4JKBA

Open and closed forms of v1788d human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
ELFSNQIIWFVDDTNVYRDTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 67
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkbA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkbA01
3E66A 4JKGB 3SBTA 4ILGB 3E9LA 4JKCA 4JKBA 4JKHA 4JKGA 3E9PA 3ENBA 4JKDA 4JK8A 3SBGA 4JK9A 4JKEA 4ILJA 4JKFA 3E9OA 4ILHA 4JK7A 4JKAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NGIA 3ATVA 2NRXA 2A40A 3HYFA 3QNNA 1L3VA 1E4GT 5FPDA 4CF1A 2D1KA 2QWNA 1N6QA 4Z0UA 2YHBA 4FLUA 2E8AA 3U8XA 3AVNA 3JSMA 1OKJA 2Q36A 5AZIB 4H8KA 2E2OA 4B8CA 3OYDA 2YNFA 3DI6A 3OTOK 5C2FA 2CH5A 2UXCK 1HPMA 4O5BA 3CD6N 1XNRK 2YI1A 4KB0A 4AF1A 4FJJA 4IEEA 3CPEA 2UXBK 2X6SA 3UKRA 3WQUA 4OPJA 4DV7K 2O8FA 4YOWA 2HB5A 3TAQA 5AQHA 5CZ2A 4A59A 2P51A 1KBLA 2P1JA 4MO4A 1YJNN 1JDEA 4IO9L 2EWSA 1KCFA 3VQ5A 4BY9C 4FJGA 4BRGA 4N47A 1S6PA 2G8UA 4PKGA 5AQIA 2OTLN 4M3ZA 3QIOA 2O8EA 1S72N 4CJTA 1HKGA 5C0YA 2KLAA 2HHXA 4KTZA 1CXUA 3GG4A 4W5RA 5EU7A 1RFQA 4JN4A 4AH9A 2WONA 1EQYA 4FJIA 3DYAA 1J5OA 1XMOK 4DV4K 5BPNA 2QWPA 2VQFK 3U8ZA 3ISNC 4DKWA 3L0QA 4NYNA 4Y0WA 3LP0A 5M1OA 5I3UA 4KKOA 3CJ9A 2D10A 4FZZA 3PV8A 1GOCA 1K8KB 4JRQA 4JS4A 3VEVA 1CZAN 1W0HA 3G10A 5F1XA 4JI5K 4R5PA 2WC9A 3LAMA 3K5NA 4JKEA 5HRRA 4CESA 5JVHL 1S1XA 3MN6A 1TL1A 3SQ2A 2CH6A 4A61A 4FLVA 3LP2A 2UUBK 1LWFA 1N8RO 3R8EA 4KO0A 1DTQA 3OYEA 4FWOA 1XI1A 4BE1A 3NGZA 3CQYA 2V7YA 4E0DA 3RMDA 1C1BA 3D2FA 4I6MA 4WYBA 4LF5K 4B1WB 1BIUA 4FJ8A 3OYAA 3SAHA 4HTUA 3SBGA 1ISNA 2A1SA 3LZJA 4KBOA 4CD3A 2W41A 3AVGA 4DR2K 2QWOA 4LH5A 5AQTA 3C6AA 3VQEA 3IFRA 5H1SQ 4FJLA 1UOCA 3J7AP 3OJSA 3VA3A 4DU4A 3RRHA 3ZEUB 2AL6A 1VAZA 2ITGA 3T1HK 2X78A 3O08A 1S1UA 3SJHA 3AVKA 1RCHA 3EYZA 4Q5VA 4FM1A 3AGKA 1XQSC 3TI0A 5MLCQ 2VWBA 4YORA 1IH7A 3HPHA 2FLOA 4O44A 1BI4A 3SAFA 2FSNA 3MEDA 5JMVA 1U6ZA 3HVRA 1ZC6A 4BDYA 1LV5A 4WFBL 3A5NC 3TABA 4E7JA 3PO4A 1ASUA 2VCPA 1HB8A 4DSIA 3DM2A 4BRCA 2O8BA 5B8HA 1KVCA 4AM6A 5HRNA 1JLFA 2CQUA 2I1KA 3QFUA 4CEDA 1QHTA 2O8CB 1UA0A 3OYCA 3THWA 2YNIA 1WOQA 1BA0A 3ATUA 4DTSA 1HRHA 1YITN 4MLHA 4LF9K 3LWMA 2FSJA 4DU3A 1FKOA 1U49A 2Q2RA 1BUPA 4M7YA 3TR8A 1QQMA 3CJAA 5AZJB 3AV9A 3B6OA 3ZX2A 1NK8A 2E4LA 3AVBA 1XWLA 3ZSVA 3H08A 3EE8A 3RSEA 3KK3A 2VG5A 2Q3SA 1ZBLA 3X23A 4M41A 4BR0A 3V9WA 4YY3K 2G8VA 2A42A 2P9NA 4ILGB 2P9LB 4FL9A 1LW2A 4FJ7A 4JKCA 3L2WA 2ZJPL 1I94K 1YTAA 3LP1A 2A5XA 3D2EB 2GUPA 3BEXA 4M7XA 1LAVA 5AQSA 3HPGA 4C23A 3NMUA 1NGBA 2UUCK 1MDUB 3MXMA 2VG6A 4XH4A 3M1FA 1NGJA 4XH1A 4W5TA 4OJRA 2DY4A 4CK1A 1C1CA 1Z25A 2OTJN 3F73A 1EETA 1SZ2A 4FOEA 4IG3A 5FROA 2NRTA 4RW9A 2YHXA 3S41A 4GV6A 3UIQA 1BA1A 4H0PA 5AQVA 4JKDA 1BU6O 5F0XA 4BR2A 3L2UA 4NCGA 1Q81O 3FFKB 3KTQA 3LM9A 1Q9YA 4QS8A 1JCGA 1ST7A 2IAJA 4LFBK 2E20A 3LAKA 4E3SA 3AU5A 4FJMA 4EIAA 1JXEA 4N5SA 3O9SA 4CGFA 4CZKA 1N36K 3J80O 1GLDG 4DV3K 2ABDA 4DQQA 1NJWA 3AO1A 3LDQA 3CCEN 5C15A 2F8SA 2AA4A 2GELA 1BOTO 2IS3A 3HVTA 1XUPO 5EVZA 3PO5A 3NHGA 1HLUA 3J8AA 3KWIA 1S1VA 2FDQA 4GVEA 4H03B 3DLGA 3UKRB 2O8FB 1C0GA 5I9EB 3UKUA 3E9OA 2ITMA 3CHWA 4C8NA 2I5JA 3HP9A 1VQ4N 2CGJA 2QM1A 3RTVA 3VGKA 3CQ8A 4J2DA 3U9ZA 4IOXA 3DXKA 3ZX0A 4QS9A 4CBWA 4DTPA 4DF8A 4B9LA 2D2QA 1FXXA 3PSFA 1EF1A 3E9PA 3DLHA 3VQPA 3L3UA 4FWMA 3D7EO 2RHKA 4JK8A 4FK2A 1W9HA 1TUUA 3KLFA 3CETA 2ZD1A 1U4BA 2UU9K 4IXCA 3SNNA 5HRPA 2H3GX 3P4IA 2HHUA 4WQ5C 3SBTA 3IKMA 1A5VA 4OKKA 1C0MA 3SPZA 2HBMA 3DOKA 1TVRA 3OBWA 5AQWA 4JI2K 3UE5A 4NB4A 3CC4N 1J6ZA 2O4IA 1K73O 2BGGA 1U2VA 2VGNA 2P5OA 4MLEA 1Y97A 2UYTA 4IDHA 2G8FA 3OYIA 2A6AA 3CCMN 5AQYA 3CF5L 3WXIA 3T3FA 3VQ6A 1QZ5A 4I2QA 1KC7A 3CFOA 4DCHA 2QA4N 4DTRA 3KZBA 1FW6A 2NUBA 1VQON 4JD2B 3BINA 5ADXH 1BCOA 3O4QA 5TKWA 3KLIA 4FJ5A 3KJVA 1WBBA 4QCLA 1VSLA 2KHOA 4JI1K 4OPHA 1VSHA 4BWMA 1RDWX 3V81A 3ZETA 2F7TA 3SLCA 3OW2M 2FBTA 4DSFA 3OYJA 4HHTA 4A2AA 3CFRA 4G1QA 2IDOA 5AQPA 4BRIA 3EL2A 4GXBA 1ATRA 4FPBA 4I6MB 5JICA 2JWLA 1NNEA 4JHDA 4AM7A 5D3GA 2PFUA 2QXFA 4BR5A 1X9SA 3JXUA 1HNWK 1RTHA 3AA2A 4EZ9A 3NH0A 5J2QA 1B9DA 1HMVA 1SGHA 2ZPYA 4CEBA 4CF8A 4PUOA 1RT3A 2GV9A 2E2NA 2FBVA 2OPRA 1VQMN 4XIUA 2GX9A 1JLGA 2QKKA 1QVFM 5EXWA 3ZT4A 2PAVA 4YNQA 3EPYA 3A5MC 4KHPK 4BG8A 4DSJA 1HKCA 4FVMA 1MWKA 3TSPA 1VQPN 1WB9A 4CZEA 3K58A 4DV1K 3SK3A 4PHTX 1CLQA 1DT9A 3QINA 4AILC 1L3UA 3ZYYX 2KZZA 1N5YA 3AVCA 4TSXA 3WNEA 1BI4B 4ISEA 1ZBHA 3BGRA 2WOMA 1J9AA 4C1NK 3FE1A 1LWEA 5GAHP 4LFCK 3C65A 3A8YA 1NOZA 4GMJB 3I8DA 4CHOA 1ESVA 2F4VK 1NOYA 2O8BB 2I1JA 4X62K 4KH6A 1NGCA 2E6LA 3NFAA 3CC7N 1IKYA 3P5JA 2P9PA 4DTXA 1M90O 4PKHA 4M45A 3WQTA 1NK6A 1SS6A 5BPLA 3G71N 1WAJA 3HT3A 4KB1A 1NJZA 3Q7CA 1JCEA 3OJUA 5AQMA 4AHRA 4KHWA 4BQZA 1REVA 4B3SK 4LFAK 3RMCA 4DSKA 1NWKA 2WH5A 1YI2N 4KREA 2D0BA 4H0TB 4ZHRA 1W7AA 3RSEB 2GUIA 3O4NA 2CGLA 4YDUA 3LWLA 2KKZA 1VK0A 3TWHA 2P5GA 5M1NA 3UB5A 4F9OA 4FK4A 2HHQA 1WSHA 3F9KA 4KTQA 3NF9A 1X3NA 3IMXA 4F8RA 3L8BA 1RT5A 2VWKA 4F4KA 3DJCA 4CW7B 2P9IA 1DTTA 5E84A 3E9LA 3T19A 2PBDA 3L2QA 4BRKA 2FXUA 1ZBFA 1OH8A 4FLXA 4XH5A 5JLHA 2UXDK 3MCPA 4BR4A 3EKSA 4IJNA 1RNHA 4DR1K 4CJRA 4PQUA 1U47A 3WXKA 4HVJA 2YJEA 2XO7A 1MIZB 1J5EK 3ZT0A 2NRHA 4BROA 4PL7A 1Q86O 4EZ6A 2ASPA 3I0RA 3QLHA 1C0UA 3NF8A 4DFMA 3SCXA 3VF4A 4JK9A 1OVQA 4O0IA 3C7NA 1YHQN 4FWNA 2OYQA 1NGFA 4A57A 4CGHA 3KLHA 4OGEA 3H6EA 3C6UA 1W97L 3CQXA 3I55N 4DSEA 5J2MA 4CIEA 1UAXA 3SUPA 4JI3K 4BRLA 1NGGA 1S22A 3LDNA 4Z4EA 2YV0X 2ZF5O 3HOSA 3HJFA 3VOVA 1I3AA 3TAGA 1B9FA 4WQ4C 5KQDA 4CZFA 1BWFO 3MCAB 5EX5A 3A5OC 1BL3A 3DXKB 4CIFA 3MXIA 3CCVN 2A1RA 3WNHA 3B6PA 3ALYA 3DMJA 2HHSA 4CEAA 3NE6A 3QESA 1MU2A 4EP4A 1SV5A 3F9MA 4CJ4A 3HM8A 3QMLA 4F2RA 5C24A 1VSMA 1RDCA 1T7PA 1H4RA 3W0LA 3VTIA 2W6KA 4IFYA 5DM6L 2ASMA 4CIGA 4LH4A 3SUOA 3QDKA 3CJ7A 3AO5A 4JKGB 3SZ2A 4BVOA 4XEIA 4IFVA 1GLBG 3R9PA 1VHXA 3V1RA 3O1WA 3KWGA 3NVMA 3BZCA 3M8RA 1VQKN 3DLKA 1NJXA 2ZGZA 5CY4A 4HUGA 2HHTA 4CBXA 1T8EA 1GLLO 1S9GA 4OLAA 1WAFA 4V19S 4BG9A 4KHSA 4DFKA 4C8MA 1FK9A 3QICA 1DKGD 5AQJA 3ZETB 5KTQA 4PKIA 2GEMA 3OYFA 2ZJRL 5AQQA 4BDZA 3SQ1A 4FSVA 4EFHA 4DFPA 4JHDB 4Z4IA 1V4TA 3NH2A 4DUZK 1F21A 1RDDA 3OY9A 4JI4K 1NJIO 2OPPA 3KK1A 4DFJA 2NRZA 3H3OB 3CCUN 4YOTA 1VQ9N 4E7IA 4B1ZA 1SKSA 4DR6K 2CGKA 3DXMA 1RGIA 4OKEA 3MECA 4YOYA 4LF7K 1NM1A 3IUCA 4KI4A 1BIZA 3VGLA 3QERA 3H1VX 4E1MA 1WBDA 4CJLA 3EE9A 4CZMA 5AR0A 1C0FA 1NJYA 4ILJA 2V51B 4CK3A 1D8YA 2KQ2A 5DM7L 3SQ0A 1SL2A 4DR5K 2HW3A 5DK5A 2Y1JA 3FGUA 2E1ZA 5C42A 4QAGA 4BRDA 2PY5A 4OX9K 1TV6A 4ZRKA 1VQNN 3OYMA 4YOUA 1ACAA 4FYDA 3ZT2A 4BGAA 1YAGA 3D0PA 5HP1A 4J8FA 3CIPA 1BQMA 1GGOA 1WSFA 3ZDTA 1KC8O 1X1PA 2HVIA 1RBUA 2R7YA 2P9SA 4FM2A 3AARA 1CZ9A 3L2VA 2YKNA 2ZGYA 5ELZA 3QEPA 2P9PB 5M1KA 3CCJN 4EHTA 3THYA 1SKRA 3ID8A 4Z4HA 5HOOA 4WFAL 1S5JA 4MO5A 3CCQN 3MN5A 4FZXC 1HX1A 4M63C 3VEZA 4K8ZA 4LY7A 3O3HA 3M5RA 3SUNA 1WSIA 2RKIA 3KVGA 3VTHA 5BN8A 1FJGK 3V9SA 1D9DA 1TKTA 4ZTFA 2XY5A 1B92A 2UUAK 4BWJA 3CFPA 4A62A 4NXMK 3L4IA 5AFUH 4DWIA 3VENA 5K14A 4KH4A 1RTIA 1WSEA 3LDOA 3U6FA 4F7GA 2WFBA 5KGWA 3U4LA 1IBLK 3MWTA 2P9IB 1NK4A 2D4WA 1KRPA 1RBSA 4BRMA 4CEEA 1YXQA 4PA1A 1HR0K 3ULEB 1G99A 3LL3A 1DLOA 3MDQA 4FO0A 2D5RA 4CERA 1L3TA 4K8XA 1NGAA 4DR3K 3T1AA 3QBWA 1E4FT 4BDPA 1TGOA 2J0KA 4W5OA 4CEOA 3H3NO 4CZHA 3TTCA 3NBPA 4DTNA 3KIOA 1SL1A 4BRAA 3M6GA 2OZMA 2Z1HA 1TK8A 3V1OA 4J2EA 1L5UA 4YOVA 4IDKA 3THVA 4WCEL 4FM0A 1NMNA 4OGCA 2OPSA 3LALA 4CZGA 3SJJA 3C7NB 4RWTA 3WXJA 3QB0A 2HBLA 4HUEA 4DQIA 1QQNA 1JLQA 4B3MK 1T3VA 3EY1A 4O4GA 3PIOL 4DQSA 3V9XA 5LJWA 4ELTA 3KD5E 5IJMA 2IVNA 3M8PA 3WEEA 4EAHD 3QEIA 2FBYA 2FF3B 4FLWA 1BO5O 4FJNA 1SKWA 1MIXA 4R79A 1TKDA 3K59A 3FFIA 1O13A 3ZSRA 1RTDA 2RE2A 2IGIA 3TSUA 2QWQA 3WA0A 5HL7L 3MN9A 3PUFA 3OA9A 1VBGA 4CVNE 2CB8A 4CEFA 3A0IX 2VGMA 3QO9A 4CJWA 4FLYA 2YHAA 4IWVA 1QZ6A 1X9MA 1JCFA 4BR9A 2HSTA 2KTQA 1GLFO 4CEZA 5BR8K 1N33K 1CXQA 1D4XA 2QK9A 2PYJA 3O9QA 1Q82O 4M42A 1R0AA 4BGBA 1Q18A 3AA3A 1ATNA 4OLBA 5C12A 1IKXA 3CCSN 2E5LK 1GG3A 4DS5A 1BG3A 2IIRA 5HBMA 4CJEA 4DQ8A 1E5WA 1EWQA 2LBBA 3KKRA 2NRRA 3EEQA 1HNZK 3OYKA 4I7FA 3IG1A 1WLJA 1XHXA 4RW4A 2DTUA 3CI5A 3MXJA 4EP5A 1LWCA 5SWMA 1WN7A 1X3MA 4Y1CA 5KRTA 2ZWHA 1LAWA 3O8MA 1RBTA 1NI2A 2PYLA 1Z26A 1NU0A 1J19A 2LSNA 4C8OA 3IRXA 4KFBA 2O8EB 5CYMA 3E01A 4JKFA 3HSTB 3MWPA 4EKUA 1OVYA 2D0OA 2R82A 4BREA 2O8DA 3E1YA 3O5BA 1KLMA 4FZYA 3BP8A 3FLCO 3T69A 2I7NA 5JS1A 5HROA 4Z4GA 3VETA 2Z1IA 2QI2A 3O4WA 4KHUA 3NGYA 2X74A 3RR7A 4O8KA 3W3DA 4B1VA 4KAZA 3OS0A 1VQ7N 3DXMB 2I7PA 3G4SN 3NF7A 1HBKA 3J7YP 3NAEA 3NDKA 1NG9A 3AVIA 3DRPA 3F2KA 2ZM6K 3ZSYA 2Z1GA 3L4QA 4NLCA 4O55A 4FLZA 4B08A 1X9WA 1U48A 4F2SA 3G9WA 1KVBA 4BC4A 4M3XA 4CZIA 3M3ZA 1K9MO 3O9UA 3VESA 1VQLN 3N4QA 4FWLA 5CE3A 1HQUA 3A5LC 3D2FB 3OS1A 3VA0A 4CJQA 3CCRN 1T6CA 5BRDA 2HHHK 1KFDA 1IKVA 4BRNA 4ELVA 2P9SB 2YKMA 1TKZA 1S6QA 4CD1A 2D0PA 1L3SA 3ZSOA 3SV4A 3OYHA 3K57A 5C10A 1QHAA 5HRSA 3TSQA 3THYB 3IAYA 1JXBA 1NMDA 1YVNA 1VQ8N 1A5WA 4O0JA 4J2AA 2WUSA 3ZCMA 4CF0A 2VWJA 5J1EA 2XY8A 1NKCA 3ENOA 3DWLA 1C1AA 3ENHA 3FZKA 3MAQA 4CJ3A 3QEXA 5FRNA 1Q8IA 1JLBA 1KXPA 1T6DA 1VRUA 1H1VA 2NLXA 4LD0A 4A5BA 3TPQA 3QBXA 2D11A 4B1XB 3VQBA 4O5FA 4Y1DA 2WTUA 3SQ4A 3N4PA 3D45A 2KFNA 3VF2A 4CF9A 4WFNL 4AHVA 3PX0A 3FZLA 3U3YA 3THWB 1LOTB 1XHZA 3VQCA 1KSPA 3T1YK 5AQZA 4KHYA 4CEQA 5E41A 4G9ZA 4KHQA 3VGMA 4IOCL 3KD1E 4K25A 3TAPA 3KK7A 3GDQA 3BF3A 2NRWA 4H0OA 3OBYA 5AQFA 1YVUA 1P90A 3MX2A 3TARA 1NGEA 4DXAB 1VSEA 3CYMA 4E19A 1NBWA 3K5OA 3ZEUA 1NVLA 5FPMA 1ZBIA 1QSYA 1QTMA 2V52B 2FSKA 2P9NB 3RMAA 4B9UA 5T7BA 4C8KA 4BRFA 4AQYK 1WSJA 3PSIA 4CF2A 3ZLJA 1BHLA 2NRVA 4K0KK 1HJOA 1XMQK 2DPNA 5BN9A 4A5AA 1K8AO 3LM2A 2V7ZA 4B8AB 3WEEB 1EO1A 3SUQA 3AU4A 3AVJA 4CJ5A 4JAXA 1FKPA 4CGGA 3MX5A 4HDQA 1E3MA 2JWKA 3C94A 1WUAA 3ZT3A 3TAEA 3MEEA 5KPTA 3VQAA 2HHVA 3G25A 1OH7A 4CZLA 4CFCA 2O8CA 1HB6A 4BVPA 3TANA 4ZRIA 4BE2A 5KPZA 1GLEG 5AQOA 5AQXA 1BISA 3KHYA 4IG0A 3AAPA 4CHPA 4A2BA 1DIKA 3LPTA 1U45A 4H0VB 5AZJA 1MK9B 4CJUA 4ID5A 3ITHA 1UWBA 1WNSA 3HL8A 2Q31A 3CJBA 2Q97A 3H1QA 4B3RK 1BCMA 2FBXA 1NK9A 3HPOA 4JLHA 3T7ZA 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 3E66 A;  4JKG B;  3SBT A;  4ILG B;  3E9L A;  4JKC A;  4JKB A;  4JKH A;  4JKG A;  3E9P A;  3ENB A;  4JKD A;  4JK8 A;  3SBG A;  4JK9 A;  4JKE A;  4ILJ A;  4JKF A;  3E9O A;  4ILH A;  4JK7 A;  4JKA A; 
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