1QPI | Genus

Total Genus 79

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
sequence length	203
structure length	195
Chain Sequence	LNRESVIDAALELLNETGIDGLTTRKLAQKLGIEQPTLYWHVKNKRALLDALAVEILARHHDYSLPAAGESWQSFLRNNAMSFRRALLRYRDGAKVHLGTRPDEKQYDTVETQLRFMTENGFSLRDGLYAISAVSHFTLGAVLEQQEHTAALENLPPLLREALQIMDSDDGEQAFLHGLESLIRGFEVQLTALLQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural basis of gene regulation by the tetracycline inducible Tet repressor-operator system. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DNA (5'-D(CPCPTPAPTPCPAPAPTPGPAPTPAPGP*A)-3')
molecule tags	Transcription/dna
source organism	Escherichia coli
total genus	79
structure length	195
sequence length	203
ec nomenclature
pdb deposition date	1999-05-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00440	TetR_N	Bacterial regulatory proteins, tetR family
A	PF02909	TetR_C_1	Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.60	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Homeodomain-like	1qpiA01
1.10.357.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Tetracycline Repressor; domain 2	Tetracycline Repressor, domain 2	1qpiA02

3SJMA 4XICA 3FKIJ 1WPKA 3S14J 2X6OA 4BY1J 3S1MJ 2EZIA 4C3JJ 1GVDA 1T33A 3HGGA 3LSRA 1MBJA 4V2GA 5J1RA 3NRGA 3BR6A 2UXIA 4XK4A 1PUFB 2DG7A 2E2JJ 3HOYJ 5M5WJ 2ZCMA 3BRUA 3JRCA 3HBLA 2DN0A 2E2HJ 4FISA 2IU5A 4BBRJ 2QTQA 1JUMA 2O8KA 3PO3J 2MG4A 2M9HA 3VW2A 4GCTA 3VUQA 5E3NA 2M2EA 2LLKA 5CXGA 2XSDC 5IOZA 2DTZA 1JTYA 5HODA 1CQTA 1O4XA 2ZCXA 3E7LA 4L62A 1IJWC 4IHYA 2GM4A 2JA5J 2I10A 2CQXA 2YVEA 1VI0A 3AQSA 2DA5A 4YZEA 5FGLA 2YU9J 2DA3A 2VKEA 2L0KA 5DS9A 3VVYA 5GPAA 3S2HJ 3GZIA 1FTTA 2NX4A 2VUMJ 5C4JJ 2CRGA 3CWRA 5DTDA 3TP0A 3JR9A 2QCOA 4W97A 1XS9A 4GFBA 2D6YA 5EZHA 1RKTA 1P7IA 2NVTJ 2XPUA 4IHVA 5J1YA 3IH4A 2W48A 4G12A 5EZGA 4C3HJ 3BTIA 1LE8B 5EEAA 5EG0A 4I76A 2ZOYA 3KKCA 2K9QA 5GP9A 2LK2A 2WAQN 2G7SA 3V78A 3BR5A 1ETWA 3LSJA 3ZQHA 1A5JA 2O9LA 5K58A 5IP7J 4JX4A 2VPRA 1UG2A 5FKNA 3BR1A 3FIWA 1HOMA 2HXIA 2HOSA 4QTRA 1BJZA 2R5YA 5IOYA 1NK2P 4JL3A 3S2DJ 3CQZJ 2ZOZA 2N8GA 2VKVA 4GCKA 4HNVA 5C4XJ 3A03A 1NTCA 3QPSA 2AO9A 2LTPA 1NK3P 3IV5A 3I4MJ 1JKOC 2TRTA 2WUIA 1ZQ3P 3WHBA 4XRMA 9ANTA 3P9TA 2JJ7A 3HOXJ 3O8GA 1WCMJ 2LP0A 4DZPA 4QSHA 1TWHJ 5JLXA 3F0CA 4GFKA 1WI3A 2DMUA 1D5YA 2FBQA 4W1UA 3UKGA 1PUFA 1FIPA 3RZDJ 1ENHA 4NDLA 2EZHA 1ITYA 2O7OA 5K7ZA 3LWJA 3IUVA 1XG1A 3QQAA 1OJLA 2WV1A 3HOZJ 2NVQJ 5EG0B 4Y7NJ 2XPVA 3NPIA 2EH3A 5F1JA 2W53A 2GBYA 3WHCA 2K9NA 3GTKJ 1RKWA 1TWCJ 4DW6A 1DU0A 1T56A 1HDDC 3BNIA 2NP3A 2HOAA 1IUFA 2NS8A 1ZR4A 4ACIA 3JRDA 3PPBA 3C2BA 1IV6A 2HYTA 3NI7A 2XDNA 2DMQA 3TW7A 3LNQA 2WB1N 4MFDA 2V57A 4MLOA 1MBFA 4JNNA 3MN2A 2DA6A 2HDDA 1RPWA 3CDLA 2DA2A 2RASA 3GTGJ 1ETXA 3PASA 1IDYA 4J19A 4GFLA 3BQYA 3G1MA 3GTPJ 1IC8A 2IEKA 3ZQLA 3HOUJ 4Y52J 4LOCA 5EFYA 3ON2A 1B72B 2Y30A 3SDGA 3MKLA 2Y2ZA 5F0CA 3ZQIA 1VNDA 4BKXA 1VF9A 1LE8A 2LR8A 3HGYA 2FD5A 5E3LA 5CXIA 2KDZA 4I6ZA 2IAIA 5M3MJ 3BR2A 3GEUA 4NN1A 2L7MP 1F43A 1ZK8A 5F0HA 4ME9A 4A69C 4AC6A 3S1NJ 3BT9A 3Q0UA 1HLVA 3ZQCA 3BTJA 4L5EA 2XRLA 1MSFC 2G7LA 1U9OA 5M5YJ 3LHQA 2B63J 3QBMA 5HBUA 2EZKA 4M3DA 2XPWA 4NELA 1Z0XA 2DMNA 3ANGA 2COBA 3JSJA 5BNGA 1WH5A 4RDUA 2HI3A 1SGMA 4MXMA 5GPCA 4C2MJ 4A3MJ 3M3YJ 4CGRA 1JT6A 3IH3A 2XGDA 3TP3A 1YRNB 2OERA 4MK6A 3FRQA 4CYCB 1U9NA 1JGGA 2L9RA 1GUUA 3JRBA 3HOVJ 4B3AA 2EQRA 3TW6A 3BG9A 1JUSA 2GLOA 1H89C 2Q24A 1AHDP 2L7ZA 2FQ4A 3Q0WA 3VOKA 3FK7A 2CU7A 3EUPA 4AF5A 1B8IB 2CJJA 3BG5A 3JRAA 5FKOA 4BY7J 4B4CA 5EF6A 4DYRA 3K2AA 5IYDJ 3S5RA 1QPIA 1MBGA 1JT0A 1BW5A 3BCGA 1AU7A 2Y0SN 1ZTRA 4DYQA 3DPJA 4UDSA 2G0EA 2X9DA 3L1PA 1JKRC 4A3IJ 4ICHA 3A02A 4S0HB 3G1OA 3IH2A 3ZQGA 3O60A 4A3JJ 2UXUA 5F08A 2EZLA 2P81A 1I3QJ 1I6HJ 2ZCNA 1MBHA 1Y1VJ 2M0CA 5H9TA 2NS7A 1BA5A 2VI6A 2ELKA 1MH4A 4M3EA 2XB0X 1APLC 3JRHA 3RH2A 3K7AJ 3LOCA 1UMQA 5AQCA 3G56A 2CUEA 5IYCJ 3HM5A 1MSEC 4UUTA 2MSYA 5FKLA 4A3EJ 4IHXA 1MBEA 2DMPA 2FJ1A 1B72A 2F07A 3HB9A 3ZQFA 2LD5A 2MW8A 3DCFA 5D19A 4EEFG 1JKPC 3H3VK 2RHAA 2ID6A 2LVSA 2R92J 1MNMC 5E3MA 1IRZA 2TCTA 5FMPA 3VVXA 4A93J 3OSFA 1DU6A 2E2IJ 1FTZA 5EGOB 5CW8A 2QWTA 3E7QA 2Y9ZA 3S1QJ 1WGXA 1JJ8C 3VW1A 2EBIA 3G1LA 3BR3A 3GTOJ 2Y31A 3BR0A 2ZB9A 1GV2A 4D5FA 3HTHA 3JRGA 1BL0A 3AQTA 1POGA 3CCYA 5K7FA 4JX5A 3LJLA 2L7FP 4UUSB 3HDDA 1VFCA 4RBOA 2QOPA 5F0FA 5FJ8J 2ECBA 2DA7A 2GUHA 1K61A 4XRSG 1IGNA 1YRNA 1GDTA 2UXHA 5HSZA 1S7EA 1Y1WJ 4M6VA 4CYCA 1FJLA 2HQ5A 3BTCA 2FX0A 4XIDA 3SFIA 3HTIA 5D1RA 1IDZA 2ME0A 4X6AJ 5J3LA 4AYBN 3GTMJ 2DG8A 2NVYJ 1W0UA 5FHPA 1X2NA 4AUXA 2D5VA 2RAEA 3NXCA 3QKXA 2E19A 1Z77A 2YUSA 5IPAA 3VP5A 1B8IA 1OFCX 2HOTA 4A3CJ 2MGQA 1FEXA 2UXPA 1OCTC 3VW0A 1HF0A 1TWGJ 1FIAA 2X48A 1RESA 3CMYA 3OIOA 2REKA 2HXOA 1U78A 1IG7A 3HOWJ 3T6NA 1MBKA 3COLA 1HCRA 4JX6A 3A01B 3S1RJ 3ZOBA 5F27A 2K40A 3HEFA 2M34A 3PO2J 1GV5A 3NAUA 1LFBA 2XGCA 3QPLA 4AC0A 2JA6J 2O7TA 4GCLA 4PXIA 1JKQC 3O8HA 3KKDA 2G7GA 4QIWN 5HAWA 2H8RA 3HIMA 5E3OA 2XB5A 4FCYA 4BBSJ 3MNLA 5C44J 1AKHA 1ZKGA 2OI8A 3KZ9A 3VPRA 1E3OC 4A3KJ 5IYBJ 1HDPA 3LSGA 1ETOA 5J1UA 3HTJA 3BG3A 1JTXA 1RR7A 1LFUP 3ANPA 2WGBA 2JMWA 4A3GJ 2PZ9A 3B6AA 3B6CA 2IBDA 4IEJA 4D5CA 3V6GA 4ABZA 1X2MA 1H8AC 3S16J 3S17J 5EGOA 4X1EA 2UXOA 3OSGA 4A3LJ 1R9TJ 2JN6A 2R5ZB 1SANA 1H88C 3CJDA 4IHWA 2G3BA 1P7JA 3BQZA 3RD3A 3RZOJ 1GT0C 4MIMA 1SFOJ 3VIBA 1ZR2A 1X58A 2JK3A 2DA4A 1G2HA 2R93J 3NARA 2E1OA 4C3IJ 4UUSA 1QRYA 1XC5A 3GTQJ 5C3EJ 2XGEA 1QVUA 4B1RA 1TC3C 3GTLJ 3G7RA 4V2FA 1K83J 3RQIA 5EYRA 3HKZN 4JP0A 5M3FJ 3VVZA 3C07A 3S15J 5IP9J 3JRIA 2H1KA 2JA8J 1A6IA 3EGQA 2DA1A 3BJBA 2GFNA 1MH3A 2CUFA 1AKHB 1U8BA 4HKUA 2OF7A 3OOUA 1WH7A 2QKOA 2NP5A 5JLWA 3JRFA 2YS9A 1TWAJ 1BW6A 1QVTA 2GENA 4MO7A 2HKUA 2NOGA 1ETKA 3Q3SA 4JYKA 3I4NJ 5FLVA 1EF4A 4D7MA 1I50J 3HTAA 2CQQA 3D1NI 3ON4A 3A01A 4KWAA 3GBGA 4DZJA 2QF7A 3F1BA 1ETVA 2ECCA 2PMZN 1JJ6C 2DJNA 3DEWA 2QIBA 5IP6A 3NNRA 2ME6A 3FK6A 5M5XJ 4MFEA 3TEDA 3RKQA 2YVHA 5FLMJ 3LSPA 3HE0A 2R0QC 3KNWA 2LFBA 2ID3A 2M8GX 4DYCA 2OPTA 2DMTA 3MVPA 2NVXJ 2PBXA 4XRSA 3BHQA 5F04A 2R7ZJ 4FE4A 1ORKA 2Y9YA 1ETYA 4A3FJ 3BTLA 2K9SA 1UI5A 4M3BA 5D18A 5FKMA 3CRJA 3H0GJ 1F36A 3M4OJ 4D7NA 4BXXJ 4M3GA 4FTHA 3VOXA 2HYJA 3JREA 5K7HA 4A3DJ 2R5ZA 4JKZA 1ZGWA 2AHQA 4M3FA 1OCPA 3FISA 1W0TA 5C4YA 1Q1VA 4FE7A 2R5YB 2JWTA 2LKXA 5DAJA 3B81A 5EDNA 5FKKA 3W6VA 4A3BJ 3PM1A 1JUPA 2KT0A 1TWFJ 1UI6A 3GTJJ 2LY9A 1ETQA 3Q0VA 2JA7J 1UHSA 1RETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3SJMA 2A61A 3S14J 3E97A 4BY1J 1XGSA 3S1MJ 1GVDA 4A5NA 3HGGA 1OYYA 2M30A 4HV6A 5KVRA 1U3EM 2VE9A 1QZEA 4IJAA 1XMAA 3V7RA 4HSRA 1WFXA 3W6JB 2E2JJ 4KT6A 4FX4A 3LSKA 4LG0A 2JRTA 4FISA 4BBRJ 2O6GE 2O8KA 2MG4A 1FZPB 5FROA 1Z91A 3W2WA 3H9GA 2WY7Q 2FOKA 5LGNA 2VQHA 1VQLI 4N4OB 1VQ5I 3BZCA 3RJPA 3MKZA 4PJNA 4XLPF 2XGXA 1JTYA 3OR1C 2KMUA 2EFWA 4L62A 3ASNH 1MD0A 2DQLA 2BY2A 2OBPA 3UNGC 1UELB 4IHYA 3O6BB 2L4MA 2GM4A 3GW2A 2I10A 1KU2A 1J9IA 3SWHA 4EJVA 1VI0A 3CMEI 4R1HA 3ZXSA 1DP7P 4PUSA 2L0KA 3VVYA 4L9NA 3A0HC 5GPAA 3S2HJ 3GZIA 3HZJA 2NX4A 1SD5A 5C4JJ 2CRGA 3CWRA 1ZGAA 5E18F 3BZ6A 3TP0A 3DKXA 1UG0A 1DGWY 4W97A 3JR9A 1XS9A 4GFBA 3FX3A 3FMRA 1Z6RA 3FMSA 3BDDA 2XPUA 3KP5A 5E1ZB 5J1YA 4G12A 1LE8B 4C3HJ 4CXFA 3F6VA 3E6CC 3S93A 2ZOYA 2VBXA 1HXDA 2LK2A 1D1CA 3BR5A 1A5JA 2MYSA 3CJQB 4CH7A 5K58A 2F5EA 2J5PA 4XL9A 2VPRA 1I27A 2CQKA 1D8KA 1UG2A 5FKNA 2K86A 2R7UA 1QHGA 2UWMA 2BY3A 2HXIA 3R0JA 1BI3A 4XKBA 4QTRA 3RDIA 5IOYA 1NK2P 3QYEA 1IN7A 3CQZJ 2AXTC 2K3PA 2DOFA 2KLOA 3DBLB 2QQ8A 3WGIA 1NK3P 1JKOC 3A2KA 2OCCH 1AOYA 1X1DA 9ANTA 1R22A 4NQWB 4PFOA 1WCMJ 4DZPA 1NH3A 2VT2A 4GFKA 2HFHA 2DMUA 5TRDA 1DUXC 5JHUA 2HU9A 3E5QA 3OS1A 3DU5A 2D45A 2H6CA 5CJ9A 2M8EA 4DBRA 2KDOA 2O7OA 3GFIA 5K7ZA 3H3ZA 4O5VA 1YJ9I 4E7IA 1O3QA 1OJLA 1E3PA 1DGRM 5FO5A 2DPDA 4RS8A 3U1DA 1T2KA 4FT8A 1SMTA 3GTKJ 2EB7A 4LLLA 3RPUA 4G7HF 4RGUA 2VQCA 1T56A 1F1ZA 3BWGA 1HDDC 3SZPA 1D8JA 2NP3A 1IUFA 1OR7C 3RYPA 4G6DA 1YE9A 1LDKB 1A35A 1A04A 2KL4A 2MFZA 4IHSA 3LNQA 4B43A 1BOBA 1RC9A 2WB1N 4FX0A 1MBFA 4JNNA 3HG9A 2X6XA 2P0WA 2KISA 4G7ZF 3PASA 4GFLA 3G1MA 1VZ0A 2OTLI 3HJEA 4LOCA 4IHTA 2VL8A 2QSHX 1B72B 3FXLA 2XAQA 3MKLA 2BE5F 2MLKA 3CLQA 1WJBA 4KIGA 1LE8A 3HGYA 3WE2A 2OC6A 3AG3H 4I6ZA 1FSHA 3BR2A 3KCCA 3ZP5A 3GEUA 4NN1A 3FXRA 1ZK8A 3B73A 1PYVA 2V4JC 3BT9A 1QZYA 2ESHA 3Q0UA 3ABKH 3M7GA 1MMAA 2B63J 3BROA 3ONQA 4M9XA 2EZKA 4M3DA 2PN6A 4BQAA 1FOWA 4MXMA 2XAFA 2ZXHA 4C2MJ 3IKVA 1JT6A 3TP3A 3B02A 4XOPA 3L7WA 2EFPA 3KEQA 1LQ1A 1YRNB 4KMFA 2OERA 3S3MA 4NQWA 3K4KA 1U9NA 1W5CC 2HTSA 5LBQA 2W7NA 1U5TB 1XPXA 2XASA 4G94A 3KEOA 4E7KA 2OAZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1O3S A;  3KYL A;  3PFI A;  2X4H A;  3M4O J;  1R6R A;  4D7N A;  1SVL A;  3GO5 A;  3H1C A;  4WCG A;  4PDK A;  3CCE I;  4FTH A;  5J4Y A;  3OYH A;  3JRE A;  4XLF A;  1OYI A;  3O3K A;  1P4W A;  2JPB A;  3L2Q A;  4M3F A;  4F52 A;  5C4Y A;  2EFN A;  5LHI A;  2VON A;  1V4R A;  4FE7 A;  2F2E A;  3RTR A;  5HLT A;  5DAJ A;  3ABU A;  1ZRC A;  3W6V A;  2BVM A;  1EKE A;  4C30 A;  4A3B J;  1ZRE A;  1JUP A;  1TWF J;  4PK4 A;  2L54 A;  2VQG A;  1ZAO A;  2DDA A;  2ZME C;  2LY9 A;  3Q0V A;  3J7Y J;  1UHS A;  2DOE A;  3OYA A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3SJM A;  4XIC A;  3FKI J;  1WPK A;  3S14 J;  2X6O A;  4BY1 J;  3S1M J;  2EZI A;  4C3J J;  1GVD A;  1T33 A;  3HGG A;  3LSR A;  1MBJ A;  4V2G A;  5J1R A;  3NRG A;  3BR6 A;  2UXI A;  4XK4 A;  1PUF B;  2DG7 A;  2E2J J;  3HOY J;  5M5W J;  2ZCM A;  3BRU A;  3JRC A;  3HBL A;  2DN0 A;  2E2H J;  4FIS A;  2IU5 A;  4BBR J;  2QTQ A;  1JUM A;  2O8K A;  3PO3 J;  2MG4 A;  2M9H A;  3VW2 A;  4GCT A;  3VUQ A;  5E3N A;  2M2E A;  2LLK A;  5CXG A;  2XSD C;  5IOZ A;  2DTZ A;  1JTY A;  5HOD A;  1CQT A;  1O4X A;  2ZCX A;  3E7L A;  4L62 A;  1IJW C;  4IHY A;  2GM4 A;  2JA5 J;  2I10 A;  2CQX A;  2YVE A;  1VI0 A;  3AQS A;  2DA5 A;  4YZE A;  5FGL A;  2YU9 J;  2DA3 A;  2VKE A;  2L0K A;  5DS9 A;  3VVY A;  5GPA A;  3S2H J;  3GZI A;  1FTT A;  2NX4 A;  2VUM J;  5C4J J;  2CRG A;  3CWR A;  5DTD A;  3TP0 A;  3JR9 A;  2QCO A;  4W97 A;  1XS9 A;  4GFB A;  2D6Y A;  5EZH A;  1RKT A;  1P7I A;  2NVT J;  2XPU A;  4IHV A;  5J1Y A;  3IH4 A;  2W48 A;  4G12 A;  5EZG A;  4C3H J;  3BTI A;  1LE8 B;  5EEA A;  5EG0 A;  4I76 A;  2ZOY A;  3KKC A; 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1QPIA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations