3CFPA

Structure of the replicating complex of a pol alpha family dna polymerase, ternary complex 1
Total Genus 316
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
316
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFDIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Insights into base selectivity from the structures of an RB69 DNA Polymerase triple mutant
rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(*DAP*DCP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DAP*DGP*D
molecule tags Transferase/dna
source organism Bacteriophage rb69
total genus 316
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3cfpA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3cfpA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cfpA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3cfpA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3cfpA03
3L2QA 2HHTA 3NCIA 3KD1E 4FM1A 3RMCA 1ITGA 4I9LA 3NH2A 2I5JA 3KJVA 2P5GA 4CJLA 4QAGA 2QXFA 3JSMA 4FJNA 1RBUA 2WOMA 1RT6A 4CEDA 4MFBA 4BDPA 1QS4A 1HNIA 4E7KA 1NKBA 4Z4HA 1WN7A 1RT2A 4KHNA 3HVRA 3IG1A 1VSLA 1RBSA 4I9QA 4DFMA 3SQ0A 3SYZA 1N6QA 2JLEA 4DTNA 3AO2A 3OYGA 3QNOA 3SQ4A 1NKEA 3SPZA 1C6VA 3TAMA 2HNYA 3TR8A 3WNFA 5T7BA 1NK0A 4DU1A 4N5SA 5J2PA 1JLCA 1CZ9A 1S9GA 2HHSA 4KHSA 4FZYA 3UIQA 4M3YA 1QSSA 1TKDA 3MEDA 1TVRA 2VG5A 4DU4A 1NK5A 1S5JA 3K59A 1IG9A 3AO3A 5DMRA 4B3OA 3L2UA 4CFDA 4FJ8A 1JLBA 3DRSA 3L2WA 2YHBA 3THVA 4C8KA 1HQEA 4DLEA 3CG7A 3KK3A 3ZSZA 3ZT2A 1HQUA 1BIZA 5KGXA 4FVMA 3AO4A 5CZ1A 4JRPA 4TSXA 4FW1A 3S3OA 3DRPA 1C0UA 4CJWA 3PX4A 4DWIA 3SUPA 1Y97A 3LP0A 3QINA 3VQQA 1SV5A 5HRNA 1RT4A 3M8RA 3AVLA 2GUIA 2Z1GA 1Q9YA 4FJIA 4WE1A 3L2VA 2W42A 4H4OA 4CFBA 2ATQA 2IAJA 1RDDA 4M3WA 5HLFA 3ALYA 4O4GA 4DFJA 3WNHA 1R0AA 4OLBA 3TABA 1BCMA 3AVKA 4DQQA 1T8EA 3SV4A 4KKOA 3ZT0A 3CFPA 2FBYA 3HPGA 2G8IA 3QESA 1KCFA 4KTQA 2Y1JA 4B9TA 2GV9A 4IBNA 4OKEA 4ZHRA 3O4NA 3TAEA 2KTQA 4CGJA 4M3UA 4DF4A 3U3YA 2DTUA 4O55A 5DK5A 1FXXA 3HSTB 3ZCMA 1ZBUA 4Y1DA 3NF6A 3OYNA 1KTQA 1NK8A 4ELUA 1WAFA 3K5MA 3EYZA 3TAQA 3CFOA 3BDPA 2OZMA 3AVHA 3DOLA 4OPKA 4CF2A 1MU2A 3H08A 3AA5X 3OYFA 1HMVA 2P5OA 3P83D 4YFUA 1ASWA 5I3UA 3KD5E 4CJ5A 3HYFA 3AVIA 1Q9XA 3PUFA 3HM9A 4BDYA 2Q3SA 4M3ZA 5KGWA 4OPJA 1HRHA 4CK2A 3RTVA 3VQ9A 3B6OA 3F73A 2D5RA 1X1PA 4F2SA 3DOKA 4CK3A 4N76A 3DM2A 4Q5VA 1VK0A 3JYTA 1NK9A 2ZE2A 5FRMA 5D3GA 1NK4A 2VG7A 1A5WA 4B8CA 1HYSA 1YT3A 4HVJA 3NGZA 2X6NA 3VA0A 4F3OA 4NCAA 2HW3A 4EP4A 2D0AA 1VSJA 5CYQA 4DF8A 1BI4B 1U4BA 2RPIA 4LH5A 2YHAA 2Z1HA 5HRRA 5SWMA 3V9WA 4DSFA 1BI4A 3C6UA 4DQPA 1WSJA 1IKVA 3K5NA 4FZZA 3QETA 4FM0A 4RW6A 3OS0A 1RTIA 1ASUA 2R7YA 3DLGA 2ZQBA 1JXEA 3HL8A 4GW6A 3RMAA 3SV3A 1U47A 4CJVA 4PUOA 3LP2A 4FJMA 4CFCA 4E89A 1TK8A 4DTXA 1YTAA 3DLEA 3KK2A 2KFZA 3DLRA 2OPSA 4B8AB 4DG1A 1WNSA 3M8SA 4L8RB 1LWFA 3ZT1A 1GOCA 3QIOA 4FCYA 4DS5A 3OYBA 1JLQA 4CK1A 3KLIA 1VRUA 1TL1A 3LZJA 4KB1A 1RBRA 4QOZB 4LSNA 2YKMA 2RF2A 4CJUA 3G0ZA 4FM2A 2BE2A 4CHOA 3HK2A 1YVUA 2HVHA 4C8MA 3V9SA 3HPHA 4LSLA 3CQ8A 1L5UA 3PO4A 1YTUA 3VQ5A 4N56A 2XO7A 4DFKA 3IRXA 4DTRA 4BWMA 1VRTA 4GVMA 1D5AA 1JL1A 2WONA 5K14A 4ELVA 4NCGA 1NJZA 2VG6A 4I2QA 3V81A 3OYEA 2EX3A 2OYQA 3OYLA 1RT3A 3M8PA 1QE1A 4N47A 5E41A 4DLGA 3QNNA 4Z0UA 3ZSOA 4CF1A 1TK0A 2G8UA 3HJFA 3SQ2A 4RW9A 4KI4A 4DTMA 3VQ8A 3KLHA 1LWCA 4BDZA 3QERA 1WSGA 3HP6A 3F9KA 4B9NA 3OS1A 4C8LA 1ZBIA 4LY7A 1KVCA 3S9HA 1D9FA 3RWUA 3D45A 5FROA 4F8RA 4Z4IA 4KTZA 4DSLA 1I39A 4CHPA 4XIUA 3KKSA 3NF7A 1LW0A 3AVBA 3VQ4A 4CF8A 1TAQA 1NK6A 1WSEA 1O1WA 1L3TA 3T19A 1D8YA 1KFDA 1RBTA 2O4IA 3NE6A 3SZ2A 4HCCA 2HHUA 3KLEA 3O4QA 1SKWA 4IFVA 3SNNA 1LAVA 1NK7A 1DLOA 4HHTA 5J2NA 3SUNA 3LZIA 3TARA 1REVA 4BWJA 2G8WA 5KI6A 4Z4GA 2PZSA 2HNZA 4BE1A 2HMIA 2Z1JA 4B9VA 2E6MA 2XY5A 2HHWA 3HXMA 3D0PA 1TL3A 1RDCA 2ZD1A 4CF9A 4W5QA 4CHYA 4CERA 4B9LA 4CEZA 4F3TA 3PX0A 4NCBA 3VQ7A 3ITHA 1NOYA 2XY8A 4M3RA 3OYKA 4OGCA 3HPOA 2ITGA 4CJSA 3OYIA 1KVBA 1VSDA 4DTPA 4E7LA 1QTMA 2QKBA 4K8ZA 2B6AA 5KRSA 4CJPA 2Y1IA 4HUEA 2HHVA 2YNGA 2B4JA 2RKIA 1LWEA 3QEWA 2BGGA 3NH0A 3EY1A 3CFRA 1QSYA 2AJQA 4I7FA 1RTHA 5C42A 4KO0A 2G8VA 3TAGA 2KW4A 3NDKA 2D0CA 3K2PA 3LPUA 4OKJA 3VQPA 1NJXA 3RR7A 4KV8A 4QCLA 1BIUA 4E1MA 3CM6A 4CECA 2OZSA 3PX6A 1JLEA 4O5BA 4CJRA 3EZ5A 3KLFA 2XY7A 4FK4A 2A1SA 4CGFA 5CZ2A 1ZBHA 3RMBA 4J2EA 4CESA 3AA3A 4JS5A 3TANA 4Z4FA 4AILC 4CEFA 1WLJA 2HNDA 3QEPA 2IS3A 4HTUA 2E6LA 3C95A 4M45A 4J2BA 4KTWA 3OJSA 1JLFA 4ZTFA 1JKHA 2HB5A 4OKKA 1I3AA 4M3XA 1Q8IA 2FBXA 4CGDA 1J54A 2BDPA 3RRHA 4E0DA 4AHRA 1BQNA 4DTUA 3QEVA 1CXUA 4O0JA 3FFIA 3P1GA 3WNEA 3S3NA 3K5OA 2IOCA 3C6TA 1RT1A 3P5JA 4FLTA 3TI0A 4F2RA 1Z26A 4PY5A 1Z25A 1XHXA 4MQ3A 2GBZA 2F96A 3RRGA 5I42A 1RDAA 2DY4A 3V1RA 4BACA 4C8OA 4KI6A 4NYNA 1L3VA 3AO5A 5CYMA 4DQIA 2FBVA 4KHWA 3A2FA 1C0TA 1CZBA 1FK9A 1GOBA 2EHGA 1B9DA 1C0MA 2FC0A 2OPQA 1FKOA 3LP1A 5HRSA 5J2QA 2A1RA 4FLZA 3SCXA 1JLGA 4CE9A 1RTJA 5J2MA 3AO1A 3I0SA 4AHSA 4CJ4A 2JGUA 1B9FA 5CY4A 3ZSYA 3TAPA 4Z4EA 4FJHA 4FJJA 3SI6A 1X9MA 4PQUA 3ZSXA 1VSEA 3VA3A 3ZSWA 3LP3A 5HBMA 1B92A 4ICLA 4HUFA 3AVNA 1HJRA 2G8KA 2P51A 3NFAA 4BE0A 1RT7A 2NUBA 3S3MA 1QHTA 1VSIA 4CEOA 4W5TA 3V6DA 1SL1A 4E7JA 3MXJA 4CEBA 1N5YA 3MEGA 4EZ9A 5KRTA 4FLXA 1IKYA 1FKPA 2IDOA 2YNFA 3L2RA 3I8DA 2QKKA 3AVGA 3HT3A 3DLBA 2HVIA 3MXIA 1W0HA 4DFPA 4CHQA 4ZTJA 3OYHA 2BANA 1QQCA 3HP9A 4FLUA 4RW4A 4J2DA 2DFHA 3KK1A 1NKCA 2PYLA 3AVCA 1ZYQA 1D9DA 4HCBA 4FJ7A 2VWKA 4FLYA 1SUQA 1EKEA 4FLVA 4N41A 1JLAA 4KHUA 3MEEA 1ASVA 4M41A 3AVFA 1UA0A 3V9ZA 1NJYA 2QK9A 1GOAA 1TKZA 1WSIA 3LALA 3ZSQA 1IO2A 1UOCA 4CJKA 3OYJA 4B9MA 1SKSA 1C1AA 4OLAA 1WSHA 3AVJA 3LAMA 3ZSVA 4GMJB 3LDSA 2IC3A 3L3UA 1EETA 4AHCA 1C1BA 4FJXA 5SZTA 1J53A 3NGYA 4W5NA 1SL0A 3L3VA 4H8KA 1U48A 4ID1A 4FZXC 3O3FA 3U3GA 1X9WA 4M42A 4JS4A 1RNHA 5HROA 4CF0A 3LWLA 3PV8A 3SJJA 3V1QA 1UA1A 4IFYA 1KSPA 1U49A 3AV9A 1F21A 3IS9A 4CEEA 3OVNA 1VSHA 4K8XA 4KFBA 4NYFA 1TKTA 1XI1A 3QEIA 2OPPA 1A5XA 1S6PA 2RN2A 4CCHA 4CFAA 1XHZA 3AVMA 4W5OA 4DSEA 4B9SA 2KFNA 3QIPA 2VWJA 1BCOA 4DTOA 1K6YA 3DI6A 4AHTA 4DQRA 5HRPA 1X9SA 3I0RA 1JXBA 1HYVA 4H4MA 4LH4A 1RBVA 4RW7A 5C25A 1L3SA 4AHVA 1SL2A 3SUQA 4M3TA 1KLMA 4LD0A 3SUOA 1L3UA 4RW8A 4OVLA 1ZBLA 3DMJA 4C8NA 1BHLA 1RCHA 3VQBA 4CJTA 4J2AA 1W9HA 4O0IA 3V9XA 4CIEA 3VQDA 3ZT3A 4EP5A 3KKRA 3KTQA 5HP1A 4CGIA 4B9UA 4E3SA 1DTTA 4AHUA 1RDBA 3BGRA 3MAQA 3HVTA 3SQ1A 3CM5A 4E1NA 4CEQA 3DYAA 4DU3A 3ZT4A 1JL2A 3T1AA 4CIFA 1NOZA 4FLWA 4FJGA 3M8QA 3KLGA 1EP4A 4FJLA 3B6PA 4DTSA 1VSKA 1S9EA 4I2PA 1U04A 3O3HA 2OPRA 4DSJA 4Q0BA 2F8TA 3TAFA 2PYJA 3VQAA 1EX4A 4E19A 3AA2A 1KRPA 1TKXA 4IG3A 5FDLA 1IKXA 3LANA 2G8HA 3LAKA 1J9AA 5C24A 2XY6A 2X78A 1XWLA 4YNQA 1VSMA 1TV6A 1NJWA 3DRRA 4CHNA 4Z4CA 4W5RA 1KFSA 3CYMA 4OGEA 3V4IA 1S6QA 3AVAA 1EXQA 3WNGA 1LW2A 4RG8A 3OS2A 4E7IA 1RTDA 1SKRA 4KHYA 4KPYA 1HNVA 1HYZA 5J1EA 1T7PA 3ULDA 2XRIA 3K5LA 4DSIA 3K57A 3V1OA 3VN5A 2XHBA 4JRQA 1DTQA 4DTJA 1IH7A 1RILA 1TK5A 3E01A 3DLHA 4DMNA 4F4KA 3ASMA 3HO1A 4CGGA 1XC9A 1VSFA 3OYCA 3VQCA 3RMDA 1UAXA 4Y1CA 3QEXA 2O4GA 1BL3A 1S1XA 4FJKA 1BISA 1G15A 3OYAA 3L8BA 2YNIA 5KTQA 1J5OA 2KZMA 4ID5A 4KB0A 1CLQA 3OYDA 2G8FA 3G10A 1IKWA 1WAJA 3LPTA 4PA1A 4IKFA 3NH1A 3VQEA 3TWHA 4HUGA 2Z1IA 2P1JA 3KIOA 4G1QA 4AH9A 1C1CA 1HPZA 4KHQA 4DQSA 2ETJA 3O3GA 3NBPA 4PWDA 4FYDA 4CHZA 4EZ6A 3RR8A 3QO9A 4FK2A 1TAUA 5FRNA 4FW2A 3U6FA 1A5VA 2DFFA 3QLHA 3ZSRA 3ISNC 4CIGA 4BE2A 3K58A 1QSLA 4FJ5A 1T03A 2HHQA 2D0BA 2KZZA 5JS2A 3MECA 4KREA 2IGIA 2X6SA 1T05A 2OA8A 1WSFA 4CJFA 2F8SA 4R5PA 3LWMA 4FXDA 3PY8A 1KVAA 2PY5A 3NHGA 2HHXA 1ZBFA 3OJUA 1KLNA 1UWBA 4IDKA 3OYMA 3IAYA 3NF9A 3NAEA 4FJ9A 4E7HA 1LV5A 1BGXT 4CJQA 4CEAA 1LAWA 2E4LA 3V9UA 2KQ2A 1RT5A 1S1VA 2YV0X 2DFEA 4DSKA 3DLKA 5EU7A 4CJEA 2YKNA 3SPYA 1TGOA 3NF8A 4CGHA 3C94A 3VQ6A 3MXMA 4OJRA 2YNHA 4UQGA 1S1TA 4KRFA 1S1WA 2LSNA 4B08A 1S1UA 4IG0A 1BQMA 2FBTA 4JLHA 3OY9A 1CXQA 2B5JA 3T3FA 4ELTA 4KAZA 5JS1A 4CJ3A 2X74A 4FK0A 4DS4A 3NGIA 4O44A 3PO5A 1U45A 3AA4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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5KQ8A 3CJ7A 1VRUA 4EP9A 3V7DB 1TYQA 3CMEN 2RF2A 1T6CA 3N1EA 1BUPA 4Z94A 4EYWA 2VQFK 3OA9A 1P22A 3V9SA 4ICGC 3NVMA 3TSUA 3MN9A 3CJ9A 4LSLA 1NJIO 1QHAA 2NLXA 4DFKA 3IRXA 4DTRA 3ID8A 2NRTA 1D5AA 3HI0A 4FVUA 3MCAB 1NJZA 3F9MA 5E84A 1RT3A 3M8PA 1V4SA 5E41A 1TK0A 4CF1A 3H46O 3VQ8A 4B9NA 4CD3A 4BDZA 1WSGA 3F5TA 3OS1A 1ZBIA 4LY7A 1KVCA 3S9HA 1D9FA 3FR0A 4KTZA 4DSLA 1I39A 4XIUA 4HWIA 3NF7A 3AVBA 4KRFA 1L3TA 3T19A 2HHUA 3SZ2A 3KLEA 3OGKB 3HM8A 5LL6Z 1KXPA 5J2NA 3SUNA 3TARA 1REVA 4Z4GA 2PZSA 2HNZA 3AGRA 2NNWA 4BG9A 1TL3A 1YXQA 2Q0UA 3EN9A 4OGCA 3OHRA 4CJSA 2HBLA 3T69A 1VSDA 4DTPA 5C15A 2HHVA 4HUEA 2YNGA 2E88A 2BGGA 3NH0A 2NRHA 4I7FA 3K2PA 3C6NB 4IOXA 4QCLA 4MLEA 3UKUA 3PX6A 2BUPA 1IJJA 5F2RA 3U9ZA 2WBNA 4FK4A 2A1SA 3ENBA 4M7XA 5CZ2A 3MK6A 4JS5A 3SBGA 2P9UA 3CJCA 3C95A 4M45A 3FLCO 4O5FA 2P9LA 4BR4A 3MKSB 3OJSA 2PFUA 4OKKA 4EFHA 1I3AA 4E0DA 1BQNA 3WNEA 3M5RA 2ZJQL 4BQLA 3ZX0A 3MCPA 3C6TA 5BN8A 3VESA 1XHXA 4MQ3A 1YVNA 4C8OA 4KI6A 4NYNA 1L3VA 2QWRA 2Y1IA 3TTCA 3O4WA 2PFTA 1DT9A 5J2QA 3CHWA 1RTJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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