1IH7A

High-resolution structure of apo rb69 dna polymerase
Total Genus 303
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
303
sequence length
903
structure length
897
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the Replicating Complex of a Pol alpha Family DNA Polymerase
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA POLYMERASE
total genus 303
structure length 897
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-04-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1ih7A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1ih7A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ih7A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1ih7A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1ih7A03
1K6YA 3DLRA 2XY7A 1Q9XA 1C0MA 1HPZA 3AVLA 3HK2A 4CGFA 2XY5A 3T19A 4KHNA 1WSHA 3OYNA 4DQRA 1XHZA 3K59A 1W0HA 1S9EA 3NF6A 3K5NA 3ZCMA 1A5XA 3S3OA 1XWLA 2OPSA 5K14A 1CXUA 3L3VA 3VQ8A 1U4BA 4KTQA 1DTTA 3ZSXA 1J53A 2Z1JA 4PQUA 1SUQA 3S3MA 4CJEA 4E0DA 3HPOA 3HM9A 3L2QA 3F9KA 3NGZA 3C95A 4CJTA 2P5OA 3V1RA 4IBNA 4CEFA 3HVRA 1NKBA 3RMCA 4RW6A 2OPPA 4CF1A 4Z4FA 4DFPA 4Y1DA 3TR8A 4I9LA 1I39A 4FLVA 3G0ZA 4M45A 4DTXA 1VSHA 4LH4A 2RN2A 5J2PA 3KKRA 4F8RA 4FJ5A 4KHSA 3VQ7A 5FDLA 1SKSA 4PA1A 3K5LA 4B9VA 1WSFA 3SQ0A 3OYEA 1B9FA 4FLYA 4CJPA 3SCXA 1J54A 2HMIA 4G1QA 4KREA 4M3RA 3AVIA 4CJUA 3AVFA 1TK8A 4Q0BA 4KFBA 1ITGA 3AVAA 3WNFA 1KCFA 1T03A 3HPGA 3QIPA 4CIGA 1TAQA 3L2RA 3KTQA 4HUFA 1BQNA 1VRTA 1TKXA 3B6PA 3LAMA 3K5OA 4AHUA 3DLHA 3WNHA 1NOYA 2HNZA 3VQCA 1VSLA 2XRIA 2FBXA 3I0RA 3O3HA 3K57A 4FCYA 2PY5A 2PYJA 1RBUA 5D3GA 3EZ5A 1WSGA 4CEAA 1VSEA 3DI6A 3V9UA 3OS2A 3HT3A 4CEOA 3ASMA 4XIUA 4QOZB 1JKHA 3VQBA 4FJJA 1ZBFA 4DMNA 3NH0A 4Z4HA 3PY8A 3ZT0A 2QK9A 3U6FA 3M8QA 2AJQA 1RDCA 1KVAA 3NAEA 4DU3A 4CJQA 2YHBA 1XHXA 1O1WA 3OVNA 2EX3A 4W5RA 1JLCA 2IOCA 4EZ9A 2ZE2A 1ASVA 4E7LA 4FZYA 3NDKA 3ZT3A 3DM2A 3OYGA 1SL0A 4CGDA 4M3UA 4AHVA 3V9WA 2OZSA 3TAPA 2F8TA 2PZSA 3TWHA 4O44A 2P5GA 4NYFA 2X6NA 1QSLA 1GOBA 4I7FA 2B5JA 1NJYA 2HNDA 1X9SA 1RTDA 1DLOA 3AO5A 4CJKA 4HCBA 1ZBHA 4FXDA 3L3UA 4CE9A 1D9DA 4MQ3A 2XY6A 3RTVA 1D5AA 4B9UA 4NYNA 4EP4A 3TABA 2HHWA 3TANA 4CK1A 3OYHA 4DG1A 4DS5A 3H08A 1VSKA 1X1PA 4GW6A 4PUOA 4Z4IA 3RMBA 2YV0X 4FJ8A 1L3TA 2G8HA 3HL8A 3L2UA 2X74A 1TK0A 1KVCA 2LSNA 4OPJA 1A5WA 3VA0A 4CF2A 4B9LA 3MECA 2YKNA 2G8UA 3SUPA 1HRHA 1N6QA 4FLTA 4B8AB 2G8FA 2D0BA 4F2RA 4FK4A 4CIFA 3K2PA 4FZZA 3QETA 2OA8A 3ZSVA 2ZD1A 3NFAA 3BDPA 4BWJA 1NK9A 3AV9A 4FLXA 3OYDA 4LH5A 4CGGA 4DQSA 1XI1A 1TKTA 5KRSA 2YNGA 4FLZA 5HROA 4DU1A 3AO1A 3ZT4A 3KLGA 1NK6A 4B9MA 2KFNA 3LZIA 3CM5A 3NH2A 3DOLA 3TAMA 4CK3A 4MFBA 1Q9YA 2FBTA 3NGIA 2OPRA 5SWMA 4HUGA 1VSIA 1LAVA 1RT7A 3LP3A 5KTQA 1LWFA 4KHUA 4BDZA 2HVHA 2VWKA 3VQAA 1LW2A 3AO3A 3V1OA 3DMJA 1JLGA 4KB1A 1FKPA 1RT4A 2DFFA 4CEDA 2Y1JA 1IKVA 5C24A 1S6PA 4CGIA 4K8ZA 4CEEA 1N5YA 3MEGA 4CFAA 2VWJA 4Z4CA 4F4KA 4J2AA 3D0PA 4E7IA 4M41A 1Z26A 2QKKA 4FJHA 1NK0A 1WSEA 3O4NA 1LWCA 4DTRA 4DLEA 2X6SA 1LV5A 4PY5A 3FFIA 4DWIA 3LAKA 4OGEA 3SJJA 3THVA 4AHCA 3SUQA 2ITGA 3AA3A 4CJ5A 4DQIA 4ELTA 4KB0A 1NKCA 1QQCA 3VN5A 1RBSA 4B9TA 4QAGA 4O55A 3E01A 4C8NA 1YVUA 3C6UA 3SYZA 4DTMA 4J2BA 3QLHA 3LP1A 4BWMA 3QEWA 3HSTB 1BGXT 1DTQA 3OS0A 5J2MA 4N5SA 1NKEA 4TSXA 4DFKA 2XHBA 1JLAA 4CFCA 4KRFA 2OYQA 2WOMA 3U3YA 3QESA 3V9SA 1UA0A 2DFHA 4E89A 2G8IA 5KGWA 4O0IA 1LAWA 4DF4A 1IKWA 4E1MA 3VQPA 3SQ2A 3DRPA 4B08A 1S5JA 1RTIA 3KJVA 4CFBA 2ZQBA 3ZT1A 1NOZA 3SUOA 1J9AA 2D5RA 3MXMA 5FRMA 1SV5A 2YKMA 4FYDA 3QEXA 2IAJA 2B4JA 3RRHA 4E1NA 1RBTA 1LW0A 1CZBA 1QSSA 4AILC 1WLJA 1RNHA 1HNVA 1D9FA 4FM1A 2KW4A 4DTJA 2JLEA 4DTNA 5CYQA 4AHTA 4CGHA 3DLEA 3LALA 4CIEA 3IG1A 1C0TA 3NF9A 4CHPA 4DFJA 1HQUA 4FW2A 1C1BA 3V81A 2Z1GA 3G10A 4Z4GA 1TK5A 4RW9A 4CK2A 4CJSA 5CY4A 3S3NA 4HVJA 2BDPA 1S1XA 3PX0A 1MU2A 1IO2A 4JRQA 2YNFA 3SI6A 3M8SA 1BIZA 1VK0A 4E3SA 3DRRA 3IAYA 2IDOA 5T7BA 3RRGA 4Y1CA 4M3YA 3JYTA 4KHWA 3QERA 4ICLA 5JS2A 3RR8A 3AVJA 1RTHA 3NE6A 4KAZA 2FC0A 2Z1HA 1S1TA 4CHOA 4OLAA 2HHUA 3SQ4A 1ZBIA 4K8XA 3HO1A 3OYIA 1NK4A 2Q3SA 3C94A 3CM6A 3L2VA 4CJVA 5I3UA 3IRXA 1TGOA 2Z1IA 3V4IA 4EP5A 5HLFA 4RW7A 4CHQA 4C8MA 4ZHRA 3V9ZA 4FJIA 2DFEA 2IC3A 2O4GA 3TAQA 1UAXA 4W5NA 1BIUA 3TAGA 4M42A 1EP4A 2XY8A 4LD0A 4OKJA 3ITHA 1KVBA 3V6DA 4ZTJA 1WSJA 2YNIA 3ZT2A 4KI6A 5C42A 4DFMA 1NJZA 1UOCA 3SV3A 4H4MA 1G15A 4OKKA 4FJKA 4AHRA 1EXQA 5C25A 4F3TA 1ZYQA 2RKIA 1U04A 1ZBUA 3AVMA 5HRRA 3HXMA 5I42A 3A2FA 1NK7A 2XO7A 2BANA 3P5JA 1U45A 4ELUA 4CF0A 2Y1IA 1B9DA 4CEQA 1IKXA 1D8YA 4CJWA 2VG5A 3KLEA 1RDDA 1JXEA 1T7PA 3QEPA 4DSEA 1Y97A 4KTZA 4C8KA 1L5UA 1RDAA 4CEBA 1QHTA 2E6LA 3VQ9A 5FROA 3VA3A 2HHSA 4N56A 4IFVA 4IKFA 2KFZA 3LP0A 4OJRA 1RT1A 4ZTFA 3V9XA 3VQEA 4CGJA 4EZ6A 1JLFA 4FJ9A 3AVKA 3RMDA 3KLIA 4B3OA 3AA5X 3RMAA 4RW4A 1U47A 4CJFA 4KTWA 1UWBA 1FXXA 4KO0A 3K5MA 4JRPA 1T05A 5FRNA 2B6AA 4OGCA 4IG0A 3HJFA 3PUFA 1JL1A 3TAFA 3PV8A 1L3SA 3QIOA 3CYMA 4IDKA 4OKEA 5HBMA 4R5PA 3T3FA 3UIQA 4CF8A 4JS4A 4CHNA 2RF2A 3AO4A 4IFYA 4Z4EA 4HCCA 1CXQA 1KSPA 4DSLA 3NBPA 1RT3A 3OYMA 3SUNA 1TKZA 3C6TA 3LWMA 1I3AA 3ZSZA 4JLHA 3JSMA 2D0AA 4C8LA 4OVLA 2HHXA 3TI0A 3NF7A 2F8SA 3BGRA 4DSJA 1KFSA 2E4LA 4CJLA 1R0AA 4DS4A 4NCAA 4M3TA 1HQEA 1C0UA 3CG7A 2HHQA 4CHZA 5KI6A 1JL2A 4KKOA 1Q8IA 3OYKA 2GV9A 3RR7A 4FJGA 3OYLA 4RG8A 1SKWA 4DTUA 2HHVA 3MAQA 3PX4A 1QS4A 2FBVA 4Q5VA 4O5BA 4OPKA 1IG9A 4N47A 5E41A 3PX6A 3QINA 4Z0UA 3DLBA 1VSDA 1S1VA 2FBYA 5DK5A 3VQ5A 3I8DA 3OYAA 3KD1E 1RT2A 3ULDA 1S1UA 4N41A 3OJSA 4PWDA 3HPHA 1KLMA 4IG3A 4CJ4A 5CYMA 4CFDA 2P1JA 1KRPA 3AA4A 4CESA 3KK3A 4L8RB 4CHYA 2I5JA 4O0JA 1EKEA 3HVTA 3ZSQA 3M8PA 1J5OA 2IGIA 2BGGA 3KK2A 5JS1A 1NJXA 3AVCA 2KZZA 4H4OA 3AVNA 3QO9A 1HJRA 1VSJA 3HP9A 3S9HA 1WN7A 3M8RA 4KHQA 4AHSA 4DSFA 2QXFA 2QKBA 1A5VA 3KKSA 5HRSA 4FJ7A 2R7YA 3SNNA 1RTJA 1S6QA 4FW1A 3O3GA 5KGXA 3K58A 1GOAA 4DQPA 3NF8A 4NCBA 2OZMA 3NGYA 3AO2A 3SPZA 2HNYA 1CZ9A 4LY7A 3LPUA 1REVA 1RILA 3SZ2A 1ZBLA 2DY4A 1FKOA 3OYJA 3KK1A 2HHTA 1BHLA 4DLGA 1BQMA 4N76A 1C1CA 1GOCA 4FK2A 4J2DA 1SL2A 3OYBA 3AVBA 1WSIA 3CQ8A 3TARA 4KI4A 5DMRA 3VQ6A 2RPIA 3OYFA 3HP6A 3EY1A 1T8EA 1SKRA 3P83D 1TKDA 4FJMA 4B9SA 1NK5A 3OS1A 1RDBA 4ELVA 3VQQA 4DTOA 2GUIA 2HB5A 4DU4A 2G8KA 5HRPA 3PO5A 4BDPA 4WE1A 2NUBA 1HMVA 2OPQA 1EX4A 1FK9A 1RBVA 3ZSYA 3QEVA 3WNGA 3ISNC 3MEDA 2G8WA 1X9WA 2HW3A 3D45A 4KHYA 3LPTA 3O4QA 4CJ3A 4FK0A 3V1QA 3O3FA 4QCLA 3NCIA 4I2QA 2PYLA 4KPYA 4I2PA 4OLBA 3OY9A 4O4GA 4HTUA 2P51A 2A1SA 3OYCA 4I9QA 1QE1A 4HUEA 2JGUA 1TL3A 3DYAA 5CZ2A 4B9NA 1EETA 1KTQA 4H8KA 3RWUA 1W9HA 2F96A 1SL1A 4FM0A 4BE0A 2DTUA 1HYVA 4E19A 3L2WA 2G8VA 1HNIA 1RT5A 3CFRA 5EU7A 4DTPA 4DF8A 1HYSA 1BCOA 4E7HA 4BE2A 2VG6A 2HVIA 1RBRA 2KQ2A 1JLBA 1HYZA 4C8OA 2YNHA 4M3XA 4FJLA 4B8CA 3DLKA 4BACA 4CJRA 1RT6A 3KD5E 4YNQA 3IS9A 3LP2A 1XC9A 1BCMA 4E7KA 1L3UA 4F3OA 1TL1A 4LSNA 4DQQA 3EYZA 4DSIA 3LZJA 3QNOA 4J2EA 1WAFA 1WAJA 3OJUA 1ASWA 1U48A 2X78A 3T1AA 3SQ1A 4M3WA 3AVHA 3MEEA 1S1WA 4CF9A 3LANA 1UA1A 4E7JA 1Z25A 1YTAA 4FM2A 5J2QA 3VQDA 3DRSA 1C6VA 1IKYA 4YFUA 3CFOA 3ALYA 3AA2A 1B92A 2BE2A 4GVMA 1BISA 3B6OA 3ZSOA 5J2NA 1NJWA 1VSMA 1RCHA 4AH9A 4CCHA 4FZXC 1L3VA 1WNSA 1JLQA 2KTQA 5J1EA 1KLNA 4KV8A 4W5QA 1JXBA 3LDSA 3MXIA 2W42A 1ASUA 4HHTA 4FJXA 1TV6A 2IS3A 2YHAA 4UQGA 2E6MA 3LWLA 3SV4A 4DTSA 3QEIA 4BE1A 3VQ4A 3AVGA 1VSFA 1YTUA 3ZSRA 1QTMA 3I0SA 1X9MA 4CERA 4JS5A 3QNNA 1IH7A 3WNEA 5KRTA 4W5OA 3ZSWA 4F2SA 1F21A 2O4IA 2A1RA 2GBZA 2VG7A 3DOKA 1QSYA 4M3ZA 1CLQA 4FLWA 4CEZA 2ATQA 1KFDA 1BI4B 4RW8A 1TAUA 1VRUA 3U3GA 4BDYA 3TAEA 2KZMA 1LWEA 3NHGA 3P1GA 4FVMA 3F73A 1BL3A 3KLFA 3L8BA 1C1AA 3KLHA 4ID5A 4GMJB 2D0CA 1U49A 1NK8A 5CZ1A 4LSLA 2WONA 2EHGA 4CECA 5SZTA 5HP1A 4FLUA 4FJNA 4ID1A 5HRNA 3KIOA 4NCGA 3CFPA 1YT3A 4W5TA 2ETJA 3MXJA 3SPYA 1BI4A 1JLEA 1TVRA 3DLGA 3PO4A 3NH1A 3HYFA 1S9GA 4DSKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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