4JKCA

Open and closed forms of t1800e human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
LFSNQIIWFVDDTNVYRVTIHKTFEGNLTEKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 66
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkcA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkcA01
4JK9A 4JK7A 3SBGA 3E9OA 4ILJA 3ENBA 4JKGA 4JKFA 3E66A 4JKHA 3E9LA 4JKEA 4ILGB 4JK8A 4JKCA 4JKAA 4JKDA 3SBTA 4JKGB 4JKBA 4ILHA 3E9PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YDUA 4B1XB 1DTQA 1C1CA 2E4LA 1NOZA 3FZLA 1WSHA 4NCAA 1BA1A 2VYPA 4DTRA 1FJGK 5KPRA 1TYQB 3SQ4A 4XEIA 4JKFA 4NCBA 2R7YA 2Q3SA 2I1JA 5EU7A 5M1FA 1QVFM 4JNEA 1DIKA 3DXMB 5FPMA 5HROA 1GC6A 3GE1A 4AILC 4CEQA 3ZX3A 3E9PA 5TKYA 1Y19B 2F7TA 2JGUA 2QWRA 4CHOA 2OTJN 1KAZA 5AQWA 3ITHA 3KKSA 1U48A 3JS6A 2IVOA 3TTDA 4CIEA 4W5NA 1TK5A 2ZM6K 5BN8A 5KPTA 4Z4EA 3ENHA 3QFPA 2KW4A 3ZX2A 4W5QA 1EETA 1KTQA 3NDKA 1DTTA 1X3NA 5AJ3K 4C8LA 2HHVA 5I9EB 4X65K 4ID1A 1RT1A 1WSJA 5GAEP 4BRKA 4WFAL 5C2FA 1NJWA 2NRHA 1RDUA 2HBJA 2ZD1A 3O4QA 2FJ9A 3L2WA 3CPWM 1FKPA 3GL1A 3WT0A 3VQDA 4CEFA 1D9DA 1GOAA 3RR8A 3ASMA 1B9FA 3MX5A 5AQJA 3ZEUB 1TAQA 4A5BA 3MX2A 4YORA 4B1WB 2QKBA 4CJKA 2ITMA 1HNIA 2HBLA 3FLCO 3E1YA 3LALA 4FLYA 3MN7A 5AQUA 1Q86O 3PX0A 1VSMA 4KTWA 1DLOA 3ENOA 1TUUA 2E2QA 3GOIA 2HNYA 3SLCA 1CZAN 1C6VA 2ITGA 4C8NA 4CHPA 3QFUA 1J5OA 4CZLA 3VEVA 3SQ1A 1VBGA 4B1VA 1SL2A 1S5JA 3RRHA 4E7JA 3HTVA 3DRSA 4C8MA 2ZJQL 3IMXA 2ATQA 1NGCA 4DU4A 3O6WA 1OVYA 1VSFA 4CHZA 1BQMA 4EFHA 4IWVA 4CBXA 4OO1J 1K73O 2OYQA 1NGBA 1RT7A 4M7YA 3UKUB 4YDUC 2UXDK 4BE0A 2I7NA 3EY1A 4PKGA 4BWJA 2BE2A 2CH6A 3LWLA 1S1UA 2GUIA 1VSLA 3IG1A 3AA4A 3R9PA 3T7ZA 4JKCA 3SJHA 4MO5A 5C0YA 1NJYA 4RTFD 4O44A 3L3VA 4FLXA 4ISEA 2E2NA 3SUNA 5AFUH 1X9SA 4JI0K 3H45C 2ZGZA 3LM2A 2FLOA 5I3UA 5JVHL 1QHTA 4CF0A 1HQEA 2AJQA 1BU6O 4CEEA 3V9SA 2D4WA 4KRFA 3HBTA 4CFDA 4CEOA 1I3AA 3EZ5A 4DV2K 1SGHA 4E0DA 1Y64A 4FWRA 4BVPA 1ILYA 3R8EA 4H0YB 2HNDA 4FJGA 1MU2A 4CGGA 1S1VA 4IEEA 4X62K 4FZYA 4LY7A 4AHUA 4ICLA 3OS0A 4O4GA 5LMNK 3BUZB 2Y1JA 2Z1GA 1LAWA 4J2DA 4F4KA 1VQLN 3AGRA 4IDHA 5KQ8A 3L2UA 1YHQN 4MLHA 4K8ZA 4EHUA 5AQQA 4DR6K 3EO3A 5FDLA 4M41A 1RDWX 4FM2A 4GV3A 5KI6A 2PZSA 4H0OA 4FJ7A 3SV3A 4CJ3A 4FJ9A 2NLXA 5FLXO 1KRPA 2DFHA 1JCEA 4OLBA 3VQ8A 1WSIA 3F5TA 3QO9A 5KGXA 3VEZA 3H3NO 2KZMA 4LFAK 1KLMA 4C8KA 2WONA 3WXJA 3TANA 1HRHA 4BRDA 2YI1A 1A5XA 4MDAA 4LF8K 5AZIA 4KI4A 3J81O 4H8KA 4FJHA 3LDOA 4DTSA 3G25A 1MDUB 3ZSRA 4CJTA 2DIKA 5J2MA 3HYFA 2QKKA 1EWRA 3PO5A 3VA0A 4IBNA 3KLGA 3L8BA 2FBYA 4OJRA 2IAJA 1NK9A 5AQZA 4R5PA 3MDQA 1T6DA 4OX9K 1TK0A 3NF8A 1NLVA 5FPEA 1YAGA 3BEXA 1SV5A 2UUBK 3NH0A 4M3WA 3S3OA 3LDSA 3MCPA 3RR7A 4M63C 5AQPA 3QETA 4IO9L 3NAEA 3L4QA 1RDCA 4EIAA 4CJUA 1K9MO 3VF6A 3KLFA 5T7BA 3SUOA 1WB9A 3RTVA 1MIZB 5H1SQ 4E7LA 2D0BA 4DF8A 1D9FA 1VQPN 5GADP 3VF2A 5GAGP 3VEWA 3VQ4A 3TWHA 4NY0A 2P9NB 4BRPA 3H1QA 2GV9A 3D2FA 4FJLA 1VSKA 3D0PA 1GOCA 3WEEB 3P38A 1JL1A 3PSFA 2G8IA 4RW6A 4DB3A 1QVGM 1UA1A 3KK3A 5IJMA 4PY5A 3DRPA 1EO1A 3AVCA 1T3VA 3NGYA 4Z94A 3MXMA 4ZTJA 4XIUA 1LOTB 4LF5K 1QQNA 2DFEA 1IG8A 2F9WA 1VQON 5GAHP 2HHWA 2AEHA 3WNHA 4BDYA 1FXXA 3H08A 3OHRA 3LPUA 1Q8IA 4DR5K 2LSNA 3AVFA 4BC4A 3ZDTA 1O13A 3S3MA 1U2VB 2Q97A 1J5EK 1L3TA 3CFRA 4FW1A 2VQEK 4CJRA 1ZBIA 5AR0A 1JLQA 3AVJA 3AGKA 3RMAA 4DSJA 4KHSA 3A5NC 4KHQA 4CZKA 1JKHA 3QEIA 3VQCA 3VN5A 2P5OA 3H6EA 4MFBA 3C6TA 4BGAA 1WBBA 3HSTB 2Z1IA 3FGUA 1JLFA 3M6GA 2KFNA 5A2QO 4GW6A 1NGIA 1RCHA 3OYCA 3G0ZA 4DFJA 4C1NI 4BQZA 3DLBA 4K25A 2JWLA 3LP2A 4ELTA 3WNGA 3PIOL 4FOEA 1RBVA 2VWKA 3CC2N 1KVCA 1S22A 4CGJA 4KHPK 2P9LA 5BR9A 2KHOA 3RSEA 3R3LA 2Q0RA 5AQNA 3SAHA 2YJEA 2P9SB 4CECA 3FP5A 3OYJA 3W3DA 5CZ2A 3O1BA 3CJCA 1RT2A 3SAFA 3CCUN 4IXCA 3K9KA 4CF8A 4JV5K 4FLWA 1I94K 3UKRB 5J2QA 1J53A 4BRLA 4CFAA 1I39A 3IKMA 2HVIA 1VRTA 3WNEA 4MQ3A 2QA4N 1E3MA 4CE9A 4KB0A 3C95A 1OVQA 3SUPA 4AHTA 3QESA 5C42A 4QS8A 5BN9A 4WFNL 4FW2A 3ZT4A 4FJJA 2F8SA 1UOCA 1C1AA 2IOCA 1BCMA 3GG4A 1K8KB 2YHYA 3L2QA 4DR4K 1BI4A 4FYDA 1SKSA 1VQ6N 1RILA 1RDAA 2JWKA 4BR9A 4JEPA 4CJQA 3V81A 2O8BA 1HB8A 1X3MA 3NGIA 1QS4A 2O8CA 2XHBA 2G8HA 1W97L 1BQNA 3NHGA 4WCEL 4HTUA 5C2DA 3JXUA 2RF2A 1WOQA 4B1ZA 4RCHA 3BDPA 4RW4A 4K43A 3NH1A 3OS2A 1KC7A 3VQ9A 3M8QA 2HRJA 3LP0A 4CK2A 4FJ8A 4OLAA 3LDNA 1VQ9N 1YTAA 4FVMA 1Q82O 3P5JA 1HUXA 3O4NA 3VERA 3ZETB 3LP1A 2ETJA 3TAPA 3LP3A 4JD2A 3BGRA 5KRTA 4IFVA 1RTDA 2OZMA 4CEBA 3AVHA 3VENA 4PL7A 4KHUA 4J2BA 3TSUA 4BDPA 3LAMA 1ZXOA 3HP9A 2W6LA 4B8AB 3L6QA 4CCHA 3EYZA 2QI2A 3CCRN 2AA4A 3E9LA 2HHSA 5CYMA 3QNNA 4DWIA 2HHHK 2UU9K 4B9LA 2P9KA 4YOTA 3AU5A 3I0RA 3ISNC 2D2QA 3THWA 2NRRA 1C0FA 2ZQBA 2W6KA 5HRRA 3AVIA 4DFMA 5EY4A 2IGIA 5BPMA 3KK7A 4ZRIA 1NM1A 3U6FA 1S9EA 3AO1A 1Q81O 4F8RA 4JKHA 5HBMA 4JI6K 2ZJPL 1DKGD 4BWMA 3ULDA 1TVRA 1JXEA 3ZSOA 1W0HA 4F2RA 2QWLA 2IVNA 3SQ0A 3ULEA 3FR0A 3OYEA 4YNQA 3I8BA 4KH6A 4H0XB 2Z1JA 4O8UA 1RBRA 2NRXA 3QINA 3MECA 1T6CA 5C24A 1S6PA 4BVOA 2V52B 3AA3A 3AO3A 5CR4A 4ELVA 4A62A 1NGHA 5HOOA 1CLQA 2ZE2A 3D2EA 3OYNA 4C1NK 4FWPA 4DSFA 1SKWA 2BANA 1BDGA 3KWIA 4E1JA 1U47A 3OTOK 1V4SA 3IAYA 1U49A 2YNHA 1DGKN 1NMDA 4WQ4A 4MDBA 3RRGA 3D45A 1HX1A 3C65A 1NU0A 3TAMA 1WSFA 3EE9A 4ILGB 4DQQA 2HHUA 5AQHA 4E1NA 2VWJA 4HUGA 1ATSA 5DM7L 3S41A 2CQUA 2KFZA 3BZCA 1VSDA 3NVKA 2W42A 4CF9A 1NK0A 3ZSVA 4FWNA 4EKUA 1ISNA 2AL6A 4DV3K 2P5GA 4H5WA 2EX3A 4CFCA 3O9UA 1NBWA 3ZSYA 1KQSM 2ZPYA 2Q1NA 3TU5A 4DF4A 3MXIA 4E89A 4JHDB 5AQTA 4IG0A 4DR7K 2XY5A 1WSGA 4F3OA 4BY9C 2IIRA 3CQXA 4CJFA 1TKDA 1HNVA 1GLBG 2PFUA 3PO4A 4CZHA 3PX4A 2FBVA 2HB5A 3P39A 3AARA 3DXKA 1VSJA 5JS2A 3QERA 3N4PA 3KD1E 3CM6A 4FK2A 2D0AA 4BR2A 1JLCA 3VTIA 3PV8A 5LJVA 4DV7K 1YVNA 2ASMA 1VQKN 2HSTA 4H0VB 2P9IA 4CW7B 1R0AA 4Y1DA 4A61A 4E19A 4CF2A 4AHSA 1G99A 2JLEA 3ZLJA 3DI6A 5J2NA 3ATVA 3BF3A 4EZ6A 5CY4A 2X0SA 4H5RA 3MK6A 5LJWA 5B8HA 2J0JA 3U3YA 2QEXN 4WE1A 3ZCMA 3M8PA 4I6MA 1HYZA 1YTUA 2GEMA 4YOXA 4IFYA 1N32K 1VSIA 1KC8O 4C23A 4ZHRA 2WBNA 4BRMA 1E5WA 3Q7CA 4ZTFA 3HRGA 4H4MA 2D0PA 4KFBA 3OYBA 4FWSA 4IFEA 3OJUA 1JLGA 2GTDA 1XC9A 1VSHA 4J2AA 4IJAA 1GGOA 4CD1A 4UY8O 1VAZA 4NLCA 1NJXA 4Q5VA 3THYA 4YL8A 3G10A 3VTHA 2EWSA 2NRZA 1J54A 1E4GT 3HL8A 1SKRA 1NGGA 4BRFA 4WQ4C 4CD3A 5SWMA 1ASWA 3SCXA 2G8FA 4OPJA 2YKNA 1JLAA 3MN9A 3V9UA 1N8RO 1BIUA 5AZIB 3TAQA 3E9OA 5F2RA 3HPGA 1S6QA 3RMDA 2QTDA 2VG5A 4QAGA 5F0XA 4AHCA 4BACA 2J0MA 3HM9A 1SL0A 2WC9A 4LSNA 5LY3A 2B6AA 3O3FA 4HHTA 3B6PA 3N4QA 1HBKA 1NJZA 2RPIA 4B9QA 3ZYYX 1RBUA 1Z6RA 5JLHA 3NVMA 4DU3A 4NCGA 4Z4CA 5M1OA 4K0KK 1MIXA 3H46O 2F9TA 3O3HA 4O5FA 4EZ9A 2IS3A 5J1EA 5BPLA 4Z4GA 3T3FA 1HMVA 3CJ1A 3SJJA 2FSJA 3CM5A 3TTCA 1WBDA 4FJKA 3VEXA 4G1QA 4Y0WA 3M3ZA 4FWQA 1TGOA 3MN6A 1VK0A 4M3ZA 3G9WA 2YCHA 1QQCA 2QW9A 2P9UB 3EN9A 4DSIA 1Y97A 2W40A 2HVHA 3CPEA 4BR0A 5EX5A 3D2FB 3ID6A 5BRDA 4M3YA 2IDOA 2HMIA 1Q9XA 4F3TA 4E7IA 1VBHA 3CFPA 2D1KA 4DSKA 1TYQA 4DUZK 2E88A 1BWFO 4EAHD 3C6UA 4YOVA 2PAVA 4WF9L 3VQQA 3NF7A 2HHXA 1IO2A 3AV9A 4GNIA 3T19A 5AQYA 1S1TA 2FF3B 3DRRA 4G9ZA 4J8FA 4JKEA 2NZTA 4DS4A 2E6LA 3NF6A 3Q7BA 4O8KA 1WAJA 3K5NA 2O8EB 3SUQA 2E5LK 3KKRA 3IFRA 3FFKB 5M1KA 2B5JA 2ZF5O 3CMEN 3L2RA 4DSLA 4KB1A 4JI7K 3J8AA 4FLZA 3VA3A 2FF6A 3CJ7A 3KLHA 1XNQK 3CI5A 3PIPL 2A1SA 4DTOA 4DUYK 5BRFA 4B08A 1TUYA 2P9LB 1IKXA 1RT6A 3KIOA 5AQSA 4M3TA 3X23A 3ENBA 3J7AP 2V7YA 4UQGA 3ZSXA 2YKMA 3BP8A 1M90O 2WTUA 3TSPA 4XH1A 3IRXA 3HSCA 4WQ5A 3W0LA 1NGEA 1HR0K 2I7PA 4M7XA 2GELA 4LC9B 1ZBUA 3SV4A 1RT4A 4B9TA 3MCAB 4JI2K 1B92A 4BRGA 3THVA 3VOVA 4QOZB 1RGIA 1S1XA 4KAZA 3CFOA 4DCHA 3VQ6A 2E6MA 2LBBA 1FKOA 2A5XA 1GLFO 3A5LC 3NCIA 3OA9A 4GXBA 1ZYQA 1SQKA 3ID8A 2GWKA 1RTHA 3KVGA 5DMRA 3QBXA 2FDQA 4JK8A 2A6AA 4EP5A 5LMUK 2I1KA 4BRHA 4HUFA 4KTQA 3AVAA 4CZIA 4U67L 4XH5A 3V1QA 4B1YB 2H3GX 4LF4K 1BI4B 4EP4A 1HPZA 1JLEA 4FCYA 4BRCA 3ZT2A 4KHWA 4AM6A 3FZKA 3NE6A 1YJWN 4DTMA 3RMBA 1XNRK 2O8BB 3C94A 3CETA 5M1QA 5ADXA 4O0JA 3KD5E 4B9SA 2O8CB 2O4IA 2KKZA 3F9MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 4JK9 A;  4JK7 A;  3SBG A;  3E9O A;  4ILJ A;  3ENB A;  4JKG A;  4JKF A;  3E66 A;  4JKH A;  3E9L A;  4JKE A;  4ILG B;  4JK8 A;  4JKC A;  4JKA A;  4JKD A;  3SBT A;  4JKG B;  4JKB A;  4ILH A;  3E9P A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YDU A;  4B1X B;  1DTQ A;  1C1C A;  2E4L A;  1NOZ A;  3FZL A;  1WSH A;  4NCA A;  1BA1 A;  2VYP A;  4DTR A;  1FJG K;  5KPR A;  1TYQ B;  3SQ4 A;  4XEI A;  4JKF A;  4NCB A;  2R7Y A;  2Q3S A;  2I1J A;  5EU7 A;  5M1F A;  1QVF M;  4JNE A;  1DIK A;  3DXM B;  5FPM A;  5HRO A;  1GC6 A;  3GE1 A;  4AIL C;  4CEQ A;  3ZX3 A;  3E9P A;  5TKY A;  1Y19 B;  2F7T A;  2JGU A;  2QWR A;  4CHO A;  2OTJ N;  1KAZ A;  5AQW A;  3ITH A;  3KKS A;  1U48 A;  3JS6 A;  2IVO A;  3TTD A;  4CIE A;  4W5N A;  1TK5 A;  2ZM6 K;  5BN8 A;  5KPT A;  4Z4E A;  3ENH A;  3QFP A;  2KW4 A;  3ZX2 A;  4W5Q A;  1EET A;  1KTQ A;  3NDK A;  1DTT A;  1X3N A;  5AJ3 K;  4C8L A;  2HHV A;  5I9E B;  4X65 K;  4ID1 A;  1RT1 A;  1WSJ A;  5GAE P;  4BRK A;  4WFA L;  5C2F A;  1NJW A;  2NRH A;  1RDU A;  2HBJ A;  2ZD1 A;  3O4Q A;  2FJ9 A;  3L2W A;  3CPW M;  1FKP A;  3GL1 A;  3WT0 A;  3VQD A;  4CEF A;  1D9D A;  1GOA A;  3RR8 A;  3ASM A;  1B9F A;  3MX5 A;  5AQJ A;  3ZEU B;  1TAQ A;  4A5B A;  3MX2 A;  4YOR A;  4B1W B;  2QKB A;  4CJK A;  2ITM A;  1HNI A;  2HBL A; 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