1CLQA

Crystal structure of a replication fork dna polymerase editing complex at 2.7 a resolution
Total Genus 282
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
282
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Building a replisome from interacting pieces: sliding clamp complexed to a peptide from DNA polymerase and a polymerase editing complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*CP*T)-3')
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 282
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1clqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1clqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1clqA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1clqA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1clqA03
4KTQA 2DY4A 2PYLA 5JS1A 2VG6A 5FRNA 1IKWA 1LWFA 1B9DA 1WSHA 2JGUA 3SPYA 3TAPA 2HVIA 4F4KA 1F21A 3MEEA 1VRUA 4FYDA 4CEAA 3C6TA 2F96A 4AH9A 3VA3A 4W5OA 2KFNA 3KJVA 3OYKA 3FFIA 4HHTA 3NGZA 1IKVA 3CFRA 3EZ5A 5DMRA 1QSSA 1ITGA 4KO0A 4FLWA 1NK5A 4O55A 2VWJA 1C0MA 1KCFA 2YKNA 1JLEA 4GVMA 3DYAA 4CE9A 2HNYA 3RMCA 4CF2A 4FLXA 4J2EA 3U3GA 3BGRA 1W0HA 3OYGA 3HO1A 1WSJA 3QIOA 3L2VA 3V6DA 3IAYA 3VQDA 4OPJA 2PYJA 1S1UA 5C42A 4B9LA 3K5MA 5HRPA 1GOCA 1BL3A 3AA3A 1NJXA 3M8SA 3U3YA 3HK2A 2F8TA 4QCLA 3SUNA 3AA2A 5KGWA 5J2QA 4TSXA 1TK0A 1L3UA 4E0DA 4DF4A 1U04A 3QNOA 3F9KA 3CFPA 1XWLA 1GOBA 1C0UA 1NJYA 4M3ZA 1Q8IA 4IG3A 4HTUA 4DTRA 3HT3A 1BISA 3NHGA 3G10A 2G8FA 4CEEA 3SV4A 2BGGA 1S9GA 1C1CA 2QKBA 3I0RA 3SNNA 4EP4A 3TR8A 2D0AA 3RMDA 3AVLA 4JRQA 1D9FA 2KTQA 4DMNA 5J1EA 1EXQA 2HHWA 4YNQA 4Z4GA 3CYMA 4KTWA 4YFUA 4ELVA 3D45A 4GW6A 4E89A 5C25A 1RTJA 1TL1A 2ETJA 3LP2A 3PX0A 4C8LA 4RW9A 2XY7A 4CJEA 3OYBA 3KLEA 1J5OA 3OYJA 1KVAA 3S3NA 1QS4A 4KHYA 4CFAA 3RRHA 1X9WA 2HVHA 1RDBA 5FROA 3QEXA 4CECA 2R7YA 1RT2A 4LH5A 3V1OA 3O4QA 4E7LA 5CY4A 3RMBA 3S3MA 3AA4A 4DU1A 5J2MA 3DLGA 3MXJA 4HCBA 4PQUA 3K59A 2IOCA 5C24A 2XY8A 4I9QA 2KQ2A 3AV9A 1JL1A 3DLKA 3T19A 3ZSZA 5KRSA 4DLGA 4CJSA 3DRPA 3DLBA 4L8RB 1R0AA 1K6YA 2BE2A 3TAGA 4N47A 4DSKA 4PWDA 3VQ4A 3U6FA 4OGEA 4IFVA 4OVLA 2Y1JA 1ZBLA 4FJKA 1EETA 4LSNA 3ZSQA 3V9WA 2G8HA 1REVA 1JLFA 2JLEA 1VRTA 4HUFA 1GOAA 1RDAA 3NGIA 1WSFA 3ULDA 2X74A 1U49A 1QTMA 1JKHA 3HVTA 4BE2A 4DSIA 3LZIA 1IKYA 3UIQA 1L3SA 1FXXA 4M3WA 4DFJA 4CGFA 4KFBA 4CEDA 4IG0A 4M3UA 4B9VA 4M41A 3VQ5A 3NH0A 3OYMA 3KK1A 1LV5A 1D8YA 4Q0BA 1S9EA 3AVMA 3SQ1A 1ASVA 4FJXA 3RTVA 4AHRA 1WLJA 1RDDA 1NOYA 2D0CA 2EHGA 1RDCA 3CG7A 4DFPA 4KREA 2GBZA 4BDYA 2F8SA 4PA1A 1MU2A 1SV5A 2YNFA 4BWJA 3MXIA 3MAQA 4LY7A 1S6PA 3ZSOA 4DTUA 3ZSRA 4I7FA 1TV6A 2RF2A 3VN5A 3C95A 3NDKA 4DU4A 4KV8A 4CJRA 1NKEA 1FKOA 3VQBA 4IKFA 3DM2A 3KLFA 1QSLA 2G8VA 1JL2A 4JS4A 4DG1A 2YHBA 3LP0A 1HRHA 3WNHA 3OS0A 3KLGA 1SL0A 1LAVA 5J2PA 1TKTA 4CJLA 2I5JA 1BHLA 1EP4A 1RNHA 4FZXC 4DQPA 4Z4IA 1CZBA 1X1PA 2YV0X 4KB1A 4M3XA 3VQCA 4DQSA 4PUOA 1D5AA 3OS1A 3JSMA 3CM6A 1T05A 3O3HA 4K8ZA 1WSEA 4N41A 4DQQA 3OJUA 4K8XA 3PV8A 1SL1A 3LPUA 1J9AA 3HJFA 2P5GA 4CEFA 1UA0A 3L8BA 4M45A 4CGHA 4B08A 3QO9A 2EX3A 3S3OA 1LW0A 4FLVA 4CGJA 3ZCMA 4E7HA 3NE6A 3HP6A 2YNIA 3AVJA 4KTZA 3DRRA 1U4BA 4KHSA 5T7BA 1VSMA 4F2RA 4N56A 1BIZA 1TKXA 1SUQA 1IKXA 2FC0A 1SKWA 3ZT4A 4C8KA 5FRMA 3TABA 4AHVA 4KHQA 4DU3A 1NKCA 3QINA 2E6MA 3DLEA 3VQ9A 4F3TA 4AILC 3F73A 3T3FA 1VSHA 3DRSA 4KPYA 3ASMA 4FJ5A 2VWKA 1WSIA 4Q5VA 1NK9A 1TKDA 5HRSA 1YTAA 4CJ5A 1NK7A 1JXBA 3NF9A 4FJ9A 4IFYA 2QK9A 4O44A 2HHSA 3OYDA 3AO5A 1S1TA 4B9MA 1S1WA 2A1SA 5KTQA 3KK2A 2ATQA 3TAEA 4CF0A 3O3FA 5I3UA 1U47A 4GMJB 2LSNA 3VQ7A 4C8MA 4DSLA 4I2QA 3V81A 1RCHA 3V9UA 4PY5A 2O4IA 2FBVA 4HUEA 4DF8A 1HQEA 2XY6A 3NFAA 2WONA 1SL2A 3S9HA 1NK0A 3AO2A 2FBTA 3HPHA 3O4NA 1ASUA 2YNHA 4DQIA 4DTXA 1EX4A 2VG7A 4RW7A 4CHNA 4O0JA 4CF9A 2PZSA 3OYIA 3AVBA 3TARA 4DTOA 1DLOA 2E4LA 3NGYA 3SQ2A 4NCGA 4CEBA 3TI0A 1BIUA 4FLZA 3B6PA 5JS2A 1RTDA 4QAGA 4H8KA 4J2AA 2WOMA 1HJRA 3V9ZA 4CESA 3DLRA 4RG8A 2NUBA 3AVIA 4JS5A 3NAEA 1QSYA 3VA0A 3TAFA 1RBVA 3SI6A 5SZTA 4B3OA 2HW3A 4KB0A 1TKZA 3P5JA 3LDSA 4CHZA 3V9SA 3VQ8A 1NJZA 3E01A 1WSGA 3NCIA 4FLTA 3HL8A 2BDPA 4KHNA 3B6OA 3T1AA 1S1XA 3DOLA 3QESA 3OYCA 1RBUA 2G8IA 3C6UA 3K57A 1CZ9A 3SPZA 4CCHA 4CF8A 1UOCA 4FK0A 1VSDA 3ZSXA 4CGGA 2XHBA 1YTUA 4Z4HA 3ZT3A 1NK8A 3AVGA 4ZHRA 4Z4CA 4Y1DA 4CHYA 3HXMA 1KSPA 2KZMA 5KI6A 2Z1IA 1C1BA 4FZZA 3NF7A 2KFZA 2AJQA 3WNFA 3RR7A 3AVAA 4CJ4A 2X6SA 1HNIA 3LWMA 4C8OA 4N76A 4CIEA 1HYZA 1L3VA 4NCBA 2HB5A 4H4MA 3D0PA 4FXDA 1HMVA 4B9UA 3L2QA 4HUGA 1KVCA 3RR8A 4I9LA 4FCYA 4CJKA 3ISNC 3KD5E 3KLHA 2P1JA 3ALYA 2KW4A 4DLEA 3ZSYA 1XI1A 1T03A 1J53A 1KVBA 1D9DA 1W9HA 4DFMA 4FM1A 4DTJA 4MFBA 1SKRA 3MXMA 3QEIA 1IH7A 3QETA 4CJUA 3JYTA 4OLBA 4Z4FA 4FK4A 2XRIA 2OPPA 2ZE2A 1WN7A 4W5RA 4JRPA 3OYAA 3SV3A 1FK9A 3PO4A 4AHSA 1J54A 3VQEA 5HRRA 1T8EA 3QEPA 2OPRA 2OZSA 4ZTFA 5HROA 1LW2A 3SUOA 1IG9A 2A1RA 4KHUA 4FK2A 1B9FA 1HNVA 3MEGA 4LH4A 3VQQA 4CIGA 2YHAA 4CGIA 3WNEA 2HNDA 3ITHA 2RPIA 4CJQA 2GV9A 4EZ9A 1I3AA 4ELTA 3DLHA 1VK0A 3ZSWA 4FLUA 3IG1A 3DMJA 4KI6A 1S5JA 2FBYA 2Z1GA 2HMIA 3QEWA 1ZYQA 4KI4A 1CXQA 1TL3A 1YVUA 1L5UA 4CIFA 1XC9A 3LWLA 3AO3A 4CF1A 3ZT1A 2DFFA 4BWMA 4FVMA 2B4JA 4CGDA 3NF8A 1BQNA 4NYFA 4AHTA 4BDPA 3RWUA 3SUQA 3NBPA 1HYSA 4FM0A 2DTUA 4ID5A 3KKSA 5HRNA 1KLNA 4CFCA 2HHXA 5CYMA 3OYNA 1A5XA 4M3YA 1Q9XA 4N5SA 1CLQA 3ZT2A 3OJSA 1U48A 2FBXA 3AO4A 4J2DA 1ZBHA 3SYZA 2B5JA 4RW6A 4FM2A 4E1MA 2XY5A 2Z1HA 3CFOA 1TVRA 1VSLA 4BDZA 3AVHA 4AHCA 5DK5A 4AHUA 2ZQBA 1RBSA 3MECA 1Q9YA 1TAUA 3AVKA 4OKEA 1JLCA 4W5QA 1N6QA 4CJPA 2D0BA 4KKOA 4RW4A 1BI4B 4H4OA 2ZD1A 3TAQA 4F3OA 1LWCA 4LSLA 4KAZA 2O4GA 4FJJA 2OPSA 5J2NA 4HCCA 5KGXA 3K58A 3PX6A 3PUFA 3V4IA 4W5TA 3M8RA 4HVJA 4CHPA 3CM5A 1RT7A 1VSKA 4OKJA 4CJTA 3HP9A 3V1RA 3IS9A 3AVCA 2GUIA 3G0ZA 2B6AA 1S6QA 3L3VA 3IRXA 1BGXT 2IGIA 3NF6A 1LWEA 3PO5A 1JLBA 4IDKA 4UQGA 2IDOA 4CEQA 4KRFA 1I39A 4CERA 4EP5A 5KRTA 4BE0A 4IBNA 4O0IA 4B9NA 5EU7A 2G8WA 1JLAA 1JXEA 3V1QA 1BI4A 3KK3A 1Z26A 2RKIA 3KKRA 1UAXA 1TK8A 1CXUA 2DFEA 3LAKA 3OYFA 1RT1A 4FW2A 4CK2A 2IC3A 3I0SA 3AA5X 1Y97A 2QKKA 5I42A 3HVRA 1LAWA 5HLFA 4LD0A 1UA1A 1T7PA 4NCAA 3NH1A 3L3UA 2HHQA 1VSIA 4KHWA 1ZBFA 4CEZA 2HNZA 4M3TA 3RRGA 5SWMA 4OKKA 2KZZA 4MQ3A 3LP3A 3OYEA 1KFDA 1ZBUA 2W42A 4Z0UA 2BANA 1G15A 4CJ3A 4E3SA 3LP1A 4FJ8A 3MEDA 4F8RA 2P5OA 3SQ4A 4Y1CA 1UWBA 4CFBA 3LZJA 1NKBA 1IO2A 1A5VA 4RW8A 2HHVA 3KIOA 3OVNA 1RTHA 3OYHA 1HQUA 3QIPA 4CHOA 4CHQA 3SJJA 3SZ2A 3OS2A 4M42A 1XHZA 2QXFA 4NYNA 3C94A 4DSFA 4E7KA 4I2PA 1TK5A 5D3GA 3QNNA 4O4GA 1RTIA 3DOKA 3P1GA 3L2WA 1B92A 1EKEA 2X78A 4ICLA 1WAJA 2OYQA 1WNSA 1VSFA 3VQPA 1NOZA 1X9SA 2OZMA 4WE1A 2G8KA 4FW1A 4E19A 4B8AB 4FJGA 1YT3A 2X6NA 3DI6A 2Z1JA 4DTMA 1QQCA 3HM9A 1RILA 3K5NA 1NK6A 4M3RA 4FJ7A 1RBTA 2RN2A 3A2FA 3TAMA 1BCOA 1C0TA 4JLHA 4CJFA 4QOZB 1KRPA 4DTSA 3SCXA 5CZ2A 5CZ1A 1DTTA 4E1NA 3O3GA 4E7IA 3K5LA 1DTQA 4DSEA 3KTQA 3M8PA 3ZSVA 4B9SA 4OLAA 3SUPA 1L3TA 3K5OA 3AO1A 3WNGA 3V9XA 4Z4EA 1C6VA 1ZBIA 1FKPA 1Z25A 3LALA 4DS5A 5E41A 2Y1IA 3SQ0A 5HP1A 4FJMA 2P51A 4ZTJA 1QHTA 4DTNA 4DS4A 3AVNA 3L2UA 3EYZA 4C8NA 4E7JA 4OGCA 2VG5A 1O1WA 3QEVA 2HHUA 1NK4A 2ITGA 3TWHA 1BCMA 4R5PA 4DWIA 3P83D 1C1AA 1RT4A 3PY8A 3THVA 4CJWA 1A5WA 3VQ6A 4FLYA 1S1VA 1WAFA 4OJRA 4DQRA 4CEOA 3K2PA 3EY1A 3VQAA 1U45A 2E6LA 1JLGA 2YNGA 2PY5A 1N5YA 3BDPA 1XHXA 1TGOA 4G1QA 3RMAA 3KLIA 4XIUA 2OA8A 3QERA 4B8CA 2OPQA 3H08A 3LAMA 4DFKA 4CK3A 3ZT0A 3LPTA 4CFDA 3HPOA 1HPZA 3OY9A 1NJWA 4B9TA 3QLHA 4FZYA 4BE1A 3HPGA 1BQMA 1JLQA 1X9MA 1RT5A 4W5NA 1RT3A 3CQ8A 2G8UA 3HYFA 4DSJA 2D5RA 1RT6A 2IAJA 2Q3SA 2YKMA 4FJNA 3AVFA 4CJVA 4DTPA 1KLMA 3L2RA 4ELUA 4J2BA 1TAQA 3NH2A 4O5BA 1VSEA 5FDLA 3OYLA 3KD1E 3I8DA 5HBMA 2HHTA 1KTQA 1RBRA 1QE1A 3M8QA 1KFSA 1HYVA 1ASWA 4BACA 5CYQA 4F2SA 3PX4A 4FJLA 2DFHA 3HSTB 5K14A 4CK1A 1SKSA 4EZ6A 4FJIA 4FJHA 2XO7A 4ID1A 4OPKA 3LANA 3TANA 1VSJA 2IS3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4WCEL 1ZBSA 3WNHA 5J2PA 4CZKA 5KPTA 2B8IA 4CJLA 2UUBK 4B1VA 1BHLA 3WQUA 3SLCA 1VQKN 4KB1A 4PUOA 3VPZA 2RKHA 1WSEA 4N41A 4O8KA 3OJUA 3PV8A 4DR4K 1J9AA 5IBKB 1NMDA 4CEFA 1UA0A 3WXMB 1GLJO 2QWNA 5FPDA 3WXLA 3S3OA 4B3RK 2NRHA 3EE9A 2YHWA 1U4BA 1VQ5N 4JKGB 3OGLB 1SUQA 1NG9A 5GIOA 1WBBA 3TABA 4DU3A 3SMSA 5C2FA 4BC4A 1VQNN 4KPYA 3ASMA 4FJ5A 5HRSA 1JXBA 3CJCA 4DUYK 3CCEN 1RGIA 3MN6A 4EHUA 4H0XB 2CGLA 3KK2A 3CCLN 3TAEA 3O3FA 5I3UA 3ZEUB 2LSNA 1IBLK 1MTYG 3HGLA 4ILGB 3V9UA 2O4IA 5EXWA 4HUEA 4DF8A 2XY6A 2WONA 1SL2A 2FBTA 1V4TA 1EX4A 4CF9A 2PZSA 3AVBA 1IJJA 4EIAA 3SQ2A 4NCGA 4BC3A 2WOMA 1HJRA 1G99A 2NUBA 3AVIA 3L2OB 3D2FA 1NGEA 3CCRN 3THYA 1TKZA 3JXUA 3P5JA 3E01A 3L6QA 3HL8A 2BDPA 3T1AA 1S1XA 2E31A 4I6MA 3DOLA 5AZIA 3R9PA 2W40A 2QWOA 3C6UA 3K57A 3UKRB 1UOCA 1VSDA 4WQ4A 3ZSXA 4CGGA 1YTUA 3CJAA 2P9LB 3CCJN 1Z6RA 3LDBA 1KSPA 2Z1IA 3NF7A 4LF7K 3RR7A 2X6SA 2Q2RA 1L3VA 4NCBA 2HB5A 4H4MA 5BRHA 3ULEB 4BC2A 3L2QA 4HUGA 1KVCA 4B9UA 4ISEA 3KLHA 4WQ5C 3N1EA 1YITN 2D0PA 3ZSYA 4DLEA 1J53A 1KVBA 3IDHA 1E4FT 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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