2DTUA

Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of rb69 gp43 in complex with dna containing an abasic site analog
Total Genus 297
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
297
sequence length
896
structure length
896
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVGEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural and biochemical investigation of the role in proofreading of a beta hairpin loop found in the exonuclease domain of a replicative DNA polymerase of the B family.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*(3DR)P*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP
total genus 297
structure length 896
sequence length 896
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2dtuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2dtuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dtuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 2dtuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2dtuA03
1FKPA 4CHQA 2O4IA 4CJPA 1LAWA 4B8AB 1D8YA 4CFBA 4F4KA 3ALYA 1U47A 1CLQA 2ZE2A 4B9UA 4PUOA 1T05A 1JL1A 3TAFA 4OPKA 4LSNA 4AHTA 3LPTA 3C6TA 3HSTB 4HTUA 4M3TA 3DI6A 4CF2A 3TAPA 4OGCA 4M42A 2OYQA 3B6PA 2KZMA 4MQ3A 4CGDA 1KVBA 4OVLA 4OLAA 1XC9A 1ZBIA 4CGIA 4EZ6A 3OYNA 3AO4A 1RTIA 3V9ZA 2VG7A 4W5QA 4BE1A 1S5JA 1QS4A 4AH9A 4DSIA 3LZJA 2XY5A 3ZT2A 2A1RA 4I2PA 1IKXA 1B92A 2YNFA 4KTZA 4N76A 2HNYA 2HHVA 2VG6A 1TKTA 1NJWA 3TABA 4KHQA 4J2DA 3WNGA 4CF1A 3PY8A 1S1XA 5FDLA 2HNDA 4CECA 1HMVA 3HP6A 1RNHA 1RTHA 3KK3A 1Q8IA 4LH5A 4Q0BA 4DTMA 3NGIA 1A5WA 1C1BA 2X74A 4C8MA 5E41A 4BDZA 2KZZA 1S9GA 4AILC 3OYEA 1NK6A 2B4JA 1YT3A 2WOMA 1KLNA 3HVTA 4DG1A 2XRIA 4B9SA 3HO1A 2IDOA 1RBVA 4C8OA 3QNNA 1ITGA 5FROA 3K5MA 5C42A 3OYJA 5KGXA 4CJWA 3I8DA 3VA3A 2Y1IA 1S1TA 1XHXA 5T7BA 4ICLA 1CZ9A 1L3VA 1CZBA 1T8EA 3AVJA 4RW8A 3H08A 3KK1A 4CHPA 1BISA 3C94A 4PWDA 1UOCA 2G8HA 4ELTA 2A1SA 4KPYA 3U3GA 5KRSA 3O3GA 1IH7A 3OYGA 2XY7A 1NK8A 1GOAA 4E7HA 3OYIA 4RW7A 2PZSA 4HCBA 3KTQA 4EZ9A 3SV3A 3M8QA 2E6LA 2KTQA 4CEBA 3A2FA 1TVRA 4FLTA 4DFKA 2KW4A 2BE2A 5D3GA 4DTNA 2P5OA 1BL3A 4M3ZA 3DOLA 4ZHRA 4J2AA 2Z1HA 3CFRA 2RN2A 3NH1A 4C8KA 4KHSA 2GBZA 1GOCA 3G10A 1XHZA 4NCBA 3DRPA 4FLVA 3EY1A 1J5OA 2HW3A 2BANA 3F9KA 4FCYA 1WSJA 4Y1CA 3KLFA 4CEAA 3OYFA 1IO2A 4CFDA 4R5PA 3RMBA 3NFAA 3QESA 4CE9A 1ZYQA 3EZ5A 3G0ZA 3ZSYA 4UQGA 4XIUA 1EETA 5HLFA 4DSLA 2XHBA 3PX6A 4BDYA 2GV9A 3RMDA 1HJRA 4CJUA 1YTUA 4B8CA 4M41A 3L2RA 4DLGA 3ASMA 3NH0A 1WAFA 1SL0A 4DTJA 2HMIA 4FM1A 4DU4A 4OLBA 4F3TA 3KK2A 1EX4A 4E7LA 3RRGA 3DLHA 4HUEA 1HYZA 3HYFA 2D0CA 2D5RA 4N41A 1WSIA 3FFIA 4CJKA 1NK4A 4IKFA 3VQ6A 3D0PA 3V81A 4CJ5A 4RW4A 5KGWA 4IBNA 3LWMA 1UA0A 2G8UA 1BCOA 1VSLA 3DLBA 4OKEA 2PY5A 1LWEA 1SUQA 2P51A 1I3AA 3BDPA 1B9FA 3TR8A 1ZBLA 1KFDA 5HRSA 4KB0A 3LP3A 5HRPA 1JXBA 4KI4A 4FJLA 3SCXA 4G1QA 4E7IA 3S3MA 2XY8A 4BACA 1NKEA 3OYBA 4AHCA 4KTWA 3T19A 3RMAA 1HYVA 3I0RA 3LZIA 3ZT3A 2QKBA 1X1PA 4HHTA 4GVMA 1RDBA 3HK2A 5I42A 3IS9A 4KRFA 3VQQA 4CJVA 4Z4CA 4CHYA 2OPRA 1Q9XA 3SQ1A 4E19A 1WLJA 4CJLA 4O5BA 4CEOA 4BE2A 1XI1A 4RW6A 4JLHA 3F73A 2YHBA 3AO1A 4DU3A 2PYJA 3RRHA 3NGYA 4Z0UA 2ETJA 4DMNA 3VQ9A 1HPZA 3AVGA 4LH4A 4KI6A 1K6YA 3SYZA 5DK5A 3AA2A 3ULDA 2FBTA 3VA0A 3BGRA 1RBUA 1TAQA 2X78A 1Z26A 4CGFA 2OZMA 1F21A 3KKRA 2KFZA 2YKMA 4EP4A 4I9LA 3CFOA 1RT2A 3D45A 4EP5A 4CCHA 1QSLA 1MU2A 4CF0A 2IGIA 4E0DA 5HROA 3T3FA 2YKNA 4FYDA 4KKOA 1ZBFA 4Y1DA 3ZT4A 2OPSA 4CFAA 3AO3A 1VSIA 1WSHA 3NGZA 5KI6A 3O3FA 3OYLA 3AVIA 4BE0A 2ZQBA 3IRXA 4FJNA 1U04A 1RT7A 4Z4IA 4DU1A 1TGOA 1C1CA 3DMJA 3NBPA 3QNOA 2HB5A 2FC0A 3K5OA 4OKKA 3SZ2A 3QEWA 3DOKA 3KJVA 1S6PA 2R7YA 4JS4A 2X6NA 3MXMA 1RBSA 1RTDA 4BDPA 2ITGA 4CEEA 2HHTA 1VSHA 1TK5A 4FZXC 5FRNA 1U4BA 3ZCMA 3PV8A 3MEEA 2IC3A 4E1MA 4FJKA 3QEPA 3K2PA 4NCAA 3RR7A 2HVHA 3MECA 1HNIA 3OS0A 1TKDA 4BWMA 4N47A 1IKWA 1N5YA 3VQ5A 1QSSA 4FLWA 3TWHA 3ZSZA 1NJZA 3NE6A 1RT6A 3SQ0A 2VG5A 4FLZA 1GOBA 1VSEA 4ID1A 4HUGA 2OA8A 3PO4A 1WAJA 3B6OA 3M8SA 1X9SA 1NKBA 1QQCA 5CZ2A 4DQPA 3NAEA 3AVMA 1HQEA 1L5UA 5JS1A 3NCIA 3CG7A 3PO5A 3MAQA 3L3UA 4B9MA 1JL2A 5EU7A 4E89A 5HRNA 3KLHA 3T1AA 1W9HA 3OVNA 4NCGA 4O55A 4CHNA 1JLBA 3WNHA 1KCFA 4F8RA 3JSMA 4LD0A 4E7KA 2OZSA 1KLMA 4Z4FA 1U49A 1SKRA 3DRRA 3QEVA 3IG1A 1IKVA 1S9EA 3HM9A 1JXEA 3AA3A 4DQQA 1QTMA 1Q9YA 4IG0A 1ZBUA 1ASUA 2D0BA 3HJFA 3QINA 3KLIA 4N5SA 4KHYA 4CF9A 4KTQA 3V9XA 4J2EA 1RBTA 3CM5A 2VWKA 4DFPA 5I3UA 2G8FA 2HHXA 4CK3A 3PUFA 4CESA 3S3NA 3LP1A 3VQCA 3SUOA 3AA4A 1FKOA 2Y1JA 1LW2A 1RDAA 4KHWA 4J2BA 1S1UA 1C0MA 1D9FA 4W5TA 4M3XA 1LWFA 2RPIA 5CYMA 4C8LA 1C6VA 1IG9A 1BIZA 2IS3A 4CJ3A 3AVHA 4AHUA 4C8NA 4QCLA 3LPUA 4O0IA 3AO2A 4RW9A 3VQAA 2OPPA 3OY9A 3WNFA 3AVFA 1YTAA 2WONA 3NF7A 4AHSA 4CEFA 4DWIA 4HCCA 3V1OA 4FK4A 1EP4A 1JKHA 3VN5A 3RMCA 3AO5A 4FM0A 3SUPA 1JLGA 3AVBA 4DTSA 3DLRA 1G15A 1LW0A 1A5XA 4CJQA 4FJ8A 5SWMA 3KKSA 4HUFA 1D5AA 4KREA 2G8VA 1RDDA 3K57A 1BCMA 2B5JA 3ZSVA 3TAQA 4JRQA 1C0UA 3ITHA 4JRPA 4CK2A 1BHLA 1LAVA 2XY6A 4FVMA 1U48A 1JLEA 1FXXA 4KB1A 2HNZA 3L3VA 3L2VA 4F2SA 3ZT0A 4DF4A 1RILA 1SL1A 2OPQA 4FJIA 2DY4A 3OYMA 1NK0A 1B9DA 3HPGA 4PY5A 1SV5A 1Z25A 3DYAA 1ASVA 1R0AA 3THVA 2JLEA 2HVIA 3RWUA 3S3OA 1J9AA 2LSNA 4DSEA 5J2QA 3L2WA 3MXJA 4DS5A 4MFBA 1TAUA 1RT4A 1LWCA 4IFVA 3OYDA 4DLEA 1TL1A 3AVKA 1DTQA 5DMRA 4CGJA 4ELUA 1QSYA 3TAMA 3DRSA 2YNGA 4OKJA 1D9DA 2E4LA 1KSPA 1A5VA 4DTUA 2Z1JA 4Z4EA 3SPZA 1IKYA 3AV9A 3OJUA 4O44A 2IOCA 4Z4HA 4GW6A 2X6SA 4E3SA 3OYHA 1HRHA 1ASWA 3K59A 5J2MA 1N6QA 4ZTJA 2F96A 1ZBHA 4W5NA 4ZTFA 3V9SA 4KV8A 2DFFA 4B3OA 1KVCA 4M3RA 4FXDA 4FW1A 3SNNA 1RDCA 4W5RA 4FLYA 4CJEA 3SV4A 1VSMA 2RKIA 1KRPA 4B9LA 1S1WA 3DLGA 3SPYA 4NYFA 1VK0A 2IAJA 4IFYA 4QAGA 5C25A 2EX3A 5CZ1A 4WE1A 3I0SA 3O4QA 3ZSRA 4FJJA 3VQ8A 4ELVA 4IG3A 1NOYA 4LSLA 4DTXA 4CEQA 4CEDA 3AVCA 3VQ4A 2YNIA 2G8WA 4RG8A 3LWLA 4K8ZA 1TV6A 2DFEA 1HQUA 1TKXA 1I39A 3LAMA 3LP2A 2O4GA 3RR8A 4DSFA 4CK1A 1WSFA 4AHVA 1NOZA 4CHZA 4N56A 4M3UA 1CXQA 2QK9A 3M8PA 2YV0X 4FJHA 5KRTA 3OYAA 3WNEA 3HL8A 4H4OA 3ZSQA 3AVLA 3L2UA 4JS5A 4M3WA 3OJSA 3K5NA 4DQRA 4KHUA 1NJXA 3NHGA 1DTTA 3E01A 1C1AA 1BI4B 1DLOA 3LAKA 5CY4A 3ZSWA 3P5JA 3ZT1A 3C95A 3CM6A 3TAEA 4H8KA 1SKWA 1JLCA 2Z1IA 2YHAA 3ZSXA 4B08A 4DTPA 4CIFA 4DSJA 1RT3A 1WSEA 3VQPA 3U3YA 3TARA 4HVJA 1NK5A 4O0JA 3KD5E 2Q3SA 3LP0A 4DTRA 4FJ7A 2FBVA 4OGEA 2QXFA 1VSDA 4KHNA 4FJ9A 2QKKA 1NKCA 1WN7A 2HHQA 4CGGA 4B9TA 4CJFA 5J2PA 3QEIA 2DFHA 5C24A 4K8XA 1L3SA 2AJQA 4FM2A 4Z4GA 3LALA 5K14A 3PX4A 3P83D 4DTOA 1FK9A 4CJTA 2FBYA 3AVNA 3PX0A 3L8BA 4ID5A 1RCHA 1X9MA 3DM2A 3AVAA 1SKSA 3QO9A 3KLGA 3HVRA 4AHRA 2EHGA 1KVAA 3V9WA 3CYMA 1QHTA 4YFUA 1VRUA 1CXUA 3HPOA 1L3UA 3QLHA 1JLAA 3MEGA 4FJMA 3ZSOA 2F8TA 1U45A 1J54A 2YNHA 2G8IA 1BIUA 1J53A 4CFCA 3SJJA 3NF8A 3NH2A 3CQ8A 3ISNC 3CFPA 1VSJA 1BQMA 2B6AA 2RF2A 1VSKA 3V1QA 1Y97A 1S1VA 4KFBA 1T03A 4H4MA 1TK8A 3MXIA 4QOZB 3SQ4A 3KIOA 4B9VA 2P5GA 2BDPA 4L8RB 3VQDA 3V9UA 3QEXA 3V6DA 4F3OA 1TL3A 4CJ4A 4CJRA 4Q5VA 1UWBA 4PA1A 4FZYA 2VWJA 3NF9A 4CGHA 4YNQA 1JLQA 1LV5A 5CYQA 3V4IA 1RBRA 1KTQA 1QE1A 1W0HA 3QIPA 4CHOA 4I9QA 2HHWA 1KFSA 1S6QA 1EXQA 5HP1A 2I5JA 1L3TA 3S9HA 3HP9A 4I2QA 4IDKA 3EYZA 3LANA 4E1NA 2HHUA 3RTVA 4FJ5A 4DFMA 1O1WA 2FBXA 2P1JA 4KO0A 4NYNA 3O3HA 4DQIA 5FRMA 2HHSA 4FJGA 4FLXA 1YVUA 4DFJA 3SQ2A 2E6MA 3NDKA 5HBMA 3QERA 1RT1A 3HXMA 2NUBA 4FJXA 2BGGA 5KTQA 4I7FA 3TANA 3TAGA 4FK2A 1XWLA 1C0TA 2KQ2A 3V1RA 3OS1A 1NK9A 3KD1E 1BI4A 4DS4A 3VQEA 4DSKA 1REVA 4F2RA 4TSXA 3DLEA 4O4GA 4OJRA 4OPJA 3DLKA 3QIOA 3KLEA 1T7PA 1VSFA 3OYCA 1WSGA 1TKZA 2D0AA 3AA5X 1RT5A 4FW2A 3TI0A 2KFNA 4CIEA 3IAYA 3SUNA 1EKEA 3NF6A 3JYTA 1BQNA 3OYKA 3L2QA 4PQUA 2ATQA 3OS2A 4DF8A 2JGUA 1TK0A 3K58A 3U6FA 1NK7A 4CERA 4KAZA 4FZZA 1JLFA 5HRRA 2DTUA 1UA1A 1NJYA 1HYSA 4CIGA 3QETA 4CEZA 1HNVA 1WNSA 5SZTA 1SL2A 3K5LA 1VRTA 4FK0A 4E7JA 3MEDA 4LY7A 5JS2A 4M45A 4FLUA 1BGXT 4GMJB 5J1EA 2W42A 2GUIA 4CF8A 2F8SA 4B9NA 3LDSA 2G8KA 3C6UA 2ZD1A 3O4NA 3M8RA 3SI6A 3UIQA 1UAXA 1RTJA 4M3YA 4W5OA 2XO7A 3HT3A 4CJSA 3VQBA 2Z1GA 2PYLA 3P1GA 4DQSA 3VQ7A 5J2NA 1X9WA 4BWJA 3HPHA 3SUQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1HR0K 3LDPA 2NRVA 4WFAL 2PYJA 3EKUA 3RRHA 4DMNA 2AA4A 2YJFA 3VQ9A 1WBDA 4LH4A 4KI6A 1K6YA 5LMNK 3G25A 5DK5A 2Q0RA 3BGRA 2OZMA 1F21A 1HNXK 4KHPK 4BRQA 2YKMA 1ESVA 3D45A 1RT2A 5JMVA 1QSLA 1MU2A 4CF0A 2YKNA 1ZBFA 4Y1DA 2OTJN 3UKUA 4DV2K 3O3FA 2JHPA 3IRXA 4FJNA 1RT7A 2D0OA 4WCEL 1C1CA 3NBPA 3SZ2A 1NGCA 4MDBA 2QWRA 1JCGA 2KLAA 4CEEA 4YDUC 3BY5A 3LL3A 4IEEA 1TK5A 4XH1A 1R59O 3MX2A 2IC3A 4FJKA 1NMNA 3RR7A 3D2EA 3MECA 4BWMA 4N47A 1IKWA 4FLWA 2OVRB 1NJZA 2KFZA 3SQ0A 4HUGA 3B6OA 1X9SA 3M8SA 2ASOA 3EN9A 1NKBA 3E9LA 1HQEA 5JLFA 5KPRA 4GAMC 3T1AA 1FZ6E 1XNRK 1JLBA 1EWQA 3IKMA 4CBXA 3ENHA 4NLBA 4E7KA 3DXKB 3DXMB 3IG1A 3VOVA 3CPWM 4CJ7A 2ZJPL 4N5SA 3V9XA 4J2EA 3CM5A 2VWKA 4DR1K 5ELZA 4CK3A 3LP1A 4U7BA 1LOTB 1FKOA 4WQ4C 1LW2A 4J2BA 1C0MA 5BPMA 4H5RA 1LWFA 4FOEA 4CJ3A 3HGKE 4AHUA 4QCLA 2CGLA 3O6WA 3AY9A 3K2OA 3AVFA 4CEFA 4DWIA 3V1OA 4PL7A 3VN5A 3E4WA 3HI0A 3ZETB 5GAGP 3DLRA 1LW0A 4BRHA 4CJQA 3MCPA 1RDDA 3WQTA 4H0YB 2B5JA 4FVUA 2JQTA 1BHLA 4IJAA 1RFQA 1FXXA 5I9EB 4KB1A 3PSFA 1YJWN 3O08A 1XUPO 5GIPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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