4MO7A

Crystal structure of superantigen pfit
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
188
structure length
187
Chain Sequence
TDPESARGKLLQTAAHLFRNKGFERTTVRDLASAVGIQSGSIFHHFKSKDEILRAVMEETIHYNTAMMRASLEEASTVRERVLALIRELQSIMGGSGEAMAVLVYEWRSLSAEGQAHVLALRDVYEQIWLQVLGEAKAAGYIRGDVFITRRFLTGALSWTTTWFRAQGSLTLEELAEEALLMVLKSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Pfit is a structurally novel Crohn's disease-associated superantigen.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Pseudomonas fluorescens a506
molecule keywords Transcriptional regulator I2
total genus 74
structure length 187
sequence length 188
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.60 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Homeodomain-like 4mo7A01
1.10.357.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Tetracycline Repressor; domain 2 Tetracycline Repressor, domain 2 4mo7A02
5FLVA 3IUVA 2LTPA 1H89C 1VNDA 5FLMJ 3V78A 1B72A 3FISA 3PPBA 1IG7A 2QWTA 1U8BA 1HOMA 1G2HA 3PM1A 1X2MA 2NOGA 4CYCB 3K7AJ 3ANPA 4AC0A 3CRJA 4BXXJ 3CJDA 1TWHJ 2IU5A 3VOXA 4A69C 3S1RJ 9ANTA 2X9DA 2WGBA 4FE7A 4X6AJ 3G56A 2UXIA 1IV6A 3S17J 3LJLA 2EZLA 5HSZA 1NK2P 1QVTA 3S1QJ 2G7SA 4A93J 4XRSA 2PMZN 1MSEC 3VVZA 4IHYA 3BR6A 4A3EJ 2FBQA 2ECBA 5E3LA 1F36A 4C3HJ 2JA5J 3S1MJ 2LY9A 2V57A 1VI0A 2DA5A 1WCMJ 2CQXA 5H9TA 3HM5A 2JA7J 2OERA 2MSYA 3RZDJ 3GTLJ 3FK6A 2LP0A 4DZPA 4A3CJ 4V2GA 4CGRA 3A01A 3A03A 4FE4A 3B6CA 2EH3A 3ZQFA 1ETXA 5C4YA 3BQZA 3LSRA 3BTIA 1IDZA 4DYQA 3JSJA 3LSPA 1UI5A 3JRFA 2ZCMA 1JJ6C 2X48A 1ZQ3P 4DZJA 4J19A 1AKHA 2XSDC 1E3OC 2JJ7A 1JTYA 4M3BA 2Y9YA 1H88C 3HOVJ 2NP5A 2M34A 1X2NA 1UMQA 3DEWA 3RQIA 2TCTA 3QPLA 3M4OJ 4UDSA 3LHQA 2EZIA 1SANA 3I4NJ 5K7HA 3W6VA 2O7OA 3QKXA 4G12A 4Y52J 1DU6A 1APLC 5HAWA 4JP0A 2QOPA 5F0FA 1MSFC 1JUMA 1MBJA 3S5RA 3JR9A 3VVYA 4JKZA 3EUPA 5F04A 2L7MP 3FRQA 2JN6A 2IEKA 3BR2A 4RBOA 1Q1VA 4AYBN 1TWCJ 1ZKGA 5BNGA 2NVTJ 4XICA 3RZOJ 1T56A 2NP3A 3VW2A 3VVXA 3S16J 3HBLA 1MBEA 5K58A 3HTAA 1RKWA 5HODA 5M5YJ 1ZR4A 5CW8A 4JYKA 3B81A 5C44J 4B1RA 1T33A 1ZTRA 3FIWA 5E3NA 1U78A 1JT6A 1WPKA 4B4CA 3QQAA 3LOCA 5DTDA 3BR0A 4IHXA 4GFKA 3S14J 4GFLA 1IGNA 3L1PA 2Y30A 3VIBA 2DA7A 2O7TA 3JRBA 4JX5A 2AO9A 3BTJA 2YU9J 4I76A 3IH4A 3NAUA 4UUSA 3PO3J 1B72B 1JKOC 2DA6A 2RHAA 1POGA 2JMWA 3Q0UA 5GPAA 4BKXA 1NTCA 2CQQA 2XB0X 3ZQGA 4IHVA 3TP3A 1U9OA 2H1KA 3DCFA 5CXGA 3IH2A 4IHWA 2WV1A 3P9TA 2ZOZA 3BRUA 5F0CA 1QRYA 1S7EA 5M5XJ 3WHBA 2K9SA 1BL0A 5FKNA 1BA5A 5C4XJ 2VKEA 2WAQN 2IBDA 4DW6A 4UUTA 3EGQA 5C3EJ 2JWTA 2JK3A 1BW6A 1GV5A 1AU7A 5J1YA 2CUFA 2GUHA 2DMNA 2ECCA 3S15J 4D5CA 2FQ4A 2W53A 1PUFA 2M9HA 2ZCXA 2PZ9A 3LWJA 1LE8A 2P81A 4ABZA 3M3YJ 1FIAA 3BG5A 3H3VK 4B3AA 1FTTA 1WGXA 2VPRA 2E1OA 3BJBA 1IJWC 1SGMA 5IP6A 1TC3C 2Y0SN 3E7QA 4MFDA 2LD5A 4C2MJ 2NVYJ 1EF4A 1P7JA 1B8IA 2GBYA 3T6NA 1ITYA 3CQZJ 3KNWA 1U9NA 2LLKA 2DN0A 3BR3A 1YRNA 1LFUP 3A01B 1GV2A 4FISA 4JX6A 2WB1N 1TWFJ 1Y1WJ 2E19A 4A3KJ 3GTQJ 1MBKA 2GLOA 2LK2A 5J1UA 1ZR2A 1XS9A 1I3QJ 2NS8A 4M3DA 2JA8J 2QF7A 4QTRA 1I6HJ 2R5YA 3HE0A 4GCLA 4IEJA 1X58A 3JRCA 3OSFA 1QVUA 5EZGA 4XK4A 4S0HB 5F08A 3V6GA 1UG2A 1CQTA 4A3DJ 2E2IJ 4PXIA 3H0GJ 3G1LA 1VF9A 2M8GX 3HGYA 2FD5A 5IPAA 5IYDJ 3JRDA 3G1MA 4NN1A 3PASA 3VW0A 5HBUA 5EFYA 3ZQHA 1R9TJ 2ID3A 2XPVA 1JUSA 3HB9A 5EG0A 2K9NA 1Y1VJ 1W0UA 1ZGWA 4HKUA 2LFBA 1QPIA 2XPUA 4XRSG 2UXPA 3VUQA 3CDLA 3BHQA 2Q24A 2VUMJ 4ACIA 4W97A 1JUPA 1OFCX 4HNVA 3HDDA 1Z77A 5EYRA 2DMQA 1ENHA 3HGGA 2L7ZA 2D5VA 2HKUA 2K40A 4M3GA 2YS9A 3NNRA 4AUXA 3BCGA 3HTJA 3CWRA 1ETYA 2GM4A 4QIWN 2VI6A 5DS9A 4MK6A 3BNIA 4GFBA 2DA1A 2W48A 2R7ZJ 3MNLA 3I4MJ 4UUSB 4D5FA 3HTHA 3VPRA 5D1RA 2DJNA 2M0CA 3ZQIA 3G7RA 3COLA 5EEAA 3FK7A 5EDNA 2QTQA 2XDNA 1K83J 3O8GA 3Q3SA 2G7GA 1WH7A 2O8KA 1IC8A 3ON4A 2ID6A 2R5ZA 1K61A 1FIPA 4D7MA 2M2EA 2UXUA 3CMYA 4BY1J 3KKDA 2DG7A 5FMPA 3HIMA 3RH2A 1ETQA 1RPWA 3GTOJ 5F1JA 4JX4A 1PUFB 4A3MJ 1ETOA 3JRIA 4A3LJ 1WH5A 2MGQA 1LE8B 1ORKA 1MNMC 2DMTA 2ZCNA 1JKRC 2AHQA 3A02A 3HOXJ 3DPJA 5JLXA 3ZQCA 1DU0A 2YUSA 3O8HA 4JL3A 2NVXJ 3MVPA 5EGOA 3BTLA 3IV5A 1B8IB 1FEXA 2ELKA 3VW1A 3GTMJ 4A3GJ 2DG8A 2HDDA 2N8GA 1OJLA 3KKCA 3AQSA 2IAIA 4NDLA 5FJ8J 3PO2J 3GTJJ 3JRGA 1ETWA 2LR8A 2NX4A 2COBA 4EEFG 4I6ZA 4KWAA 3RD3A 1MBFA 2R5YB 1FTZA 3G1OA 3GTGJ 1JTXA 2O9LA 1UI6A 3S2HJ 2QIBA 2QCOA 4ME9A 2CU7A 3BT9A 2DMUA 5IOZA 5F27A 2REKA 4DYCA 1JJ8C 1XC5A 2OI8A 3BQYA 5EF6A 3BG3A 3C07A 2VKVA 2ME0A 3HTIA 3OOUA 2G0EA 2B63J 5M3MJ 5FKLA 3RKQA 4AF5A 2NVQJ 4A3JJ 4M3EA 5F0HA 2GENA 1NK3P 3BG9A 5C4JJ 5EZHA 5IP7J 5EG0B 1XG1A 1RESA 1W0TA 3GEUA 3GBGA 2XGDA 1RETA 4L5EA 1IRZA 4XIDA 4A3IJ 1AKHB 2FJ1A 1TWAJ 5IOYA 1IUFA 3BR1A 4JNNA 2L0KA 3QPSA 2E2JJ 5AQCA 1GUUA 3OIOA 4MO7A 3GZIA 3SFIA 5IYBJ 3O60A 2HXIA 5J3LA 1HF0A 3TEDA 3B6AA 3LSGA 1Z0XA 2OF7A 4M3FA 2EBIA 4W1UA 5FKOA 4A3BJ 3HEFA 1I50J 2Y2ZA 3VP5A 3CCYA 2ZOYA 1HCRA 2PBXA 5JLWA 2HOSA 3WHCA 3ON2A 4CYCA 1A6IA 2K9QA 2MW8A 1BJZA 3BR5A 3VOKA 3FKIJ 2XGEA 4BY7J 2I10A 2EZKA 2XRLA 2X6OA 5K7ZA 2RASA 1RR7A 3S1NJ 2XGCA 5FKMA 3BTCA 3NXCA 3HOUJ 1D5YA 3D1NI 2CRGA 3NARA 1MBHA 2OPTA 3MN2A 5FKKA 1A5JA 5E3OA 3HOWJ 3JRAA 3ZOBA 2QKOA 2Y9ZA 2EZHA 3TP0A 2JA6J 2ZB9A 2R5ZB 5M3FJ 2MG4A 2RAEA 2LKXA 1GDTA 3QBMA 1AHDP 2WUIA 5D19A 1H8AC 3MKLA 4MLOA 1ZK8A 1JT0A 2GFNA 4A3FJ 4FCYA 5DAJA 2R93J 4NELA 4BBRJ 2KT0A 1ETKA 2G7LA 2R0QC 2CJJA 1ETVA 1OCPA 1LFBA 3TW7A 1TWGJ 1JKPC 2F07A 3ZQLA 4AC6A 1HDDC 3ANGA 4FTHA 3S2DJ 2XPWA 5EGOB 3KZ9A 4C3JJ 4MIMA 4Y7NJ 1WI3A 1BW5A 4X1EA 5E3MA 1GT0C 3HOYJ 2KDZA 1JKQC 5CXIA 2R92J 3OSGA 2CUEA 5GPCA 4LOCA 3AQTA 3GTPJ 3Q0VA 2DTZA 1JGGA 1HDPA 1SFOJ 2DA4A 1FJLA 4QSHA 2HOTA 2HYTA 2UXOA 1MH3A 3GTKJ 3NPIA 4L62A 2TRTA 3C2BA 2YVHA 1IDYA 5M5WJ 1O4XA 4DYRA 1UHSA 3Q0WA 4GCTA 1F43A 4V2FA 5GP9A 4C3IJ 1RKTA 1GVDA 3F1BA 2HXOA 5K7FA 2G3BA 3LNQA 5IYCJ 2EQRA 3JREA 1P7IA 4XRMA 3IH3A 1OCTC 3UKGA 2H8RA 2ME6A 4ICHA 3HKZN 1YRNB 3JRHA 4RDUA 3E7LA 2Y31A 2HI3A 2L7FP 4BBSJ 2UXHA 3SDGA 5J1RA 5FHPA 2L9RA 1HLVA 3NRGA 3F0CA 1MBGA 2D6YA 2YVEA 4D7NA 2DA3A 2DA2A 2HYJA 1VFCA 2NS7A 3NI7A 3HOZJ 2XB5A 3LSJA 4MFEA 2HOAA 2FX0A 2HQ5A 5IP9J 4GCKA 3TW6A 4YZEA 4M6VA 1MH4A 2LVSA 3SJMA 4MXMA 5FGLA 2E2HJ 3K2AA 5D18A 2DMPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WX9A 3QRFF 3FXMA 3LSIA 1VNDA 4BACA 2DO7A 2K4BA 2RNJA 1IG7A 2M87A 4GO1A 1YS6A 4KJZA 3GYHX 5D8LB 3IKTA 4AIKA 1U8BA 3K2ZA 1HOMA 3TO9A 2NOGA 4CYCB 3GX4X 1T39A 3G2BA 4BXXJ 3CJDA 1YFHA 2IU5A 5KAIC 3VOXA 2PN6A 2O0YA 1YIOA 3H9GA 4G94A 1DPRA 2IRFG 4X6AJ 4ZYAA 2FNPA 5DD4A 4IOCF 4RB0A 2VJ4A 3S1QJ 2G7SA 3I5UA 1LDJA 2PMZN 4LGWA 1WKMA 4UVBA 3CESA 2A6HF 1Z67A 4XRFA 4B8XA 1F36A 4C3HJ 2JA5J 1YITI 4ZJZA 2LY9A 4BJTA 2F4OB 4M9ZA 2OERA 3HYIA 5CVJA 4A3CJ 2Z99A 3C2HA 3HPHA 3A01A 1BI3A 3A03A 3B6CA 1JHFA 5K1YA 3BQZA 1IDZA 5L3DA 3EQLF 1UI5A 3U2RA 3HSEA 2GA2A 4PSXA 4BHBA 3SZPA 3GMEA 4MTDA 2LBFA 4KYWA 2L5QA 1TBXA 4J19A 1HQCA 4L9VA 1JTYA 2HOEA 4J00A 2EPFA 3B73A 3UR3C 3QPLA 2QKMB 3WODF 1FC3A 5LHGA 1LJ9A 2HYGD 4CCNA 5K7HA 1JHHA 4I98B 4ZTJA 1Z6RA 3IUOA 2OQRA 1DU6A 1FT9A 4JP0A 3V7RA 1IUYA 3DPLC 5F0FA 2IS6A 1MMAA 2AXTC 4JKZA 1V4RA 5F04A 4IRIA 3CDHA 2JN6A 1V5FA 3FX3A 3EPZA 2DAOA 4AYBN 1B59A 2NVTJ 3RZOJ 4XICA 1TT5B 3VVXA 3K4MA 5K58A 2FBKA 3H5RA 4CCMA 5HODA 1VZ0A 1QPMA 3FBNB 5CW8A 4JYKA 2OQGA 2G7HA 1B9MA 3HG9A 2AS5F 3K4NA 1KZHA 2HR3A 3WG7H 4G8XA 4RM2A 1WPKA 1YW9A 4B4CA 2XASA 1HA8A 5DTDA 5ICFA 4KFCA 4GYIA 4L5JA 4RS8A 4GFKA 1EA3A 3NEUA 2X6XA 3TMOA 4AVZA 4YRVA 3LMMA 3HOTA 4JX5A 1SC7A 4KA4A 3NAUA 4N9HA 3EYYA 4KN4X 3FM3A 2P6SA 5LGNA 2XB0X 3TP3A 1U9OA 4B44A 2YX4A 5L3GA 2WV1A 3A0HC 3FXUA 1R22A 3KP7A 2ZNYA 2MH2A 3P9TA 3BRUA 1XGSA 1HKSA 1S7EA 5M5XJ 1RNLA 2FQ3A 3GLLA 5CQEA 1FOYA 2CW8A 3QP6A 1R1VA 4NC8A 5C4XJ 4BE1A 2V79A 4UY8I 1N25A 1XMXA 3AKZA 2JWTA 4CYDA 4I0BA 3F22A 2JK3A 2D2WA 1GV5A 4HV5A 5HS7A 4XKBA 2QEXI 2IPQX 2DMNA 2ECCA 4D5CA 2ZCXA 2CFXA 3KZYA 5FRNA 5LFAA 5LRRA 3H35A 2G9WA 2VPRA 2E1OA 4GDFA 1HW1A 1SGMA 1TLHB 2KP6A 1TC3C 2Y0SN 1OKRA 2P0WA 5HS8A 4C2MJ 1ZGJA 2BVLA 3BG6A 4CCKA 1XMAA 1ITYA 1E0EA 3WU0A 1YRNA 1GV2A 2LKPA 3DKXA 4FISA 4JX6A 5HNHA 1U8RA 2CV0A 4CDGA 3AL0C 2EFQA 3BOQA 5D5WB 3SYTA 5CVRA 3J81Z 3IL2A 1BI1A 2L4MA 2NS8A 2KL4A 3BDDA 5FD5A 1I6HJ 1TQIA 3KLOA 4S0HB 2HEOA 3F8CA 4CZCA 3V6GA 1UG2A 2XGXA 1YJWI 3U1KA 3L2CA 2EIKH 4PFOA 2DPDA 1OYYA 1E2XA 5IYDJ 3OYBA 2CGPA 1J59A 3J7ZI 5E8IA 3OYEA 4NNJA 5LGUA 3OMYA 5HBUA 3PNYA 3A0BC 1QZZA 4DJAA 2ZSIB 1B4AA 2NNYA 1LDDA 3RTRA 3HB9A 4IPAA 5EG0A 1ZGWA 2OD5A 2M5WA 4PGHA 2XPUA 4PZJA 4RA2A 2UXPA 3CDLA 3VUQA 1IN7A 3BHQA 2UV1A 2Q24A 1DP7P 1FOKA 1BJAA 4EJWA 1SFXA 3SXYA 4ACIA 1OFCX 2B7EA 1IW7F 1R6RA 1ZG5A 4IRHA 4NUBA 5EYRA 2GZWA 4PJLA 5L3FA 1T8IA 3IAM2 1WVRA 2XHKA 3WTZA 2D5VA 3LWFA 5JHFA 4HA8A 2EJRA 2OCEA 3D5LA 1G3TA 3T5XA 5H6QA 1RI7A 3HTJA 5FO5A 2DK8A 4IL6C 3KZIC 3H1CA 3T8RA 2R7ZJ 3MNLA 4UUSB 3ELKA 4NQWA 3RYRA 2AXLA 1BC8C 2M0CA 1IF1A 4EVIA 2VQGA 2KKOA 1UB9A 1MMSA 3FK7A 5EDNA 1K83J 1YQAA 1IZ1A 4BDYA 3GEZA 1JI8A 2A69F 3WG9A 4RM3A 5J4YA 1FZPB 1FIPA 3GLXA 1I1GA 2UXUA 3H36A 1SAXA 2EFNA 3ISPA 1XTAA 1WJDA 1KYWA 5F1JA 2LREA 2IA1A 3FWEA 3OV8A 1DGWY 4A5NA 1PUFB 3RKWA 4EATA 1LVKA 2DMTA 1MNMC 2AHQA 2K7LA 4G7ZF 3DPJA 3K1MA 3CO6C 2GXAA 1XDSA 3HRSA 2VASA 3DWLE 3O8HA 4ON0A 2XVCA 4HSTA 4BQQA 4AM3A 4J01A 4KT5C 1R49A 2Y75A 1NG6A 1XB4A 1TW2A 1Y6IA 2PMHA 2VJJA 4E7HA 1NH3A 1VQPI 3M1CA 3GTMJ 2DG8A 1L0OC 4S05A 3GFLA 3KKCA 1EH6A 1S8NA 4NDLA 3LFUA 5JHUA 2V9KA 2QYOA 4G6TB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WX9 A;  3QRF F;  3FXM A;  3LSI A;  1VND A;  4BAC A;  2DO7 A;  2K4B A;  2RNJ A;  1IG7 A;  2M87 A;  4GO1 A;  1YS6 A;  4KJZ A;  3GYH X;  5D8L B;  3IKT A;  4AIK A;  1U8B A;  3K2Z A;  1HOM A;  3TO9 A;  2NOG A;  4CYC B;  3GX4 X;  1T39 A;  3G2B A;  4BXX J;  3CJD A;  1YFH A;  2IU5 A;  5KAI C;  3VOX A;  2PN6 A;  2O0Y A;  1YIO A;  3H9G A;  4G94 A;  1DPR A;  2IRF G;  4X6A J;  4ZYA A;  2FNP A;  5DD4 A;  4IOC F;  4RB0 A;  2VJ4 A;  3S1Q J;  2G7S A;  3I5U A;  1LDJ A;  2PMZ N;  4LGW A;  1WKM A;  4UVB A;  3CES A;  2A6H F;  1Z67 A;  4XRF A;  4B8X A;  1F36 A;  4C3H J;  2JA5 J;  1YIT I;  4ZJZ A;  2LY9 A;  4BJT A;  2F4O B;  4M9Z A;  2OER A;  3HYI A;  5CVJ A;  4A3C J;  2Z99 A;  3C2H A;  3HPH A;  3A01 A;  1BI3 A;  3A03 A;  3B6C A;  1JHF A;  5K1Y A;  3BQZ A;  1IDZ A;  5L3D A;  3EQL F;  1UI5 A;  3U2R A;  3HSE A;  2GA2 A;  4PSX A;  4BHB A;  3SZP A;  3GME A;  4MTD A;  2LBF A;  4KYW A;  2L5Q A;  1TBX A;  4J19 A;  1HQC A;  4L9V A;  1JTY A;  2HOE A;  4J00 A;  2EPF A;  3B73 A;  3UR3 C;  3QPL A;  2QKM B;  3WOD F;  1FC3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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