1CLQA

Crystal structure of a replication fork dna polymerase editing complex at 2.7 a resolution
Total Genus 282
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
282
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*AP*AP*CP*TP*AP*CP*T)-3')
publication title Building a replisome from interacting pieces: sliding clamp complexed to a peptide from DNA polymerase and a polymerase editing complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 282
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1clqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1clqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1clqA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1clqA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1clqA03
3U3YA 1RBVA 3CFPA 1VRTA 3M8RA 4CHQA 3EZ5A 1NJYA 3OJSA 3QEXA 4DTUA 4FLTA 5J2MA 4M41A 3V9WA 4W5TA 4B9NA 3KLGA 3TAGA 4ZTFA 1BGXT 3B6PA 1QSLA 4CJEA 1Q9YA 3HPOA 4FJIA 3ZT1A 3CYMA 4H8KA 1NK7A 2GBZA 4O0JA 5SWMA 3L2WA 4F4KA 4E7IA 1U45A 3V6DA 1HJRA 3MECA 3AVKA 4IDKA 4FJMA 4HHTA 1U48A 4W5NA 2ITGA 3OYFA 3L2UA 4CGDA 4KI6A 1ASVA 3WNGA 1REVA 3THVA 3AVIA 3OYCA 2KZMA 4AHCA 4B08A 3QEPA 1D9DA 1L3SA 3AO1A 1XC9A 2BE2A 3LP1A 1ZBUA 3SQ1A 3AVGA 4CCHA 1Z26A 2XY8A 2OPPA 2RN2A 1I39A 1TKTA 4MQ3A 3ZT4A 1U4BA 4ICLA 2P5OA 1FKOA 3IRXA 4CGIA 2HMIA 4C8LA 4DTXA 4DMNA 4BDYA 1RBRA 3RR8A 2ATQA 3SQ4A 4PWDA 1TV6A 4W5OA 2IAJA 1G15A 4CHNA 1BI4B 3ITHA 4CEFA 3QIOA 4CGJA 3MXMA 4CF8A 3AVNA 3ISNC 1S6PA 4YFUA 1S5JA 3CM5A 4FK0A 4AHVA 4CF1A 3VQ8A 1NK8A 2P51A 2BGGA 4B9UA 1RDCA 1C1BA 4KTQA 4Z4EA 3LALA 3PO4A 1S1XA 3C94A 1IKXA 4M42A 1C0MA 4F2RA 2FBXA 3VQDA 3PUFA 4BWMA 3KK3A 2YKNA 1RDAA 3K5LA 4FLYA 1CXUA 3MEEA 4RG8A 4CERA 5HRPA 3NH1A 2OA8A 4AHTA 3DLHA 4Q5VA 3KIOA 3QEVA 1IKYA 4J2EA 1J53A 4FJ9A 4ID1A 1BIUA 1SL1A 3DYAA 1J9AA 1FXXA 3OY9A 1TK0A 2ZE2A 4LSNA 1J5OA 3K5OA 1ITGA 2X78A 3TABA 4JLHA 1RTJA 4Y1CA 4FLXA 4N47A 4JS4A 3TANA 4Z4HA 3S3MA 1GOBA 4BE1A 3TI0A 1NOZA 5K14A 3QEIA 3TAQA 3DOLA 1DTQA 4E7LA 2G8FA 1ASWA 1B9FA 4W5RA 3SZ2A 3B6OA 4FCYA 1TK8A 3KTQA 1GOCA 1KCFA 1LAVA 3KLEA 1YTAA 4FW1A 3OYKA 3LZJA 3OYGA 3RMAA 2ZQBA 3SNNA 4IG3A 5HRNA 1TGOA 1BIZA 2E6MA 3T1AA 1RTIA 2D0BA 3DM2A 3DRRA 5C25A 2IS3A 4DFMA 3LZIA 1JLCA 3SUPA 1EX4A 2F96A 4CIFA 3O3GA 4DQRA 3NH2A 1C0UA 4N41A 3QETA 4ZHRA 4B8CA 4OKKA 4CJWA 3OYMA 1VSFA 4I2PA 3F9KA 4CEZA 1HMVA 3AVBA 3LPUA 2Z1IA 4JRPA 3PX0A 1Q9XA 1KFSA 4IFVA 1YVUA 2DFHA 3QINA 3SPZA 4DF4A 3HM9A 3WNFA 2QKKA 4DSKA 3VQCA 3NH0A 1RBSA 2E4LA 3V81A 1RBUA 2HW3A 2D0CA 4OJRA 3OYHA 3K5MA 3CQ8A 4M3ZA 5FROA 3SQ0A 2D0AA 1SKSA 4DU4A 4DU1A 3P1GA 4KV8A 4FJNA 2IGIA 1L5UA 3NAEA 5FDLA 3ZSYA 4FZXC 1QQCA 1WSIA 3I0RA 4DTOA 1B9DA 3HYFA 4OKJA 4DFPA 2A1RA 4DU3A 3ZSWA 4DSFA 3PX6A 4EZ6A 1BQNA 4CHYA 4Z0UA 3L2RA 1WAJA 1WSEA 1WSGA 4GW6A 4B9TA 1NKEA 2NUBA 3OJUA 4HUFA 1F21A 2WONA 4Z4IA 4F2SA 3OYDA 4H4MA 4Z4FA 4B9LA 4KO0A 1VSKA 1XHZA 4FM2A 1HNVA 4OLBA 1NJXA 4KKOA 4FLZA 1FK9A 2ETJA 1X9SA 4CJRA 1LWCA 2KW4A 1RT2A 3EYZA 2YNFA 2YNHA 4FW2A 3ZT2A 2OPSA 4DQQA 5HROA 5J2PA 3ZT0A 3SYZA 3AO3A 4FJ5A 1NJWA 4AH9A 3DOKA 2HHWA 1UA1A 2Y1IA 4TSXA 1WNSA 2IOCA 4M3XA 2EX3A 3T19A 1EP4A 3NBPA 4C8OA 4E1NA 2YHBA 1VSMA 1TL3A 3ALYA 2B5JA 1S1VA 1TL1A 1NK9A 1JLFA 1RT4A 2Y1JA 4BWJA 4DS4A 2XY7A 1X1PA 5HBMA 4FJXA 4M3TA 5JS2A 1CZBA 3LP2A 3AVMA 1B92A 1TAQA 4MFBA 3NGYA 3VA0A 3SUQA 1CZ9A 4CF0A 4E7KA 3OS0A 4O0IA 1C0TA 1LAWA 3TAMA 1XWLA 2RPIA 1QE1A 2OPQA 3I0SA 5KGWA 1KRPA 4M3RA 3H08A 5CYMA 4J2BA 4QAGA 3LWLA 3HXMA 4O4GA 3TAFA 5C42A 3PO5A 3O3FA 3DLRA 4N5SA 4DFKA 1SUQA 2HNYA 2ZD1A 3DLEA 4FJ7A 4CEEA 4OGEA 3VQQA 3VQPA 3C95A 4O5BA 3AVJA 2KFZA 3E01A 3NF8A 1JXBA 4FJGA 3NF6A 4FJLA 3VQ6A 4CGFA 4FK2A 3V1OA 4CJTA 5C24A 3HT3A 2JGUA 2D5RA 4RW9A 1VRUA 4CECA 4HVJA 4FXDA 3L3VA 4FLVA 4OVLA 4RW7A 4DTJA 3MEGA 1NKCA 4RW4A 2G8KA 4OKEA 3NFAA 2VG7A 4I9QA 3DLGA 3OYIA 3KD5E 3DLKA 4E89A 4KAZA 2DFEA 5HRSA 5KRSA 2HNDA 1WSJA 4ELTA 2FBVA 1UWBA 3SPYA 4DSEA 4FYDA 4CK1A 4NCGA 4DLEA 4DSJA 5DK5A 3T3FA 3K5NA 1ASUA 4KREA 1JKHA 3OS1A 3VQ5A 4W5QA 4Y1DA 3LPTA 3ZSVA 3TWHA 1D8YA 4FK4A 4RW8A 3OYJA 2G8UA 4ID5A 4B9MA 4NCAA 2X6SA 2VG5A 4CJFA 2G8VA 3VQAA 1XI1A 1KLMA 2YV0X 4PQUA 3CFRA 4F8RA 4M3WA 4KHQA 1IG9A 3KK2A 4FJ8A 1VSEA 4IFYA 3RTVA 4B3OA 2FC0A 3D0PA 2X74A 2KQ2A 5KRTA 4UQGA 2RKIA 4N76A 4EP4A 1VK0A 4KHWA 2XY5A 2P5GA 1JL2A 1NOYA 2PZSA 3RMCA 1ZBFA 4F3TA 1TK5A 3SUOA 4HUEA 3IS9A 1ZBHA 4NCBA 5KTQA 4B8AB 1JLBA 3G0ZA 2XHBA 3AVHA 3ZCMA 4CJVA 4DSIA 2F8TA 3IAYA 4CK2A 3RRGA 1SL0A 3HO1A 1BI4A 1LWEA 2WOMA 3S9HA 4CEOA 4LSLA 3VQ4A 4JS5A 2YNGA 4CEBA 3SV3A 4F3OA 1C1CA 4CEAA 2HHQA 1TAUA 2QKBA 5JS1A 4QOZB 1JL1A 3DRSA 1BISA 3NDKA 5CZ1A 3G10A 1ZBIA 2AJQA 4FJHA 4FLWA 1C1AA 4DF8A 3L3UA 3V1RA 1DTTA 3NF7A 4E1MA 3TR8A 3NGZA 3V9XA 1NK6A 3RWUA 3JYTA 3U6FA 2R7YA 1FKPA 3HVRA 4KPYA 2Z1JA 4CIGA 1S1UA 4CJ4A 5T7BA 1WSFA 1LW0A 3AO4A 1DLOA 3KD1E 1EKEA 4I7FA 1Q8IA 4NYNA 3V1QA 1C6VA 3HL8A 3M8SA 2GV9A 4FVMA 2XO7A 3RMDA 1S1WA 1T8EA 4J2DA 3AA3A 2FBTA 1BL3A 4LH4A 4BACA 1UA0A 3MXJA 3VQ7A 4XIUA 4FM1A 5J1EA 4ELUA 1HYZA 4CJUA 4M3YA 4EP5A 4CK3A 1CXQA 4BE0A 1VSLA 4CJ5A 1I3AA 4NYFA 4BE2A 1JLGA 1Y97A 4CEQA 2HB5A 5CZ2A 4B9SA 4J2AA 4DTPA 5KI6A 4DS5A 1EXQA 3QLHA 4DFJA 5FRMA 1RBTA 3ZSXA 3QIPA 1RT1A 4PA1A 4CHPA 3KK1A 2G8HA 4Q0BA 4IG0A 2EHGA 2I5JA 3AV9A 3M8QA 3QEWA 1KTQA 3PX4A 3NGIA 3L2VA 1Z25A 4Z4CA 5HP1A 2Q3SA 2DTUA 1KSPA 1RT3A 4ELVA 3HP9A 4E7JA 1BHLA 1D9FA 1LWFA 4CEDA 1O1WA 3SJJA 3KLIA 4PUOA 1QSYA 4C8NA 2VG6A 2G8IA 1VSHA 3P5JA 1KFDA 1QS4A 1RTDA 2W42A 3TAPA 4FM0A 3LANA 2O4GA 1NKBA 3CFOA 3QERA 4CJ3A 4BDZA 3KJVA 5J2QA 4CIEA 3PY8A 1IKWA 1W9HA 4RW6A 1K6YA 1IH7A 4DSLA 3RR7A 2A1SA 4LD0A 1RCHA 2XRIA 2OPRA 1N5YA 3NCIA 2YKMA 3P83D 4CE9A 2JLEA 3WNHA 3I8DA 3F73A 4EZ9A 4KB0A 4CFBA 1RNHA 2E6LA 1T7PA 1HNIA 4FJJA 2BDPA 4Z4GA 4KHUA 3K58A 1BCOA 3LAMA 3VN5A 1NJZA 2O4IA 4CF2A 1IO2A 3BDPA 2IDOA 3QO9A 3V4IA 2HHVA 3KLFA 4DQPA 2BANA 3KLHA 3M8PA 4N56A 1HQEA 3HPHA 4HTUA 4CJSA 3ASMA 5KGXA 2KFNA 3ZSRA 5E41A 1JLEA 3AO5A 4IBNA 3DRPA 3VQBA 1TKXA 3MXIA 3V9UA 3BGRA 4OLAA 4LH5A 1RDBA 3QESA 5CY4A 4E3SA 1TKDA 4CHZA 4CJPA 1YTUA 2OYQA 4ZTJA 2HHXA 4O44A 2QXFA 3CG7A 3K59A 4FZZA 3ZSQA 5SZTA 4OGCA 4C8MA 3HPGA 1VSDA 1WSHA 3HVTA 4E7HA 3MEDA 4BDPA 4G1QA 3QNNA 2QK9A 4DTNA 3AVAA 3NF9A 4YNQA 4CGGA 1NK0A 1WN7A 4E19A 3NHGA 2XY6A 1NK5A 1BCMA 4CFDA 4JRQA 3FFIA 2Z1GA 3VA3A 3SCXA 3AA2A 1D5AA 3A2FA 3KKRA 2HNZA 4CJQA 3LAKA 3HP6A 4HCCA 1S1TA 1HQUA 1T03A 2VWKA 2B4JA 3WNEA 3L2QA 4M45A 4KHNA 3K57A 1RT6A 4CHOA 4CJKA 2PY5A 4M3UA 2Z1HA 4DG1A 3LP3A 5HLFA 3LDSA 4I2QA 3RRHA 1QHTA 4K8XA 3VQEA 1L3TA 1KVAA 3LP0A 3ZSZA 4DLGA 3AVFA 3C6TA 4AILC 4KTZA 3SV4A 2KTQA 1VSIA 4KHYA 4GVMA 3CM6A 5HRRA 1RT5A 2PYJA 3OVNA 1L3UA 4E0DA 4L8RB 2FBYA 3OYLA 1A5XA 3EY1A 1TVRA 1IKVA 1RTHA 3C6UA 3K2PA 3QNOA 1RT7A 1QTMA 3HK2A 1L3VA 3SUNA 3AVLA 2IC3A 4KRFA 1UAXA 5I3UA 1JLQA 3O4QA 2GUIA 2VWJA 1ZBLA 4C8KA 1U04A 4KHSA 1XHXA 4WE1A 2P1JA 4CJLA 3L8BA 4KTWA 4KI4A 3KKSA 3UIQA 4CGHA 1MU2A 3LWMA 4IKFA 4LY7A 1WLJA 4DWIA 4FZYA 2HVHA 1SL2A 4AHUA 1RILA 4B9VA 5DMRA 4GMJB 1A5VA 2OZSA 3PV8A 2HVIA 2LSNA 4DQSA 3OYEA 1BQMA 3AA5X 1X9MA 3OYBA 1HPZA 2B6AA 2YNIA 3RMBA 1WAFA 4KB1A 1U49A 2DY4A 2RF2A 1HYVA 5CYQA 4OPKA 1U47A 1LV5A 4QCLA 2HHUA 4DQIA 3OYNA 1CLQA 1N6QA 3TAEA 1A5WA 4AHRA 3D45A 4CF9A 4CESA 3AA4A 4R5PA 3TARA 3DI6A 3V9ZA 1S9EA 1KVCA 4H4OA 3HSTB 1S9GA 3ULDA 2PYLA 1JXEA 1RDDA 3DLBA 3ZSOA 2KZZA 1TKZA 4DTSA 2X6NA 3MAQA 4K8ZA 1X9WA 1HRHA 1SKWA 2HHTA 4HUGA 4OPJA 1S6QA 4I9LA 3IG1A 3O4NA 3OYAA 1KLNA 3HJFA 4DTMA 4CFCA 3ZT3A 1LW2A 3AO2A 1ZYQA 1KVBA 3OS2A 3U3GA 4AHSA 3S3NA 3S3OA 1GOAA 3DMJA 4HCBA 1YT3A 5EU7A 5D3GA 2HHSA 5I42A 4PY5A 3SI6A 4KFBA 2OZMA 1JLAA 1VSJA 1NK4A 2G8WA 5FRNA 1R0AA 4O55A 1SV5A 1EETA 2F8SA 3AVCA 1W0HA 3O3HA 3NE6A 1J54A 3VQ9A 4CFAA 1T05A 3JSMA 1QSSA 2YHAA 1HYSA 2DFFA 3V9SA 5J2NA 4FLUA 4DTRA 1SKRA 1UOCA 4FJKA 3SQ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4HUFA 2WONA 1VHXA 3T1HK 2ASMA 2QWNA 3AGRA 1TYQA 3UB5A 4WCEL 4KKOA 1NWKA 1RFQA 5AJ3K 1VQ9N 4OLBA 1RT2A 3VF4A 3TSPA 3ZT2A 1U2VA 5HROA 4ISFA 3EKUA 5JLHA 1IBMK 4I6JB 4TSXA 1XVBE 1WNSA 2IOCA 1TUUA 4M3XA 4C8OA 1YUWA 4E1NA 4G9ZA 2Y1JA 5EOYA 1X1PA 4EAHD 1OVQA 5JS2A 1CZBA 2OVRB 1NBWA 3VA0A 4E7KA 1C0TA 1GLEG 1LAWA 1QE1A 3H08A 5CYMA 3ID8A 4O4GA 3TAFA 3PO5A 3O3FA 3DLRA 4N5SA 3J80O 3DLEA 4FJ7A 3VQPA 3SAHA 3C95A 3NF8A 1JXBA 4CJTA 3NF6A 3SV3A 1NKCA 1Q18A 3V1OA 4XH5A 1R59O 3IUCA 1VRUA 5AFUH 3L3VA 4FLVA 4OVLA 3MEGA 4RW4A 4A59A 3CJBA 3KZBA 3OYIA 4BRNA 2JPNA 2GUPA 2VYPA 1WSJA 3D7EO 3TPQA 5E26A 3PSFA 4V19S 3K5NA 3VEVA 4FWNA 3OS1A 3TWHA 2O8BB 3ZSVA 2G8UA 4PHTX 1KLMA 2YV0X 3H3OB 1NGBA 5GAEP 3U8XA 3RTVA 4IFYA 3D0PA 3L0MA 2KQ2A 2NNWA 1JW2A 3H46O 4KHWA 2XY5A 2P9SA 1WUAA 1NOYA 5JMVA 3RMCA 3LM2A 3IS9A 1ZBHA 3VGKA 3A5MC 4IO9L 1W7AA 2XHBA 3AVHA 3L4IA 4H03B 4CJVA 5FLXO 3ZETB 3IAYA 3KK7A 4MLHA 4WQ5C 3HO1A 4RL5A 4ICGC 3S9HA 5FPDA 4LSLA 4L3QA 2VJ5A 4BC5A 3J7YP 5JS1A 1C1CA 4CEAA 4CZKA 3J27A 3DRSA 1BISA 3NDKA 3WXJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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