1Q9YA

Crystal structure of enterobacteria phage rb69 gp43 dna polymerase complexed with 8-oxoguanosine containing dna
Total Genus 309
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
HGSMKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Lesion (in)tolerance reveals insights into DNA replication fidelity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-AC(8-OXOGUANOSINE)GGTAAGCAGTCCGCG-3'
molecule tags Transferase, replication/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 309
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2003-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1q9yA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1q9yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1q9yA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1q9yA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1q9yA03
1B92A 4DFMA 4DTOA 3NGYA 3AVKA 3ZSZA 5K14A 3ZT1A 4C8LA 1XI1A 3BDPA 4JLHA 2DTUA 4CIFA 3AO2A 3KIOA 3DOLA 3VQ5A 1RDCA 1NK7A 4FLZA 3QESA 3NF9A 3VQ9A 3SUQA 2IGIA 3MEEA 1HMVA 4E0DA 2G8UA 1BI4B 3ZSXA 3V1OA 4KPYA 4FJNA 2BDPA 3M8RA 3MXMA 4CJFA 1HYVA 1NK9A 3HJFA 4FXDA 4FJLA 1JLFA 1RDAA 2VG7A 1Q9XA 1O1WA 3ASMA 3L3UA 4DQPA 3SI6A 4L8RB 4JRQA 1NOZA 3T1AA 2G8FA 4LY7A 4FLWA 4KTWA 3V4IA 1SL0A 3SCXA 4CJTA 4E1NA 3TAQA 4C8KA 2BGGA 2G8IA 1U45A 2HMIA 4H4OA 4CJQA 1NKBA 1Q8IA 4B3OA 1VSIA 1U47A 4O44A 2W42A 2Z1JA 1S6QA 3B6PA 3V6DA 1WSFA 4CCHA 1RTHA 3MEGA 4HVJA 3LP1A 1JLEA 4CFCA 2ITGA 1CZ9A 2OZSA 1S9EA 2YNIA 3OS0A 4LD0A 4CIGA 4DQQA 4CJSA 3F9KA 4NCBA 1YTAA 3DMJA 4IBNA 4W5RA 4DF4A 3QIPA 1NKEA 2O4GA 1HQUA 4ELTA 1IG9A 1JLAA 1GOAA 1LWEA 4HHTA 4CJKA 5J1EA 3CQ8A 2YV0X 4IFVA 4DFPA 1L3VA 2PZSA 3LZIA 1DLOA 4BE0A 1UA0A 4CK2A 1SL1A 1KRPA 1UAXA 1XC9A 3ZCMA 4J2BA 3DRSA 2OZMA 3MAQA 4KHNA 3NH2A 2LSNA 4DS5A 3T19A 2XY8A 2B5JA 4OKKA 4BWMA 2YNFA 4CE9A 1NJZA 4B9LA 3AO1A 3VQAA 4DU3A 3LANA 1RBRA 4Q0BA 4KREA 4AILC 3AVIA 3AVLA 4FM2A 2Q3SA 1I3AA 2G8WA 2YHBA 4Q5VA 4EZ6A 1MU2A 4FM1A 3NF8A 3QIOA 4CJLA 2JGUA 2A1RA 1TK0A 4ID1A 4CJPA 4E7JA 4R5PA 1T7PA 1U04A 5C25A 1KFDA 3LPUA 3NBPA 5KGWA 4ELVA 3I8DA 4YFUA 1TK8A 1TAUA 1VRUA 1QS4A 3NE6A 4FZZA 4Y1DA 4CF0A 4ZHRA 1LV5A 2QKKA 3OYFA 4FLXA 1NJXA 4KB1A 4W5OA 1DTQA 2I5JA 1TKTA 4KTZA 2X6NA 5SZTA 2XY7A 3CFRA 1WAJA 3QETA 3LZJA 1BGXT 3C6UA 4IG3A 3CFPA 1NK0A 4PY5A 4PWDA 3HSTB 2G8VA 1TL1A 3C6TA 3H08A 2HB5A 3LPTA 4I2PA 4KV8A 3AVAA 2X74A 1KVAA 1J54A 1TKXA 1T8EA 2WONA 5C24A 4W5TA 4FW2A 4AHTA 4DLEA 5DK5A 3AVFA 4O55A 4RG8A 4OPJA 4DTJA 1JL2A 4CJ3A 4DSJA 1TV6A 1TAQA 2P1JA 3K58A 3RMBA 3CM6A 1B9DA 3QERA 2QXFA 4KTQA 1S5JA 4FLVA 3G10A 3LWLA 1C6VA 3VA0A 3PV8A 3DYAA 3TARA 1HYZA 4KO0A 3K5OA 4FYDA 3LP3A 3KLGA 3S3NA 4FJMA 3PUFA 4E7HA 1UA1A 4HCCA 1K6YA 1S6PA 2FC0A 1QSLA 2OPQA 1HNVA 3VQQA 4Z4EA 1N5YA 2Y1IA 4CFDA 3E01A 4CJRA 3V9UA 4E7IA 2P5OA 3U6FA 1JLBA 1WSEA 3NCIA 1RTJA 3OVNA 4HTUA 2NUBA 5E41A 3HM9A 1S1VA 1KFSA 4M3UA 1YVUA 1Z25A 3KKSA 3VQ7A 1NK8A 4AHVA 1EETA 5J2QA 3HP9A 1VSKA 2X78A 2Z1GA 3ZT2A 4N76A 4FLYA 1WNSA 2KW4A 4B8CA 2VWJA 3UIQA 1BCOA 2RKIA 2GUIA 2VG6A 4CFAA 1NK6A 4OLAA 2KFNA 4DU4A 1ZBHA 2KZMA 4ELUA 3AVBA 4ICLA 1IKXA 1RT2A 2QK9A 2AJQA 3C95A 4CHQA 3OYHA 4DQSA 2KTQA 3C94A 4CFBA 1BCMA 1J53A 1LW2A 3D45A 4HUGA 1HPZA 2HVHA 4Z0UA 4KHQA 4M3TA 4CJEA 4KFBA 2IAJA 3OS2A 3EYZA 3NH1A 1ASWA 2FBYA 3SZ2A 4CJWA 1WSIA 1XHXA 3D0PA 3SQ1A 3V9XA 1SKWA 1LAWA 3IAYA 4HUFA 4CGHA 3HL8A 3QEIA 2XY5A 4XIUA 3EY1A 4E7KA 3AA2A 4CEAA 4LSLA 5T7BA 4CF2A 3OS1A 1A5VA 1YT3A 4BDPA 2IC3A 4BWJA 3OY9A 2OPSA 3LAMA 4AH9A 4HUEA 4KI4A 3OYBA 5D3GA 2EX3A 5KRSA 4BACA 4M41A 4CIEA 4CHYA 2VG5A 4CF8A 3EZ5A 3DLRA 1S9GA 2G8HA 3DRPA 3HYFA 1I39A 4NCGA 4CJ5A 2GBZA 4DFKA 3IRXA 3RRHA 2E6MA 3V9SA 4JS5A 4AHSA 3PX4A 3HPGA 3K2PA 1GOCA 2X6SA 3ALYA 4DF8A 1L3TA 3SQ4A 2PYLA 4E3SA 4IFYA 4CEFA 2B6AA 5KI6A 3OYCA 3K5NA 2R7YA 3HVTA 3F73A 5FRMA 3V1QA 1VRTA 3WNGA 3SPZA 4H4MA 1LWCA 4M3RA 3DI6A 1X1PA 4N5SA 1FKPA 1RBSA 1BI4A 4DSKA 4QOZB 1TK5A 1WSHA 4EZ9A 1RT6A 4M3WA 4Z4HA 4NCAA 4B9VA 3IG1A 1U49A 3P1GA 4F4KA 3RMAA 4E7LA 4KHUA 3OJSA 1A5WA 1XWLA 3SQ2A 4FJIA 3QLHA 1HJRA 4CEOA 3DLBA 1HYSA 1EX4A 3RTVA 1JLCA 5KRTA 4B9SA 1RILA 3B6OA 4DTPA 2DY4A 1CXUA 3L2UA 2D0CA 4J2EA 3HO1A 3AO4A 3TAFA 1BL3A 3RMDA 1S1WA 1NJYA 3MECA 1QHTA 4G1QA 1C0UA 1BQMA 2ETJA 1FK9A 3AVNA 4M45A 3TWHA 5KGXA 5HRSA 3PY8A 3FFIA 3ZT0A 4TSXA 4KHYA 1W9HA 3A2FA 5C42A 1BIZA 3LWMA 1CXQA 1RDBA 2P51A 3AA4A 4OJRA 3OYGA 2IS3A 4JS4A 4QCLA 4I9QA 2RPIA 4BDYA 1J5OA 3U3GA 4C8OA 4PQUA 3DM2A 4I2QA 1X9MA 3OJUA 2HHSA 4E19A 4DFJA 1WSGA 3DLKA 4FVMA 1F21A 3ZSYA 1NOYA 3O4QA 1IKVA 1T03A 1B9FA 4FJHA 4O4GA 4FZXC 3S9HA 3TI0A 1RTIA 3VN5A 1KVBA 4CEQA 4CHOA 4CGGA 3V9WA 1XHZA 1BISA 2DFEA 4Z4FA 1A5XA 2OPPA 2OPRA 3M8PA 3L2QA 4B9UA 4FK0A 3TAMA 3SUNA 3KJVA 4DTNA 1D9DA 3KK1A 5J2MA 3S3OA 5HRRA 3K5LA 3LDSA 4FK4A 3NGIA 4GMJB 2HHXA 1KTQA 5FDLA 4MFBA 3VQEA 4AHRA 4J2AA 1RDDA 4FJXA 1KSPA 3SV4A 2IDOA 2F8SA 3M8QA 3NGZA 1S1XA 4E89A 4RW9A 1JLQA 4E1MA 3HXMA 3CFOA 4FLUA 3QINA 4CEEA 1DTTA 3O4NA 2DFFA 2KZZA 4FJJA 1RT7A 1SUQA 1LWFA 1ZBIA 3WNEA 5HROA 3L8BA 3ZSWA 3KK3A 1RNHA 1QQCA 3NF6A 3OYJA 4OPKA 5HP1A 1RCHA 3AVJA 2WOMA 3DLEA 2KFZA 4M3ZA 3QEXA 3ZSQA 5JS1A 4HCBA 4N41A 4M3XA 4FJ8A 3WNHA 4EP5A 4Z4IA 3LALA 1LAVA 4DG1A 1JLGA 2HNYA 5J2NA 4FJKA 1S1UA 1VK0A 2RF2A 4DTXA 4ID5A 4Z4CA 3KTQA 4Z4GA 1WSJA 4KKOA 3VQDA 3V81A 4DQIA 3L2WA 1RTDA 1JL1A 3QEWA 4C8MA 2JLEA 4CECA 4CESA 2BANA 3ITHA 4O5BA 1U4BA 1TKDA 4J2DA 3ZSRA 2YNHA 2RN2A 3KLIA 4CHZA 4M42A 4FCYA 3S3MA 3RRGA 1HQEA 2D0AA 3O3GA 3IS9A 4KHWA 1ASUA 1G15A 2YKNA 2FBVA 4K8ZA 1TGOA 3CM5A 3HP6A 4Y1CA 4F3TA 4CEBA 3I0RA 3AVHA 3OYLA 4PUOA 3HVRA 2HHQA 1HRHA 1ZBUA 5CZ1A 4FJGA 4CGIA 3QEPA 3MEDA 3OYAA 4FJ7A 4B8AB 4CGJA 1LW0A 4YNQA 1D5AA 3QNNA 5HRPA 5HBMA 4DTSA 3DRRA 3PO4A 5HLFA 1BQNA 1C0MA 4H8KA 3JSMA 3CYMA 3O3HA 3PX6A 4OGEA 3TAEA 2ZE2A 5CYQA 4FM0A 4DMNA 3OYNA 4BDZA 3ZT4A 2XY6A 3RMCA 4CF9A 1X9SA 4I9LA 2HW3A 1VSLA 5CYMA 1QTMA 1RBVA 4OLBA 1QSYA 3HK2A 2XHBA 2HHWA 2D0BA 1C0TA 4ZTFA 4EP4A 4KRFA 4IG0A 1GOBA 1VSDA 4CJ4A 1KLMA 1UWBA 1R0AA 2OA8A 3KK2A 4CHNA 3OYEA 4FJ9A 4O0JA 3M8SA 1TKZA 3NHGA 1UOCA 1SKSA 3KLEA 1N6QA 1EP4A 3ZSOA 4BE2A 4DLGA 3NAEA 4B9NA 3PO5A 2HHVA 2DFHA 3QEVA 4FZYA 1TVRA 2YKMA 4OGCA 4W5QA 1ZYQA 4NYFA 3PX0A 1RT1A 2PYJA 1NK5A 4IKFA 3OYDA 4KB0A 2HNZA 4C8NA 1NKCA 3KD1E 1NJWA 1U48A 1JXEA 5I3UA 4CGFA 3DLHA 4CHPA 3L2VA 2B4JA 2Z1HA 3G0ZA 1EXQA 1C1CA 1RBTA 5FROA 1VSJA 3VQBA 3ZT3A 4B9TA 1CLQA 3P83D 4CERA 4DTRA 2P5GA 3VQ4A 3AA3A 2ATQA 1ZBFA 3ZSVA 1SL2A 4UQGA 1VSFA 4O0IA 1WN7A 4CJUA 3K59A 4ZTJA 4N56A 4IDKA 4CEZA 1TL3A 4MQ3A 1X9WA 4GW6A 4GVMA 3WNFA 3LP2A 3ISNC 1WLJA 1S1TA 4RW6A 1HNIA 1SKRA 4AHCA 2FBTA 1QE1A 1IO2A 1J9AA 5SWMA 3MXIA 2YHAA 4CF1A 3AO3A 4PA1A 3AVGA 4DSLA 5CZ2A 4KI6A 5I42A 3TAPA 2OYQA 1VSMA 3LP0A 4N47A 4M3YA 1ITGA 4DS4A 3TR8A 2G8KA 1JXBA 3VQCA 1BIUA 1RT3A 2PY5A 1BHLA 1KVCA 3NF7A 2F96A 4DSFA 1REVA 4RW4A 1SV5A 4F8RA 3K5MA 3SPYA 2D5RA 3DLGA 4OKEA 3VQ8A 3OYIA 3HT3A 1C1BA 3AV9A 3JYTA 4DTUA 1KCFA 4OVLA 1RT4A 5CY4A 3KLFA 1W0HA 5EU7A 3NH0A 4FLTA 3SQ0A 3BGRA 3TAGA 3SUOA 2FBXA 4RW7A 5DMRA 2HHUA 3NDKA 1IH7A 3KLHA 1FKOA 5JS2A 2E6LA 4AHUA 3L2RA 4F2SA 1C1AA 2VWKA 1EKEA 3TABA 3RWUA 4K8XA 2A1SA 2Y1JA 4F3OA 4DSIA 2E4LA 3VA3A 3QO9A 4CGDA 3TANA 4DQRA 3AVCA 4BE1A 4NYNA 1L3SA 4CEDA 3ULDA 4LH5A 4DTMA 3HPHA 3THVA 3LAKA 1Q9YA 2BE2A 2KQ2A 2YNGA 3SJJA 1CZBA 4DWIA 3OYKA 4FJ5A 1Z26A 4B08A 1L5UA 3SV3A 4LSNA 3SUPA 4OKJA 3L3VA 3U3YA 3I0SA 4I7FA 4CK1A 4F2RA 3AO5A 3AVMA 3OYMA 3MXJA 2HHTA 1VSEA 1JKHA 4CJVA 1IKWA 5HRNA 1NK4A 2XO7A 3VQPA 1ASVA 3V1RA 3SNNA 1D8YA 3CG7A 2GV9A 1YTUA 5FRNA 4FW1A 3QNOA 1IKYA 1RT5A 3V9ZA 4W5NA 3DOKA 2ZD1A 2Z1IA 3K57A 1KLNA 2ZQBA 3RR7A 2O4IA 3P5JA 5J2PA 4DU1A 4WE1A 3RR8A 4B9MA 4CK3A 1RBUA 2EHGA 2QKBA 3SYZA 3NFAA 3HPOA 1WAFA 1ZBLA 2HNDA 3T3FA 4DSEA 4QAGA 4FK2A 3O3FA 1FXXA 3AA5X 2IOCA 4RW8A 3VQ6A 2XRIA 1D9FA 1L3UA 5KTQA 3KD5E 2HVIA 4KAZA 1Y97A 1VSHA 4JRPA 1T05A 4LH4A 1QSSA 2F8TA 4KHSA 3KKRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4JD2 A;  2QTD A;  4DFM A;  4JAX A;  3ZSZ A;  3I8B A;  2QXL A;  3KIO A;  2HOE A;  1RDC A;  4FLZ A;  3NF9 A;  3VQ9 A;  1NGC A;  2IGI A;  4FOI A;  2P9I A;  4E0D A;  1BI4 B;  3ZSX A;  4KPY A;  1X3N A;  1HYV A;  3HJF A;  1JLF A;  3O9S A;  1O1W A;  3L3U A;  3SLC A;  5JLH A;  4GAM C;  4LY7 A;  4FLW A;  3SCX A;  4XH5 A;  2HMI A;  3CC7 N;  3PSF A;  1Q8I A;  3LM2 A;  1K9M O;  3OA9 A;  2O8E B;  2JHP A;  2Z1J A;  4CCH A;  3B6P A;  1WSF A;  3SMP A;  4LF9 K;  1CZ9 A;  4CIG A;  4NCB A;  3DMJ A;  4IBN A;  4JI7 K;  1Y64 A;  1K73 O;  2A41 A;  2O4G A;  1GOA A;  1LWE A;  2P1Q B;  4HHT A;  1WBD A;  3TTC A;  5FPM A;  2PZS A;  5LMN K;  1DLO A;  5F1X A;  1UAX A;  1XC9 A;  4CD3 A;  2QI2 A;  1W7A A;  3ZCM A;  4J2B A;  1BA0 A;  4CBU A;  3DRS A;  3MAQ A;  3NH2 A;  4JI3 K;  3ZEU A;  4B3T K;  2YNF A;  5M1Q A;  2GWK A;  4IOC L;  4AIL C;  1XMQ K;  3J7Z O;  3SAG A;  3BVO A;  2WUS A;  4EZ6 A;  3NF8 A;  2JGU A;  1TK0 A;  3FZM A;  4R5P A;  5C25 A;  1KFD A;  3LPU A;  3WQT A;  4PKH A;  4JHD A;  4O8K A;  1QS4 A;  1GLD G;  4FZZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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