4JKEA

Open and closed forms of t1789p human prp8 rnase h-like domain with bound mg ion
Total Genus 68
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
68
sequence length
220
structure length
219
Chain Sequence
LFSQIIWFVDDTNVYRVPIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKIIHTSVWAGQKRLGQLAKWKTAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNIVIKGSELQLPFQACLKVEKFGDLILKATEPQMVLFNLYDDWLKTISSYTAFSRLILILRALHVNNDRAKVILKPDKTTITEPHHIWPTLTDEEWIKVEVQLKDLILAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A conformational switch in PRP8 mediates metal ion coordination that promotes pre-mRNA exon ligation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Rna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
total genus 68
structure length 219
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.80.40 Mainly Alpha Up-down Bundle Acyl-CoA Binding Protein Acyl-CoA Binding Protein 4jkeA02
3.30.420.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jkeA01
4ILGB 4JKCA 3E9OA 4JKEA 4JKGA 4JKGB 3ENBA 4JKDA 4JKHA 3E9LA 4JKBA 4JKFA 4JK7A 3SBGA 4ILJA 4JK9A 4JKAA 3SBTA 4ILHA 4JK8A 3E9PA 3E66A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HM9A 3O9RA 1Q18A 1C0TA 4OPAA 2E5LK 3O9TA 1KCFA 3KWGA 3AGKA 5T7BA 1RTHA 1WNSA 2P9PB 4CZEA 3RWUA 4R79A 1RTDA 1JKHA 3K9JA 3VTIA 3DLEA 4DTJA 3RSEB 1SZ2A 4L3QA 4CEZA 3AVAA 4YDUC 1VQ9N 3EKSA 4CJVA 1IJJA 3HSCA 4IFVA 1WBDA 1YXQA 3SV4A 1NK7A 2X74A 2ASPA 5KPRA 4B1WB 4DU1A 1SKWA 4FWNA 3HTVA 3DOLA 4Z4FA 4CHNA 1ATSA 4FZXC 1MDUB 3ENOA 2QA4N 2F8SA 4FWSA 4TKNA 5LJWA 3HOSA 2PY5A 3NVMA 3T1HK 1CZAN 4LF8K 3OHRA 2WOMA 4X64K 3MEGA 1S6QA 1C0FA 5KPZA 4YOWA 4YOUA 1RBTA 2ZJRL 3TABA 3NVKA 1D4XA 2PYJA 2NZTA 2OCEA 1P8ZA 3OTOK 1HB8A 3HPGA 5AQQA 2NRWA 3E9LA 4CZFA 1NJIO 4BGBA 3NGZA 1C0UA 4GY2B 4OPKA 1YVNA 3OS0A 2FSJA 2NRVA 4BREA 3PX4A 3C6HA 4UY8O 5MLCQ 4WYBA 2Q3SA 2HMIA 4KRFA 3KLHA 2PFUA 1K8KB 3HXMA 2GUIA 1ITGA 3K5OA 2GX9A 3DXKA 4PL7A 5IWAK 3G10A 3G0ZA 3VEVA 1N32K 4FWRA 3ALYA 4FK0A 4CYEA 4DF8A 3AV9A 5DK5A 2CGKA 1S1TA 2YV0X 3BY5A 3T3FA 3UB5A 3OYMA 3D2FA 2AL6A 3KLIA 2P9LB 3IFRA 1LW0A 3AO4A 4CESA 2RN2A 2YHWA 4RG8A 3VGMA 3PY8A 5GAGP 4E7IA 2IC3A 4JHDB 4DTMA 3VOVA 2QWOA 4J2AA 1GC7A 3THXA 4HWIA 3L2VA 2ZJQL 1J5EK 4BRLA 3SAGA 1N36K 3VQ4A 4XEIA 1TK0A 3EZ5A 1Y19B 4M3RA 2FBXA 3VQEA 4OPJA 2Q0RA 3IAYA 1S1XA 1HNZK 4YOTA 4OX9K 3EEQA 1SL0A 3O08A 3AAQA 1LCUA 5E84A 3SCXA 3HVRA 1J5OA 2P9NB 2A42A 1RT1A 4I6MA 1RDDA 1JXEA 4K41A 3QIPA 4DG1A 5AQOA 2P9IB 3TSUA 2E20A 2YHXA 1G99A 4IOCL 4JI0K 4NCBA 3V81A 2HOEA 3FZFA 4EHUA 1EWQA 4BR7A 3J8AA 2O4IA 4OKEA 5LY3A 3V9WA 3ZSRA 4CVNE 4DUYK 5C12A 2E88A 2NRRA 1J53A 5M1KA 1JLCA 2I7PA 4Z94A 4DV1K 3U4LA 3CC2N 1B92A 4A5BA 4FM2A 3SQ4A 3U6FA 1H1VA 2QTDA 3JXUA 4ELVA 1GLEG 3PLAA 1G15A 4QCLA 1KSPA 1VQ8N 3QBXA 3NHGA 4B3RK 4BDPA 2HBKA 3WUHA 1X9WA 2FLOA 4FL9A 4FJ5A 4I9LA 4CZGA 1YITN 3FFIA 1RDCA 3NFAA 4IOAL 5FLXO 3LWMA 4OPHA 2OPQA 4RWTA 1GLLO 3THWA 2F9TA 1BQNA 3I56N 2HBMA 4WFNL 4BC2A 4Z4CA 2JWKA 4BG9A 4RTFD 3CCEN 1VQMN 4I2PA 3LDQA 4EP5A 2P9SA 4WQ5C 1NJYA 5AZJA 1TKTA 4DCHA 1KFDA 1NU0A 3ZYYX 2YCHA 5AQVA 5FROA 4KHSA 1HNXK 4PY5A 1JCGA 2WH5A 1S9GA 1NLVA 2Q97A 3VQCA 1NKBA 2ZE2A 4B3SK 1ESVA 3SLCA 5SZTA 1NI2A 3MX5A 4G1QA 4CJSA 3GL1A 4ICLA 1HJRA 2J0JA 3OBWA 3HOTA 3AVFA 4Z4IA 4MQ3A 4LFCK 1VBGA 4FSVA 3ZEUA 4OLAA 1GOAA 4GV3A 4KV8A 4KHWA 3AVKA 4LSNA 3DXKB 2QWQA 3TTDA 1UAXA 4A62A 3WXLA 4X62K 3QICA 4O55A 1BWFO 1NVLA 3J7AP 4GVEA 2GWKA 1DLOA 2F8TA 3HRGA 5KGXA 3VETA 3KLEA 3M1FA 4LF6K 4LF5K 3FR0A 1S9EA 3L4QA 1HPZA 4B8CA 5JLFA 4H0TB 4BR5A 3FE1A 3NF7A 3UKRA 4BE0A 4DV2K 3THXB 5LL6Z 2QWNA 1GGOA 3SMPA 3P83D 5AJ3K 4BRDA 3CPWM 5C2FA 2AA4A 4BC3A 4CGHA 3ATVA 5EVZA 4QOZB 1NK9A 4F3OA 5AQTA 1KC7A 2QWPA 4GV9A 3CJ1A 4E7LA 1Z26A 1BUPA 3EO3A 3K5NA 2UU9K 3LDPA 2WUSA 3WQUA 3FLVA 3VQ5A 3CCSN 3A5NC 2NRXA 2NRZA 4KO0A 2A40A 4DFJA 4WQ5A 3QNNA 3M3ZA 3O9SA 1VSHA 3JS6A 2V7YA 2O8EA 4BRAA 4B08A 3V1RA 2ATQA 2DFEA 2QKBA 3VMFB 4FVUA 3DOKA 4JS5A 1KQSM 4W5QA 4M3ZA 4C1NI 4CJ3A 4DU3A 1ASWA 1VQKN 5GAHP 3CJBA 3AVLA 1JLEA 5KRTA 1D5AA 2Q31A 2HF3A 5K14A 4CK2A 5A2QO 3SYZA 4FLWA 3DLLL 3CMAN 1DT9A 3CPEA 2ZJPL 3TARA 1WBBA 5BRFA 2E6LA 1ZBLA 3K59A 4JKCA 3IG1A 4DR2K 1IBLK 5KTQA 5AQHA 2NRTA 5C2DA 3SQ0A 1I3AA 1HKBA 2VYPA 4J2DA 1YAGA 1J19A 2E8AA 5CY4A 3THWB 4CEFA 3MECA 5HRNA 3A2FA 3VQPA 1RT2A 2AEHA 3HP9A 4QS8A 1VQ4N 1RTJA 5AQKA 4Y1DA 1GLCG 2KKZA 3K9KA 4B1UB 3QEXA 4I9QA 1J6ZA 2D0OA 1TVRA 3J81O 2A1SA 1J9AA 4GVMA 1NGBA 3SJHA 4O44A 3RMCA 1S1VA 3P39A 1SV5A 5KGWA 4HVJA 3PIOL 5BR8K 3HVTA 3K0SA 3VEWA 4A61A 4CGIA 4DR4K 1WSFA 2DFHA 3VF4A 3VF6A 1Q81O 3WNEA 5J1EA 1HYZA 4FXDA 4IEEA 1MWMA 2RQ1A 4BRPA 2HE7A 4JS4A 3OYIA 4H0XB 5AZIB 1HJOA 4CI6A 4DSKA 1EX4A 1X3MA 2KLAA 1YTUA 1IG8A 3ID8A 2QXFA 1YTAA 2P9PA 1BA0A 2J0KA 1TYQA 3BUZB 1ZC6A 3Q7CA 1L3VA 4FJ8A 2ZGYA 3RSEA 3EYZA 2G8HA 4DLGA 3SQ1A 3A8YA 2YKMA 4M7XA 3FZKA 3EKUA 1YJNN 4LSLA 2QKKA 2OPRA 1TKZA 1M90O 3RR7A 1S5JA 1HPMA 1JLQA 2KFZA 5C25A 1F21A 2GEMA 2J0MA 3H45C 1UA0A 3UKRB 2BANA 1Z25A 3L4IA 3HJFA 1XHZA 3RTVA 1KD1O 3SPYA 2DFFA 1FKOA 3SPZA 5FPMA 4CGDA 1X3NA 3AVJA 4AHTA 5C0YA 5C42A 4FJNA 3SAHA 4IXCA 4O0IA 2PZSA 2Q2RA 1WN7A 2E4LA 1XMQK 1T6CA 1XNQK 2B6AA 5I9EB 3Q7BA 3TR8A 5JVHL 5LMUK 4LH5A 2UXDK 4FLTA 5AQJA 3LANA 1NJZA 3QFUA 1R59O 2HNYA 1L5UA 4DV6K 2FBYA 4CFCA 3C6AA 1BGXT 1QTMA 4H5VA 4GMJB 1NK0A 1HNWK 4OKKA 2ZF5O 3RMAA 4FJJA 2BTFA 3G6EN 3T7ZA 3ULEB 1KLNA 4CJUA 2G8UA 4M7YA 1K8KA 1TK5A 3CCQN 1QQNA 1WLJA 1VSMA 3GDQA 2OPSA 4BG8A 1U4BA 4B3MK 4M3UA 4EKUA 3SBGA 5KQ8A 4BVOA 4CBWA 1L3SA 4JI3K 3EPYA 1B9DA 3U3GA 4KI6A 4IO9L 4MDBA 2QWRA 2P9LA 4IDHA 4IZ9A 4CFBA 4CJ5A 4DV5K 3DXMB 4H0PA 4TSXA 4H8KA 3H3OB 4DR1K 3S41A 3MX2A 1W97L 3M8PA 5D3GA 5HBMA 4YHHK 4DU4A 1ZBIA 2ASOA 5HLFA 3THYB 4DFMA 2YHBA 1C1AA 1S22A 4LF4K 2VWKA 3PSFA 3VESA 3N4PA 1NJXA 1BA1A 1MK9B 3DRSA 4YNQA 2G8WA 3E9OA 4DWIA 3M6GA 1VQ7N 2P9NA 1OKJA 5AQPA 2YNGA 3RRGA 1BL3A 2V7ZA 4N41A 3HI0A 5M1OA 2YVCA 2P9IA 3OJSA 3EE8A 1KTQA 4KH6A 1XC3A 4PWDA 1Q86O 3MAQA 4DV0K 5EXWA 5BPMA 3VEXA 3C6UA 4X66K 4BR2A 5AQWA 3CIPA 5FDLA 3E66A 2HBLA 3D6RA 3B6PA 1U48A 1HYVA 2D2QA 3VQ9A 4B9QA 4M3YA 4FJXA 5ELZA 1X9SA 1HNVA 5HRRA 2XY7A 2QEXN 1TYQB 2CH6A 2G8FA 1BIUA 1H4RA 1U49A 3IS9A 4HDQA 3CC7N 2CH5A 2W42A 2Z1IA 1BOTO 1S72N 5EX5A 1OH5A 4DTRA 4B1XB 1A5WA 2B4JA 1RT3A 3KHYA 3DRRA 3NCIA 4GKKK 4JKGB 4HDOA 2UUAK 4XH1A 4DTOA 1BIZA 1YVUA 4IJNA 1N34K 1NGDA 1RDUA 3AA5X 2YI1A 1RTIA 1UWBA 5AQRA 1EO1A 5BRHA 3D2EA 3WA0A 5GINA 5F0XA 1SAZA 3VENA 3VEOA 4IFEA 1Z6RA 3QNOA 2FSNA 2HHSA 1U45A 4CF1A 2G8KA 4CJLA 3FGUA 1NTIA 3QIOA 4YFUA 2KHOA 1IKVA 3O5BA 4LH4A 2V52B 3ZSQA 2UYTA 2GWJA 4GNIA 4U7BA 4IG0A 4KAZA 3P31A 1NKEA 2NUBA 3DMJA 4FVMA 1FK9A 4E7JA 3KK1A 2OZSA 1IH7A 4ZRKA 4B9MA 3V9SA 1IV0A 5FRNA 4NXMK 1IO2A 3F9KA 2ZWHA 4GV6A 3H1VX 1QHTA 1MIXA 2DPNA 4N76A 2D5RA 4NCGA 3PSIA 3U8XA 4NCAA 4I7FA 3L8BA 4E89A 4ZTFA 5JLHA 3F73A 3BZCA 5SWMA 3OYKA 4KB1A 1XQSC 1NJWA 3PX0A 3C0BA 4W5OA 5BR9A 3ULDA 5LMNK 2FXUA 4CF9A 2GTDA 4HCBA 4WQ4C 1TKXA 1HNIA 3VGKA 4IOXA 4FWQA 3OBYA 3MN9A 4YDUA 2O4GA 1GC6A 1E4FT 3U7DA 2F7TA 4DTXA 3DLGA 3OYFA 2VQFK 2XRIA 4JK8A 4K25A 5JMVA 3NH1A 2O8BB 4E3SA 3B8AX 3AARA 4DXAB 3AO3A 3FZLA 4CZHA 5AR0A 2ZD1A 2Q36A 1TL3A 4AH9A 3LDOA 5M1QA 2VGNA 3RRHA 1K6YA 2D4WA 4CEQA 5J2QA 3K58A 3V1QA 4CEAA 4HTUA 3C6TA 3AAPA 4O8KA 4DSLA 5JS2A 1BISA 2P9UA 3V4IA 4FWOA 1M1KO 1YUWA 2O8CB 2KTQA 2D0AA 3X23A 1JCFA 4CF2A 3UIQA 4UQGA 4BC5A 3HM8A 3PUFA 5CZ1A 3CCVN 3AA3A 3ZSXA 1Q82O 2EMTA 3T1AA 3OA9A 3BF3A 4DB3A 2OTJN 3RMBA 4J2EA 1TKDA 2XO7A 3O4WA 3SQ2A 2YX6A 4H5TA 4LY7A 3ENBA 3SJJA 3BDPA 1HX1A 4QS9A 3KZBA 4C8OA 3D7EO 1BDGA 1RCHA 4EP4A 2AJQA 3R1XA 3EE9A 3VQDA 1FJGK 2ITGA 2RPIA 1YHQN 4OO1J 3D2EB 1IG9A 3KWIA 3A5OC 1DEJA 2E2OA 3VA3A 4A2AA 1OH7A 3KKRA 3CM5A 4BRFA 4CZMA 4MLHA 3S3NA 4KH4A 3EZWA 4AHVA 4FZYA 3WEEA 1E5WA 1FW6A 1MU2A 3SMSA 3S9HA 3FP5A 2VWJA 3NGYA 2O8DB 3H08A 1OH6A 4DKWA 1ATRA 2W6LA 2R82A 4DQ8A 2XY8A 1JDEA 1JLFA 3P1GA 4KKOA 4IKFA 2G8IA 4FJIA 4FLVA 2QM1A 1GOBA 4IG3A 1ST7A 1T7PA 5AZIA 1D9FA 2X6NA 3AA2A 4B9UA 2E2PA 1JLAA 3TANA 3TAQA 1BCMA 3V1OA 3ZLJA 2NNWA 4DSEA 1QQOA 1XNRK 1OVQA 3HT3A 2DY4A 1RDAA 3NMUA 1EP4A 1SKRA 4FOEA 4OGCA 4EFHA 1XC9A 4GW6A 4H5NA 4BRGA 4AHUA 3WNGA 3UE5A 1SL1A 3NGIA 3PO5A 3JSMA 3ZDTA 3T69A 2WTUA 3IVFA 1V4SA 3ZT2A 1VAZA 4HUGA 1KVCA 1FXXA 4YOYA 1XMOK 3P4IA 4CFAA 5AQNA 5CE3A 3VN5A 3J80O 2W41A 3TI0A 1JLBA 5AQGA 4DMNA 4FW1A 1C0MA 4CD3A 4DV7K 1U47A 2E1YA 1SUQA 4PL8A 3NDKA 1Z05A 3OVNA 5BRDA 2BUPA 4K8XA 3HPHA 4E19A 1HYSA 3WNFA 3CCJN 4ELTA 3QEPA 1NGEA 3VEZA 2HHVA 3IMXA 4RW6A 2A6AA 5HL7L 3IKMA 4B8AB 1NK5A 4BRQA 1RDBA 1C0GA 3ZCMA 3KD5E 2P9UB 2QWMA 3R3LA 3ULEA 3DI6A 2QWLA 4EAHD 4IBNA 3KJVA 3C7NB 1VQON 2P9KB 2D11A 2KZMA 1BHLA 4PKIA 3KK3A 3QBWA 1T8EA 4CF8A 1WSGA 4DFKA 5F2RA 4FWLA 3U3YA 4B1YB 4KHNA 3KD1E 4LF7K 4FWPA 1ILYA 2I1JA 3E9PA 1RT7A 3MEEA 3DXMA 1RILA 1UA1A 1VQLN 2VQEK 1N33K 2GELA 3V9XA 5GAEP 3M8RA 1L3UA 3M8SA 1VSJA 3LP0A 3O4NA 4DTUA 4M45A 1HQUA 4CHYA 4CCHA 3TAEA 1RT5A 3KKSA 4I2QA 3RVCA 3THYA 3RR8A 1ZBSA 3CI5A 4HCCA 1KBLA 4BRIA 2HB5A 1VSEA 4BE1A 1LV5A 5C24A 4WFBL 3O3GA 3WQTA 3CQ8A 3CD6N 2F4VK 4QS7A 1TL1A 4CJWA 4BQZA 1P90A 4CD1A 3LWLA 4JD2B 2VG7A 1N6QA 5GIPA 2HBJA 4FJHA 5KRSA 1NGHA 3GOIA 4JI6K 3WEEB 1S6PA 4CJRA 3QEVA 4C8LA 4DSJA 4LFAK 3AO5A 2IVOA 4B9SA 1ZYQA 2VGMA 4CEOA 4CJKA 2OZMA 4B3TK 4K43A 3J7ZO 2HHXA 3R6MA 5AQZA 4FJMA 1SGHA 4ZRIA 3VQ7A 1UOCA 2FBVA 3CJCA 3KK2A 3TAGA 2FBTA 2HVHA 2UXCK 4FPAA 4CJFA 5FPEA 4BACA 3CMEN 1W2BM 4H4MA 4FM0A 3AVMA 4PQUA 1NBWA 3S3OA 2EX3A 4F2RA 4OKJA 4JI4K 2IS3A 2ABDA 1WSHA 3QFPA 4BY9C 1MK7B 4CBXA 3TAPA 1NOZA 5CYQA 3E01A 5FRMA 4FJ7A 4OGEA 2HVIA 2W6KA 3L2RA 1R0AA 4DTSA 1X9MA 4IJAA 4N47A 2YHYA 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 4ILG B;  4JKC A;  3E9O A;  4JKE A;  4JKG A;  4JKG B;  3ENB A;  4JKD A;  4JKH A;  3E9L A;  4JKB A;  4JKF A;  4JK7 A;  3SBG A;  4ILJ A;  4JK9 A;  4JKA A;  3SBT A;  4ILH A;  4JK8 A;  3E9P A;  3E66 A; 
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 3HM9 A;  3O9R A;  1Q18 A;  1C0T A;  4OPA A;  2E5L K;  3O9T A;  1KCF A;  3KWG A;  3AGK A;  5T7B A;  1RTH A;  1WNS A;  2P9P B;  4CZE A;  3RWU A;  4R79 A;  1RTD A;  1JKH A;  3K9J A;  3VTI A;  3DLE A;  4DTJ A;  3RSE B;  1SZ2 A;  4L3Q A;  4CEZ A;  3AVA A;  4YDU C;  1VQ9 N;  3EKS A;  4CJV A;  1IJJ A;  3HSC A;  4IFV A;  1WBD A;  1YXQ A;  3SV4 A;  1NK7 A;  2X74 A;  2ASP A;  5KPR A;  4B1W B;  4DU1 A;  1SKW A;  4FWN A;  3HTV A;  3DOL A;  4Z4F A;  4CHN A;  1ATS A;  4FZX C;  1MDU B;  3ENO A;  2QA4 N;  2F8S A;  4FWS A;  4TKN A;  5LJW A;  3HOS A;  2PY5 A;  3NVM A;  3T1H K;  1CZA N;  4LF8 K;  3OHR A;  2WOM A;  4X64 K;  3MEG A;  1S6Q A;  1C0F A;  5KPZ A;  4YOW A;  4YOU A;  1RBT A;  2ZJR L;  3TAB A;  3NVK A;  1D4X A;  2PYJ A;  2NZT A;  2OCE A;  1P8Z A;  3OTO K;  1HB8 A;  3HPG A;  5AQQ A;  2NRW A;  3E9L A;  4CZF A;  1NJI O;  4BGB A;  3NGZ A;  1C0U A;  4GY2 B;  4OPK A;  1YVN A;  3OS0 A;  2FSJ A;  2NRV A;  4BRE A;  3PX4 A;  3C6H A;  4UY8 O;  5MLC Q;  4WYB A;  2Q3S A;  2HMI A;  4KRF A;  3KLH A;  2PFU A;  1K8K B; 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