2ATQA

Rb69 single-stranded dna binding protein-dna polymerase fusion
Total Genus 223
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
223
sequence length
903
structure length
845
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and enzymatic properties of a chimeric bacteriophage RB69 DNA polymerase and single-stranded DNA binding protein with increased processivity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna binding protein
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 223
structure length 845
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2005-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2atqA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2atqA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2atqA02
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2atqA03
1LW2A 1WSEA 3B6PA 3LPTA 3RMAA 1EX4A 4R5PA 5C42A 3KKSA 2IC3A 3M8RA 4Y1CA 4CF1A 3T19A 3I8DA 4YNQA 4CHNA 1KFDA 3AVCA 3QEPA 4N5SA 2D0BA 4NCBA 3RR8A 1C1BA 1Q9YA 1IKXA 5HRRA 4FK2A 5KRTA 3QINA 1J53A 4J2DA 1S1VA 3NHGA 1TAQA 2P5OA 3VQ8A 2HW3A 3DM2A 1JKHA 1S1TA 4Q5VA 3MAQA 3V9SA 4BDPA 2KZMA 2PYJA 4FJIA 2FBYA 3FFIA 4OLAA 2HHSA 1O1WA 3TAPA 3DRRA 4EZ6A 3SQ2A 4OVLA 3CM5A 2O4GA 3ZT4A 4KHQA 4CK1A 3VA0A 1JLEA 4RW9A 3DRSA 3SI6A 1Y97A 2YNHA 4IFYA 2DFFA 1D9DA 4FZXC 1K6YA 1UA0A 3OS1A 3CG7A 1HQEA 4HUFA 1G15A 4BWMA 2YKNA 1A5XA 1BIUA 2KZZA 3ZSWA 4PWDA 2BDPA 4E19A 3JYTA 3ZT2A 3VQCA 1D5AA 3OYEA 4BE0A 3PX6A 4ID1A 2A1RA 1BCMA 4DQIA 4F2SA 3LZJA 4M3UA 4LSLA 4DTUA 2RKIA 4CESA 1IKYA 3HYFA 4FJGA 3KK1A 3NBPA 4OLBA 1IG9A 3M8SA 2VWKA 4CEQA 3CM6A 2W42A 2HMIA 4IG3A 4CGIA 1JL2A 1T03A 3THVA 1WN7A 1XHZA 3OJSA 4DG1A 4E3SA 4DTXA 4FJ7A 1WNSA 3LDSA 1RBUA 5FROA 5J2MA 1TK5A 1BGXT 3TAMA 1X9SA 3PO4A 2R7YA 3U3YA 4DU4A 1JLQA 1NKCA 3TAFA 3V9UA 5I3UA 1W9HA 1WLJA 2OPQA 3RRGA 3LP1A 2XY6A 2FBTA 1HNIA 4GVMA 3O3FA 4AHUA 2Y1IA 4O4GA 3SYZA 2FBXA 4HUEA 1BL3A 3O3GA 3VA3A 4FJMA 1WSHA 1RILA 1SKWA 1YTUA 5KRSA 2X74A 4KPYA 3S3MA 1KRPA 4CK2A 3M8QA 1SL2A 3AA2A 1B92A 3DI6A 3KKRA 4FXDA 3ULDA 4FJJA 4DTNA 2OA8A 4AHSA 3OYKA 4CFAA 4FZZA 4CHPA 2B6AA 3NF6A 4DTRA 1S6PA 4CF8A 3K5OA 3ALYA 3G10A 3T3FA 4BE2A 1UWBA 3G0ZA 1IH7A 4FLTA 3AVMA 4RW6A 3KJVA 4QOZB 4O44A 2HNYA 1WSFA 2LSNA 3IS9A 1FKPA 4DWIA 3HP9A 3DRPA 4E7HA 4C8KA 2YHBA 3HT3A 3VQBA 4EP4A 1DTTA 4IKFA 2YKMA 4OKKA 4AHTA 2VG7A 2QK9A 2HHXA 4CGDA 4DLGA 1N5YA 4CIEA 1A5VA 3SV3A 4N76A 1NOZA 4M45A 4KI6A 3SUPA 1CZBA 1EKEA 3MEDA 4CEDA 4FJ8A 1ZYQA 3QEIA 3V9XA 4J2EA 1UOCA 2O4IA 4FLVA 2XRIA 4JLHA 3WNFA 3K5LA 2GV9A 1L5UA 4NCAA 3WNGA 1VSJA 3ZT3A 1S1UA 3KTQA 4CJEA 1JLBA 2GUIA 1C0UA 3L2QA 4ELUA 2PZSA 3AVBA 4FVMA 3OYGA 3RMBA 3TR8A 1RTJA 3VQ7A 4Z4IA 4KFBA 4FJXA 2NUBA 4C8MA 4FJKA 3CFRA 1TAUA 1WAJA 1KVCA 4CIFA 3T1AA 4CEZA 5I42A 4CJFA 1VSHA 1RDBA 2IAJA 1B9DA 2YNIA 3VQPA 4CJRA 1C0MA 2PYLA 1S1WA 3TAGA 4O55A 3AVGA 1SL0A 1VSFA 4C8NA 4HCBA 3EY1A 4EZ9A 1RT1A 4HHTA 1Z26A 3IRXA 4CHQA 2OPSA 3O4QA 3AA3A 1RBSA 2F96A 4JS4A 5HP1A 1RTDA 3OYDA 4NYNA 3SZ2A 4DU3A 4E7KA 1N6QA 1JXBA 5KGXA 3KLGA 4AHVA 2AJQA 4WE1A 4CK3A 2E6LA 2HHVA 1NJZA 4KHWA 1KCFA 3A2FA 1ASWA 4ID5A 2HB5A 3OJUA 5HROA 4DF8A 3HSTB 3M8PA 4I2QA 3BDPA 2RPIA 3AVKA 3HVTA 5KGWA 3KD5E 4RG8A 4F2RA 4FLUA 3KLHA 1VK0A 4H4OA 3QEWA 2XHBA 4EP5A 4DLEA 3RRHA 4ZTFA 3QO9A 4E7LA 3F9KA 5JS2A 3RR7A 3P83D 3OYHA 4IG0A 2P5GA 4I2PA 3QIOA 4FW1A 3TI0A 3DLHA 4FLYA 5SWMA 3SQ0A 2F8SA 3OYBA 4KAZA 4FJNA 3MEGA 4DQRA 3OVNA 4NYFA 1R0AA 4LSNA 1TKXA 4DTPA 4W5RA 2G8IA 1VSMA 3HPHA 1ITGA 3SUQA 4CEAA 3QNNA 4GW6A 2DFHA 1VSEA 2HNDA 1LWCA 2Z1GA 4DTOA 1RBRA 3AO1A 4PA1A 1JLCA 1S9GA 4B9LA 4M3YA 3RMCA 1T05A 3PV8A 4B9SA 3NF8A 4B9NA 4CJ4A 1IKWA 3OY9A 3AVJA 3ZT1A 2IOCA 4OPJA 2IGIA 1NK4A 1TKDA 2VWJA 4J2AA 1Q9XA 2P51A 3S3OA 2HHUA 3HO1A 1RTHA 3HP6A 4K8ZA 3NCIA 2B4JA 4FZYA 1NK8A 4AHCA 4TSXA 1CXQA 4FCYA 5FRNA 2JLEA 2ITGA 1BI4B 4KTWA 1REVA 2D5RA 1MU2A 4M42A 3NDKA 4BDYA 4OGCA 5T7BA 1LV5A 2OZSA 1I3AA 4O0JA 4DQQA 1HQUA 1WSJA 3P5JA 3KK2A 4DSFA 4HCCA 1GOBA 3OS0A 1TKZA 4M41A 4KHYA 3VQEA 4DS5A 2E4LA 3QNOA 1BI4A 1SKRA 2G8HA 4FM2A 3DLGA 1YTAA 4KKOA 4KV8A 4E7JA 5HBMA 4CJWA 5CYMA 1KTQA 1KFSA 4KTZA 2OPRA 3C6UA 5C25A 4DS4A 4FJLA 4HTUA 3SNNA 2EHGA 1S5JA 3ZT0A 3K5NA 4RW7A 3DOKA 3RMDA 4OKEA 1Q8IA 3IAYA 3LP0A 2G8KA 1FK9A 3RWUA 1RT2A 3MXIA 5EU7A 1VSKA 2A1SA 4IFVA 4HVJA 5J1EA 4E1NA 4O5BA 4CGGA 3H08A 4OPKA 4F4KA 3NGZA 4L8RB 3E01A 3L3UA 2RF2A 4KO0A 3NE6A 1IO2A 3ZSYA 4Z4EA 3C95A 5JS1A 1W0HA 3VQ9A 4FK0A 4Z0UA 3BGRA 1QSYA 3HK2A 3AVIA 3DLRA 4CJ5A 1SL1A 3TABA 1J9AA 3AVNA 4DSLA 3DLBA 4B8AB 3V9ZA 1JL1A 1C0TA 1L3UA 4PUOA 3D0PA 4KHUA 1RT4A 2Z1IA 3DOLA 3OYLA 2G8FA 1LWFA 4DSEA 3LP2A 3P1GA 4LD0A 4CJUA 3L2RA 3QLHA 3LAKA 4B9MA 4Z4FA 3NFAA 1U04A 4G1QA 4ICLA 3AO4A 4Z4HA 3O3HA 1TL3A 1TK0A 3VQ4A 1NKBA 4W5OA 5KI6A 4XIUA 1X9MA 3PY8A 3CYMA 3VQAA 3MEEA 4E89A 3NH2A 4I9LA 1WSGA 3MXJA 1F21A 4J2BA 4CFCA 1D9FA 1QSLA 3U3GA 4KB1A 4LY7A 4CJLA 1EXQA 1RBTA 1Z25A 3V1RA 1BISA 4OGEA 4DMNA 1GOAA 3V1QA 2RN2A 3L2UA 1UA1A 5J2QA 4O0IA 1YVUA 3OYJA 4CFDA 1LW0A 1BQMA 2VG5A 3K57A 1KLMA 1U48A 1KSPA 1HNVA 4BE1A 1RT6A 2IS3A 1XHXA 4HUGA 2HHTA 4M3WA 3QIPA 1VSIA 4FK4A 4DF4A 3S3NA 1HMVA 4I9QA 4AHRA 1NK0A 4KTQA 3I0SA 2JGUA 4CF0A 3KLEA 5J2PA 4CEEA 4F3OA 2GBZA 4Z4GA 1X1PA 2FC0A 3LAMA 3V81A 3ZSXA 2YV0X 5SZTA 2G8VA 4DTJA 4B9VA 3B6OA 3L2WA 1NK9A 1XWLA 4Z4CA 4DQSA 4CGFA 1CLQA 3TWHA 4FLWA 1QHTA 1L3SA 3UIQA 3HM9A 3IG1A 1LAWA 3PUFA 5FRMA 3QEVA 1JXEA 1KLNA 1NJWA 1VRTA 4CJVA 3JSMA 4DFKA 4C8OA 1FXXA 3DYAA 2HVIA 2KQ2A 5K14A 1J5OA 4CF2A 3AA5X 1IKVA 4GMJB 4MFBA 4K8XA 3OS2A 3PX0A 4YFUA 1D8YA 3V6DA 1NJYA 3OYCA 3K5MA 2ATQA 1EP4A 1S6QA 4DSJA 3VQ6A 1NJXA 3L3VA 4CJTA 1B9FA 4QAGA 3F73A 1XI1A 4DU1A 4F8RA 4DSIA 1KVAA 3AO2A 3ITHA 1HYZA 1UAXA 3SUNA 2P1JA 5CZ1A 1XC9A 1T8EA 3VN5A 4I7FA 1T7PA 2HVHA 3C94A 3AVFA 4CHYA 3EYZA 3CQ8A 4LH4A 3TANA 4DTMA 3TAQA 1A5WA 4H8KA 3HL8A 4C8LA 3AVAA 1VRUA 3NF9A 5HRNA 4BWJA 4CJPA 1GOCA 4LH5A 2KFZA 1L3VA 3OYMA 1TK8A 4E0DA 3QESA 2BGGA 4FJHA 2Q3SA 4CGHA 4ELTA 2VG6A 1RTIA 3LWMA 2KTQA 1C1CA 4KHNA 4CGJA 1QSSA 1QS4A 3SJJA 4BACA 2HHQA 2G8WA 3NH1A 3LP3A 4E1MA 3LZIA 4Q0BA 4B8CA 3C6TA 4CF9A 1HRHA 3QEXA 1LAVA 1TKTA 1CZ9A 1WAFA 3SPYA 1JLAA 1SV5A 4FLZA 4JRQA 4JS5A 4N56A 3DLEA 4CEFA 2Y1JA 2ZQBA 3SQ1A 1RT3A 3LANA 3NGIA 4KB0A 4ZTJA 4H4MA 1QE1A 4DTSA 4KHSA 5HLFA 3PO5A 4CERA 4CE9A 2XO7A 1S9EA 2YHAA 1DLOA 4CECA 3ZSQA 3QETA 2YNFA 4FJ9A 3NGYA 4OKJA 4ZHRA 3OYIA 3SV4A 2IDOA 2OYQA 2YNGA 4CFBA 4CEBA 4CCHA 3OYAA 1HJRA 3S9HA 3SQ4A 1ZBUA 4OJRA 1U47A 2QKBA 4NCGA 4FM0A 4ELVA 3V1OA 3ZCMA 2BE2A 5D3GA 1LWEA 2G8UA 3V9WA 1ZBIA 3WNHA 3CFPA 3MXMA 3OYFA 2WOMA 4FJ5A 4DQPA 2Z1HA 2F8TA 1BQNA 4BDZA 1TL1A 1RNHA 3AVHA 3ZSVA 3L8BA 4AILC 4CHOA 1HYSA 3OYNA 1RCHA 1NK6A 5J2NA 3PX4A 2QKKA 3AO3A 1NOYA 4PQUA 3K58A 4W5NA 3VQDA 1DTQA 4B3OA 4IBNA 2PY5A 3DLKA 2DTUA 1SKSA 3NH0A 3KLFA 1BHLA 1ZBHA 3SCXA 4FM1A 1RDDA 3DMJA 1RDAA 1S1XA 2X6NA 3ISNC 3EZ5A 4AH9A 3D45A 1JLGA 1RBVA 3AA4A 3O4NA 3AVLA 3AV9A 2EX3A 2QXFA 1J54A 2OPPA 3HXMA 3U6FA 2XY7A 4M3XA 1SUQA 3ZSOA 2X78A 4CJSA 5C24A 3ASMA 1ASUA 4B9TA 4IDKA 1JLFA 2E6MA 3LALA 4KI4A 4Y1DA 4M3ZA 5CZ2A 4DFJA 2WONA 1VSLA 4CJKA 4DSKA 3NF7A 5FDLA 2KW4A 3KK3A 4B08A 2BANA 1QTMA 1TV6A 1FKOA 3KIOA 3SPZA 3V4IA 4PY5A 5KTQA 2DY4A 2Z1JA 4FW2A 1RT7A 3TARA 1CXUA 3LPUA 3RTVA 4DFMA 4RW4A 4CHZA 2ZD1A 3HVRA 1WSIA 1ZBFA 5CY4A 3VQQA 4UQGA 4E7IA 1NK7A 4FYDA 4QCLA 1RT5A 2OZMA 1BCOA 5HRPA 3ZSRA 1EETA 3WNEA 4CJ3A 1QQCA 1U49A 5HRSA 1C1AA 2ZE2A 4DFPA 2HHWA 4CIGA 3AO5A 1TGOA 3HJFA 1ZBLA 4KRFA 3LWLA 4W5TA 1RDCA 3MECA 2I5JA 1YT3A 1ASVA 3K2PA 4RW8A 1KVBA 3SUOA 3TAEA 3HPGA 5DMRA 1X9WA 4N41A 1BIZA 3NAEA 1I39A 3K59A 3KLIA 3HPOA 3VQ5A 1U45A 1HPZA 2XY5A 1C6VA 4M3RA 5DK5A 2DFEA 4N47A 1VSDA 4CEOA 4W5QA 2HNZA 2X6SA 1U4BA 4JRPA 4CJQA 4F3TA 2XY8A 4MQ3A 1NK5A 1NKEA 3QERA 2ETJA 4M3TA 5E41A 2D0CA 1TVRA 4KREA 2D0AA 3CFOA 2FBVA 2B5JA 4B9UA 2KFNA 1HYVA 3I0RA 5CYQA 3ZSZA 1L3TA 3L2VA 4FLXA 3KD1E
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3CFRA 1KVCA 4CEZA 5AQJA 1VSHA 4B1YB 1RDBA 1B9DA 2P9KA 1S1WA 4A61A 4MO5A 3E9OA 4JKGA 4EZ9A 1FZ2E 4CHQA 3O4QA 2P9NA 1RBSA 3AA3A 5BPLA 4E7KA 1JW2A 1JXBA 2HHVA 1X9JA 3CJ9A 2HB5A 3M8PA 3L2OB 1ZBSA 2XHBA 2H3GX 3CXCM 5GADP 2E2NA 2VCPA 4IG0A 3O08A 3D2EA 3CCJN 1R0AA 4DR4K 4DTPA 4W5RA 3QNNA 1KQSM 3HGKE 3S41A 1VSEA 1LWCA 2Q2RA 2HBMA 2PBDA 4M3YA 1T05A 3NF8A 5M1PA 3ZT1A 5FPEA 2IOCA 1FZ7E 2IGIA 2VWJA 4J2AA 3S3OA 3HO1A 1RTHA 4YOVA 2B4JA 4FZYA 1OH5A 3RSEB 3TTDA 3J80O 2D5RA 1XMHE 4O0JA 2OCEA 4DSFA 1HQUA 3AAPA 3OS0A 3RSEA 3TL8B 3BZCA 3L1NA 3E9LA 3C6NB 2E4LA 1SKRA 4FM2A 4KV8A 3WUHA 2K5SA 2ZJPL 3MN6A 1P8ZA 4DS4A 3SNNA 3OGKB 4ADNA 2QM1A 4O8KA 3DOKA 4H0PA 2G8KA 3LP0A 3HRGA 2W6KA 3RWUA 1RT2A 2WC9A 5J1EA 4O5BA 4OPKA 2QWNA 3H08A 2D0PA 3E01A 3L3UA 4KO0A 2QXLA 3A5NC 4Z4EA 2P1OB 1W0HA 4Z0UA 2UUAK 1QSYA 2I7NA 1ATRA 4AKIA 4WQ5C 3AVNA 3ATUA 1T44A 3IFRA 5BPMA 4UY8O 4KHUA 3Q7CA 3CCRN 2A6AA 3K2OA 2VQFK 2ASPA 4LD0A 3L2RA 3O3HA 4RCHA 2HMPA 4AQYK 2F7TA 3TSUA 1X3MA 3VQ4A 2YHYA 5KI6A 4BRHA 3CCQN 4J2BA 4CFCA 2QWOA 4LY7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5AR0 A;  3B6P A;  2VJ5 A;  4R5P A;  5C42 A;  1K8K B;  2IC3 A;  3M8R A;  2D0B A;  4Z94 A;  2O8B A;  4DV2 K;  5HRR A;  3SMS A;  2I7P A;  4JKB A;  1S1V A;  1H1V A;  1K8K A;  2FSN A;  3OBW A;  3DM2 A;  2PYJ A;  2FBY A;  4OLA A;  2HHS A;  2NRX A;  4BRQ A;  5AFU A;  1JLE A;  2IVP A;  1D9D A;  1ILY A;  3ATV A;  2UU9 K;  3TSQ A;  1G15 A;  3NVK A;  4KHP K;  2E32 A;  2KZZ A;  1RDU A;  3FZM A;  5AQR A;  3ZSW A;  1MTY G;  1YJW N;  3ZT2 A;  4PKI A;  4BE0 A;  3OYE A;  2A1R A;  4EHT A;  4F2S A;  2YB5 A;  2RKI A;  4LSL A;  2ZF5 O;  3HYF A;  1E4F T;  3KK1 A;  3I8B A;  2D0O A;  3CCV N;  1GLJ O;  2W42 A;  1N32 K;  5MLC Q;  3FR0 A;  3QFU A;  1T03 A;  4H5V A;  2UUB K;  3M5R A;  3OJS A;  3LDS A;  5J2M A;  1TK5 A;  1Q86 O;  3D6R A;  1X9S A;  4JD2 B;  3PO4 A;  5BN8 A;  2P9L A;  4JI4 K;  2QTD A;  1WLJ A;  4JKE A;  3E4Y A;  4IO9 L;  2XY6 A;  3EE8 A;  3O3F A;  2FBX A;  4JD2 A;  1QQO A;  4A59 A;  1FZ4 E;  3VA3 A;  4FJM A;  1SKW A;  1YTU A;  2E88 A;  4KPY A;  3S3M A;  3C7N A;  3CCU N;  4FXD A;  2OA8 A;  2P9I B;  4CF8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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