3CFOA

Triple mutant apo structure
Total Genus 309
100200300400500600700800900050100150200250300
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
906
structure length
906
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDFHHH
100200300400500600700800900800600400200
050100150200250300Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Bacteriophage rb69
publication title Insights into base selectivity from the structures of an RB69 DNA Polymerase triple mutant
rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 309
structure length 906
sequence length 906
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3cfoA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3cfoA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cfoA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3cfoA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3cfoA03
4CF2A 3VA0A 5HP1A 4IFYA 5CYQA 3DM2A 3RRGA 4IKFA 3OYCA 4FK0A 5C42A 4Z4HA 3OYNA 3KK3A 5FDLA 1KLNA 3BGRA 1VSHA 2XY8A 4IDKA 4AHUA 3ZSZA 3QEVA 1LWCA 1W9HA 4DU3A 1KCFA 1RT7A 3VQ8A 1KFDA 3NH2A 4JRPA 1NJYA 4FJIA 2ITGA 3ZT3A 4CK1A 1LW0A 2F96A 3DOLA 1BIZA 4KHUA 3AVIA 4RG8A 5KGXA 2ZD1A 3AA5X 2E6MA 4KHSA 4DTPA 3LWMA 4GW6A 3VQAA 3U3YA 3K58A 1ZBIA 2OPSA 1LWFA 4KO0A 2OA8A 4TSXA 4ZTFA 2HHXA 4LSNA 3S3MA 4DG1A 3LP2A 5I3UA 4J2EA 3I0SA 3DRSA 2OPPA 4FJHA 1YT3A 2LSNA 3OYMA 2JLEA 4KB1A 1XHXA 3QEPA 2ZQBA 4AHTA 3HJFA 1X9SA 3AV9A 3HVRA 3V9ZA 2BDPA 4DTNA 2X74A 4EP4A 2RKIA 4DQSA 4F3OA 3HL8A 4NCAA 1GOAA 4DLEA 4CEEA 2OPRA 4KAZA 4F3TA 2FC0A 3WNGA 2NUBA 1VRTA 5FROA 4FK4A 3L3VA 4JLHA 1U49A 3CM6A 3L2QA 1SL1A 4F8RA 4R5PA 4E7JA 1S6QA 3NGYA 3S9HA 3VQCA 4I9QA 5SZTA 1UOCA 3TAQA 1EP4A 2FBTA 1ZYQA 4QOZB 2O4IA 2HHVA 4ICLA 3AVKA 4FJXA 4FW1A 1GOCA 4I2QA 4ELTA 4FLVA 4DU4A 3QEXA 5HRNA 1NJWA 4OPJA 4E7LA 1NK5A 1T05A 4FLYA 4M3WA 4CEQA 3KLEA 4CFBA 1UA0A 4F2RA 2HNDA 3DLRA 3NH1A 3C94A 2G8VA 4FJ8A 2OZSA 4KI4A 2HW3A 1KFSA 4EZ6A 3O3HA 3SUOA 1BQNA 3QLHA 3SV3A 4DU1A 2Y1IA 3SZ2A 4DQIA 4M3UA 3NBPA 4CECA 1TK0A 1SKWA 3U3GA 3M8RA 5D3GA 3DLKA 1IG9A 3ZSWA 4FJ7A 3B6OA 3HSTB 4AHCA 2X6SA 3MEDA 3K59A 1WLJA 3JYTA 1VSDA 1JL1A 3RRHA 1RBUA 4CJSA 2YNGA 4H8KA 2RF2A 3CFRA 3F9KA 4M3TA 3AVCA 4H4MA 4I2PA 2YNIA 2F8SA 3NE6A 1IKVA 1J9AA 1U45A 1RTDA 3WNFA 4Z4EA 1WSHA 3AVNA 4O44A 4FJ9A 1YTAA 1NK0A 4C8OA 4F4KA 1ASVA 4M3RA 2B4JA 2E6LA 4OKJA 2Y1JA 4EP5A 1ASUA 4NCGA 4CHPA 3NF9A 4KFBA 5JS2A 3PY8A 2OYQA 3OVNA 1T03A 2KW4A 3RR8A 4CK3A 4FCYA 1XC9A 4CJKA 3HXMA 5J2QA 1TK8A 3DRRA 3QO9A 1HQUA 2DFEA 1JKHA 2IOCA 1REVA 3ZSYA 4CE9A 3I8DA 1SKSA 1JLEA 3OYGA 1RBTA 3LWLA 2HHWA 1NK4A 3M8QA 3CQ8A 4CJLA 3WNEA 4J2DA 2YNHA 1KLMA 2YKMA 2G8UA 1BI4A 1KVAA 2PYJA 1X9WA 3SJJA 2X6NA 4B8AB 1XWLA 4NYFA 3IG1A 3TANA 3ZSOA 4FJGA 4CJTA 3K5OA 1EETA 1HQEA 1GOBA 1YVUA 1RDAA 2ZE2A 4OKKA 4CIFA 1S1UA 3NF8A 3NDKA 5T7BA 1TKDA 4CF8A 1VSFA 4GMJB 1BISA 2X78A 4O0JA 4QAGA 3KKRA 5HRSA 1HMVA 4CF1A 3K5MA 1QSSA 4FXDA 4I9LA 4CJUA 3AO4A 2B5JA 1TL1A 1DTTA 4KTWA 3G0ZA 4N76A 3K57A 1VK0A 3UIQA 2RN2A 2G8HA 3V6DA 4CEBA 1RT1A 3MXJA 4CHZA 4N5SA 4HUEA 4DSLA 1WN7A 2G8FA 3RMCA 4OPKA 4RW4A 3O4NA 1F21A 4FJ5A 3LP3A 4C8MA 3V4IA 1X9MA 3OJUA 3NGIA 3NF7A 3TWHA 3CM5A 4N41A 3ZT4A 4IFVA 4AH9A 4Y1DA 2Z1HA 3QNOA 3TARA 3M8SA 3ZT1A 3LAKA 2YKNA 3OYDA 3QEIA 3TAEA 4B3OA 3H08A 4Q5VA 2HVIA 4M3YA 4AHRA 1RT6A 4CK2A 4ZHRA 3SUQA 4FLWA 5KTQA 1EKEA 3VQ7A 3OYLA 1G15A 3M8PA 4BACA 4W5QA 3SUPA 2VWKA 1RT5A 4DS4A 2I5JA 4BWMA 2HHSA 4FM1A 1BCOA 1Q9YA 1S5JA 1FKPA 4CCHA 4DTXA 2AJQA 4CJEA 4K8XA 1U04A 4CF9A 4OJRA 4FVMA 3TAFA 2Z1IA 4DSEA 4KKOA 1NK8A 4M41A 2G8IA 3AA3A 3WNHA 2A1SA 3RMDA 1NJZA 3MAQA 4W5NA 1ZBUA 1CXUA 3CG7A 1B92A 4BDYA 5CY4A 4DTMA 1D5AA 1RT2A 2XY6A 3AVFA 3DMJA 3PUFA 1IKWA 3PX6A 3D0PA 4E7KA 5KGWA 1DTQA 1QE1A 3A2FA 3HK2A 4W5RA 3DI6A 4DTRA 3CYMA 3ULDA 5FRNA 3VQ9A 4IG0A 3SYZA 4PUOA 3RMBA 4B8CA 5DK5A 3C6TA 4CF0A 3O3GA 1UA1A 2HHTA 3AO3A 3T1AA 4DQQA 1B9DA 3HYFA 3DYAA 4E89A 3QNNA 2DFFA 3SQ0A 1I39A 2FBXA 3PO4A 1RDBA 5HROA 3QINA 4FLXA 1IKYA 1LAVA 3ZSQA 2YHAA 3V1OA 3IRXA 4DSKA 1QHTA 1TKTA 1JLGA 4CEDA 1BL3A 4FJMA 3VQ5A 4KTQA 1FKOA 4HTUA 1RDDA 3BDPA 1RTHA 4H4OA 4ID5A 3L2RA 4DFPA 1L3VA 2D0BA 1C1CA 3NFAA 4CGGA 2IS3A 1TGOA 1C0UA 2KFNA 3IS9A 1NOYA 1C1BA 1RBSA 3E01A 3LZIA 2FBYA 5CZ2A 5HRRA 2D5RA 1T8EA 3HP9A 4LH4A 4DTSA 2IGIA 3V9SA 1Z25A 3LANA 1FK9A 1Y97A 3OS2A 1YTUA 1WAFA 3HM9A 1L3TA 2FBVA 1TK5A 2W42A 4M3XA 2F8TA 4DS5A 3L3UA 4KV8A 1Z26A 3LP0A 3AO2A 3AVMA 2E4LA 1HNVA 1BGXT 3L2VA 4ELUA 4IG3A 1S1XA 4CJ4A 4W5TA 3QETA 3EY1A 3VQEA 1HNIA 2EX3A 1FXXA 1VSEA 3ZSXA 3ZT2A 1J54A 3THVA 4F2SA 4N47A 3PV8A 1U4BA 3P1GA 5J2PA 3MEEA 3RR7A 3QIOA 3KKSA 1EX4A 1TKXA 2VG6A 4O0IA 3CFPA 3SUNA 2GV9A 3HP6A 4FLTA 4DSJA 4Z4GA 4CFCA 3NAEA 3TI0A 3SCXA 4OLBA 3F73A 3VQQA 4CFDA 1XI1A 4B9VA 3SV4A 1K6YA 3P83D 5J1EA 1UAXA 3EZ5A 1VSMA 3AVGA 3O3FA 4C8LA 2VG5A 3JSMA 4JRQA 3AO5A 3O4QA 4DQRA 4Q0BA 3EYZA 3RWUA 2P1JA 2Z1GA 4DF8A 3V9XA 1IH7A 3ALYA 3L2WA 4DLGA 3V9WA 3S3NA 1IO2A 3IAYA 2IAJA 4YNQA 2R7YA 1D9FA 2Z1JA 4RW9A 2JGUA 1ZBFA 4RW8A 5K14A 4CHOA 2HNYA 2G8KA 1KSPA 3LDSA 4FZXC 1O1WA 4QCLA 4EZ9A 2IDOA 3AA4A 3SPYA 5KRTA 4J2BA 4DSIA 1RDCA 4J2AA 1BIUA 2D0CA 4FJLA 1WNSA 2GBZA 3OS0A 2HMIA 4RW7A 1SV5A 3HO1A 3TAPA 2OPQA 3ZSVA 1VRUA 1JL2A 1WSGA 3MECA 1Q8IA 3DOKA 4XIUA 3OYFA 4CJQA 1NKBA 1S1WA 5KRSA 3T3FA 2PY5A 1S1TA 1TL3A 2XO7A 3V9UA 4KI6A 1LW2A 3DLBA 4HCCA 3HVTA 1SUQA 1A5XA 5I42A 4AILC 3NH0A 3LZJA 3RMAA 3AVHA 4AHSA 4CEOA 1NKEA 4ELVA 4HCBA 1HPZA 4BE1A 3OYBA 3AO1A 2P5GA 1IKXA 1TKZA 1MU2A 4FJNA 3OYHA 3V81A 3LPTA 4FJJA 1BCMA 3P5JA 3VQDA 4CESA 2VWJA 1QS4A 5EU7A 3QERA 1CXQA 4M42A 2XHBA 4FLZA 1JXBA 2DY4A 1HYZA 3AVAA 3NF6A 3ZCMA 1W0HA 2KTQA 1CZBA 5CZ1A 2G8WA 4LH5A 3LPUA 2PZSA 3DLGA 4E1NA 4FJKA 4KHYA 1NKCA 3LAMA 2ETJA 1X1PA 4CJ3A 4O5BA 3KJVA 1RBRA 3VQPA 3K5NA 5C25A 1L3SA 4DTUA 3SQ4A 1RBVA 3TAMA 2WOMA 4DQPA 4ID1A 2QKBA 1RNHA 4AHVA 1A5VA 4E7HA 4PWDA 4FW2A 4ZTJA 4FZZA 3CFOA 3DRPA 1TAQA 3V1QA 1J5OA 3T19A 1R0AA 4KB0A 4CGDA 3HT3A 2QXFA 4CJPA 4Z4FA 1HRHA 3K5LA 4E0DA 4OGCA 2HB5A 3OY9A 4BDPA 3U6FA 1RT3A 2OZMA 3VQBA 1RCHA 4MFBA 3ASMA 4E3SA 3OJSA 3AVJA 4BWJA 2XY5A 1D8YA 4Y1CA 1KTQA 3SQ1A 3OYJA 4B9LA 3TAGA 5C24A 4OVLA 1VSKA 4PY5A 3OYEA 5HLFA 5J2NA 4B9NA 4LSLA 2P5OA 1KVBA 1S9GA 4HHTA 4DTJA 4M3ZA 5CYMA 3AVBA 3VN5A 1JLBA 2GUIA 3RTVA 4HUGA 4KTZA 5FRMA 2BGGA 4CERA 2KZMA 3KLHA 4K8ZA 3G10A 5SWMA 3ZT0A 1WSFA 1RILA 4O4GA 5E41A 3K2PA 3LALA 2KZZA 2BE2A 1U47A 1QQCA 5DMRA 4CIGA 4CJWA 2O4GA 4DF4A 1LV5A 3AVLA 3L2UA 4CGHA 4O55A 1S1VA 2VG7A 1NK7A 4Z0UA 4CGIA 4UQGA 3KK2A 3TR8A 4DFKA 3V1RA 4DFJA 3KTQA 1VSJA 3KD5E 3OYIA 1DLOA 4Z4CA 3OYAA 1L3UA 2HVHA 2KQ2A 3QESA 2DFHA 3FFIA 3TABA 2WONA 1NK6A 1HJRA 1NOZA 4CJRA 5HRPA 1QTMA 3S3OA 2QK9A 4FYDA 4B08A 4HVJA 1WSJA 3KLGA 1RTIA 2B6AA 4MQ3A 1KVCA 3DLEA 4NYNA 3L8BA 5KI6A 1UWBA 4W5OA 1LWEA 1C6VA 3LP1A 4FK2A 4B9MA 1S9EA 4FZYA 4DMNA 1WAJA 1VSLA 2A1RA 1RT4A 3ITHA 4B9SA 3SPZA 4KHNA 4OKEA 3KD1E 1U48A 4I7FA 2P51A 3NHGA 1QSLA 1JLAA 3QIPA 3SQ2A 4CJVA 1BI4B 1JXEA 3HPHA 3MXMA 3VA3A 1C0TA 1HYVA 4CHQA 3MEGA 4HUFA 1Q9XA 1L5UA 4KPYA 3ISNC 1BQMA 1JLQA 4NCBA 4DWIA 4CGJA 4C8KA 2EHGA 3KLIA 3D45A 3DLHA 1C1AA 4E7IA 3KIOA 2IC3A 3NCIA 3MXIA 4KHQA 4CFAA 4CEZA 3SNNA 1C0MA 1D9DA 4DTOA 4B9UA 4CHYA 4PQUA 1HYSA 3AA2A 4LD0A 1NJXA 2PYLA 3OYKA 4PA1A 3OS1A 3VQ4A 4JS4A 3PX0A 4CJ5A 4WE1A 4CJFA 4E1MA 1QSYA 5JS1A 1ASWA 4FM2A 2HNZA 2ATQA 4FLUA 1A5WA 2XRIA 3I0RA 4C8NA 1XHZA 1T7PA 4B9TA 2YNFA 3C6UA 4OLAA 1WSIA 4LY7A 3SI6A 4KRFA 5J2MA 4JS5A 4KHWA 4CEFA 1RTJA 1S6PA 2HHUA 1CLQA 1SKRA 3B6PA 3KLFA 1TVRA 3PX4A 4FM0A 4E19A 1LAWA 1JLFA 1NK9A 1N5YA 3PO5A 4Z4IA 1EXQA 4DSFA 1KRPA 2DTUA 1BHLA 1ZBHA 1I3AA 2YV0X 2RPIA 1ZBLA 1N6QA 4M45A 3C95A 3KK1A 3VQ6A 4IBNA 4CEAA 4BE2A 2Q3SA 3HPOA 1CZ9A 1TAUA 3NGZA 2HHQA 4G1QA 2QKKA 4YFUA 4L8RB 2BANA 3HPGA 1WSEA 4CGFA 4DFMA 1B9FA 5HBMA 3QEWA 4GVMA 2YHBA 3ZSRA 4CIEA 2XY7A 1JLCA 1SL0A 1TV6A 1SL2A 4N56A 2KFZA 2D0AA 4BE0A 4RW6A 4CHNA 1ITGA 4OGEA 4KREA 4BDZA 1J53A 1VSIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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