4JKDA

Open and closed forms of i1790y human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
ELFSNQIIWFVDDTNVYRVTYHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
total genus 65
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkdA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkdA01
4JKFA 4JK7A 4JKEA 3ENBA 4JKGB 3E9LA 4JK9A 4JKDA 4JK8A 3SBGA 3SBTA 4JKCA 4ILGB 3E9PA 4JKBA 4JKAA 4ILHA 3E9OA 4JKHA 3E66A 4ILJA 4JKGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7FA 3ZX2A 3T19A 1MK7B 4CI6A 3RTVA 4U67L 1L3TA 3NH0A 3ATVA 1RDUA 5SWMA 1TK0A 1NJXA 1YTUA 5EXWA 3TANA 2ASPA 4B1ZA 3VA3A 4Z4CA 1Q9YA 3VQDA 4BC5A 5BPMA 4KPYA 2O8FB 1L5UA 3D0PA 3DLBA 3UKUA 4EZ6A 3LM9A 2CGLA 2E6MA 4OPKA 3BDPA 1KXPA 4MDAA 4JKEA 3VETA 4HDOA 3AVGA 3DXKB 4WE1A 5JLFA 1QQMA 4KI6A 1WOQA 1VRTA 1N33K 1QVGM 2ASOA 3O4QA 3QICA 3ZETA 3KIOA 4DQSA 2XY5A 4A57A 3CJCA 4IO9L 4YHHK 2WBNA 3KD1E 5CYMA 4CHZA 4YFUA 3MEEA 1JLGA 3H08A 1ACAA 1JKHA 1E5WA 4FZXC 1S1XA 4BRNA 4O0IA 3WNFA 5KPZA 4DF8A 4IEEA 4AHTA 2BH1A 4BACA 3O9TA 3K59A 3NE6A 2I7PA 1Q7YO 1L3UA 3MN7A 5JMVA 4IJNA 1XHXA 1MWKA 1ZBUA 5BR8K 5FRMA 2P9SB 2RPIA 1J19A 5HOOA 4KAZA 2GBZA 3R3LA 2GV9A 3IAYA 3AARA 5FRNA 1VQKN 4JI3K 3N4QA 1C1AA 2ZWHA 3MDQA 4BROA 4JI1K 1BI4B 1MDUB 2O8CB 2QXLA 4PKGA 3BF3A 2GWKA 3K0SA 1HMVA 1YI2N 1C1CA 3ZEUA 3HTVA 3O6WA 4B1UB 4IKFA 4B3RK 2OANA 4CJLA 3GOIA 4Y1DA 1GLLO 2P9UA 3C6HA 1KAXA 1LWFA 1LAWA 3A5OC 1QZ5A 3K9JA 1IKXA 1VSDA 1QHAA 1TAQA 3C7NB 2HHVA 3DXKA 1ASWA 3LAMA 3C65A 4DV4K 2BTFA 3LDOA 1K6YA 3VGLA 3VEYA 3K58A 4BR4A 2HNDA 1BCMA 4E7JA 3KZBA 3NGIA 2A3ZA 2D11A 3CJBA 3CD6N 2DPNA 3G0ZA 2IC3A 1BU6O 1UOCA 1WNSA 1O1WA 3S3NA 3FZMA 4DSKA 1M1KO 5K14A 4BRIA 1OVYA 4DLEA 4I6MB 4DU1A 1C1BA 1HBKA 3MN5A 3D45A 4KKOA 3GBTA 2Z1GA 4NXNK 5E26A 3LPUA 1MU2A 1HKCA 1NKBA 4BRDA 4DTXA 4BE1A 4QOZB 1HPMA 2O8CA 4O5FA 3LWLA 1BG3A 1NG9A 1GLBG 4CJFA 4J2DA 2P9NB 4ILHA 3GE1A 4M3ZA 1SKRA 1ASUA 1XNQK 1ZBLA 5C15A 4KRFA 4KREA 3B8AX 5FPEA 1EP4A 3L0QA 2FSJA 3H3OB 2P1JA 1Z25A 2FBXA 3PZDA 4GMJB 4C8KA 4CJTA 1RFQA 1EWRA 2PZSA 4HCCA 2AP1A 4DSIA 1NMNA 3ZX0A 1UWBA 4JS4A 1ATSA 4B9LA 1EO1A 4DQRA 3H6EA 3S41A 3A5NC 3GG4A 2YNGA 3VQPA 2PFUA 1NWKA 4DFKA 2YKMA 1DTQA 3EZ5A 3DLHA 3MN6A 4IFYA 4BE0A 3CFOA 3PIPL 4E19A 4CFBA 1UA1A 4JRQA 4OPAA 1OH8A 1WSGA 3MCAB 4NLCA 1SL1A 3ZSZA 3FZFA 3I56N 1GC6A 3THXA 5AQNA 5AQXA 5T7BA 3ALYA 2O4IA 1I3AA 3M8RA 3VF2A 3WQUA 1IG8A 4OGEA 3V6DA 1J5EK 1NGBA 2KZZA 3X23A 4DF4A 4NCGA 3AA4A 3TWHA 5M1QA 3AVAA 4KHNA 2OPRA 4EZ9A 2E6LA 4DS5A 1NGFA 4KB0A 3ASMA 1WSFA 4BDPA 4ID1A 2P9NA 1LOTB 3OYEA 4WQ4C 1HNXK 3FGUA 4BRHA 3H45C 4CZHA 1TKXA 4RW8A 3F9KA 3O8MA 2I5JA 2XY7A 4CE9A 4JI6K 3VN5A 2Q0RA 4QAGA 5KRTA 1ATNA 3CMAN 3M5RA 2YNHA 4E7HA 2OPPA 3SMSA 3OTOK 4N5SA 2KZMA 1GLFO 3QBWA 4BRQA 1X9MA 2ZJRL 2AEHA 3U3GA 3OYKA 3HRGA 4DWIA 3V9SA 4JKAA 4NYNA 5KGWA 1RGIA 4CJSA 4CF2A 4HUFA 2BE2A 4CZGA 1NTIA 4DCHA 2IOCA 3SQ1A 3T1YK 1S9GA 3OYGA 1KLMA 5AR0A 3NVMA 4O55A 5D3GA 3VQQA 1UAXA 3T3FA 2V51B 3DLLL 4CEEA 5BRFA 3WXJA 4DTMA 3SV3A 3BF1A 4K42A 3ZX3A 3KLHA 3L2RA 2NRVA 2QKKA 3S9HA 3M1FA 4N56A 1TK8A 5DM6L 1X1PA 3CQYA 3SQ4A 4DU3A 2HB5A 4A61A 2D1KA 3CXCM 1VQLN 3THYA 1TL3A 3TTDA 3CPWM 2CH6A 3JYTA 1SKWA 5GIOA 1R0AA 2WOMA 4IG0A 4C23A 4DFPA 4ILGB 3QEIA 4LFCK 5FLXO 4CZIA 4U7BA 4X64K 3KJVA 3VQAA 2ETJA 3D2EB 4DQ8A 1HQEA 3CERA 3O1BA 4JHDA 3VGMA 3RWUA 3VESA 4JKFA 4KI4A 1GGOA 2QXFA 2W40A 3VEVA 3VGKA 1TGOA 4BR0A 4FXDA 2HF4A 4CYEA 1CZBA 4DHYA 2OYQA 5E41A 3VOVA 3QDKA 3LDPA 5BREA 5JICA 1HKBA 3NH1A 1DIKA 3RRHA 4C8MA 1NJWA 5EU7A 3P38A 2ZF5O 4FWKA 4HDQA 1Z26A 3RRGA 4H5RA 3HVTA 4Q0BA 2Q3SA 3KD5E 4O4GA 3U4LA 4BRAA 4JK9A 3MN9A 3DOLA 1VQ6N 4FWRA 4YDUA 1U49A 4CD1A 4X65K 5LMUK 3DXMB 1B92A 4LD0A 2FLOA 4XH1A 3BGRA 2O8EB 3OS2A 4ID5A 5HBMA 5KPTA 2YI1A 3U9ZA 2NZTA 3E66A 1GC7A 3KTQA 2HOEA 3I55N 3NVKA 3RMDA 2A42A 1JLBA 4RG8A 5IWAK 3OYMA 1C0FA 3VPZA 3AU5A 4KHUA 2GX9A 3CHWA 4PL7A 4KBOA 1YJ9N 1SAZA 3DMJA 4BRFA 2QI2A 4B1WB 2D0AA 4HCBA 3MXJA 1C0UA 2PAVA 4ISGA 3O9QA 4BDZA 2P9LA 3L4QA 1RTJA 4IOCL 3UKRA 5JLHA 3LM2A 4JI4K 3S3OA 3OJSA 2YHYA 4M3TA 1WSIA 3CCSN 4R79A 4FPAA 1WLJA 4DR5K 1ASVA 1KC8O 1S5JA 3I8BA 3ZSQA 3KVGA 2VGNA 1D9DA 3JSMA 4FVUA 1WN7A 3HYFA 3J80O 1N32K 1NOZA 4O8UA 3PX0A 4W5TA 1YTAA 3QFUA 1HB8A 1YVNA 3BP8A 2F9WA 4FM2A 2YCHA 1HB6A 4NXMK 4DV5K 4FSVA 1S1VA 3ITHA 4UQGA 3KK2A 3QEVA 2O8EA 5AQTA 2GEMA 1U45A 4DTNA 5J1EA 2E4LA 4GXBA 2KW4A 4FWLA 3NBPA 4DUYK 1LCUA 2H3GX 2Q0UA 1RT6A 1OH5A 4PKIA 4I9QA 1SUQA 4CGGA 1RBTA 5CZ1A 4JNEA 4F4KA 3R6MA 3HPOA 1F21A 4LSLA 4B1XB 4CERA 3CMEN 3CQ8A 3VQ5A 4G1QA 1TYQB 4XIUA 4MO4A 3LP2A 2IIRA 2A41A 5GAGP 5LJVA 1U47A 1KLNA 3DRRA 4OGCA 3D2FA 4H8KA 2QM1A 1A5VA 3O80A 5AQQA 3AAQA 1MIXA 4BGAA 2VYPA 4KTWA 5BPNA 3C6UA 4BR7A 1HUXA 2O8BA 3DRSA 4KO0A 1MK9B 3ENOA 4AM6A 2FDQA 4FJ9A 1VSEA 4GY2B 4M3XA 3EL2A 4K41A 2QTDA 4CEOA 2Y1IA 2D0CA 2EWSA 1B9DA 1BQNA 3P1GA 5CE3A 3AO5A 3CCUN 3U9DA 1RDCA 3QEPA 3F73A 5IT9O 1RT5A 1N34K 1X9JA 2VWBA 3FZKA 2E2NA 1W9HA 5JVHL 4FK0A 4DR1K 1BA1A 1LAVA 3FP5A 3Q7CA 1C6VA 1IG9A 3KKSA 4ZRJA 4DLGA 4IDKA 2KHOA 3PSIA 3SPZA 1VSIA 4BY9C 4LH5A 5AZIA 3AU4A 4E3SA 1YUWA 3K9KA 1NMDA 2E2OA 3CF5L 3CM6A 4H5VA 3ZT4A 2D0BA 3OYHA 5I3UA 3FE1A 4BVOA 2OZMA 4JI0K 1RT2A 4DQIA 4YY3K 1TKDA 1LWCA 3E1YA 4BG9A 1DKGD 2NRTA 4IZ9A 3CPEA 1DLOA 4B9UA 1KVCA 3HP9A 3KLEA 4B9SA 3KLIA 4YORA 4CEQA 1WAFA 1KFDA 1VSKA 4OKEA 4C1NI 4CF1A 3V1QA 3EKUA 1ILYA 1GOCA 4B3SK 1K8KB 2CGJA 5BR9A 4O5BA 5MLCQ 2W42A 1S22A 3THVA 1RDAA 3O3FA 1W0HA 3GDQA 3DLRA 5HRNA 3CJ9A 4M3WA 2FSNA 5AQRA 3ZLJA 4MDBA 5AZJB 4BRLA 3ZDTA 4NCAA 3RSEA 2VG7A 1B9FA 1OH7A 3CJAA 4Y0WA 3AVJA 4AH9A 4DR6K 3NAEA 5KPRA 3P31A 2XO7A 3KWIA 4CIGA 3DAWA 2A40A 3L8BA 3DOKA 4DR4K 4H5TA 2D4WA 3SUNA 4FWMA 1RNHA 1TKTA 3PX4A 1JLEA 2A6AA 3IRXA 3DRPA 5SZTA 4QS9A 3EPYA 4CHQA 3B6OA 5FROA 3A2FA 1H4RA 3UE5A 3W3DA 4XEIA 4Z4HA 3RVCA 4FOEA 3CG7A 1KVBA 1I94K 4FJIA 3SBGA 3V9XA 5AQIA 3THWB 1LW2A 1WB9A 1VAZA 3JS6A 1KQSM 1S72N 4CEFA 4KB1A 3K5MA 2HNYA 3M8PA 4CK1A 1BDGA 3LP3A 3H1VX 1FXXA 4TSXA 1ZBFA 2HHTA 4H0TB 3HO1A 4CGIA 1ITGA 4AHSA 1U4BA 1VQ5N 3D6RA 1JLFA 2UU9K 2X74A 4CJPA 2E5LK 3OYJA 4BR2A 1E4GT 1KTQA 4DG1A 3V1OA 1S1TA 3QNOA 5M1FA 3HK2A 1UA0A 5F2RA 1KFSA 5TKWA 3AY9A 4LY7A 1REVA 4DTSA 3SLCA 5C2FA 3IS9A 4KH5A 3PIOL 2DIKA 3P39A 2ZJPL 1XQSC 1CXQA 4KHSA 4N47A 4HUGA 4EHTA 3FR0A 1VSJA 2GELA 2ZJQL 4JAXA 4C1NK 2O8FA 1GLEG 4CW7B 3IVFA 4F3OA 4FLTA 4JI7K 3NCIA 1HJOA 1T8EA 1Q9XA 4NO7A 3OS1A 1O13A 2PYJA 4HUEA 3M8QA 1FK9A 4B9MA 3THWA 4YOVA 1WSEA 3DM2A 4B9NA 3EN9A 4PA1A 4F2RA 1IBLK 4JKDA 4PL8A 5CY4A 5M1KA 1BA0A 4OPHA 4JI2K 3EO3A 1HJRA 4CFDA 4LF7K 3BEXA 1T7PA 4CJWA 1C0GA 3T7ZA 3WNEA 5AFUA 3RMCA 1RTDA 4ILJA 2OCEA 5HROA 2IAJA 2P9SA 4W5NA 2BANA 2F7TA 4DR7K 2XY6A 3CJ7A 1TUYA 4E1JA 2I1KA 4GV6A 4ELVA 4FLVA 1X3NA 3JXUA 4DR3K 1ZBHA 1J54A 4F9OA 1TV6A 4BWMA 1WSHA 2UUBK 1BI4A 3NF7A 4LF5K 2CH5A 3QIPA 4CJ4A 4GVEA 1BO5O 2QWOA 4W5OA 2R7YA 1QSSA 5A2QO 3SI6A 4FWOA 1RTIA 1SKSA 4FPBA 1NGJA 3MAQA 3HOSA 3EEQA 2HNZA 2NLXA 4AF1A 1SL2A 2Z1HA 1ST7A 1T3VA 2D5RA 3C7NA 1QQCA 2E8AA 4JD2B 4JKBA 1JL1A 3ZCMA 3LANA 4Z4IA 4DTJA 1IKYA 4GW6A 2D2QA 3NF9A 3IDHA 3WXIA 5ADXH 3WT0A 1QSLA 4Z4FA 1DTTA 2KQ2A 4OX9K 1DEJA 2CQUA 4LF4K 2OTJN 4KTZA 4PHTX 1VQ8N 4I6MA 2ABDA 2ZD1A 3H46O 1A5XA 1XUPO 1MIZB 1HNZK 4FO0A 1QHTA 3TI0A 5TKYA 4DTPA 4O0JA 1WSJA 4H4MA 1BGXT 5JVGL 4JKGB 4IWVA 1YJWN 5AQLA 2JWKA 3SUQA 3NMUA 2XRIA 2J0MA 4DTUA 4AHUA 1QQOA 4BGBA 1YIJN 3DLGA 1HPZA 5J2QA 4DKWA 3H3NO 3C6TA 3SAFA 3J7YP 5KI6A 4FYDA 3U6FA 4FLXA 3PV8A 4BG8A 2UXBK 2DFEA 4JRPA 4CHPA 2G8HA 3M8SA 2Z1JA 3OA9A 3L2UA 3TAQA 1J5OA 4BRPA 1BCOA 3ZT0A 1RT7A 3SBTA 3K57A 3WXKA 1XMQK 1FJGK 3O9RA 2RE2A 1NGEA 3EZWA 4JLHA 3ZT3A 2UUAK 1CZAN 2HVIA 4B8AB 2RKIA 3CFPA 5GINA 4YOUA 3QO9A 4FJKA 1NGGA 5GAHP 3NGZA 1TL1A 1EQYA 2VQFK 3ENBA 4CIFA 4YDUC 1ZBIA 4J2BA 2P9KB 1NK6A 2A1RA 1EF1A 4H5NA 2VWJA 4AHCA 4BC2A 1QTMA 4OPJA 4PY5A 2YHAA 3HPGA 1U04A 1V4SA 3SYZA 1BIUA 1VSLA 4IOAL 4FJJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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