2ATQA

Rb69 single-stranded dna binding protein-dna polymerase fusion
Total Genus 223
100200300400500600700800050100150200
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
223
sequence length
903
structure length
845
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
100200300400500600700800800600400200
050100150200Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna binding protein
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Structure and enzymatic properties of a chimeric bacteriophage RB69 DNA polymerase and single-stranded DNA binding protein with increased processivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 223
structure length 845
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2atqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2atqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2atqA02
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2atqA03
3DLRA 4FJXA 3CM6A 4G1QA 1IKYA 4J2DA 1JL2A 1VSFA 3WNFA 2DTUA 3LAMA 1Q9YA 1WAJA 4YNQA 3OJUA 3NE6A 4LY7A 3AVIA 3AVBA 4J2AA 1RDAA 3SQ2A 2Z1JA 3KLEA 3KTQA 3SUQA 4FLUA 3NF6A 3RRGA 3AVMA 1F21A 1JLAA 4Z0UA 4ZTJA 4DQIA 3S3MA 2Q3SA 3SI6A 1DTQA 3U6FA 4CCHA 1WN7A 4M3XA 3I0RA 3LDSA 2B6AA 1K6YA 4ZHRA 4W5OA 4E7IA 3NH1A 2IAJA 4KPYA 3NHGA 5DK5A 2ZE2A 4CHQA 1UA1A 2VG7A 1WLJA 2E6LA 5T7BA 4M42A 4FVMA 3OYLA 1ZBIA 1BCMA 4OVLA 2R7YA 3DLKA 2HHVA 2EHGA 2YV0X 3OYDA 4BDZA 4DSIA 2F8TA 1VRUA 2AJQA 1QTMA 3RTVA 2Z1GA 1JLQA 4FJ9A 4M45A 3AVNA 3LAKA 4CIFA 1TKXA 4CJTA 1CXUA 1NK9A 1KVCA 3OS0A 5HP1A 4CJUA 1SKWA 2QKKA 1L3SA 2IC3A 3M8PA 1S5JA 3V9WA 2KW4A 3RMDA 4I9QA 3QIOA 4IKFA 3TABA 1BGXT 1S1UA 4JRQA 2ITGA 3SPYA 3QEPA 4MFBA 5CY4A 1U04A 1RT1A 2OZMA 4O5BA 1B9FA 4B9MA 4LH5A 1EP4A 2P1JA 1S1WA 3K5OA 4BWMA 3ZT2A 3DI6A 4BE0A 2NUBA 4AHVA 4HUEA 3SYZA 4NYFA 3TAMA 4KKOA 1LWEA 1XI1A 3PO4A 4B9NA 5I42A 2HHTA 1ASWA 4CJQA 4N56A 2VG5A 3DLEA 4NYNA 1D9DA 2P51A 2FC0A 3K5NA 2QKBA 3SUPA 3DLGA 4LSLA 1RT2A 4FJMA 3ISNC 3PUFA 2P5OA 1LW2A 3V9XA 4KTQA 3K58A 4B9UA 3NGIA 1RDBA 3ITHA 1KLNA 3LP3A 5CZ1A 3KKSA 4FJJA 4LSNA 4CJKA 4CJ4A 1RTJA 4CGGA 1HPZA 4DLEA 1ITGA 4DFMA 3VQ7A 3SV4A 1T7PA 4FJGA 4OPJA 3AVFA 1RDDA 3LPUA 4HHTA 1RTDA 4CF1A 1ZBLA 3I0SA 4FW1A 4CEBA 3ZSRA 4CEDA 1SL0A 3PV8A 2OPSA 1D8YA 1ZBUA 2FBYA 4KI6A 2A1RA 1N6QA 1FXXA 4FLVA 5EU7A 4KRFA 4FJ8A 4E19A 3SQ1A 2IGIA 3QESA 1NJXA 2DFEA 1S9EA 4IG3A 2RPIA 3HP9A 4O44A 4CEQA 4CIEA 3ALYA 2X74A 2YKNA 3CFOA 2G8WA 3ZT4A 4FLXA 4FW2A 4FXDA 4QAGA 4FJIA 4DF4A 2LSNA 4BACA 4I2QA 3LZIA 3NGYA 3P1GA 1U4BA 1SL2A 1NK6A 1NOYA 2HHWA 3AO5A 3A2FA 4DTJA 3AVHA 1HJRA 1WSHA 5HROA 1NJWA 4F4KA 2HHQA 4O55A 3AA4A 4KTWA 3TAEA 2HB5A 4EZ9A 1L3VA 2YNFA 4OGCA 3OYKA 4M41A 3AA2A 3VA3A 1NJZA 4QOZB 4CHOA 2RN2A 2YNGA 3VQBA 4Q5VA 1VSKA 2O4GA 4CK1A 4PY5A 1WNSA 3ZCMA 3IAYA 3MEEA 2F8SA 1IKVA 3OYNA 3THVA 1LV5A 1EKEA 4DQRA 3HP6A 4OLBA 4CGIA 1QSYA 1ASUA 3HXMA 2HW3A 3KLIA 4M3UA 3IS9A 4E7HA 1NK7A 3NGZA 4JS4A 3VN5A 3RR8A 2G8VA 3V1RA 3B6OA 5KGWA 3HM9A 2ZQBA 3O4QA 3MEDA 3LWLA 3HK2A 2PYJA 1XHXA 3G0ZA 3MXJA 4CJVA 4E7JA 4FLWA 4F3OA 3KIOA 3PY8A 3NH2A 4M3RA 1LAWA 2D5RA 4KO0A 4HVJA 3K2PA 2BE2A 3LWMA 1RT5A 4DG1A 1NKCA 1IG9A 4Z4GA 1A5WA 5HRNA 1VSMA 4KHWA 3F73A 1BQMA 4LH4A 2HVIA 4E3SA 1KFSA 4OJRA 1I3AA 1XHZA 1TKTA 4KI4A 3SUOA 5HRSA 1TGOA 3MAQA 1HYSA 4ELUA 3QO9A 3SPZA 4B9LA 4FLYA 2I5JA 4B08A 2KZMA 3ZSZA 3O3GA 5K14A 5J2NA 4E0DA 1HMVA 4KAZA 1RCHA 2KQ2A 1Z25A 4FJ7A 1LWCA 4DFKA 1SKSA 1C6VA 3DRSA 2YKMA 3RR7A 2P5GA 1BI4B 4ELVA 4C8MA 1GOAA 1FKOA 4RG8A 3VQAA 3WNGA 3EZ5A 3RWUA 2G8IA 4PA1A 4NCAA 3CFRA 1QQCA 4ICLA 3SZ2A 3P5JA 2IS3A 3DMJA 4KHQA 1SL1A 1BHLA 1S1XA 4FJLA 1WSEA 3AVJA 3LZJA 4BWJA 2PYLA 2YHBA 4KB0A 5FDLA 1KLMA 2IOCA 4C8LA 4FLTA 4OKJA 1O1WA 4Y1DA 2Y1JA 3H08A 4N5SA 3VQ4A 3DRRA 4CJLA 2PY5A 1RILA 4MQ3A 4AHSA 2D0AA 1D9FA 4IBNA 3HL8A 3KK1A 4FCYA 3M8SA 1S1TA 3AVKA 4I9LA 4DTPA 3OYMA 5J2MA 1A5XA 3OYFA 2PZSA 1VSLA 2OA8A 4JLHA 1Y97A 3LP0A 4OLAA 4F2SA 5SZTA 1KVBA 3OYEA 2B5JA 1TVRA 2GBZA 4CFBA 3OYAA 1YVUA 5J2QA 4K8XA 1IKXA 1RT6A 3U3YA 3DLHA 3AA5X 1HNVA 3D45A 1MU2A 3PX6A 3K5LA 4L8RB 4CGJA 3VQQA 3ZSWA 3UIQA 2G8HA 4FM1A 2DFFA 4FK0A 3CQ8A 3FFIA 1ASVA 3QEVA 1C1CA 3ZSQA 4CGFA 4CJRA 3L2VA 4CJEA 4CHNA 3O3HA 4ZTFA 1U48A 4CEOA 4Z4IA 2HNYA 1KVAA 1DLOA 2ZD1A 1C1BA 4PUOA 1J9AA 2X6SA 1SV5A 2IDOA 1GOCA 2ATQA 3AVLA 3T19A 1JXEA 4RW9A 3LP1A 3S9HA 4HTUA 1VK0A 5I3UA 1ZYQA 5J1EA 5KTQA 3ASMA 1UWBA 3ZSOA 4GMJB 3KKRA 4LD0A 3VA0A 3S3OA 3QIPA 2XHBA 1TV6A 5C42A 3C94A 1KRPA 1S6PA 2VWKA 4H4MA 4CE9A 4CJFA 4FYDA 1HNIA 1XWLA 1NK5A 1WSGA 3L2WA 4DSEA 5E41A 1XC9A 1NKEA 5J2PA 3OYHA 3DM2A 4O0JA 3K59A 3VQCA 3KLHA 3RRHA 4OPKA 1T03A 3QEIA 1C1AA 3KK3A 2XY8A 4CFDA 4KTZA 5HRRA 4N76A 4RW4A 1RTHA 3HSTB 2ETJA 1WAFA 1LW0A 1CZBA 3TANA 5D3GA 3O3FA 3PX0A 4W5QA 1RDCA 3PO5A 3EYZA 1TKZA 4J2BA 1YT3A 2RF2A 2G8KA 1FK9A 3ZT1A 2HHUA 3G10A 1A5VA 2XO7A 1WSJA 2RKIA 4HUGA 3K5MA 4FJ5A 3NDKA 3SJJA 4FZXC 5KRTA 2KFNA 2DY4A 4NCGA 3VQDA 4DTOA 1JXBA 4B8CA 4DMNA 4FK2A 4DTNA 3M8QA 1TK0A 1T05A 2YNIA 4HCBA 3JSMA 3DOLA 1JL1A 4CHPA 1I39A 4XIUA 3BDPA 3TAQA 3HJFA 1C0MA 1NK4A 3HYFA 4FZYA 1NOZA 3QINA 2OZSA 4PQUA 1EX4A 3OJSA 4DF8A 4EZ6A 1UAXA 1FKPA 4WE1A 2E4LA 1JKHA 4M3ZA 3M8RA 4IFVA 4B8AB 4CJ3A 3OYJA 4RW7A 2BGGA 1EETA 3KD1E 1C0UA 3LANA 4AHUA 4E1NA 2Y1IA 3IRXA 2Z1HA 3VQ6A 1UOCA 4CJPA 5KRSA 2HVHA 4B9SA 3NBPA 4W5NA 3PX4A 4DU1A 3AO1A 4CHYA 1RT4A 4M3YA 1BIUA 4DTRA 4ELTA 3HPOA 2FBXA 2Z1IA 1G15A 4F8RA 4FJKA 4DSJA 1SUQA 1LAVA 3B6PA 3ULDA 1GOBA 3KLGA 3OYCA 4FK4A 4E7KA 3L3UA 3E01A 3HVTA 3LALA 1ZBHA 1JLEA 1DTTA 1ZBFA 3DRPA 1EXQA 2QK9A 1RBTA 2X6NA 4N47A 1REVA 4DTUA 4CF8A 3ZSYA 3QEWA 3V81A 3CM5A 4O0IA 3MEGA 4ID5A 4DFJA 4DTXA 3OY9A 1WSIA 2XRIA 3F9KA 4CFAA 5HLFA 3C95A 1IH7A 2QXFA 4BE1A 4M3WA 1W0HA 2G8FA 1VSDA 3CYMA 1N5YA 2E6MA 3AA3A 3OS1A 4DSFA 1JLGA 2XY5A 4H4OA 3VQ9A 3RMAA 2G8UA 4DSLA 1X9MA 4Z4EA 4DQSA 1BQNA 3KK2A 4JS5A 3ZT3A 3TI0A 3AVAA 4CGDA 4C8NA 4DTMA 4RW8A 2BANA 2HNZA 3DOKA 3KJVA 5KGXA 3WNHA 3QLHA 4OGEA 4Q0BA 3T3FA 4FM0A 1BISA 4DU4A 1D5AA 3OVNA 4GW6A 1RTIA 3TWHA 3DLBA 3HPHA 1TL1A 3VQ5A 1QE1A 5C25A 2HHSA 4OKKA 3KD5E 5DMRA 1RT3A 5SWMA 2OPPA 3HO1A 3QNNA 4HUFA 1X1PA 4DLGA 2HMIA 3NF8A 1VRTA 3AO3A 5CYMA 4IFYA 4CHZA 4C8KA 4B9VA 4DSKA 4QCLA 4EP4A 4AHTA 3SV3A 4FLZA 5FROA 3V4IA 1L3UA 2KTQA 3BGRA 2W42A 1KTQA 3NFAA 3EY1A 4AILC 2XY6A 4GVMA 4E1MA 1JLBA 1JLFA 3L2QA 4PWDA 1NKBA 2BDPA 2D0BA 2EX3A 3RMCA 3NF9A 2GUIA 1W9HA 4DWIA 3CFPA 4DU3A 1T8EA 3NF7A 5CYQA 3OS2A 4DQQA 3VQ8A 2A1SA 1IO2A 2DFHA 3C6TA 4E7LA 1HQUA 2O4IA 4J2EA 3C6UA 4CEZA 1RBRA 5KI6A 3TAPA 3QNOA 1RT7A 1BL3A 1CZ9A 2JLEA 3LPTA 2KFZA 4KHSA 2OYQA 4CERA 3K57A 1Q9XA 3P83D 3MXMA 4FM2A 1IKWA 4CF0A 1UA0A 1YTUA 3AO2A 1NK8A 5C24A 2VWJA 4UQGA 3QERA 2F96A 1C0TA 1S6QA 2HNDA 4CIGA 4CGHA 4N41A 1R0AA 3O4NA 3TARA 4M3TA 3U3GA 3NH0A 3TR8A 3L2RA 1HYVA 1YTAA 4CF2A 1Q8IA 3TAFA 4EP5A 2YHAA 3HT3A 4KREA 3RMBA 4FZZA 3OYBA 1CLQA 3MXIA 1TK5A 1TK8A 4F2RA 3AO4A 1HYZA 2OPQA 3L3VA 1S9GA 2WOMA 4I2PA 3ZSXA 3NAEA 4JRPA 1BCOA 3L2UA 4FJHA 4CEAA 1RBUA 4IDKA 4DTSA 4KFBA 5CZ2A 4NCBA 3SNNA 3WNEA 3TAGA 1TL3A 5FRMA 4FJNA 2WONA 4Z4FA 3SQ0A 3ZT0A 3NCIA 3V9ZA 1SKRA 1QSLA 2XY7A 1U47A 3SQ4A 1J5OA 1KFDA 3AV9A 3IG1A 2VG6A 1BI4A 4CEEA 3D0PA 1VSHA 1NK0A 4F3TA 3QETA 1VSEA 1HRHA 1NJYA 3QEXA 1HQEA 4Z4HA 1L3TA 4I7FA 4CF9A 1QS4A 3SCXA 4B9TA 4IG0A 4BDPA 1WSFA 3V9UA 5JS1A 4CESA 3S3NA 1Z26A 3VQEA 4H8KA 4AHRA 3L8BA 3KLFA 4K8ZA 3HPGA 4OKEA 2YNHA 3V1QA 1TKDA 4BDYA 4W5TA 1U45A 1LWFA 1X9WA 2KZZA 4BE2A 4Y1CA 2OPRA 4TSXA 3MECA 1B9DA 1TAQA 4CJSA 1B92A 1JLCA 4AH9A 2GV9A 1S1VA 1VSJA 3AVGA 1BIZA 2B4JA 3AVCA 3LP2A 4KHYA 1CXQA 1J54A 4CK3A 2FBVA 4KHNA 4AHCA 3OYGA 1L5UA 4DS5A 1VSIA 4DS4A 1KSPA 4CJWA 3CG7A 3SUNA 5JS2A 4YFUA 1U49A 1RBSA 1TAUA 4CECA 4RW6A 2JGUA 2FBTA 4O4GA 3VQPA 3V9SA 4CK2A 1RNHA 3V1OA 2HHXA 4B3OA 4W5RA 3V6DA 1RBVA 3T1AA 3OYIA 4DQPA 1J53A 1QHTA 4CEFA 4ID1A 3I8DA 3DYAA 3JYTA 4KV8A 1QSSA 4HCCA 5FRNA 4C8OA 4KHUA 1KCFA 4Z4CA 5HRPA 2X78A 4CFCA 3HVRA 3ZSVA 5HBMA 4E89A 4KB1A 2D0CA 1X9SA 4DFPA 4CJ5A 4R5PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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