4JK7A

Open and closed forms of wild-type human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
ELFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 65
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jk7A02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jk7A01
3ENBA 4JKHA 4JK7A 3E9LA 3SBTA 4JKFA 4JKDA 4JKCA 4ILGB 4ILJA 4JKGA 4ILHA 4JKGB 3SBGA 4JKEA 4JK8A 3E66A 3E9OA 4JK9A 3E9PA 4JKAA 4JKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QWQA 1SKRA 2HBLA 1RILA 1VSDA 3FZHA 4CZKA 4Z94A 1BQMA 4CJ4A 2D0OA 4CIFA 4DV3K 2WC9A 3WXIA 2O8EA 4KTQA 4BG9A 3ASMA 1K8AO 3CIPA 1J5OA 4Z0UA 1XUPO 4JRQA 4PL8A 1NG9A 1JCGA 3MXJA 4N47A 4EFHA 1VHXA 3BZCA 2HHWA 3VENA 3Q7CA 3NMUA 2X0SA 4ISEA 2YX6A 4KV8A 2CGKA 3MWPA 4AHSA 1LWFA 4DV4K 2NRZA 5GADP 3WXJA 3ATUA 1P90A 4H03B 1N32K 1OH5A 4DR1K 3THYA 4BDZA 3QICA 3H6EA 4DR6K 4CEAA 3NH1A 1K73O 2G8FA 2HHSA 4LD0A 2OPRA 4CJFA 1TUUA 3A2FA 1V4SA 3IDHA 4BR4A 4FZYA 4QCLA 4P7IA 4O5FA 4DQSA 2FSJA 3SUOA 1T6DA 1Q86O 2W6KA 1O13A 4F3TA 4JKAA 2KW4A 1S9EA 1WSJA 4FXDA 4KHPK 4CJSA 3DMJA 3SPYA 1TKTA 4WFNL 2F8SA 2NNWA 3CFRA 1Q82O 4I9LA 2PAVA 5JS1A 5HOOA 4YL8A 3I56N 1SUQA 1NK9A 1J54A 4BR9A 1C0UA 1JXBA 4HCBA 1REVA 1HNZK 1KCFA 2XY6A 4JD2B 3UE5A 4I2PA 4Z4CA 4JS5A 4KHQA 4BC3A 1EX4A 4JI5K 1ASWA 3RR8A 2YVCA 3K2PA 1QQNA 1UOCA 3C6HA 4FJNA 2V52B 3AGRA 2W6LA 2UXBK 2P9PB 4CGHA 4G9ZA 3VPZA 1BQNA 3PX6A 4A59A 1JJ2M 1B9DA 5J2MA 1D8YA 3OYNA 4DTRA 2P9SB 2QTDA 4EIAA 3VEVA 5CZ1A 1HNWK 1E4GT 3QIPA 4NXNK 2FBYA 3VQBA 5SWMA 4Q0BA 3D2FB 4Z4IA 1HNIA 3S9HA 4B9LA 1IG8A 1NGAA 1YAGA 5DK5A 3NBPA 1JL1A 4FWLA 3O08A 1WAJA 3QO9A 1Z05A 3P5JA 1RT6A 4K42A 4KTWA 4BQZA 3BINA 4DXAB 3HT3A 4O44A 3M1FA 3FLVA 4Z4GA 3OYHA 3HOSA 3CQXA 4O4GA 1U45A 3ID6A 5CY4A 1XI1A 1TAQA 4CHPA 1D5AA 3MCPA 2NLXA 3FFKB 3MEGA 3LL3A 1D9FA 3E9LA 2KFZA 1EO1A 1VSFA 2FF6A 4B1XB 1N33K 2OZMA 3SI6A 3AARA 2G8UA 1NGJA 3HVTA 4YOUA 2V7YA 2D0AA 1SAZA 3VQ4A 4DFKA 3LM2A 4DSJA 2YJFA 3NH2A 5GINA 2OPQA 1BI4B 1KSPA 3TAGA 1SL2A 3OYBA 3UKRB 3ZSOA 5BN9A 2E8AA 5KRTA 3DXMA 4ZRJA 1RDBA 1WSGA 3G6EN 3MAQA 2E2NA 5F0XA 4DSEA 4FOEA 1HBKA 4BC5A 2QM1A 2Z1JA 4BRFA 2HNYA 3K5NA 3H1QA 2P9LA 4CJQA 3L8BA 1OH7A 2HF3A 2WONA 4IDHA 5AQYA 1VQ5N 2O8CA 4F3OA 3E9OA 4ZTJA 3O4QA 1QSLA 4FLYA 2YNGA 2Q2RA 4JN4A 3AO1A 4CFAA 4H0OA 4PWDA 4BVPA 2HBMA 2KZZA 3T1YK 5AQVA 4FWKA 3V9UA 3OYIA 3TAQA 1NGGA 3CQYA 2Q0UA 5TKWA 4W5TA 4J2AA 2HBJA 3WXKA 4C23A 3JSMA 3ULDA 3AVHA 4AM7A 3G10A 4M3ZA 3O1BA 2RKIA 4PL7A 4K0KK 5EVZA 2XY5A 1YXQA 3VEXA 4BRLA 4FJ7A 4CF9A 3QEIA 2PZSA 4H0XB 4DS4A 3VQ9A 3DAWA 4B08A 3U7DA 3HPGA 1HNXK 3AO2A 5AR0A 3A8YA 4PQUA 3C94A 1WSHA 4JK8A 5LY3A 3LAMA 3LDQA 5B8HA 5A2QO 3LP1A 2CH5A 1T7PA 3KK1A 3ZSXA 4ELTA 1K8KB 1H1VA 4WFAL 4M41A 3LZJA 3HM8A 4JI2K 4GKJK 1QQCA 2O8DB 4ELUA 3KZBA 4DF4A 4G1QA 3BP8A 1WSEA 3OYCA 3AVFA 3SK3A 1VQ6N 2VWBA 4JKGA 3VF4A 1T03A 3K9KA 2HSTA 5EXWA 4J8FA 2O8FA 2XY7A 4KHUA 5AQKA 3C6TA 2P9NB 4KAZA 1F21A 1X3NA 1YTAA 1ZBLA 1P8ZA 1RBUA 1NJWA 4KHWA 5BRDA 3NGIA 4ELVA 4DU4A 1HMVA 4BR2A 3KLEA 2IGIA 3HI0A 3QNNA 3VGMA 4OLAA 1UA0A 4JI8K 4HVJA 1NMNA 3TTDA 2R7YA 4TSXA 4JYAK 3CC4N 5DM7L 3VA0A 3OYFA 3NF9A 1NGDA 1CXQA 5AFUH 4ISFA 1BO5O 3U3GA 2FXUA 2D2QA 2COPA 3MK6A 4AHTA 3D2EB 1HQUA 3VETA 3WT0A 2B6AA 2VG6A 2VQEK 1LW2A 1VRTA 3M8RA 1ZYQA 4M63C 1YVUA 4DF8A 4WFBL 3KLGA 3HPHA 5CZ2A 3VEWA 3LWMA 4QAGA 1Z26A 1BA0A 3ALYA 2IS3A 2YNHA 1GLCG 4DU3A 3TAFA 4F8RA 4DQ8A 1LWCA 4BACA 5AZIB 3S3OA 1TKZA 1NJZA 3N4PA 3TSUA 3ZETA 4CJTA 4FM1A 1ATNA 1NK7A 1C0FA 4DLEA 2CQUA 4K8ZA 3RSEB 4DCHA 5FPEA 2FJ9A 4CYEA 1YIJN 4BRMA 2Y1JA 1MWKA 4B9NA 4AHVA 4F9OA 1X1PA 3I0SA 3ENOA 1VQNN 1A5VA 3QBXA 1WAFA 4I2QA 5LMUK 3EYZA 2ETJA 3VF2A 4IG0A 4E7LA 4CGFA 4LFAK 4CJUA 2VCPA 3DRSA 4BRDA 3CC7N 2A1SA 3RTVA 1EKEA 5E26A 4CESA 3AVKA 4CEOA 3LALA 4H5WA 5FROA 3MXIA 4CBUA 4CIGA 3PO4A 1NK4A 1K6YA 4W5QA 3V9XA 2E2PA 2Q36A 3BEXA 5C12A 2P9UB 3JAMO 4RW4A 4BG8A 2OCEA 1DGKN 3R3LA 3SUPA 3QEVA 1HPZA 5JS2A 1I3AA 1TGOA 2OTJN 4DKWA 2P51A 5BRFA 4A2AA 4A57A 3TABA 1BOTO 2V7ZA 2VYPA 5AQFA 5AQUA 3DXKA 3KTQA 4L8RB 3E1YA 2KZMA 4BRPA 3LDLA 1E4FT 1N36K 4DS5A 1NJIO 3A5MC 3AVBA 3SV3A 4B1UB 4E0DA 4IFEA 3AVGA 3SMPA 1VQ9N 2E4LA 3L6QA 3K59A 4BRIA 3C0BA 4DLGA 4DFJA 2IOCA 1HYVA 4CJEA 3K5MA 2G8HA 4OX9K 1SGHA 4A62A 4BQLA 2DFEA 4YOWA 1NGCA 1L5UA 2W42A 3L2UA 1B9FA 2F8TA 4CECA 4YOVA 3CCVN 1JXEA 2O4GA 3HRGA 4FVMA 4OGEA 4JKCA 2QKKA 4CF1A 3L2RA 5IJMA 4DTNA 1ESVA 1KAXA 1OKJA 4JD2A 1HKGA 1GC6A 2XHBA 3LM9A 1HYSA 4RW6A 3V81A 2P5GA 4FL9A 3KK3A 3CFPA 2VQFK 2EMSA 1IKXA 4A2BA 1U4BA 4FWOA 4YNQA 1KVCA 2E6LA 2P9SA 1RDWX 3ZEUB 1LV5A 2QA4N 4CF0A 1T05A 1RDCA 5CE3A 4FWPA 1TK0A 4YY3K 3ZT2A 1Z6RA 4B3SK 2OPPA 4GV9A 1NGIA 1LCUA 2LBBA 2JWKA 1Q9YA 5GIPA 1GC7A 1IKVA 3RVCA 4AH9A 1SZ2A 3O9QA 4M3XA 4Y0WA 4M45A 2UU9K 3P39A 2VWKA 1L3SA 3A0IX 5HBMA 1DTQA 1X9WA 1B92A 3VERA 3THVA 4F7GA 1KAYA 4FM2A 4YOYA 4JRPA 1IBMK 4DSLA 2HHXA 4OKEA 1YI2N 3CCEN 3MMVA 4EZ9A 1DEJA 1QTMA 3IS9A 3SJJA 2PBDA 1VQPN 4FK0A 4HWIA 1CZ9A 4CHQA 4JEPA 4KTZA 2DPNA 3KLIA 3SZ2A 3V9SA 1VSHA 3SLCA 2ZGYA 3ID8A 2Z1GA 1NGHA 4C8NA 5FLXO 2G8VA 4GVMA 2F96A 3B8AX 4E19A 2QK9A 4O8UA 4FW1A 2HNZA 5HROA 4HDQA 4KHYA 1GGOA 3B6OA 5AQLA 4LC9B 2KKZA 1VQ4N 2OPSA 1JLFA 4R79A 3BUZB 3UKRA 2YNFA 2YNIA 3LP3A 5C10A 2HVHA 3IFRA 2GUPA 5ELZA 3TAPA 3CJAA 1W97L 1VK0A 3A5OC 4DTXA 1NJYA 5CYMA 1SKSA 5T7BA 5J1EA 2DTUA 4E7KA 3MN5A 1GLLO 4FPBA 1ATSA 2DY4A 2IVNA 3VA3A 3TWHA 4OKJA 2YHAA 4A5AA 1YT3A 3H1VX 1VRUA 3DLHA 4C8MA 1GLFO 3A5LC 2E20A 3AVAA 4PY5A 2YJEA 4BR5A 2AA4A 3UKUA 3N4QA 4C8OA 2HMIA 3DLRA 4CJ3A 1SV5A 4LFBK 1BCOA 1FW6A 4KB1A 3WNEA 3QESA 1D9DA 1KTQA 1YVNA 1LAWA 3OY9A 3C95A 4DU1A 2P9IB 4FW2A 1J6ZA 1IBLK 3OS1A 1XC9A 3O9TA 1RTIA 3DLKA 4JAXA 4HUEA 3AA5X 4KH6A 2NUBA 1S1WA 3M8PA 4FJJA 3H08A 1S6QA 4GVEA 4ZRKA 3KWGA 2F9WA 3LPUA 1NOZA 5LMNK 4BR0A 3VQ6A 4CEFA 1G15A 3J7YP 3OW2M 4BRAA 4H4MA 4W5NA 4YDUA 4JKHA 1K8KA 4H5TA 3T1HK 4JHDB 2O8DA 4WQ5C 3OHRA 2Z1IA 3WA0A 4FWQA 4X66K 4OKKA 3FZFA 1G99A 4DV5K 5MLCQ 3T3FA 4DR4K 4F2SA 1J53A 1W2BM 4OGCA 1JCFA 1T3VA 4LFCK 5JMVA 2P9NA 3NFAA 3FR0A 3IUCA 3CETA 4FPAA 3PVLA 1RT7A 1U04A 1TYQA 1DT9A 3T7ZA 5FDLA 1RT4A 3FFIA 3P83D 3ZSQA 3WQUA 2ZD1A 4CGGA 1N34K 3F2KA 3ZSYA 2VG5A 3SBGA 2HHQA 5BPNA 2I7NA 2CGLA 3DYAA 3OJSA 3TTFA 4KI6A 4B9TA 1BIUA 3HPOA 4CEDA 3AVNA 3CCSN 3AO3A 3NH0A 4E3SA 4M7XA 1CLQA 2IC3A 3D2EA 4CBWA 4CGIA 3TAMA 2ZE2A 5AQWA 4O55A 1LOTB 4YOXA 2F4VK 4MO5A 4RWTA 1TV6A 3FZMA 4LSLA 4JI1K 3OYKA 5KPZA 1BDGA 2ATQA 2JWLA 1KC8O 4QS8A 2OANA 3ZLJA 2PFUA 3EE8A 3RMCA 5JLFA 2OTLN 2ITMA 5AZIA 4IJNA 4CZLA 3SCXA 4AF1A 2YHWA 2QWMA 2KLAA 4OLBA 4NXMK 4YFUA 3DLLL 4PKGA 4CZJA 1IO2A 5LJVA 2X78A 1VQ7N 3T19A 1WSIA 4F4KA 4YDUC 3RSEA 1KFDA 5AQPA 1QE1A 4N5SA 5BPMA 4BY9C 2D4WA 3G71N 1FJGK 1Q81O 1YITN 2WFBA 3CXCM 3TU5A 3V6DA 3ULEB 1S1TA 4E7IA 4PUOA 4IOCL 1S3XA 3JS6A 4B8CA 2HVIA 1NK0A 4B9SA 3SAFA 4IWVA 3LZIA 1S1XA 3NVMA 4LH5A 3HL8A 2A3ZA 3EE9A 3FZKA 1NGBA 2B5JA 1E3MA 1BG3A 1JLGA 3NAEA 4FLXA 1I39A 1Z25A 2IDOA 1IKWA 3J81O 3L3VA 4CZEA 3H3OB 1RBVA 2P9UA 2O8BB 1RT3A 4LF4K 3EN9A 1C0TA 3C6UA 2JGUA 4E1MA 1W7AA 2HMPA 1XNRK 5HRPA 4ILGB 3PX0A 3R6MA 3MEDA 1RGIA 4FSVA 3VQAA 4FLZA 3U3YA 4MLEA 3QIJA 1RCHA 3U9ZA 4N56A 4JLHA 3AA2A 2E5LK 4K41A 4UQGA 1HNVA 4EP4A 3TI0A 2RN2A 4AM6A 1NI2A 1IH7A 4ZTFA 4W5OA 4NO7A 4PKHA 2O8EB 4DB3A 1QVFM 3ZT3A 1ZC6A 2UXCK 1XHXA 3K5OA 3DJCA 3AVJA 1S5JA 2OYQA 5FRMA 1N8RO 1SL1A 4DV1K 4F2RA 4A61A 3RWUA 1HB6A 3PLAA 3V4IA 2DFFA 4BREA 2ASOA 1J9AA 3LDPA 4H0VB 4CJLA 3NE6A 5C15A 3ENBA 4B8AB 4C8LA 5GIOA 1FK9A 3CG7A 4FZZA 2HHTA 3VQDA 4JI3K 1JLCA 4V19S 4QS7A 3I0RA 1ZBSA 3L0QA 4WCEL 3J7ZO 4CERA 5EU7A 3HJFA 1EWQA 4EKUA 3A5NC 1HJRA 5AQIA 3TR8A 3CHWA 1O1WA 1W0HA 3ENHA 3BDPA 2ZQBA 2P1JA 4MFBA 4BRHA 5I42A 4AILC 3CMAN 4K25A 3BZKA 3JXUA 4C1NK 5C2DA 1EF1A 4FK2A 2HBKA 1VBGA 3KKSA 5CYQA 3O80A 3KD1E 5I9EB 2ASPA 3KVGA 5FPMA 1QQMA 4EP5A 2RE2A 4J2DA 4JKBA 4HTLA 1RT2A 3O9RA 1A5XA 3WXLA 1VSKA 3KIOA 4KREA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ENB A;  4JKH A;  4JK7 A;  3E9L A;  3SBT A;  4JKF A;  4JKD A;  4JKC A;  4ILG B;  4ILJ A;  4JKG A;  4ILH A;  4JKG B;  3SBG A;  4JKE A;  4JK8 A;  3E66 A;  3E9O A;  4JK9 A;  3E9P A;  4JKA A;  4JKB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QWQ A;  1SKR A;  2HBL A;  1RIL A;  1VSD A;  3FZH A;  4CZK A;  4Z94 A;  1BQM A;  4CJ4 A;  2D0O A;  4CIF A;  4DV3 K;  2WC9 A;  3WXI A;  2O8E A;  4KTQ A;  4BG9 A;  3ASM A;  1K8A O;  3CIP A;  1J5O A;  4Z0U A;  1XUP O;  4JRQ A;  4PL8 A;  1NG9 A;  1JCG A;  3MXJ A;  4N47 A;  4EFH A;  1VHX A;  3BZC A;  2HHW A;  3VEN A;  3Q7C A;  3NMU A;  2X0S A;  4ISE A;  2YX6 A;  4KV8 A;  2CGK A;  3MWP A;  4AHS A;  1LWF A;  4DV4 K;  2NRZ A;  5GAD P;  3WXJ A;  3ATU A;  1P90 A;  4H03 B;  1N32 K;  1OH5 A;  4DR1 K;  3THY A;  4BDZ A;  3QIC A;  3H6E A;  4DR6 K;  4CEA A;  3NH1 A;  1K73 O;  2G8F A;  2HHS A;  4LD0 A;  2OPR A;  4CJF A;  1TUU A;  3A2F A;  1V4S A;  3IDH A;  4BR4 A;  4FZY A;  4QCL A;  4P7I A;  4O5F A;  4DQS A;  2FSJ A;  3SUO A;  1T6D A;  1Q86 O;  2W6K A;  1O13 A;  4F3T A;  4JKA A;  2KW4 A;  1S9E A;  1WSJ A;  4FXD A;  4KHP K;  4CJS A;  3DMJ A;  3SPY A;  1TKT A;  4WFN L;  2F8S A;  2NNW A;  3CFR A;  1Q82 O;  4I9L A;  2PAV A;  5JS1 A;  5HOO A;  4YL8 A;  3I56 N;  1SUQ A;  1NK9 A;  1J54 A;  4BR9 A;  1C0U A;  1JXB A; 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