1Q9XA

Crystal structure of enterobacteria phage rb69 gp43 dna polymerase complexed with tetrahydrofuran containing dna
Total Genus 264
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
264
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase,replication/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Lesion (in)tolerance reveals insights into DNA replication fidelity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-GCGGACTGCTTAC(dideoxycytidine)-3'
total genus 264
structure length 903
sequence length 903
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2003-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1q9xA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1q9xA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1q9xA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1q9xA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1q9xA03
1RTHA 1IKXA 4TSXA 4CJPA 4CK1A 4E7JA 4I9LA 4M3YA 1S1TA 2G8KA 3KK3A 1NK4A 4FLXA 3ZT0A 5J2QA 3OYJA 1TV6A 3G0ZA 3MECA 4FLTA 1BCOA 2ZQBA 4N5SA 1D8YA 2FBXA 4HUEA 4CHYA 4KAZA 3B6PA 3DI6A 4FW2A 3AO4A 4O44A 2R7YA 4F2SA 1UWBA 5C42A 1U45A 2AJQA 3DOLA 4CGGA 4AHCA 5KRTA 3MXIA 4FJHA 3M8RA 3CM6A 4E7IA 1GOBA 1TKTA 3AVBA 2X6SA 4RW6A 3RMBA 4CJSA 4E0DA 4FM1A 1S9GA 3ZSQA 4BDYA 3OY9A 1R0AA 3BDPA 3LP3A 5J2PA 2P51A 3EY1A 4IDKA 2RPIA 3MXJA 3ZCMA 1J5OA 1CLQA 1RILA 3NGIA 2HNDA 3HSTB 4DU3A 1ZBFA 4AHTA 5J2MA 2X74A 4DU1A 5CYMA 4B8CA 4J2BA 3NF8A 2HHSA 2F8TA 1B9FA 2VG7A 4QAGA 1RT2A 3OS1A 1QSYA 2F8SA 4E1NA 1TKDA 1S1WA 4CK2A 2HVIA 2G8IA 1REVA 4FZZA 4CEFA 4W5QA 4FM0A 3NF9A 1TAQA 1CXQA 3I0RA 3U3GA 3TARA 1RDBA 5DMRA 1UA0A 1U4BA 2E4LA 3QESA 4CF2A 1SL0A 3NH1A 3AO2A 1RTDA 3QERA 2VG5A 3PO4A 1VK0A 4KHQA 4B8AB 2KZMA 1X1PA 3L2VA 3QINA 3K58A 1VSIA 2BANA 1NOYA 3SQ0A 3TAGA 2OZSA 1JKHA 1JLGA 1Z25A 2YHAA 4ID1A 4B9UA 2WOMA 4FJ7A 3CFOA 3QIOA 3M8QA 1F21A 3OYIA 3K5MA 3S3NA 4BE0A 5HP1A 3ISNC 2ETJA 2GUIA 2LSNA 3VQBA 3LPTA 3SI6A 3AVFA 3TAQA 1Q9YA 3WNHA 1LWEA 3DOKA 2KFNA 4K8XA 1S6QA 1L5UA 3SUPA 4CEQA 4NYFA 3KD5E 4CJQA 3F9KA 1SKWA 2G8WA 3DMJA 2KZZA 3T19A 4CIEA 2Z1IA 4N76A 4KHUA 4NCBA 3KJVA 4M45A 2XY8A 3C6TA 3L2UA 4FYDA 2ITGA 3ZT3A 2IOCA 3QIPA 4AHVA 2Y1JA 1KLMA 2ATQA 4FJLA 1QS4A 1RTJA 1XHXA 4DQIA 4ZTJA 4DS4A 4MQ3A 1BIUA 3AO5A 3PX0A 1RT7A 3AO3A 1C0TA 1HRHA 2XO7A 4IFVA 4KPYA 4PWDA 3TAPA 3DLHA 4CESA 1VSDA 3C95A 3O3FA 4KO0A 4CJWA 1LAWA 4GVMA 2YNHA 1J53A 3P5JA 1NK7A 1KRPA 4E3SA 4CEDA 2XY5A 4C8MA 3VQ6A 4CECA 1J54A 1TKZA 4CJRA 3HPOA 3V6DA 5CZ1A 3AVMA 4LD0A 4BE1A 3QNNA 3LWMA 2IAJA 4M42A 4BWMA 1MU2A 4CK3A 3NCIA 1WSIA 4KRFA 4B9MA 4FJ8A 3ALYA 2Z1HA 4E1MA 3LALA 4M3XA 3AVNA 1VSFA 3NF6A 1T8EA 4WE1A 4DSFA 4FK4A 3LAKA 4CJFA 5HRPA 4CGIA 3AVKA 2NUBA 1N5YA 1NJWA 4M3ZA 4CFCA 3DRRA 4CIGA 4JRPA 1HJRA 4Z4HA 3RWUA 3IG1A 4CHPA 4F3OA 1EETA 1TKXA 1RBVA 1KTQA 2I5JA 2WONA 1A5VA 1NK9A 2HHTA 2OZMA 2BE2A 2KQ2A 2KW4A 3LZJA 4JRQA 5SWMA 4DLEA 1S1VA 3OS0A 1WNSA 4CGJA 4DFMA 3LAMA 1YVUA 1BCMA 1LW2A 3LANA 3ZSZA 1IG9A 4EP5A 3OYLA 3SJJA 3OYAA 4M41A 4FJMA 4I2QA 4OJRA 4E89A 1C1AA 1TL1A 3TAFA 2RN2A 3IS9A 4FJJA 4CHOA 2F96A 3HJFA 4B9TA 3SPZA 3SUNA 1RT1A 3F73A 3NHGA 4J2DA 4GMJB 2EX3A 1T7PA 2G8UA 1S5JA 3L2WA 4QCLA 5FROA 3VN5A 2PY5A 4KI6A 3G10A 4C8OA 5C24A 1RDCA 3AVIA 2ZD1A 4CJVA 3PX6A 2Y1IA 4ZTFA 4PA1A 4JLHA 4H8KA 3L3UA 3HM9A 1VSHA 1JLQA 4DTRA 1N6QA 2P5GA 1KLNA 3WNEA 4CF9A 1VSLA 3ITHA 3V9ZA 2OPQA 3VQ9A 3HT3A 4E19A 1NK0A 1EKEA 3OYGA 3OYBA 3ZSOA 1NJZA 2OA8A 1BIZA 3C94A 1KSPA 1WSJA 1HQEA 3CYMA 4O0IA 4KI4A 4O55A 4QOZB 3QEPA 4FJNA 4DSJA 3B6OA 2OPRA 5K14A 3ZSVA 2QXFA 5DK5A 3JYTA 4DF4A 3K5OA 4M3TA 2HNYA 2P5OA 1LW0A 4E7KA 2X6NA 3V81A 1RBSA 1QHTA 3QNOA 1UOCA 4FJ5A 1X9MA 4O5BA 4DQPA 5KTQA 1G15A 4CEZA 2E6LA 1VSMA 5FRMA 2HHVA 4CEEA 4LH5A 4DQQA 4IG3A 4YNQA 4DQSA 3DLKA 3DLRA 3P83D 3DRSA 1EP4A 1NK5A 1QSLA 4DLGA 4PQUA 4M3UA 4CJ5A 2RF2A 3TWHA 4BE2A 4FCYA 1DLOA 3EZ5A 1L3UA 3PO5A 3HPHA 4Z0UA 3KIOA 3HPGA 3SUQA 1ZYQA 4FK2A 4OPKA 4HUGA 2HMIA 1K6YA 3NFAA 3ZSYA 1WAFA 3V4IA 3DLGA 3SUOA 4CGHA 1NJYA 1LWFA 1BI4A 4DG1A 3LP1A 1RT5A 3T1AA 4KFBA 4CIFA 4C8LA 4B9SA 2JGUA 5FDLA 1SKSA 3H08A 1WSHA 1WSGA 3TABA 3VQEA 4CFBA 3NH2A 2QKBA 2P1JA 1WAJA 3KK1A 2O4IA 1TVRA 4OLAA 1RBTA 4NYNA 3KLFA 2PZSA 1NJXA 1YT3A 1I39A 4CGDA 3K59A 3ZT4A 4B3OA 5JS1A 2G8HA 3K57A 4CFDA 3V1OA 1JXBA 3MAQA 5D3GA 4ICLA 3LDSA 4Y1DA 4MFBA 4Z4CA 1GOAA 3SNNA 2DFFA 4G1QA 2VG6A 4F8RA 4CHZA 2FC0A 1NK6A 1UAXA 2Z1JA 4YFUA 3RMCA 4FJIA 1T05A 4M3WA 1HNVA 2Z1GA 2XHBA 3LP2A 4ELVA 1SKRA 4DTSA 1ZBLA 1CZ9A 2HHWA 3TAEA 1TGOA 2HNZA 1XI1A 4BWJA 5CY4A 1C0MA 5CZ2A 4FZYA 1YTUA 3JSMA 1U47A 2BDPA 5HRRA 1SL2A 2D0BA 4DTMA 1C1CA 1EX4A 2B5JA 3RMAA 2D0CA 3OYFA 2G8VA 3PX4A 4ZHRA 3RR7A 1A5WA 4AHRA 4KHWA 4CF8A 5C25A 2HHXA 1HYVA 1Q9XA 3K2PA 2DY4A 3MEDA 3AVGA 3A2FA 4N56A 3SCXA 4DQRA 1JXEA 4DTUA 2ZE2A 4FXDA 3HVTA 3M8SA 1KVAA 3DLBA 4HCCA 5KGXA 3VA3A 4CJUA 3AA4A 2XY6A 5KRSA 3MXMA 2YNGA 3QO9A 4C8NA 4C8KA 3DLEA 1RNHA 3CFPA 3WNFA 1B9DA 1JLEA 2DTUA 4KKOA 5HBMA 3VQPA 1BL3A 4FJXA 3L3VA 3AVAA 4E7LA 3TAMA 3VQCA 3SPYA 3K5NA 4F2RA 2IC3A 3AVCA 1TAUA 4AHSA 3NH0A 1HYZA 3LPUA 3SV3A 3QEIA 1BQMA 4JS5A 3K5LA 4DMNA 3QEWA 3OVNA 1LAVA 2KFZA 3UIQA 4FJGA 3OYDA 4RW8A 1IO2A 4CJKA 3HXMA 1BI4B 4KB0A 2GBZA 4DFKA 4LSNA 3L8BA 3V1QA 1B92A 1QTMA 5FRNA 1BHLA 5I3UA 4W5RA 3C6UA 4HTUA 3AVHA 5HRNA 1ASUA 3OYKA 1Q8IA 4DFJA 1C1BA 3KKRA 2HHUA 1DTTA 1I3AA 3VQ4A 4BDZA 3RRGA 4KTZA 1C0UA 3P1GA 3MEEA 4FLVA 4CEBA 3KLGA 4KTQA 3V9SA 3HP6A 1RCHA 1C6VA 1KCFA 4OKEA 1S1XA 5KI6A 5HLFA 4AILC 3NGZA 1J9AA 3L2QA 5J1EA 2A1SA 2FBVA 4KREA 3SV4A 1DTQA 4N41A 4DTXA 2O4GA 2X78A 3O3HA 3LP0A 5E41A 1HQUA 4M3RA 3U3YA 4I7FA 2RKIA 3RR8A 1W9HA 1BISA 2FBTA 3LWLA 1WLJA 3NBPA 3VA0A 3OYMA 3VQ7A 5HRSA 3V1RA 3HP9A 3OYEA 3BGRA 1ITGA 3CFRA 3AA5X 1FK9A 5HROA 1X9WA 1X9SA 4IFYA 2G8FA 4H4MA 1RT3A 3AV9A 1FKPA 3OYNA 1UA1A 1S1UA 1A5XA 3ULDA 4KV8A 1NK8A 1TK0A 2YNFA 1L3SA 2HVHA 4KTWA 4FJ9A 3AO1A 3ASMA 3D45A 2OYQA 4FVMA 3S3MA 1W0HA 1FKOA 1ASWA 4OKKA 2DFEA 4L8RB 2HW3A 1O1WA 4LY7A 4DFPA 3KKSA 1TK5A 1VRUA 4ID5A 4IG0A 2PYLA 4HCBA 4DWIA 4OLBA 3TI0A 3VQQA 1QSSA 2YKMA 3SZ2A 3HO1A 1KVCA 4DTNA 3VQ8A 3KLHA 2KTQA 3OS2A 3EYZA 4F4KA 4FLUA 1RTIA 4UQGA 4B9VA 2XRIA 1QQCA 3HL8A 1NKCA 4KB1A 3ZSRA 3VQ5A 4Q5VA 1LV5A 2D5RA 1IKYA 3O3GA 2OPSA 1VSEA 1TL3A 2QKKA 4FZXC 2IDOA 4B08A 2XY7A 1LWCA 4Y1CA 4CEOA 3RMDA 2A1RA 1KFSA 2YHBA 3RRHA 3M8PA 1ZBIA 1JLCA 1SL1A 1FXXA 1WSFA 4CJ3A 1RBUA 1KVBA 1SUQA 3WNGA 3OJUA 2QK9A 3LZIA 1D5AA 2HB5A 1ZBUA 3AVJA 4LH4A 4AH9A 2Q3SA 5SZTA 4DS5A 4I2PA 2YV0X 2D0AA 3QLHA 4RG8A 2VWJA 1HNIA 2B6AA 1BQNA 3IAYA 3DYAA 3SQ1A 1U49A 1IKVA 1RT6A 3AA2A 4CEAA 1D9FA 3HK2A 4IBNA 1VSKA 3TANA 4BACA 1XHZA 3THVA 4CHNA 4CFAA 1NKBA 1RDAA 4OGCA 4RW7A 4Z4GA 1U48A 3U6FA 3PY8A 4FJKA 4EP4A 2GV9A 4CJTA 4W5TA 4DSKA 4E7HA 1JLFA 5JS2A 4W5NA 1Z26A 3AVLA 2OPPA 5CYQA 4NCAA 4RW9A 1EXQA 4KHNA 3OYHA 3QETA 1S6PA 4Z4EA 2HHQA 4HUFA 2IS3A 3FFIA 4OGEA 4DU4A 4OKJA 4JS4A 1S9EA 4O4GA 3PUFA 1L3VA 1WN7A 5EU7A 4J2EA 4ELUA 4FLZA 4FM2A 4NCGA 4O0JA 1TK8A 1BGXT 2IGIA 2VWKA 1NKEA 4CE9A 3I0SA 4FLYA 4HVJA 4CJEA 1U04A 4OPJA 4CF0A 2JLEA 4B9LA 1ZBHA 1JLAA 3MEGA 4CGFA 1IH7A 4CERA 3V9WA 4ELTA 4Z4IA 3NE6A 4FLWA 1VRTA 1Y97A 4CJLA 2BGGA 4F3TA 3CG7A 1T03A 3CM5A 3O4NA 3NF7A 4DTPA 3QEVA 3ZSWA 4W5OA 3OYCA 2W42A 5T7BA 3SYZA 3PV8A 2E6MA 3OJSA 2FBYA 3HYFA 1GOCA 4KHSA 1XWLA 2EHGA 4DF8A 1HPZA 4XIUA 1HYSA 4EZ6A 3KK2A 3IRXA 3ZT2A 3CQ8A 4KHYA 4H4OA 3S3OA 3KTQA 3QEXA 2YKNA 4CHQA 1VSJA 4R5PA 3NDKA 4J2AA 5KGWA 1WSEA 1CZBA 1ASVA 1RBRA 3RTVA 3T3FA 1NOZA 4BDPA 4I9QA 4GW6A 3V9XA 1CXUA 4RW4A 3KD1E 2YNIA 4DSEA 3VQDA 3HVRA 4CJ4A 3AA3A 3VQAA 1L3TA 4Z4FA 3DRPA 3S9HA 4IKFA 1JL1A 1JLBA 1SV5A 3L2RA 4CCHA 1QE1A 2DFHA 3E01A 4OVLA 3NGYA 4HHTA 4AHUA 4B9NA 2PYJA 1HMVA 3SQ4A 2B4JA 3O4QA 4K8ZA 1KFDA 1RT4A 1XC9A 1D9DA 4DTOA 3KLIA 4PUOA 3V9UA 3ZT1A 4DSLA 4PY5A 3D0PA 4LSLA 4FW1A 4CF1A 3SQ2A 1RDDA 3NAEA 1YTAA 5I42A 4EZ9A 4N47A 3DM2A 1IKWA 3I8DA 3ZSXA 4Q0BA 3TR8A 1JL2A 5J2NA 4FK0A 4DSIA 3KLEA 4DTJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4IO8A 3W3DA 4CHPA 2WONA 1KTQA 4IZ9A 3HOSA 2HHTA 2KQ2A 2KW4A 3LZJA 4LF4K 1FZ0E 1WNSA 4DFMA 3L2OB 3LAMA 1YVUA 4EP5A 3OYLA 3H45C 3SJJA 4K25A 2V7ZA 2RN2A 2YCHA 2W6LA 3HJFA 3H1VX 3O9QA 1W2BM 4B9TA 3SPZA 3WXLA 2W41A 3FZLA 5M1PA 3LDOA 3J7ZO 2ASOA 4JKGB 5C2DA 3AVIA 3PX6A 4ZTFA 2NRWA 3HM9A 3L4IA 1NGEA 2P5GA 4CF9A 1FPOA 3ID8A 1HR0K 1NJZA 3C94A 1BIZA 3TTDA 3CYMA 4KI4A 4IFEA 3ENHA 5K14A 5BRFA 4GV6A 5JLHA 3K5OA 4M3TA 2HNYA 2P5OA 1LW0A 5EY4A 2OCEA 1D4XA 4NLBA 4LH5A 3TSQA 5FPNA 4B9QA 3FE1A 3L1NA 4M3UA 4CJ5A 1L3UA 3PO5A 3N4QA 4KH4A 3MX5A 3LDBA 3SAFA 5LJVA 3KK7A 3DLGA 1NG9A 3IMXA 5EVZA 1RT5A 3T1AA 2I7PA 3GE1A 3B8AX 3ATVA 4B9SA 4Y0WA 3I55N 3TTCA 2JGUA 5AQLA 3H08A 3D2FA 5LY3A 1RBTA 1NJXA 1YT3A 1K8KB 4CGDA 3KWGA 5JS1A 2G8HA 3VEZA 3LDSA 3SNNA 3VGMA 4F8RA 2FC0A 4M3WA 1HNVA 2Z1GA 3L4QA 3T7ZA 3EN9A 3LP2A 4ELVA 1NGHA 4DTSA 3QFUA 2HHWA 2Q0RA 3VESA 4BRNA 1TGOA 2HNZA 4BRQA 4BWJA 5CY4A 5CZ2A 5IT9O 2E1ZA 2BDPA 2UXDK 3G71N 2YI1A 1HPMA 2D0BA 1C1CA 2D0CA 2KKZA 1SL2A 2G8VA 3CMAN 1A5WA 4CF8A 1HYVA 1Q9XA 3K2PA 1K8AO 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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