4JK7A

Open and closed forms of wild-type human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 65

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
ELFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
total genus 65
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jk7A02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jk7A01
4JK7A 4JKEA 4JKCA 4JKDA 3E9OA 4JKHA 4JK9A 3SBGA 4JK8A 3SBTA 4ILJA 4JKBA 4ILHA 4JKGB 4JKGA 3ENBA 4JKAA 3E66A 4ILGB 3E9PA 3E9LA 4JKFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z4FA 1GLDG 1T6CA 3Q7CA 5AQTA 3M8QA 4X66K 1NJXA 3MWTA 5AZIA 4FVMA 4QS8A 1HPMA 1WBDA 2KLAA 3FZFA 5LJVA 3VQ4A 4ZHRA 3KK2A 1OH5A 1HNVA 3SUPA 3O8MA 4KHYA 1KVAA 1VRTA 4CF1A 2ZJQL 4BR5A 4A62A 4FM0A 5ADXH 5I9EB 1GLCG 4DR7K 4FZYA 1YVNA 4AM7A 1YXQA 4JI2K 3TARA 1JCEA 3V9XA 2D2QA 3RMCA 3WNHA 4FWKA 4O8UA 3C6UA 1R0AA 1KFDA 4DV0K 2ZJRL 3RRHA 3OYNA 3LM2A 3FLVA 3TAGA 4JHDA 2QWMA 4JNEA 1Z25A 2RPIA 2BUPA 5AZJB 3CFOA 3ZSXA 3E66A 1NJYA 1X9WA 3PSIA 5AQKA 4ELVA 4KB1A 1NNEA 4YORA 3G71N 5AQXA 1BDGA 2RHKA 4C23A 1MWKA 5AQFA 1OKJA 3EN9A 2P5OA 3VA0A 3MX5A 4CJ5A 5D3GA 4I6MB 1Q7YO 2O8EA 2VWKA 4M3YA 1TKTA 4FOEA 4DR2K 2O8BA 2QWQA 4DLEA 4NY0A 1Z26A 2YNHA 3V9SA 2V51B 1VQON 3KK7A 3HK2A 1JL2A 4BRNA 3EEQA 3G0ZA 5J2PA 5GIPA 1KQSM 1JLCA 5JICA 5M1PA 3D7EO 4CJ7A 4EP5A 1OH6A 4IOAL 3O9TA 1HB8A 1UAXA 4LFBK 3OYGA 4AHUA 4CHZA 2P9SB 4CVNE 1C0MA 5JLFA 3SPYA 1W97L 1ATRA 5SWMA 3PV8A 3DOKA 4DQRA 4ELTA 2BGGA 2F8SA 1D9FA 1TK8A 1RT2A 2HF4A 2CGKA 1TVRA 3WUHA 3THXB 3OYAA 1NK8A 1JKHA 1SUQA 1ZYQA 4H4OA 3KWGA 2D4WA 4JN4A 4IXCA 3SMSA 2Y1JA 3I8DA 5DM6L 2P9PB 2O8FB 1HYSA 1KC7A 4DV1K 3THYA 3P39A 3CMAN 3LAMA 3CM6A 1WNSA 4CF2A 5JLHA 3MWPA 4KV8A 1XC3A 3VQ5A 4AM6A 2FBYA 4CBWA 4OGCA 4CBUA 1QE1A 3LDNA 4CFDA 3OW2M 1BIUA 1GLFO 4CZKA 2ZD1A 1O1WA 3LP2A 3PSFA 1G15A 4BE2A 3DYAA 1YUWA 3EL2A 4B1YB 5JS2A 1U4BA 4OPHA 4HTUA 4CEQA 4DV7K 2I7NA 3KKRA 4JI6K 4U67L 4E7JA 3H08A 2ASPA 4G9ZA 4ZTJA 4EZ9A 1HUXA 1W0HA 1K8AO 1L3UA 5EU7A 5M1QA 4LF5K 4C8NA 3CJ9A 4CZEA 3K59A 1Q8IA 1RT5A 1FK9A 4RTFD 1RBVA 4DR6K 3OYKA 4AHCA 4WE1A 4FWLA 4EFHA 3JAMO 4O5FA 4N76A 1FXXA 3BY5A 1EWQA 1LAVA 4B3MK 3BEXA 3VF2A 3PVLA 2D0AA 2HNDA 4FJIA 1VQKN 5KI6A 1HPZA 3SLCA 3UKRA 1WAFA 4CF9A 3H1VX 4EZ6A 4CJ3A 2E2PA 4HDQA 3CJ7A 2P9KB 2KQ2A 3RWUA 4CK3A 2ASOA 4M7XA 1B9DA 5FPDA 4DFKA 2QM1A 1KTQA 2A3ZA 2RF2A 4LSNA 3G25A 2W41A 4BRGA 2Q2RA 2IOCA 4E3SA 3RSEB 1C1CA 2D0PA 2X6SA 3WNGA 3AA2A 4AH9A 1ASWA 3AU4A 5GIOA 2CQUA 5DK5A 1N36K 3EE8A 2BANA 1QSLA 3U7DA 2OTJN 2I1KA 1HRHA 3LDLA 3AARA 3H46O 1M90O 3D2EA 4C8KA 1W2BM 4YL8A 1GLJO 5FDLA 4DCHA 2FSJA 1ATSA 2ITMA 4BGAA 5CE3A 4KHPK 1KRPA 4JI4K 4CGIA 4B3OA 1G99A 4IDKA 1GOBA 2J0MA 2CB8A 1BISA 4FJJA 4CJKA 4J2BA 4CJFA 3PO4A 5JMVA 3TAFA 3SI6A 1SKSA 1D5AA 4BQZA 1E4GT 3KLHA 2FF3B 4M41A 4FWRA 1WB9A 4CEOA 4TSXA 3HBTA 3TSUA 5CY4A 5LY3A 3VA3A 1L3VA 4GW6A 3J8AA 3M6GA 3V9UA 4DF8A 1YVUA 4CEZA 1XNQK 3QIPA 4GKJK 4AHTA 3L2UA 4O8KA 4NO7A 1JLEA 1NOZA 3AVCA 4B08A 1VRUA 3I55N 3AVMA 4ZTFA 4KTQA 4W5TA 3BZKA 5AQWA 2HHTA 4CBXA 4BQLA 1SKRA 2BDPA 4YY3K 3VQCA 1WSGA 2NRWA 5KQDA 1MWMA 3B6PA 4WF9L 1VQ4N 3DAWA 3CMEN 5H1SQ 3TTDA 3J81O 4NYNA 4JI5K 3CD6N 1DEJA 3QNNA 4CJEA 2HE7A 1J9AA 3CHWA 4LH4A 2HNYA 3C6AA 3T1YK 4DWIA 1JLAA 4MLEA 3A0IX 3EPYA 3ASMA 5TKYA 3T3FA 4E7KA 4H0XB 4GV9A 1HJRA 4Z4EA 4ISGA 3KK1A 3ULDA 3UKUB 4FWNA 4B3TK 2P9IA 3DM2A 4FLXA 4KHUA 4BC5A 2P9UB 3TR8A 1L3SA 2FBVA 1HKGA 2NRVA 1IBMK 3ALYA 1R59O 2QK9A 3EZWA 1GLLO 4F4KA 3H1QA 1NJIO 4A5BA 3VQBA 1QSYA 3DI6A 4CZLA 5BRFA 4FJ5A 4FYDA 4A57A 1UA1A 1HR0K 2IAJA 2HSTA 1DTQA 2VCPA 2QWNA 3SMPA 2ZF5O 3HJFA 1DIKA 3GOIA 2IVOA 5AQGA 4GV6A 3IFRA 4CGHA 4OJRA 3VQQA 4NLBA 2G8IA 3KHYA 1LV5A 4LFCK 3I33A 3SYZA 1QTMA 2HOEA 1NGEA 1IO2A 4RW6A 4CI6A 1ST7A 1TKZA 4A5AA 3QERA 3L2QA 3H3OB 2RN2A 4DFMA 3VQPA 2WUSA 4DFPA 4FW2A 5EXWA 4Z0UA 4XIUA 5HRPA 4DFJA 4O0JA 3VF4A 3GG4A 4F7GA 2GEMA 3L2VA 4IBNA 4W5NA 4FLVA 2HBLA 5JS1A 3HPGA 3DRSA 5BR8K 2KFZA 3O3GA 3AVJA 2KW4A 3MN6A 2QWRA 4BGBA 3S3NA 1BQNA 4BWJA 4JKAA 3NH2A 5KTQA 1WBBA 3U8XA 3E9PA 3U4LA 4O0IA 3LALA 2BE2A 3HPHA 4FK0A 1ESVA 3QICA 4F3OA 4HCBA 5C15A 4AHSA 3UIQA 4KI6A 4CCHA 3VEXA 2Z1IA 5BPLA 4JI7K 3MDQA 2FDQA 3F73A 4B1UB 1T05A 3C7NB 4WQ4C 3KZBA 3I8BA 3NF7A 4DKWA 2ITGA 4IOXA 1VQPN 1OVYA 5FRMA 3LP0A 3QDKA 1C0FA 4KH5A 1N34K 5AFUA 1XHZA 2VG6A 2DFFA 1BQMA 1GC7A 3ULEA 3NH0A 3K5LA 1SS6A 1H1VA 4PHTX 4KB0A 3S3MA 1TAQA 4K8XA 1L5UA 1VBGA 3IVFA 2GUPA 4CGJA 1E4FT 2JWKA 5B8HA 2KZMA 4CEDA 1S1UA 4DMNA 1ACAA 1XMOK 1WLJA 1TK0A 1J53A 3ZX2A 1D8YA 4CFAA 3WNFA 1P8ZA 3FZMA 1MDUB 4KPYA 3OHRA 3D2FA 3EYZA 3L8BA 4DTRA 1VSKA 3CCQN 3MX2A 4CGGA 4M3TA 4FWQA 4PY5A 1KVCA 3V4IA 1YIJN 1RTJA 4DF4A 1V4TA 4E89A 2O8DA 1K9MO 1RNHA 3K2PA 2HBKA 3S3OA 5JVGL 4BRIA 4BROA 4B9MA 3OYEA 4CJTA 3PLAA 1H4RA 3HOTA 3F9KA 3VTIA 4M3WA 4K43A 4BRQA 2IIRA 3VERA 1X3MA 1N8RO 3QIJA 4MLHA 4CHNA 1KXPA 4QCLA 3LDOA 2G8VA 2P9LA 2FSNA 1HQUA 4E19A 2J0KA 4WFAL 3CXCM 4GNIA 1RBRA 3VQ8A 4FJNA 1BI4B 3O9SA 4OKJA 3ID8A 4DS4A 1KAZA 2E6LA 5AQOA 3WNEA 1ZBIA 1QVGM 4UY8O 1HBKA 5KGWA 2XY6A 2P9NB 3S9HA 1NGAA 2V7YA 3O6WA 3LPUA 3G9WA 1NGDA 4F2RA 3MMVA 3WXKA 4FO0A 4GY2B 1EQYA 1J54A 1VK0A 4X62K 4BG8A 4CHYA 3C65A 4KTWA 1N6QA 2YJFA 3A8YA 4YOWA 4R5PA 1JLBA 4CD1A 3O3HA 1J6ZA 3EO3A 4RW4A 3QB0A 2J4RA 3DLKA 1NJWA 4FJKA 2OYQA 3FLCO 4LFAK 4JKCA 5C42A 3QNOA 1GLEG 3VQ9A 3ZSVA 2NRZA 4FLTA 2KFNA 2A41A 3TSQA 3TANA 3TAEA 1ISNA 2KHOA 4NYFA 1LWCA 4I9LA 1RBUA 3W0LA 4OX9K 1OVQA 1X3NA 3KVGA 4OPKA 3I0SA 4B1XB 1NKEA 4JKFA 1RTIA 4CGFA 4E1NA 5HOOA 5KPTA 1YJ9N 3SUOA 1N32K 2NZTA 3ZSRA 3HO1A 2VWBA 5AR0A 4BY9C 4O4GA 3OVNA 1DT9A 1WSFA 4CIFA 4A59A 3Q7BA 3NHGA 5AQMA 1T7PA 1ASUA 1N33K 4WFBL 1X9SA 1VQ9N 3AVAA 5AZJA 2D10A 4BVOA 4PQUA 2QTDA 3HM9A 4FSVA 4RCHA 5CYMA 4XH5A 3OYLA 3NGYA 3QESA 1NOYA 1F21A 1VSDA 2E2OA 4DQIA 4X65K 3V1RA 4W5OA 3M8RA 2ZPYA 1NGGA 5C2DA 3GDQA 3LP1A 3IMXA 1IBKK 5GAGP 3PUFA 1HJOA 3J80O 3U3YA 1QQOA 3E1YA 4DV6K 1JCFA 5BN9A 4DQSA 4CK2A 1XMQK 3CCEN 3CCUN 1IKWA 4DTSA 1VQ8N 3J7YP 4QAGA 2D0OA 3HXMA 1YF5L 1C0GA 4FWOA 1HNWK 1NG9A 5AZIB 3QMLA 2D11A 4OKKA 4IJNA 3DLBA 3L3VA 4MQ3A 3IRXA 2Q3SA 5E84A 1X9MA 4C1NI 3QFPA 1VQ7N 4CGDA 3PIPL 4CHOA 1Z05A 2P9SA 4RWTA 3T1AA 1NK5A 5BREA 2R82A 4EHTA 4Y1CA 4X64K 3GL1A 3RMAA 3B6OA 2DY4A 2X0SA 1BO5O 2GUIA 5KRSA 1ZC6A 3AV9A 4BRPA 2WOMA 3N4QA 1XHXA 4EKUA 4IG3A 4LF9K 1VQ6N 1GG3A 1BCMA 1S6QA 5AFUH 4LY7A 1Q18A 2P9PA 2V7ZA 3V1QA 2EMTA 4N47A 1X9JA 4CFCA 4Y0WA 2E2NA 1IKXA 3CERA 1ZBFA 4KHWA 1VHXA 3TTFA 2YNGA 2EWSA 1EF1A 3VQAA 1QZ6A 3TSPA 5LMNK 2W6LA 4BACA 1BWFO 3KLIA 4KREA 2ATQA 4PKGA 4CJWA 1YHQN 4DSFA 4KHSA 2X78A 4DHYA 1D4XA 4IZ9A 3ZT2A 3MEGA 1M1KO 3NE6A 1ATNA 1KLNA 3P5JA 2O8EB 4BE0A 3DXMB 4RW9A 5J1EA 3ENHA 1VQMN 3HI0A 2FC0A 4FJMA 4IDHA 4H0YB 2HHXA 3CC7N 1T44A 2UXBK 3CJBA 1S1TA 4Z94A 2GTDA 3A5MC 4DLGA 1KFSA 4N5SA 4MO4A 3QEVA 5T7BA 3JYTA 1NWKA 1SGHA 4DTPA 4K42A 5EY4A 2IVPA 1MIZB 4AHVA 2IC3A 5M1FA 1WUAA 3HP9A 1ZBSA 3KK3A 3PY8A 1RFQA 2WH5A 4IJAA 3D6RA 1XNRK 4OPAA 2B4JA 4DU1A 1U04A 2NUBA 1MIXA 2A5XA 4NB4A 3WEEB 3DLEA 3OA9A 3VEVA 5AQSA 1NBWA 3VESA 4YHHK 5AQZA 4WQ5A 2COPA 3O1BA 4BRMA 5IT9O 5E41A 5FPMA 4UQGA 5E26A 1NK7A 5GADP 1NKBA 2JGUA 5AQYA 5F1XA 3I0RA 1RDUA 2X74A 3G4SN 4AILC 2HRJA 1UOCA 3AO1A 3HYFA 2GX9A 5I3UA 3S41A 2OANA 3RSEA 3ZT3A 1NU0A 1RTHA 2HVHA 2PYJA 1HYZA 4K41A 1NMDA 5ELZA 3SK3A 4B1WB 3ZCMA 1IBLK 3AY9A 2QA4N 1VSFA 1KSPA 2PY5A 4NCGA 3SBGA 4ZRJA 2BTFA 4BE1A 1SL0A 3O9QA 4CD3A 3CCVN 4DR3K 3SQ0A 4ELUA 1VQ5N 4DR4K 2YVCA 2AEHA 1SL2A 1DTTA 2R7YA 3QEIA 4CYEA 1XUPO 4XH1A 2HHWA 4CK1A 4BRHA 1YI2N 3VEWA 1HYVA 4JRQA 1BCOA 4F2SA 1B9FA 1A5XA 3C0BA 4L3QA 3MXMA 1S5JA 4JS4A 3RMBA 3KKSA 5C12A 3K5NA 3CJCA 4U7BA 4BRAA 4PKHA 1BU6O 2HMPA 4FLWA 3EKSA 1E5WA 1IH7A 4IOCL 1RT7A 4OGEA 4ICLA 3L3UA 3RTVA 1ILYA 3QFUA 1LAWA 5GINA 3HVTA 2DPNA 5AQQA 3WA0A 4YOUA 4NXMK 3K0SA 3OYDA 1LW0A 3V1OA 4JI1K 1IV0A 1WAJA 5AQHA 3ZT0A 4DSIA 3HP6A 3VN5A 2CH6A 4CZMA 4K8ZA 3VQEA 4KAZA 3ATUA 1RDBA 2G8WA 4A2BA 5C0YA 5J2NA 1GLAG 2OZSA 3KTQA 2IDOA 2DIKA 1BA1A 3P4IA 1S6PA 5BN8A 3K9KA 3DRPA 4KO0A 3WQTA 3P31A 1U49A 1A5VA 4PL8A 4I9QA 3AAQA 4RW8A 3RR7A 4IEEA 1JXEA 3SJHA 1YJNN 1TYQB 1GLBG 1ZXOA 4KI4A 3UE5A 3KLGA 3UKUA 1C1BA 1EETA 2P9UA 3TI0A 4FCYA 1NLVA 2OPRA 2ZGYA 1NJZA 2D0CA 2NNWA 3D45A 2AA4A 2YKMA 5FLXO 4QS9A 4BRDA 1YTAA 4C8LA 2F7TA 2HHVA 3I56N 3T1HK 4DSEA 1BG3A 3AAPA 4EHUA 3FGUA 5EX5A 2A1SA 1VQLN 4IG0A 2PZSA 5J2MA 3KLEA 4LF8K 2HW3A 2I1JA 4M3ZA 5DM7L 2AP1A 3KJVA 3MK6A 4F8RA 1TV6A 3MCAB 3QINA 1NGHA 3NF6A 5M1NA 3CCSN 3DRRA 2ZWHA 4YDUA 1NM1A 3ENOA 2AL6A 2XY7A 4LSLA 4DTXA 3DLGA 3BP8A 1T3VA 2E4LA 2RQ1A 4H5WA 2QXLA 2YHBA 4FZZA 4GVMA 3OYCA 1U45A 5HROA 1TK5A 3IS9A 4JI0K 5GAEP 3DLHA 3HTVA 2KKZA 4JD2B 3TTCA 3ID6A 3U8ZA 2ZGZA 4XEIA 4CJVA 2Z1GA 1HX1A 3OYMA 2P9IB 5BPNA 3M5RA 1TL3A 3E9OA 3CETA 4FJ8A 4FL9A 4M63C 3R6MA 4DV3K 3ZEUB 4HUGA 3PO5A 4FOIA 3K5OA 3HM8A 4B1VA 4PL7A 4OPJA 4H5VA 2Q0UA 4C8MA 1NK4A 1HNXK 3IUCA 4IO8A 4OO1J 1CZ9A 2V52B 1HQEA 3LZIA 1U2VB 4DV4K 5AQVA 3ZYYX 4KHNA 4I7FA 4O44A 4EAHD 1JLFA 2P5GA 3AVHA 2QWPA 1S22A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JK7 A;  4JKE A;  4JKC A;  4JKD A;  3E9O A;  4JKH A;  4JK9 A;  3SBG A;  4JK8 A;  3SBT A;  4ILJ A;  4JKB A;  4ILH A;  4JKG B;  4JKG A;  3ENB A;  4JKA A;  3E66 A;  4ILG B;  3E9P A;  3E9L A;  4JKF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4Z4F A;  1GLD G;  1T6C A;  3Q7C A;  5AQT A;  3M8Q A;  4X66 K;  1NJX A;  3MWT A;  5AZI A;  4FVM A;  4QS8 A;  1HPM A;  1WBD A;  2KLA A;  3FZF A;  5LJV A;  3VQ4 A;  4ZHR A;  3KK2 A;  1OH5 A;  1HNV A;  3SUP A;  3O8M A;  4KHY A;  1KVA A;  1VRT A;  4CF1 A;  2ZJQ L;  4BR5 A;  4A62 A;  4FM0 A;  5ADX H;  5I9E B;  1GLC G;  4DR7 K;  4FZY A;  1YVN A;  4AM7 A;  1YXQ A;  4JI2 K;  3TAR A;  1JCE A;  3V9X A;  2D2Q A;  3RMC A;  3WNH A;  4FWK A;  4O8U A;  3C6U A;  1R0A A;  1KFD A;  4DV0 K;  2ZJR L;  3RRH A;  3OYN A;  3LM2 A;  3FLV A;  3TAG A;  4JHD A;  2QWM A;  4JNE A;  1Z25 A;  2RPI A;  2BUP A;  5AZJ B;  3CFO A;  3ZSX A;  3E66 A;  1NJY A;  1X9W A;  3PSI A;  5AQK A;  4ELV A;  4KB1 A;  1NNE A;  4YOR A;  3G71 N;  5AQX A;  1BDG A;  2RHK A;  4C23 A;  1MWK A;  5AQF A;  1OKJ A;  3EN9 A;  2P5O A;  3VA0 A;  3MX5 A;  4CJ5 A;  5D3G A;  4I6M B;  1Q7Y O;  2O8E A;  2VWK A;  4M3Y A;  1TKT A;  4FOE A;  4DR2 K;  2O8B A;  2QWQ A;  4DLE A;  4NY0 A;  1Z26 A;  2YNH A;  3V9S A;  2V51 B;  1VQO N;  3KK7 A;  3HK2 A;  1JL2 A;  4BRN A; 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