3KD5E

Closed ternary complex of an rb69 gp43 fingers domain mutant complexed with an acyclic gmp terminated primer template pair and phosphonoformic acid.
Total Genus 296
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
296
sequence length
905
structure length
905
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIDVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKWVSQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQMALKVTCNSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDFSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Phosphonoformic acid inhibits viral replication by trapping the closed form of the DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*TP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 296
structure length 905
sequence length 905
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
E PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3kd5E05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3kd5E01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3kd5E02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3kd5E06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3kd5E03
4FJ7A 5HRRA 4DTPA 1S1UA 3AVFA 4JRQA 1EP4A 4FLWA 1JL2A 1A5XA 4CF2A 1KCFA 1JLBA 4DQQA 5J1EA 3V81A 3THVA 3S9HA 4DQSA 2HHWA 4B9VA 3K5LA 4FJLA 4CJEA 2ZD1A 3RRHA 3NGYA 1IKYA 2ITGA 1ZBFA 1T8EA 4CHZA 1ZYQA 2F96A 3RMAA 4C8MA 3OJSA 4PWDA 1UA0A 2E6MA 3ISNC 4FM2A 1S5JA 3NGIA 4DU4A 4KHUA 3KK2A 3KK3A 4FLTA 4E7KA 3RWUA 4KI6A 4FLXA 4AHVA 4DU3A 4M3WA 2XHBA 3P5JA 4FLZA 1HRHA 3FFIA 3QIOA 5SWMA 1B9DA 4KFBA 2OYQA 4CJSA 2O4IA 4O4GA 1DTTA 4BACA 1NOZA 1SL2A 3ITHA 3QO9A 4N56A 3ZT1A 2D0AA 1BL3A 4CGHA 3SQ0A 4N76A 2YHBA 4C8LA 3TWHA 3CFPA 1RT3A 1D5AA 3KLFA 2DFHA 4ID1A 1NK8A 1L3UA 4PUOA 3K2PA 5K14A 3V9XA 5J2NA 2D0CA 2P51A 3AO1A 1X9MA 1FK9A 4CJTA 3IRXA 4Z0UA 1J9AA 3AVMA 3DOLA 4O44A 3P83D 1CZ9A 2OZSA 3O3FA 4DFMA 5HROA 1UAXA 2NUBA 3VQ8A 4J2DA 2E6LA 4M42A 3KK1A 4DLGA 3BGRA 3V4IA 2XY5A 2XY7A 4NCBA 3AO5A 1XHXA 1RT1A 3AA5X 4LY7A 5J2PA 5DMRA 1S1VA 4H8KA 2X6SA 1RNHA 1LV5A 4DQIA 1JXBA 1RTHA 3L2QA 3ZT2A 3VN5A 3AO2A 1GOCA 3PO4A 3K59A 3NDKA 5CZ1A 1Q8IA 3DRPA 1C1CA 1RCHA 2XO7A 3S3MA 1WSFA 1RTDA 4CEFA 4CJUA 3SYZA 3AVIA 3L2RA 5J2QA 3PX6A 3NH0A 1TL3A 3V9SA 3OVNA 3ZT4A 1BQNA 4CFBA 1R0AA 3KIOA 4OGCA 3VQPA 1NJWA 4GW6A 2KFZA 3RMBA 4OJRA 3AA4A 4AHRA 1RT2A 4F8RA 2D0BA 3AVAA 1KVCA 4KHYA 4W5QA 3M8PA 2KQ2A 2KZZA 2PZSA 4OLBA 4DMNA 2GUIA 3SJJA 2PY5A 4FM0A 1A5VA 1EXQA 3OYEA 3SQ2A 1C6VA 3OS1A 3VQEA 4EZ9A 1TK0A 5CYQA 4FCYA 4XIUA 4FZYA 2FC0A 2I5JA 4KHWA 3ALYA 4FK0A 4CEOA 3KKRA 1U45A 4Z4GA 3DLHA 1RBUA 4FXDA 3KD5E 3U3GA 4E7IA 1ASVA 1HYVA 3RMCA 1KFDA 4FZXC 4N41A 1RDAA 2KFNA 1SKSA 5EU7A 4Z4FA 3ZSQA 2YKMA 5KRTA 1ASUA 1S9EA 4E7LA 1KFSA 2KZMA 1HNIA 1IG9A 5KGXA 1NOYA 1RT7A 3KLEA 3T1AA 4W5NA 4Y1DA 3L2VA 2Y1JA 4I9LA 2HNDA 4CJPA 3MAQA 1QTMA 4FJGA 5KGWA 1U48A 1C1BA 3MXIA 2HNZA 1RT5A 3QETA 3QESA 1C0UA 1B9FA 4HUEA 1HYSA 3PO5A 3EYZA 1Z25A 1VSEA 2QKBA 3AVCA 4M3ZA 1YTUA 4FJXA 4QOZB 1BGXT 3G10A 3NH1A 3LANA 1KTQA 3V1RA 2RN2A 4YFUA 4E3SA 1HJRA 2DFFA 3CG7A 4Q5VA 4JS5A 4DF4A 2HVHA 2HNYA 2OPPA 5HRSA 3NGZA 3RR8A 4MFBA 3D0PA 4Z4IA 1CLQA 1DTQA 4G1QA 3VA3A 1QQCA 4IKFA 1BISA 4DSFA 3ULDA 2VG7A 3TAPA 3AVGA 4O0JA 3MEEA 2YNFA 2FBTA 4ICLA 3CFOA 3DLBA 1SV5A 4KRFA 1UWBA 1TAQA 1Z26A 3LWLA 4BE1A 2B5JA 1Q9YA 3NFAA 1LWEA 4KV8A 4CIFA 4F2SA 1L3VA 4CJLA 5I3UA 1VSLA 4KPYA 3VQAA 1D8YA 3KJVA 3PX4A 1LAVA 3NF8A 4DTXA 4DS5A 1B92A 4CEZA 2Q3SA 2BDPA 1IKXA 4CIGA 3K5MA 3SI6A 1S9GA 4PY5A 1HNVA 4F3TA 1QSYA 1S1TA 4TSXA 3VQQA 4AILC 1RTJA 4IG0A 3OYHA 1VSHA 4B9NA 4IG3A 3OYFA 3KLHA 4CGJA 1BI4B 1C1AA 4ID5A 3F73A 1TAUA 4CEDA 3T3FA 1EETA 1REVA 2DFEA 4W5RA 4DSJA 3PY8A 1BIUA 1KRPA 1W9HA 1O1WA 3LALA 5CY4A 3AVJA 1F21A 1RBSA 3VQ6A 4FYDA 2VWKA 3HM9A 4DFKA 3HVRA 3PX0A 4DTSA 3TANA 3RR7A 4BDYA 3LP0A 2ETJA 3ZCMA 3OS2A 1SKWA 2RPIA 1T03A 2EX3A 4LSNA 1SL1A 3SQ1A 4DWIA 1I3AA 4KREA 2RF2A 5HRNA 1RTIA 1S1WA 2BANA 4DU1A 4CECA 4HTUA 4E1NA 2G8KA 3OYJA 3NBPA 4B9UA 4CFAA 4FZZA 3CM5A 1CXQA 3OYKA 3QERA 2P5GA 1IKVA 5DK5A 4FVMA 4JLHA 4B3OA 4FLUA 3LDSA 1FXXA 3ZSRA 1FKPA 4K8ZA 3OYLA 4CHYA 4B8AB 1EKEA 3CFRA 1WSIA 1J5OA 4HUGA 2QK9A 1HPZA 5FROA 3AVLA 1BHLA 4CGGA 2HVIA 4PA1A 5CZ2A 4CEBA 3OY9A 3V9ZA 3SNNA 1LW2A 1BIZA 2HHSA 1KLMA 1NK4A 4KI4A 3ZSZA 4KHQA 1ZBHA 2D5RA 2ATQA 4BWMA 3WNHA 4DTRA 4DS4A 4M3UA 5HRPA 4ZTFA 4OLAA 3SQ4A 1HQEA 4MQ3A 4FJ8A 2VG6A 2OZMA 4CK1A 3OYBA 4ZTJA 4O5BA 4W5OA 1X9WA 3NF6A 3OYIA 1T7PA 4C8OA 1BQMA 3HXMA 1D9FA 1QS4A 1VSFA 4J2EA 3QEIA 2X78A 1LAWA 2Z1IA 2F8SA 3DRSA 2YNHA 3TARA 3HP9A 2HHUA 3M8SA 1XC9A 1XI1A 4KTWA 4W5TA 4F4KA 2Z1GA 4RW7A 3I0SA 3TABA 1JXEA 3VQDA 4IFYA 3L3VA 3HSTB 4FW1A 4CJ4A 1YVUA 4CK3A 4R5PA 3JSMA 1ZBLA 2PYLA 2GV9A 3MEGA 4CK2A 1LW0A 3V9UA 1QSSA 4HHTA 3QNOA 4DSKA 3LP3A 4DTMA 4FJKA 1UOCA 4CE9A 2B6AA 4Y1CA 3ZSWA 4HUFA 4BE2A 4CESA 3UIQA 1A5WA 1LWCA 1WNSA 3RMDA 1MU2A 5FRMA 3LZIA 4M45A 2WOMA 2VWJA 2P5OA 2G8HA 3KTQA 3VQCA 4I2PA 4DF8A 1U04A 1NJXA 4DLEA 5I42A 3SUNA 1VSKA 2IOCA 4BDZA 1TKDA 4DSLA 3QEPA 1J54A 3RTVA 2G8UA 3L2WA 4E7JA 4KO0A 1QSLA 1DLOA 5T7BA 1UA1A 1FKOA 1ASWA 1JLCA 3HVTA 4AH9A 1U4BA 3OYNA 4M3YA 2FBVA 3PV8A 4KTZA 3H08A 1SL0A 1ZBUA 1WSHA 4CGIA 2JGUA 4CGFA 1U49A 4FK4A 1NK7A 3AA3A 4RW6A 1IO2A 3O3GA 1X9SA 4BDPA 1CZBA 1K6YA 3LAMA 1L5UA 3NE6A 1ZBIA 4E7HA 1D9DA 4DQRA 3JYTA 4CJWA 4OKEA 4I2QA 4CHOA 4N5SA 3WNGA 4DTNA 4DSEA 3AO3A 1TV6A 4Q0BA 3QEXA 3ZSYA 5C42A 2P1JA 2YKNA 3QINA 3ZSXA 3LAKA 3KLGA 4ELUA 1QE1A 4DQPA 3KD1E 2BE2A 2DY4A 4EP4A 4OPKA 2EHGA 2Z1JA 4RW4A 4O0IA 3A2FA 3L2UA 4KB1A 1RDCA 1TK5A 3CM6A 3DOKA 4FLVA 4HVJA 4B08A 2XY8A 3VQBA 3BDPA 4CFCA 3HJFA 1TGOA 4RG8A 4AHSA 2AJQA 3HP6A 3ZT0A 3MXJA 4EP5A 2G8WA 2FBYA 1KLNA 1RILA 1SKRA 4WE1A 1ITGA 4CCHA 4RW8A 3K57A 4AHTA 3HT3A 4CJKA 2HW3A 2OPQA 1W0HA 3ZSVA 5J2MA 2HHTA 3SUQA 1WAFA 3OYGA 3U3YA 4CIEA 3AV9A 3DI6A 5D3GA 2RKIA 1NK9A 1XHZA 2X6NA 5FRNA 3K5NA 2XY6A 2XRIA 3S3OA 3ZT3A 4OVLA 4CGDA 3V9WA 3NHGA 1RT4A 3SPZA 2KW4A 3WNEA 1QHTA 4FLYA 1HQUA 1VSDA 1X1PA 1RDDA 1RBVA 4CHNA 3MXMA 3QNNA 1GOBA 2QKKA 4OPJA 3CQ8A 5C24A 1IH7A 4N47A 4ZHRA 3EY1A 4O55A 4CERA 3VQ7A 4CJQA 4QCLA 1JLFA 1NK6A 1TL1A 3E01A 4I7FA 4RW9A 4ELTA 4BWJA 3OJUA 1S1XA 4HCCA 4L8RB 4FW2A 3LPTA 3QEVA 4DG1A 1CXUA 4KKOA 4DSIA 3NCIA 3AO4A 1TKZA 4M41A 3DLGA 1C0MA 3OYCA 3TAFA 1S6PA 3VQ9A 4J2AA 4BE0A 5FDLA 4H4OA 3QIPA 4FM1A 2G8IA 4CF0A 1KVAA 5CYMA 4AHUA 4IDKA 1NK5A 2HHXA 3T19A 3SCXA 3TAQA 4CJ3A 4E89A 3AVHA 1L3TA 3LP1A 3D45A 2HB5A 4YNQA 3V1OA 4FK2A 3S3NA 1YT3A 4CEAA 4DTJA 4FJIA 1I39A 4K8XA 1J53A 4KAZA 4DTUA 2HHQA 1T05A 2G8VA 4GMJB 2X74A 2YNIA 2Z1HA 3O4QA 2BGGA 4CEQA 3AVBA 3HK2A 3M8QA 3OS0A 3C94A 1BI4A 4FJJA 3SUPA 1RBRA 1VK0A 1N5YA 4FJ9A 4M3XA 3CYMA 4LSLA 3DLKA 1BCMA 1BCOA 3IS9A 3P1GA 4UQGA 1U47A 1C0TA 1XWLA 1VRTA 3EZ5A 1YTAA 1LWFA 2R7YA 4E1MA 3ASMA 3B6PA 1TKXA 3SV3A 4EZ6A 4FJ5A 4F2RA 3HL8A 4CF1A 4CF8A 1NKCA 4FJHA 3O4NA 2HHVA 1NJYA 1Q9XA 4KB0A 3SPYA 3HPOA 3LP2A 1JL1A 2YHAA 5KRSA 4DFPA 4OKJA 5HP1A 4NYNA 3VQ4A 3NF7A 2YV0X 4KHNA 4CJVA 4QAGA 2ZQBA 2LSNA 5E41A 2FBXA 5KI6A 4JS4A 1NKBA 1L3SA 3I8DA 4B9LA 4DFJA 1GOAA 1G15A 3M8RA 3V1QA 4ELVA 4JRPA 3IAYA 4IBNA 2A1RA 2IC3A 3LPUA 4NCAA 3KKSA 3QEWA 3NH2A 4B9SA 2IGIA 3U6FA 4OKKA 3AA2A 2IAJA 4CEEA 4HCBA 5JS1A 4GVMA 5HLFA 3ZSOA 4B9TA 4AHCA 4I9QA 3DLRA 3NF9A 3VQ5A 3TI0A 2YNGA 2OPSA 3F9KA 4H4MA 2F8TA 2HMIA 1VSIA 2QXFA 3I0RA 3K58A 1TKTA 5KTQA 1TVRA 1VRUA 1WLJA 1N6QA 2ZE2A 3G0ZA 3C6TA 3OYDA 1TK8A 2PYJA 3QLHA 1SUQA 4LH5A 2G8FA 4E19A 1S6QA 4Z4EA 3L3UA 4CF9A 1NKEA 1JLGA 1JLEA 4CHPA 3OYAA 2OPRA 3PUFA 1KSPA 4FJMA 1IKWA 3AVNA 3RRGA 2KTQA 3HO1A 3HPHA 1HYZA 4CHQA 4DTOA 3C6UA 3C95A 3SUOA 4LD0A 5SZTA 2Y1IA 1NJZA 1WSGA 1Y97A 3B6OA 3DM2A 1RDBA 3HPGA 4OGEA 4C8KA 3L8BA 4M3TA 4CJ5A 4KTQA 5C25A 4M3RA 3DLEA 1RBTA 1WSEA 1JLAA 2OA8A 3DMJA 3SV4A 4IFVA 3TAGA 2GBZA 3MECA 3TR8A 4C8NA 5JS2A 4F3OA 1VSJA 4Z4HA 2O4GA 4B8CA 3SZ2A 3NAEA 2E4LA 3TAMA 4J2BA 2IS3A 1NK0A 4CJFA 2JLEA 4CJRA 3O3HA 2W42A 2VG5A 2IDOA 2WONA 1RT6A 4NCGA 4Z4CA 4B9MA 1JKHA 3LWMA 1EX4A 3DYAA 3V6DA 2A1SA 3OYMA 4FJNA 1JLQA 1KVBA 1VSMA 2B4JA 3KLIA 1WN7A 4KHSA 3K5OA 3MEDA 4CFDA 3IG1A 3VA0A 3LZJA 2DTUA 3TAEA 3DRRA 4LH4A 4NYFA 3WNFA 4E0DA 1HMVA 1WSJA 3AVKA 3HYFA 4PQUA 1WAJA 5HBMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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