4JK9A

Open and closed forms of wild-type human prp8 rnase h-like domain with bound co ion
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
220
structure length
219
Chain Sequence
LFSQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
total genus 67
structure length 219
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jk9A02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jk9A01
4JKEA 4JK9A 4ILGB 3E66A 3E9OA 3SBTA 4ILJA 4JKGB 4JK7A 4ILHA 4JKAA 4JKBA 4JKFA 3ENBA 4JK8A 3E9PA 3E9LA 4JKGA 3SBGA 4JKHA 4JKCA 4JKDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KC7A 4AM7A 4M45A 1XC3A 3RMAA 3K9KA 3QESA 1CZAN 3FGUA 1BA1A 1QVFM 4E7IA 1YVNA 1KD1O 3O9QA 3NVMA 3OYAA 3D2EA 4BRQA 3LDOA 2O8BA 3ZT4A 5SZTA 3H3NO 2YV0X 3V6DA 4EZ9A 1QVGM 4WYBA 2OYQA 5AQFA 2W42A 3KLHA 3KK3A 4BVOA 3B8AX 4RW6A 3L3UA 2O8FB 3AVCA 4M7YA 3TTFA 3IMXA 1NKBA 4DQPA 3U8XA 2QWRA 2ZWHA 4I7FA 4ILJA 4CJSA 3HZ6A 4E19A 4DFPA 3G9WA 4CJQA 5AQUA 4OVLA 3SPYA 4DTRA 4FWSA 3VGMA 1WNSA 1RT7A 3SMPA 3EO3A 4JKCA 3FR0A 4F8RA 4FJ8A 4BACA 3O80A 3SQ1A 1JLFA 4Y1DA 3P4IA 1L5UA 4IO8A 4B9TA 4Q5VA 4C8OA 2O4GA 1RCHA 3TSUA 3OJSA 3SQ0A 3AV9A 1J6ZA 2PYJA 2P9UB 4BC4A 3VQBA 4M42A 2G8WA 4E89A 3U9ZA 3SK3A 1IKWA 3EKSA 3DAWA 3O3FA 3IAYA 3CC7N 3H1QA 4B3TK 1VQ6N 2ASOA 3VENA 1RDCA 1VSEA 2V7YA 2W6LA 3MN9A 3TR8A 4PL7A 2OPPA 3WA0A 4FOEA 1SKRA 4JAXA 2VQFK 4ILHA 4H5NA 5BRDA 4C1NI 4JI2K 2P5GA 3S41A 2KQ2A 2RHKA 4O44A 1QS4A 2IIRA 3OA9A 3CC4N 4H5VA 4JRPA 3WNHA 1C6VA 2IOCA 1WSIA 3B6PA 4W5TA 4JKEA 4DQQA 1J5OA 4LF5K 3OYKA 2HF4A 3THWA 4AHSA 3MDQA 3FZHA 5LL6Z 3VEOA 2CGLA 3ZETB 4FVMA 4CFAA 2F9TA 5HP1A 4FM1A 4CBXA 3NH0A 1XNQK 3QB0A 2Q1NA 1NK6A 1K9MO 1NNEA 1TL3A 2X0SA 4GV3A 2QXFA 3L8BA 1NK0A 3AGRA 4CEOA 5HBMA 3KHYA 4DR7K 2P9UA 5LJVA 3MECA 4OX9K 3HM9A 2HRJA 3VN5A 1EX4A 2CB8A 1RDDA 1LWCA 1JCEA 1BU6O 4B3OA 3T19A 4DR2K 1WBBA 1NK9A 4U7BA 1MWKA 1IKVA 1HKCA 3M8RA 2A5XA 5AQVA 1MDUB 4BROA 2OPQA 4EFHA 4C8MA 3LWMA 3CJ1A 4DV5K 5KPTA 1NWKA 4BRKA 1U47A 3CCEN 3N4QA 2Q0UA 3V81A 3OS0A 3V9ZA 3S3NA 1TVRA 2VQEK 3BF1A 5HROA 2NUBA 3ASMA 1OH6A 1VQLN 4DR5K 1EO1A 2QK9A 2FF3B 3CC2N 2O8DA 3J80O 3SAHA 4GNIA 4FYDA 3NBPA 2HMPA 1CXUA 2RF2A 1RBTA 4CZGA 3D45A 4DLEA 4B9UA 3IUCA 3TARA 4QOZB 2FJ9A 4F7GA 5AQXA 3CJAA 3WNEA 4B9QA 4DXAB 5E84A 4FLXA 5C0YA 2XHBA 4DU3A 3CQYA 3PX0A 3FZLA 2GUPA 2V7ZA 3CPEA 4CJ7A 3QNNA 3UB5A 1NGJA 3HVTA 2D4WA 1EP4A 5GAGP 1JLAA 2P9IA 2PBDA 3ZEUB 5EX5A 4H0YB 1U2VB 1HB8A 1JCFA 1N32K 3RRGA 3MCPA 4CHZA 2DIKA 2D0AA 1HYVA 1VSJA 1HBKA 3AO1A 4K8ZA 2AJQA 1ZBIA 3HYFA 2CQUA 3G6EN 4FLUA 5AZIB 3D2FA 5B8HA 1NGFA 2HNDA 3AGKA 4M3RA 2QEXN 3CERA 3NGZA 1VSKA 5HOOA 4FK0A 5FPMA 1NJZA 3A0IX 1YHQN 4M3UA 5AQNA 3ZT3A 3I0RA 3ULDA 4CFDA 1WAJA 1FKOA 2IVOA 5KTQA 3N4PA 2YNGA 4YOXA 4WFAL 2CH6A 2P9NB 1XHXA 3MXJA 3OYNA 3DXMB 1VSLA 1MK7B 4FJJA 3J7AP 4Z4FA 1QQCA 2FF6A 4FM2A 1T05A 4DTNA 3FE1A 3Q7BA 2J0KA 3SV3A 4FJ7A 4OKKA 2YJEA 2HF3A 3FFKB 5ADXA 3ZEUA 4W5QA 3CCJN 4ISFA 1GC6A 4CECA 2Q97A 3QMLA 4MLEA 4NY0A 1X3MA 3RSEB 3A5LC 4CJ4A 5J1EA 4OJRA 4BRMA 3KK2A 3U3YA 1Y19B 1NGCA 1MK9B 4LH5A 1KAYA 1TKZA 1HYSA 4QS9A 3O3HA 1Q81O 3P1GA 1HPZA 5JICA 4E7JA 3F5TA 3FLCO 4PKIA 4CJWA 3TAPA 1X9SA 4IEEA 4BRCA 1J54A 1DLOA 3L2WA 3A8YA 3WNGA 1MA9B 2OPRA 4JKGA 4J2AA 5GINA 1NU0A 3KTQA 1ZC6A 3CJCA 3AA5X 4QAGA 5CZ1A 1BIZA 4A57A 3CCUN 3LPUA 4DV1K 1KVAA 3R1XA 1JLCA 3IG1A 5J2NA 1T03A 1CZ9A 1X9MA 4CF9A 5BREA 4XH1A 3CCVN 1C1BA 2G8VA 4DHYA 3H08A 2QM1A 3T1HK 4KRFA 5AQQA 1VQNN 3DXMA 1NJXA 2P51A 1WLJA 3AVNA 4KAZA 2EWSA 1KVBA 3KK7A 3HK2A 2QI2A 2P9KB 2IVPA 5AQKA 1L3TA 3J7ZO 3MXIA 1ZYQA 4CW7B 4DV4K 2I1KA 3AVHA 2VWKA 5JVGL 3RSEA 3ZSYA 4CFBA 4PHTX 3T3FA 2P9PB 3RR7A 3VA3A 4CK1A 1FKPA 3C94A 3RR8A 2Q31A 1QZ5A 3T7ZA 5GIPA 2NRXA 4TKNA 3WXIA 3K5MA 2E88A 4FLWA 2HNYA 1ZBFA 2JLEA 3PO5A 4JD2A 4X66K 4H0VB 2GWKA 5AQOA 2P9LB 2HE7A 4JS4A 5DK5A 3H3OB 3GL1A 3QBWA 2E6LA 1I94K 1LV5A 2HHWA 4LFCK 4MDBA 1E3MA 3ZT1A 3HXMA 3H45C 1HLUA 3WXKA 1WBDA 3I8BA 1WUAA 4K0KK 1DKGD 3M8QA 4CGJA 3ATVA 5CE3A 4NB4A 1FXXA 2AEHA 4W5RA 1NJIO 4I9QA 3QETA 4H8KA 2D10A 3A5MC 2FBTA 3SJHA 5ADXH 4H4OA 3OYHA 4ELVA 3AO3A 4FJIA 3K57A 1U04A 3QDKA 2XY7A 4B9NA 4WQ4A 4IZ9A 2P9SB 3ENHA 3HOSA 2FBYA 2YKNA 2F8TA 4KBOA 3ZT2A 3HSCA 2P9PA 3MWTA 3HOTA 2KFZA 3F9MA 3AO5A 1YTAA 3VQ6A 1S1TA 4PKGA 1JL2A 3OYCA 3CCQN 3VQAA 1GG3A 4DU1A 3UKRA 1S22A 1JLGA 2WC9A 1U45A 3WUHA 4CJVA 2ASPA 3RMBA 5C24A 5EOYA 2UXBK 3C6UA 4FWNA 5BN8A 1WSGA 1YF5L 1BQNA 3A5NC 4B9SA 1EKEA 2RKIA 2ZF5O 3VEYA 3RMCA 4FJ9A 2Q0RA 1EXQA 3H46O 1HNZK 4FWMA 3AVKA 3OYEA 4DSEA 4KV8A 1JL1A 3AA4A 5FDLA 1UA0A 4HCCA 3FLVA 4H0XB 4CEBA 1S72N 4LH4A 4FSVA 1ITGA 4N41A 4YY3K 3V9UA 4JI4K 1F21A 3H6EA 2VGNA 1OKJA 4FJKA 4H5WA 2CGJA 4LF9K 1G15A 1X9WA 1TUUA 4JN4A 4CK2A 2G8UA 1T7PA 1GLFO 2HBMA 4FJLA 3PX4A 1BO5O 3TAEA 3PSIA 3ID6A 3D2EB 4B1WB 4CFCA 1S3XA 2KLAA 1NI2A 1M1KO 4GV6A 2HHQA 1GLCG 4BR5A 4DR3K 1YJNN 1SS6A 1OH8A 2O4IA 4HTUA 2UUAK 3CMEN 4HDOA 4BWMA 3E1YA 3HL8A 5BR8K 2Z1HA 5SWMA 4EIAA 1ASVA 4B1YB 5DMRA 4KO0A 1VK0A 4A59A 1W0HA 5HL7L 1NVLA 2HB5A 1HYZA 3K58A 4K41A 4EAHD 4DR6K 4HUEA 1YIJN 4BRDA 3P38A 1NK7A 2BGGA 3HJFA 3RTVA 4BQZA 4YFUA 3A5OC 4QS7A 1IJJA 4OPKA 2ZJQL 4BDZA 3SYZA 3FFIA 1T3VA 1TK5A 1Q9YA 3DOLA 4CGDA 1RBUA 2A42A 4B08A 3NDKA 2WOMA 2OA8A 3OW2M 4FJMA 4C1NK 1BGXT 4EHUA 1WSEA 2O8CA 4HWIA 4OGEA 1EWRA 1S5JA 2YKMA 5AQPA 1P90A 3DLLL 5JVLA 1O13A 4CHQA 1S1XA 3O9RA 4DTJA 4ZTFA 4B3MK 1GLLO 4JHDA 3DM2A 3VQDA 3KK1A 2DY4A 1RBRA 1YITN 4MFBA 2DTUA 1CLQA 1XMOK 4B1XB 1WAFA 2G8IA 2KZMA 1J5EK 1BA0A 4ZHRA 1Q8IA 3O9TA 4DS5A 2XO7A 3VQQA 1K73O 2OPSA 3CF5L 2RE2A 2Q36A 3DLGA 1MWMA 1Q82O 3HVRA 4BGBA 3PO4A 1TV6A 3J81O 4F9OA 4ZRKA 3THXA 1FW6A 3CETA 3CCSN 3THWB 4Z4GA 3TPQA 4M3YA 2YNHA 4BDYA 4AH9A 4A2AA 3G25A 3AO2A 4CZEA 1D9DA 2IDOA 3DLKA 3EPYA 1LAVA 4BE2A 4N76A 1SAZA 4H5TA 1RTIA 3L2RA 1ATRA 3L6QA 4ZRIA 1VSFA 2GELA 2VCPA 1OH5A 4CIGA 2KFNA 1IO2A 1N34K 3D6RA 3WEEA 5C42A 4O8UA 4A5BA 5AQSA 4ISEA 3DLBA 3NF8A 1I3AA 3W3DA 5BPLA 2JWLA 3UIQA 3LANA 5C10A 3L4IA 2OTLN 3NH1A 2WFBA 1QE1A 2FDQA 2E2PA 4BQLA 4JKBA 3PV8A 3U4LA 3QEVA 4YDUA 3TANA 4UQGA 2KKZA 3KWIA 5AQLA 3THVA 4NYNA 3AVGA 3R3LA 4B1ZA 1JDEA 4WQ5A 2HVIA 3SLCA 5FPDA 1T44A 4CERA 3CQ8A 5M1OA 1RBVA 4E1JA 1BISA 3OYFA 3TTDA 3O4QA 2NNWA 3KLGA 3EE8A 1NOYA 1GC7A 4CCHA 3RWUA 2O8DB 4CHOA 3WQUA 4DSIA 4N47A 2BH1A 4DB3A 3LDNA 1IV0A 1JKHA 2QWMA 4M7XA 4CZKA 1SL0A 1XMQK 2WUSA 5TKWA 3VQPA 3ZYYX 3MXMA 3CCLN 5BR9A 4OPJA 1KRPA 2VG7A 4Z4EA 1R0AA 1NKEA 1YXQA 3VQ5A 4F3OA 5KQDA 1TK0A 1K6YA 3GG4A 2P9IB 3CXCM 2EX3A 3RVCA 5AFUA 3IFRA 1IKYA 4HUGA 1SKWA 2X74A 4KI4A 4M3XA 3NE6A 3W0LA 5GADP 5HRRA 3CMAN 2HHSA 3MWPA 4FCYA 3R6MA 4CHYA 5J2QA 3LAMA 4RW7A 3ZSXA 3BEXA 2BE2A 5M1FA 1TKXA 2E8AA 4LY7A 1T6DA 3D2FB 1HUXA 3OYIA 1GOBA 2ATQA 2PZSA 4BRPA 1VSHA 3Q7CA 4EP4A 3RMDA 4O8KA 2ZQBA 3KKRA 2HBLA 3OVNA 2YHXA 4L3QA 4PUOA 1OH7A 3SBTA 1BI4B 3AA3A 4ISGA 3MMVA 1UWBA 2CH5A 3BP8A 3MX5A 5ELZA 3VF4A 1KQSM 3QEPA 4M3TA 4BRHA 2YNIA 4E1MA 3CYMA 4PKHA 2QXLA 3R8EA 3J7YP 4Q0BA 3DJCA 3OBWA 5J2MA 3KLEA 4E3SA 1RTHA 1WSJA 3QIPA 4XIUA 1B9DA 4YOWA 2A3ZA 4F2RA 4JI1K 4DTUA 5C2FA 2HBKA 4BE0A 4NLCA 1H4RA 5BN9A 1IBKK 1VQ4N 4F3TA 1SUQA 5FLXO 3OHRA 3VOVA 5I3UA 5CYMA 1ESVA 3QINA 1GLDG 4LF6K 2YVCA 3LM9A 5FPEA 3QNOA 2Y1IA 3LZJA 3OJUA 5EXWA 4ELTA 4KHSA 3CFRA 4JKGB 2NZTA 5BRHA 3TI0A 4E0DA 1ACAA 3U9DA 4BRFA 2HOEA 1TKTA 3QEWA 3TAQA 1BI4A 1U48A 4GXBA 1ASUA 2IGIA 3TAFA 3U8ZA 1MIZB 1XUPO 3QBXA 4DUYK 2E2QA 3VTIA 5GAEP 1RT5A 4NLBA 1UA1A 5H1SQ 2OCEA 3NFAA 3F73A 3AU4A 1KC8O 1QSSA 4ICLA 1SGHA 5AQHA 4NO7A 5AFUH 4CF8A 5KRSA 4CEQA 3SUOA 1R59O 1Q7YO 4CBUA 2OANA 2R82A 4A5AA 1ZBSA 1S9EA 3MX2A 4AM6A 2PAVA 3B6OA 2QW9A 4OKEA 1OVQA 1NKCA 3V9WA 3AAQA 5A2QO 4GKKK 1YI2N 3SUNA 4V19S 2O8EA 4A61A 3V4IA 3BUZB 4AHCA 3BDPA 1NJYA 1BG3A 2X78A 2GX9A 2Z1JA 3DYAA 2KTQA 1VSDA 3TAMA 4JD2B 3UE5A 1N36K 4J2BA 1JLBA 2NRRA 3HM8A 5HRNA 1XNRK 3ENOA 4LSNA 4IFYA 1GOAA 2W40A 2DFEA 3G4SN 4F2SA 4ELUA 2F7TA 4RWTA 1LW2A 5AQJA 1BQMA 3G10A 3TTCA 4CEAA 4IXCA 2D0BA 3VERA 4KHWA 3ATUA 2VWBA 1E4FT 4JI6K 4FJ5A 1L3UA 3CD6N 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JKE A;  4JK9 A;  4ILG B;  3E66 A;  3E9O A;  3SBT A;  4ILJ A;  4JKG B;  4JK7 A;  4ILH A;  4JKA A;  4JKB A;  4JKF A;  3ENB A;  4JK8 A;  3E9P A;  3E9L A;  4JKG A;  3SBG A;  4JKH A;  4JKC A;  4JKD A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KC7 A;  4AM7 A;  4M45 A;  1XC3 A;  3RMA A;  3K9K A;  3QES A;  1CZA N;  3FGU A;  1BA1 A;  1QVF M;  4E7I A;  1YVN A;  1KD1 O;  3O9Q A;  3NVM A;  3OYA A;  3D2E A;  4BRQ A;  3LDO A;  2O8B A;  3ZT4 A;  5SZT A;  3H3N O;  2YV0 X;  3V6D A;  4EZ9 A;  1QVG M;  4WYB A;  2OYQ A;  5AQF A;  2W42 A;  3KLH A;  3KK3 A;  4BVO A;  3B8A X;  4RW6 A;  3L3U A;  2O8F B;  3AVC A;  4M7Y A;  3TTF A;  3IMX A;  1NKB A;  4DQP A;  3U8X A;  2QWR A;  2ZWH A;  4I7F A;  4ILJ A;  4CJS A;  3HZ6 A;  4E19 A;  4DFP A;  3G9W A;  4CJQ A;  5AQU A;  4OVL A;  3SPY A;  4DTR A;  4FWS A;  3VGM A;  1WNS A;  1RT7 A;  3SMP A;  3EO3 A;  4JKC A;  3FR0 A;  4F8R A;  4FJ8 A;  4BAC A;  3O80 A;  3SQ1 A;  1JLF A;  4Y1D A;  3P4I A;  1L5U A;  4IO8 A;  4B9T A;  4Q5V A;  4C8O A;  2O4G A;  1RCH A;  3TSU A;  3OJS A;  3SQ0 A;  3AV9 A;  1J6Z A;  2PYJ A;  2P9U B;  4BC4 A;  3VQB A;  4M42 A;  2G8W A;  4E89 A;  3U9Z A;  3SK3 A;  1IKW A;  3EKS A;  3DAW A;  3O3F A;  3IAY A;  3CC7 N;  3H1Q A;  4B3T K;  1VQ6 N;  2ASO A;  3VEN A;  1RDC A;  1VSE A;  2V7Y A;  2W6L A; 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