2DTUA

Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of rb69 gp43 in complex with dna containing an abasic site analog
Total Genus 297
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
297
sequence length
896
structure length
896
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVGEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and biochemical investigation of the role in proofreading of a beta hairpin loop found in the exonuclease domain of a replicative DNA polymerase of the B family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*(3DR)P*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 297
structure length 896
sequence length 896
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2dtuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2dtuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dtuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 2dtuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2dtuA03
3RMBA 4ID1A 4AH9A 3OS0A 3ZSZA 3C95A 4DTJA 4YFUA 4CHYA 4ELUA 1VSHA 4M45A 3AA5X 4B9SA 2G8HA 1DTQA 2BANA 3A2FA 1QSSA 3VQPA 3PO5A 1SV5A 2XHBA 3P1GA 3PX4A 1NK4A 3L3VA 3VQAA 1TKXA 4PUOA 3M8QA 3TAMA 4CEFA 1TAQA 1UA1A 1U45A 4KTQA 3OYFA 5I3UA 3PO4A 4Z4HA 3OYLA 4CFBA 5KTQA 3SCXA 1C1CA 4C8NA 1L3VA 3I8DA 3PV8A 1HNIA 4NYFA 2G8KA 2IOCA 4NCAA 4FJ7A 1NK9A 3SJJA 2KZMA 4Q5VA 1X1PA 2ZE2A 4B3OA 1TL1A 3KLIA 1QE1A 2RN2A 1FXXA 1WLJA 3CFRA 4KB1A 2EX3A 3E01A 4MQ3A 4CEOA 1RTIA 1N5YA 4W5QA 4BE1A 3NH0A 1XHZA 2I5JA 3FFIA 1LW0A 1RBSA 2YV0X 3AA3A 3P5JA 3M8SA 3DLHA 2HHUA 2FBTA 4CHZA 1NK5A 2P5GA 1LWEA 3MAQA 1F21A 1HYVA 4TSXA 4BDPA 1IH7A 2OPRA 4N56A 2ZD1A 3HM9A 2Y1JA 4JS5A 4O44A 3T19A 3LDSA 4CJ5A 4CGIA 4O0JA 1ZBUA 3TANA 3VQ5A 1VSJA 4FLZA 5T7BA 2E6MA 2RPIA 4M41A 3LWLA 1S9EA 3K59A 3NDKA 3AVHA 3H08A 3LANA 4LSNA 5K14A 3TABA 2X6SA 1KVAA 4CK1A 2RF2A 3L2RA 4DQSA 3T3FA 4I2PA 2XRIA 4FJLA 2F8TA 1C1BA 4CIGA 5KRSA 3G0ZA 2OA8A 3MXJA 3SUPA 1NKBA 2DY4A 4OGCA 3OVNA 1RBUA 3NBPA 1ASWA 3VQEA 4OKKA 3O3HA 3OYHA 4Q0BA 1VSKA 4CJWA 1C1AA 2XO7A 4HTUA 3QEIA 4IFYA 3VA3A 4JRQA 3RWUA 1S6PA 3VQ9A 1TKDA 1BISA 1SL2A 4KTZA 4FZYA 4CK2A 3AVGA 4AHTA 4OJRA 4KAZA 4DTSA 4I9LA 1NKCA 4DQRA 4FVMA 4FJ5A 3KLHA 1XC9A 1NKEA 4OLAA 3IAYA 3LP0A 4I7FA 4Z0UA 4CGHA 4FW1A 4F3OA 3CFOA 1YTAA 3DMJA 3AO3A 1YVUA 2FBVA 4KO0A 4KHYA 4CGFA 4EP4A 1WAFA 5CZ2A 3HP6A 3CQ8A 3TARA 4F8RA 1VSFA 4E1MA 1QTMA 4JRPA 3DRSA 3QIPA 4J2AA 3ZSXA 1WNSA 1BL3A 5J2QA 4H8KA 4FJ8A 3KKRA 1T7PA 1ASUA 3V1QA 4CF2A 5I42A 3HJFA 1HYSA 3IG1A 1Q9XA 4FZZA 2OZSA 4FLTA 3ZT1A 3SZ2A 1TGOA 1RT1A 4DSEA 4B8CA 5C24A 4CERA 1RDDA 4FLWA 4FW2A 4DG1A 3SQ0A 4J2BA 3SUOA 1UA0A 3ZSVA 3OYAA 3V1OA 3ASMA 1RBTA 1YTUA 1T05A 1NJWA 4F4KA 1S5JA 3AVJA 3AO1A 1S1UA 4E19A 1EXQA 3SYZA 2OPPA 3AVLA 4CHNA 1XHXA 3G10A 4KHWA 4M3RA 4E7KA 4RW7A 4B9NA 3VA0A 4E7JA 4DTUA 4ZTFA 1BQMA 3B6OA 3P83D 4EZ6A 4IG0A 4FM2A 3RMCA 4C8MA 3MECA 4CJVA 1NJYA 4DSLA 1C0UA 4DTNA 3NH1A 2KFZA 4GVMA 1WAJA 1SKSA 1FKPA 4CIEA 4O55A 3AVCA 3WNGA 1LWCA 1CXUA 4DFJA 2X6NA 1VSEA 2IDOA 4CJSA 3EY1A 1QS4A 4CIFA 1SUQA 2D5RA 4IBNA 2HHXA 1BI4B 4W5RA 4CCHA 4JS4A 4XIUA 1RNHA 3AVMA 2F96A 3C6TA 3ZT3A 1HYZA 5C25A 1B9DA 3L2UA 2YKMA 3QEXA 2XY6A 3OYIA 2Z1GA 3KLGA 5KGWA 4YNQA 2B6AA 1BQNA 5KI6A 1HRHA 4FJMA 1RCHA 1B92A 3U6FA 4DF8A 4FK2A 3LZJA 1G15A 4DTOA 1KCFA 3DLGA 3IRXA 3MEDA 3NF9A 4GMJB 4CF9A 3DI6A 3VQCA 2OYQA 1Z25A 4B9LA 4WE1A 1QHTA 2YHBA 4CJTA 3KIOA 4CHQA 1KTQA 4M42A 3OYMA 4FK0A 3OYCA 3DM2A 2YHAA 4LD0A 3VN5A 3WNHA 4BE0A 4M3WA 1ZBHA 4CGGA 1IKWA 3OYBA 4DMNA 4DLGA 4DQQA 3RRGA 3L2VA 2VG5A 3ZSQA 3KK3A 4DS4A 3TI0A 4OGEA 1T8EA 1U49A 1KFSA 4FJIA 1O1WA 1L5UA 4K8XA 2EHGA 3O4QA 4M3YA 4FYDA 5DMRA 1BIZA 1EKEA 1HNVA 3SPZA 1WSGA 3HL8A 1L3SA 2PYLA 2YNIA 1REVA 3OS1A 3JYTA 3EYZA 3V4IA 1RT6A 4HHTA 4M3XA 3DRRA 2VG7A 1VSLA 1SKWA 4DQPA 1HQEA 4DFPA 2Z1JA 2AJQA 1YT3A 4OVLA 1S1XA 3SV3A 3VQBA 4FK4A 1ITGA 2X78A 4NCGA 3QLHA 5HLFA 4Z4GA 1TL3A 4CESA 4F3TA 1KVBA 1TVRA 5J2MA 4KREA 4QCLA 3WNFA 3DLKA 3CM5A 5KGXA 4DSKA 1EETA 1KFDA 4DS5A 5HRSA 5EU7A 3HPGA 3AO5A 4M3ZA 1KLMA 3CG7A 1QQCA 4J2DA 3DOLA 1QSYA 2Y1IA 1LV5A 1RILA 3HVTA 4CJFA 4PWDA 3LP2A 4FJ9A 1A5VA 2LSNA 1K6YA 1MU2A 4W5OA 1XWLA 1Y97A 3AO2A 4H4MA 4Z4CA 3ZT0A 4DTRA 5JS1A 2A1RA 3SV4A 1TK0A 4N47A 3KKSA 4I2QA 1IKXA 1J54A 4BDYA 2DFFA 3OYDA 1VK0A 3HPHA 4LH5A 3S3MA 3THVA 2BE2A 4KHUA 3LP1A 2IGIA 4O0IA 2QXFA 5J1EA 1RT3A 3KLFA 3L2WA 4E7LA 3SUNA 1TKZA 2HVIA 5C42A 1GOCA 3LAKA 3V9ZA 3K5MA 1BCMA 1UOCA 1N6QA 3QNNA 5FROA 1B9FA 3V81A 1ZBLA 4Z4EA 1HQUA 4I9QA 4CFAA 3TWHA 4E7HA 2HW3A 3AVNA 4W5NA 3ZT2A 2P5OA 1Z26A 4KI6A 4RW4A 2P51A 3TAPA 3HSTB 3S9HA 2KW4A 4DSFA 1U48A 4HCCA 2QKBA 4RW6A 1FK9A 3NCIA 4AHCA 1IO2A 5CYMA 4CECA 3AVFA 1RT5A 4FJJA 3K5LA 1NK0A 4C8LA 4F2RA 5J2PA 2YKNA 2ZQBA 4CEDA 5HRNA 3K58A 4C8OA 2IAJA 3RR8A 2YNHA 3AO4A 2G8IA 2VWJA 4CGDA 1KVCA 1ASVA 1JLFA 1UWBA 2W42A 3SI6A 3O3GA 4C8KA 2ETJA 4FJKA 4K8ZA 4FCYA 3HO1A 2R7YA 1W0HA 5CYQA 1EX4A 1LWFA 3I0SA 1W9HA 1HJRA 1RT7A 3KLEA 1LAVA 2DFEA 3AVBA 4ICLA 4BDZA 3DYAA 2ITGA 2HNYA 5FDLA 3RRHA 4HVJA 3T1AA 4LSLA 1TV6A 3LPUA 4CJUA 3LWMA 3SQ2A 2FBXA 2XY8A 4KV8A 4ZTJA 2PZSA 3BDPA 4B9TA 3KD1E 3L2QA 1NOYA 3AVAA 4F2SA 4CEEA 3VQ6A 5CZ1A 3S3OA 4HUEA 4O5BA 3EZ5A 4B9UA 2HHQA 4DU3A 4CJRA 3KK1A 3LP3A 4KB0A 4FLYA 1Q8IA 1RTJA 4FJGA 1LW2A 3HT3A 1DTTA 4J2EA 2Q3SA 3ULDA 3ZSYA 3NAEA 2E6LA 3MXMA 1XI1A 1HPZA 3VQ4A 1LAWA 1X9SA 4ELVA 3RR7A 4FZXC 2KZZA 1WSHA 2YNFA 4Y1CA 5FRMA 1Q9YA 4KHQA 1J5OA 2X74A 3K5NA 4OPKA 3SQ4A 5CY4A 5J2NA 5D3GA 3SNNA 4DTMA 1IKYA 3KD5E 3ZSOA 3SUQA 2JGUA 2B4JA 3U3YA 4CEBA 4KHSA 2O4IA 2BDPA 3QINA 1DLOA 1VRUA 3QNOA 4M3TA 4CJLA 2HVHA 4W5TA 1TAUA 1ZBIA 4CEAA 4BE2A 3NE6A 1WSIA 4PA1A 4DU4A 4FJNA 4CEQA 3TR8A 4KI4A 3HK2A 3V9UA 4Y1DA 1BGXT 1RT2A 1JLBA 4E1NA 2OZMA 1C0MA 2DFHA 3AA2A 3VQ8A 3L3UA 5HP1A 4DWIA 1GOAA 2YNGA 5FRNA 1RDBA 4BACA 3PUFA 3NHGA 1CLQA 3NF8A 2HHVA 3RTVA 3HYFA 4DSJA 3C94A 3QERA 2G8WA 4PQUA 1TK8A 3SPYA 4CK3A 3NGIA 1ZYQA 4AHVA 3TAQA 3QEWA 3LAMA 2D0AA 3AA4A 4R5PA 3S3NA 2WOMA 4FM1A 3F9KA 4HUGA 4EZ9A 4FJHA 4NYNA 3V9WA 2WONA 4KKOA 2VWKA 3QO9A 3O4NA 3HP9A 4OKEA 3MEEA 1BCOA 3AVKA 3AVIA 3JSMA 1S1VA 1NK7A 4QOZB 4FLXA 1RDAA 2QK9A 3ISNC 3HPOA 1VRTA 2HB5A 2D0CA 2KQ2A 5SZTA 2E4LA 3NGYA 4DSIA 4B9VA 4H4OA 4E89A 4CE9A 1HMVA 2FBYA 4L8RB 1JKHA 4OPJA 3PY8A 2XY5A 1JL2A 1BIUA 4RG8A 2BGGA 4IDKA 3QIOA 4FLUA 4AHUA 3TAGA 4LH4A 3VQDA 3KTQA 2HNDA 2G8UA 3QESA 3BGRA 3RMDA 4ELTA 3SQ1A 1VSDA 1NJZA 2GUIA 3M8PA 4IG3A 1S1WA 3IS9A 3DOKA 2PY5A 4CJQA 3O3FA 1KLNA 3VQ7A 5E41A 2G8VA 2RKIA 1TK5A 2QKKA 1WN7A 2A1SA 5DK5A 4E7IA 3OS2A 3TAEA 1D9DA 4B9MA 2XY7A 2KFNA 4PY5A 1NOZA 5HRRA 3CFPA 2HHTA 1BI4A 3D45A 1VSMA 1RT4A 1RTDA 4B08A 4CJ4A 3NGZA 3V9XA 1JXBA 2B5JA 2OPQA 1SL1A 1C6VA 3ZSWA 3OYEA 3DLBA 2Z1HA 4FM0A 3NF7A 3PX0A 4AHRA 1I39A 1IKVA 1RTHA 4CFCA 4CHPA 2JLEA 3OY9A 4DLEA 4E0DA 3ZCMA 1RBVA 3DLRA 5JS2A 3PX6A 3MEGA 3NH2A 2GBZA 3ZT4A 1L3TA 3K5OA 3DRPA 1CXQA 4CJKA 3OJUA 4CF1A 1KSPA 1U04A 3U3GA 2O4GA 5HRPA 5HROA 1SKRA 1S9GA 1JLGA 4OKJA 4CF0A 1I3AA 1WSEA 1SL0A 2KTQA 4N41A 3UIQA 2IS3A 4HUFA 4AHSA 1CZ9A 2G8FA 3K2PA 3OYJA 4KPYA 4CFDA 1CZBA 3AV9A 1IG9A 4Z4FA 3LALA 3LZIA 3CYMA 4DFKA 1S6QA 4MFBA 4RW9A 1JLCA 1UAXA 2Z1IA 4IKFA 1RBRA 5HBMA 4NCBA 2HHSA 4CGJA 4FLVA 1TKTA 4RW8A 4B8AB 4HCBA 4CEZA 1BHLA 1ZBFA 3B6PA 4ID5A 3F73A 1J53A 1J9AA 3OYNA 4DFMA 4FJXA 1WSFA 3NFAA 1L3UA 1EP4A 1A5XA 3V6DA 2DTUA 3LPTA 4OLBA 4M3UA 2HHWA 1JL1A 4KHNA 4CJ3A 5SWMA 4CF8A 4DTPA 1FKOA 2IC3A 3V9SA 1NJXA 2D0BA 3KJVA 1JLAA 3DLEA 1U4BA 3M8RA 4KFBA 1X9WA 1JLEA 2ATQA 4QAGA 4N76A 3QETA 3KK2A 3C6UA 2VG6A 4DQIA 1S1TA 3OJSA 2HMIA 4BWJA 4CJPA 3HXMA 2NUBA 3ALYA 1D8YA 4LY7A 3D0PA 4AILC 5KRTA 3MXIA 3K57A 2HNZA 4IFVA 1VSIA 2PYJA 3QEVA 1NK6A 4EP5A 3NF6A 2F8SA 1JLQA 4CJEA 3OYKA 1D5AA 3OYGA 1C0TA 1D9FA 4DTXA 1GOBA 3VQQA 3L8BA 1R0AA 3ZSRA 1JXEA 2P1JA 1T03A 4O4GA 4JLHA 3WNEA 4GW6A 2OPSA 4DU1A 1QSLA 1KRPA 1RDCA 4KRFA 2GV9A 3TAFA 4E3SA 1NK8A 3I0RA 4KTWA 4N5SA 1WSJA 4ZHRA 3HVRA 1X9MA 4UQGA 2FC0A 3RMAA 3QEPA 3CM6A 3ITHA 1U47A 4DF4A 1A5WA 4BWMA 4FXDA 3V1RA 4Z4IA 4G1QA 4CHOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4BRHA 1SUQA 2D5RA 2HHXA 1BI4B 4W5RA 4JS4A 3AVMA 3THWB 3QEXA 4WQ4C 5KI6A 4NXNK 2E8AA 4DF8A 3LZJA 1BWFO 4DTOA 1G15A 3K9KA 4CF9A 2OYQA 1Z25A 4WE1A 3IFRA 2Q0UA 4CJTA 2CH5A 3UKRA 4UY8O 1XVGE 3WNHA 1ZBHA 4CGGA 3OYBA 4DLGA 3C0BA 4CBXA 3L2VA 4DS4A 2A6AA 3KK3A 1VQ4N 4OGEA 4BRLA 4JYAK 4K8XA 2EHGA 4BC2A 4FYDA 4GAMC 5BN8A 2YNIA 2B8IA 1RT6A 1HKBA 4IDHA 4M3XA 2VG7A 5AZJA 1SKWA 3F9MA 1NGIA 3WQTA 1HQEA 4U7BA 4HTLA 2X78A 3EKSA 1TL3A 4KREA 1YF5L 5J2MA 1YITN 1EETA 5EU7A 4LFAK 2VQEK 4FWNA 5GIOA 4FWQA 1RILA 4CJFA 2QA4N 1ZC6A 4DV4K 3LP2A 1A5VA 5AZIB 4FVUA 1VHXA 4Z4CA 4H4MA 5AQGA 5JS1A 2A1RA 3SV4A 2FSJA 1CZAN 4I2QA 1BU6O 5HL7L 4KHUA 2HF3A 4B3MK 3SUNA 1TKZA 5IREA 3V9ZA 2A40A 5FPNA 3NMUA 2F9WA 4Z4EA 2HW3A 3K9JA 4W5NA 2FF3B 4KI6A 4RW4A 1U48A 2QKBA 1M90O 4CBWA 4AHCA 4C8LA 3AVFA 1C0GA 5HRNA 3CQXA 1ASVA 3RSEA 2FSKA 3SI6A 3A5NC 5AR0A 4C8KA 3SMSA 4JAXA 3HO1A 2FXUA 3I0SA 1W9HA 4BDZA 3DYAA 2ITGA 1HNWK 2HNYA 4YY3K 4HVJA 2ZM6K 3LWMA 1SZ2A 4CJUA 3SQ2A 4KV8A 3WEEB 3BDPA 3EE9A 3L2QA 1NOYA 4EYWA 1LCUA 3JAMO 4IO8A 4O5BA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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