3KD1E

Closed binary complex of an rb69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic gmp terminated primer template pair.
Total Genus 305
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
305
sequence length
905
structure length
905
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKWVSQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQMALKVTCNSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDFSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Phosphonoformic acid inhibits viral replication by trapping the closed form of the DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 305
structure length 905
sequence length 905
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
E PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3kd1E05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3kd1E01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kd1E02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3kd1E06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3kd1E03
4FK4A 3DOKA 1KLMA 3CFRA 3JYTA 2HHQA 1Z26A 1NK5A 4BACA 1RT4A 1VRUA 1X9WA 3V6DA 2WOMA 3T19A 3VQ7A 2F8TA 1YTUA 3HYFA 1JL2A 5KRTA 3QEPA 4KTZA 2HHXA 3THVA 4OPKA 3CFOA 5I42A 3L3VA 5DMRA 4DS5A 1VSEA 4FK2A 3NGYA 1GOCA 4G1QA 5SZTA 3SV4A 3DLHA 4L8RB 4QCLA 1HJRA 3SYZA 1TL1A 5CYQA 2YNFA 3S3OA 4KHNA 2YKMA 3TAPA 2HHVA 3MEEA 3NGZA 4AHRA 3HPOA 4DSFA 4JLHA 3RTVA 4DU4A 4F3OA 3NBPA 4DTUA 5CZ2A 2YKNA 3MEDA 3WNHA 2BDPA 1UOCA 3RMCA 3VQDA 4CIGA 4O5BA 3F9KA 3LP1A 1RTHA 2KFNA 3QLHA 3QNNA 4M3TA 2HNZA 1Q8IA 3PV8A 1LAVA 3FFIA 3K5OA 4IDKA 3VQ8A 2YNHA 4KHQA 2YNIA 3ZSWA 3L2VA 1QSLA 2G8HA 1UWBA 1ASWA 3S9HA 1HPZA 4CHZA 3RMDA 3RWUA 4I9QA 4FJMA 1JLAA 4FLUA 4CEFA 2HHTA 1NOYA 1Y97A 2VWKA 2P5GA 3NCIA 3VQCA 1W0HA 1REVA 3U6FA 4B9VA 4CGGA 1CZ9A 3KKSA 3MECA 3TR8A 1VSKA 2E6LA 3NFAA 1TAUA 4Z4HA 3V81A 4OVLA 1TK0A 1KVAA 3CFPA 4M3ZA 1TAQA 4FLTA 4E7IA 4NYFA 4CEZA 1A5WA 4RW8A 3LZIA 1C1BA 3RMBA 4E3SA 3ASMA 3DLGA 3OY9A 3OYLA 3HM9A 3TWHA 4DSIA 4FW2A 1TKXA 1XC9A 5FRNA 1GOBA 3LWMA 3AVLA 3O4QA 1CXQA 4CJUA 2OPSA 4CIFA 3SQ2A 4HTUA 3MXJA 3KLIA 2PZSA 4DSLA 4BDYA 4E89A 4FZXC 1RCHA 1JLEA 3NF8A 1FK9A 3ZSOA 3KLGA 1DTTA 4F2RA 3IS9A 1TKZA 4FM1A 4N41A 3SQ1A 1S1VA 3HK2A 1NK4A 1WSGA 3MXMA 2ATQA 1J9AA 1RDDA 4Y1DA 2HNDA 3EYZA 4JS5A 3OYNA 4CHNA 1QSYA 5J2PA 1XI1A 4O55A 3QEWA 1JXEA 1LWCA 3KD1E 3TAQA 3V9XA 3ZT1A 3A2FA 3OYIA 2FBVA 3HP6A 4FLXA 1BIZA 2QXFA 3SQ4A 4FJ8A 1Q9XA 4CGHA 2XO7A 3V1OA 4C8KA 3KK1A 2KQ2A 4FXDA 2XY8A 3PUFA 5CZ1A 4FM0A 3O4NA 1Z25A 4JS4A 4NYNA 2G8FA 4DSJA 1RBSA 1VSFA 3AVFA 4RW6A 4DLEA 1VSJA 1KFSA 2DTUA 4MQ3A 3AV9A 3V1RA 4CHOA 4LSNA 3PX6A 1LW2A 5JS1A 4B3OA 4CJQA 3AO4A 4OPJA 3OYMA 1X1PA 3ALYA 4IKFA 1D9FA 3SUOA 3C6UA 4NCGA 1BQNA 4ELTA 4ID1A 4DQSA 4EZ6A 4C8OA 4M42A 3AO2A 2VG5A 2OA8A 3U3YA 2BE2A 3KLHA 4B9TA 3ITHA 1VSDA 1WSFA 4CK1A 3V9ZA 1VRTA 2GV9A 1B92A 1HYSA 2R7YA 1RTDA 1NJXA 2OPQA 4CGIA 4DU1A 1N5YA 1IKVA 3DI6A 4NCAA 1A5XA 1HQUA 1ZYQA 3L2WA 1ZBUA 5KGXA 3ISNC 3DOLA 1J54A 4B9SA 4C8MA 2D0BA 2FBTA 4CK3A 1WAJA 2P1JA 3E01A 3AVMA 4CJFA 3AO5A 3DLRA 1Q9YA 4KB0A 4K8XA 1A5VA 2A1RA 4AHCA 2HB5A 4LD0A 4KO0A 3WNGA 1RBUA 3I0RA 4E1MA 4Z4CA 4NCBA 2KZMA 3ZT0A 3P5JA 5FRMA 1CLQA 3AVHA 2Q3SA 1SKSA 1TKDA 3B6PA 4J2EA 4CJWA 4DTXA 5J2QA 1SL0A 3M8RA 1HYZA 1YVUA 4B9NA 1NKBA 4KFBA 1L5UA 3TAMA 4EP4A 1BCOA 1S1TA 4ZHRA 4H4MA 2Y1IA 3O3GA 2IC3A 3QNOA 3AVKA 3IG1A 4J2AA 3LP3A 2IOCA 3QIOA 2A1SA 1I39A 4FJNA 4FJXA 3VQ9A 4CJTA 1KSPA 3ZT2A 3K58A 4FZYA 1VK0A 5C42A 2F8SA 2HVHA 2E4LA 4DTRA 3SQ0A 3VA0A 4OKJA 5DK5A 3NH0A 4KKOA 4FJLA 4CERA 4CCHA 1U4BA 4CEDA 3OYHA 5HRPA 1BI4A 1HNVA 4B9UA 1C0MA 1FKOA 1EETA 2Z1IA 3NF9A 1QQCA 3DYAA 4MFBA 4RW4A 2FC0A 4BDPA 3VQ4A 4JRPA 1RBTA 1ASUA 3NAEA 2XY5A 1F21A 3AVAA 3SUPA 1T03A 3AA5X 1D8YA 2XRIA 4Q0BA 3SPZA 2ITGA 3KJVA 1S1WA 4M3YA 1VSHA 2X6NA 3OS1A 4KRFA 3BDPA 4M3WA 3OYDA 3ZSXA 2RF2A 3OJUA 3RMAA 1MU2A 4Z0UA 4XIUA 2Z1GA 4CJPA 4CK2A 1FXXA 4Z4IA 3DM2A 4BDZA 1VSIA 3AA2A 3HPGA 4E7JA 3DRSA 4E19A 2D0CA 3I8DA 2G8WA 1ZBHA 3OYCA 4DQIA 4PUOA 4DS4A 4FJ5A 3V9UA 4F3TA 2OZSA 3IRXA 4CGDA 4CFBA 3ZCMA 2YNGA 1TVRA 3JSMA 4KPYA 1JKHA 4B8AB 3K57A 4CFAA 1NKEA 1IKWA 1KRPA 4GMJB 5HP1A 4PY5A 2NUBA 3B6OA 4FLZA 1C0TA 4Y1CA 3LWLA 4FZZA 1IH7A 5C24A 2ETJA 1J53A 4AILC 5KGWA 3SNNA 1YT3A 3T1AA 3OYEA 1B9DA 3TI0A 2E6MA 3HVTA 4BE1A 2OPRA 3K5NA 3MEGA 3DLBA 2HHSA 1XWLA 4FLWA 3LP2A 3MAQA 4OLAA 3SJJA 4KHWA 1ZBFA 1ASVA 3OYKA 3KTQA 2G8IA 3NF7A 4GW6A 5KTQA 3OYGA 3QEIA 3V1QA 3I0SA 3AA4A 4CECA 3TAEA 3QO9A 1HMVA 4IG0A 4BWJA 1BGXT 1IG9A 4HHTA 3TANA 4FCYA 1HNIA 2IGIA 1LWEA 3DLKA 4DTOA 4LY7A 4IG3A 4CJRA 4N56A 4OGCA 1RT3A 4BE2A 4KREA 2IS3A 4HUEA 2HMIA 1IKXA 4CHQA 3L2RA 3RR7A 4CF0A 2QK9A 4PWDA 1WSIA 1O1WA 5HRRA 5J1EA 3S3MA 4DSKA 1KCFA 1DTQA 2Z1HA 4HUFA 1C1CA 2KW4A 1TK5A 2OYQA 1BL3A 3KK2A 4F8RA 2YHAA 1HQEA 3CYMA 4ID5A 1TL3A 1JLCA 1D5AA 2YV0X 2VG6A 1RDAA 3HP9A 3PO4A 2BGGA 2HHUA 4DU3A 3QIPA 4CFCA 4AHVA 1NK9A 2GBZA 3BGRA 4E1NA 3QETA 5HRSA 1UA1A 1W9HA 4Q5VA 3KK3A 3TARA 1L3TA 1NK7A 1SL1A 3CM6A 3RR8A 4FJ9A 4W5TA 1JLQA 2VWJA 3C94A 3PX0A 3ZT3A 3P83D 1UA0A 3QEVA 4M3RA 4CJEA 1QE1A 3PX4A 1XHZA 1C1AA 2EHGA 1X9MA 2OPPA 3LP0A 1KVCA 1RBRA 1EP4A 4AH9A 4CEAA 4F2SA 1FKPA 3HSTB 3AVBA 3M8QA 4CESA 3LALA 2O4IA 1BCMA 1VSMA 3WNEA 3L2QA 3ZT4A 2X6SA 1RILA 3L3UA 4RG8A 4DMNA 2B4JA 4M3XA 2O4GA 4CJ3A 3SPYA 3SI6A 3DLEA 3AVIA 4PA1A 1IO2A 2XY7A 1B9FA 3IAYA 4DTSA 4J2DA 1DLOA 3LAMA 4M3UA 3G10A 4OKEA 1U48A 4GVMA 3KLFA 1JLFA 4LSLA 2RN2A 3SV3A 1U04A 1U45A 4O0IA 5D3GA 2P51A 4OLBA 4HCCA 1RT6A 1LAWA 2JLEA 5J2MA 3RRHA 3CQ8A 3DRPA 3P1GA 2HVIA 3C95A 1RT2A 1NJZA 3LPTA 1NKCA 4I2PA 1RT5A 4ICLA 1L3SA 1KTQA 4B9MA 4HCBA 4UQGA 3D45A 4OJRA 1T05A 4EZ9A 2VG7A 2ZD1A 5KRSA 3V9WA 3C6TA 3HJFA 4AHTA 3AO3A 3ZSRA 2G8VA 2PYJA 2YHBA 4CJ4A 3K5MA 4C8NA 5HLFA 4KB1A 1RBVA 3D0PA 4O44A 1JXBA 3VQBA 3VQ5A 4CEQA 1L3UA 4M41A 1GOAA 3M8PA 1WNSA 3ZSVA 1RTJA 4FJIA 4DFKA 4ZTJA 4CHPA 1TKTA 3S3NA 4E7KA 4DQQA 4DQPA 4KV8A 2WONA 3AVCA 3OS2A 1SL2A 3SUQA 4CE9A 4AHSA 3EY1A 2BANA 1RT7A 4C8LA 4DTJA 4W5RA 3WNFA 1C0UA 3AVNA 4FJHA 4CEOA 2KTQA 2RPIA 3G0ZA 4FLVA 1WSEA 2ZE2A 4KI6A 2LSNA 4OKKA 1S9EA 4H4OA 4Z4EA 5HRNA 3MXIA 1SV5A 2HW3A 1KFDA 2ZQBA 4CEEA 3PY8A 3HT3A 1ITGA 4CJSA 2JGUA 4FJJA 1VSLA 1JLGA 5SWMA 4CIEA 4KHUA 3F73A 1RDBA 3VA3A 4FJGA 5HBMA 1BISA 1X9SA 4B9LA 3LZJA 1BIUA 3NE6A 4RW7A 2XHBA 4H8KA 3RRGA 4BE0A 1KVBA 4IFYA 3TABA 4O4GA 3VQAA 3VQEA 3OVNA 4CF8A 2D0AA 4Z4FA 2XY6A 3HXMA 4DTNA 1XHXA 2GUIA 4E7LA 4DSEA 3OJSA 5FROA 2DY4A 3NGIA 5T7BA 3HVRA 1QS4A 3U3GA 1U49A 3NH1A 1NK8A 2OZMA 4W5QA 5J2NA 3K2PA 2PY5A 1D9DA 1JL1A 4ELVA 3OYFA 4FK0A 3VN5A 2QKKA 4N76A 1LV5A 3DRRA 4TSXA 2DFEA 4CJLA 4KTWA 1ZBIA 4I2QA 1WSHA 1CZBA 2I5JA 5EU7A 2D5RA 3LAKA 3OYJA 1IKYA 5E41A 4DFPA 3VQQA 2X78A 2F96A 3KLEA 2B5JA 1EXQA 3QERA 2DFHA 5KI6A 3OYBA 1I3AA 1LWFA 1WN7A 3HL8A 2P5OA 1RT1A 2Y1JA 1NK6A 5HROA 1RNHA 2HNYA 2KZZA 4M45A 2G8UA 2EX3A 3EZ5A 1S1XA 4DWIA 3LDSA 3HPHA 2X74A 1KLNA 1BI4B 4KTQA 3NDKA 1EX4A 4CJVA 4W5OA 5CYMA 4KI4A 3VQPA 3T3FA 3QESA 4Z4GA 1K6YA 2IDOA 4CF2A 1YTAA 3HO1A 4W5NA 2HHWA 4HVJA 4PQUA 1EKEA 4N47A 4CGFA 4ZTFA 4DQRA 4DFMA 4DG1A 1QHTA 4CFDA 1CXUA 3ZSQA 3AVJA 4YFUA 4FVMA 1NJYA 4FJKA 5FDLA 1HRHA 1S5JA 4DLGA 3KD5E 3LPUA 4CJKA 1S1UA 4CHYA 2G8KA 1RDCA 3OS0A 3H08A 1N6QA 4ELUA 4CJ5A 2DFFA 1HYVA 4YNQA 4DTMA 1BQMA 4LH5A 4CF9A 4RW9A 4I9LA 4CF1A 4LH4A 5K14A 1WLJA 4FW1A 4B08A 3O3HA 3OYAA 3K59A 1UAXA 3DMJA 5CY4A 4FJ7A 4F4KA 1S6QA 4KHYA 2RKIA 3NF6A 4IFVA 1S9GA 4OGEA 4DFJA 4WE1A 3NHGA 2B6AA 1SUQA 3ULDA 4E7HA 4HUGA 4DF4A 3ZSZA 1SKWA 2KFZA 3VQ6A 4DF8A 3ZSYA 4QAGA 3V9SA 3AA3A 1JLBA 4QOZB 4CGJA 2QKBA 1LW0A 1R0AA 1ZBLA 1WSJA 2IAJA 4KHSA 4FLYA 2Z1JA 1G15A 1TGOA 5JS2A 3NH2A 1T7PA 5I3UA 3AVGA 3QEXA 1TK8A 4E0DA 1J5OA 3UIQA 4EP5A 2W42A 1S6PA 4B8CA 4J2BA 3CG7A 4CEBA 4O0JA 1L3VA 3M8SA 1QSSA 4KAZA 1TV6A 3K5LA 3QINA 3TAGA 3SCXA 3LANA 4FYDA 2FBYA 4AHUA 4JRQA 1NK0A 1QTMA 4DTPA 2AJQA 1RTIA 3L2UA 3KKRA 1NOZA 3V4IA 3AO1A 4N5SA 3TAFA 3O3FA 4IBNA 4I7FA 1T8EA 4R5PA 1U47A 4K8ZA 2FBXA 3CM5A 5C25A 3SZ2A 1SKRA 4BWMA 3PO5A 3SUNA 3L8BA 1NJWA 2PYLA 1WAFA 1BHLA 4FM2A 1C6VA 3KIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2A1RA 1A5VA 4AHCA 4KO0A 2KZMA 3ZT0A 5FRMA 1CLQA 3AVHA 2Q3SA 1TKDA 3CJAA 3CCJN 4CJWA 1EQYA 1JJ2M 5IBKB 2VJ5A 4KFBA 2QWOA 2HOEA 1S1TA 2Q97A 4IOAL 2FW3A 2Q1NA 2IIRA 1KSPA 4B3MK 2HVHA 4YOTA 4DTRA 1XL3C 4H0TB 3VA0A 5DK5A 1YUWA 3MDQA 3DJCA 1XC3A 5AQHA 2UXDK 4GVEA 3EEQA 3NF9A 4RW4A 2WTUA 3PV8A 1QQCA 3DYAA 2A3ZA 3L1NA 4WQ5A 4BDPA 3VQ4A 4HWIA 3TSPA 1NNEA 2XY5A 1T03A 2OVRB 5C12A 4Q0BA 3C0BA 2X6NA 1WBBA 1MU2A 4Z0UA 3AA2A 3MX5A 1VQ4N 2YX6A 3BZKA 4F3TA 4G9ZA 4DQIA 4FJ5A 2PFTA 4CGDA 3QBWA 1HNWK 2YNGA 1TVRA 3JSMA 2PFVA 1XU3E 4B8AB 1NKEA 3BZCA 1IKWA 5AQPA 5HP1A 1MWKA 2Q31A 4FLZA 1IH7A 3CCMN 3TI0A 3OYEA 2E6MA 4BE1A 2UU9K 3O5BA 2O8CA 4U7BA 2HHSA 1IG8A 4CW7B 3J27A 4JYAK 1IBMK 4OLAA 3SJJA 3IFRA 4PKHA 4KHWA 1ZBFA 1ASVA 2FSNA 5KTQA 2E20A 3A8YA 4B1WB 3G25A 1FZHE 4BWJA 2VQFK 1Q18A 4FCYA 3DLKA 3P31A 4IG3A 1VAZA 2LF3A 3H1QA 1TUYA 4KREA 5JLHA 5GAGP 5HRRA 5EXWA 1JCEA 4RL5A 1TK5A 5FLXO 2YHAA 3CYMA 5AQWA 3PO4A 5KQ8A 3CJ7A 2HHUA 4A5AA 5HRSA 1W9HA 4Q5VA 4DR3K 3E4YA 3TARA 2P9IB 3UKRB 1SL1A 4GY2B 1WBDA 4FJ9A 3OGLB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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