1IH7A

High-resolution structure of apo rb69 dna polymerase
Total Genus 303
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
303
sequence length
903
structure length
897
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the Replicating Complex of a Pol alpha Family DNA Polymerase
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA POLYMERASE
molecule tags Transferase
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 303
structure length 897
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-04-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1ih7A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1ih7A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ih7A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1ih7A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1ih7A03
4E19A 1BGXT 1WNSA 3SJJA 1CXQA 4J2DA 2BANA 4LD0A 3DLHA 1B9DA 1RDAA 1SV5A 2VWJA 1O1WA 4DQRA 1ZBLA 3AA5X 1R0AA 2NUBA 1TGOA 1XC9A 4CFDA 1HRHA 1WLJA 3L2QA 1UA1A 1TKXA 1ZBUA 1NK6A 4E0DA 3KK1A 3ZSQA 4Z4HA 3THVA 3SUNA 5KI6A 3MXMA 1VSHA 4Z4CA 5J1EA 1RBSA 4Z4EA 2AJQA 2A1SA 3VQ7A 4CGFA 1TKTA 3KLFA 4FJIA 1Z25A 2ITGA 3OYBA 2HNYA 3KLGA 4BDYA 3SPZA 3AVCA 4XIUA 2QK9A 1XI1A 1QHTA 3LDSA 3AVIA 4AHTA 4FXDA 3LP3A 4I9QA 3OYCA 4FK0A 3VQQA 1RDBA 1LWCA 3DMJA 3WNFA 4HUGA 4IG0A 4E7HA 3KLEA 4OPJA 4DQPA 4Z4FA 4HHTA 4OLBA 4KFBA 1LAWA 1JXEA 1LW0A 4KHWA 3IRXA 3LWMA 3DLGA 3D0PA 4NYNA 4FLVA 1IG9A 4CFAA 1TAUA 4CJEA 5SWMA 3DLKA 3M8QA 2X74A 3QO9A 2P5OA 1EX4A 1XHXA 5I3UA 4KHNA 4FJHA 4CJFA 3IS9A 3NH0A 1XHZA 2E4LA 1N5YA 1SL1A 1U49A 1GOCA 4CF8A 1SL2A 5CZ1A 2HHUA 1IKVA 2VG5A 4ICLA 4W5TA 2BGGA 4QOZB 4N41A 4FYDA 3BDPA 1A5VA 1TV6A 3OJSA 1BIUA 3F73A 4BE0A 3ZT3A 4DSIA 3V81A 3M8SA 2LSNA 4CHPA 4BDZA 4CHQA 4J2AA 4M3ZA 2X6NA 3AO4A 1TL3A 4CJQA 2WONA 3CFOA 2I5JA 4GVMA 3K5MA 4N47A 3LANA 2QXFA 2OZMA 3HP9A 1JL2A 1WAJA 3KIOA 3TAGA 4IBNA 4FJ5A 2RPIA 4RW9A 4IFVA 3SUPA 5I42A 3C94A 1ZBIA 3NFAA 4DF4A 3NAEA 4RW7A 3KTQA 1RDCA 3M8PA 1VSMA 2EHGA 3MXJA 4AHRA 4CHYA 4HUEA 4M3YA 4LSNA 4NCGA 1W0HA 2O4GA 1L3UA 3CQ8A 3S3NA 3K5NA 3KD1E 1G15A 1VSFA 4FW2A 3CFRA 3B6PA 3V9XA 1S9EA 1I3AA 4B08A 3ZT4A 3HK2A 1D9FA 1N6QA 4CFCA 4IG3A 3OYNA 1CZ9A 4DLGA 1S1XA 4FJLA 1VSIA 3PY8A 3QEVA 3VA0A 2OA8A 4M42A 1GOBA 1SUQA 1BISA 4F3OA 1GOAA 2EX3A 1BHLA 4OVLA 4CF1A 4EP4A 3LWLA 4LY7A 2W42A 2R7YA 4DTXA 1L3TA 4BWJA 5KGWA 4C8LA 2XO7A 3KJVA 1HQEA 3MAQA 3M8RA 4CJRA 4OPKA 4FJNA 3RWUA 2X78A 3LAMA 3ZSWA 4M3UA 3CYMA 1VSLA 2XY8A 3AVNA 3C6UA 4J2EA 3LAKA 3NGZA 4I9LA 4DU1A 4B8CA 3TI0A 3K2PA 1T7PA 3HM9A 3MECA 4KHUA 4FM1A 4FLXA 1RCHA 3VQCA 3HXMA 3WNHA 3SNNA 1WSIA 5FDLA 1NJXA 3P83D 4PY5A 1VRTA 3HJFA 4LH4A 1NJYA 3SI6A 4PQUA 3DLRA 2BDPA 4DG1A 4E7IA 1ASVA 2D5RA 1RT2A 3VQAA 2DTUA 3WNEA 3L3VA 3SQ4A 1TKZA 3DLBA 3DOLA 4KTZA 4W5QA 1S1VA 1L3VA 4FW1A 2O4IA 4HUFA 1BCOA 2HHSA 1S9GA 3AA2A 5J2QA 2GUIA 4N76A 4CK1A 5HRRA 1QSSA 1BQNA 4O0JA 4Y1DA 1U45A 4KRFA 3QEWA 2FBXA 4AHUA 1IH7A 3AV9A 4CEOA 1NOZA 1IKXA 3ZT2A 3EZ5A 1ASUA 2OYQA 1NK4A 1HYVA 4B3OA 2E6MA 4RW8A 3HP6A 3BGRA 4JLHA 3DI6A 3AVHA 4Z4IA 1X9SA 4O4GA 2A1RA 2YHBA 2XHBA 4CEEA 4F2SA 1WSEA 3K5OA 5C24A 1TK5A 2HNZA 3S3MA 1NJWA 1K6YA 1D8YA 3TR8A 4RW6A 1SKSA 1T05A 4F3TA 4KI4A 3DRSA 3LZJA 3JYTA 1X9MA 1EETA 4K8XA 1WAFA 2JLEA 1EXQA 2PYJA 1Q9XA 3C6TA 3PUFA 4IFYA 3OS1A 2VWKA 1JKHA 3OYFA 3VA3A 2HMIA 4M45A 3VQ5A 5J2PA 3OYJA 4ELVA 3V9ZA 3AVMA 4HTUA 5KRSA 3S3OA 1IKWA 1KFDA 4CJ3A 3O3HA 2OPRA 5EU7A 4CGHA 4DTNA 3AA4A 2YNIA 4I2QA 3RMCA 1DTQA 4CFBA 2F8SA 4Q5VA 3TABA 2QKKA 3SV3A 2ATQA 1EP4A 1FKPA 3B6OA 4Y1CA 2PY5A 4GMJB 1X1PA 1LWFA 3SCXA 1NK5A 4F4KA 1KRPA 3LALA 3U6FA 4KV8A 4CJSA 2HHXA 1D9DA 2P51A 1HPZA 3SV4A 2ZQBA 2HHWA 1L3SA 1DLOA 1HNIA 1LW2A 1ITGA 1ZBFA 4N5SA 1KVCA 1WSHA 2KW4A 3QIOA 4K8ZA 3KKSA 2BE2A 5C42A 3KLIA 3ZSVA 1U47A 1Q8IA 4EZ9A 5SZTA 2HHTA 3AVJA 4KREA 3NE6A 2GBZA 1C0TA 5KRTA 4Z4GA 4FJKA 4FJGA 2Q3SA 3HSTB 4CHZA 2E6LA 3QERA 1BI4A 3NF6A 4E1MA 1NK8A 4FZXC 2P5GA 4KB1A 1C0MA 4AILC 1NK9A 1YTUA 4OKKA 4B9NA 1VK0A 1ASWA 3OYAA 4FLUA 3UIQA 5E41A 4BDPA 1S5JA 3MEEA 4H8KA 3OYKA 5DK5A 3OYIA 1L5UA 2F8TA 4YFUA 2D0CA 3V1OA 2D0AA 2KQ2A 2XRIA 3SPYA 4CJVA 3RR7A 4O0IA 1BL3A 1T8EA 1DTTA 5HLFA 4DTMA 4B9UA 3S9HA 2XY7A 4DU4A 2FBYA 4DTUA 2HB5A 3DLEA 1RDDA 4CESA 5J2NA 3MXIA 4FK2A 2RF2A 4RW4A 1C1AA 4DU3A 3VQ6A 4CJ4A 3NDKA 5KTQA 1J53A 4CEZA 4MFBA 3NF9A 3ZSXA 4CJLA 5FROA 2DY4A 4DSFA 4DFMA 3LP2A 4DS5A 1HQUA 4CGJA 3QESA 5KGXA 5FRMA 2DFHA 3HVTA 1I39A 2YHAA 4BACA 4B9LA 4CGDA 1NKCA 4ZTFA 4KTQA 2HW3A 3O4NA 3D45A 4FVMA 3KLHA 3ZSZA 4TSXA 3AO1A 2HHQA 1NK7A 4M3RA 4KHYA 1UAXA 2F96A 5CZ2A 3QEXA 3QNNA 3LPTA 5DMRA 1U48A 2KFZA 1CXUA 2IGIA 3CG7A 4CGGA 2ETJA 2Z1JA 2YKMA 1C6VA 3K58A 2GV9A 3ZSRA 2B6AA 2VG7A 3PO5A 5C25A 1C1CA 1KCFA 1QS4A 1WSJA 4E7LA 4DLEA 5HP1A 1LV5A 4GW6A 4OJRA 3PX6A 3TAMA 1KLMA 3QEPA 1CZBA 3P1GA 4FJMA 3H08A 4FLYA 1KVBA 1B9FA 3NGYA 4LSLA 3HT3A 4O55A 4B9VA 1J5OA 1RTDA 4FJJA 4CF9A 4OGCA 1KSPA 1UOCA 3QNOA 2OZSA 2OPSA 4FLTA 3OJUA 3L2UA 1NJZA 4F8RA 4FZZA 3HO1A 4KHSA 2IAJA 3NH1A 3KD5E 4DSEA 1NKEA 4C8OA 3TAEA 3A2FA 3HYFA 3O4QA 4FM0A 4H4OA 2FBTA 3K57A 1EKEA 2G8KA 2KFNA 3L3UA 4BE1A 1C0UA 3ZSOA 3I0SA 1S1TA 2IDOA 4FJ7A 1RBVA 2HNDA 4O44A 2XY5A 1RBRA 5D3GA 2RKIA 1SKRA 1HNVA 1XWLA 3SQ0A 4C8KA 4I2PA 3ZT0A 4KHQA 2Z1HA 3NBPA 4CEDA 3V9WA 3ITHA 3V4IA 4YNQA 1JLAA 4O5BA 3RR8A 3FFIA 3KK2A 4WE1A 4W5OA 3DM2A 1RT4A 3OS2A 3DRPA 3SQ1A 1TK8A 2JGUA 3V1QA 1FK9A 1RILA 2G8UA 1KLNA 1S6PA 3OYHA 1VRUA 4AHSA 5JS1A 1Z26A 3HVRA 1JL1A 1HYZA 4OGEA 3QEIA 3VQBA 2IC3A 1NOYA 3LZIA 1RNHA 3NGIA 3EYZA 4FLWA 1JLEA 3U3YA 4LH5A 4HVJA 4DFPA 4B9SA 2KZMA 3ZT1A 4KI6A 3DOKA 3VQPA 4KPYA 3OS0A 4ZHRA 5HBMA 5HRSA 5CYMA 3OYLA 3AVBA 3IG1A 4J2BA 4CJTA 4JRPA 4CIGA 2Y1IA 1RTIA 4KO0A 3RMBA 1FKOA 4PA1A 1QQCA 3L2VA 1YTAA 4AHVA 4E7JA 1YVUA 2B4JA 3SUOA 1NK0A 4CJWA 1VSDA 2G8IA 1RT5A 3MEGA 2Z1IA 3HPGA 4BWMA 3V1RA 4CHOA 4PWDA 3IAYA 1RT6A 4CK3A 3ASMA 4ELUA 1LWEA 1J9AA 4DSJA 3QETA 4FLZA 4E1NA 3SUQA 4CIFA 3RTVA 4KB0A 4PUOA 4FM2A 1D5AA 2IS3A 4OKJA 3LPUA 3LP1A 3QLHA 4BE2A 3SYZA 1QTMA 2KTQA 3DRRA 2IOCA 1S6QA 4R5PA 2G8FA 4KAZA 3AVLA 1JLGA 3T19A 3LP0A 4DSKA 1WN7A 3WNGA 4JRQA 2FC0A 4FJ9A 4CK2A 3V9UA 2XY6A 2PYLA 1REVA 2HVIA 4F2RA 3NF7A 4NCBA 3C95A 3TAPA 2VG6A 4E89A 3VQ4A 2ZE2A 2HHVA 2YNHA 3TANA 4DTJA 2HVHA 3CFPA 3VN5A 3TWHA 4HCBA 1C1BA 1HJRA 3QIPA 3SZ2A 2D0BA 4FK4A 1S1UA 4FJXA 2YNGA 5K14A 3O3FA 3I0RA 4CEBA 4CJKA 3EY1A 1SKWA 3P5JA 1JLFA 3OYMA 1S1WA 3OYDA 3ZSYA 1RBTA 1KVAA 1U04A 3AVFA 1RTHA 4ZTJA 1Q9YA 1JXBA 4DTPA 4QAGA 1MU2A 4I7FA 2DFFA 2FBVA 2X6SA 4OKEA 4DQSA 4DF8A 1HYSA 4RG8A 3G10A 4EZ6A 2OPQA 1Y97A 4CIEA 5J2MA 3ALYA 4JS5A 4CJ5A 1ZYQA 3T3FA 5HROA 1ZBHA 4KKOA 4C8NA 3RRGA 2G8HA 2Z1GA 1JLBA 2OPPA 3ZCMA 4DSLA 4DS4A 4CJPA 3CM6A 3U3GA 3V9SA 4DFKA 4ID1A 3HPHA 1FXXA 1A5WA 1RT1A 1JLQA 1KTQA 3OYEA 4CJUA 4CHNA 3T1AA 3E01A 3I8DA 3ULDA 4EP5A 1F21A 4CERA 5CY4A 4CEQA 2ZD1A 4M41A 1BIZA 2KZZA 4CE9A 1TK0A 1TKDA 5HRPA 1RT7A 5HRNA 1UWBA 3HPOA 3K59A 1NKBA 3AO2A 3KKRA 4FJ8A 4MQ3A 1WSGA 3NCIA 4CEAA 4M3TA 3VQ8A 4W5NA 3PO4A 4L8RB 4QCLA 3VQEA 2YKNA 4ID5A 4H4MA 3KK3A 2DFEA 4AH9A 3PX0A 1T03A 2RN2A 4CCHA 4DTRA 1WSFA 4FZYA 3V6DA 2B5JA 3TAFA 4DQIA 1QSLA 1QSYA 4HCCA 1YT3A 1W9HA 4KTWA 3OVNA 5FRNA 5JS2A 4NYFA 1SL0A 3G0ZA 1BI4B 4CF0A 3K5LA 4N56A 4NCAA 3JSMA 1A5XA 3RMDA 1RTJA 5CYQA 4IKFA 4DTSA 3L2RA 1BCMA 4W5RA 3RMAA 5T7BA 3AO5A 4AHCA 3NF8A 4M3WA 3MEDA 1TVRA 4FCYA 3L8BA 3TAQA 1JLCA 4IDKA 1QE1A 3AA3A 4JS4A 1VSEA 1IO2A 1TL1A 4DQQA 1RBUA 3AVGA 3RRHA 4G1QA 3NHGA 3CM5A 1KFSA 4CECA 4DMNA 1BQMA 1HMVA 4M3XA 1B92A 3AVKA 3QINA 1UA0A 4B9MA 4B9TA 3NH2A 4Q0BA 1IKYA 3HL8A 1X9WA 1CLQA 2P1JA 4DFJA 2G8VA 1LAVA 1TAQA 4DTOA 4UQGA 4CF2A 2Y1JA 3OY9A 4ELTA 4E3SA 2G8WA 1RT3A 4OLAA 4B8AB 2YV0X 4C8MA 3SQ2A 3AO3A 2YNFA 4CGIA 3F9KA 2PZSA 3O3GA 2WOMA 3VQ9A 3L2WA 4DWIA 4Z0UA 2QKBA 3DYAA 1U4BA 1J54A 3OYGA 3ISNC 3TARA 3PV8A 3VQDA 3AVAA 1VSKA 4E7KA 4CEFA 1VSJA 3PX4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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