4JKBA

Open and closed forms of v1788d human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
ELFSNQIIWFVDDTNVYRDTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 67
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkbA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkbA01
4ILHA 4JKHA 3E9LA 4JK8A 4JKBA 3E66A 4JKFA 3SBGA 3ENBA 3E9OA 4JKAA 4ILGB 4JK9A 4JKEA 4JKDA 4JKGA 4ILJA 3E9PA 4JK7A 4JKCA 3SBTA 4JKGB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DQSA 2YKMA 3FE1A 4E1MA 3OA9A 3LDSA 2G8FA 1A5XA 3CM5A 4IFYA 5SZTA 4AHSA 5J1EA 3ASMA 3PIOL 4B3SK 3KWIA 3CFPA 3FZLA 2HHUA 4QS8A 2FJ9A 4JKGA 1HMVA 2Z1GA 4KTQA 3DLRA 1Q9YA 1S3XA 1HPMA 1GC6A 1BGXT 2YNIA 4CFAA 3QEPA 3D45A 3ID8A 3C0BA 2AEHA 5BPMA 3QFUA 2KZZA 5AZIA 5J2QA 3MN5A 4JK8A 3O3GA 4HHTA 3WNEA 2E2NA 3CQ8A 3H1VX 2OANA 3SMSA 1N8RO 5HRPA 1TKXA 1C1CA 5I3UA 3VERA 1MDUB 4DU3A 2RF2A 1O1WA 3PVLA 4CIEA 4JI1K 4BR0A 3CCSN 1NI2A 2QWOA 1RGIA 4O8KA 4N47A 2F9WA 2PYJA 3V1QA 3ZX0A 3WNGA 4ZRJA 3K59A 1O13A 4GV6A 3O08A 4Z0UA 3CC4N 3UKUA 2HMPA 2O4GA 4RCHA 5HOOA 2IAJA 2HNYA 4Z4FA 1M90O 1UAXA 1LAWA 4JI7K 4B08A 3B8AX 4CHZA 1KAZA 4DF8A 1J5OA 1P90A 4WF9L 3G9WA 1X9JA 2KFZA 3LDPA 4JI8K 2QTDA 4H5TA 2D0CA 4YDUA 3CQYA 4B8CA 4CGIA 1X3MA 5E84A 1DKGD 4R5PA 2Y1IA 3IVFA 3BF1A 3NBPA 5KPZA 2YHYA 1SKRA 3R9PA 3QIPA 2UUCK 4BG8A 4DV1K 1FKOA 4CK3A 1RBRA 2D0BA 1KLNA 4CJRA 1JDEA 4BC3A 3OYNA 2QWLA 2VG6A 3LL3A 3PO4A 1KAXA 3J8AA 2JWLA 2QKBA 2HE7A 1HNXK 1SZ2A 2ZGYA 4CBXA 3SLCA 5AZJA 3LP0A 2AP1A 2V7ZA 3KKSA 2QWPA 3MXMA 3SBTA 2COPA 5HP1A 4KRFA 4MLEA 5DM7L 1N32K 2VCPA 3DMJA 4JLHA 1B92A 2NRHA 2A42A 5C42A 1WSEA 4IXCA 4FWLA 2FF3B 3U4LA 4M3UA 2D10A 2HBJA 2A1RA 3LAMA 1MA9B 4ISFA 5GADP 1KBLA 3KWGA 2HHWA 3DWLA 3CI5A 3PX6A 3H3NO 3L2WA 4CFCA 4DF4A 3ZEUA 4B9MA 2W42A 1K73O 3VESA 4M63C 3QETA 5FPEA 3S3MA 4KH5A 3MWPA 1J19A 2EX3A 4JS4A 3FFKB 3HPHA 3VETA 2Q36A 1A5VA 4GVEA 2Z1HA 4FOIA 2FSKA 1EWRA 4EAHD 4JKDA 1KLMA 1YTUA 1OH6A 2V51B 2J4RA 4FWKA 1Z26A 3HL8A 4DXAB 5HRRA 2ASMA 1BUPA 5M1QA 4C1NK 3M8SA 2RHKA 2YI1A 4XH4A 1IV0A 4DR2K 4JI0K 3C6AA 5B8HA 1RT5A 4WQ4C 4DUYK 3PZDA 3MX5A 3TI0A 4A59A 3DOLA 1XWLA 2CB8A 2FSJA 2IIRA 3ENOA 3VGLA 3ZT1A 3FP5A 2HMIA 3H3OB 1IBLK 5J2PA 4YL8A 4MO5A 4BC4A 1RT2A 4CBWA 4ILHA 5TKWA 2Q0RA 4K8XA 3V9XA 3CFOA 3F9KA 3K58A 3C7NA 3RWUA 3R6MA 2B5JA 4EFHA 4CZEA 4H5RA 2G8UA 4LFAK 1JXEA 1U2VB 1QVGM 2LSNA 1TKDA 3ZLJA 4AM6A 3O1BA 3MEGA 1JCFA 4YORA 4M3ZA 2G8VA 4DQQA 3CPWM 3JXUA 3CCMN 5KI6A 1LWFA 2O8DB 5HL7L 4QOZB 2F8SA 1K6YA 3LDQA 5LJVA 2X74A 1OH7A 4RWTA 4E7JA 4GV9A 3O9TA 3WXJA 5H1SQ 3KD1E 1C0TA 5C24A 4FLWA 3DLLL 4Z4GA 5CYQA 4M7YA 4CK2A 3NMUA 1RT6A 4X64K 1GOCA 1NU0A 3U8XA 5IJMA 1FXXA 4AHRA 5J2MA 1WAJA 1RNHA 4FWNA 4OJRA 1GG3A 2I7NA 3SZ2A 3QERA 1EF1A 2NRZA 5HLFA 2DFEA 2P5OA 4CF2A 3O3HA 3SNNA 1W97L 3RSEA 4CGDA 3E9LA 2A3ZA 2GEMA 1NK7A 4ZHRA 1EP4A 3AO3A 2W40A 3OYLA 1W0HA 2ZM6K 4C1NI 3LWMA 2WH5A 1RDDA 2HHTA 3VQEA 3R3LA 1HQUA 2ZGZA 4U67L 1VQ5N 4B9NA 3DAWA 1CXUA 1LV5A 3QINA 4FLYA 3RVCA 4YFUA 2R7YA 4H0YB 2VWBA 2PBDA 4BWMA 1QSYA 2FSNA 2RPIA 1N6QA 3AVLA 1ASWA 1KVCA 4FO0A 4EKUA 4RW8A 1XMQK 4EP5A 4B9SA 5K14A 5BRFA 5FROA 2YNHA 2WOMA 1TAUA 3HTVA 2UUBK 4B9TA 1YJ9N 3ZSVA 1BIZA 4IO8A 2E1YA 3KZBA 3OTOK 1EKEA 4KHYA 4H4MA 4N76A 3IG1A 1YF5L 2I5JA 3OYBA 3CCEN 2CH5A 5ADXA 1Z6RA 3S9HA 2BUPA 4K41A 4CGHA 3VPZA 5GAEP 4O0JA 1JLAA 4JKGB 2YX6A 2FBVA 5EX5A 4Z94A 4B9VA 2O4IA 2Q97A 1WNSA 2F8TA 5LJWA 4RW6A 5JICA 3HSCA 2IC3A 2P9UA 2ZJPL 1LOTB 3FZFA 3L0QA 3O5BA 3C65A 3Q7BA 4BQZA 1HNZK 3DRSA 4CJEA 4CZHA 1GLJO 4B3MK 3GE1A 4H4OA 3MN7A 4BRHA 1QQNA 3P38A 1NGEA 2GBZA 4CJPA 1NJYA 1RDCA 4FW2A 1XC3A 2Z1JA 1KAYA 3K5LA 3AVIA 5IWAK 3P5JA 3ITHA 4KB1A 2HHQA 3E01A 1D5AA 1QE1A 3L6QA 4QAGA 4QS7A 1ZYQA 4CEAA 3SUNA 1ST7A 4OPHA 2NRVA 5EOYA 3SAHA 4ILJA 1RCHA 1QZ6A 3P83D 3CJBA 4MDBA 1DIKA 2ZD1A 1KD1O 3FZMA 2QWQA 5C2DA 4JRQA 1NGCA 4FWRA 1RTDA 1K8KB 2HBMA 4CW7B 4C8KA 3MCPA 4FM1A 4I9LA 5JVGL 4PUOA 1WOQA 1HQEA 2X0SA 1TK5A 1KCFA 1SAZA 4FZYA 3RMBA 1CXQA 3EE9A 3CC2N 1VQ6N 4GKJK 2XHBA 1JXBA 5CR4A 3SQ0A 4CGJA 1KFDA 3UB5A 3WNHA 2O8CA 4GVMA 3OYAA 4H5WA 4ISGA 4PKGA 2P9NB 1HYZA 3VEOA 3I8BA 3DJCA 4BACA 3R1XA 3LP2A 4CESA 4FJ7A 4NLCA 5M1OA 4PKHA 3E9OA 3ZETB 5AQHA 1Y19B 4LF9K 2QM1A 2I1JA 2QWNA 5AR0A 1BWFO 1BHLA 3A5LC 5FPDA 4NXMK 3M8QA 3T1YK 2XY8A 3T19A 4X65K 4IBNA 1NMDA 4DQ8A 1JLGA 3HVRA 1T44A 1U04A 2E88A 4F7GA 3ENBA 2YJEA 2YHWA 3MEEA 4BR5A 3M5RA 4TKNA 2FC0A 2A5XA 3VN5A 1C6VA 1HKCA 4Z4HA 5GAGP 4DTXA 3A5NC 3AVHA 1S72N 2FDQA 4JS5A 5J2NA 4FJ9A 1S1UA 2D0OA 4NXNK 3O4NA 3F9MA 4PWDA 4NO7A 1C0UA 4DLGA 3CETA 1QZ5A 2KKZA 2D0AA 4KHNA 2E8AA 2VQEK 3DI6A 3PV8A 1EXQA 5EU7A 2DY4A 3S3OA 1TUYA 2IVNA 1T03A 1WUAA 1U49A 4DR6K 3HT3A 4I6MA 3RMCA 5HRSA 1D8YA 5ELZA 1YIJN 4WFBL 2NRTA 4E7IA 2XY6A 1IG8A 1S1WA 3HK2A 1NGIA 2V7YA 3VQDA 2KFNA 4B9QA 4BE0A 4FJJA 3NF9A 3QO9A 5AQPA 4KREA 3HI0A 1HLUA 4KV8A 5KPTA 1MU2A 2GX9A 4J2EA 4DV0K 5AQJA 4CEZA 1J9AA 4NCGA 1YITN 3FZHA 3QEVA 4WQ5C 3VEZA 1ILYA 1SL1A 4FVUA 1NGJA 1ITGA 3C7NB 4OLAA 4KH4A 3EZ5A 5A2QO 4KHSA 3IS9A 3OJUA 4BR9A 1NM1A 3E9PA 3J7ZO 3NGYA 1JCEA 4X62K 4DTRA 3GG4A 3D2FA 4ID1A 4FWOA 4CZMA 1RBUA 1C1BA 4C8NA 4LF8K 4O5BA 4G9ZA 2EMSA 4FK0A 1GOBA 3CD6N 4GXBA 4MQ3A 2UU9K 1LW0A 4WE1A 3M8RA 3L3VA 4QCLA 2Q1NA 3ZT3A 4DLEA 3C6HA 1T3VA 4B1YB 3ID6A 3NF7A 3AGRA 3M8PA 1NJZA 1NK0A 4A2AA 4J2AA 4DV6K 4H0OA 4DMNA 3MXIA 5HBMA 3WQUA 3OYIA 1XC9A 5DK5A 4IG3A 4HUEA 2HBLA 4B9LA 4FJKA 1NK5A 1K9MO 3PSIA 3OJSA 1NVLA 4YHHK 3DXMB 1ASVA 1BU6O 2HRJA 3KK2A 1NK9A 4B1UB 5JVLA 3AU5A 2VGMA 3FLVA 3WEEB 1Q7YO 4WFNL 3THVA 3UKRB 3OYDA 1OVYA 1H4RA 3H1QA 3RSEB 3ALYA 2W41A 4AHCA 2PFUA 3OHRA 1KRPA 1WBDA 3NH1A 3KK3A 5AQMA 4DR5K 3TTDA 4FZXC 3CF5L 1VSKA 4FXDA 2JWKA 1S1TA 3O8MA 3L2UA 3KKRA 3U3GA 1LW2A 4FYDA 3PSFA 5KGXA 1HJOA 1CZAN 3THXB 2OZMA 4FJLA 1HYVA 5BRHA 3PY8A 4CJ3A 2QI2A 1SKSA 4CYEA 1TKZA 1HUXA 3VQCA 3C6UA 2YNFA 3IFRA 3M1FA 1RDAA 5AQQA 1CZBA 3SPYA 4DR1K 3EZWA 4O0IA 1T8EA 3KVGA 4CE9A 1S1XA 3PIPL 3K57A 2A6AA 4CJWA 2ATQA 3SAGA 3BDPA 4BC2A 4KFBA 3ZT0A 1C0GA 3HOTA 3CPEA 1RDUA 2VG7A 3AVGA 1NBWA 5BN8A 1WAFA 4ISEA 3P4IA 3O9QA 3H46O 1H1VA 4BR4A 4IFEA 2G8KA 4DU4A 2P9UB 3AO5A 4DS5A 2OZSA 2WFBA 1M1KO 1HKBA 1IH7A 2IVPA 4O55A 1K8KA 4CJFA 3SYZA 1YI2N 2G8HA 3O9UA 1GGOA 4KI4A 3K2PA 4BRNA 4DG1A 4AH9A 3WXKA 4O5FA 4M3TA 1YXQA 3IDHA 4BRIA 1ZBHA 3QBWA 1HNVA 3U6FA 2HW3A 4DFPA 3SAFA 1DTQA 4DB3A 3O4QA 3SQ2A 1TVRA 4RW7A 1VK0A 4BR7A 2P9NA 3TARA 1K8AO 3VENA 5BREA 4KB0A 3NVKA 2FBTA 4E7LA 1RDBA 3LM2A 4F9OA 4IOAL 2H3GX 1UOCA 2FXUA 3ZETA 3K5NA 3TAGA 1WBBA 3OYKA 3SBGA 3PX0A 3J7AP 4Y1DA 5LY3A 4FLUA 3K9KA 4DU1A 4M3YA 4CBUA 3LALA 1LWEA 5D3GA 3CQXA 1VQ7N 4M3WA 1T6DA 4KPYA 1BA0A 3WT0A 4DR4K 1NWKA 3OYEA 1HNIA 1MWKA 2WC9A 3H45C 5AFUA 1NGAA 1YVUA 1N5YA 3ZT2A 2IS3A 2O8CB 2HHXA 3OYFA 3MECA 4M42A 4H0TB 3CMAN 3FFIA 4MLHA 3CJ1A 3MCAB 4W5OA 1OVQA 1GLCG 4DCHA 5ADXH 4XH5A 3ZT4A 3T1AA 2F96A 3SPZA 1SS6A 2RE2A 5BN9A 3CJ9A 1VSFA 3VQ6A 3DXKB 3BF3A 1ISNA 4JKHA 2Z1IA 3OYJA 4B3TK 1B9DA 4OKEA 2GTDA 4H0PA 1VSIA 4I9QA 3MDQA 2E5LK 4PHTX 1X9WA 1HB6A 4BDZA 1NKEA 4FOEA 3P31A 3MN9A 1XNQK 2O8BB 4DKWA 3SMPA 1NJXA 5CE3A 4ELTA 5F0XA 4JN4A 4YOUA 5KGWA 3V6DA 2HHSA 3THWA 2HOEA 3L8BA 3IMXA 5M1NA 4JEPA 3H08A 1Y64A 4FM2A 1TAQA 2RKIA 4KHQA 2ASOA 5GINA 1SL0A 1NLVA 1P8ZA 2ZF5O 4FJNA 1RT7A 3O3FA 4FJMA 2UYTA 4BRAA 1J6ZA 3CXCM 1T05A 4CZFA 1L5UA 2J0MA 3UIQA 3O1WA 2P9PA 3K9JA 2D0PA 4H5VA 1VRUA 4FW1A 4LY7A 3OYGA 1X1PA 4CFDA 4DSEA 1BI4A 2ZJQL 4JHDB 4KI6A 3OS0A 1J5EK 4KH6A 2CGKA 5FPMA 4I6MB 5CHIA 3AAPA 4BWJA 4BRLA 4M3RA 3V9UA 3AU4A 4TSXA 1VQON 4CJ5A 4BC5A 4CCHA 4CHYA 3SCXA 2P9KB 2XY7A 3AVMA 4CZJA 1XUPO 1S1VA 3TSUA 3QEWA 4F8RA 4N56A 3IRXA 4M45A 4BGAA 4OO1J 4JNEA 3ULEA 4LSNA 4CJSA 3SQ4A 1S9EA 4I2QA 2PY5A 3ZSRA 2IVOA 3EE8A 4CECA 2QKKA 1BL3A 2F9TA 1E3MA 1QTMA 1ATSA 3JAMO 3EYZA 1YUWA 3J7YP 3D2FB 4DFJA 3KLFA 4OLBA 4XEIA 2KZMA 1ZBUA 3M3ZA 4FPAA 4JK9A 4JKEA 1BCOA 1S6QA 4IOXA 3FLCO 1QQCA 3DXMA 4YOYA 4FPBA 5AQFA 4CJ7A 4LFBK 1XMOK 3OS2A 4YDUC 3W0LA 3BZKA 4AM7A 3ENHA 3D2EB 3AVNA 3WEEA 5AQOA 3UKRA 4L8RB 1JLQA 4G1QA 1G15A 3AAQA 4CHQA 3ZX2A 3NE6A 4CEEA 1ZXOA 1D9DA 3SJJA 4FK4A 5CZ1A 4CIFA 4CZGA 3H6EA 2P5GA 4CF0A 4J2DA 5E26A 4DTOA 4F2SA 1L3TA 4DHYA 4M41A 1MIXA 1Q9XA 4CEQA 1ZC6A 1HYSA 3WUHA 4CD3A 1GLEG 1LAVA 1X3NA 3THXA 3NHGA 4ICLA 3K0SA 1T6CA 2B6AA 5LL6Z 4YOVA 2UXCK 3TSQA 3V9ZA 5AJ3K 5JLFA 4RW9A 3I0SA 4IG0A 4CI6A 3VA3A 3G25A 1IO2A 3OS1A 5C12A 5AQYA 2W6KA 3CERA 4FL9A 4RTFD 5C10A 3V81A 4CJTA 4FCYA 4DFMA 2BANA 4FJXA 4AHTA 4BY9C 5AQGA 1GLDG 1VQ8N 1TUUA 4PL7A 4UY8O 2RN2A 3VGKA 1DEJA 2QWMA 1B9FA 3SI6A 2UXDK 3G0ZA 4WQ5A 5BPLA 1VQKN 1MK7B 4JI6K 3A8YA 3U9DA 4F3OA 4H5NA 3QDKA 2YHBA 1U4BA 1MWMA 2ZE2A 5EY4A 3KTQA 4EP4A 3ATUA 4OKKA 1E4GT 2A40A 4C23A 1QQOA 4CIGA 4HDOA 4C8MA 3QB0A 5AQIA 1QVFM 4OVLA 4IOCL 2QK9A 4YY3K 3IKMA 4DSKA 1JJ2M 4EHUA 2ETJA 3AO2A 4KO0A 3J81O 3BINA 1VAZA 1DGKN 3BUZB 4DTSA 3ZSYA 2YVCA 1Y97A 1IJJA 4WYBA 2EMTA 1BA1A 4DS4A 2A41A 4C8LA 2QEXN 1ACAA 2PAVA 4CZLA 4CEFA 4LD0A 3QFPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 4ILH A;  4JKH A;  3E9L A;  4JK8 A;  4JKB A;  3E66 A;  4JKF A;  3SBG A;  3ENB A;  3E9O A;  4JKA A;  4ILG B;  4JK9 A;  4JKE A;  4JKD A;  4JKG A;  4ILJ A;  3E9P A;  4JK7 A;  4JKC A;  3SBT A;  4JKG B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DQS A;  2YKM A;  3FE1 A;  4E1M A;  3OA9 A;  3LDS A;  2G8F A;  1A5X A;  3CM5 A;  4IFY A;  5SZT A;  4AHS A;  5J1E A;  3ASM A;  3PIO L;  4B3S K;  3KWI A;  3CFP A;  3FZL A;  2HHU A;  4QS8 A;  2FJ9 A;  4JKG A;  1HMV A;  2Z1G A;  4KTQ A;  3DLR A;  1Q9Y A;  1S3X A;  1HPM A;  1GC6 A;  1BGX T;  2YNI A;  4CFA A;  3QEP A;  3D45 A;  3ID8 A;  3C0B A;  2AEH A;  5BPM A;  3QFU A;  2KZZ A;  5AZI A;  5J2Q A;  3MN5 A;  4JK8 A;  3O3G A;  4HHT A;  3WNE A;  2E2N A;  3CQ8 A;  3H1V X;  2OAN A;  3SMS A;  1N8R O;  5HRP A;  1TKX A;  1C1C A;  5I3U A;  3VER A;  1MDU B;  4DU3 A;  2RF2 A;  1O1W A;  3PVL A;  4CIE A;  4JI1 K;  4BR0 A;  3CCS N;  1NI2 A;  2QWO A;  1RGI A;  4O8K A;  4N47 A;  2F9W A;  2PYJ A;  3V1Q A;  3ZX0 A;  3WNG A;  4ZRJ A;  3K59 A;  1O13 A;  4GV6 A;  3O08 A;  4Z0U A;  3CC4 N;  3UKU A;  2HMP A;  2O4G A;  4RCH A;  5HOO A;  2IAJ A;  2HNY A;  4Z4F A;  1M90 O;  1UAX A;  1LAW A;  4JI7 K;  4B08 A;  3B8A X;  4CHZ A;  1KAZ A;  4DF8 A;  1J5O A;  1P90 A;  4WF9 L;  3G9W A;  1X9J A;  2KFZ A;  3LDP A;  4JI8 K;  2QTD A; 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