4JKDA

Open and closed forms of i1790y human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 65

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
ELFSNQIIWFVDDTNVYRVTYHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
total genus 65
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkdA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkdA01
3ENBA 4ILJA 4JKAA 4JKFA 4JK7A 3E9PA 3SBGA 3E9LA 4JKGB 4ILGB 3SBTA 4JKDA 4JKGA 4JKCA 4JKBA 3E66A 4JKEA 4ILHA 4JK9A 4JK8A 3E9OA 4JKHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D0OA 4U7BA 1D8YA 4B1XB 1MIXA 3VTIA 3G0ZA 5BPMA 4DFJA 3QIOA 1VQ8N 4IEEA 3NF9A 1JLAA 4BE0A 4FOEA 3LP1A 3KKSA 3L3VA 2Q97A 3CHWA 3AVNA 3V4IA 2X74A 5JS1A 3SNNA 1DTTA 4EZ9A 1S5JA 3AVGA 3RRHA 4FM0A 2AP1A 3U3YA 4CVNE 3FZFA 4OPAA 4FLVA 2YI1A 1MWMA 1LV5A 4JKAA 5CYQA 5C24A 1U47A 5K14A 4BRMA 4W5NA 1VBHA 4NCAA 3EZ5A 4LSNA 1OH6A 3NVMA 1S1TA 3T7ZA 4HVJA 3R8EA 2OANA 1E4GT 1SAZA 4B3SK 4NXNK 4DTXA 1ST7A 3VQCA 2O8EA 3AO4A 3SYZA 3MAQA 3H1QA 2NRWA 1N32K 4OVLA 1LWFA 2YKMA 2P9LA 3THXA 2CQUA 3DXKB 4CJ4A 3LZJA 1U48A 3CFRA 3VQBA 4NYFA 3VF2A 2QA4N 4H0VB 1UA1A 1RDUA 4KHSA 1P8ZA 3TAQA 1NK5A 4DQPA 2AA4A 4JHDA 2GWKA 2LSNA 1H1VA 4ISGA 1RBTA 3AVLA 4JD2A 4DUZK 3FZMA 2P5GA 4MLHA 1I3AA 4FJXA 2JWLA 2QI2A 4H0PA 3M8QA 4OGCA 4WYBA 4E19A 3QFPA 1SL1A 2YHAA 1E4FT 1KXPA 1FXXA 2UXDK 1U2VA 4DF8A 2BGGA 1ATSA 1S1WA 3TAGA 5HOOA 1YT3A 1OVYA 1UA0A 2HF3A 4W5OA 5ADXH 5EU7A 4NLCA 2WTUA 2F9TA 3ZYYX 2Q1NA 2BANA 4C1NK 2KFNA 3SQ2A 2QWNA 1RBVA 1FW6A 4H4MA 1LCUA 4BRDA 1NKEA 1SL0A 2F7TA 1IKVA 3PVLA 4FO0A 2HBLA 1KQSM 1CXUA 4JS5A 1Q8IA 1ZBIA 4RW6A 1JLEA 1IH7A 2QXFA 3T69A 1NU0A 5CHIA 3DLLL 4AQYK 1ASVA 1ZYQA 2W6KA 1ZBHA 2ETJA 2BDPA 3JXUA 1Q86O 4F4KA 3VEVA 1HMVA 4M41A 4CJPA 4YNQA 3KK1A 3SJJA 5AZJB 1NJIO 1YXQA 4DSFA 2KZZA 4FLZA 1NI2A 4FPBA 1HX1A 1XNRK 3HM8A 2A1RA 3HO1A 3A5MC 1JL1A 3DWLA 5DM7L 3EYZA 2A5XA 1NGAA 3ZX0A 3QIJA 1N8RO 3D0PA 1S6PA 4HTLA 5GADP 1HKCA 1NGIA 2VGMA 1A5WA 3QDKA 3V1QA 4CW7B 1HPZA 5GIOA 5DK5A 4DR4K 4M63C 3OYBA 1LAVA 4B1ZA 2P1JA 4B1YB 4CGFA 3HPHA 5JICA 4CE9A 1LW0A 4CEQA 4IOAL 1IG8A 2I5JA 1SKSA 4CECA 3O3HA 1BU6O 4BRQA 3ZETA 3V9WA 4NYNA 4DTNA 4L8RB 4JEPA 1C1AA 1XHZA 4X66K 3IG1A 3QFUA 4FLTA 5LJWA 4FVMA 4W5TA 3A5LC 5AQKA 2BUPA 5AFUA 3O6WA 4A62A 3AVBA 4Q5VA 3MXMA 3WXMB 1RT3A 1RT5A 3EEQA 4ZHRA 5E84A 1WSEA 1E3MA 3ULEA 1MK9B 1NG9A 4CZEA 1RGIA 4DQQA 3QB0A 1VSLA 4AHTA 2P9UA 3GDQA 1YAGA 2KW4A 4JKCA 2OPQA 4DTJA 5EVZA 3NGIA 2OPRA 4ISEA 3MXJA 3U3GA 3MN7A 2OYQA 1GLLO 4AM7A 2VWKA 4GVMA 5AQUA 4H5WA 3NBPA 2RE2A 4N47A 3T1HK 1BCOA 1NGCA 3VQ7A 4IG3A 4DXAB 3DAWA 4CZLA 2D0PA 1REVA 4Q0BA 1WSIA 1RTJA 4O8UA 3PIPL 4YOYA 1SKRA 1TAUA 4YOTA 4BC3A 3TAFA 3H45C 3SUOA 4CD3A 4ID5A 5JLFA 1ZBUA 2NRRA 3ZSXA 4BRAA 5J2NA 4YDUA 1HNIA 3T1YK 2IIRA 3BEXA 2Y1JA 2V51B 4CZFA 2VYPA 1Q9YA 4M3XA 1KSPA 2YX6A 1RT2A 3FZKA 4BG9A 4JI2K 3LDSA 3CJ1A 4DF4A 4Z0UA 4F7GA 1W9HA 4IFVA 3OYIA 4DV7K 2ASMA 3UKUA 2UUCK 3BZKA 3OYLA 4JKGA 4BRPA 5CY4A 1V4TA 4NY0A 1ITGA 4BVPA 2HSTA 3AAPA 3U8ZA 1NJWA 5C12A 3S9HA 1ESVA 1TAQA 3LZIA 4BRLA 5BRFA 4CYEA 3E01A 4X64K 5E41A 4KAZA 1QSYA 4H5NA 4BWMA 2IOCA 3IDHA 2EMSA 4DKWA 3ATVA 4XH5A 3VGLA 1G99A 4WCEL 4EKUA 4CJ3A 3CC4N 1CZAN 3VA3A 3CM6A 3SPZA 1TKZA 3SJHA 2IAJA 3C7NA 3EY1A 5HL7L 2G8UA 4JN4A 3QBWA 1UAXA 4DR1K 3MWPA 5M1FA 5AQIA 1GLFO 4IFYA 5AQLA 3DJCA 3HSCA 4A5BA 3JYTA 4FLWA 4KHYA 3OY9A 2GWJA 1WOQA 5JMVA 3LDLA 3CMAN 3TWHA 3BP8A 3G71N 1QZ6A 2WC9A 1NK9A 2W42A 3KK2A 3LPTA 3UKRA 4FZXC 4I6MA 4RCHA 4E1JA 5KTQA 1L3UA 2YVCA 1RBUA 4KHPK 3CC2N 2X6NA 4DCHA 3TPQA 3CCVN 3D2FB 1NGGA 3N4PA 2VG7A 2O8BB 2QXLA 3ZT0A 4PHTX 5C42A 2E8AA 1NK6A 1ATNA 1TK0A 1HKGA 4DV5K 4PWDA 1L3VA 4FJJA 3AO2A 2J0MA 1VQ9N 4IEIA 2F8TA 2DTUA 1JLQA 1XUPO 3VGMA 1S9GA 2I7PA 3AVKA 1K8AO 4IJNA 3CCLN 3FFIA 3EL2A 1TUYA 4H0YB 1VAZA 3NDKA 4FPAA 3DM2A 4B8AB 4CJ7A 3J7YP 3C6HA 2XY5A 5AZIB 4OO1J 4DQRA 3PSFA 1RT7A 2P9NA 1NGJA 3OS0A 3VQDA 2UUAK 4KRFA 4B1UB 2HHHK 3BF3A 3CETA 2ZJPL 3HVRA 3U9DA 4GV9A 1NJYA 4PL8A 1IBKK 2G8VA 1UOCA 1Z25A 3LM9A 3WXIA 1BI4A 3LWLA 2BTFA 3QBXA 1KFSA 3ZDTA 2X78A 3RMAA 1DLOA 1OVQA 3LDPA 2IVOA 2EX3A 2WFBA 5LMUK 2QTDA 3RMCA 4ISFA 4DMNA 5AQFA 2YNHA 2Q31A 4RTFD 3CPWM 1KTQA 3LANA 2NZTA 4M7XA 3I8BA 1QQOA 5GINA 3PX6A 1N5YA 1JCFA 3O8MA 4F8RA 2G8IA 2GX9A 5B8HA 2GUIA 1X9WA 3LDNA 1XMQK 4JKBA 4E7IA 3AVJA 3IMXA 1QQNA 4MO4A 3ZT1A 3ID8A 4I7FA 1BG3A 4PL7A 1EX4A 4CEFA 2KFZA 2HHWA 2PAVA 1VK0A 5E26A 3OTOK 3SI6A 4Y0WA 1QHAA 4DR5K 2LBBA 1BHLA 4K25A 4I9LA 3U9ZA 3SAFA 4XH1A 3W3DA 5F2RA 1C0MA 4CGDA 3HK2A 1W0HA 1HLUA 3A0IX 3O3FA 5C0YA 1Q18A 3ZT3A 3C0BA 3I0SA 3LP2A 4JLHA 4GV3A 1NGHA 4EP5A 2UXCK 4B9NA 3BZCA 1GLBG 4CD1A 3KJVA 2O8FA 3WNEA 1RT6A 5HRPA 2HNZA 4AILC 4CF9A 3G6EN 4CFBA 3PIOL 3V6DA 5AQQA 2ZGYA 4CEZA 1SUQA 4WQ5A 4B3RK 3FGUA 2GBZA 4CJEA 1A5XA 1KAXA 3CI5A 1VRUA 5AQZA 2Q36A 1RT1A 5BPLA 4ILJA 3WNFA 3NE6A 1HNXK 2D10A 4OPJA 3NH2A 4BDYA 1WUAA 3AVCA 3AO3A 1HYVA 1VSEA 1DKGD 5DMRA 3B8AX 4F3TA 3WQUA 4LC9B 1T8EA 3K9JA 2QWQA 3HOTA 1VQ4N 3SV4A 4ID1A 1HUXA 2IVNA 1A5VA 3QESA 2ZM6K 3RMBA 2RKIA 4B3MK 1YJ9N 4FK0A 1S1XA 3ZSZA 3DLHA 4BR5A 3QEPA 2HMPA 3K5NA 4JRPA 4FLXA 4RW7A 2G8KA 1O13A 2DFFA 4MQ3A 3ZSYA 4CJUA 1NOZA 1J6ZA 3KWGA 4BDPA 4QAGA 3IAYA 2E1YA 4A59A 3SLCA 1B92A 3F9MA 5SWMA 1IKYA 1HJOA 3H1VX 3P4IA 4YOUA 5AQTA 5BN8A 5CZ2A 1C0TA 4KH5A 4BR9A 4CI6A 2P9SA 3HOSA 3KWIA 4H5RA 1TV6A 4BREA 3NFAA 4A61A 4P7IA 1VQNN 4B9TA 4BC5A 1TK8A 4QCLA 3MCPA 4R5PA 3J7ZO 2RN2A 4J2EA 2HHQA 1C1CA 4QS7A 4XEIA 2YHXA 1VHXA 2G8FA 2JLEA 4RW4A 5C10A 2YHBA 2HVIA 3H46O 4MDBA 3L6QA 1X1PA 4IWVA 3V9XA 1KCFA 4KI6A 1MK7B 3OYNA 4OKJA 1BWFO 3LPUA 4JI3K 3M8RA 2D5RA 2W6LA 2WUSA 1T3VA 4C8LA 1ASWA 3M5RA 5HRRA 1WAFA 1YJWN 1ZBLA 1XC9A 1OH5A 3DXMA 4BRFA 2OPSA 4JAXA 2F9WA 3ENBA 4FWNA 5AQPA 5C15A 4GW6A 5KGWA 1UWBA 4K42A 3NAEA 4JK7A 1SS6A 3VQ4A 5HROA 1C1BA 3PX4A 4FJ7A 2ZGZA 2FSKA 5AJ3K 3BINA 4CEBA 3FFKB 4OJRA 4JV5K 3AO1A 3ZSWA 1NK4A 3CJBA 3CCJN 2G8HA 3ULEB 3IVFA 1TKTA 3LP0A 1C0GA 4KB1A 2V7ZA 3WXJA 5GAEP 4CZHA 4CK2A 2AL6A 3NGZA 3CXCM 4KI4A 4CEAA 1HB8A 3VEXA 4CF8A 1HR0K 3M8SA 3VQAA 2A1SA 3ZEUB 4JI7K 4JKDA 1WSGA 2P9IA 3AVIA 1VBGA 4CERA 4H5TA 3AA3A 3BF1A 3I55N 2DY4A 3SPYA 3L0QA 2YHYA 4HTUA 5AQHA 3SV3A 2YJFA 5CYMA 4BY9C 2X0SA 3TAEA 3THYB 5I9EB 3WNGA 3THWA 3NGYA 4DFMA 3P31A 4IOCL 1EETA 1GLEG 5ADXA 4OPKA 2NRZA 1WN7A 1ZBSA 4BQLA 4PY5A 3GE1A 1IO2A 3PO5A 4MDAA 3FE1A 3QEIA 3RRGA 3SUPA 1IKXA 4AHVA 4E1MA 2NLXA 4BG8A 2KZMA 1X3NA 2D0CA 1GOCA 1NKBA 3AGRA 4HDQA 4HUEA 3OJSA 1IJJA 2ASOA 4KV8A 5HRNA 1NOYA 3VN5A 1ACAA 5I3UA 3UKUB 3ATUA 4HWIA 3RWUA 4FXDA 3CIPA 2PYLA 4IO8A 5M1QA 4C1NI 3AU5A 4IDHA 4FJ5A 5HRSA 5C25A 3WA0A 1N33K 3O9TA 4WFAL 3MECA 1CZ9A 3U7DA 4FJLA 4FWMA 1M1KO 2P5OA 3PUFA 3T19A 3KHYA 3CCSN 3LM2A 5KQ8A 1XWLA 5KPRA 3MEDA 1S22A 5FRMA 3RR7A 3MCAB 2HHXA 2Q0UA 4FVUA 2O8CB 3MDQA 2E2NA 4A5AA 3K2PA 4CBUA 1X3MA 4BR0A 3M1FA 4ZTFA 1Q9XA 4B8CA 4DWIA 3WQTA 2D0AA 4W5RA 2EWSA 3NH1A 4KTQA 1HRHA 3H08A 3VOVA 3SAHA 4YDUC 3KK3A 1KLNA 5C2DA 3MK6A 1GC7A 2HHVA 1VQ7N 3WEEB 1TVRA 1TYQB 4CJ5A 2HHSA 1HKBA 3A2FA 5GAHP 2ZWHA 3GBTA 2ASPA 3CCMN 3VQEA 4DSIA 4CFAA 2O4GA 5F0XA 4LH5A 3DRRA 3NF8A 3OYAA 3CJ9A 4IFEA 3OYMA 3UE5A 3F73A 1EF1A 1VSDA 1BA1A 3OBYA 2XRIA 4JYAK 4FW1A 4CBWA 3L4QA 1Y19B 2F4VK 4QS9A 5TKYA 4BWJA 3QEWA 3HPOA 3L2QA 1T05A 1RCHA 1WSHA 2ZF5O 3AVHA 2QM1A 5BPNA 3K5MA 4CHOA 4WFNL 4PUOA 3L2RA 1ILYA 4F9OA 5DM6L 2IVPA 4OX9K 1IV0A 2IS3A 3DXKA 4CF0A 4DSJA 3H3OB 1JCEA 3SUNA 4AHSA 1S6QA 2P9NB 4CIEA 3U6FA 2YCHA 4M45A 4LF5K 3ZCMA 1NLVA 2E1ZA 3ZSQA 3TSQA 5AQGA 1SKWA 3FP5A 4I2QA 3DI6A 3L3UA 4ILHA 4PA1A 4B9SA 2EMTA 1X9MA 4CGHA 2P9PB 3TU5A 4BRNA 4LFBK 5AQNA 3K59A 5H1SQ 4BE2A 2E2PA 1N36K 4NLBA 4LF7K 2QWMA 1U4BA 4KH4A 1KVAA 1HNWK 1DIKA 3NMUA 2VG5A 3R1XA 1NBWA 3J80O 4A2AA 4DS4A 2YNFA 4JKEA 1WSJA 5GAGP 2ZJQL 3FLCO 5AQSA 2AJQA 1VQ6N 4BQZA 4CEDA 4BGBA 4K8XA 4CGGA 1T44A 1TGOA 1J54A 4FWKA 1MA9B 2OA8A 2Z1HA 1YTUA 4NCBA 4DTUA 3HPGA 4KFBA 4DV3K 1BUPA 3VQ5A 3TARA 3AA4A 4Z4GA 4Y1DA 4DLGA 3I8DA 4AM6A 1GLCG 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ENB A;  4ILJ A;  4JKA A;  4JKF A;  4JK7 A;  3E9P A;  3SBG A;  3E9L A;  4JKG B;  4ILG B;  3SBT A;  4JKD A;  4JKG A;  4JKC A;  4JKB A;  3E66 A;  4JKE A;  4ILH A;  4JK9 A;  4JK8 A;  3E9O A;  4JKH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2D0O A;  4U7B A;  1D8Y A;  4B1X B;  1MIX A;  3VTI A;  3G0Z A;  5BPM A;  4DFJ A;  3QIO A;  1VQ8 N;  4IEE A;  3NF9 A;  1JLA A;  4BE0 A;  4FOE A;  3LP1 A;  3KKS A;  3L3V A;  2Q97 A;  3CHW A;  3AVN A;  3V4I A;  2X74 A;  5JS1 A;  3SNN A;  1DTT A;  4EZ9 A;  1S5J A;  3AVG A;  3RRH A;  4FM0 A;  2AP1 A;  3U3Y A;  4CVN E;  3FZF A;  4OPA A;  4FLV A;  2YI1 A;  1MWM A;  1LV5 A;  4JKA A;  5CYQ A;  5C24 A;  1U47 A;  5K14 A;  4BRM A;  4W5N A;  1VBH A;  4NCA A;  3EZ5 A;  4LSN A;  1OH6 A;  3NVM A;  1S1T A;  3T7Z A;  4HVJ A;  3R8E A;  2OAN A;  1E4G T;  1SAZ A;  4B3S K;  4NXN K;  4DTX A;  1ST7 A;  3VQC A;  2O8E A;  3AO4 A;  3SYZ A;  3MAQ A;  3H1Q A;  2NRW A;  1N32 K;  4OVL A;  1LWF A;  2YKM A;  2P9L A;  3THX A;  2CQU A;  3DXK B;  4CJ4 A;  3LZJ A;  1U48 A;  3CFR A;  3VQB A;  4NYF A;  3VF2 A;  2QA4 N;  4H0V B;  1UA1 A;  1RDU A;  4KHS A;  1P8Z A;  3TAQ A;  1NK5 A;  4DQP A;  2AA4 A;  4JHD A;  2GWK A;  2LSN A;  1H1V A;  4ISG A;  1RBT A;  3AVL A;  4JD2 A;  4DUZ K;  3FZM A;  2P5G A;  4MLH A;  1I3A A;  4FJX A;  2JWL A; 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