2DTUA

Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of rb69 gp43 in complex with dna containing an abasic site analog
Total Genus 297
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
297
sequence length
896
structure length
896
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVGEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural and biochemical investigation of the role in proofreading of a beta hairpin loop found in the exonuclease domain of a replicative DNA polymerase of the B family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*(3DR)P*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 297
structure length 896
sequence length 896
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2dtuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2dtuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dtuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 2dtuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2dtuA03
3U6FA 4KTZA 4OKJA 2E6MA 3NF9A 3CFPA 1TKZA 4ID5A 3V1QA 1JLAA 1BISA 3IG1A 4IFYA 3VQEA 3KIOA 1TL1A 3P5JA 2PZSA 3D45A 4J2AA 3CM6A 3DOLA 4FJXA 4O0IA 3RMAA 5KI6A 3QEPA 4Z4HA 3EZ5A 3CG7A 4M3TA 1QHTA 3TABA 3SNNA 4KTQA 5DMRA 1BL3A 1REVA 3L8BA 1JL1A 3AVBA 3HPOA 4DLGA 3JYTA 3QO9A 4E7IA 1RTDA 2IOCA 2Z1GA 4CJRA 4HVJA 3CFRA 4IKFA 3HVRA 2BE2A 3BDPA 3QIPA 2HB5A 3OS1A 3TAGA 3OY9A 1HJRA 1QSYA 3O3GA 5KRSA 2PYJA 1XI1A 4N56A 4H4OA 1RT3A 4DFKA 4BWMA 1HQEA 3WNGA 1BI4B 3KLFA 3HT3A 1R0AA 1ZBIA 4C8KA 4I7FA 3NAEA 1T8EA 1ZBHA 1KVCA 2RPIA 4DS5A 3FFIA 4HCCA 4JS4A 3OYDA 2OPPA 3SCXA 3VQDA 2RF2A 3I0RA 1NK7A 2QKBA 4F2SA 4KI6A 4OKEA 1U45A 4KB0A 4OPJA 5J1EA 4W5OA 3VA3A 4RW6A 4CJLA 1KVBA 2G8FA 5HRPA 3MXMA 2BDPA 3NHGA 1IH7A 3DRRA 1UOCA 3LPTA 4KRFA 4OVLA 1RILA 4M3RA 2FBYA 4ELVA 1ZBUA 4DQSA 4E89A 4CK3A 4DSKA 1HYSA 1D5AA 4GW6A 3VA0A 2W42A 3U3YA 1S1XA 4LSNA 3AO2A 4DTOA 3SQ4A 4JRQA 4CGHA 1TK8A 3O4QA 3O3HA 3ZCMA 1QSSA 3PY8A 2KFNA 4FLTA 1GOBA 2RN2A 1EETA 2IC3A 1L5UA 3LZIA 1NK8A 4DSEA 4F3OA 3HJFA 4CIEA 1SKRA 3SUOA 4CHPA 2X78A 4B8AB 1NKEA 2XY8A 3AV9A 1Q8IA 1YT3A 5SZTA 1QE1A 4B9UA 4IG0A 1T03A 2FBXA 4DG1A 2FBTA 2A1RA 3TAFA 2OZSA 2A1SA 3HYFA 4DF4A 4J2EA 3NBPA 2YNGA 1Q9YA 1RTIA 2ITGA 1RBRA 4CIGA 4DQPA 4ICLA 4JLHA 3OS0A 5FROA 3LPUA 1JL2A 2P1JA 3IRXA 3ZSRA 3DLHA 1JXBA 2ATQA 3AA3A 1GOAA 3K57A 1LV5A 2B6AA 3HL8A 3HPGA 4CERA 4CGFA 1C0MA 3RR7A 3QEWA 2VG6A 2QK9A 1GOCA 3ZT3A 4CFAA 3SYZA 5C42A 1S9EA 2DTUA 4FZXC 1LWFA 2E6LA 2O4GA 3NH1A 4E7JA 3OYEA 4RW8A 4AHVA 1ASUA 4FK0A 2NUBA 3TWHA 4B3OA 1TKTA 3A2FA 3O3FA 2P51A 3PO5A 2HHUA 4EZ9A 1XHZA 4PY5A 3QNNA 1C0UA 4M3XA 5CYQA 4BE0A 1X9WA 2OPSA 2HVHA 3QEXA 4FLXA 4FK4A 1BCOA 1EKEA 1WSFA 1WSEA 3BGRA 4AHSA 3QLHA 5T7BA 2D0AA 2EX3A 2IGIA 4W5TA 3MEDA 1NJXA 2OZMA 1JLEA 4DQQA 3NH0A 1IKWA 3VQ8A 4DQIA 2DY4A 1NK0A 4IFVA 2P5OA 1S1WA 3L2VA 3DI6A 2PY5A 4FJKA 3TR8A 4HCBA 3LANA 5HP1A 4R5PA 2IS3A 3AO1A 3AVNA 4BE1A 3G10A 2IDOA 3NCIA 2KQ2A 5DK5A 1RT7A 3PX0A 3ZSXA 4FM2A 1J54A 3MEGA 3ITHA 1D8YA 3ZSZA 4OGEA 3SUPA 5J2PA 3VQ4A 1ZBFA 2B4JA 1NKCA 4Z4IA 5FDLA 4B8CA 4F2RA 4FJLA 3IS9A 4Z4CA 3MAQA 4FCYA 1KFDA 4CFDA 4CESA 1CXQA 2I5JA 3ZSQA 3G0ZA 3VQCA 4C8LA 3NH2A 2HHXA 1C1BA 2YHBA 2YKNA 3ASMA 3ZSOA 3AVLA 5HRSA 2BANA 4CEAA 1RDDA 3ZSVA 4CJ5A 4DFPA 1WN7A 4OLAA 3HP9A 2DFFA 2YV0X 4Z4EA 3K5MA 2LSNA 4CGDA 2HHWA 1ZYQA 1IKVA 4HTUA 4FLVA 5FRNA 3HM9A 5KGWA 4DSLA 3V9XA 2ETJA 1SL2A 2HHVA 4PQUA 1WSHA 4CJVA 1JLBA 4UQGA 4F4KA 3PX6A 5CY4A 3VN5A 3ZT2A 4C8OA 1IKYA 3K2PA 3NGZA 3QEIA 4DTUA 4KAZA 1Z26A 1C1CA 3RMBA 4NYFA 3AVKA 1UWBA 4IBNA 4C8NA 4RW9A 1S6PA 2WONA 1U49A 3KK2A 3SZ2A 1T7PA 3VQBA 3ZT0A 1I39A 1Z25A 4CJFA 4DMNA 4CF2A 4KHYA 4MFBA 4YFUA 2D5RA 4H8KA 3I8DA 1KVAA 4CK1A 1HYVA 1TAUA 4CJPA 2BGGA 4Q5VA 3K59A 3KLGA 4FLZA 1S6QA 3TAQA 3LDSA 1VSDA 1ZBLA 1NJYA 2ZD1A 4DWIA 3SQ2A 3SJJA 3P83D 3MECA 3VQ7A 3OVNA 3AA2A 5HRNA 3OYJA 3M8QA 5KRTA 1UA1A 1L3SA 4CEDA 3V9UA 4NCBA 1QQCA 1BGXT 3DRPA 4CEQA 3OYNA 3AVCA 1W0HA 1KSPA 4DTJA 1UAXA 4BDYA 4NCGA 3M8RA 3V9ZA 4N47A 4LH4A 2WOMA 5C24A 3HK2A 5J2QA 2X6SA 1D9DA 3OYGA 4FJMA 3AVFA 3HPHA 4FZZA 4W5NA 2XO7A 3K5LA 1RT6A 4B9MA 4CHOA 2Q3SA 3SUNA 4E19A 1NKBA 4M3YA 4CK2A 3SPYA 4LY7A 3HO1A 3AA5X 4B9LA 3AA4A 3S3MA 5CYMA 4CJUA 3M8SA 4BDPA 4CE9A 2XHBA 1DLOA 4OGCA 4KREA 1BHLA 3KJVA 4B9TA 1HYZA 1B9DA 3OYHA 1U47A 4YNQA 3B6PA 2G8WA 2HVIA 1HQUA 4MQ3A 1J53A 1WLJA 3DMJA 5C25A 4O4GA 4F3TA 2B5JA 4KHNA 3F9KA 3S3OA 4DTXA 1Y97A 3DYAA 1VSEA 3C95A 3NF6A 1JKHA 4CEFA 4E7LA 1LAVA 2YKMA 3DM2A 4DFMA 3C6TA 3L2UA 5I3UA 1X1PA 4FLWA 4DSJA 3AO5A 2HW3A 5EU7A 1LWEA 4FJ8A 3ISNC 4CJKA 3NGIA 4AILC 4M3WA 3ALYA 3VQ6A 4AHRA 3SPZA 4HUGA 3AVGA 3MEEA 1VSFA 1XWLA 1L3UA 4CHQA 4M41A 1JLGA 2X74A 4E7HA 1IO2A 1U48A 3UIQA 4CJQA 1KLNA 3DOKA 4CEOA 4E0DA 3SQ0A 4CJTA 3RMCA 1TKDA 2GBZA 1YTUA 2Y1IA 3I0SA 3OYCA 3WNFA 1D9FA 4QCLA 4AH9A 1TK5A 3H08A 3L3VA 3AO3A 3LAKA 4ID1A 3V81A 2VG7A 4PUOA 2YNHA 4KFBA 4CF0A 4CEZA 2DFHA 1N5YA 4DTSA 4DTRA 1WSJA 2KW4A 1CLQA 3CFOA 1NJWA 4BACA 4KTWA 4CIFA 3OJUA 5CZ2A 4HHTA 2OYQA 4QOZB 2KTQA 4CF1A 1NK4A 4JRPA 3DLRA 4FW2A 1C0TA 1EX4A 1RCHA 4I2PA 3TANA 3QNOA 3V4IA 2XY5A 4I9LA 2DFEA 3K5NA 2O4IA 3LALA 1WSIA 3T19A 2RKIA 4E7KA 4B9SA 1LAWA 4W5QA 3PX4A 1B92A 4Z0UA 1N6QA 4AHCA 1S1VA 4EP4A 2OPQA 3AVHA 5HROA 2KZZA 1MU2A 1RT1A 3L2RA 1IKXA 1CZ9A 3NFAA 4LH5A 1X9MA 1FK9A 1BQMA 1K6YA 1BIZA 5J2NA 4FXDA 2ZE2A 4HUEA 4ZTFA 1NK6A 3C6UA 3SI6A 3TAEA 4CHYA 1EP4A 4O5BA 3U3GA 2G8VA 2HMIA 4KI4A 1CXUA 2XRIA 1EXQA 1VSMA 2PYLA 4M45A 3F73A 5J2MA 3QIOA 4AHUA 4CGIA 4ELTA 4DTPA 4KV8A 4CECA 4K8ZA 4B08A 4AHTA 5KTQA 1C1AA 3KK3A 1NK9A 2JGUA 1L3TA 3TARA 1TVRA 3EY1A 1FKPA 3EYZA 3NE6A 3RR8A 2X6NA 3LP0A 2G8UA 2VWJA 4M3UA 1RDCA 4N5SA 1TL3A 2ZQBA 3QERA 3OYKA 1KLMA 3V9SA 3KLEA 3RRHA 5E41A 5CZ1A 4LSLA 3L3UA 1UA0A 1W9HA 3KKSA 1NOYA 1RDAA 2OA8A 1NOZA 4EP5A 1IG9A 2P5GA 3TI0A 1VSIA 4DU1A 3DRSA 3VQ5A 4ZTJA 3RRGA 4ELUA 4E1MA 4DLEA 4B9VA 2FC0A 2D0CA 1LWCA 3TAMA 4DTMA 4KB1A 2IAJA 3P1GA 1BI4A 4CJSA 1KFSA 4Y1CA 1XC9A 2G8KA 3K5OA 4TSXA 3T3FA 2HHQA 4RG8A 2AJQA 2Z1IA 1J5OA 4FLUA 2YNFA 1TAQA 1A5VA 4I2QA 4CHNA 3OYBA 1ASWA 4FZYA 3QESA 2KZMA 4E1NA 3AVAA 2HNDA 1SKWA 2GV9A 1KTQA 1QSLA 2G8HA 2HHSA 4CEBA 3OS2A 1VRTA 3WNHA 1WSGA 1S1TA 4O55A 4HUFA 3ZSWA 4DF8A 4FJGA 1RBUA 4FW1A 4CF9A 3OYLA 3AVIA 4CF8A 3KD1E 4K8XA 1RTJA 4GVMA 3ZT4A 3OYIA 1TV6A 1YVUA 2OPRA 4CHZA 2YHAA 4CJ4A 3MXJA 2R7YA 2EHGA 4OPKA 4DFJA 5I42A 1WAJA 4KPYA 1Q9XA 1U04A 3L2QA 1CZBA 1VSJA 4CFCA 3ZSYA 1SL1A 5HRRA 1XHXA 4FJ9A 3E01A 4BE2A 3NF7A 3L2WA 3NDKA 1S9GA 4CJWA 4JS5A 3OYFA 4CCHA 3QETA 1RNHA 2HNZA 1BIUA 4M42A 3V1OA 4OLBA 1NJZA 3RWUA 1HNVA 3V9WA 1JLCA 1KRPA 2QXFA 3DLEA 1WAFA 4J2DA 4OJRA 4KHSA 1ASVA 1VSKA 1TGOA 1SUQA 3LP3A 3M8PA 3NF8A 5KGXA 2E4LA 3PO4A 1S1UA 3KLIA 4FK2A 4FJHA 2GUIA 3SV4A 3D0PA 3KLHA 4Z4GA 4DSIA 3DLKA 4QAGA 4J2BA 4FLYA 4E3SA 1QS4A 4CGJA 3JSMA 3RTVA 3TAPA 1TK0A 4B9NA 4FYDA 3O4NA 1C6VA 1JXEA 1BQNA 4Z4FA 2G8IA 1S5JA 4KHQA 3MXIA 3LWMA 1A5XA 4KHWA 1YTAA 4PA1A 1G15A 1HMVA 3LP1A 1LW0A 4O0JA 4G1QA 1SV5A 3V1RA 3VQPA 1VRUA 3SV3A 2FBVA 2Z1JA 3ULDA 4BDZA 1L3VA 1VSLA 4Q0BA 1RDBA 4FM0A 2F96A 4FVMA 4L8RB 3QEVA 4RW7A 2XY7A 1RBSA 1KCFA 1RBTA 1DTQA 2JLEA 4KO0A 5FRMA 4IG3A 4IDKA 4RW4A 1SKSA 4FJ5A 1F21A 3DLGA 4DQRA 4M3ZA 1FXXA 3SQ1A 4OKKA 5JS2A 3LZJA 2F8SA 3RMDA 4N41A 3LAMA 3ZT1A 4KKOA 4H4MA 3NGYA 4FJJA 4KHUA 3PUFA 1RT5A 1WNSA 1NK5A 4PWDA 5SWMA 3IAYA 4FJIA 3HSTB 3LP2A 3KTQA 3HXMA 5D3GA 2Y1JA 4XIUA 4ZHRA 1BCMA 2Z1HA 4EZ6A 3LWLA 3S3NA 3VQQA 3KK1A 1HPZA 1LW2A 1FKOA 3AO4A 4FJ7A 2VG5A 5HBMA 3AVJA 3C94A 4CJ3A 1DTTA 4DS4A 4CFBA 5HLFA 1HNIA 3KD5E 4W5RA 3OYMA 1U4BA 1RT4A 4Y1DA 1RBVA 1JLFA 3AVMA 3VQAA 4F8RA 3THVA 3QINA 1A5WA 4DSFA 4I9QA 2QKKA 3V6DA 1JLQA 5K14A 3WNEA 4CGGA 4FM1A 4N76A 5JS1A 3OYAA 2HHTA 1QTMA 1RTHA 2VWKA 4WE1A 1RT2A 4CEEA 3PV8A 4DU4A 3CYMA 1VSHA 3K58A 3OJSA 4CJEA 4NCAA 3CQ8A 2KFZA 1ITGA 4GMJB 3VQ9A 2HNYA 1J9AA 4LD0A 3S9HA 3B6OA 1I3AA 1X9SA 3T1AA 4C8MA 3HP6A 1VK0A 4FJNA 1O1WA 4DTNA 3KKRA 2XY6A 1SL0A 4DU3A 2D0BA 1T05A 2F8TA 1B9FA 3SUQA 1HRHA 4BWJA 2YNIA 3DLBA 1TKXA 4O44A 3HVTA 3CM5A 4NYNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3U6F A;  4KTZ A;  3UKU B;  1VQ4 N;  3HRG A;  1QZ5 A;  3V1Q A;  4K41 A;  3IG1 A;  1FPO A;  4KHP K;  2PZS A;  4J2A A;  3CM6 A;  5AQT A;  4FJX A;  4U7B A;  4M7Y A;  1HNZ K;  3EZ5 A;  1QHT A;  3ENB A;  2V52 B;  3THX B;  1BL3 A;  1REV A;  3P31 A;  3L8B A;  3AVB A;  4CZM A;  4GV6 A;  4JD2 A;  4BRC A;  4BVO A;  4H5W A;  2BE2 A;  3BDP A;  3OY9 A;  1QSY A;  4C23 A;  2PYJ A;  4IOX A;  1GLE G;  4N56 A;  1RT3 A;  1HQE A;  3WNG A;  1BI4 B;  3KLF A;  4BC4 A;  3CC4 N;  2A3Z A;  1T8E A;  4CZI A;  3N1B A;  3FFI A;  4HCC A;  4WQ5 A;  4BRH A;  1DEJ A;  4H5V A;  1NK7 A;  4OKE A;  1U45 A;  4OPJ A;  4YOR A;  2E2P A;  4EYW A;  3DRR A;  5H1S Q;  3HM8 A;  1S1X A;  4LSN A;  1ZC6 A;  4BRP A;  1XVB E;  4CGH A;  3CME N;  1QSS A;  3O4Q A;  3ZX2 A;  5AQY A;  1L5U A;  3LZI A;  2OVP B;  2MW2 A;  5ADX A;  2X78 A;  1SZ2 A;  5SZT A;  1QE1 A;  1OKJ A;  2FBT A;  4DF4 A;  2HST A;  3NBP A;  4CIG A;  1RBR A;  4JKD A;  4ICL A;  5FRO A;  1JL2 A;  2Q0R A;  3AA3 A;  3K9K A;  3HL8 A;  4PKH A;  2NNW A;  3SYZ A;  1S9E A;  3HOT A;  2P1P B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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