4JKEA

Open and closed forms of t1789p human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
220
structure length
219
Chain Sequence
LFSQIIWFVDDTNVYRVPIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
total genus 68
structure length 219
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkeA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkeA01
4JK7A 4JKHA 4JKGB 3ENBA 4JKGA 3SBTA 4ILHA 3E9PA 3E66A 4JKAA 4JK8A 4ILJA 4JKFA 4JKCA 3SBGA 4JKDA 4JKBA 3E9OA 4ILGB 3E9LA 4JK9A 4JKEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B9DA 4E0DA 5EY4A 3GDQA 4AHCA 5I42A 3LP0A 2WOMA 1ZBLA 4FOIA 3VN5A 2OTLN 4KH6A 3P4IA 4O5FA 3VEVA 3O4WA 1YIJN 3CCVN 3NHGA 3BP8A 3OYDA 1C6VA 4WFBL 4CFCA 4HCBA 4CEBA 4JKEA 3F9MA 1VSMA 2FBVA 2YKNA 4FK4A 5CY4A 3ENBA 2QI2A 4CHNA 5HRPA 4KB1A 5CR4A 1NNEA 5FPDA 3LDSA 3FE1A 3HPGA 5BR9A 2G8VA 2E2OA 2PAVA 4HUGA 2P9NA 2NLXA 3EEQA 5C42A 4DQSA 1ZBHA 1A5VA 4IJAA 2HVIA 5HOOA 4O5BA 1XWLA 1GC7A 4I7FA 4A59A 2P51A 2CB8A 3OBYA 3VOVA 4DV3K 1N6QA 3DLBA 1BG3A 4OGCA 3OYLA 4IO8A 3LM2A 3M6GA 4K41A 4W5RA 3A8YA 3MDQA 4NXMK 3U8XA 1A5XA 4GV3A 4M41A 1GOAA 4DQIA 1I3AA 2I5JA 1V4TA 4CERA 2A5XA 1HYVA 2OCEA 4ZRIA 2KKZA 2CH5A 3OYMA 4DSLA 4M3WA 2PFUA 4O0IA 3TTFA 3V1RA 4N41A 3HRGA 4F2RA 1HLUA 4Z4EA 4M3YA 3ASMA 3P39A 2OZMA 1TK5A 3UKUB 3CCLN 1J5OA 5A2QO 2QXLA 3F9KA 1NMDA 2Q0RA 2KQ2A 5C24A 4CW7B 2I1KA 5M1QA 1GOBA 4NYFA 3ZDTA 4IO9L 3A2FA 1N5YA 3VETA 1GG3A 4JLHA 3ZSQA 3NF9A 1LWCA 2Z1IA 3TTCA 5J2QA 4DF8A 2AA4A 1K9MO 4JV5K 3IDHA 4ICLA 4E1JA 1EKEA 4CIGA 3AA3A 3LANA 1JXEA 4GVEA 2X6SA 4IFEA 5KRTA 3HPHA 2D0PA 5E41A 1WBBA 1VSDA 1LAWA 1TL3A 2A42A 3TSUA 2VQFK 4LFBK 2IVNA 2HB5A 2P9SA 3CQ8A 4H0PA 1UWBA 4FPAA 3CD6N 1JLGA 1QSSA 1MDUB 3NBPA 4J2AA 3CCMN 3C6UA 3JAMO 2KHOA 4GW6A 2W42A 3LDNA 4IOAL 1HYSA 5JLFA 5SWMA 2OPRA 1K8AO 4FWOA 2EMTA 4GKKK 2QWPA 3SYZA 4RW9A 1OH5A 5HLFA 3DXMB 3MEDA 4DFPA 3DWLA 4JKBA 1DT9A 2DFEA 2IGIA 1VSKA 2O4IA 4DV1K 3VEOA 1VRTA 1TUYA 2Z1GA 1HPMA 5C25A 4X65K 1NK6A 1VSEA 3LZJA 1TKTA 3F5TA 3P83D 1N36K 5H1SQ 1YT3A 3EKUA 3QNOA 1XHZA 3QFPA 4B9SA 2O8EA 1I94K 3JYTA 1NLVA 2JWLA 2P9NB 1BI4A 4JN4A 3QETA 4F8RA 3F73A 2YCHA 4CK1A 2FBYA 1VAZA 3VQCA 4IFVA 4DHYA 3LWMA 4CGJA 1E4GT 1WLJA 2QTDA 3KLEA 1UA1A 4YOVA 2FC0A 3NCIA 3OW2M 5AQHA 4LD0A 3LWLA 4V19S 5LY3A 2ASOA 2RF2A 4U67L 4RCHA 4MQ3A 1BQNA 3LP1A 1S1TA 1EWRA 3WNFA 2HW3A 4DV5K 2BGGA 2B5JA 3U3YA 3PLAA 5SZTA 2UXDK 3TAGA 3WUHA 4H5WA 3OYEA 4C8KA 3VQQA 4CEEA 2XO7A 2NRTA 2D0AA 4L8RB 2F8SA 1ACAA 3UB5A 4JKAA 3CC2N 1J9AA 1MU2A 5C2FA 5HL7L 3DRPA 2HOEA 3CCEN 1RBRA 1S22A 1IV0A 2VG5A 3KWGA 4WFNL 5GIOA 3MN9A 4PQUA 4M63C 3QB0A 4DFMA 4B9UA 1JLCA 3ZSWA 2YNHA 4W5QA 3RMAA 2E6LA 2NRZA 4ZHRA 4K8ZA 3TAPA 3VQBA 1M90O 1HPZA 4FJ9A 1JCGA 4MO5A 2FF3B 1SZ2A 4UQGA 4O0JA 2RN2A 5BRDA 4OLAA 1R59O 3MEGA 3HM8A 4QS7A 2YHXA 3MXJA 4G1QA 3KKRA 4CZFA 5AR0A 2W6LA 2D5RA 4MFBA 1EQYA 1VBGA 1IKWA 3OBWA 3L4IA 2XY8A 4H4OA 3PX4A 2E2NA 2O4GA 1KRPA 3VESA 4IKFA 4W5TA 1KQSM 1NKCA 2HNDA 4XH1A 4JEPA 4F3TA 3BF1A 4EZ9A 4C8OA 1N33K 2FJ9A 4KHYA 1HKCA 4FVMA 3HSCA 4WYBA 4DLEA 2ZQBA 4YDUC 4B3RK 1T3VA 3OYBA 3A5MC 1HJRA 5HBMA 4B1XB 2QEXN 4CHYA 4ISEA 2YX6A 2PY5A 2BH1A 3OHRA 2CQUA 2Q36A 3RVCA 2HHTA 4YDUA 4FZYA 1XUPO 4OVLA 3M8SA 4ZRJA 3K9KA 3MWTA 3EZ5A 1C1CA 1EETA 4DSIA 3SBGA 2W41A 2YJFA 1VQLN 4DSJA 2GTDA 1YTUA 2O8DA 4FXDA 4H8KA 2G8HA 4W5OA 4CJVA 4CHOA 5JS1A 1DLOA 3AVCA 4BRAA 3S41A 2QA4N 1VQNN 1CXQA 1WB9A 1Q9XA 4KREA 5IT9O 2OPSA 1RTDA 3H6EA 1HNWK 4BRDA 2OYQA 4LF9K 3O9SA 4YOXA 3AU4A 3K2PA 3QLHA 3MECA 3VMFB 1JLBA 4CJSA 4B9TA 4JAXA 2P9IA 3VEYA 1ILYA 1X9WA 4BREA 3ZCMA 4Y1DA 2HHVA 1B9FA 4YY3K 5M1PA 4JI3K 5KQ8A 4WQ5C 2F4VK 1GLJO 3SCXA 2QWMA 3DYAA 3HL8A 3TAMA 3QEPA 3DRSA 2GX9A 5LMNK 3GOIA 2PYLA 2E1YA 4ZRKA 2OPQA 1OKJA 1TUUA 5LL6Z 3VQDA 4FWRA 4AHRA 1OH8A 3RRHA 4WQ5A 1T8EA 2HMIA 1TK8A 2HF3A 3J81O 4JRPA 1HQUA 1P8ZA 4FYDA 1FW6A 1H4RA 2KLAA 3KK1A 3VTIA 1QS4A 1NM1A 2VQEK 2GBZA 2B4JA 2Z1JA 4H0OA 2IC3A 3SAFA 1FXXA 3QEWA 1NK9A 3NVMA 1T05A 2Y1JA 1RT3A 4KH5A 3WXKA 4DKWA 4CJRA 4O8UA 4GMJB 4X62K 3CCRN 1J54A 2AJQA 3HOSA 4N5SA 1T6CA 4WFAL 1NK4A 1NGBA 4DQ8A 1HX1A 2YHBA 4E7JA 4B1YB 1JLQA 1NG9A 2J0KA 1NK7A 3AV9A 4CJ4A 4FPBA 4WF9L 4GY2B 5KGWA 1L3VA 2QM1A 4CGIA 4EAHD 3AA4A 3MN6A 2D0OA 5E26A 1NJWA 4FM0A 3T7ZA 2D2QA 3OJUA 4FCYA 4JI4K 2A40A 3BY5A 1TGOA 4HUFA 1KFSA 3WA0A 4NCGA 2OZSA 3T19A 4B3TK 4OGEA 4OO1J 2ITMA 3W0LA 3EL2A 4J2BA 5TKWA 4CJWA 4H5TA 4OJRA 3HZ6A 1NGFA 5IJMA 3EE8A 3IRXA 4U7BA 1NK0A 2O8FB 4AHSA 1UA0A 4A5BA 3S3OA 3IG1A 3G0ZA 2XY7A 1EWQA 3M8RA 3A5OC 2HBLA 4CK3A 1YF5L 3BGRA 2WONA 3QIPA 5CZ2A 3CJCA 3WEEB 3I33A 4DSEA 5ELZA 5HRNA 1O1WA 1Z6RA 3E01A 4IDKA 3QBWA 1JCEA 3HT3A 4PWDA 2O8DB 1Y97A 3WNEA 1C0MA 3UKUA 1LWEA 3CM5A 3ZSYA 4BDYA 4KO0A 4CJPA 4AHVA 1TAQA 4FJIA 4LH4A 3QEVA 2UUBK 3LDLA 3ZX3A 3PIPL 2G8UA 4JNEA 4MDBA 4BRLA 1KVAA 1VRUA 3CCJN 3QFUA 3I0SA 1RBUA 4FWLA 2XY6A 3ID8A 1XC3A 5JVHL 1JLEA 3VEWA 1RTHA 4AM7A 3TARA 4JD2B 3EO3A 1VQPN 4G9ZA 1NU0A 1ST7A 1GC6A 1JL2A 4PL8A 3P31A 2BANA 3VQ4A 3BZKA 4M3ZA 5EXWA 3NF8A 3Q7BA 4H5VA 1VHXA 3RRGA 4IJNA 4GNIA 3MEEA 1E3MA 4M3XA 3RTVA 2VYPA 4FM2A 4BRQA 1DKGD 2QWOA 1RBTA 4KKOA 4BRKA 4JI7K 4O44A 2J4RA 1WAJA 5AQVA 3NGYA 3ZT4A 4JYAK 3E1YA 5CYMA 3SV4A 1NGCA 1NKBA 4H0TB 3FZLA 1SL0A 4BDPA 3CJ7A 3G10A 4H5NA 2QXFA 4XH5A 3ZSRA 1NGIA 4KV8A 3VF2A 4JK8A 1KVBA 1ZBSA 3MXMA 2O8BA 1MWMA 3DJCA 1VQ9N 3DXMA 5AQMA 2H3GX 3HI0A 1KTQA 3CCUN 4PKHA 4CEDA 3ZSOA 3AVBA 3JS6A 5AQZA 1VSFA 4DU4A 3HVTA 2R82A 1HNVA 4CBWA 4EHUA 5AFUH 3T69A 3ZT3A 2J0MA 4CYEA 1J19A 3V4IA 3C7NB 3CQXA 3J7AP 1JL1A 4KRFA 2HHXA 1SGHA 3BF3A 4DG1A 5EVZA 3PIOL 3DLKA 3QMLA 1RT6A 3F2KA 4GXBA 2CH6A 4C8NA 3DM2A 2W40A 2VG7A 3AA2A 4C1NK 3EYZA 4AHTA 3SQ4A 2J0JA 1LV5A 3O9TA 2Z1HA 3I8DA 3PX6A 4RW4A 4JKGB 1G15A 3O5BA 1VQ4N 3OYGA 1ESVA 3TAQA 5AZIB 1C1AA 4B1VA 1SL1A 3BINA 5D3GA 1IKVA 4QS9A 4CFDA 4E89A 3QESA 4ZTJA 3FZFA 3OTOK 3C6HA 3SLCA 1NGHA 3EY1A 3VGMA 5FRMA 4BRFA 1S1XA 3SAGA 3SI6A 2VCPA 2YNFA 1XHXA 1HNIA 1WSJA 1Q8IA 5AFUA 3HJFA 3WXIA 1BCOA 4I2QA 4F2SA 4FWNA 1IBLK 4K43A 4FO0A 4BRNA 1CZAN 4OPHA 2FF6A 2Q97A 5BN9A 2VWJA 4BRGA 1K8KB 2E5LK 1MK7B 1RT2A 4NCBA 4NYNA 3CYMA 4F9OA 4KTWA 4JKDA 4B1ZA 4QAGA 4CF2A 1BA0A 1BIUA 2ZE2A 3ALYA 3ISNC 5BPLA 4BR9A 1S6PA 1S1VA 4CEOA 4M45A 3WQTA 3SNNA 3R9PA 3EPYA 4O8KA 4FJLA 3O4QA 3KD5E 2ATQA 3ZLJA 4NB4A 3TPQA 4C8LA 1Z25A 4ILJA 1SL2A 4IEEA 4CJTA 1IJJA 1NTIA 3HK2A 2F96A 5AQLA 1VQ7N 4ILGB 1SQKA 3RR8A 3CC4N 1GLLO 1KC8O 2A6AA 1WSIA 2X78A 3C0BA 3LZIA 1ATSA 4R79A 1U48A 2IS3A 2HBMA 5E84A 4R5PA 3NFAA 1YUWA 4CIEA 5KQDA 5J2MA 3QIOA 4BGBA 4X66K 1N8RO 4JI1K 2P1JA 3OS0A 3FZHA 1BDGA 1SKWA 1MIXA 2QWRA 5KTQA 2AEHA 3SQ1A 3S3NA 1X1PA 4KTQA 2KTQA 3KZBA 1DTTA 1Q18A 4DV4K 1WAFA 1LW0A 3RMDA 5JMVA 1YVNA 3IFRA 2FSNA 2IVOA 1RTIA 3J8AA 3QDKA 1JJ2M 1RCHA 2YV0X 4E1NA 5J2NA 1MIZB 1TV6A 4BC2A 2O8BB 1QSLA 4IBNA 4H5RA 4YOTA 1BL3A 4E7IA 2GEMA 3KLGA 1HQEA 1NI2A 2E2PA 4DTXA 4FZZA 3QICA 4NLBA 3U3GA 3PSFA 3QERA 1RBSA 1NJYA 4KBOA 3WXMB 1GLCG 3VTHA 1HB8A 4ZTFA 3HM9A 2D10A 3SPYA 3HP6A 1EP4A 1NJXA 3SV3A 2JGUA 3OA9A 4DQRA 2CGKA 1JLFA 2XRIA 4RG8A 4LSNA 5F0XA 5DM6L 3D2EB 1L5UA 3VQ5A 4CJQA 5AQJA 3AAPA 1M1KO 4BC5A 5AQRA 3ZX2A 4BWJA 1LW2A 4CIFA 1BUPA 2OANA 2AL6A 2LSNA 4HDOA 3QO9A 5FLXO 2D0CA 5BREA 5M1FA 3NF6A 3LALA 4ISGA 3TTDA 1HUXA 2DPNA 1RDWX 1Q9YA 4HDQA 4CD1A 1RDDA 1RT4A 3U9DA 4PKIA 2HBKA 2OPPA 4DUYK 4DR4K 5B8HA 4BVPA 1Q86O 4E7LA 3CJ9A 1LCUA 4FLVA 4GV9A 4KTZA 4DTJA 5M1KA 4A61A 3AVJA 4OX9K 4DUZK 3SMSA 1H1VA 1S5JA 2DY4A 1I39A 5JLHA 4OKEA 4IZ9A 1XC9A 1L3UA 3DLHA 3PSIA 2DIKA 2YHAA 4JS4A 1U4BA 1U49A 3CXCM 4BE2A 4BR2A 4JK9A 2E2QA 3OYAA 2F8TA 3HOTA 3IS9A 1ZBFA 3RSEB 3O3GA 5AQYA 3H1VX 1QQOA 1XNRK 5HP1A 1NOYA 3HSTB 4IDHA 1HNZK 4B9QA 3O08A 1XMOK 1W0HA 3KLIA 4MO4A 5JICA 1KC7A 3EN9A 3OYFA 3V6DA 2EMSA 3EE9A 3G6EN 3N4QA 4M3UA 4N76A 2WTUA 4FLXA 3KVGA 4BWMA 3D6RA 3V9XA 3SMPA 4B1WB 1ATRA 2GWKA 3SQ2A 5DMRA 3ITHA 4HTUA 2V7ZA 3HP9A 3CETA 3QBXA 2Q1NA 4IOXA 2P5OA 4DV0K 3NGZA 1TKZA 1GLAG 1O13A 2JLEA 3AAQA 2GV9A 3VGKA 2ZWHA 4EHTA 1HNXK 4FLWA 4CECA 4RTFD 3K5MA 3IAYA 4QCLA 3DMJA 4EP4A 2X6NA 2QKBA 3GBTA 3U8ZA 2O8FA 4FJNA 4BRMA 1WSGA 4JKHA 1U04A 3O1WA 4TKNA 3UKRB 4BR4A 4ILHA 3G4SN 5KGXA 3I55N 4DV2K 3WEEA 3MCAB 3CI5A 5M1NA 1VSIA 3DXKA 3QINA 5KPRA 1TK0A 2A3ZA 3SQ0A 3VQEA 3LDOA 3AO1A 3IUCA 5ADXH 4FJKA 3NVKA 3DRRA 3HTVA 1EXQA 2RKIA 3C95A 4M7YA 3VA0A 3LDPA 1RDUA 2RE2A 3ZT1A 3AY9A 3LAMA 3OJSA 2QWQA 1W97L 1VQ6N 3ULDA 4Z94A 3BUZB 3VEXA 1FKOA 4CGGA 1TYQA 1KSPA 1CXUA 3BDPA 4JD2A 3K59A 3VQ6A 4FJXA 2ABDA 4J2DA 1WBDA 1TVRA 3DLRA 4FWPA 3CPWM 3MWPA 1VQMN 4JI8K 3A0IX 2D1KA 1BIZA 1T6DA 3OYNA 3ZYYX 3FLVA 2P5GA 5AQQA 4M7XA 5GAEP 1NMNA 3MAQA 3AGRA 4DFKA 4DTOA 5C2DA 2OA8A 2HNZA 1XI1A 3CPEA 3O9UA 5ADXA 3KWIA 5GIPA 1HBKA 4LF7K 2FDQA 4ELUA 1NK8A 4ELVA 1QQNA 4XIUA 3AVHA 4DTUA 4GVMA 5AQKA 2O8CB 1X3MA 3LPUA 4FL9A 1RT7A 3LP3A 3M5RA 5BPNA 2P9PB 3L0QA 2DFHA 4K0KK 2Y1IA 4DQQA 3ZT2A 1RDBA 3WXLA 1IH7A 1EX4A 1E4FT 3V9SA 1N34K 4FWKA 4PA1A 4H0YB 3NH2A 3W3DA 3J7YP 4I9LA 5CHIA 3NE6A 2CGLA 1YVUA 3AVGA 3QEXA 4GV6A 4QS8A 1YAGA 3CCQN 4AQYK 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JK7 A;  4JKH A;  4JKG B;  3ENB A;  4JKG A;  3SBT A;  4ILH A;  3E9P A;  3E66 A;  4JKA A;  4JK8 A;  4ILJ A;  4JKF A;  4JKC A;  3SBG A;  4JKD A;  4JKB A;  3E9O A;  4ILG B;  3E9L A;  4JK9 A;  4JKE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1B9D A;  4E0D A;  5EY4 A;  3GDQ A;  4AHC A;  5I42 A;  3LP0 A;  2WOM A;  1ZBL A;  4FOI A;  3VN5 A;  2OTL N;  4KH6 A;  3P4I A;  4O5F A;  3VEV A;  3O4W A;  1YIJ N;  3CCV N;  3NHG A;  3BP8 A;  3OYD A;  1C6V A;  4WFB L;  4CFC A;  4HCB A;  4CEB A;  4JKE A;  3F9M A;  1VSM A;  2FBV A;  2YKN A;  4FK4 A;  5CY4 A;  3ENB A;  2QI2 A;  4CHN A;  5HRP A;  4KB1 A;  5CR4 A;  1NNE A;  5FPD A;  3LDS A;  3FE1 A;  3HPG A;  5BR9 A;  2G8V A;  2E2O A;  2PAV A;  4HUG A;  2P9N A;  2NLX A;  3EEQ A;  5C42 A;  4DQS A;  1ZBH A;  1A5V A;  4IJA A;  2HVI A;  5HOO A;  4O5B A;  1XWL A;  1GC7 A;  4I7F A;  4A59 A;  2P51 A;  2CB8 A;  3OBY A;  3VOV A;  4DV3 K;  1N6Q A;  3DLB A;  1BG3 A;  4OGC A;  3OYL A;  4IO8 A;  3LM2 A;  3M6G A;  4K41 A;  4W5R A;  3A8Y A;  3MDQ A;  4NXM K;  3U8X A;  1A5X A;  4GV3 A;  4M41 A;  1GOA A;  4DQI A;  1I3A A;  2I5J A;  1V4T A;  4CER A;  2A5X A;  1HYV A;  2OCE A;  4ZRI A;  2KKZ A;  2CH5 A;  3OYM A;  4DSL A;  4M3W A;  2PFU A;  4O0I A;  3TTF A;  3V1R A;  4N41 A;  3HRG A;  4F2R A;  1HLU A;  4Z4E A;  4M3Y A; 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