1WAJA

Dna polymerase from bacteriophage rb69
Total Genus 274
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
274
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of a pol alpha family replication DNA polymerase from bacteriophage RB69.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA POLYMERASE
molecule tags Nucleotidyltransferase
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 274
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1wajA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1wajA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wajA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1wajA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1wajA03
1HQUA 3HPGA 1HQEA 4OKKA 1WAJA 4WE1A 3V1RA 4CESA 2X78A 5J2NA 1T05A 1RDCA 4FLZA 1LWCA 2GBZA 4FZYA 1VK0A 1JLFA 2DFEA 3IG1A 4CHZA 4DU4A 5FROA 3OYKA 1TK0A 1MU2A 4HUGA 1XHXA 1WSGA 1TK5A 4C8LA 2X6SA 4FLXA 4DQSA 1IH7A 4M42A 3VA3A 3NGZA 5C24A 4QAGA 2KTQA 2KZZA 4CJSA 4FK4A 1S1XA 4E7IA 4CF0A 1QS4A 3V9SA 1N6QA 2OPSA 5SZTA 1TVRA 3CQ8A 4CK1A 1TKDA 4IBNA 3V81A 1KSPA 4J2BA 4GVMA 4KI6A 3HJFA 2AJQA 1WSJA 2Z1GA 1RTDA 3DLEA 3ZT4A 4NCBA 4I9QA 3LWLA 2B6AA 1BI4B 4FJKA 3QNNA 5JS2A 3OS2A 3KKSA 5D3GA 2ZE2A 3LDSA 3K5MA 3HP6A 4ZTJA 3HM9A 3HPHA 1CZBA 2HNZA 3MAQA 1KLNA 3PY8A 2HW3A 1RTJA 1ZYQA 1J54A 1BQMA 1VSJA 3RWUA 3HP9A 4FM1A 2OA8A 3OYMA 4E7HA 1D9DA 3K2PA 2E4LA 3U3YA 1REVA 1S1WA 1WN7A 4FVMA 4M3WA 4KO0A 2G8FA 1SV5A 1SL2A 1K6YA 4I7FA 2Q3SA 3DLRA 3S3MA 1ASVA 3HPOA 2D0CA 3VQ9A 3V9XA 1RILA 4I2QA 4JLHA 4HCBA 4E0DA 3T3FA 1UAXA 2FBTA 4FJNA 1BL3A 3SCXA 3LANA 3RR8A 2HHUA 3AVHA 1ASUA 3ULDA 1NOYA 2FBYA 1O1WA 4LY7A 1S9GA 3K59A 4CEQA 2RF2A 1BI4A 5CYQA 3G10A 4DF4A 4LSNA 1VSFA 2G8HA 4E3SA 3MXJA 4W5TA 4J2AA 1VRUA 4FJIA 3HK2A 1S9EA 3VQ5A 3QEWA 5CYMA 3TAEA 4J2DA 3ITHA 1JL1A 2Z1HA 3MEGA 3L2VA 1SL0A 4DLEA 2QK9A 1TV6A 1A5WA 3OY9A 4KTWA 1LV5A 4R5PA 1HRHA 4MFBA 4YNQA 3RTVA 4CGJA 4K8XA 1YT3A 4M3YA 1I39A 3AO3A 4CJQA 1RTIA 1CLQA 4BDZA 3PO4A 4I9LA 3OYDA 1KRPA 3PX6A 1EXQA 1WLJA 4FJLA 2ZQBA 1JKHA 3KLIA 4E1MA 1NKCA 4CIEA 3VN5A 4ELVA 3QIOA 1RT3A 2FBVA 3D45A 4CJRA 3QEXA 3C6TA 4M3UA 4EP5A 4B9UA 3CM6A 1RT5A 5HRSA 2IC3A 1KVAA 3NGIA 3DRPA 1UOCA 4JRPA 4AH9A 4C8NA 3RMBA 3LWMA 1NJWA 4Y1DA 4W5RA 1X9MA 4N76A 4M3RA 2NUBA 4EP4A 4EZ6A 2G8IA 1KTQA 4CJUA 4E89A 4CGDA 2RKIA 1B9FA 3ZSYA 4AILC 4ICLA 4F4KA 3SNNA 1QSYA 1NK5A 4W5NA 3KIOA 3TWHA 2HHSA 2Y1JA 3AO5A 2WONA 4CJLA 4DTJA 2B4JA 4OLBA 4Z4HA 4B08A 2EHGA 3ALYA 4DG1A 5JS1A 4FLWA 4W5QA 3OYIA 3DYAA 3QIPA 4YFUA 1U45A 1RCHA 1B9DA 4ZHRA 3OJUA 2PY5A 2X6NA 3NF9A 4DSJA 1RBVA 3S3NA 2IDOA 2QKBA 3M8RA 2HHVA 3KD5E 1BCMA 4DLGA 1IKVA 4BWMA 2VG5A 5E41A 3O4QA 2DY4A 4CFBA 1SL1A 1FKOA 1FXXA 3KLGA 4C8OA 1QE1A 1SUQA 3M8SA 1YTUA 1Q8IA 3VQBA 1NK6A 3PV8A 4DSIA 4FJ9A 2X74A 2XY5A 5J1EA 1A5VA 3SJJA 2DFHA 3C6UA 4O4GA 3F73A 4KFBA 3V9ZA 3RR7A 3U3GA 4OLAA 3AVNA 4O5BA 1ZBUA 4FM0A 1ASWA 3KLEA 1NKBA 1ZBHA 4QOZB 3DOLA 2F8SA 1NOZA 3AA3A 3AO2A 1RDAA 3EZ5A 4FJ5A 5C42A 2QKKA 1DTTA 1RT6A 3ZT0A 4CHOA 1UA1A 3AVAA 1B92A 4IFYA 3JYTA 3UIQA 1JLAA 3MECA 5C25A 4ZTFA 3C95A 4B9NA 3WNGA 1JLGA 4KPYA 4CJKA 3U6FA 3NHGA 1A5XA 3ZSOA 4HTUA 4G1QA 3M8QA 3LP1A 3EYZA 3SQ4A 4CJPA 1T7PA 3RMDA 3VQ4A 3OYLA 1VSMA 3AVMA 2IOCA 2BGGA 3I0SA 1WNSA 4CFDA 4N5SA 3RRHA 4FYDA 3OS0A 4DFPA 1VSDA 3MXMA 3THVA 3OYHA 2G8UA 1S6QA 3VQ6A 3ZSZA 4DMNA 4DQQA 1NJXA 3AVIA 5K14A 3QERA 3PUFA 3QO9A 1J53A 4O44A 1U47A 1CZ9A 5CY4A 1L3VA 2YNFA 2PYLA 3O4NA 4Z4GA 3OVNA 4KKOA 5HBMA 4AHSA 4AHVA 2I5JA 2BDPA 1J5OA 1JLQA 3IS9A 4CGIA 4NCGA 1DLOA 1S6PA 3D0PA 3QNOA 3ZCMA 4FXDA 4RW7A 4CJ3A 1QTMA 1RNHA 5FDLA 3HXMA 4DSLA 4CEBA 1LAVA 1LAWA 1CXUA 3OYGA 3TI0A 1U49A 4DQIA 4F8RA 2IAJA 3SYZA 3VQQA 5HP1A 1YVUA 3V4IA 3VQ7A 1WSFA 1KFSA 1JL2A 1RT2A 3O3FA 4DTMA 4MQ3A 4M3ZA 3TARA 4HCCA 4LD0A 3K57A 2JLEA 1RDBA 4M3TA 3SQ2A 4CIGA 1TKXA 1Y97A 4O0IA 4J2EA 3NF6A 3KJVA 4BE0A 2VG7A 4NYNA 3SV3A 4OKEA 1I3AA 3FFIA 1SKWA 3VQAA 3KK1A 3AA2A 3TAFA 3AVGA 1QSLA 4KRFA 4F2RA 3ISNC 4RW4A 4BE2A 4DQPA 3L3UA 3AO4A 1ZBLA 4DSKA 2XY8A 4FW1A 4B8CA 3L2WA 3SUOA 4HUEA 4CJ5A 5J2MA 3I8DA 4DWIA 4Z4IA 1VSKA 4FW2A 4B9SA 4CEZA 3DOKA 1BCOA 2HB5A 3OYFA 1EETA 1FK9A 4CEOA 2XO7A 2HHXA 3AVFA 3P5JA 4C8KA 1TKZA 1VSLA 1N5YA 2YHBA 3NGYA 4DU3A 4CEAA 4CJTA 4DU1A 3KTQA 3LP3A 2G8KA 3SV4A 4ELTA 1D9FA 3SPZA 3MEEA 4CHQA 1TGOA 1L3SA 3BDPA 2YNHA 1S5JA 4PA1A 3OYBA 1SKRA 4FZXC 4F2SA 3PX0A 3SUPA 4KTQA 3V1QA 3TANA 1BISA 1IKXA 2B5JA 1S1UA 4CHPA 1RBUA 4H8KA 3QINA 1NK7A 3VQDA 2D0AA 3OYNA 4Z4FA 3KKRA 4BDPA 4CJFA 3NF7A 3KLFA 1VSIA 4FJ8A 2ETJA 3S3OA 1LWFA 1BIUA 4CCHA 1DTQA 1EKEA 4IG3A 2VWKA 2PYJA 4ID5A 1JLEA 3DLHA 4L8RB 1BQNA 3VQEA 1L5UA 3V9UA 3LAMA 3LP2A 4GMJB 5FRNA 5KTQA 1EP4A 3ZT3A 1NJYA 5I3UA 1U04A 3NAEA 2HHWA 3I0RA 4CJWA 3AA5X 4TSXA 3OYEA 3PX4A 3WNFA 3K5OA 3V9WA 3ASMA 3NF8A 1XI1A 4N41A 1LWEA 3HYFA 2JGUA 3VQPA 4CHNA 4KAZA 3S9HA 4DF8A 4XIUA 1JLBA 3HVRA 4AHCA 4DSFA 3NBPA 3TAGA 3SUQA 3NH1A 4KI4A 4CGGA 1W9HA 1NK9A 4B9LA 1C6VA 2P1JA 3ZSQA 2W42A 2WOMA 4B3OA 2O4IA 4KB0A 2HHQA 2O4GA 1LW0A 5HRPA 4H4MA 2FBXA 3SPYA 5DMRA 1TAQA 4DTOA 1HYZA 3ZSXA 4CJEA 1Q9YA 4JS5A 3KD1E 3LALA 1F21A 2LSNA 5I42A 5J2PA 3LZIA 4DTSA 2A1RA 3DLKA 4M45A 3T1AA 1D8YA 1IG9A 2KFNA 3VA0A 1HMVA 4KHSA 1U48A 4AHRA 4Y1CA 1QSSA 2ITGA 3ZSRA 4CF9A 4CJ4A 3VQ8A 4W5OA 3O3HA 2A1SA 1NKEA 4M41A 3OS1A 4E7KA 1L3TA 1BIZA 1TKTA 3MEDA 1VSEA 1NK8A 3DI6A 3K5NA 1HYVA 2KQ2A 3C94A 3HO1A 4RG8A 4FLTA 1RBTA 3LZJA 4FJMA 2OPPA 3DLGA 1RT1A 4JS4A 2E6MA 2F96A 3CFPA 4KTZA 1NK4A 4DFJA 1S1TA 4ELUA 3SUNA 1IKYA 4DQRA 4LSLA 4E1NA 1KFDA 2FC0A 3LP0A 1IO2A 5KGWA 5KGXA 4FJXA 4FCYA 2Y1IA 1Q9XA 3DM2A 4CGFA 3AVKA 3SQ1A 3QLHA 3RRGA 2HNYA 4AHTA 4HVJA 3LPUA 2XHBA 4FK2A 3NCIA 3WNEA 4BACA 1ZBIA 2YV0X 5DK5A 2IS3A 3K58A 1ZBFA 4CHYA 4K8ZA 1T8EA 5HROA 1RBSA 4BE1A 1C1BA 4CIFA 2RN2A 3TR8A 4E7LA 4IG0A 4FJGA 4FLUA 3QETA 1HNVA 1BHLA 2KZMA 3BGRA 1WSIA 3AO1A 4RW8A 3H08A 2YKNA 3L8BA 3CM5A 3QEIA 5EU7A 4IDKA 4B9MA 4QCLA 4BWJA 1TL3A 3P1GA 2YKMA 3IRXA 4RW6A 3AVJA 3TAMA 3QEPA 1Z25A 3P83D 1XC9A 2YNIA 3DLBA 3CFRA 4KHNA 4DSEA 2P5GA 4IKFA 3TABA 4KHYA 1XHZA 1J9AA 4B8AB 4PUOA 4KHUA 1ITGA 2Z1IA 2R7YA 1X9WA 5CZ1A 1T03A 1HNIA 1LW2A 1KCFA 1X1PA 4HUFA 4CE9A 1G15A 1EX4A 4PQUA 4KHQA 1WSEA 2HVIA 3DMJA 3HL8A 4Z4EA 3DRRA 3OYJA 3IAYA 2G8WA 1YTAA 4FK0A 3AVBA 4ID1A 4CECA 4CF1A 3JSMA 4CF8A 3ZSWA 5KRSA 4KHWA 2BE2A 2E6LA 5FRMA 3CFOA 1VRTA 4FLYA 2OZSA 1CXQA 3ZSVA 3MXIA 1W0HA 1SKSA 1KVCA 3AVCA 3E01A 4CEFA 3KLHA 1JLCA 2P5OA 4H4OA 2GV9A 2VG6A 3B6PA 2BANA 4CEDA 3OYAA 4LH5A 2XY6A 1C0UA 2EX3A 1C1CA 2IGIA 3SI6A 3AA4A 3CYMA 4Q0BA 3V1OA 2KFZA 4FJ7A 4CFAA 4OVLA 1TK8A 1UA0A 1RBRA 3DRSA 3G0ZA 3HVTA 4PY5A 4N47A 2DFFA 2OPRA 1VSHA 1RT7A 2OYQA 3KK2A 1GOAA 3AV9A 1JXEA 2YNGA 3T19A 4E7JA 4DS4A 4CK3A 5SWMA 2XY7A 4M3XA 3F9KA 2HMIA 1HYSA 4DTRA 1S1VA 2KW4A 1IKWA 1BGXT 4CF2A 3HT3A 3EY1A 2XRIA 3SQ0A 2DTUA 2D5RA 3RMAA 4O55A 4OJRA 3QEVA 4OGCA 4N56A 4FM2A 2ATQA 1R0AA 3A2FA 4DS5A 3NDKA 1HJRA 4NCAA 1FKPA 3SZ2A 4EZ9A 2F8TA 4I2PA 4DFKA 1TAUA 3M8PA 4O0JA 3CG7A 3K5LA 2D0BA 5HLFA 1UWBA 2RPIA 5CZ2A 1C1AA 2OPQA 4AHUA 5T7BA 4CERA 5J2QA 3TAPA 1X9SA 4LH4A 4DTNA 1WAFA 2HNDA 1Z26A 1KLMA 4CJVA 4KV8A 2VWJA 1C0MA 1NJZA 2ZD1A 4DTXA 5HRNA 3HSTB 3L2UA 3NE6A 1QQCA 4CFCA 4KREA 4JRQA 4FLVA 1L3UA 4FJHA 4OPJA 1NK0A 3VQCA 2PZSA 4DTUA 4OPKA 1QHTA 3V6DA 3B6OA 3AVLA 4HHTA 4KB1A 4DTPA 2G8VA 1D5AA 3L3VA 4CGHA 4Z4CA 3L2RA 4IFVA 1GOCA 1JXBA 4DFMA 5HRRA 3PO5A 1C0TA 3L2QA 4PWDA 4RW9A 4OKJA 4F3OA 4FJJA 2HHTA 3KK3A 1GOBA 3LAKA 3NH0A 1RTHA 2HVHA 4FZZA 4NYFA 3ZT2A 4C8MA 1RDDA 3RMCA 1KVBA 1HPZA 2GUIA 3ZT1A 4CEEA 4CK2A 2QXFA 4E19A 1XWLA 4GW6A 3NFAA 4UQGA 3NH2A 3OYCA 4B9TA 1WSHA 3TAQA 2OZMA 3OJSA 2Z1JA 3LPTA 4Z0UA 5KI6A 1TL1A 4Q5VA 1U4BA 4BDYA 4B9VA 5KRTA 2YHAA 4F3TA 2P51A 1RT4A 3WNHA 3QESA 4OGEA 3O3GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CESA 1HQEA 1NWKA 2X78A 1LWCA 4FWKA 4FPBA 4FZYA 1VK0A 3J27A 2DFEA 3OYKA 4JEPA 4PL8A 1XHXA 5BR9A 4FLXA 4M42A 4EIAA 3PIPL 4JKGA 4CJSA 3CMAN 2K5SA 1N6QA 3A8YA 2OPSA 1HUXA 4KHPK 3Q7BA 2Z1GA 3G4SN 1BI4B 3QNNA 3LDOA 2ZE2A 5FPMA 1KLNA 3PY8A 5KPZA 1ZYQA 1VQ7N 4CW7B 3OYMA 1D9DA 3K2PA 3LM2A 1REVA 4FVMA 3FFKB 3SK3A 3BVOA 4I7FA 2Q3SA 3U4LA 2D0CA 1ATSA 3V9XA 1RILA 4JLHA 4IXCA 4HCBA 1FW6A 2YI1A 2FBTA 4LFCK 5GAHP 2YB5A 4WFBL 1ASUA 1NOYA 5AQQA 4LY7A 1P8ZA 1S9GA 5E84A 1BI4A 5JVHL 4DF4A 4BR7A 1VSFA 3SMPA 3HGKE 3HK2A 4CZKA 1MMOG 3TAEA 3ITHA 4NLCA 4BQLA 3L2VA 4DLEA 5FPNA 5C15A 3OY9A 2FF6A 4R5PA 3H1VX 3E66A 1YT3A 3PO4A 1VQ6N 1KRPA 1ATRA 3PX6A 1YVNA 2LF3A 5FLXO 2ZQBA 1JKHA 3KLIA 3P38A 3MWPA 3CD6N 3KWIA 3QEXA 4WFNL 1FZHE 3CM6A 1RT5A 4CBWA 2YHXA 5HRSA 3NGIA 3WT0A 4JI2K 2QWQA 4N76A 1I94K 1B9FA 4CD1A 3S41A 4F4KA 3SNNA 4K41A 3TTCA 3CI5A 3TWHA 4H0TB 5EOYA 3M5RA 4FWLA 2FSNA 2EHGA 3CMEN 1WBBA 2P9IB 1YXQA 1TUYA 1BUPA 3NF9A 2P9PA 2P9SB 3H6EA 4YOUA 2HHVA 4BWMA 1FKOA 3ZX0A 2FXUA 3M8SA 1YTUA 2ZJRL 2VQFK 3VQBA 3C6UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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