1QPI | Genus

Total Genus 79

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
sequence length	203
structure length	195
Chain Sequence	LNRESVIDAALELLNETGIDGLTTRKLAQKLGIEQPTLYWHVKNKRALLDALAVEILARHHDYSLPAAGESWQSFLRNNAMSFRRALLRYRDGAKVHLGTRPDEKQYDTVETQLRFMTENGFSLRDGLYAISAVSHFTLGAVLEQQEHTAALENLPPLLREALQIMDSDDGEQAFLHGLESLIRGFEVQLTALLQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural basis of gene regulation by the tetracycline inducible Tet repressor-operator system. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DNA (5'-D(CPCPTPAPTPCPAPAPTPGPAPTPAPGP*A)-3')
molecule tags	Transcription/dna
source organism	Escherichia coli
total genus	79
structure length	195
sequence length	203
ec nomenclature
pdb deposition date	1999-05-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00440	TetR_N	Bacterial regulatory proteins, tetR family
A	PF02909	TetR_C_1	Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.60	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Homeodomain-like	1qpiA01
1.10.357.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Tetracycline Repressor; domain 2	Tetracycline Repressor, domain 2	1qpiA02

2YU9J 1UMQA 4D5CA 4AYBN 3ZQIA 2KT0A 4IHXA 1RR7A 3BQYA 3JRHA 5M5WJ 3LHQA 4A3JJ 3CMYA 1FJLA 2L7FP 1F43A 3FRQA 1IV6A 3QQAA 1MBJA 1OCTC 3PO3J 2LVSA 5IYBJ 2ID3A 1G2HA 2G7GA 4M3BA 2YVEA 2L0KA 5EGOB 5EFYA 2M9HA 2VKEA 3TW6A 3NXCA 4DZJA 3BG3A 3NRGA 3V78A 5IYCJ 4FISA 1IC8A 1ZK8A 2K9SA 2ZOYA 3VOXA 3GTLJ 2R92J 2OPTA 3BNIA 1WGXA 3B6CA 5F27A 4JX4A 1R9TJ 1SFOJ 1RKWA 2QIBA 3HM5A 3VP5A 4B1RA 5D19A 2CRGA 3JREA 1PUFA 5D18A 2R5YB 2LY9A 3FKIJ 5E3MA 3VVYA 5M3FJ 3QKXA 1SANA 2HXOA 1JUSA 2IAIA 5HODA 2XGCA 2ZB9A 4UUTA 1MH3A 2NVYJ 1BA5A 5CXIA 2M34A 3NARA 2HOSA 1HOMA 2NP3A 3BRUA 3E7LA 2R5ZA 2UXIA 3G56A 2LLKA 2OF7A 2NS8A 5C4JJ 4A3KJ 1A6IA 2EQRA 1LE8A 1JTXA 5F0FA 1IRZA 1T56A 2O7TA 3CJDA 2EZHA 4GCTA 4JX5A 1XG1A 4MO7A 5DS9A 1ORKA 2LKXA 3HOUJ 2JN6A 2FD5A 5HAWA 4GCKA 3JRIA 2DG7A 1VI0A 1DU0A 3G1LA 4ACIA 3AQTA 3LSPA 5K7ZA 3CWRA 2XGDA 2HI3A 1TC3C 2ZCMA 3S5RA 4BBRJ 4A3LJ 3HTAA 2DA6A 1IDYA 2IBDA 2JMWA 3VIBA 1UHSA 2ME6A 3H0GJ 1ETVA 1HCRA 3MVPA 5C4YA 5E3OA 4S0HB 3GBGA 2NP5A 4NN1A 1MBFA 5M5YJ 4BXXJ 3BT9A 3OSFA 1APLC 1JTYA 5FKNA 3JR9A 3VUQA 2M2EA 3VW0A 3TW7A 3ZQCA 5FHPA 5IOYA 2DA7A 2K9NA 2WAQN 5F04A 2UXUA 1ETOA 4A93J 2JA5J 4FCYA 2XDNA 3S14J 1MH4A 3PM1A 2UXOA 4MK6A 1GT0C 3B81A 1TWFJ 3BR1A 3RKQA 3UKGA 3FIWA 2MGQA 3I4MJ 1VNDA 1DU6A 1GV2A 1HLVA 3C07A 5FKMA 5EYRA 4L62A 2Y9ZA 1Q1VA 3JRGA 3Q0VA 3GTJJ 3VW1A 5EZGA 3S16J 5FKOA 4ICHA 5DAJA 3IUVA 5FLVA 4LOCA 3OSGA 2CJJA 2GENA 2Q24A 2YUSA 3D1NI 1TWGJ 5AQCA 4AC6A 2L7MP 1OCPA 4JX6A 3IV5A 4IHVA 4IHYA 3KKDA 4EEFG 5K7HA 2ZCXA 2EZIA 3ON4A 1VFCA 3A03A 4ME9A 2R5YA 1FEXA 5IP9J 1SGMA 2R7ZJ 1P7IA 2YS9A 3WHCA 3BHQA 5GP9A 9ANTA 5F0CA 2RASA 4A3BJ 2O7OA 1TWHJ 1S7EA 4UUSA 3JRAA 3HTHA 1Y1VJ 2TCTA 3A01B 2B63J 1T33A 2QKOA 1Y1WJ 1JGGA 1WH7A 4JNNA 3PASA 1MSFC 2H1KA 2E19A 2MSYA 1O4XA 1FIPA 3WHBA 3LSRA 2NS7A 1ZR4A 1AKHB 2EH3A 5FJ8J 3DEWA 2WUIA 4XRSA 1BJZA 4YZEA 1ETYA 1B72B 2VPRA 1GDTA 2V57A 2OI8A 5EG0B 3HIMA 4A3FJ 3KNWA 3BTCA 2UXPA 1IUFA 2JWTA 3HB9A 2XSDC 4J19A 2HOAA 3S2HJ 2HQ5A 1F36A 1WPKA 5IYDJ 2RAEA 2VKVA 4A3EJ 1K61A 4M3FA 2E1OA 1XS9A 3Q0WA 2GLOA 5J1UA 3GTQJ 5JLXA 1W0TA 2UXHA 1X2NA 4I76A 3CRJA 2HYJA 2X48A 4GCLA 3HOXJ 1YRNB 3DPJA 4A69C 3VVXA 5F0HA 4CYCA 3TEDA 2LTPA 2DA3A 3H3VK 2LFBA 3ZOBA 1ZKGA 3Q3SA 2PZ9A 1ITYA 1FIAA 1X58A 5F08A 4XRSG 4MXMA 3ANGA 2Y31A 3GEUA 2VUMJ 3BTIA 3HTJA 4X1EA 2GFNA 1UI6A 3O8GA 1Z0XA 4QSHA 3SFIA 3ZQLA 2GUHA 3F0CA 5J3LA 3NPIA 5HBUA 3O8HA 2DA1A 3LOCA 4V2GA 2MW8A 4RBOA 3HDDA 3BQZA 3QPSA 2CQQA 4FTHA 2D5VA 2QOPA 1B8IB 2DA2A 4M3GA 4D7NA 2DJNA 4AF5A 3RD3A 3S17J 5CXGA 2P81A 4G12A 2QF7A 3GTPJ 2EBIA 2OERA 3HOZJ 2WV1A 1ZGWA 1NK3P 1AU7A 3BJBA 2D6YA 3A01A 2WB1N 3BR3A 2L7ZA 3JSJA 1TWAJ 2XPWA 1EF4A 2R0QC 3HE0A 5EGOA 1WI3A 4B4CA 3V6GA 4AC0A 1AKHA 3RH2A 2NVXJ 3FISA 4QTRA 2DMQA 2CUFA 2ELKA 4M3DA 4NDLA 3ZQFA 2QWTA 4GFLA 1U9NA 1JKQC 1B72A 5FGLA 5IP7J 3LSGA 2O8KA 3CQZJ 3BR2A 3TP3A 1ENHA 1PUFB 3LWJA 2G7LA 1XC5A 3SJMA 5D1RA 1FTZA 4JKZA 2L9RA 3CCYA 2DTZA 1ETQA 1BL0A 1LFBA 2HXIA 2QCOA 2XB0X 1HF0A 3EUPA 2DG8A 2XPVA 2ECCA 2NVQJ 3W6VA 2M0CA 3TP0A 2E2JJ 3M3YJ 5K58A 3IH2A 5FKLA 2HOTA 3S1QJ 3ANPA 3S1RJ 4V2FA 3EGQA 3BR6A 3RQIA 1RETA 3OIOA 1LE8B 2XPUA 3BR0A 4M3EA 2DMPA 2N8GA 1H89C 3Q0UA 3OOUA 2PMZN 3BCGA 1NTCA 2M8GX 1YRNA 4B3AA 5FLMJ 4XICA 1MSEC 4FE4A 5K7FA 5E3NA 3GTOJ 4D5FA 3KKCA 1HDPA 5JLWA 3RZDJ 4M6VA 5J1YA 1X2MA 1IGNA 2GM4A 3K2AA 5M3MJ 2K9QA 3FK7A 4RDUA 1QPIA 5GPCA 1I6HJ 2REKA 4HNVA 3BG9A 2F07A 3DCFA 1ZTRA 2AHQA 5E3LA 3QBMA 1MBGA 5GPAA 1P7JA 1OFCX 4BKXA 4DYQA 4GFBA 3HOWJ 3NNRA 3NI7A 2XRLA 3HOYJ 2Y30A 3FK6A 1JUMA 3JRCA 3S15J 2Y9YA 4W97A 2PBXA 2G7SA 1JKPC 2QTQA 3IH3A 3L1PA 3AQSA 4AUXA 4QIWN 2LD5A 4C2MJ 5M5XJ 4KWAA 1JUPA 1B8IA 2K40A 4MFDA 1IG7A 4PXIA 3B6AA 4JP0A 1OJLA 1UG2A 4C3JJ 1W0UA 4JL3A 3ZQGA 3A02A 4FE7A 3HGYA 3JRDA 1A5JA 1QVUA 3HKZN 3S1NJ 1D5YA 4XRMA 3CDLA 2DMNA 5C4XJ 2LK2A 1AHDP 2HKUA 3GTKJ 4GFKA 2ECBA 2ME0A 1K83J 2JA6J 3O60A 2R93J 1QVTA 2W48A 1RESA 5FKKA 1U9OA 2DA5A 2JA8J 3G1OA 2RHAA 1JKOC 4DZPA 1GV5A 4A3GJ 1H88C 1IDZA 1UI5A 3LJLA 2LP0A 2YVHA 5IPAA 2X6OA 2G3BA 4BBSJ 3VVZA 1MBEA 4BY7J 2MG4A 2DMTA 3COLA 1JKRC 3ZQHA 4A3CJ 1IJWC 2X9DA 4MLOA 4UUSB 2JJ7A 3LSJA 5HSZA 4MIMA 3QPLA 3BTLA 3MN2A 4A3IJ 2FX0A 5F1JA 2Y2ZA 1TWCJ 3P9TA 4W1UA 3GTGJ 5C44J 4HKUA 3VPRA 1POGA 2NOGA 4D7MA 2O9LA 3G7RA 2DA4A 1ETXA 3HTIA 1ETWA 2IEKA 4A3MJ 1NK2P 1GVDA 5J1RA 4CGRA 1MBHA 2ZCNA 1VF9A 2CU7A 2W53A 3MNLA 5EZHA 4ABZA 1WH5A 1E3OC 2E2IJ 3T6NA 4IEJA 2DMUA 2WGBA 2KDZA 2EZLA 3BR5A 3ON2A 3MKLA 3LNQA 3VW2A 5C3EJ 1U8BA 2FQ4A 2FBQA 3HOVJ 2ZOZA 4X6AJ 2EZKA 3K7AJ 2E2HJ 5DTDA 1CQTA 4L5EA 1ZQ3P 5EG0A 1QRYA 4C3IJ 5EF6A 2NX4A 3C2BA 2FJ1A 5IP6A 2JA7J 1GUUA 3G1MA 2TRTA 1ZR2A 3BTJA 2GBYA 2COBA 1I50J 4IHWA 1BW5A 2G0EA 4A3DJ 3GZIA 2LR8A 2XGEA 4DYCA 1FTTA 3PO2J 1RPWA 4UDSA 2JK3A 4CYCB 3E7QA 1RKTA 2DN0A 1MNMC 1HDDC 3HBLA 4Y52J 2R5ZB 4BY1J 3M4OJ 5CW8A 1WCMJ 2NVTJ 1JT6A 3PPBA 3S1MJ 3SDGA 2ID6A 3BG5A 1JJ8C 3F1BA 4DYRA 4C3HJ 1H8AC 3S2DJ 5IOZA 1U78A 1JT0A 2Y0SN 1Z77A 3NAUA 3JRFA 1ETKA 3GTMJ 2VI6A 5EEAA 2AO9A 4NELA 4XIDA 3VOKA 3KZ9A 2CUEA 2H8RA 4MFEA 3JRBA 4I6ZA 3I4NJ 3HEFA 3RZOJ 5FMPA 3HGGA 4Y7NJ 4XK4A 1LFUP 4DW6A 2CQXA 1BW6A 3IH4A 2IU5A 2I10A 2HDDA 1I3QJ 1MBKA 5BNGA 5EDNA 2HYTA 5H9TA 1JJ6C 2XB5A 4JYKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4RB1A 1WJBA 1D1CA 2BE5F 1PJRA 4F52A 2YU9J 4IHXA 2CYYA 3BQYA 1LDDA 3R0AA 1YIOA 2GXAA 2RN7A 1VQ9I 1FJLA 1FMWA 1HC8A 1MBJA 3PO3J 2LVSA 2QQAA 2ID3A 5D4SA 2I5UA 4M3BA 1OCCH 4ZC3A 4XMYA 2HYGD 5HNFA 2R4GA 3AG3H 4XLHA 4FX0A 1BC7C 3HTUA 1XN7A 3R6SA 2QSHX 4G8XA 3CO7C 1X3WB 1FBUA 1TBXA 2QQBA 4CZCA 5CVIA 3W3CA 2HYFA 2QVOA 3OYNA 2E1CA 1D0ZA 3K4LA 1RKWA 3UNGC 1DQUA 4IL6C 3VP5A 2P6TA 3EUKL 1R5HA 2BV6A 2EJRA 2OUMA 2WBMA 2R5YB 1IN8A 3FKIJ 5E3MA 4HRIA 2A5YB 3PQKA 2VQHA 3VVYA 3HRSA 4KUMA 1SANA 3H3ZA 2EIKH 4Y15A 2HXOA 1G4DA 2IAIA 2X6YA 2E1MB 4C30A 3FHZA 1BR4A 4UUTA 3J7ZI 4ETSA 1W7PA 2OC6A 5CXIA 3EYIA 1X4OA 2HOSA 2DOFA 1OISA 1PP7U 2KHMA 2LLKA 4ENMA 1GVJA 4KN4X 4DOZA 2BY3A 1IRZA 3CJDA 2O7TA 4AM3A 3H0DA 1M1EB 2KKOA 4JX5A 4B09A 3CCVI 4MO7A 3HOUJ 2JN6A 5HAWA 1OYYA 5D6EA 3DQVC 2DG7A 2BBYA 4XLEA 1SEUA 3AQTA 1G3TA 1E17A 1TC3C 2ZCMA 5BOXA 4A3LJ 2W00A 2JT1A 2HR3A 2M4GA 3D5SC 5CKTA 2DA6A 1MZBA 1DP3A 1BOAA 3VIBA 3NWSA 3H0GJ 1I27A 3DPUA 3V8LA 3MVPA 4M72A 5E3OA 3GBGA 2XKPA 1LDJA 1MBFA 2G9WA 2KRCA 4BXXJ 2DAOA 2LRDA 3BT9A 1TT5B 3PFIA 3VUQA 4WWCA 2M2EA 3VW0A 2BY0A 3ZQCA 2PI0A 5FHPA 4HNTA 5IOYA 2WAQN 1ETOA 3DWLE 2ZXWH 3S3OA 2JA5J 2IGOA 3LFKA 3DLAA 3GZ5A 1ON1A 2ICWG 2XDNA 4PGGA 2M4KA 2GUHA 3ML6A 2V6EA 2E35A 3MKYB 3CMMA 3FIWA 3C2HA 1DU6A 3ZMDA 5FKMA 4HEA2 3WTVC 1O3SA 4L62A 2Y9ZA 3BROA 1W7PD 5TJJA 3GYHX 1MJ9A 3OS2A 1RZ4A 1R49A 3FMSA 3GO5A 5EZGA 1OQYA 2IVMA 2KQRA 1SD5A 1K79A 2CJJA 3LA7A 3CCQI 3VFZA 4AC6A 2XAGA 2PQ8A 1TWGJ 3D1NI 3BG6A 1WQ2A 3HUGA 3KKDA 2R7OA 4PFPA 1P4WA 2ZCXA 3CC7I 5DD4A 3GX4X 4ME9A 1PDNC 1CF7B 4A2UA 3KLOA 2IXSA 2VJ4A 2YS9A 3WHCA 4LG3A 3BHQA 5GP9A 9ANTA 4N4NB 4LIVA 1BOBA 3F8BA 1S7EA 5H2FC 4RB3C 3JRAA 3HTHA 3EUHC 4I02A 1T33A 2XAQA 2VIXA 3TDZC 1ZGJA 2L01A 4ZDLA 4ZYDA 1EH6A 3PASA 2VJIA 2H1KA 4CGZA 2MSYA 5CLSA 2QUFA 2W25A 3DEWA 3RYPA 5FJ8J 4JK1X 2HEOA 3D5RC 2WUIA 2OD5A 2MA3A 2QQ8A 2FF4A 4CSWA 5LEKA 1ETYA 1B72B 2V57A 1XGSA 1TNSA 4E7IA 3HIMA 1VQ7I 2HU9A 3VSKA 4OIQF 2MH9A 3FXOA 2F5DA 2OV7A 3HB9A 4PSWA 3IWZA 4M9SA 1UFMA 1F36A 3W2WA 1VQPI 3LWFA 5IYDJ 2RAEA 1LFPA 2VKVA 5KK1A 1LDKB 5KCMA 4IOAF 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1ETX A;  3HTI A;  1ETW A;  2IEK A;  4A3M J;  1NK2 P;  1GVD A;  5J1R A;  4CGR A;  1MBH A;  2ZCN A;  1VF9 A;  2CU7 A;  2W53 A;  3MNL A;  5EZH A;  4ABZ A;  1WH5 A;  1E3O C;  2E2I J;  3T6N A;  4IEJ A;  2DMU A;  2WGB A;  2KDZ A;  2EZL A;  3BR5 A;  3ON2 A;  3MKL A;  3LNQ A;  3VW2 A;  5C3E J;  1U8B A;  2FQ4 A;  2FBQ A;  3HOV J;  2ZOZ A;  4X6A J;  2EZK A;  3K7A J;  2E2H J;  5DTD A;  1CQT A;  4L5E A;  1ZQ3 P;  5EG0 A;  1QRY A;  4C3I J;  5EF6 A;  2NX4 A;  3C2B A;  2FJ1 A;  5IP6 A;  2JA7 J;  1GUU A;  3G1M A;  2TRT A;  1ZR2 A;  3BTJ A;  2GBY A;  2COB A;  1I50 J;  4IHW A;  1BW5 A;  2G0E A;  4A3D J;  3GZI A;  2LR8 A;  2XGE A;  4DYC A;  1FTT A;  3PO2 J;  1RPW A;  4UDS A;  2JK3 A;  4CYC B;  3E7Q A;  1RKT A;  2DN0 A;  1MNM C;  1HDD C;  3HBL A;  4Y52 J;  2R5Z B;  4BY1 J;  3M4O J;  5CW8 A;  1WCM J;  2NVT J;  1JT6 A;  3PPB A;  3S1M J;  3SDG A;  2ID6 A;  3BG5 A;  1JJ8 C;  3F1B A;  4DYR A;  4C3H J;  1H8A C;  3S2D J;  5IOZ A;  1U78 A;  1JT0 A;  2Y0S N;  1Z77 A;  3NAU A;  3JRF A;  1ETK A;  3GTM J;  2VI6 A;  5EEA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1QPIA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations