4JKCA

Open and closed forms of t1800e human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTEKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 66
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkcA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkcA01
4JKBA 3ENBA 4JK7A 4JKAA 4ILHA 4JKFA 3E66A 4JKEA 3E9OA 4JKHA 4JKGB 4JKGA 4ILGB 3E9LA 4ILJA 4JK9A 4JKCA 4JKDA 3SBTA 4JK8A 3SBGA 3E9PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O0IA 1DLOA 2VGNA 4H5TA 4MQ3A 4C1NI 3CCEN 1VSEA 3FR0A 1J6ZA 1UA1A 1BCOA 3MEEA 4K25A 2ZPYA 3ZYYX 4CGJA 4ZHRA 1Y64A 3P4IA 1C0MA 3T3FA 3N4QA 2YHYA 3KKRA 5FPNA 4B8CA 3GDQA 3EZWA 2E8AA 3QIOA 3AVJA 1NG9A 3ID6A 3C7NA 2OPSA 3ISNC 3MX2A 2V7ZA 4CJSA 3O9RA 5SZTA 4FJIA 5C42A 4DR1K 1E4GT 3MCPA 1QZ5A 5FDLA 3CCMN 3VA0A 1YJWN 1SV5A 4RW8A 1U2VB 4W5TA 4KV8A 5GIOA 3OBYA 1SAZA 3K58A 2D2QA 1I39A 4AM7A 3VQCA 3IDHA 2QWPA 1HX1A 1MWMA 4J8FA 4K8XA 2F8SA 3H6EA 4FZYA 4JI8K 2P9KA 5GAGP 1HKGA 3LDSA 5FROA 3NGZA 1YXQA 4FO0A 2DY4A 4IFYA 4FLZA 3NMUA 2O8BA 4E1MA 3ZSYA 4WQ5C 2V51B 4CK1A 1KFDA 4DTNA 3GOIA 3OYCA 3SJJA 2P9UA 4DQ8A 3MEGA 3NVMA 4A59A 4KTWA 2NRHA 2YV0X 2D10A 5AQKA 4ISEA 3JAMO 1GLLO 3O5BA 3OTOK 3IVFA 2ZQBA 5LMUK 1OH8A 4AHCA 3CF5L 1JL2A 3LDNA 1GC6A 1ITGA 2KLAA 3QBXA 3UKUB 2YCHA 3EPYA 4BRKA 4CF2A 4IKFA 1K8KA 4BQLA 3HI0A 4W5RA 1TAUA 1Q8IA 1ATSA 5B8HA 3TAMA 1NMDA 3LDOA 4DXAB 3CERA 4MO5A 3F5TA 1J54A 2EHGA 3MN6A 5J2PA 5A2QO 3CJAA 2R82A 3CC7N 1REVA 4J2BA 3QLHA 4EAHD 4FPBA 4FJ9A 3HOSA 2D1KA 3O1BA 3VEZA 3U3YA 3V6DA 4FVUA 4A62A 5F0XA 1HR0K 1HRHA 4Y0WA 2HNYA 1LCUA 3ITHA 1K6YA 4JK8A 5EX5A 4RW7A 4IJNA 3L2WA 4KHQA 1D9FA 4DCHA 4DTRA 3PO5A 3A5MC 3AA3A 3H1VX 2HHXA 1ESVA 4GMJB 2WFBA 5C2FA 4BR2A 1C0FA 2RQ1A 2NRRA 4GY2B 5AZIA 3FE1A 5AQSA 1KTQA 2Q97A 3OYFA 1RTHA 2JWLA 1IKVA 2O8EB 2Q3SA 4OKKA 4E7HA 4AHTA 1ASUA 3GL1A 3VPZA 1XNRK 3IFRA 3KK3A 1GC7A 2RN2A 3CJ9A 3T1AA 5BPMA 4JK7A 3TABA 1WNSA 3G9WA 3CC2N 1K8AO 3O80A 3QFUA 1RT1A 1JLQA 4CJ4A 2G8IA 3AO1A 3AVLA 3AVCA 1RTDA 4B9LA 1MIZB 3DXMB 3NE6A 3HYFA 3BINA 4FWLA 5AQUA 3KKSA 2FLOA 3P38A 1JLFA 3V81A 2RHKA 4PKIA 4DFJA 3A5LC 1HLUA 3KLEA 4H4MA 1M1KO 1U6ZA 3P83D 2VCPA 4BDYA 4JHDB 1NK9A 1W97L 3DOLA 2G8VA 5F1XA 4B1ZA 4ILHA 4YL8A 1YTUA 4L8RB 3NF6A 2ETJA 4FZZA 1VQ7N 5LY3A 4X62K 3MWTA 5AQXA 3ZSQA 3OA9A 4HTUA 2GWJA 2QWMA 5KI6A 4YOTA 2VWKA 1GGOA 4DLEA 1NGHA 3TANA 1VQON 2HMIA 1QZ6A 4CHYA 4C8OA 2XY7A 1ZXOA 1D8YA 4KAZA 4MDBA 1CXQA 3TTFA 4WE1A 4B9SA 3CETA 1MDUB 4BROA 2QI2A 1W7AA 3QDKA 4H0VB 3AAPA 4KHUA 2HHQA 1Z6RA 2VQFK 4I7FA 3MCAB 1NJIO 2F4VK 2UUBK 3FLCO 2Z1IA 4JD2B 5J2QA 5FRNA 3QERA 2HF3A 5KTQA 3LANA 2BH1A 4BRMA 1NOZA 1RDWX 1XC9A 4CFBA 4IOAL 3SMPA 1CLQA 4FJJA 5HLFA 3EYZA 3SZ2A 4BE0A 3S3NA 4FWKA 1KFSA 5HP1A 1NJYA 3K5OA 2V52B 3K59A 4QCLA 1WSIA 4CZGA 1LWCA 5GAEP 4FLYA 1Q9YA 1XC3A 5HRPA 3PX6A 4CBXA 1BDGA 1TK0A 4YHHK 1KLMA 2WC9A 4E1NA 4BR7A 1JKHA 4CJLA 4A2BA 1ST7A 3MMVA 1BO5O 4PY5A 3ZX0A 1YJ9N 1JLAA 3U6FA 1MIXA 3HM9A 4DB3A 1QHTA 1ATRA 4CEFA 4BACA 2A41A 2IGIA 3MXMA 3ZSRA 1N34K 1VSLA 3VF2A 1DT9A 5J2NA 1FXXA 4JKGA 1U45A 4BE1A 3D0PA 4IG0A 3Q7BA 4CERA 3J81O 4J2AA 5M1QA 3P1GA 3KHYA 3RMAA 4FM2A 3DOKA 1GLBG 3R6MA 2F7TA 3KWGA 4DR5K 3PO4A 1VQMN 1RTJA 2A6AA 1NU0A 4BRLA 2AL6A 2XY6A 4CBWA 3VEOA 2PZSA 2AEHA 1RBTA 3A8YA 3F73A 4DU4A 2P5OA 2O8FA 4FLWA 4PA1A 3C7NB 1VHXA 5CY4A 2I1KA 2D11A 3AVKA 3VEXA 3CPEA 4CHOA 4DMNA 5JVHL 4DQRA 3HM8A 4FYDA 1BG3A 3HSTB 5GINA 4ZRIA 2D5RA 3NH2A 3SUPA 4JI6K 4AHVA 2CH6A 4YOUA 4NO7A 4BRIA 3KD1E 4YORA 2PY5A 1RT5A 1LV5A 2E2OA 3SI6A 3CCUN 1A5VA 3P31A 2E2PA 4CEAA 3CCRN 3SUOA 2HHSA 3VN5A 2P9KB 4CZHA 1Q9XA 2DTUA 1NK6A 2PFUA 3AARA 1TV6A 3M5RA 1YITN 4KHYA 1WUAA 5AQRA 4JI4K 4N76A 1EQYA 2W42A 4FWPA 1RDBA 2P9LA 2O8BB 1ISNA 3VQ6A 2CGKA 4O0JA 3E9OA 4GV3A 2GV9A 5EY4A 4LFCK 2VYPA 4H0OA 2P9UB 4EIAA 4PWDA 2E2QA 1V4SA 1X9WA 3BZCA 5FLXO 3WNHA 3O6WA 5CYMA 4XH1A 2PYJA 5I9EB 1GLAG 4CD1A 4IO9L 3AVMA 4CZMA 4LFAK 4I6MA 3U3GA 3RR8A 3U4LA 4H5RA 2F96A 2ZE2A 4H0TB 3VF6A 1K8KB 4CW7B 3OYMA 4DSFA 2ASPA 2COPA 4DQPA 4MLEA 3DLHA 1ZYQA 2HF4A 4A2AA 3ZSOA 1TGOA 3VQQA 5LJWA 4W5OA 4DUYK 4EZ6A 3CIPA 4WQ5A 4CF0A 2B5JA 3RTVA 4CZIA 2P9SA 4F3TA 4JI5K 2KZZA 3EEQA 4IDHA 3LP3A 2FSKA 3K5LA 1HKBA 3K9KA 4PKHA 3VMFB 4QS7A 4GV9A 2QXLA 5KPTA 3D7EO 4YOWA 4JK9A 1S22A 4G1QA 3ATUA 3SPZA 4QS9A 3L4IA 1VK0A 2HSTA 3RMDA 4C8LA 4JAXA 2WONA 4N5SA 1RBVA 1NMNA 2JWKA 4CE9A 4DFMA 2OPPA 2YJEA 3SLCA 3QMLA 3LALA 5AQFA 4LSLA 5AZIB 4HVJA 2IS3A 1SS6A 4CHPA 5GADP 1NI2A 1RFQA 2E20A 4FVMA 5EOYA 3S41A 5HBMA 3M8SA 3DLEA 4FJHA 1G15A 1G99A 3ZETA 2YJFA 3D2FA 2HMPA 4BC4A 1DTTA 4AH9A 4X66K 4CJ3A 1I3AA 1LW0A 2WBNA 1NWKA 5ADXH 3SPYA 2QW9A 3ZT1A 4K0KK 5J1EA 4LC9B 3O1WA 3VQAA 5BPNA 2ZGZA 3E01A 3AA2A 5F2RA 1GG3A 4QS8A 1E3MA 4Z4GA 3LDQA 3K57A 3ZSXA 3LWLA 2FBVA 4IBNA 3VGKA 3MAQA 4O5BA 1N33K 3EL2A 3H46O 4PHTX 1QSYA 4CHQA 3LM2A 4KREA 5M1PA 2P9PA 1WSJA 2VG6A 4IWVA 3WEEA 4FJKA 1HBKA 3KLGA 3AO4A 4K42A 1EP4A 3B6PA 3DM2A 4O55A 4E19A 4YOXA 3KLIA 3VQ9A 3KD5E 1JCGA 3WXIA 2CGJA 1NKBA 2UUAK 5BR8K 3DYAA 2Z1JA 4LF9K 3OYLA 1VQ6N 4BGAA 2GUPA 4OO1J 3SV4A 4FWNA 4N47A 4GVEA 1WB9A 1RBSA 1VBHA 3HTVA 3NHGA 4DWIA 2A5XA 1XUPO 3D45A 4YOYA 3ZX3A 3AO2A 1T03A 1JL1A 4WQ4A 3CMAN 2UU9K 4DS4A 5D3GA 4A5AA 3PVLA 3QEPA 1NOYA 4K8ZA 4Y1CA 1S1WA 3C0BA 3RSEA 4BWMA 4W5NA 2Q0UA 3TAFA 1EF1A 3JSMA 3TTDA 3PX4A 2XY5A 1EWQA 4CVNE 4B9TA 4OPHA 4AHUA 4FWOA 4IFVA 3OS1A 2A3ZA 1KXPA 4OKJA 4DF8A 4B9QA 3OYHA 1D4XA 3CCJN 3TAQA 4DTUA 3TAPA 1GOAA 5BR9A 3DRPA 4LF8K 1S1TA 3L2QA 3TAEA 4KKOA 1J5OA 3UKRA 1VQNN 4KH6A 4LF6K 3CJCA 2F8TA 3ZX2A 1IH7A 3TU5A 3U9ZA 4CEEA 3QESA 1JXBA 1VRUA 4H5NA 2YHBA 3OY9A 1NJWA 1TL3A 4O8UA 3RRHA 5LL6Z 4CBUA 4KO0A 1NVLA 1BIUA 3C6UA 3QO9A 3W3DA 4JKAA 2J0JA 4RWTA 4W5QA 3I8DA 3PIOL 2BUPA 4KHNA 4DUZK 5DM7L 4WFNL 4BRAA 1HQEA 1N8RO 1MA9B 3A5NC 5E84A 1TKTA 1OVQA 4JKGB 4OJRA 3V9XA 1KRPA 1Q82O 3C6HA 1D5AA 4JI3K 4M3YA 3QINA 3N4PA 3J7AP 3CFRA 4WYBA 3K9JA 3CMEN 4G9ZA 4R5PA 3SV3A 3BY5A 4IZ9A 4I9QA 2HHUA 3NGIA 1CZ9A 1DTQA 4NLCA 3K5MA 3BP8A 5JLHA 5JVLA 5ADXA 4DG1A 4P7IA 3PLAA 4AHSA 2O8FB 2FSNA 3NGYA 4CEOA 5CZ2A 3AVGA 1HB6A 5KRSA 1BCMA 2HVIA 5AR0A 3F9MA 1TK5A 2A40A 4O44A 5MLCQ 3O4WA 1TKXA 4ZRKA 1WAFA 2PBDA 2NLXA 4QOZB 2X74A 4B08A 2QWOA 5AFUH 5FPDA 1SKSA 3A2FA 3SAFA 1RT7A 4CJ7A 2NUBA 1NK7A 4JV5K 1QVFM 3BZKA 5KQDA 1BI4A 4BR0A 2GTDA 3HO1A 1YVNA 5HL7L 3ENBA 2QTDA 2P9LB 4FXDA 3AO5A 1MWKA 1K73O 5AQYA 3C65A 3OS0A 1KSPA 2HBJA 4A5BA 4DSKA 1Q7YO 4F9OA 4CK3A 4BREA 2OTJN 4YOVA 3OJUA 4JS5A 1FJGK 4KHWA 1SKWA 1S5JA 4OGCA 1M90O 4RW6A 3OS2A 4DR7K 3VQ5A 5IT9O 3OYKA 3CYMA 4I6MB 4CZKA 4B9MA 1TYQA 3M6GA 4ZTJA 3ENOA 4F2SA 1RDCA 3LZJA 5IWAK 4CHZA 4DF4A 4KHSA 3NF7A 5LJVA 3ZT2A 3ULEA 4HWIA 1C1CA 1W0HA 1WN7A 4DR2K 2YNHA 3O3FA 1XHXA 1NJZA 1SL1A 3G10A 1TVRA 4BVOA 4FM0A 2P9SB 2X6NA 4KH4A 4DV7K 1YI2N 2RE2A 2YNGA 1QHAA 4B1YB 1T6DA 3SCXA 2BDPA 4LF7K 5EU7A 4IDKA 4H0YB 5AQIA 1WOQA 2I7PA 4F8RA 2D0AA 1QQNA 4GXBA 4U67L 3MECA 1W9HA 1NM1A 3BGRA 2ZWHA 4EP4A 3G6EN 3W0LA 4R79A 5BPLA 3DJCA 3SNNA 3P39A 4BC2A 4BQZA 2Q1NA 2G8HA 3AA4A 1U04A 2Q0RA 4B9NA 4JI0K 1B92A 1CZBA 3D2EA 1GLDG 4DU3A 3QIJA 4BRFA 2VWJA 3ZETB 4CGHA 4YDUC 1GOCA 2I5JA 3D2FB 3K5NA 4DV2K 3H1QA 4NYNA 2HOEA 3PUFA 3SUNA 4CHNA 5AQTA 3GBTA 2BGGA 4LF4K 4HUFA 2GEMA 3MXIA 2OYQA 3E66A 5E26A 3WXJA 1RDAA 1L3VA 3TR8A 1T8EA 4KB0A 3NVKA 4ILJA 1C6VA 5M1FA 1NGJA 2QKKA 3VTHA 3VQDA 3KIOA 3U8ZA 2YHAA 3AVAA 1CXUA 5AFUA 4M3RA 3VF4A 1NK8A 4I2QA 2A42A 4V19S 2P9PB 5KQ8A 4CF1A 3WEEB 4B3TK 3R3LA 3OYEA 3BF3A 1R0AA 5EXWA 4J2DA 1KVBA 4IFEA 4MLHA 4LY7A 4NB4A 2F9WA 3WNGA 4NY0A 1IO2A 1NKCA 3TPQA 3NH1A 4NLBA 1SQKA 2GX9A 1V4TA 4FW1A 4IXCA 4O8KA 1LAWA 3CPWM 5M1OA 5FRMA 3LWMA 4XIUA 4JRPA 4OLBA 4BC3A 2FBTA 3M8RA 1VQ4N 3ZDTA 3FZFA 2BE2A 1NGEA 3OYIA 4CFDA 2JGUA 1BISA 1LWEA 3MEDA 3QFPA 5CR4A 4BR9A 1VSJA 3CJ7A 4FWRA 5AQHA 3UIQA 4ZRJA 4B3RK 3KLFA 1K9MO 1HYSA 3LP1A 4FJMA 4PUOA 3SUQA 3I0SA 4DR3K 3IS9A 3HK2A 1UOCA 3IKMA 1N36K 1BIZA 4WF9L 3SQ4A 1JLCA 4CD3A 1HNIA 3RSEB 4IOCL 2HE7A 4GKKK 3HOTA 4DSJA 3S9HA 3C94A 4JKHA 5J2MA 5AQOA 3AGRA 2IC3A 1S6PA 1QQCA 2E1ZA 4AF1A 4ICLA 1NK5A 4FWMA 4OX9K 3DAWA 2IVOA 5AQMA 4Z4EA 3HPOA 4LH5A 2P51A 3I56N 3WXLA 2WH5A 4LH4A 3QEIA 3KTQA 4JS4A 3V9ZA 3OJSA 1EETA 4JI1K 4H03B 3UKRB 3CFOA 3L6QA 5T7BA 3LDLA 3O4QA 3KLHA 4BR4A 3CCQN 4BRGA 3OYGA 3THWA 3V4IA 3V9SA 2EMTA 3U8XA 1ZBLA 1NGDA 3OYDA 4C8NA 1HNZK 3A0IX 2KW4A 1DGKN 3HVTA 3AO3A 3RVCA 2O4GA 4B8AB 1EKEA 3V9WA 3VERA 4BR5A 1IKYA 4DTSA 2O8DA 3JS6A 3VEWA 3AU4A 5KPRA 2B6AA 4FLXA 1JCEA 3AGKA 3ALYA 3LZIA 1SL2A 2XO7A 1LW2A 2PAVA 3HP9A 4WFAL 2YNIA 4IO8A 4BDZA 2QKBA 4JKCA 3L3VA 3NDKA 3IG1A 4O5FA 2HRJA 1RGIA 2Q31A 3FP5A 5HRSA 1VQKN 5JMVA 1OH6A 4M45A 1S1UA 3L2VA 1C1BA 2LSNA 4F4KA 3THYA 3RMCA 3R8EA 4M3XA 3WXMB 1ILYA 3CXCM 2I1JA 1HUXA 3O9UA 1Q86O 1W2BM 3OBWA 4BRPA 1DEJA 1YTAA 1IBMK 3WQUA 3TWHA 5C15A 4FJGA 3CJ1A 2X0SA 3EKUA 5AQZA 2WTUA 3WA0A 4DV6K 4DQIA 4OGEA 2FBYA 1NGAA 2GUIA 3VETA 1TKZA 2XHBA 3LAMA 1B9FA 4BE2A 4B9VA 4DTPA 1P8ZA 1YF5L 4CJ5A 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