMLDPLEVHMLDFPNIAIRPTELRLPFSAAMSIDKLSDVVMKATEPQMVLFNIYDDWLDRISSYTAFSRLTLLLRALKTNEESAKMILLSDPTITIKSYHLWPSFTDEQWITIESQMRDLILTEYGRKYNVNISALTQTEIKDIILGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis for dual roles of Aar2p in U5 snRNP assembly.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-splicing factor 8
molecule tags Splicing
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 81
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4iljA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4iljA01
3SBTA 3E9OA 4JK7A 4JKGB 4JK8A 4JKFA 3E9PA 4JKHA 4JKCA 4JKGA 4JKBA 4ILHA 4ILGB 3SBGA 4JK9A 4JKEA 4JKDA 4ILJA 4JKAA 3ENBA 3E9LA 3E66A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FOIA 4KREA 3ATUA 4OLAA 3V9WA 3F9MA 1TK0A 4E7JA 4QS9A 2F9TA 3AVAA 1NKBA 2D0CA 3KLGA 3ZLJA 1TK8A 1NK8A 3KHYA 3ULEA 1A5VA 3SQ1A 4C8NA 2O8FB 1B9FA 2VGNA 3CCMN 3KIOA 3CCVN 1BDGA 4GW6A 4NCGA 4DXAB 3CQ8A 1EWRA 3LWMA 3EE9A 4Y1CA 4DG1A 4KB0A 1GG3A 3H3OB 3A5MC 1HBKA 2FXUA 4FLVA 1TYQA 3JXUA 2ZJRL 4KHWA 4L3QA 2YHYA 3CJ9A 3K9KA 3SCXA 4KAZA 3FP5A 4H0VB 1NGIA 2ZPYA 1HMVA 4QS8A 4CVNE 3SZ2A 4DTSA 1OKJA 4QS7A 5CZ1A 3V4IA 5TKWA 4CK2A 3FFIA 3S3MA 3I55N 1N34K 1RBSA 4FM2A 3QEVA 4PKHA 3SK3A 3FE1A 4KPYA 4OJRA 4ELVA 3ISNC 2G8IA 5ADXH 4FLXA 4H03B 5SWMA 1GLLO 1VSEA 3AO1A 3NCIA 4E89A 4XH5A 3OYBA 3VQ9A 1N6QA 2ZGZA 5E84A 3EZWA 4AF1A 3MN9A 3WXKA 1BA0A 3L2QA 4EHTA 4IG0A 1C0MA 5FRNA 3O9SA 2FSKA 2QM1A 3VQAA 4J2EA 4IXCA 1LAWA 2P9NA 1O1WA 4EZ9A 5KI6A 3LDQA 3GL1A 2CB8A 2E2QA 3AO4A 2ABDA 3K5OA 1RBTA 3HL8A 4JK9A 3AA4A 1GLFO 4BE0A 4LF6K 1Z25A 2V51B 4N76A 3HVRA 1KTQA 3CCEN 4E1MA 3IUCA 2QKKA 3SI6A 4E7IA 1GOCA 2RPIA 3KK3A 4GV6A 5HRRA 2W6LA 1J5EK 1JL1A 1BO5O 5FPEA 3R9PA 4N5SA 1JDEA 3MN6A 1QVGM 4NYNA 4M3YA 3V1RA 5BPMA 3VQ4A 2FDQA 1RT3A 1YHQN 3NF7A 1YUWA 4AH9A 4IWVA 1XC3A 3EY1A 3SBTA 3TWHA 2GELA 4G9ZA 2HVIA 3JYTA 1B92A 4CESA 4DUZK 3CQXA 3M5RA 4PL8A 4JKBA 1U49A 2YV0X 5C12A 4ELTA 3LL3A 2YNFA 5CZ2A 4EKUA 3UKUA 2I7PA 1WAJA 1BIZA 3GG4A 5AZIA 5LL6Z 1GLEG 3WNHA 4I2PA 4JRQA 1BA1A 3VEOA 4IEEA 4YOTA 3IDHA 2BUPA 3T3FA 1UAXA 3THWB 3VTHA 2YHBA 3NH1A 3OYIA 3RR8A 1S22A 3PIPL 1JCFA 4KBOA 4BGBA 2WTUA 3M8SA 5DMRA 1U48A 4KH5A 1Y19B 1YVUA 1OVQA 2COPA 5JMVA 3AU4A 1NGHA 3JS6A 2OZMA 3T69A 2F96A 2J0KA 4FWOA 4RTFD 5I3UA 1C0GA 2NRWA 1WSGA 2X74A 3PX0A 3G0ZA 1RT2A 4I6MB 3CPEA 4HCCA 4ID1A 1NGGA 1NOYA 4GMJB 3R1XA 3HM8A 4AHUA 1N5YA 5I42A 5FDLA 4JHDB 4EZ6A 3KWGA 3CF5L 4WFBL 4A57A 3PZDA 4L8RB 5LMUK 2W40A 2CGKA 3WXJA 2NUBA 3K5LA 1ATNA 3CC2N 4M3UA 4DHYA 4K8ZA 1EQYA 4CHZA 3OBYA 1MWMA 4Q5VA 1WBDA 2D4WA 2CQUA 2EMSA 2G8KA 3P83D 3Q7CA 4BY9C 5AQIA 1BHLA 3MN7A 3V1OA 4PWDA 2HNDA 4DV2K 3O9RA 4DV0K 1LWCA 3RVCA 1M90O 2GV9A 3KKRA 4X66K 4J2DA 1NVLA 2RF2A 5C0YA 1BCOA 1SGHA 4DQIA 3SBGA 1S1XA 4JKEA 1VQLN 3L3UA 3QDKA 2YNIA 3RR7A 5AQFA 4F7GA 4Z4FA 4DR1K 1U47A 4B1UB 4CIEA 4YFUA 1JLQA 1NJXA 4RWTA 3DRPA 4H5WA 4JI2K 3PY8A 1UOCA 5BPLA 4BREA 2NZTA 3VEWA 5AQUA 2G8VA 3BEXA 5F2RA 4ILGB 2ZGYA 1V4SA 3SAFA 3P5JA 3O6WA 1YTAA 5AZJA 3OHRA 3TI0A 3IVFA 4U7BA 5AR0A 4JI8K 2VG5A 1SKRA 3LP0A 1XQSC 2I1JA 4IO9L 4JKAA 1E5WA 4JD2A 4C8OA 3RMAA 4AQYK 4CZMA 4FJMA 3A0IX 1L3UA 3C6AA 2A5XA 4BRLA 2YJEA 3VQ5A 3FZHA 4FPAA 5BN9A 4K25A 3VERA 4NCAA 2VWKA 4B9MA 4FM1A 4PKIA 4B9UA 2HF3A 3LAMA 4B1WB 3TAFA 1C6VA 3DRSA 2J0JA 4WQ4A 3WNGA 2A40A 3TTFA 4JKHA 1CLQA 3VQ7A 1TK5A 5IJMA 4BRNA 3EL2A 4XIUA 3QETA 1N32K 1E3MA 1IBMK 2CGJA 3AVCA 4A5AA 5I9EB 1W7AA 4DKWA 5AQSA 2GWJA 3CJCA 5CY4A 1SKWA 4MLHA 4Z94A 4DTMA 1BU6O 1XWLA 1VSLA 3D45A 2AA4A 2VWJA 2VG6A 4W5RA 4KO0A 4XH4A 2Z1GA 1L3SA 4F3TA 1VSHA 3SAHA 3AU5A 4OGEA 4AHTA 3K0SA 2PY5A 3HPOA 4NB4A 4LH5A 1D4XA 4OKEA 3VQQA 4E1NA 3SMPA 4KTWA 3VGMA 1HKCA 1LWEA 2B5JA 2P9PB 3SUPA 2YHWA 2HMPA 3AVMA 4DV5K 5GINA 4CJFA 4DFKA 3WQUA 4WQ5A 1ST7A 2BANA 2QA4N 1EETA 4J8FA 3UKRB 3V6DA 1F21A 5AQGA 3LPUA 3B6PA 1ZBIA 4N47A 1ACAA 4BG9A 2AEHA 1JLAA 1JLEA 4EP4A 3JSMA 3TARA 1N33K 4CFBA 4HUEA 3NGYA 1P8ZA 3ULEB 3QNNA 2BGGA 4O8KA 1VSKA 1Q9YA 4HHTA 3FGUA 1Q8IA 2D10A 3IKMA 2AL6A 4JKDA 3OS0A 5GIPA 2XY7A 1L5UA 4NY0A 3BF1A 1XUPO 4HVJA 1SL0A 4DQPA 1ESVA 5HRPA 3CFRA 2A41A 4CZKA 2Q97A 1SUQA 3RSEA 3DXKA 4JNEA 1SKSA 2IIRA 3DRRA 4LSLA 5KPTA 5EU7A 2IS3A 4M63C 3ASMA 1MIXA 3WT0A 1HNZK 2KW4A 1CZAN 2P9SA 3O3GA 3CCSN 4YDUC 3HPHA 4AILC 2PAVA 2XRIA 3I8BA 1ZBSA 3HM9A 1J54A 2FBYA 2O8EA 2QW9A 4B9VA 5HRNA 3QNOA 2D0OA 5KPRA 2E88A 1RT5A 3ZT1A 3AVBA 3BGRA 3C6HA 1GLJO 2JGUA 2I5JA 3OYMA 3NAEA 4O0IA 3TAPA 1SAZA 3MX5A 3M8QA 4GVMA 1V4TA 2ZE2A 1XC9A 5AQJA 4C1NI 3OS2A 2GUIA 1TV6A 4FVMA 3ZT2A 2EX3A 1KC8O 4NLBA 4ILJA 3HOTA 3SJHA 4X62K 1BL3A 2UXBK 4IG3A 4OPJA 4Z4GA 1IJJA 2P9NB 3H45C 4JEPA 3KLHA 1RILA 5GAHP 5T7BA 3IRXA 1BQNA 1Y97A 1BISA 5EX5A 1H4RA 4WYBA 4BVOA 4BGAA 3OYEA 4KI6A 3PVLA 1CZBA 2WFBA 1ZBUA 4GKJK 4DR7K 1KAXA 4CIFA 4QCLA 4TSXA 1DLOA 3OYLA 3K2PA 2P5OA 4A61A 3E9LA 4BC3A 3SJJA 3SQ2A 4FJJA 5KGWA 1RTDA 4HWIA 2QWRA 1I39A 1TKZA 1HJOA 1K8KA 2EHGA 4HTLA 3J7AP 1B9DA 1TUYA 3IFRA 4ZTFA 4CERA 2OANA 4M41A 1TKXA 1UWBA 2D2QA 2OA8A 4I9QA 1DIKA 5C10A 2QKBA 1KQSM 4DSJA 4IO8A 4JI5K 3SV4A 4ZTJA 1YT3A 4FWQA 3HYFA 1CXQA 4ISGA 3VENA 3KLFA 4BRPA 1ZBHA 1RDBA 4W5QA 5AJ3K 1J5OA 3V81A 3O1BA 3UKUB 3DMJA 1J53A 4FJLA 5EVZA 5AZIB 2GEMA 2P9PA 3KVGA 2E5LK 3KD1E 4V19S 3L0QA 3H1VX 3SPZA 2HSTA 4BE1A 1GLAG 2QWPA 4CHOA 4JS5A 2UUAK 4CJ7A 1K8AO 4BC2A 4CBWA 1VSMA 4CF9A 1XMQK 1S9EA 1HPZA 2YNGA 3CM6A 1WOQA 3TPQA 3VEVA 1WAFA 1I3AA 3TR8A 4O8UA 2ZM6K 4JRPA 2HVHA 2GBZA 4CD1A 3EZ5A 1WSIA 1YJWN 1DEJA 1JLFA 5LJVA 1VRUA 1BCMA 4DV1K 1ZBFA 3FZKA 1VQON 2VCPA 4CF0A 4M3RA 1IG9A 3ENOA 5TKYA 3TAMA 1ILYA 3ZYYX 1S3XA 1HPMA 1VQ7N 4K0KK 4IOCL 4CEFA 3LP1A 4LF9K 1KVBA 2FLOA 3KK2A 4WFAL 3LZJA 4KHUA 1S1WA 4JKGA 2OCEA 4ISEA 5GAGP 3LM9A 4YOUA 4MDBA 5LMNK 4CZGA 2V7YA 2XY5A 1ZC6A 2QWOA 3VF2A 4LF4K 3VQBA 3OTOK 3MEDA 1U4BA 4KRFA 4OPHA 2F9WA 2NRRA 4FLZA 3SUOA 1S1VA 1VQ8N 2YHXA 3SPYA 1WBBA 4BRQA 1O13A 3TU5A 4DB3A 1RT1A 3C7NA 1DTQA 4ELUA 1VQMN 2QWLA 3J81O 2FJ9A 3BY5A 1QZ6A 4BRGA 4HUFA 1LW0A 4OPKA 1VBGA 2O8BA 1S9GA 4DV4K 3KZBA 1FW6A 3DLBA 4JI1K 1NGCA 1RGIA 4CJ5A 5EXWA 3H08A 3J7ZO 1SZ2A 4FJ7A 4N56A 2HHWA 4RW8A 3L6QA 3LP2A 4ISFA 4RW4A 3F5TA 4K42A 4B3TK 2HBLA 3FFKB 4H5TA 4FCYA 4F2SA 4CJTA 2O4GA 4CCHA 4B9LA 3NF9A 2UUBK 5AZJB 1NJIO 1RFQA 2PFUA 1HNIA 3BINA 4FXDA 2AJQA 4C8LA 4A59A 2BDPA 3S41A 3ZSQA 1L3TA 4JD2B 3OS1A 3WXIA 3VGLA 1VSFA 4CEEA 4JI3K 4WFNL 3OJUA 2R7YA 1QHTA 3H1QA 2YI1A 1P90A 3QBWA 3ZX0A 3HBTA 3O1WA 3MX2A 3TAGA 3ID8A 5AQLA 1KD1O 2VG7A 3W3DA 4CGGA 4BDPA 4F2RA 2Q36A 4BRAA 2FBXA 2YHAA 4DUYK 4DU3A 3M6GA 4Q0BA 1C0FA 5SZTA 3C6UA 3OYJA 4FM0A 4F9OA 1BI4A 4MO4A 3VQEA 4FK4A 4KKOA 4CD3A 1U6ZA 5HRSA 3I0RA 1KFSA 1NM1A 4B1YB 5JLHA 3HPGA 3GBTA 1KXPA 5AQMA 3CERA 2WOMA 5CHIA 1KVAA 5AQRA 4FL9A 4UQGA 3IAYA 1LCUA 3J8AA 3RMDA 4A5BA 1HKGA 3ENBA 4LY7A 3ZETA 1Q9XA 2ZF5O 5KGXA 2UXCK 2WH5A 3L2RA 4H4OA 5KQ8A 4JLHA 3CCUN 2ZWHA 3NVKA 3V9XA 3X23A 2D1KA 4BG8A 4CE9A 3H6EA 2EMTA 1GLBG 1S1UA 4RW6A 4CF8A 1KVCA 3ENHA 4BACA 3D7EO 1VSIA 4CZLA 3LAKA 2GWKA 1N36K 4BR9A 3P39A 1YIJN 2Y1IA 1NK6A 3QIOA 1XHXA 5HBMA 3BZCA 3H3NO 2DIKA 2WONA 1MK9B 5C2DA 4U67L 3AVLA 3CXCM 4MQ3A 1EF1A 3AO2A 3WA0A 2AP1A 3VQPA 4FK0A 1QHAA 2O4IA 3AVKA 1Q82O 4DTNA 3T1AA 3J80O 3ZSZA 4LD0A 2Q3SA 4CF2A 4OPAA 3VOVA 4FLYA 3VGKA 2F4VK 2VQEK 5AQZA 2BTFA 4QOZB 3DWLA 3MN5A 1GLCG 4IJAA 1HKBA 3MWTA 2HHXA 1DKGD 2OPPA 4CJQA 1GLDG 1MDUB 5EY4A 4WQ4C 4Z4IA 4Z4CA 4GVEA 1VQNN 4IKFA 3RSEB 3DXKB 4CI6A 3HSTB 4FJXA 4MFBA 4BVPA 3CCRN 4LF5K 4DCHA 3BZKA 1MWKA 1FK9A 3OA9A 2P9SB 4IJNA 1C0TA 3AO5A 2ZQBA 1XNQK 4CHYA 2O8EB 2UU9K 3O4NA 4PUOA 4N41A 5M1NA 4DQ8A 4E7KA 1C1AA 4B08A 1KAZA 2YX6A 4K8XA 2NRTA 4DLEA 3CI5A 4H5VA 2FF3B 4DR4K 2A6AA 5CE3A 1RT4A 3W0LA 3LZIA 3L3VA 3D6RA 1FXXA 2BE2A 2E6MA 1EX4A 4WQ5C 1T05A 1VAZA 2ITMA 4ID5A 3CHWA 3NHGA 3MEEA 5KRTA 3NF8A 3O9TA 4GNIA 2QWMA 5J2MA 3V9UA 1I94K 2HHUA 1G15A 4AHRA 3RWUA 5C2FA 4E7LA 4FLTA 3ZT3A 1BWFO 4DSIA 3O5BA 3V9SA 2WC9A 4DS5A 4HDQA 2FSNA 3K9JA 2EWSA 2P9UA 1JLGA 1X1PA 4BR7A 4CECA 5JICA 3ZEUA 4CFAA 4XH1A 1U04A 4QAGA 4BC4A 3CJAA 1NMNA 2IVPA 1S6QA 2DY4A 3U9ZA 1JXEA 1K8KB 1J19A 2HB5A 1QZ5A 5AQTA 4FYDA 3VA3A 4YOXA 4BR2A 3CJBA 4MDAA 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 3SBT A;  3E9O A;  4JK7 A;  4JKG B;  4JK8 A;  4JKF A;  3E9P A;  4JKH A;  4JKC A;  4JKG A;  4JKB A;  4ILH A;  4ILG B;  3SBG A;  4JK9 A;  4JKE A;  4JKD A;  4ILJ A;  4JKA A;  3ENB A;  3E9L A;  3E66 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4FOI A;  4KRE A;  3ATU A;  4OLA A;  3V9W A;  3F9M A;  1TK0 A;  4E7J A;  4QS9 A;  2F9T A;  3AVA A;  1NKB A;  2D0C A;  3KLG A;  3ZLJ A;  1TK8 A;  1NK8 A;  3KHY A;  3ULE A;  1A5V A;  3SQ1 A;  4C8N A;  2O8F B;  1B9F A;  2VGN A;  3CCM N;  3KIO A;  3CCV N;  1BDG A;  4GW6 A;  4NCG A;  4DXA B;  3CQ8 A;  1EWR A;  3LWM A;  3EE9 A;  4Y1C A;  4DG1 A;  4KB0 A;  1GG3 A;  3H3O B;  3A5M C;  1HBK A;  2FXU A;  4FLV A;  1TYQ A;  3JXU A;  2ZJR L;  4KHW A;  4L3Q A;  2YHY A;  3CJ9 A;  3K9K A;  3SCX A;  4KAZ A;  3FP5 A;  4H0V B;  1NGI A;  2ZPY A;  1HMV A;  4QS8 A;  4CVN E;  3SZ2 A;  4DTS A;  1OKJ A;  4QS7 A;  5CZ1 A;  3V4I A;  5TKW A;  4CK2 A;  3FFI A;  3S3M A;  3I55 N;  1N34 K;  1RBS A;  4FM2 A;  3QEV A;  4PKH A;  3SK3 A;  3FE1 A;  4KPY A;  4OJR A;  4ELV A;  3ISN C;  2G8I A;  5ADX H;  4FLX A;  4H03 B;  5SWM A;  1GLL O;  1VSE A;  3AO1 A;  3NCI A;  4E89 A;  4XH5 A;  3OYB A;  3VQ9 A;  1N6Q A;  2ZGZ A;  5E84 A;  3EZW A;  4AF1 A;  3MN9 A;  3WXK A;  1BA0 A;  3L2Q A;  4EHT A;  4IG0 A;  1C0M A;  5FRN A;  3O9S A;  2FSK A; 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