2RAE | Genus

Total Genus 70

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	70
sequence length	193
structure length	193
Chain Sequence	IGRRPSTTQDRISTVGIELFTEQGFDATSVDEVAEASGIARRTLFRYFPSKNAIPWGDFDAHLAEMRAQLAAQPDDIPIVDGLTAALLQFNAFPASEEINHRKRMGLILRVPALQAYSVVMYEGWRNVIAEYVASRLGTSPTDHVPRTVGYLLLGVAMSAYEQWLDDDSLELNELLASGMQSLYDGLSSLGEP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The crystal structure of a TetR/AcrR family transcriptional regulator from Rhodococcus sp. RHA1 rcsb
molecule tags	Transcription
source organism	Rhodococcus sp.
molecule keywords	Transcriptional regulator, AcrR family protein
total genus	70
structure length	193
sequence length	193
ec nomenclature
pdb deposition date	2007-09-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00440	TetR_N	Bacterial regulatory proteins, tetR family
A	PF17754	TetR_C_14	MftR C-terminal domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.60	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Homeodomain-like	2raeA01
1.10.357.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Tetracycline Repressor; domain 2	Tetracycline Repressor, domain 2	2raeA02

2F07A 3RQIA 2ECCA 3KKCA 3CRJA 3BR0A 3TP3A 1ORKA 1UI6A 2ZOYA 3VOXA 1UMQA 3FK6A 1IDYA 3HOZJ 2GBYA 1EF4A 2YU9J 1RKWA 3PM1A 5IPAA 3HE0A 1Z77A 3Q0VA 4ACIA 1WPKA 3BTJA 4FTHA 1MBGA 4W97A 3A01A 3AQTA 3CWRA 4JX6A 1WI3A 1WH7A 4MK6A 2K9SA 2Y31A 3VW2A 4YZEA 1ZQ3P 4UDSA 4B1RA 3HGYA 4GCLA 4IHVA 5DS9A 1XS9A 2LFBA 4RDUA 3S2DJ 2REKA 4HKUA 3CDLA 4UUSA 2X6OA 3TW6A 3LSRA 3ZQFA 3BR5A 4NELA 2E1OA 3FIWA 1YRNB 4XICA 3MVPA 1OFCX 2E19A 9ANTA 3S14J 5FKMA 3E7LA 5IOYA 2NVYJ 3BG3A 3QQAA 3FISA 1Y1WJ 2Y9ZA 5IP9J 2DG8A 2CQXA 1AKHA 3AQSA 2XB0X 1ZGWA 1ZTRA 2K40A 5FLVA 2Y2ZA 3ZQLA 4DYCA 3RKQA 2HOTA 1SANA 3G1MA 2E2IJ 2YVEA 3G56A 2M2EA 4JL3A 1QPIA 1RESA 2N8GA 1WGXA 4A3BJ 1AHDP 3QPSA 2JMWA 2YS9A 3TP0A 3LSGA 2XGCA 4X1EA 4AF5A 4CYCA 5E3NA 1QRYA 3KNWA 3BR1A 3S1QJ 1DU0A 1TWCJ 3NI7A 4RBOA 3P9TA 3GTLJ 4PXIA 2KDZA 1Z0XA 2LD5A 2IAIA 2K9NA 3BRUA 3HM5A 2DMQA 1HLVA 5DAJA 3BTCA 1X58A 4Y7NJ 2Y30A 1W0UA 3ON2A 3HIMA 3DCFA 3ZQGA 2IBDA 3BTIA 2DA3A 5EZHA 5K7HA 3VW0A 4MFEA 5EZGA 2FJ1A 5J1RA 4MXMA 2JA8J 3PPBA 5FMPA 2OPTA 1X2MA 2PZ9A 2EQRA 5M3FJ 4GFKA 3T6NA 4DZJA 1GVDA 3VVZA 1R9TJ 1XG1A 1GV2A 1JKQC 3DPJA 4M3GA 5CW8A 3CQZJ 4DYRA 3BHQA 1LE8B 3CCYA 3GTJJ 1YRNA 5J1YA 3TEDA 1MNMC 5D18A 3A01B 3CMYA 2LK2A 3FKIJ 2L7ZA 5C4XJ 1ETYA 2ZCMA 1X2NA 2RHAA 1MSEC 1IUFA 5FHPA 4C3IJ 3NNRA 2WB1N 4UUSB 2DA4A 1JUMA 2L0KA 5EF6A 2XDNA 1ETVA 1JKRC 2R5ZB 2NVXJ 1F43A 2M0CA 4A69C 2Y9YA 4S0HB 3JRHA 2FX0A 3LSPA 4UUTA 4B3AA 2DN0A 5HBUA 3HOXJ 2LKXA 2XRLA 4XK4A 1BL0A 4I76A 3LNQA 1AKHB 1ZK8A 3HKZN 1ZKGA 3IH3A 2E2JJ 2UXUA 1FJLA 3COLA 1VI0A 1BA5A 5IOZA 5FGLA 2ELKA 1IDZA 1JKOC 4GFLA 2FD5A 2R0QC 4FCYA 5J3LA 3VUQA 2LR8A 2QCOA 2WGBA 5HSZA 5E3LA 2VI6A 2OERA 5GPAA 3HGGA 2JA5J 1U9OA 3RZDJ 3EGQA 2JN6A 1JTXA 2R7ZJ 2EZKA 5IYDJ 1UG2A 4CYCB 2WAQN 3IH2A 3HTIA 1P7IA 5IYBJ 1IGNA 2R92J 2GUHA 3Q0UA 4A3JJ 1GUUA 1TWFJ 2DMNA 3IV5A 1I50J 1FIAA 2CUFA 1A5JA 1G2HA 5K58A 3W6VA 1DU6A 4A93J 1LE8A 4GCKA 3BCGA 1PUFA 3B6AA 2JK3A 5FJ8J 1IV6A 3H3VK 4MO7A 2ECBA 3DEWA 5E3OA 5H9TA 1NTCA 2JWTA 4M3BA 5C4YA 3NXCA 3L1PA 3NRGA 4FISA 3V6GA 1GV5A 1VFCA 3M3YJ 1JTYA 4JX5A 2M34A 4V2GA 4DW6A 3SDGA 4XRSA 5JLWA 1TWHJ 1JT0A 3HTJA 3BNIA 2R5ZA 5EFYA 1HDPA 2EZLA 3S16J 1T33A 1I6HJ 2D5VA 3GTMJ 4ABZA 1JJ6C 4LOCA 1B72A 2WV1A 2EZIA 2HYTA 3HB9A 5HAWA 1RR7A 3LWJA 3BG5A 3GTKJ 4A3CJ 2E2HJ 2VKVA 4M3DA 5FKLA 5F0CA 1E3OC 5C3EJ 2DA7A 3ANGA 3JRCA 3S17J 4AYBN 1ETKA 5IP7J 4W1UA 4BY7J 4AC6A 3MNLA 3K7AJ 4ICHA 2DA2A 2IU5A 5AQCA 3H0GJ 3OOUA 5M3MJ 4FE7A 1LFBA 4AC0A 1MH3A 5EGOB 3FRQA 5F0FA 2HI3A 2HYJA 3F1BA 2LY9A 1NK3P 1VF9A 3SFIA 1ETXA 2I10A 2QOPA 1RETA 2ZCXA 4HNVA 4C3JJ 3JSJA 3ANPA 4GFBA 2NVQJ 3PASA 2HOAA 1ETQA 2OF7A 4D7NA 1W0TA 1ETOA 4BBRJ 2CJJA 3CJDA 4IEJA 3K2AA 4JNNA 2DMPA 3C07A 1S7EA 3HOUJ 3BTLA 1H8AC 4NN1A 5FLMJ 1PUFB 1APLC 3JR9A 5F27A 2LP0A 2HQ5A 2UXPA 4QTRA 1F36A 3A03A 3I4MJ 4JYKA 3JRIA 3O60A 3I4NJ 3WHCA 1P7JA 3VPRA 1MSFC 3HOVJ 2PBXA 4XRMA 2QTQA 2Y0SN 4D7MA 4NDLA 1T56A 2O7OA 1IG7A 1WH5A 3BR6A 2G0EA 3HBLA 3VVYA 5M5WJ 2JJ7A 5D19A 4JP0A 2D6YA 3BJBA 3NPIA 1ITYA 3GZIA 1B72B 2L7FP 5C44J 2TCTA 5J1UA 2QIBA 2DG7A 2UXOA 3BT9A 2MSYA 3OIOA 1HF0A 4KWAA 2NS8A 1MBEA 5F04A 3S1RJ 3GTPJ 2Q24A 3B81A 5K7ZA 2ZCNA 5EGOA 3ZQIA 3QKXA 4B4CA 2AO9A 2XB5A 1FTZA 4XRSG 3O8GA 5CXIA 2ME0A 3Q3SA 3PO2J 3FK7A 5M5YJ 2NVTJ 3G1LA 4FE4A 3SJMA 4M6VA 2ZB9A 1B8IA 1BW5A 5DTDA 2XPWA 1K83J 3ZOBA 3VOKA 2GENA 1IJWC 1I3QJ 2FQ4A 3EUPA 3GEUA 4DZPA 4Y52J 1GDTA 4D5FA 3E7QA 1CQTA 3G7RA 1BW6A 3HTAA 3JRFA 2R5YA 1H89C 3GBGA 4IHYA 2M9HA 2UXIA 5E3MA 2RAEA 4M3FA 3HEFA 3JRGA 4A3EJ 2DTZA 1OJLA 1MBFA 2CQQA 2LVSA 1O4XA 3LOCA 1JKPC 1ZR4A 3HOWJ 5D1RA 4CGRA 1XC5A 4MIMA 1HCRA 1H88C 1SGMA 2WUIA 2VKEA 4I6ZA 2DJNA 2IEKA 3GTGJ 2DA5A 4MLOA 2QWTA 3HTHA 4XIDA 3C2BA 5JLXA 3ON4A 1TWAJ 3ZQHA 3MN2A 4QIWN 3BR3A 4A3KJ 2DMUA 2H8RA 4EEFG 2QF7A 2VPRA 3QBMA 3LJLA 5FKNA 1MBKA 3ZQCA 1MBHA 3OSFA 1MH4A 2O9LA 2X9DA 1A6IA 2XSDC 1FTTA 4G12A 4GCTA 1NK2P 2COBA 3QPLA 2XPVA 2CUEA 3F0CA 3KKDA 2LLKA 1JUPA 3OSGA 1GT0C 1OCTC 1LFUP 2GLOA 2DA1A 1FIPA 3UKGA 2B63J 2JA6J 1U78A 5FKKA 4A3IJ 3GTOJ 2CRGA 4C3HJ 5GPCA 3HOYJ 4X6AJ 2G7LA 4C2MJ 4IHXA 2L7MP 2GFNA 1FEXA 4BKXA 4A3MJ 5M5XJ 3G1OA 3IH4A 2EZHA 1QVUA 1OCPA 3VP5A 3D1NI 4A3FJ 5F08A 2RASA 2ZOZA 1RKTA 3PO3J 1ETWA 1SFOJ 1HOMA 2V57A 2MW8A 4AUXA 1ENHA 1Q1VA 1B8IB 4ME9A 3GTQJ 2CU7A 2NP3A 2YVHA 1ZR2A 2L9RA 4A3DJ 5EG0B 3V78A 3IUVA 2XGDA 5BNGA 3LHQA 2ID6A 5IP6A 3RH2A 2ME6A 1VNDA 2MG4A 2G7SA 2R5YB 5EYRA 5EDNA 3JRAA 1HDDC 3S5RA 2DA6A 2P81A 2HKUA 3NAUA 1IRZA 2OI8A 2QKOA 4D5CA 1WCMJ 2W48A 2LTPA 2VUMJ 5CXGA 2M8GX 3BQZA 5HODA 2UXHA 2X48A 5IYCJ 1JT6A 3HDDA 3A02A 2NX4A 3JRDA 1JJ8C 2MGQA 4L5EA 2H1KA 2O8KA 4L62A 2R93J 3JREA 4A3LJ 2ID3A 1K61A 5EEAA 1Y1VJ 2XGEA 4IHWA 1BJZA 2NS7A 3MKLA 1UHSA 4BXXJ 2G3BA 5F1JA 1U8BA 1RPWA 4BBSJ 3RZOJ 3BQYA 2HDDA 2AHQA 3B6CA 1JGGA 3WHBA 4BY1J 3S2HJ 2NOGA 2W53A 3BG9A 5FKOA 2NP5A 5F0HA 2G7GA 3VVXA 4A3GJ 2HXIA 3Q0WA 4J19A 2TRTA 1UI5A 5K7FA 3VIBA 1POGA 5GP9A 3BR2A 3S15J 1IC8A 1AU7A 1D5YA 2GM4A 3O8HA 2O7TA 1JUSA 3RD3A 5C4JJ 2YUSA 3NARA 2XPUA 3JRBA 2EH3A 3LSJA 2HOSA 2K9QA 4MFDA 3S1NJ 2KT0A 1U9NA 3KZ9A 3TW7A 5EG0A 2JA7J 4DYQA 3VW1A 2DMTA 1QVTA 4JX4A 2FBQA 1MBJA 4JKZA 2PMZN 4V2FA 3M4OJ 1TC3C 3S1MJ 2EBIA 4M3EA 2HXOA 1TWGJ 4QSHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

5DD8A 3RQIA 1TBXA 2ECCA 2HDWA 5ILVA 3TP3A 2ZOYA 1ZLKA 1UI6A 3VOXA 1R1VA 3FK6A 4PJ0C 4G6DA 2DFIA 1TTYA 4XSXF 5IPAA 3V8JA 1IRGA 1Z77A 2O6GE 3GFIA 4P1WA 3Q9VA 1Z67A 3LFUA 2PG4A 3GFLA 4W97A 4UVBA 3CWRA 1WH7A 2P6SA 2Y31A 3K4NA 3R0AA 4ZYDA 4CZZA 4UDSA 1QU3A 4B1RA 4WK8F 5DS9A 4U9LA 5JR3A 2ZXWH 3WGGA 5B5EC 3OYNA 3BDDA 1I27A 1XX5A 3ZQFA 4CDGA 4C9YA 3K1MA 3HJEA 2CQ7A 1T98A 2V9PA 4ASNA 2PJRB 5FKMA 2RNGA 1LVAA 5DCMB 2V79A 3E7LA 4B8XA 1WJFA 5IOYA 4RAFA 3RPUA 2DG8A 1REPC 3COAC 2CQXA 3GF2A 3K8PC 2K40A 3G3ZA 1TP4A 3ZQLA 4HX4A 1F5TA 3RKQA 4KISA 5D5VB 2P5KA 3A0HC 4CUGA 2KIMA 2JUCA 2LDUA 2W57A 1U5TA 3VTIA 4P9FA 1DUXC 1DQUA 2PMUA 4UY8I 1AHDP 3LSIA 3QPSA 2PX9A 3TP0A 2VLAA 2ACJA 2X6YA 1UCRA 1XDSA 2LY2A 3AG1H 4PDKA 3DLLF 3BR1A 3KNWA 3S1QJ 2G7UA 1TWCJ 4CCMA 4RBOA 3EQLF 2BY3A 1D0XA 2KDZA 2P0WA 2R7QA 1SAXA 2XIGA 3DEUA 3BTCA 4Y7NJ 2EJRA 3Q9SA 5ICGA 1LEAA 5KK1A 3O6BB 3A2KA 3HIMA 3GVAA 3DCFA 3KEOA 5HLIA 3ON2A 2IBDA 3BTIA 2DA3A 3OS2A 5K7HA 3F6VA 4MFEA 2A6HF 4B3XA 3PPBA 3LMMA 2PZ9A 5IT3A 3K0LA 5FLXZ 2MYSA 4NB5A 5CW8A 3CQZJ 1WJDA 2H1LA 4HPQA 4DYRA 1XTAA 1QO0D 4N0BA 4HRIA 1USTA 2BV6A 3CCYA 3GTJJ 2B9SA 4BJTA 5FFXA 3E3VA 4EJOA 2IGMA 4CXFA 2M0MA 1IUFA 4C3IJ 5IT9K 4KJZA 4LB5A 1JHHA 3GWZA 1VQLI 2NYXA 3K4BA 2L0KA 4FASD 2XDNA 1ETVA 3FBIB 2LRDA 4LLNA 4CGZA 3KZIC 5F6FA 2Y9YA 3GEZA 2KRFA 2E1NA 4UUTA 2QQ9A 2AXTC 3CF2A 5EJCA 5HDNA 2XRLA 4XK4A 5IY5H 4ZYHA 3OYDA 4F93B 4CHUA 4AIDA 1ZKGA 2UXUA 3LA7A 2XVCA 4LIVA 2H27A 5FGLA 1TQMA 4GFLA 2DOFA 2OV7A 1X1AA 4EJVA 2R0QC 4JOMA 3VUQA 5LGUA 3NWSA 2KJCA 2F4OB 2VQLA 2WGBA 1U5TB 3I3LA 2VI6A 2OERA 5GPAA 4LG0A 2X6XA 3HGGA 2JA5J 3IAM2 3MAJA 3H5RA 2EZKA 2WAQN 1P7IA 4XKBA 1OMIA 1GUUA 2XF5A 4LGWA 1TWFJ 3CLOA 1UHMA 2PJPA 1B9NA 2BY1A 3NRVA 5CQEA 1ULYA 2KRCA 1IV6A 3I58A 3F8BA 5GAHJ 4NNJA 4M3BA 1VTNC 3L1PA 2M4KA 4DJAA 3P5JA 5J47A 1JTYA 1W5TA 2LKPA 4UVCA 1CF7A 1JT0A 2KIFA 2IRFG 3BNIA 3HTJA 3RJPA 2R7SA 2EZLA 3S16J 3KFWX 1T33A 2LNBA 3P7NA 4ZTJA 4V19K 3FXLA 2VJJA 2QSFX 1B72A 1JJ6C 1TW2A 1FY7A 3AL0C 2ESNA 3HB9A 4HOBA 3LWJA 3C3WA 3BG5A 3GTKJ 4KNYA 3GO5A 2EIMH 4KITB 1IZ1A 1VQ9I 1E3OC 5C3EJ 4L9VA 4CSWA 1HA8A 4XLEA 5IP7J 3QODA 1OLTA 3LA2A 1J75A 1FOXA 1IXCA 2BOLA 3K4KA 2A6TA 2OUMA 3RDIA 5AQCA 2K4JA 3H3UA 1P92A 4RB3C 4IL6C 4CICA 2OAZA 3H3ZA 1MH3A 4AIKA 3FRQA 5F0FA 2ZJ2A 3QAHA 3BZKA 2BYVE 1V3FA 2LY9A 3KP5A 3ZP5A 1RR8C 1NK3P 1PVEA 4MQ9F 4IHSA 2QOPA 2ZCXA 4PUSA 3FBNB 3HOSA 4ENKA 3ANPA 4GFBA 2JUGA 2EINH 2VODA 1L3LA 4D7NA 4UV9A 5AIPA 2BZTA 2GIVA 2XSJC 2IS4A 1TT0A 3F9KA 3IUOA 2R7TA 3AG2H 3C07A 2ETHA 1BOBA 1S7EA 2VB6A 1V5GA 3S93A 4Q47A 4ANJA 1Y56A 3CDHA 2CV0A 4KYWA 4U0WA 3BROA 3RTRA 4K2EA 1FP1D 1WJCA 2LP0A 4FX4A 2UXPA 4QTRA 3A03A 4A12A 3QP6A 4IRHA 2Y48A 4RGUA 5ILSA 4XRMA 2QTQA 5B1BH 1CF7B 5H6RA 2NVUB 4M9SA 1H9GA 1T56A 1UJ8A 3K9TA 4CCKA 1IG7A 2G0EA 3HBLA 3LSKA 4PGHA 3KP4A 2O61A 3VVYA 5LFAA 2CMPA 1B72B 3SWHA 4LFUA 4ZYAA 2TCTA 2ZXJA 1KU3A 1Z7LA 2MSYA 3WTVC 2NS8A 3VEPA 5GAGJ 2X51A 3HPHA 3PIOF 2OTJI 5LLQA 1ZGJA 1MD0A 3QU3A 2ZO4A 2E1MB 3QKXA 3PQJA 2ME0A 1HW1A 3CCSI 2NVTJ 4L5IA 4M71A 2ZB9A 1BW5A 3KIOA 2PMZA 1K83J 3BJOA 4IOAF 2QQBA 3EUPA 2WAQA 1R23A 1O3TA 2XKPA 4DZPA 3P9CA 1MMSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2YUS A;  3NAR A;  2XPU A;  3JRB A;  2EH3 A;  3LSJ A;  2HOS A;  2K9Q A;  4MFD A;  3S1N J;  2KT0 A;  1U9N A;  3KZ9 A;  3TW7 A;  5EG0 A;  2JA7 J;  4DYQ A;  3VW1 A;  2DMT A;  1QVT A;  4JX4 A;  2FBQ A;  1MBJ A;  4JKZ A;  2PMZ N;  4V2F A;  3M4O J;  1TC3 C;  3S1M J;  2EBI A;  4M3E A;  2HXO A;  1TWG J;  4QSH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1UCR A;  1XDS A;  2LY2 A;  3AG1 H;  4PDK A;  3DLL F;  3BR1 A;  3KNW A;  3S1Q J;  2G7U A;  1TWC J;  4CCM A;  4RBO A;  3EQL F;  2BY3 A;  1D0X A;  2KDZ A;  2P0W A;  2R7Q A;  1SAX A;  2XIG A;  3DEU A;  3BTC A;  4Y7N J;  2EJR A;  3Q9S A;  5ICG A;  1LEA A;  5KK1 A;  3O6B B;  3A2K A;  3HIM A;  3GVA A;  3DCF A;  3KEO A;  5HLI A;  3ON2 A;  2IBD A;  3BTI A;  2DA3 A;  3OS2 A;  5K7H A;  3F6V A;  4MFE A;  2A6H F;  4B3X A;  3PPB A;  3LMM A;  2PZ9 A;  5IT3 A;  3K0L A;  5FLX Z;  2MYS A;  4NB5 A;  5CW8 A;  3CQZ J;  1WJD A;  2H1L A;  4HPQ A;  4DYR A;  1XTA A;  1QO0 D;  4N0B A;  4HRI A;  1UST A;  2BV6 A;  3CCY A;  3GTJ J;  2B9S A;  4BJT A;  5FFX A;  3E3V A;  4EJO A;  2IGM A;  4CXF A;  2M0M A;  1IUF A;  4C3I J;  5IT9 K;  4KJZ A;  4LB5 A;  1JHH A;  3GWZ A;  1VQL I;  2NYX A;  3K4B A;  2L0K A;  4FAS D;  2XDN A;  1ETV A;  3FBI B;  2LRD A;  4LLN A;  4CGZ A;  3KZI C;  5F6F A;  2Y9Y A;  3GEZ A;  2KRF A;  2E1N A;  4UUT A;  2QQ9 A;  2AXT C;  3CF2 A;  5EJC A;  5HDN A;  2XRL A;  4XK4 A;  5IY5 H;  4ZYH A;  3OYD A;  4F93 B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2RAEA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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