1IG9A

Structure of the replicating complex of a pol alpha family dna polymerase
Total Genus 305
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
305
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the Replicating Complex of a Pol Alpha Family DNA Polymerase
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords 5'-D(*AP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*CP*CP*GP*CP*G)-
total genus 305
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1ig9A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1ig9A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ig9A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1ig9A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1ig9A03
1BIUA 1Z26A 5J2QA 3ASMA 5FRMA 4KKOA 2X6NA 4FLTA 4CJUA 1BI4B 1EXQA 4I2PA 4LY7A 4CJSA 3QO9A 4DSLA 1ZBIA 2IOCA 1WSHA 1QHTA 3RMAA 2PYLA 4OJRA 3RR7A 4RW9A 4AHCA 1J54A 4FW1A 3L3VA 3C6TA 3KIOA 4CJRA 3MAQA 4BACA 1LWFA 5KTQA 1VSDA 4CGIA 2IS3A 3T19A 4CEEA 4FJNA 2E6LA 3P5JA 4Y1DA 3ZSRA 4AHSA 2ETJA 3VQDA 4B9LA 4KI6A 4J2DA 2DFEA 4E7LA 2F8TA 4F3TA 2KQ2A 4M3ZA 3AVKA 4FZXC 3V9ZA 3WNHA 1A5WA 2X78A 2QKBA 1C0MA 3F9KA 3B6OA 3EY1A 1ZBHA 4DTNA 3RMDA 4FJLA 4XIUA 1BHLA 4KTZA 1ASUA 3S3MA 1TL1A 3NH2A 4O55A 1CZ9A 1WSJA 1S6PA 1ASWA 2Y1IA 1LAWA 2YKNA 3IG1A 2HB5A 4BE1A 3TAQA 3AVFA 4M41A 1Q8IA 3PO5A 1BIZA 3SQ2A 4KAZA 3AVAA 4CF8A 3VQEA 4JRQA 3VQ4A 1TKDA 3S9HA 4DTMA 1LWEA 4L8RB 4H4OA 3SPYA 4DSJA 3HJFA 1JLBA 4DS4A 3H08A 1D9DA 4W5NA 1C0TA 1Y97A 2B5JA 2ITGA 3LPTA 4O44A 4FVMA 5FROA 2HHVA 2KFNA 4E7IA 3NHGA 3NF9A 1FKOA 3WNFA 1RBVA 1TK8A 3A2FA 4PUOA 4Z4EA 4NYNA 4C8OA 3K5MA 3E01A 4G1QA 4J2BA 2DTUA 2KW4A 3M8PA 2YV0X 3VQ7A 3AV9A 2A1SA 3AVHA 1ZBUA 3QEVA 3SNNA 2GBZA 4CE9A 3V4IA 3LAMA 2QK9A 3G10A 3V1QA 1TAUA 3S3NA 5K14A 4IFVA 3LANA 1KRPA 3LWLA 3SUNA 4FLYA 1B92A 4I2QA 1XC9A 3TABA 4ZHRA 3ITHA 3RWUA 4KHNA 2BGGA 3OJUA 3SI6A 2D0BA 2OPRA 3L2WA 3TAMA 3AA2A 3VA3A 3PV8A 4KTQA 1WAJA 1RNHA 1S1TA 3JSMA 3KD5E 1SV5A 4KHWA 5HP1A 1X9WA 4QOZB 1LV5A 4CJEA 4E1NA 1NK8A 4DTRA 4W5QA 3QESA 4FLWA 1YT3A 1REVA 4CF1A 1NJZA 1SKRA 3AVIA 1L3SA 4FK4A 2W42A 2HHSA 3QEWA 4HTUA 1VSFA 4CJVA 3K58A 3CFPA 1BQNA 3AVLA 3OYDA 4FM0A 3QINA 2P5OA 3V9XA 4FJ7A 3SQ1A 4FJIA 2F96A 4WE1A 4B3OA 4CK1A 2Z1IA 1ASVA 3HPOA 3V9SA 4J2EA 4IG0A 1KLNA 1VK0A 1ZYQA 1VSLA 3OYBA 2A1RA 1NJXA 3ISNC 3DM2A 1X1PA 5CY4A 1L3UA 5DMRA 1WNSA 2G8WA 2YNFA 4Z4IA 3AA3A 1CLQA 4DSFA 1BCMA 1IKXA 1CXQA 2RN2A 3V1RA 4FZZA 2YHBA 1JLCA 3CYMA 1NKCA 1XI1A 3CQ8A 1NK7A 1S9EA 1BI4A 2ZQBA 4DTJA 5HBMA 3NH1A 3NGIA 2Y1JA 4KREA 3NF8A 4CGDA 4CFBA 1IKVA 2OPPA 4CHNA 3BDPA 4HHTA 2XY7A 3MEDA 4NYFA 1UOCA 5KRTA 3K5NA 2XY5A 2P5GA 3ZSZA 3OYLA 1MU2A 2EHGA 1XWLA 3NFAA 5FDLA 3TARA 4DTOA 3L8BA 3K57A 3TAFA 1ZBLA 1NJWA 4Z4FA 2XY8A 3IRXA 3CM5A 1RILA 2HVHA 2YKMA 5J2PA 3V81A 1RT5A 4CEAA 4F8RA 1FK9A 1L5UA 1HYSA 1SL0A 2HMIA 4B8AB 5HRPA 1VSJA 3D0PA 2HNYA 3HPGA 1YTAA 1WSGA 1XHZA 2Z1JA 3SV3A 4BDZA 5EU7A 3AO5A 1KCFA 3EZ5A 3AVMA 3L2RA 4DLGA 4FXDA 2B6AA 1S1XA 4M3UA 1FXXA 5J2NA 2HW3A 4CJWA 1FKPA 2G8IA 4CGGA 3TAGA 3OS1A 5JS1A 1JXEA 4GVMA 2KZZA 1JL1A 2NUBA 4BWMA 3WNGA 3RMCA 3MECA 3P1GA 2D5RA 1I3AA 3HM9A 4CHZA 4KB1A 1LW0A 3VQ5A 1S1UA 3S3OA 3K5OA 4B8CA 4ZTFA 3NAEA 5CYMA 3OYAA 1TAQA 1GOBA 3OYFA 3VQ8A 4LSNA 4CESA 1HJRA 3L3UA 3T3FA 4LSLA 1RTIA 1UAXA 4OPKA 3RR8A 4BE2A 3TAPA 2G8HA 1VRUA 4EP5A 4CFCA 4DQSA 4RW4A 4FJHA 1A5XA 3KKRA 4CJPA 3SV4A 4C8LA 4FJGA 4KO0A 4O5BA 2YNHA 3SUOA 3QNOA 1JKHA 4CHPA 1N6QA 5KRSA 3OYHA 4CJ5A 4CJ3A 2LSNA 3SYZA 3NH0A 4FK2A 3C94A 3OVNA 4OLAA 3LALA 3DRSA 3V9WA 5KGXA 1KVCA 4YNQA 4UQGA 3RMBA 1Q9YA 2FBTA 2IC3A 1S9GA 1TKZA 5FRNA 4F4KA 4CF9A 4DFKA 3BGRA 3ZSYA 4DS5A 4BE0A 3OYNA 1SL2A 3IS9A 4F2SA 4B9NA 4N56A 1SKWA 2F8SA 1J53A 3AO2A 4CF0A 1N5YA 4E89A 3KLGA 4DMNA 3TR8A 1D9FA 4ELTA 4FLZA 1G15A 2E6MA 4DFMA 1HYZA 2OA8A 3AVNA 1C0UA 3ZSVA 5I3UA 1KSPA 3PUFA 1NK6A 1L3VA 4O0JA 4BWJA 2IAJA 1RDBA 1T05A 3DRRA 4HVJA 3C6UA 1XHXA 2PY5A 1UA1A 3PX6A 1NK4A 1UWBA 4M3TA 3I0RA 3KLHA 3NCIA 3FFIA 4N5SA 3RTVA 4Q0BA 1WSIA 1NKBA 1TKXA 3TWHA 1YVUA 3VN5A 1T03A 2YNIA 4DSEA 4DSIA 3ZSWA 4C8NA 4CHOA 2KTQA 3O4NA 4KHSA 1W9HA 1JLFA 1T7PA 3DYAA 4M3WA 2D0CA 1EKEA 2DFHA 4FM1A 3CFRA 3QIOA 3KD1E 1U45A 3QETA 1KVAA 4M42A 3O4QA 1HNIA 1BGXT 2ZD1A 3ZCMA 1Z25A 4DTPA 3QERA 4M3YA 1GOCA 1HMVA 2QXFA 4OVLA 3ZT3A 4AHUA 3SQ0A 4CJ4A 3M8SA 4LD0A 3VQBA 2EX3A 2X6SA 3U3YA 3AVCA 4Z0UA 3T1AA 5KGWA 3WNEA 4YFUA 4E7JA 2VWJA 4MFBA 2G8KA 4KHYA 4Z4HA 3ZT0A 3HXMA 4Q5VA 1S1WA 4B9UA 4OKJA 1JLEA 1WSFA 3DMJA 4CJQA 3ZT4A 1SUQA 2OZSA 4ICLA 4HUEA 1X9MA 4FM2A 2VWKA 1U49A 3SQ4A 4FJ9A 4KV8A 4FK0A 3KKSA 4CGJA 4W5TA 3SUPA 3OS0A 1BISA 1RCHA 4DSKA 3AO3A 4CIEA 4PY5A 4NCAA 3QIPA 4CEBA 3OYGA 1KTQA 3O3FA 2HHUA 2HHXA 5CYQA 4FLXA 3PX4A 3PO4A 3M8QA 3SPZA 2HNZA 1NKEA 4KB0A 4CF2A 4DQPA 2FBVA 1S5JA 3L2QA 2DY4A 4CFAA 3HO1A 4AHVA 1RBUA 1HQUA 3QEIA 1QE1A 2OPQA 4O0IA 3KLEA 2QKKA 1U4BA 4B9SA 3KK1A 1S1VA 2I5JA 4DWIA 3MEGA 3OY9A 3MXJA 3LP0A 5SZTA 1VSKA 2VG7A 3LP3A 4RG8A 2O4GA 4DFPA 4ELVA 4CJLA 1HNVA 2GV9A 2R7YA 2JLEA 4FLUA 4DF8A 3CG7A 1TK0A 1NK0A 1RT7A 4E3SA 4ID1A 2X74A 4DFJA 2D0AA 2G8VA 3F73A 3SJJA 1RT4A 2RPIA 2Q3SA 3ZSOA 3NF6A 2WOMA 4ID5A 3M8RA 4B9MA 3V9UA 3MEEA 1QS4A 3OYEA 3VQAA 1JL2A 5I42A 3AVJA 1HRHA 4CEDA 4CIGA 4KI4A 1R0AA 4TSXA 1W0HA 2DFFA 1ZBFA 3EYZA 2VG5A 3LPUA 4CIFA 1C1CA 4N41A 4FJKA 4DTSA 3HYFA 1F21A 4DQQA 2IDOA 5SWMA 3AVGA 1TL3A 3LDSA 3VQ9A 2O4IA 2FBYA 1VSMA 1BL3A 3ZSXA 4DQRA 4FZYA 1B9DA 3DOKA 3ZSQA 4CJFA 3AVBA 1RDAA 4CGFA 2HVIA 1EX4A 3LP2A 2OYQA 1RBSA 4DQIA 3NF7A 1NK9A 4IFYA 3QEPA 4FCYA 3KLFA 1NOYA 4I7FA 3CM6A 3V1OA 3KK3A 1QTMA 1QSSA 5J2MA 1U04A 1IKWA 1RT3A 2WONA 1TKTA 1NOZA 4N47A 4W5OA 3MXIA 2HHWA 4CHYA 1DTTA 3K59A 4F2RA 1WN7A 1TK5A 5D3GA 1RTDA 3SZ2A 3K5LA 4QAGA 1QSYA 1VSHA 4NCGA 4KHQA 5T7BA 1C1BA 3DLGA 4KTWA 5CZ2A 3OYCA 4OKEA 3V6DA 2HHQA 3OYJA 3CFOA 1TVRA 2RKIA 3NDKA 1EP4A 4B9TA 4JRPA 4CERA 1QSLA 4JLHA 2XHBA 2XO7A 2Z1HA 1J9AA 2FC0A 4KFBA 4PQUA 3HPHA 4FYDA 2KFZA 3LWMA 1VSIA 2P51A 5HROA 3LZJA 4DU3A 3MXMA 4KHUA 2VG6A 3U6FA 3QLHA 4M3XA 3HP6A 1HPZA 4E7HA 4AILC 2JGUA 3RRHA 2ATQA 4FJXA 3B6PA 3NBPA 1J5OA 4DTXA 1KFDA 4N76A 3OJSA 3KLIA 2OPSA 4OGEA 5C24A 1HQEA 2RF2A 3NGYA 4DG1A 4OGCA 4JS5A 1SKSA 3THVA 1RT2A 1U47A 1I39A 2YHAA 4EP4A 4CK2A 1KFSA 3NGZA 3DLBA 2PYJA 4I9QA 4CK3A 1RT6A 3TAEA 4HCCA 1LAVA 1BQMA 2IGIA 4RW6A 2AJQA 4PA1A 4F3OA 2E4LA 3VQPA 1TV6A 4JS4A 3ULDA 3P83D 3AA4A 4CJTA 1SL1A 4IDKA 4NCBA 4K8ZA 4KRFA 3I0SA 2XRIA 2GUIA 2ZE2A 1QQCA 4CCHA 5CZ1A 3C95A 4Y1CA 1CXUA 1HYVA 5KI6A 4CEFA 1YTUA 1BCOA 3HSTB 1Q9XA 1KLMA 4LH4A 1D5AA 2BE2A 5HRSA 1CZBA 3LP1A 4W5RA 3KTQA 5DK5A 3ZT2A 4AHTA 4HCBA 4ELUA 1L3TA 2B4JA 3NE6A 3QEXA 2YNGA 3PY8A 4AH9A 4E0DA 3O3HA 3OS2A 1T8EA 3HK2A 3VA0A 1WAFA 1S6QA 1ITGA 3L2UA 3VQCA 4J2AA 2G8FA 3DI6A 5C25A 2BDPA 3OYMA 2G8UA 1TGOA 4FJ8A 1JLAA 4M45A 4CGHA 4M3RA 4OKKA 5E41A 5C42A 1UA0A 2HNDA 4GW6A 2PZSA 1RDDA 4C8MA 4EZ6A 2OZMA 3LZIA 4FJ5A 1DLOA 4LH5A 4CJKA 4DTUA 4CECA 3IAYA 4DU1A 4QCLA 3DLEA 3DLKA 4KPYA 4K8XA 4H8KA 4E1MA 1IKYA 1RTHA 4DU4A 5HLFA 4ZTJA 4EZ9A 3DLHA 3U3GA 1A5VA 3QNNA 1IH7A 4HUGA 1D8YA 1RBRA 4MQ3A 3TI0A 4IG3A 1IG9A 3DLRA 3ALYA 4CEOA 3AO4A 3TANA 3PX0A 1C6VA 4H4MA 4FJMA 3SUQA 5HRNA 3VQ6A 1JLGA 1RDCA 3DRPA 3OYKA 4DLEA 2KZMA 4I9LA 1JLQA 4GMJB 5HRRA 3KK2A 3HVTA 4Z4GA 4FJJA 4O4GA 4CEQA 4Z4CA 4BDPA 3K2PA 4E7KA 1RT1A 1WSEA 1DTQA 2P1JA 4B08A 3UIQA 3RRGA 1U48A 3HP9A 3HVRA 4IKFA 3ZT1A 4CFDA 2BANA 1C1AA 4B9VA 1RBTA 4AHRA 1LW2A 1VRTA 3G0ZA 1IO2A 4DF4A 1LWCA 4OPJA 3JYTA 3OYIA 1NJYA 4C8KA 3HT3A 2XY6A 5JS2A 3HL8A 1JXBA 4E19A 1KVBA 1NK5A 4CHQA 5J1EA 4RW8A 2HHTA 1B9FA 4OLBA 1GOAA 4PWDA 3KJVA 1VSEA 3SCXA 4FLVA 2FBXA 3D45A 3LAKA 1RTJA 1O1WA 1EETA 1K6YA 3VQQA 4R5PA 3AA5X 4FW2A 3I8DA 4HUFA 3DOLA 4BDYA 4RW7A 2Z1GA 1WLJA 3AO1A 3O3GA 1X9SA 4IBNA 3L2VA 4CEZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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