4JKAA

Open and closed forms of r1865a human prp8 rnase h-like domain with bound co ion
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTAKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 66
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkaA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkaA01
3E9LA 4JKGA 3ENBA 4JK7A 4JK8A 4JKAA 4ILJA 4JKBA 3SBTA 4JKDA 4ILGB 3E9OA 3E66A 4JKFA 4JKGB 4ILHA 4JKCA 4JK9A 3SBGA 4JKEA 4JKHA 3E9PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NI2A 4BC2A 4NYFA 3NHGA 1VQMN 2NRTA 1Q18A 3PIPL 3BF3A 3QETA 3OS1A 1RT1A 3N4QA 3M5RA 3ZSOA 3QINA 3AAPA 4CFDA 3OJSA 3VQ4A 5FRNA 3IS9A 4BG8A 1VQLN 3VQAA 3O8MA 4AM6A 3O4NA 1SGHA 1ATSA 1NKBA 1TAQA 4YY3K 3VQQA 1FK9A 4CECA 4A62A 3T69A 1U2VA 3N4PA 3OYBA 3ZEUA 3K2PA 4B1ZA 4B1XB 4CEQA 5BPNA 2OPSA 2VQEK 3KVGA 3TAQA 2D0AA 3ULEB 2RHKA 2YX6A 4DR2K 3HJFA 2QKBA 1S6QA 4AHVA 1BL3A 3CM5A 3IRXA 2OA8A 4O4GA 1B92A 1TKZA 2VG7A 3FP5A 4FOEA 1S1TA 1Z25A 2YI1A 4FLVA 1XQSC 4O0JA 4B3MK 5JLFA 1L3SA 2ZE2A 4L3QA 3AVJA 3VMFB 4FWMA 4Y0WA 4MFBA 1MA9B 4HTUA 2HHHK 3AGRA 1RCHA 1Y64A 2ZGZA 3HVTA 1YIJN 4ZRKA 3EKUA 5JVHL 2ZJPL 4CF9A 3VN5A 4YOVA 1HUXA 4ID1A 2HHUA 3HM8A 3RSEB 3WEEB 2BE2A 3OYDA 3TARA 4DTPA 4BRKA 1NMDA 3S3NA 4EP4A 2XRIA 4IEIA 2O8CA 2BANA 3L0QA 5C2DA 1NGCA 4CJEA 3WXJA 3KK3A 1NKCA 4B9TA 2E6MA 3CQ8A 2Q1NA 3SQ2A 2AJQA 2E2OA 2P9NA 5ADXH 3BY5A 3LP2A 1E3MA 4JNEA 5AZJB 1KVAA 2ZJQL 4KTZA 4H4OA 4DQPA 4I9LA 5HRPA 4DUYK 2NRXA 1SL0A 1EXQA 4DR6K 4O55A 4BGAA 3LDSA 4FCYA 2P51A 5AQVA 1C1BA 4CZGA 5EX5A 4OJRA 3H08A 3RR8A 3JSMA 2ZD1A 1NNEA 1WAJA 1WSFA 3U3GA 2FBVA 2KQ2A 4I2QA 1RTHA 2PYJA 4AHTA 3G71N 4JLHA 4HDOA 4E7LA 2FF6A 1S5JA 4R79A 5CHIA 5J2MA 4DFJA 4OKKA 4BR5A 3R1XA 4BE1A 2RPIA 1VSLA 2W6KA 5GAEP 3TAGA 4Z4FA 3V1RA 1YTAA 4CZIA 5DM6L 2E2QA 3SI6A 4AHCA 1SKSA 1S1XA 3F2KA 1ZBSA 2Q3SA 1GG3A 1FXXA 3I0SA 3L6QA 2ABDA 4F2SA 3WNHA 4MDAA 1C0FA 4QS9A 1TYQA 4YOWA 2E1ZA 3FE1A 4CF8A 2QXFA 4KV8A 3O3FA 5C24A 1J5OA 4JK7A 1WBDA 4DG1A 3GOIA 2BUPA 4V19S 4FWNA 5CY4A 5LY3A 2OZMA 3TAMA 4CW7B 2G8IA 4M41A 2AEHA 4H03B 4JD2B 1VQ7N 3LDOA 4DSFA 4FWQA 2HHVA 3FFKB 4WE1A 1JLGA 4I9QA 5AQLA 4KFBA 4CK1A 1YVUA 4B8CA 1OVQA 1IKWA 1ISNA 4CGDA 4DQIA 5F0XA 1BCOA 1RBRA 2CGLA 1C1CA 4RG8A 3WXKA 3KTQA 3OYFA 2G8FA 2HNDA 2D5RA 4CHNA 4DHYA 4BRHA 1HLUA 4M3UA 5KTQA 1XC9A 4ELVA 3S3MA 2YNIA 4B9LA 3M8RA 1NVLA 1RBVA 4DV0K 4EP5A 3DRSA 2EMSA 3UKRA 3IUCA 2VG5A 3CJ7A 4HDQA 4DU4A 2F8TA 4DSIA 3T1YK 4H5TA 2E6LA 4CD1A 1RDBA 2VG6A 3SAHA 3K5LA 3PX0A 3I8BA 4FLUA 1RNHA 1VSJA 1WB9A 4JAXA 1IV0A 3AVFA 3H46O 2Q36A 1TKDA 4FK0A 3SMPA 3NGZA 3WNGA 1ITGA 4BG9A 1OVYA 1KVCA 1Q81O 5AQYA 3K58A 2YV0X 3MEGA 5C42A 3B6OA 4C23A 2PZSA 2YHYA 3KWGA 4WF9L 2IIRA 2P9IB 1NGDA 4CHZA 1VSEA 1KSPA 3OS2A 4G9ZA 1DT9A 3DLLL 4KO0A 1TV6A 3VPZA 3QEXA 5GAHP 2PAVA 5CYMA 4A2AA 2Q0UA 3ZT1A 2GTDA 2A1RA 2HHXA 2YKMA 2AL6A 1NGEA 2GWJA 4JI4K 1NTIA 4C8LA 2JWKA 3R6MA 1GOCA 5BRDA 2Z1HA 3FZFA 4BRNA 4GVEA 4AILC 3TTDA 4Y1CA 3TAPA 2HW3A 4DFPA 5CZ1A 2X0SA 4NLCA 4DWIA 3H1VX 3SQ0A 4RCHA 3HI0A 4DV3K 4H5NA 4ICLA 3QMLA 3JYTA 1GLLO 3E01A 3BGRA 4KBOA 1QZ6A 2B4JA 4CJ7A 2HVIA 3NH2A 4LH4A 2W6LA 5C25A 1VHXA 3PV8A 3V9SA 4FJIA 3V81A 1JL2A 3V1OA 5FRMA 3DXKA 1N33K 2F9WA 4JHDB 2KFNA 4DF4A 4LY7A 5M1KA 1U4BA 4N76A 1JCEA 1HQEA 2HBKA 5AQZA 2HMIA 2CGKA 1ASVA 4YDUC 4E1NA 3L2VA 4CEFA 3P5JA 1NGJA 1W97L 2QKKA 5JVLA 5C10A 1IKVA 4IOAL 4ELTA 1T05A 2EWSA 2WTUA 3VA0A 3CCRN 3DLEA 3R8EA 1GC6A 3P31A 3FR0A 4ISEA 4O0IA 4DSEA 1HKGA 4OPAA 3W0LA 1LCUA 4F2RA 2QI2A 4CFBA 4DFKA 3EE9A 1S1WA 2W40A 3ENOA 5K14A 1QZ5A 2W42A 4CIEA 4X65K 1BUPA 3OYMA 4DTOA 3KWIA 2NLXA 4N5SA 1GLDG 3AA4A 4R5PA 1D5AA 1XNQK 2ZJRL 3G9WA 3LP1A 2J0JA 5EOYA 4DQ8A 3M8SA 3BDPA 4CHYA 3FGUA 1QHAA 4W5NA 4J8FA 1NG9A 3J7YP 5AJ3K 4BDYA 4BY9C 1ATNA 1GOAA 4JKCA 1YUWA 1KLNA 4N56A 4GY2B 4BWJA 4LSNA 4BRQA 1RT6A 3C7NB 3PO5A 4KH4A 3THVA 3L3UA 3TR8A 3RVCA 1UA0A 4DSJA 4B9UA 4DV1K 4DQSA 4GVMA 5JLHA 4FOIA 3LM2A 1EP4A 3DJCA 5ELZA 2VYPA 4HCCA 5KPTA 5M1OA 4NB4A 5GAGP 3S3OA 3P39A 3JS6A 2UYTA 3KLGA 5CR4A 3M3ZA 1KCFA 4CF1A 4C8OA 5FPEA 5BPLA 1DTTA 3O1WA 2J0MA 5FPNA 4DTRA 1TKXA 4DTJA 1JXEA 1FKPA 4OKEA 3PIOL 3KJVA 4E3SA 3Q7BA 3AVGA 1CLQA 1WSGA 2QA4N 1RT4A 1ZYQA 4C8KA 5SWMA 4XEIA 5I3UA 3EO3A 2OCEA 4JS5A 4FLYA 1I3AA 3C6UA 1F21A 5AQIA 5J2QA 1B9DA 3SQ1A 1W9HA 3NF6A 3O6WA 1EWRA 1NM1A 3AU5A 3O80A 4E7JA 4FXDA 4AQYK 5HOOA 1CZAN 4W5RA 4CGHA 4CJKA 4Y1DA 1DTQA 3K57A 4XH4A 3NFAA 3VTIA 4FK2A 3QO9A 3LDPA 3OY9A 1LWEA 4PA1A 4Z4CA 4DR3K 4LF9K 1VSHA 3ATUA 3VESA 3A8YA 4DF8A 4B3RK 2WOMA 3BEXA 3AVNA 3CC7N 4JI3K 1HYZA 5J1EA 3SV4A 3NDKA 4MQ3A 4P7IA 3O9RA 3D2EB 4B9SA 3AY9A 4HHTA 1NMNA 1BQNA 4CJQA 2GBZA 4DS5A 2R7YA 4LF7K 3PLAA 3HK2A 2ASMA 1NGAA 1GC7A 4DV2K 1RT5A 3K59A 4BRLA 3V6DA 4PL8A 4B3TK 1KC8O 2FSNA 2KHOA 3SUQA 2HHSA 2O8EA 1DKGD 2O4GA 1RBSA 2WUSA 1VQNN 2QWPA 1VBGA 2PY5A 3G25A 3DYAA 1TL3A 4KHYA 3CIPA 3R9PA 3DXMA 1EKEA 3SLCA 5DK5A 3VQEA 3SUPA 1RTDA 4FJMA 2KTQA 2IVNA 5KI6A 1L3TA 2NRRA 2YVCA 1SS6A 1SUQA 3CCLN 1KLMA 1WN7A 4DQQA 3E9PA 3P1GA 3DLKA 4PHTX 4Z0UA 4BC5A 1MWKA 3K5MA 2HE7A 3PZDA 4FJ8A 3HOSA 3QNNA 4FWRA 3WA0A 1Z6RA 1ZBUA 3UKUA 3VQ6A 2KZMA 2GELA 1HPMA 1KFSA 2UXDK 3NAEA 3FLVA 1C0UA 1LOTB 5JICA 1QSSA 1HYSA 2P9KA 1U48A 3HPGA 1QQOA 4FSVA 3SZ2A 2A41A 4LH5A 3QBWA 3VQ8A 4CEZA 4ILJA 4QS7A 4BE0A 1Z26A 4B1UB 3CERA 2FF3B 5IJMA 3SUNA 2P9SB 4CGIA 2IVOA 5KPRA 3GBTA 3KK7A 4K42A 3MDQA 2F8SA 4FJLA 4IBNA 1NLVA 2ASOA 2UUBK 2D2QA 3S9HA 4RWTA 4E89A 1HJOA 2HMPA 2QXLA 5AQSA 5M1QA 3FFIA 1MDUB 2P9UA 4FWOA 2E8AA 3IDHA 4Z4GA 4HWIA 4RW8A 1HB8A 4FWSA 4HUEA 2XY8A 2QWMA 4CJWA 3CJ9A 3HL8A 1JLCA 1MWMA 4LSLA 4AH9A 4FW2A 1D9DA 2F96A 2QK9A 4A5AA 3OYCA 1KRPA 1Q9YA 3RRHA 4HCBA 3EEQA 1U2VB 5AQMA 3G4SN 4Z4EA 3ZEUB 1WBBA 4E1MA 2Z1GA 3VEXA 1GLCG 4M7XA 4E19A 1WSIA 1ZC6A 2HHWA 5HRRA 1BA1A 1JCFA 2IS3A 4IFEA 3LWLA 3HT3A 1X9SA 3M1FA 4EZ6A 4QOZB 2FBTA 4XH5A 1HNZK 3CMEN 4RTFD 3OYJA 3MN7A 4B9NA 4JKFA 1S3XA 4JI5K 4FLTA 1HX1A 3VF4A 1NBWA 3CD6N 3VQ5A 4UQGA 5C2FA 3ISNC 4MO4A 2WBNA 3SJJA 1QVFM 3CFOA 2UU9K 3LAMA 2AA4A 3AO4A 5FROA 3ID6A 4LFCK 2LBBA 5M1PA 1ACAA 1T3VA 2B6AA 5BR8K 3LP0A 1G15A 4FM2A 4N47A 1J53A 2OZSA 4BE2A 3TPQA 1NK4A 2NRVA 3LP3A 3T3FA 2RF2A 3KIOA 3L2WA 2O8CB 3DLRA 1C0GA 4MLHA 4PUOA 4B9QA 4CIGA 3ID8A 2HNZA 2IC3A 4DTMA 1HRHA 2P9NB 3FZLA 3QICA 2BDPA 2DTUA 2YJFA 2XO7A 5LJVA 5KPZA 4FJGA 1O1WA 5C15A 4BC3A 4NCGA 3ALYA 1RDWX 3JAMO 1VSFA 3SCXA 1LWCA 3CPEA 2F7TA 4ID5A 1VQON 3P38A 4BRAA 4WQ4C 4K8ZA 1ILYA 2D4WA 4G1QA 3OYKA 1SL2A 4DTSA 4PKHA 1D8YA 3ENHA 4JI1K 4E7KA 3AGKA 3S41A 3FLCO 4CJUA 4UY8O 1JCGA 1LW0A 5JS2A 5KRSA 3SV3A 1U45A 2V52B 3HVRA 4M3RA 3V1QA 3CETA 2ITGA 3HBTA 3O9UA 4DFMA 4H0TB 4BC4A 3GDQA 5AQPA 4H8KA 3WXMB 1SL1A 1NGHA 2FBXA 3MN5A 1G99A 1TK8A 1HR0K 3CYMA 5AQXA 4BRMA 1KBLA 5ADXA 1TYQB 4B1VA 3AO1A 1IJJA 4AHRA 1H1VA 2YHXA 1T6DA 3FZKA 4KH5A 4GMJB 1SKWA 1TKTA 3VQPA 2BH1A 2KZZA 4O8KA 4E7IA 3EKSA 4WQ5C 5HRSA 3VOVA 1ASWA 4DKWA 5A2QO 2HBJA 2ASPA 2W41A 4O5BA 2QW9A 2ZQBA 4EFHA 3LDNA 4I7FA 4BREA 3LPUA 3O9QA 4YDUA 5HLFA 2ZM6K 1WNSA 1R59O 1JLAA 4DLGA 1T7PA 4DLEA 4IG0A 3HSTB 3KLFA 1WLJA 1YJWN 3MX2A 3ZYYX 3L2QA 3SPYA 5LJWA 2DPNA 2BTFA 4DV6K 1NJWA 1TAUA 3O4QA 4FLXA 1J9AA 1W0HA 5AQQA 3UKRB 4ILGB 1BHLA 3MN6A 3L2UA 3DI6A 2QWOA 3AV9A 1XHZA 2VGMA 1BGXT 2HF4A 1NK8A 2G8HA 4BDZA 4DS4A 4JKHA 3OVNA 2JWLA 5EU7A 3IFRA 1REVA 3NH1A 4CFAA 3OYHA 3VTHA 1HMVA 3VQBA 4LFAK 2JGUA 1X9JA 3O5BA 4A59A 1NK0A 4CJLA 2GUPA 4IWVA 1VQ5N 3VQ7A 3MXMA 3LZJA 5AR0A 2A6AA 3R3LA 5AQGA 3C95A 3M6GA 3HP9A 4QCLA 4QAGA 4CF0A 2PBDA 4CJ4A 3QIJA 4OKJA 4H0PA 3WNEA 2G8KA 4FZYA 4CZEA 4CYEA 3SQ4A 5IWAK 3KK1A 1MU2A 1XMQK 3D6RA 1WOQA 4A5BA 3QLHA 1SV5A 3UB5A 3ULDA 2COPA 4LF5K 2AP1A 3GG4A 4O8UA 2VCPA 3L4QA 3ZT0A 4K41A 4BQLA 4XIUA 1ZBHA 1U49A 2D11A 2D0OA 4IOXA 1S9EA 3QFUA 3VQDA 3B8AX 1YITN 1MK9B 2UXBK 2GUIA 3D2FA 4LFBK 1DGKN 2YNFA 3CPWM 4OO1J 1A5XA 1KXPA 3EPYA 5HRNA 4DV4K 4W5OA 1LV5A 1FJGK 1BQMA 4NXNK 4YHHK 3VEZA 4CI6A 4WFAL 2D0BA 3QNOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3E9L A;  4JKG A;  3ENB A;  4JK7 A;  4JK8 A;  4JKA A;  4ILJ A;  4JKB A;  3SBT A;  4JKD A;  4ILG B;  3E9O A;  3E66 A;  4JKF A;  4JKG B;  4ILH A;  4JKC A;  4JK9 A;  3SBG A;  4JKE A;  4JKH A;  3E9P A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NI2 A;  4BC2 A;  4NYF A;  3NHG A;  1VQM N;  2NRT A;  1Q18 A;  3PIP L;  3BF3 A;  3QET A;  3OS1 A;  1RT1 A;  3N4Q A;  3M5R A;  3ZSO A;  3QIN A;  3AAP A;  4CFD A;  3OJS A;  3VQ4 A;  5FRN A;  3IS9 A;  4BG8 A;  1VQL N;  3VQA A;  3O8M A;  4AM6 A;  3O4N A;  1SGH A;  1ATS A;  1NKB A;  1TAQ A;  4YY3 K;  3VQQ A;  1FK9 A;  4CEC A;  4A62 A;  3T69 A;  1U2V A;  3N4P A;  3OYB A;  3ZEU A;  3K2P A;  4B1Z A;  4B1X B;  4CEQ A;  5BPN A;  2OPS A;  2VQE K;  3KVG A;  3TAQ A;  2D0A A;  3ULE B;  2RHK A;  2YX6 A;  4DR2 K;  3HJF A;  2QKB A;  1S6Q A;  4AHV A;  1BL3 A;  3CM5 A;  3IRX A;  2OA8 A;  4O4G A;  1B92 A;  1TKZ A;  2VG7 A;  3FP5 A;  4FOE A;  1S1T A;  1Z25 A;  2YI1 A;  4FLV A;  1XQS C;  4O0J A;  4B3M K;  5JLF A;  1L3S A;  2ZE2 A;  4L3Q A;  3AVJ A;  3VMF B;  4FWM A;  4Y0W A;  4MFB A;  1MA9 B;  4HTU A;  2HHH K;  3AGR A;  1RCH A;  1Y64 A;  2ZGZ A;  3HVT A;  1YIJ N;  4ZRK A;  3EKU A;  5JVH L;  2ZJP L;  4CF9 A;  3VN5 A;  4YOV A;  1HUX A;  4ID1 A;  2HHU A;  3HM8 A;  3RSE B;  3WEE B;  2BE2 A;  3OYD A;  3TAR A;  4DTP A; 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