2DTUA

Crystal structure of the beta hairpin loop deletion variant of rb69 gp43 in complex with dna containing an abasic site analog
Total Genus 297
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
297
sequence length
896
structure length
896
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVGEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and biochemical investigation of the role in proofreading of a beta hairpin loop found in the exonuclease domain of a replicative DNA polymerase of the B family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*(3DR)P*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*CP
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 297
structure length 896
sequence length 896
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 2dtuA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 2dtuA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2dtuA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 2dtuA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 2dtuA03
3DLKA 2VG5A 4PUOA 2IGIA 3AO1A 4O5BA 4BDPA 3RR7A 3VQCA 2QK9A 1NKEA 2HHWA 1EX4A 3D0PA 4FZZA 2KZMA 2EX3A 4B3OA 3ULDA 4F2SA 2Z1GA 1RTJA 1BHLA 4C8OA 2HHTA 4KI4A 3HXMA 4M3WA 3DLEA 3WNEA 3TR8A 5K14A 3VQ6A 2D0AA 1ZBIA 4DFJA 1HQUA 3C6TA 4CK3A 2BANA 4CJWA 4J2DA 3L2RA 2X6SA 1LWFA 1ITGA 4BDYA 2PYJA 4H8KA 3AO2A 1C0UA 1WSJA 1RCHA 2Y1IA 4B8CA 4KHNA 4BWJA 4AILC 4OGEA 3K58A 2HVIA 1EKEA 4CERA 4Y1CA 5HRSA 1GOBA 1ZBLA 4FJGA 3NH2A 4BDZA 3DMJA 1JLEA 2KW4A 2OPRA 3LP3A 4KRFA 2HW3A 3F73A 4EP4A 4CEOA 4CEBA 4HTUA 2P5GA 2WOMA 1TK8A 2XY5A 4DSLA 4F8RA 3IRXA 3RRHA 1I39A 1VSFA 2QKKA 4AHUA 1NOYA 1LAVA 1ASVA 3TANA 2X78A 1WSIA 4O44A 1CZ9A 4BWMA 3T3FA 3U3YA 1D8YA 3RWUA 4RW4A 4AHVA 2G8IA 3UIQA 1RT5A 3ALYA 5D3GA 1IKVA 3DRPA 1C0TA 3CYMA 4CECA 3PUFA 2P1JA 2E6LA 5KGWA 4C8KA 1YTUA 4OJRA 3ZCMA 3V1RA 2I5JA 4AHSA 1S1XA 3ZSRA 4W5RA 3QLHA 1X9SA 4KHSA 3P1GA 1Q9YA 5CZ2A 4Z4HA 3RRGA 3KTQA 1BCMA 3AVHA 1JLBA 1C1AA 4HHTA 1TKDA 2PY5A 2P51A 4FLZA 1NOZA 5CZ1A 2PZSA 3KKSA 3V9WA 3ZSVA 4CJLA 4KHQA 1C1BA 3SV3A 1L3UA 4CGHA 3SUPA 2Z1JA 4ID5A 3ZT3A 3K5LA 3HPHA 1QSLA 3OJUA 5J2QA 2B4JA 2DFEA 4CFAA 4E1NA 2AJQA 2G8WA 4CGJA 2Z1IA 4CF8A 1BI4A 2HHUA 3RMBA 5C42A 3V4IA 3V81A 1DTQA 1XWLA 3AVGA 1XHZA 3RR8A 2BGGA 4FLXA 4PA1A 4DFKA 4KTQA 4I7FA 3KLHA 4DFPA 5I42A 4MQ3A 4CJEA 1HPZA 2ATQA 3LANA 1JL1A 1J9AA 2IDOA 4E0DA 3AVFA 3L3UA 1S1VA 3ZT1A 4CGIA 5KTQA 3O3HA 1IKYA 1X1PA 1BQNA 1VSMA 2HHSA 4Z4CA 3L2WA 4CHYA 1QSYA 3AO5A 1CXQA 2Z1HA 2XO7A 2F8SA 1ZBFA 4CF9A 4DU3A 2IOCA 4CIFA 3SV4A 3TAGA 1RDAA 1BL3A 3E01A 4H4MA 3VQEA 3MXIA 4TSXA 5HRPA 4ZTFA 4EZ9A 1O1WA 4CCHA 3TI0A 4FK0A 1IKWA 3HL8A 2FC0A 4KTZA 4ZHRA 3U6FA 2B6AA 4CESA 5FDLA 3ZSWA 2XY6A 3OS2A 1BIUA 1BISA 1TV6A 1S9EA 2OZMA 3OS0A 3BGRA 3TAQA 1QHTA 1VK0A 5KRTA 3RMAA 3M8PA 3VN5A 1JL2A 3WNFA 2JLEA 3L2VA 4KPYA 3RMDA 1GOAA 3AVKA 3AVLA 3MXJA 4OVLA 4CJ5A 3V9UA 4FLYA 3S3NA 4FXDA 3QEPA 1BI4B 2RF2A 3V1QA 3HK2A 3AA2A 4CFCA 5KGXA 1S5JA 3DLHA 4Z4IA 1HYZA 1UOCA 1VRUA 4FJ7A 3OYDA 1VSHA 4KB0A 4MFBA 2QXFA 1S1WA 4KV8A 2F8TA 4FJ9A 1RBSA 4IBNA 3LP0A 4DSFA 1RT4A 3F9KA 1MU2A 4B9LA 4CGDA 4DU1A 1U48A 4AH9A 1LW2A 1SKWA 4DSEA 4B9VA 4CF2A 4FM0A 1ZBUA 4CJRA 3NHGA 5KRSA 2GBZA 4OKEA 3O4QA 1Q8IA 1NJWA 1G15A 4FLUA 2YNHA 1A5VA 1VSIA 1B9FA 3SNNA 1ASUA 1B92A 1IKXA 2IS3A 1X9WA 3QIPA 1QE1A 1S6PA 2HHVA 1LWCA 3AVBA 1C1CA 4E1MA 3KIOA 1LAWA 4DMNA 4KAZA 1CZBA 3NDKA 5HRRA 4DTUA 2FBVA 4JS5A 1SL2A 4RW7A 3TAEA 3QEWA 4W5TA 2X74A 3SPYA 3QEIA 3ITHA 3SUOA 1KTQA 4G1QA 4LSLA 1J5OA 4J2AA 4W5NA 3CG7A 5FRNA 1RTDA 4CHZA 3ZT0A 3KLEA 1JLAA 1NK7A 3AVMA 2ITGA 4OPKA 4O55A 1U49A 4IG3A 4K8ZA 3LALA 1RT2A 5HP1A 5FRMA 3LWMA 3HM9A 2OA8A 4BACA 2DFFA 5J2MA 4OPJA 3MEDA 4B9SA 4Z4GA 1L3VA 3KJVA 4DU4A 3TABA 1KVAA 5CYMA 3VQ5A 3JSMA 4FYDA 1VSLA 4W5QA 3HVRA 3SZ2A 5HRNA 4O0IA 4N56A 3CFOA 3LPUA 4R5PA 1FKOA 3AO3A 1RTHA 4LSNA 3PO4A 1TAQA 3PX4A 4CHNA 3B6OA 4B9UA 3AA3A 3I0RA 4LY7A 2RPIA 2D0CA 1NK9A 1B9DA 4CFDA 5SWMA 3QEXA 1KSPA 2RKIA 2G8FA 3K5OA 1J54A 3SJJA 3TAMA 1RBVA 2HHQA 1W9HA 4CGFA 2YNFA 4HCBA 1HNVA 3KLIA 3NFAA 4EP5A 4J2EA 1FKPA 2VG6A 4ELUA 3OYCA 3H08A 3NGYA 4CF1A 3OYFA 4DQIA 1VSJA 1RT1A 1JLQA 5E41A 4RW6A 1KRPA 4FM1A 1BGXT 1YTAA 1K6YA 2KTQA 3K57A 1S6QA 4IFVA 4CEDA 5KI6A 4CEZA 1D9FA 1HMVA 2VWKA 3HP9A 4J2BA 5DMRA 3V1OA 3KK3A 1KVBA 4M3XA 3DOLA 3PX0A 4F3OA 3M8QA 1R0AA 2YHAA 2B5JA 1KFDA 1REVA 4QOZB 3C94A 1KCFA 3VQ8A 3MXMA 4OLAA 4I2PA 1EP4A 3CM5A 3AVAA 1U04A 1Z26A 4DTSA 3TAFA 3VQAA 3VQBA 4AHCA 2D0BA 3LZIA 1UWBA 5C24A 3AVIA 1UAXA 4DF4A 3O3GA 4DQQA 3DYAA 2P5OA 2KFNA 4ZTJA 2IC3A 2XY8A 3MAQA 4M45A 1KFSA 3C95A 4OKJA 4Z0UA 3HP6A 4KHWA 2DFHA 2WONA 2W42A 3OS1A 4DSJA 4FJMA 4UQGA 4FZYA 4QCLA 4IDKA 3EYZA 4CHOA 3LZJA 3NGIA 3AVJA 2D5RA 4HCCA 1WLJA 1YT3A 4NCGA 3RTVA 3LP1A 4M3YA 2QKBA 3DRSA 4CJSA 3V9XA 3VA0A 2F96A 3K5NA 2HMIA 3JYTA 1NKCA 1WSEA 3AA5X 1WN7A 3IS9A 3PO5A 3FFIA 3L2QA 1U47A 5HROA 4Z4EA 1KLNA 3ZSQA 4DS5A 4CF0A 5JS2A 4DTOA 1RBTA 4I2QA 2YKNA 3OYNA 4C8LA 3MEEA 4NCBA 3SUQA 3CFPA 1HQEA 3NAEA 1BIZA 4DSKA 4FJIA 4RW9A 4CJ3A 3NGZA 2G8UA 4F2RA 1EETA 1KLMA 4C8MA 1T8EA 4FLWA 1IG9A 4CEEA 3ISNC 1VSKA 2YHBA 4ICLA 3VQDA 3OYBA 4JRQA 4B9TA 2KFZA 2XRIA 1TK5A 3M8SA 4CK2A 3CFRA 3QETA 4DQPA 2YNGA 4FLTA 3L3VA 4O4GA 4E7KA 3CQ8A 4DWIA 1TK0A 2EHGA 4CJVA 1D9DA 4OLBA 1T03A 3SCXA 4DTJA 1I3AA 4CHPA 3AVNA 4ELVA 4FVMA 3VQ7A 1RTIA 4L8RB 3A2FA 2YV0X 1A5WA 3K5MA 3QEVA 3K59A 4EZ6A 1S9GA 2PYLA 3L2UA 2FBTA 1A5XA 4YFUA 2G8HA 4HVJA 2R7YA 1X9MA 1HYVA 1N6QA 3B6PA 4N5SA 2HVHA 2GUIA 1DTTA 3KK1A 4KHYA 3ZSXA 4LH4A 3OYIA 3V9SA 4E7JA 4DLEA 2O4IA 4E3SA 4FW1A 1RILA 1SV5A 4FJLA 3HPGA 4CFBA 4YNQA 1SUQA 1WSFA 4I9LA 1TVRA 4OKKA 2G8VA 3ZT4A 2HNZA 3S3MA 4I9QA 1Y97A 3QNNA 5JS1A 3EZ5A 3DLGA 4H4OA 3NF6A 4KO0A 3T1AA 3SUNA 1L3TA 2JGUA 1TL3A 4KKOA 1UA1A 2ETJA 2ZE2A 1JLCA 4JLHA 1QTMA 2OZSA 1JXEA 3VQ9A 3EY1A 2A1SA 1LW0A 2Q3SA 4Q0BA 1HYSA 2HNDA 1RT3A 4C8NA 4AHTA 1S1UA 4FJ5A 4DTMA 2ZQBA 1SL0A 3KK2A 4FJKA 3K2PA 2YKMA 4GW6A 3SI6A 2NUBA 5HBMA 5J1EA 3VA3A 4DFMA 4F4KA 3C6UA 4PWDA 4KREA 4CJTA 3KD5E 2XY7A 4DQRA 1FK9A 3LAKA 3KD1E 1HNIA 3VQ4A 4FJHA 1KVCA 4CIGA 1IO2A 3PV8A 5I3UA 2E6MA 1RT7A 3DM2A 4NYFA 4AHRA 1ZYQA 4CEQA 4Q5VA 3QESA 4LD0A 2A1RA 3ZSZA 2OYQA 3DRRA 3THVA 1NK5A 3MECA 4CJKA 3AVCA 4CJ4A 1RDDA 2O4GA 4CJFA 1TKXA 3OJSA 4F3TA 3WNGA 1Z25A 2OPSA 1RDCA 4DTNA 1NJXA 4KTWA 3V6DA 2G8KA 4FZXC 4GMJB 4WE1A 4JS4A 3TWHA 1CLQA 3NF8A 1NK8A 4M42A 4DTXA 3ZT2A 1LWEA 4XIUA 1NJYA 3RMCA 1JKHA 5J2PA 3QERA 1W0HA 1QS4A 1JLGA 1TL1A 1T05A 4NCAA 4M3TA 1BQMA 4LH5A 4E7LA 3TAPA 1N5YA 4O0JA 3ZSOA 2VWJA 1XC9A 1NKBA 1QQCA 3AV9A 4CE9A 2HB5A 3S9HA 1CXUA 5EU7A 4DQSA 3OYEA 4KB1A 3LWLA 1JXBA 1XHXA 3LAMA 5FROA 3OY9A 3QINA 1EXQA 1HRHA 2OPPA 3CM6A 3U3GA 3LP2A 1T7PA 1FXXA 2DTUA 3NBPA 3T19A 1TKTA 4Y1DA 1WAFA 1WSHA 3I8DA 1TGOA 4N47A 1UA0A 4K8XA 3G10A 3OYLA 1LV5A 1NJZA 3NH0A 4RG8A 1DLOA 3KLGA 4JRPA 2XHBA 4KFBA 3HT3A 2GV9A 1SKRA 3SQ2A 1WSGA 3DLBA 4QAGA 4FK4A 2LSNA 5C25A 3M8RA 2IAJA 3MEGA 4M3ZA 2OPQA 3NE6A 1GOCA 3NCIA 3LDSA 1ASWA 3G0ZA 3OYAA 1QSSA 1Q9XA 3NF9A 3SQ0A 3HYFA 3WNHA 2FBXA 4NYNA 1S1TA 4DTPA 1YVUA 1L3SA 3NH1A 1RT6A 1C0MA 2X6NA 3OVNA 5SZTA 3OYKA 4DLGA 2HNYA 4N41A 3S3OA 3TARA 3VQPA 4B8AB 5T7BA 4FK2A 1TAUA 4ID1A 1HJRA 1NK0A 4CJQA 4BE2A 4DS4A 3O3FA 2FBYA 2DY4A 4B9NA 4CK1A 1VSEA 3QNOA 4BE0A 3AA4A 3PY8A 4RW8A 4E19A 2Y1JA 4M3RA 1ZBHA 2RN2A 4KHUA 3HVTA 4E7HA 1SL1A 4E89A 3KLFA 1RBUA 3HPOA 3OYGA 5HLFA 4B9MA 4IKFA 3KKRA 1VRTA 4OGCA 3L8BA 4M3UA 4W5OA 3SYZA 1NK4A 1JLFA 3O4NA 3HJFA 2VG7A 3ZSYA 4FCYA 3PX6A 3OYMA 4HUEA 1IH7A 4B08A 1TKZA 3SPZA 3I0SA 3BDPA 2KZZA 1C6VA 1WAJA 4KI6A 4FJJA 3NF7A 4IG0A 4CJPA 3SQ1A 2HHXA 3QO9A 3QIOA 1U4BA 3HO1A 1VSDA 3P83D 1BCOA 4DSIA 1RNHA 1RBRA 4DG1A 4M41A 4FLVA 2YNIA 2BE2A 5CYQA 1RDBA 4FJNA 1D5AA 3IAYA 3P5JA 1L5UA 3DLRA 3DI6A 4FJ8A 4CEFA 3V9ZA 2BDPA 3ASMA 4FJXA 4Z4FA 4N76A 4FW2A 5CY4A 2KQ2A 4CEAA 1U45A 1SKSA 1WNSA 4HUGA 4IFYA 4GVMA 4DTRA 5DK5A 1XI1A 2ZD1A 3DOKA 4CIEA 4CHQA 1NK6A 4PQUA 4HUFA 1J53A 4DF8A 3VQQA 4ELTA 3SQ4A 3D45A 4E7IA 4CJUA 4FM2A 3OYHA 4BE1A 5J2NA 4CGGA 4PY5A 1F21A 3OYJA 2E4LA 3LPTA 3AO4A 3IG1A 3HSTB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1XMFE 1S1WA 5AR0A 2F8TA 4FJ9A 2P9NA 4A62A 1IJJA 4IBNA 1DT9A 3ULEB 5AQQA 3F9KA 1NMDA 4CGDA 1U48A 3LDBA 4B9VA 3J81O 1N33K 1ZBUA 4MDBA 1NJIO 2GBZA 3O4QA 3A5MC 3EO3A 3KHYA 1NJWA 5HL7L 2YNHA 1VSIA 3SNNA 4B1VA 4B3SK 1QE1A 2HHVA 1LWCA 4E1MA 3KIOA 3W3DA 1E4FT 2JH9A 3C6AA 3NDKA 4C1NI 3ZLJA 2FBVA 3FFKB 2X74A 3QEIA 4AF1A 1J5OA 2O8EB 3CG7A 2RCUA 4I6MA 3ZT0A 4JI1K 3TL8B 3KLEA 1JLAA 4IG3A 3E4YA 5HP1A 5J2MA 2DFFA 3CXCM 4OPJA 4Z4GA 1L3VA 1V4TA 1SS6A 1X3NA 3KJVA 3A5NC 1HPMA 5CYMA 3SZ2A 1OH5A 1FKOA 4CHNA 1MA9B 4LY7A 1FPOA 2A6AA 1NK9A 2QWRA 3QEXA 4H5RA 3SJHA 3OW2M 3BP8A 3RSEA 3KLIA 3BUZB 2I7PA 5GIOA 3H08A 1XVFE 2BUPA 5AQNA 1RT1A 1VSJA 5ELZA 4PKHA 5E41A 1J6ZA 1KRPA 4FM1A 3VGKA 3VOVA 5BREA 3CQYA 3K57A 1S6QA 2QI2A 3IDHA 1VQPN 4CEDA 5KI6A 3QICA 2D0PA 3HP9A 4PKIA 4M3XA 4BRHA 2E2PA 3LDNA 2YHAA 3K9JA 1IBMK 3C94A 1KCFA 3THYB 4I2PA 2NZTA 3AVAA 3VQAA 3VQBA 3L1NA 2D0BA 3LZIA 5C24A 3AVIA 3UO2A 4AKGA 3DYAA 4RTFD 2Q0RA 4ZTJA 4O8KA 4M45A 1KFSA 4DWIA 3HP6A 4KHWA 4QCLA 4FJMA 3EYZA 3NGIA 3AVJA 3D2EB 4K41A 3RTVA 4JAXA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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