3CQ8A

Ternary complex of the l415f mutant rb69 exo(-)polymerase
Total Genus 309
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSFYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Characterization of a replicative DNA polymerase mutant with reduced fidelity and increased translesion synthesis capacity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(*DAP*DCP*DAP*DGP*DGP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DAP*DGP*D
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage
total genus 309
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3cq8A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3cq8A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cq8A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3cq8A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3cq8A03
2DTUA 3SQ2A 1U04A 1Y97A 3DLGA 3U3GA 4CJ4A 4XIUA 1KVBA 4I2QA 3KLFA 3HVRA 1KFSA 2GUIA 4KPYA 2QK9A 3CFPA 3HT3A 3V81A 1NOYA 4CIEA 2ZD1A 4H8KA 3HL8A 3WNGA 1HPZA 3F9KA 3AVKA 4CEDA 3OYLA 3K57A 5I3UA 1K6YA 2G8WA 2IDOA 1RCHA 3LZJA 1EKEA 1TL1A 4B08A 3L2RA 1RTJA 4ZTJA 3LP3A 3DOLA 2G8VA 3SJJA 4CFBA 1C0UA 2F8SA 4Z4FA 1EXQA 2HNDA 2HNYA 4DQQA 3A2FA 2XHBA 2WONA 1BGXT 3ZSOA 4OVLA 4N41A 4QCLA 3LP2A 3S9HA 3QNNA 1C1AA 2IC3A 3PV8A 4I7FA 5FROA 1KFDA 1RILA 4CEBA 4CGJA 3SNNA 2YV0X 3S3NA 4FCYA 1KCFA 3FFIA 3HPHA 4CJSA 1RTHA 3SPZA 4FVMA 2BDPA 3NE6A 2OYQA 4M42A 3SCXA 4DTSA 4AHVA 2XO7A 2D0BA 3QIPA 1S1UA 4CJTA 3VQPA 3MEEA 4DFMA 3I0SA 4E1NA 3EYZA 4CGFA 2YNGA 3TABA 5CY4A 1VSFA 1N5YA 2XY7A 2PYJA 4FZXC 3T1AA 3OJSA 2IGIA 3HJFA 3HO1A 3O3FA 3C6UA 5C42A 3M8SA 1NK7A 1NOZA 4LH5A 2YNFA 1KSPA 1VSKA 1U47A 3SV3A 3PO4A 1R0AA 1J54A 2XRIA 3SUOA 1VSHA 4KTWA 4CIFA 1B9DA 2E4LA 4FK0A 1JXEA 4CHZA 4E19A 4RG8A 3OYDA 4M3TA 4KFBA 1TKDA 1D8YA 5SZTA 2OPQA 4CFDA 3KLGA 3KKRA 1A5XA 1BHLA 3OYCA 3VA0A 1RTDA 2QKKA 4Z4EA 5KGWA 1S9GA 4AHRA 4KB1A 1CLQA 2G8UA 1A5WA 3MEGA 4DG1A 4DSJA 3PX6A 4CJLA 4RW6A 1WN7A 2G8FA 2DFEA 3OYJA 1UOCA 3DRRA 4OKJA 2G8KA 4EP4A 3G0ZA 3MXMA 1Q8IA 1WSJA 1VSJA 3QEPA 3HP6A 4BWMA 4DQPA 4F2SA 1XHXA 1EX4A 2E6LA 2QXFA 4CHOA 3SI6A 3EZ5A 3AA3A 1XHZA 2WOMA 3V4IA 4FJ9A 1BI4A 3HPGA 3AVIA 3NF7A 4AH9A 4DTNA 5FRNA 2VG6A 1RBVA 2XY8A 4ZHRA 4FLZA 4ZTFA 1Q9XA 3U3YA 2BANA 4M3YA 1NKEA 4L8RB 4BE2A 1NJYA 4HCBA 3AVHA 1FKPA 3NFAA 4B9UA 4FXDA 5C25A 5J1EA 4CEEA 3S3MA 4J2BA 4E3SA 3AA4A 4CJFA 3EY1A 3VQEA 3DM2A 1S5JA 4O55A 4M3RA 1B92A 2YNHA 3RRHA 3S3OA 4IFVA 4CGDA 4HVJA 2OPSA 4KO0A 4Q5VA 5HRRA 4M41A 1FXXA 2P1JA 3OYMA 2R7YA 1UA1A 1VRUA 3CYMA 1S9EA 1J9AA 2HVHA 1SL2A 5D3GA 3VQ8A 3V9UA 1NKCA 1O1WA 4KTQA 5CYQA 5KI6A 3DMJA 2Z1GA 4DFJA 4OPKA 2ATQA 3SQ0A 2B6AA 4I2PA 1RT1A 4LD0A 4B8AB 1U48A 2Z1IA 3HP9A 4AHTA 1Z25A 2PY5A 4DTUA 4DSFA 3KKSA 4G1QA 3OS1A 3TWHA 3TAGA 4DFKA 4RW8A 1SV5A 3TAPA 4I9LA 1C6VA 1YTAA 4CEZA 3AVNA 4IKFA 4JRQA 1LV5A 1HJRA 2P51A 3ITHA 4HHTA 1ZBLA 4F4KA 5E41A 4EZ9A 3O4QA 2KZZA 1FK9A 3AVLA 4W5TA 2Y1JA 1X9SA 3HSTB 3VQQA 2AJQA 1BQMA 4B9LA 3NGIA 1IKYA 1TK8A 2HHWA 4HUGA 4CHYA 3QIOA 4F8RA 1L3VA 3MEDA 4FLVA 3DRPA 2HHTA 1UWBA 3NH0A 4DTJA 3KK1A 2IOCA 4CJUA 1U4BA 1L3UA 4ICLA 2HNZA 2HVIA 3ZT2A 4CEQA 3L2VA 5HBMA 4Z4HA 1XI1A 3C94A 1T05A 3KTQA 3OYFA 4DU1A 1U49A 1TL3A 2FBVA 5KRTA 3NBPA 1GOBA 4CGGA 3L2UA 1W9HA 5J2MA 3K2PA 1S1XA 2A1SA 2KFZA 4FK2A 2HHSA 4CESA 4RW7A 1C0TA 3LALA 3V1QA 3AA2A 3QERA 1QE1A 1NJZA 2X74A 1CZBA 3ZSQA 4CK1A 3K5LA 4GW6A 4C8OA 4IFYA 4O5BA 4J2EA 1IKWA 3LPUA 3ZCMA 4UQGA 2RN2A 4FJMA 1ITGA 2QKBA 2O4IA 1A5VA 3F73A 2P5OA 3AV9A 1REVA 1RT7A 4LH4A 4LSLA 4CGIA 1ZBFA 3AVAA 4PUOA 4DLEA 4DTRA 4AHCA 1HQEA 1HRHA 1QHTA 1BCOA 1BL3A 4CF2A 1RBSA 3K5OA 3NF9A 4DMNA 4O44A 4FLTA 1RNHA 1BIUA 4IBNA 4J2AA 3DYAA 2D0CA 1CZ9A 4BE0A 1TKXA 1HQUA 2I5JA 4CGHA 3NH2A 2OA8A 4JLHA 2HHUA 4FLWA 5HRNA 4AILC 4CF8A 4FJNA 2FC0A 2RF2A 3V1RA 3LDSA 3VQ5A 5SWMA 4CCHA 1ZBHA 5T7BA 4FLYA 4OLAA 3TAEA 4Q0BA 4DSLA 4LY7A 4M3WA 1VSEA 1XWLA 4W5QA 3OY9A 1I39A 2BE2A 2X78A 1BCMA 4CIGA 2D0AA 4DS5A 4B9MA 1SL1A 4E0DA 1CXQA 1LAVA 3OYHA 1SKSA 1X1PA 1QSLA 1LAWA 4W5OA 1TGOA 5HP1A 3ZSWA 3K58A 4NCAA 3AVMA 4BDZA 1WSGA 4EP5A 3K5MA 4J2DA 2EX3A 3WNFA 3SQ4A 3LWMA 4F3TA 4HCCA 4FM2A 4E7KA 2BGGA 2XY6A 1S1VA 3NF8A 4DSEA 4PQUA 4B9SA 3SPYA 4FJ5A 4GMJB 4DTPA 3RMCA 3DRSA 2HMIA 3AVJA 3OYBA 4NYFA 1NK6A 4KI4A 3AVFA 3RWUA 4C8NA 3T19A 2HB5A 3UIQA 1ASVA 2X6NA 3ZT1A 4CF0A 1FKOA 3NH1A 1X9WA 4IG3A 4KHWA 2Z1HA 3ZT0A 3DLBA 4CJ5A 4FZZA 2KTQA 1DTQA 2IS3A 3ZSXA 1JLAA 2B4JA 4NYNA 3QEWA 4CFAA 3QO9A 4ID1A 4CK3A 4JS5A 1RDBA 1WSHA 2HHXA 3AVBA 1ASWA 3ZSZA 3TAFA 4Y1DA 4ELUA 4QOZB 1KVAA 2O4GA 4DWIA 3OYAA 1JLFA 4MFBA 4YNQA 3WNEA 3VQ4A 3IRXA 3SZ2A 3TANA 3CG7A 3TARA 1J5OA 2EHGA 4CJRA 4KREA 4W5NA 4TSXA 4DQRA 1YT3A 4M45A 1SL0A 4DTOA 4KKOA 1TAUA 4ELTA 3CQ8A 3NF6A 1LW2A 5KGXA 1BIZA 1ZBUA 3LP0A 3JSMA 1D9FA 2ZE2A 2NUBA 4FJIA 3MECA 5CYMA 1WLJA 2YKNA 4EZ6A 4DTXA 1RDDA 4FW2A 3LZIA 4HUEA 2DY4A 4DLGA 4FM1A 1WSEA 2ETJA 3VQAA 4JS4A 3VQ9A 3IAYA 3AA5X 3KK3A 4M3ZA 3SQ1A 4GVMA 1T03A 3QEXA 4FW1A 1RBUA 1RT4A 3V9WA 4CF9A 4OGCA 1NK5A 1YVUA 4DFPA 4OGEA 5J2QA 4FJKA 3BGRA 5JS1A 5FDLA 2YHAA 4Z0UA 5DMRA 1XC9A 4KI6A 1C1CA 3KLHA 3O3GA 3O4NA 4BDPA 1WSIA 2KZMA 4OPJA 3RRGA 3H08A 4PA1A 2FBXA 3WNHA 3OYEA 4FJLA 4CHQA 3SUQA 4IG0A 3LAKA 4DS4A 3P83D 4N5SA 3L2WA 2GV9A 4BDYA 1HNVA 4W5RA 4DF4A 2G8IA 3AO1A 3BDPA 1IKVA 4M3XA 1TKZA 3U6FA 1KLMA 3ALYA 1VSMA 4WE1A 4CERA 1B9FA 4I9QA 4FJGA 1G15A 3QLHA 4CEOA 3G10A 1HMVA 3AO5A 2Q3SA 4FJ8A 2VG5A 3L3VA 4CJPA 3C95A 2W42A 1JLQA 1LWFA 3V9ZA 3TI0A 1N6QA 4N76A 1NK0A 5J2PA 3QESA 1SKRA 3CFOA 1J53A 2F8TA 4DU4A 4H4MA 1JL1A 3QEIA 1DLOA 3P1GA 3ZSRA 3PX4A 3VQDA 4FJHA 1WNSA 5HLFA 3TR8A 3NDKA 1VK0A 1D9DA 1RT5A 3VA3A 3OYGA 1NK8A 3SUPA 1L3TA 3SUNA 4C8LA 4E1MA 1QSSA 1TAQA 1Z26A 3C6TA 2FBTA 4KV8A 5DK5A 4CJVA 1QS4A 1KTQA 4AHSA 1KVCA 4F3OA 4KB0A 2LSNA 3DLHA 5KRSA 2KQ2A 1RDAA 3V9XA 1EETA 1NKBA 5C24A 3CFRA 4DTMA 4C8MA 1YTUA 3ZSYA 4CHPA 4OJRA 1L5UA 3MXJA 3DLKA 5KTQA 3M8PA 5FRMA 1S1TA 1RT6A 4IDKA 2A1RA 1BI4B 3AO4A 4KHNA 3CM6A 4HUFA 1U45A 4PWDA 2DFFA 4NCBA 2VWJA 3VN5A 4B8CA 1NK4A 4B9NA 3VQ7A 1QSYA 4KHUA 3RR7A 1LWEA 4RW4A 3V6DA 4E7LA 3SYZA 1NJXA 3L8BA 1TVRA 2OPPA 1T8EA 1UA0A 1IG9A 3NAEA 1GOAA 1JLEA 3LPTA 5J2NA 3NHGA 3KD5E 4Z4CA 4DQSA 3NGZA 1RBRA 3HVTA 1D5AA 3QNOA 4RW9A 4CF1A 3QETA 4FJ7A 1C1BA 1SKWA 1S6QA 1JLCA 4KHQA 3ULDA 3HYFA 3KD1E 3L2QA 3DLEA 3HXMA 1W0HA 4JRPA 3K5NA 4FLXA 1X9MA 1QQCA 4CHNA 1RT2A 3DOKA 2GBZA 1RBTA 3AVCA 4O0IA 1JLGA 2PYLA 2JLEA 4KTZA 4KHYA 3TAMA 3I8DA 1DTTA 3RTVA 2ZQBA 3TAQA 4FZYA 4MQ3A 4O0JA 4E89A 1QTMA 4CJ3A 5CZ2A 3OS2A 4NCGA 2VWKA 2ITGA 4DSIA 4B3OA 4O4GA 3VQ6A 3VQCA 5CZ1A 3M8QA 2RPIA 1HYSA 4H4OA 4DSKA 5HRPA 4K8XA 3VQBA 3LWLA 4CJEA 4QAGA 2PZSA 1RTIA 5I42A 1TKTA 2D5RA 4BACA 3OVNA 1I3AA 5HROA 1VSLA 4DF8A 3MAQA 1JL2A 1HNIA 2DFHA 1Q9YA 4LSNA 4CECA 1VSDA 4R5PA 4KAZA 3LAMA 2YHBA 3KJVA 4ELVA 1TV6A 1WSFA 1EP4A 3OYKA 3RMBA 3HPOA 3JYTA 4N47A 4ID5A 1KRPA 3L3UA 3O3HA 1ZBIA 2KFNA 4N56A 4FYDA 3QINA 4DQIA 4CEFA 2XY5A 4CJQA 4Z4IA 2HHVA 2YNIA 3K59A 3KIOA 1ZYQA 3HM9A 4E7JA 1ASUA 2YKMA 3IG1A 4F2RA 1VRTA 5K14A 1UAXA 3B6OA 3CM5A 3AO3A 3ZT4A 4AHUA 2Z1JA 4KRFA 3P5JA 3MXIA 1LWCA 4FK4A 4KHSA 2F96A 3AO2A 1S1WA 4BWJA 4CJKA 2HW3A 4C8KA 3THVA 4B9VA 3RMAA 2RKIA 3SV4A 5EU7A 4CEAA 1F21A 4YFUA 1JXBA 1VSIA 3AVGA 3DI6A 1MU2A 3KK2A 2Y1IA 3I0RA 3RR8A 1JKHA 1LW0A 1IH7A 1C0MA 4DU3A 3RMDA 4FLUA 1T7PA 3NGYA 1GOCA 1NJWA 2X6SA 3HK2A 3OS0A 1RDCA 3M8RA 4FM0A 2OPRA 3PO5A 4CFCA 5HRSA 3OJUA 1NK9A 1RT3A 3LP1A 4Y1CA 3D0PA 2OZMA 1HYZA 2IAJA 4OLBA 3ISNC 4OKKA 2KW4A 2VG7A 1WAFA 3D45A 4HTUA 1SUQA 4OKEA 4CK2A 3PUFA 3DLRA 3KLEA 2E6MA 2FBYA 4CE9A 3OYIA 1TK0A 1TK5A 1BISA 1S6PA 1KLNA 3QEVA 4FJJA 3NCIA 3V9SA 3OYNA 1CXUA 3E01A 4B9TA 1JLBA 3PY8A 3V1OA 3PX0A 4CJWA 4K8ZA 4E7IA 1BQNA 4BE1A 1L3SA 4FJXA 3KLIA 3LANA 1IKXA 2B5JA 4PY5A 5JS2A 4Z4GA 2P5GA 3ZT3A 2G8HA 2HHQA 3B6PA 4E7HA 1HYVA 2OZSA 3IS9A 3ASMA 2JGUA 4M3UA 3T3FA 1IO2A 1WAJA 3ZSVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3D7E O;  2QTD A;  1U04 A;  1Y97 A;  4B9Q A;  4KPY A;  3THW B;  4ILJ A;  1O13 A;  2ASO A;  5I3U A;  2YX6 A;  3GL1 A;  1RCH A;  4GV6 A;  1FZ5 E;  1RTJ A;  3LP3 A;  3SJJ A;  3PIO L;  1EXQ A;  4R79 A;  2A5X A;  3A2F A;  1BGX T;  3LP2 A;  1C1A A;  2E88 A;  1RIL A;  3SNN A;  5C10 A;  5C2F A;  3QBW A;  3HPH A;  1YAG A;  1QQM A;  2BDP A;  3SCX A;  2D0B A;  3H3O B;  2YNG A;  5CY4 A;  1OH7 A;  1N5Y A;  4CW7 B;  4YY3 K;  3T1A A;  3OJS A;  1QZ5 A;  5C42 A;  2YNF A;  1HNW K;  3WQT A;  1Z05 A;  1J54 A;  2XRI A;  3F5T A;  3SUO A;  4CIF A;  3MN6 A;  1XVB E;  1K8K B;  3CI5 A;  3CPE A;  3KLG A;  1BDG A;  1BHL A;  3OYC A;  4Z4E A;  5KGW A;  4AHR A;  2HBK A;  1CLQ A;  3MEG A;  4DG1 A;  4DSJ A;  4RW6 A;  4FOE A;  2G8F A;  3OYJ A;  3U4L A;  2P1Q B;  1FZ2 E;  1Q18 A;  2O8C A;  1XHX A;  3CCL N;  4CHO A;  4BRC A;  3SI6 A;  3Q7B A;  4H5N A;  1BI4 A;  3AVI A;  3J8A A;  4FLZ A;  3VPZ A;  3O9U A;  3NFA A;  1FKP A;  5J1E A;  4JAX A;  2OTL N;  4J2B A;  3EY1 A;  3RRH A;  5AQO A;  1NGD A;  2VJ4 A;  3OGL B;  1C0F A;  3THX B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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