4JKAA

Open and closed forms of r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound co ion
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 66
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkaA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkaA01
4ILGB 3E9LA 4JK7A 3ENBA 3E66A 4JKCA 4JKEA 3SBGA 4ILHA 4JKGA 3E9PA 4JK8A 4ILJA 4JKFA 4JKDA 3E9OA 4JKBA 4JKGB 3SBTA 4JKAA 4JK9A 4JKHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RTIA 5JVLA 1MIZB 2UUCK 1E3MA 1HQUA 4AHCA 1VQON 1ZBHA 4DS5A 5KQ8A 4JKGA 2D11A 1EWQA 3QB0A 2JGUA 2FSKA 4B9QA 3KLIA 4FJ7A 1CXQA 1U4BA 4BRFA 3C6AA 2KTQA 5HRRA 1DGKN 3HVTA 3HSCA 4DFMA 3FLCO 4Q5VA 2EWSA 3HRGA 2HNZA 2COPA 3KK7A 3BP8A 2HNYA 3T3FA 2NRXA 3T1YK 3FZKA 3QFPA 1WNSA 2X0SA 3LPTA 4KKOA 5AQYA 3HP6A 4FCYA 3KK3A 1JXBA 5TKWA 3OYCA 3S9HA 3CFOA 4GV6A 2RHKA 2D10A 1GLJO 3R1XA 4E1NA 4XH4A 1KVCA 1NJIO 3LAKA 4U7BA 4GV3A 1GLAG 3OYJA 2ASMA 4DSIA 4PL7A 3WEEA 1RFQA 2GWJA 4BWJA 4CESA 4IDHA 4BG9A 1LWFA 2KZZA 4BR4A 4FVMA 3PX4A 3TU5A 4HCCA 1O1WA 3RSEB 1YI2N 1SAZA 2G8HA 3NGYA 1ASWA 4TSXA 3WA0A 4O5BA 1VSIA 3LM2A 2I1JA 4G9ZA 4AM6A 2F9TA 4JI7K 3EE8A 3VQ5A 3FLVA 3H45C 1HPZA 1S72N 4CEDA 4GV9A 3M6GA 2W42A 3O6WA 3O3HA 1BGXT 1NOZA 5IWAK 4MFBA 2P9UB 2QA4N 1T6DA 1C6VA 3VA3A 1T05A 1XNRK 2DTUA 3AVAA 3U3YA 1WB9A 2RE2A 3M8QA 1BQNA 3P83D 2F96A 4IWVA 4YOVA 3O4NA 4CHZA 4BROA 1X9JA 1QS4A 2E2PA 4DXAB 2IIRA 4EFHA 1EF1A 2AP1A 4J2EA 3J81O 3KLFA 1BIZA 4FK4A 2HF3A 3VENA 4LY7A 3TARA 2P9LB 3H1QA 1VRUA 3VQPA 2OA8A 4FWQA 5BRFA 4NYNA 1RT4A 4DV3K 3NMUA 3ZSXA 1K8AO 1K73O 2DY4A 2J0KA 2E2QA 4H0VB 3QERA 1NKBA 4IEEA 1Q82O 4B9TA 2UYTA 3K59A 1M90O 3CCEN 3QNNA 1NK7A 5C15A 3K9JA 5BREA 1YTUA 3AVGA 3SJJA 5AQFA 1C1CA 3NVKA 1Q9YA 2OZSA 3RMBA 3A2FA 3UIQA 3P4IA 1LW2A 4KB1A 3NHGA 4RCHA 4FJHA 5HP1A 4FL9A 1VQ4N 2FF3B 5HL7L 2YJEA 5C0YA 4JK7A 1KBLA 5GIOA 2EMSA 4WQ5C 4DB3A 1TUYA 1QSYA 5AQJA 5BPNA 1JLCA 2LBBA 4B9UA 3AO2A 4CERA 4UY8O 1RT1A 2J0MA 2NRWA 3W0LA 2WUSA 3DJCA 3U9ZA 3NDKA 3QMLA 1Y97A 1EO1A 2FLOA 1BWFO 1Q86O 3E9LA 3WQUA 1RCHA 1RILA 1NKEA 4CD3A 3ZT1A 3KD5E 4E7JA 3RR7A 3ZEUB 4LF6K 3TTCA 1HNIA 3K57A 4Z4GA 2H3GX 2FBTA 2V7YA 3V81A 2XHBA 4ZRIA 2A3ZA 3E9OA 2FXUA 2DFFA 3FR0A 4DR4K 5T7BA 2AJQA 1VQPN 2O8EA 4FJMA 1XNQK 1XI1A 4L3QA 4C8MA 4CZMA 4YL8A 1NM1A 4IO9L 2UXDK 3MCPA 3NBPA 2E8AA 2A5XA 1VSLA 4K8XA 3CQXA 4OGCA 2HBJA 2QWPA 3VQEA 1HJOA 4H5TA 4BRMA 4JS4A 1GOAA 3LP3A 4KH5A 4CIFA 2RF2A 3TTFA 4CJ4A 4EHTA 3CFRA 3QESA 3THXA 3CJAA 3SMPA 3C94A 3SQ1A 3EE9A 1T6CA 2PBDA 3UKRB 2VG7A 1N34K 4DR5K 2YHWA 1ZBIA 2Y1IA 3C7NA 4ZTJA 2CB8A 4BC3A 5JMVA 3NH1A 4N47A 1D4XA 3AVMA 3CHWA 1NVLA 4DTXA 3VGLA 3KTQA 1DTTA 1WBDA 3KD1E 2IDOA 2FBVA 4B08A 1KLMA 2QTDA 3WNGA 4AF1A 4DUYK 4DR3K 1ZBLA 1RT5A 1HNZK 1QQOA 3O1WA 1JLQA 1WSHA 1KQSM 1RT6A 2O4GA 2Q2RA 4JRPA 4E19A 4M3UA 1BO5O 2X74A 3CERA 1SKWA 4JLHA 4C8OA 4BRCA 5EOYA 3KK1A 3V9SA 3RTVA 2Q36A 2PFUA 1A5XA 4BQLA 4ICLA 3HPGA 1SGHA 3L2UA 3HM8A 2HBLA 3SLCA 4H5NA 1XQSC 3TAPA 2DFHA 4X65K 4JI1K 4DCHA 4K0KK 1IBLK 5GADP 4LC9B 5AQMA 3ENBA 1ATSA 2HBMA 5F1XA 1ATRA 3NE6A 4QCLA 3A5MC 3AA2A 3U4LA 4R79A 1V4SA 4DFPA 4M63C 1Y19B 1HJRA 1X3MA 4WFNL 3DXMA 3EL2A 1ZC6A 4FPBA 1EXQA 5AQTA 1H4RA 2D0BA 4G1QA 3CCRN 3DOKA 2Q97A 2E6MA 5IJMA 3O08A 4C8NA 1IG9A 3DMJA 4HDQA 3OTOK 5FDLA 2P9NB 1BCOA 2NLXA 2EX3A 1VRTA 1X1PA 3N4PA 3DAWA 3KIOA 5EY4A 3QIOA 4PHTX 5FPNA 3HPHA 4CGDA 1W2BM 1QSSA 4MQ3A 5BRDA 5HRSA 5C10A 4PWDA 3HPOA 3SNNA 1RGIA 3KJVA 2HHQA 4CZLA 1KAXA 3K5NA 4F9OA 5AQNA 1ACAA 3RR8A 1NG9A 3VERA 1I3AA 1T03A 3U8XA 3JAMO 3QEIA 1SV5A 4H0PA 4IZ9A 3HJFA 4DTJA 1L3SA 4YY3K 2B6AA 3X23A 4GMJB 2VG5A 1GLDG 1YXQA 1N6QA 4BRLA 1NOYA 1NGDA 3J7ZO 1NJWA 3ZSZA 3ZT4A 4H0TB 4I6MA 3THWA 4KTZA 3CQ8A 3RWUA 3EZ5A 2D0CA 1BHLA 4FLVA 2YV0X 1K8KA 4FWOA 4GXBA 3GOIA 4CZFA 1RNHA 2P9SA 1TYQB 3ID6A 3F9MA 4BR7A 1NI2A 3BZKA 1Y64A 3TAMA 5JICA 1RDUA 4RW6A 4LSNA 4F2SA 4B8CA 4ELUA 1DTQA 2NRTA 4EIAA 2W6KA 4YOWA 4OLAA 4CZKA 1OH8A 3NGIA 3KLGA 1VSKA 3CJ7A 4LH5A 4HHTA 1MK9B 4DQSA 3TI0A 4DQ8A 1HYZA 5KGWA 4A2BA 4AHRA 1D9FA 3BEXA 5GIPA 4X62K 3T69A 3HOTA 3DI6A 2HMIA 4O4GA 1ZBFA 4ELTA 2E1YA 3VF2A 2QWNA 1T8EA 4NO7A 2FSNA 4FZYA 2P5GA 5AQLA 4KB0A 3K58A 4CK2A 3K9KA 1U47A 3S3NA 1BA1A 3FGUA 1RBRA 4LF4K 5M1NA 1YJNN 1SZ2A 2O8DB 4A59A 3TR8A 2IOCA 3TWHA 3ASMA 3A8YA 4DU4A 1KCFA 3PY8A 5BR9A 4HUGA 1VHXA 3OYAA 3VGMA 2BTFA 2IAJA 3CG7A 1ASVA 3B6OA 3DLEA 5JS1A 3O80A 2D5RA 1NU0A 4OO1J 3HT3A 4FLXA 2GWKA 5AQSA 3CQYA 3QFUA 3CC7N 3C0BA 3MCAB 1CXUA 3CC2N 2VQEK 2Q0UA 2YNGA 4GNIA 4PL8A 4CEFA 4QS8A 2CGKA 1XHXA 2YNHA 4DV1K 4FM0A 2WONA 4BRDA 2YNIA 3ULDA 2GUIA 1YJWN 3F9KA 1C0MA 1HMVA 1VSEA 3TTDA 4EAHD 1KRPA 2D0OA 2G8UA 2ZGYA 2HHVA 2ZWHA 4DQQA 3CFPA 1IKXA 3PIOL 3I8DA 4LFAK 1GLEG 1OKJA 1BL3A 3LANA 3ZDTA 1S3XA 4FPAA 3ZETA 5KPZA 1P8ZA 1QHTA 4BC2A 3O4WA 3MXIA 3P38A 1RBSA 3OY9A 3LM9A 2ETJA 4W5NA 3V9UA 3VF6A 5J1EA 1G99A 4B1YB 3CJCA 4DSKA 1BDGA 2JWKA 4F3TA 4FWSA 4E7LA 3AVFA 3O9SA 1ZBSA 3CCSN 3THYA 3DM2A 3KWIA 3OYHA 1NGJA 2FDQA 3AVBA 1IKYA 4CFDA 1WOQA 4DFKA 4B1WB 1NBWA 4M45A 1XHZA 2BE2A 2E20A 4GKJK 3UKUB 1MWKA 5BPMA 3O3FA 5CY4A 3EY1A 1VBHA 4QS7A 1KXPA 5HLFA 4FJ9A 4U67L 1LAWA 4JD2A 3V1QA 5F0XA 5GAHP 3RRHA 1IH7A 4IOCL 1C1BA 3ZT3A 1M1KO 4JI2K 1QHAA 4JS5A 2FJ9A 2UU9K 2OTLN 1J9AA 3CPEA 3JSMA 1RBVA 1WUAA 1TKXA 4BE1A 1N8RO 4KTWA 4CCHA 1D5AA 2QKBA 2O4IA 1LCUA 3CD6N 3MDQA 4PKIA 4FYDA 3ZX3A 3VTIA 1NK6A 4BR9A 4CZEA 5DM7L 3VEWA 4B9MA 2OCEA 1BI4B 4FLUA 4DTNA 1MA9B 4CW7B 4E7IA 3CM6A 3W3DA 3BZCA 3WXMB 4CD1A 3OYEA 2A1RA 2E6LA 2O8CB 4DV0K 1K6YA 4XIUA 1NKCA 4YHHK 1VQLN 1RBUA 1IBKK 3AVJA 4O5FA 4M41A 1L3VA 4FW1A 3V6DA 4CGGA 5M1PA 4ISGA 4MLHA 3H3OB 4FWRA 3OJSA 2YHAA 5C12A 3MN6A 2IGIA 1TV6A 4JKGB 2E88A 2KLAA 4MDBA 4B1ZA 4I7FA 3T7ZA 5LJVA 1J5EK 2DPNA 1JLBA 3MN9A 3HL8A 3DRSA 3RSEA 3CCVN 4Z4CA 3QNOA 1QSLA 2OTJN 3IUCA 3AA3A 3LL3A 4CJQA 3DXKA 3I56N 1Q7YO 3CMEN 2YCHA 5J2PA 1Q8IA 2P51A 1S9EA 3HYFA 4CGJA 1NGAA 4K25A 5JVGL 2HBKA 2IVPA 3LP0A 1Q9XA 3M8SA 2IC3A 3O9UA 3VEXA 4X64K 4DV6K 3VESA 3PIPL 1H1VA 4WCEL 3DLLL 4KRFA 3IS9A 2ZM6K 2PAVA 1BIUA 2NRHA 4BREA 1N36K 3WEEB 2BGGA 2LSNA 4UQGA 1RTJA 3CIPA 1J6ZA 3ZX2A 3SZ2A 4FLYA 4JHDA 3MECA 1GG3A 3KWGA 3O5BA 4EZ9A 4EKUA 1EX4A 5C24A 2R82A 4CJFA 1YHQN 2KW4A 2Z1GA 2RQ1A 1HYVA 2F8SA 2YI1A 1YVUA 4OPAA 4FJGA 3H46O 2QXFA 4CEAA 4WFAL 2XY5A 3PLAA 1LAVA 3VA0A 3V1RA 2UUBK 1QVGM 1E4GT 4HCBA 4RG8A 4AH9A 3GG4A 1EQYA 4ZRKA 2NRZA 2PYLA 2QI2A 5EU7A 5CZ1A 3NH0A 4JRQA 2FSJA 3HO1A 4BR5A 2A41A 3A0IX 3O4QA 3QINA 3JS6A 3D0PA 4DU1A 4CYEA 4IEIA 4N41A 4CF2A 3OYLA 2D0AA 4JNEA 3LDQA 1UA1A 3H08A 4Y1DA 4WE1A 3V9WA 1T3VA 4CHYA 4RW9A 3HXMA 4CJLA 4IXCA 3MN7A 3AVHA 3ID8A 4MLEA 1DIKA 4NCAA 3D2EB 1YVNA 4GVEA 3CJBA 4H0YB 3TAEA 1LWCA 4W5QA 1HR0K 5KPTA 3AO4A 4JKHA 4F7GA 4C1NK 4ILGB 3RMAA 2WOMA 1U49A 3FFKB 4J2BA 5AR0A 1VK0A 1KD1O 3JYTA 4LF7K 3J80O 4CJVA 3S3MA 4DV5K 3QEXA 3DLRA 4DTMA 1J53A 5CR4A 4DTSA 1JKHA 5ELZA 1RBTA 3CYMA 4BR2A 5AQXA 5AQVA 1NJZA 1U04A 4EHUA 4Y1CA 1C0FA 3A5NC 1IKWA 3SQ0A 3IAYA 4Z0UA 4K41A 4DU3A 4JI3K 1U2VA 1TL3A 4IOAL 5FROA 3SQ4A 3NH2A 4FJ5A 2Q31A 3DRPA 1E5WA 1WSJA 3ATUA 2ASPA 4FWKA 3WNHA 2PY5A 4RW8A 3GDQA 3HP9A 3OYIA 4XEIA 4BQZA 1YTAA 3NF8A 2J4RA 4JKFA 2YHBA 2ZJPL 4WQ5A 3LDSA 5GINA 5KQDA 1Z6RA 3SYZA 2X78A 1TK8A 3WNFA 1B92A 3SQ2A 3I8BA 1RTHA 3WXLA 4W5OA 3C6UA 4CJSA 3GE1A 4OPKA 4FLTA 2VG6A 1W0HA 1LV5A 4HDOA 2ZF5O 4JEPA 4IKFA 3C65A 3F2KA 3ZSVA 4CGIA 4FOIA 4EP4A 5ADXA 1XMQK 1UA0A 3EPYA 4F8RA 1ITGA 4JK9A 4BRGA 1BQMA 5FRNA 1OH5A 1N32K 1BOTO 1VBGA 3V9XA 1KFSA 4ZHRA 4B9SA 1HKCA 4O0JA 2O8EB 4KPYA 2ZE2A 2XO7A 2QEXN 2ASOA 5KI6A 4M3YA 2OPPA 3VGKA 2AL6A 4H5VA 3SJHA 4FLZA 2D1KA 4DTOA 1VSDA 1DEJA 3LDLA 4LH4A 4OKJA 1JXEA 1TVRA 4LSLA 1VQ6N 4DS4A 1JJ2M 1S1VA 4M7YA 3G4SN 3VQQA 1ZXOA 2NRRA 4CJ7A 1HKGA 5BPLA 5KGXA 5H1SQ 2OZMA 4JYAK 3RMCA 4C8KA 3H3NO 4A5AA 4BC5A 3Q7BA 4C8LA 3C7NB 3R3LA 2HMPA 1TKZA 5J2QA 4NLBA 1CZAN 3LP1A 3OYNA 5E41A 2P9KA 4NB4A 1YUWA 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4PQUA 3J7YP 1B9DA 4DSFA 4B3OA 3AVIA 2P9SB 5GAEP 1LW0A 3AO5A 3OHRA 1TK0A 3AU4A 4FJKA 3OVNA 4ZRJA 1A5WA 1VAZA 3L2QA 4B1UB 3MAQA 2VYPA 1F21A 3FFIA 4M3RA 3MWPA 4OVLA 3SV4A 1JL2A 4A57A 4HVJA 1X9WA 4F4KA 3ITHA 4AHVA 5JLHA 4KV8A 5KTQA 2O8FB 1JLFA 4M3WA 3J7AP 1NGFA 4AQYK 3WNEA 1WSFA 4IJNA 1REVA 5E26A 2KFNA 1U6ZA 1EWRA 1VQKN 3SUOA 3H1VX 3HI0A 1Q18A 2QKKA 5AQPA 1SKRA 4DQRA 2WH5A 2QW9A 1BCMA 3ISNC 4FLWA 1NNEA 3NF9A 2HB5A 3ENOA 3ZT0A 1CZ9A 4BVOA 1QTMA 4E0DA 4CHOA 1KAZA 2HOEA 3M1FA 4IG0A 4IDKA 2UXBK 4A2AA 3AA5X 1KTQA 4YOUA 3VQ8A 2P9IB 1DKGD 4KI6A 4WQ4C 1HLUA 3MEDA 4DTRA 3OYKA 4DR1K 2Z1IA 1BA0A 1KFDA 4FM2A 4B1XB 4FXDA 3SPZA 4IG3A 4KO0A 4B9VA 3ZCMA 3KHYA 4CEQA 1NTIA 3VEVA 4BRNA 1GLCG 1J54A 4QS9A 4LF8K 4DUZK 1MU2A 4H4MA 5BN8A 4E3SA 2B4JA 3ENHA 5JLFA 4CI6A 3EYZA 4ID1A 4DG1A 1GC6A 2YHYA 3DYAA 1VQ9N 4H8KA 3FZLA 1TKTA 3QETA 1RDBA 1X9SA 3VQ7A 3VQAA 4FJJA 1JLGA 2RN2A 4EZ6A 5AQZA 4QAGA 1S1WA 1VSFA 5E84A 3OYBA 4WQ4A 4B3RK 4PUOA 3MXMA 3JXUA 4FW2A 2P1JA 1BG3A 3FZMA 2IVOA 4AHTA 4A62A 5FPEA 4H5RA 4NXNK 4BRAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ILG B;  3E9L A;  4JK7 A;  3ENB A;  3E66 A;  4JKC A;  4JKE A;  3SBG A;  4ILH A;  4JKG A;  3E9P A;  4JK8 A;  4ILJ A;  4JKF A;  4JKD A;  3E9O A;  4JKB A;  4JKG B;  3SBT A;  4JKA A;  4JK9 A;  4JKH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RTI A;  5JVL A;  1MIZ B;  2UUC K;  1E3M A;  1HQU A;  4AHC A;  1VQO N;  1ZBH A;  4DS5 A;  5KQ8 A;  4JKG A;  2D11 A;  1EWQ A;  3QB0 A;  2JGU A;  2FSK A;  4B9Q A;  3KLI A;  4FJ7 A;  1CXQ A;  1U4B A;  4BRF A;  3C6A A;  2KTQ A;  5HRR A;  1DGK N;  3HVT A;  3HSC A;  4DFM A;  3FLC O;  4Q5V A;  2EWS A;  3HRG A;  2HNZ A;  2COP A;  3KK7 A;  3BP8 A;  2HNY A;  3T3F A;  2NRX A;  3T1Y K;  3FZK A;  3QFP A;  1WNS A;  2X0S A;  3LPT A;  4KKO A;  5AQY A;  3HP6 A;  4FCY A;  3KK3 A;  1JXB A;  5TKW A;  3OYC A;  3S9H A;  3CFO A;  4GV6 A;  2RHK A;  2D10 A;  1GLJ O;  3R1X A;  4E1N A;  4XH4 A;  1KVC A;  1NJI O;  3LAK A;  4U7B A;  4GV3 A;  1GLA G;  3OYJ A;  2ASM A;  4DSI A;  4PL7 A;  3WEE A;  1RFQ A;  2GWJ A;  4BWJ A;  4CES A;  4IDH A;  4BG9 A;  1LWF A;  2KZZ A;  4BR4 A;  4FVM A;  3PX4 A;  3TU5 A;  4HCC A;  1O1W A;  3RSE B;  1YI2 N;  1SAZ A;  2G8H A;  3NGY A;  1ASW A;  4TSX A;  3WA0 A;  4O5B A;  1VSI A;  3LM2 A;  2I1J A;  4G9Z A;  4AM6 A;  2F9T A;  4JI7 K;  3EE8 A;  3VQ5 A;  3FLV A;  3H45 C;  1HPZ A;  1S72 N;  4CED A; 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