2DTUA

Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of rb69 gp43 in complex with dna containing an abasic site analog
Total Genus 297
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
297
sequence length
896
structure length
896
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVGEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and biochemical investigation of the role in proofreading of a beta hairpin loop found in the exonuclease domain of a replicative DNA polymerase of the B family.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*(3DR)P*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP
total genus 297
structure length 896
sequence length 896
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2dtuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2dtuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dtuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 2dtuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2dtuA03
4CEFA 3I0SA 1BQMA 4DTOA 4O0IA 4CEEA 4DTPA 2GBZA 3DOKA 2XY7A 4B9VA 1NOZA 3CM5A 3DOLA 4FYDA 1DLOA 1LWFA 2KQ2A 4FJMA 2RKIA 1Z26A 3AO4A 3MECA 3ZT1A 4FJJA 3L2UA 2D5RA 4E1NA 2O4IA 1JLQA 1TKTA 3AO1A 4JRPA 4DQPA 3E01A 4CJ3A 3DI6A 5HP1A 3JSMA 3ULDA 1HQUA 1L5UA 4K8XA 4BE0A 4M42A 1CLQA 3HL8A 2W42A 3QNOA 4JLHA 1U49A 4YFUA 2WONA 1T03A 1SKRA 4IG3A 4BACA 4OPJA 1WN7A 1TAQA 1WNSA 2BGGA 2JLEA 4C8KA 4DTUA 4M3RA 2OPQA 4FJKA 1SV5A 1Y97A 4KKOA 1NJZA 4O55A 1WLJA 4KHWA 5DK5A 2RPIA 3ZT0A 4I9LA 4OGCA 1N6QA 3AVBA 4CFBA 2BDPA 3LALA 4AHCA 1LAVA 2ZQBA 3V9SA 1XHZA 1HRHA 3ZSVA 2EX3A 3OS0A 4DWIA 2IAJA 1X9WA 2E4LA 4CFDA 4XIUA 2QK9A 3P5JA 5KRSA 4CGIA 3JYTA 4KB0A 3F9KA 4DU1A 4FJLA 4E0DA 3HYFA 2Y1IA 1Q9XA 4FLUA 2HNZA 3AVJA 1TK5A 4PQUA 3WNGA 3WNEA 3NF9A 3SNNA 3PY8A 1BCMA 4FLYA 4F4KA 4E3SA 4FM1A 3AVLA 3ITHA 4B9TA 4M3WA 4Z4EA 1K6YA 4CIGA 4QAGA 3CG7A 5KGWA 4KB1A 2AJQA 1WAJA 3OJSA 3NF6A 4ZTFA 1D8YA 1X1PA 3O4NA 3CYMA 3KTQA 3VQ5A 5C24A 2VG5A 3TARA 4DTJA 4KHYA 1RT3A 4IFYA 5C25A 4DLGA 1C0UA 2D0CA 3KKRA 1C1BA 2GUIA 3M8PA 3PO4A 4B9SA 1C6VA 4HCBA 2YV0X 4C8MA 3HO1A 4F3TA 4DSKA 2KZMA 2G8FA 4DLEA 1JLGA 3TAEA 2O4GA 3QIOA 3DM2A 1TL1A 1JKHA 3P1GA 1VSDA 4CJRA 3ZSZA 3OYBA 3OYHA 4CK3A 3OYIA 2FBYA 1ASVA 1IKXA 3KLFA 3B6OA 4FM0A 3PX4A 4Z4FA 2EHGA 4HCCA 4CEAA 2G8KA 4FLXA 3HM9A 3KLEA 1KLNA 1S6PA 1ZBHA 1J9AA 1SKSA 1XI1A 2IGIA 1L3TA 1UAXA 4FJ5A 3IS9A 3SQ2A 5CYQA 4M3ZA 3K5LA 1UA0A 2YNFA 4F8RA 4DTSA 3G10A 3I8DA 4F2RA 1RNHA 1W9HA 4ID5A 3ZSXA 3PV8A 1SL1A 4EZ6A 4DSFA 1EX4A 3SUNA 4BE2A 1GOAA 4CF2A 4MQ3A 2XHBA 1QE1A 3OYGA 4FZYA 1WSGA 4W5QA 3AO2A 1HQEA 4CJVA 3THVA 4CJTA 1I39A 3K58A 3VQBA 4KREA 2OA8A 5HBMA 4RW6A 3MEDA 3CFPA 4AHVA 3L3VA 1YT3A 1RDDA 4KTZA 4EP5A 3NH0A 1VSEA 1WSJA 3FFIA 1IG9A 1LWEA 3AVAA 3MEEA 1ITGA 2HW3A 3LZJA 4B9UA 1VSKA 4LSNA 4ICLA 4DFJA 2BE2A 1WSEA 4J2AA 3IG1A 3S3OA 1ZBUA 3DYAA 1X9MA 2P51A 1C0MA 5HLFA 3OYNA 5HRNA 3KIOA 1RBVA 4Y1CA 1FKOA 3VN5A 2A1RA 4ELTA 1RCHA 4CEOA 1SUQA 4GVMA 3K57A 1CXUA 1NK5A 1F21A 4W5NA 1RBSA 4K8ZA 3D0PA 3ZSOA 4DU4A 2X78A 1VRTA 3OYDA 1ZBLA 2DTUA 5J2QA 1SKWA 4LD0A 2IS3A 1L3SA 3C6TA 5DMRA 2GV9A 3LWLA 2YKMA 4LH4A 3OS1A 2DY4A 2DFFA 4BWJA 3SZ2A 3TI0A 3QIPA 3UIQA 4IFVA 5KTQA 1KRPA 4C8LA 3EZ5A 2PYJA 1LW2A 1MU2A 3ALYA 4DQQA 4DQRA 1YTAA 5CYMA 4RW9A 3ZSRA 3HK2A 3AA2A 3HSTB 2HNYA 4DF8A 2YNIA 1QSSA 1O1WA 1U47A 1TGOA 3VA3A 4ELVA 4FCYA 3QINA 3KD1E 1IKVA 4DFPA 4CHZA 4DSLA 1WSHA 4HUEA 4CEDA 1S1WA 4ID1A 4CGFA 1S9EA 3V1RA 2HHVA 1KCFA 5EU7A 4DFMA 3NHGA 1XC9A 1IO2A 2FBTA 3OYFA 3U3GA 1XWLA 3I0RA 3LP0A 3T19A 3TANA 3ISNC 4AHSA 5HRPA 2RF2A 3DRRA 5KI6A 3H08A 2HHTA 1HMVA 2XY8A 4OLBA 3RTVA 2G8IA 2OPSA 1RDCA 1RTIA 4FJGA 2LSNA 1VRUA 3OS2A 1REVA 2P5OA 3MXIA 4KI4A 1R0AA 4KTWA 1A5XA 3PX0A 3NH2A 4M45A 2FC0A 5CY4A 3MXJA 4CJFA 2KTQA 3V9UA 1IKYA 2D0BA 3HP9A 3KLGA 1B9DA 1RT7A 4FW2A 1RDBA 3SV3A 3ZT2A 5C42A 3NGIA 1QQCA 4CJEA 3QEWA 3NH1A 2VWJA 1IH7A 4CEZA 3KK1A 2VG6A 3OYEA 4RG8A 5HRRA 3CFRA 4DU3A 2P1JA 1BI4B 3HPHA 1SL0A 2HHXA 4W5RA 3NGZA 1JLBA 2E6LA 3SQ4A 3SJJA 1I3AA 1KTQA 4CEBA 3M8SA 4CJLA 4E7LA 3RRHA 4OPKA 3ASMA 1Q8IA 4E89A 4N5SA 5J2PA 2Z1GA 3QEVA 2HB5A 4O4GA 5CZ1A 2XY6A 4JS5A 2QKKA 3QESA 4FJIA 1BHLA 3KKSA 4CFAA 2D0AA 3V9ZA 1RT1A 1VSLA 3L2VA 3AO5A 3M8RA 3O3FA 2X6SA 3VQPA 4Z4IA 5KRTA 1JLFA 1XHXA 2ITGA 3CM6A 1VSIA 3ZT3A 2VG7A 3L3UA 3IAYA 1VSMA 3U6FA 1SL2A 1ASWA 1S1TA 1YVUA 4UQGA 3SQ1A 4RW4A 2ETJA 2PYLA 3NCIA 3S9HA 1JLAA 3WNFA 1TK0A 1C1AA 1JL2A 1RTDA 1BGXT 1UOCA 2F96A 4N76A 1S1XA 3SPZA 4CJ5A 4FJ8A 1D5AA 4B9LA 4Q0BA 4BDYA 1NKBA 4IG0A 3EY1A 3OYAA 3K5OA 1JXEA 1T8EA 4JS4A 4BDPA 4CECA 2KFZA 3VA0A 3PX6A 4CJQA 1KFDA 4LY7A 4OGEA 3V81A 1U4BA 3T3FA 3AVFA 2HVHA 4KFBA 1RT4A 3T1AA 5FRMA 1S1UA 4AHUA 3L2RA 4CGJA 4Q5VA 1JXBA 5HRSA 2HVIA 4CGGA 2DFEA 4KHNA 3AVKA 2FBXA 3AA5X 3TABA 4FVMA 3KJVA 3DLHA 3CQ8A 1B92A 1RT5A 1YTUA 4CIFA 3KK3A 3LZIA 1RBUA 5JS1A 4LSLA 4KO0A 4CK2A 4N41A 2OPRA 4L8RB 4CHOA 4CHNA 1BISA 4N56A 3L2QA 2YNGA 1BIUA 3HXMA 3NGYA 4CFCA 4KV8A 3QEIA 1J5OA 2YHBA 4CF1A 3WNHA 3RR7A 2IDOA 1BL3A 2ZE2A 1S1VA 4I9QA 4KHUA 4DS5A 2PZSA 1W0HA 4CERA 3C6UA 1JL1A 3NF7A 3PO5A 3OJUA 3TAGA 1T7PA 3RR8A 3NBPA 2HHUA 1ZBFA 2HNDA 4E7HA 4CJSA 3DLRA 3ZSYA 3D45A 3RMCA 4CK1A 4E1MA 3CFOA 1J53A 1TKXA 1TV6A 1CZ9A 2X74A 3KD5E 1RBRA 1RT6A 2B5JA 3K2PA 4CEQA 4KI6A 1FKPA 4NYFA 4H8KA 5KGXA 4B8AB 4HVJA 4YNQA 4DFKA 1LWCA 4ZTJA 1KVAA 5CZ2A 3NAEA 1LAWA 4ZHRA 4Z4HA 2XO7A 3SQ0A 4FLZA 1JLEA 1TKZA 4DMNA 5D3GA 2XRIA 3M8QA 3O3HA 1ASUA 3HVTA 3LAMA 4J2EA 3SV4A 4FK2A 3V1OA 5E41A 4OKEA 4O0JA 1GOBA 4QOZB 3O4QA 3TAQA 1RILA 2Q3SA 3AVIA 3OY9A 4AILC 4Z4GA 1WSIA 4H4OA 2PY5A 2Z1HA 1L3UA 4ELUA 3AVHA 3L8BA 4CF9A 3KLHA 3ZT4A 4E19A 2E6MA 2IC3A 1TAUA 3LWMA 3LANA 1TVRA 5J2NA 4FLTA 3DLKA 3VQQA 4OVLA 2KFNA 3IRXA 1KFSA 5SZTA 4KAZA 2IOCA 3SUQA 4I2PA 4HUGA 4C8NA 1NK8A 1QSYA 1BI4A 3A2FA 3S3NA 3AA4A 4B9NA 1DTTA 3QNNA 4IBNA 2BANA 3V6DA 2G8WA 1FXXA 4O5BA 4CE9A 4FJXA 3RMBA 3AA3A 3DLEA 3LPTA 1U48A 3BGRA 4M3TA 4CJWA 1Q9YA 3K5MA 3ZCMA 1D9DA 2YHAA 1NK9A 4R5PA 4GW6A 1HNIA 4HHTA 3SUOA 1QSLA 4W5TA 4J2DA 3PUFA 4FZXC 1HYSA 4DSJA 1C1CA 3RMAA 4OJRA 1NJYA 4NCBA 1NJXA 4CJUA 2FBVA 1DTQA 1RT2A 3QLHA 2ATQA 3LDSA 3SI6A 4FM2A 2KW4A 2QXFA 4NCGA 4CHYA 1TL3A 1LV5A 3OYJA 4IKFA 3K5NA 3HP6A 4FJNA 2Z1JA 3VQEA 3NF8A 4HUFA 1A5VA 3AO3A 4OKJA 4O44A 3OYKA 4NYNA 5J1EA 1EETA 3BDPA 4EP4A 4B8CA 1B9FA 3L2WA 4WE1A 3MEGA 3DRPA 5FDLA 4CF8A 4CGDA 4KTQA 4DF4A 4CESA 3MXMA 4TSXA 4E7JA 4KHSA 3LPUA 3HVRA 1KVBA 2RN2A 3HPGA 3KLIA 3RRGA 4B3OA 1D9FA 1NK4A 1FK9A 1X9SA 3KK2A 3HJFA 4CJ4A 4PY5A 1J54A 4PA1A 4RW7A 2F8TA 4DQIA 1RBTA 1WSFA 3V1QA 4B9MA 4F2SA 4C8OA 4KPYA 2HHSA 4M3UA 1IKWA 1ZBIA 1TKDA 1GOCA 5JS2A 4M3YA 3HT3A 4F3OA 3VQ8A 3V9XA 2B4JA 4H4MA 3VQ9A 4CGHA 3TAMA 3NE6A 2OZMA 1HYVA 4FJ9A 3P83D 3AVCA 4I7FA 1NOYA 4FJHA 1BIZA 2I5JA 3VQ4A 1KVCA 2NUBA 1RTJA 4DS4A 2XY5A 3QEXA 3ZSWA 4CJKA 4BE1A 3NDKA 4I2QA 4EZ9A 2OYQA 1EKEA 3C95A 4CIEA 3V4IA 4LH5A 4N47A 2R7YA 5I42A 4CHPA 1QS4A 3LP2A 4FLVA 3TWHA 3LAKA 1Z25A 1NJWA 4AHTA 1S9GA 1U04A 4G1QA 3VQAA 3EYZA 1CXQA 1VK0A 1NK0A 1VSJA 3C94A 5SWMA 1WAFA 1S5JA 3DLGA 1VSFA 1CZBA 1KSPA 2P5GA 1N5YA 4DQSA 4FXDA 4CHQA 4DTRA 1G15A 2HHQA 4AHRA 2KZZA 3V9WA 2Y1JA 5K14A 1HYZA 4CJPA 3SPYA 2YKNA 3U3YA 3ZSQA 4KHQA 1RTHA 3K59A 5J2MA 3DMJA 4FK4A 3OYLA 2OZSA 4FK0A 1UA1A 4Y1DA 2A1SA 4CF0A 3MAQA 1C0TA 1T05A 4M41A 2JGUA 2OPPA 3AVGA 2G8VA 3AV9A 4DSEA 1NK6A 1JLCA 4DTXA 4NCAA 2VWKA 5FROA 3O3GA 3SYZA 1EXQA 4Z4CA 2Z1IA 3VQ6A 3QO9A 3HPOA 2ZD1A 3TR8A 3QETA 4GMJB 4IDKA 4RW8A 3VQDA 2DFHA 3VQ7A 3TAPA 1ZYQA 3F73A 4E7KA 5FRNA 3OYMA 5HROA 1U45A 4B08A 4AH9A 1L3VA 4PUOA 1HPZA 3AVMA 4BDZA 3RWUA 3QERA 1LW0A 3TAFA 1QTMA 1NKEA 4QCLA 2X6NA 3S3MA 1BQNA 4J2BA 1UWBA 4W5OA 3OVNA 3G0ZA 4MFBA 1QHTA 4BWMA 4FJ7A 4E7IA 3VQCA 2G8HA 1NKCA 2WOMA 2HMIA 3B6PA 1HJRA 1NK7A 3OYCA 3SUPA 4HTUA 2YNHA 4OLAA 3QEPA 3LP1A 1HNVA 3RMDA 4JRQA 3AVNA 3LP3A 4CCHA 4DTNA 1BCOA 2F8SA 1RDAA 4M3XA 2G8UA 4FZZA 4DTMA 2QKBA 3DLBA 1VSHA 4FW1A 4Z0UA 4DSIA 1KLMA 4OKKA 5I3UA 4PWDA 4KRFA 1S6QA 2HHWA 3NFAA 2B6AA 4DG1A 1TK8A 3DRSA 1A5WA 3SCXA 1EP4A 5T7BA 4FLWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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