3L8BA

Crystal structure of a replicative dna polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin
Total Genus 311
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
311
sequence length
903
structure length
896
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIEIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Crystal structure of a replicative DNA polymerase bound to the oxidized guanine lesion guanidinohydantoin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 311
structure length 896
sequence length 903
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3l8bA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3l8bA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3l8bA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3l8bA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3l8bA03
3LZJA 4AHUA 4CEQA 4Z4EA 2KFZA 2VG7A 4FLWA 2HNZA 1W9HA 3S3NA 4PUOA 1MU2A 3KD5E 1JXEA 1D9DA 1KFDA 3U6FA 1WSFA 4KTZA 2X6NA 1QSSA 4ID5A 4DTNA 3RMAA 2B4JA 1UAXA 3B6PA 3ZT0A 1NKCA 3NF7A 4ZTJA 1SKWA 2KQ2A 1QQCA 1W0HA 4F3TA 1D8YA 3OS2A 2D5RA 4K8XA 3AVAA 3JSMA 1S1VA 4OKEA 4OKJA 1C0UA 1YTAA 1N5YA 4FZZA 2E6MA 4CJEA 4OPKA 4HCBA 3LZIA 1CXUA 3T1AA 3ZT4A 2YNHA 4CFBA 3HK2A 4CCHA 1HPZA 4DTXA 1SUQA 2RPIA 2XRIA 3ZSYA 3JYTA 1G15A 1HYSA 1NJYA 1VSMA 4FLUA 4DFJA 3S3OA 1S6PA 1NK4A 4M3YA 3P1GA 4RG8A 3ZT1A 3HSTB 1TGOA 3M8PA 4GW6A 4O4GA 4EP5A 4DQQA 3O3FA 1U4BA 2PYJA 3RRGA 1SL0A 4CEFA 4QOZB 3OYAA 2KZZA 4E7IA 1WSHA 1SV5A 3C95A 3H08A 4OJRA 2PZSA 2D0BA 5HROA 3HP9A 1BI4B 2HHUA 4LH4A 4KHWA 3DOLA 1JLCA 4FJLA 4KI4A 4JS5A 3SPYA 4W5OA 4DF4A 3OYJA 3VQQA 3ZT2A 4E7HA 1XHZA 2F8TA 4KREA 4CFDA 1J54A 4NCGA 2YV0X 4LSNA 4CERA 3AA5X 2I5JA 4CIEA 4KTQA 2ITGA 3VQ4A 4C8MA 3WNHA 3M8RA 3V1RA 2KZMA 3QEVA 1ASVA 3G10A 3DLHA 4F3OA 4KI6A 4CEOA 1CZ9A 1SKRA 1Z26A 4FK2A 3TARA 1EX4A 2Z1JA 4DSKA 1JLQA 3AVJA 1HNVA 4N41A 4I9QA 4M42A 1RDAA 1B9DA 4CGDA 4DSLA 4PQUA 1CZBA 3PX6A 1WNSA 3LALA 3LWLA 3DLBA 3OS0A 2HHQA 5CZ1A 3V4IA 3MXMA 1U04A 1RCHA 2HNDA 4OVLA 2WONA 4CJKA 4OLBA 4Z4CA 2OPSA 2ZE2A 3F9KA 3K2PA 1LW0A 4CESA 2OPRA 4FYDA 3DMJA 1RBUA 2G8VA 2GV9A 3KLIA 2A1SA 2G8HA 4JS4A 3HL8A 3V9UA 3HT3A 1HRHA 3D45A 1XWLA 4FJHA 4B9SA 1VSJA 4KV8A 3I8DA 4UQGA 1VSFA 3AA3A 3SZ2A 4BE0A 3HVTA 4E1NA 4KFBA 2KW4A 1TK5A 1NK9A 1NKEA 5DMRA 1Z25A 1L3VA 4FJ7A 2XY5A 1ZBIA 2HHVA 4FM0A 4RW7A 4DWIA 4RW9A 1B9FA 2RKIA 4FCYA 1A5WA 4CIFA 4Y1DA 5FDLA 1EXQA 4AH9A 1VK0A 3DLRA 5C25A 1QSLA 1RTIA 4OGEA 2HW3A 4DSFA 3NF9A 4E7KA 1J53A 3NF6A 4IKFA 3VQAA 3SQ2A 1T7PA 2IAJA 4YNQA 3M8SA 3LWMA 3RR7A 4FZXC 5D3GA 3NGIA 1RDBA 3AO3A 4KTWA 1A5XA 1TAQA 3HVRA 3PX4A 4FLXA 1QTMA 3OYHA 3TAQA 4DTUA 5C42A 3S9HA 4R5PA 1NK8A 4N5SA 2IS3A 1NK7A 2DY4A 2LSNA 4ELTA 2QXFA 1U48A 3C6UA 2YKNA 3SUNA 4QAGA 1KRPA 1CLQA 1KVCA 1WSJA 1BQMA 2FBYA 4CGFA 4DSEA 1BIUA 3WNFA 4HVJA 4F4KA 1RBTA 1X1PA 1TL1A 2D0CA 4RW4A 1ZBUA 4B3OA 1Y97A 1RNHA 1JLEA 4DQPA 4FK0A 3CFRA 5JS1A 1LWFA 3AA2A 3WNGA 4NYNA 2YNIA 2BANA 5JS2A 2YNGA 1UA1A 4Z4HA 3TWHA 3AVFA 2A1RA 4DLGA 3M8QA 2ZQBA 2AJQA 3LPUA 4CIGA 3AVMA 4CF9A 1L3UA 4J2EA 4FLZA 3L8BA 4DS5A 1C1BA 1VRUA 3CM6A 4B8CA 2P51A 3OYKA 2VWKA 4DSIA 3VQ5A 3PUFA 3SQ1A 3NDKA 1LW2A 4CF1A 2F96A 3LPTA 3V1OA 3QIOA 3LDSA 1WN7A 4LY7A 2QKBA 3OYIA 3K58A 3AVCA 3K5NA 3L2QA 3I0SA 3OYLA 3G0ZA 4ELUA 2YNFA 2BGGA 3QNNA 4I9LA 5HRRA 1NK6A 1NJXA 3NAEA 4W5TA 2HHSA 3KLHA 4OPJA 5J2PA 1U49A 1C0MA 3DLEA 1WAJA 3IG1A 1TAUA 3LP3A 1XC9A 1TKDA 3DLGA 2B6AA 2YHAA 3QIPA 4CEZA 1N6QA 4CJ3A 1IH7A 1S6QA 4CEEA 1TK8A 4FLTA 4DU4A 4O0IA 3VQEA 5C24A 4FJJA 4CE9A 1LAVA 1RT1A 4OGCA 3UIQA 2YKMA 4DF8A 3SJJA 4CJ4A 4CEBA 3I0RA 1NK5A 2DTUA 1Q8IA 2X74A 4J2AA 1UWBA 4M3WA 4I2PA 4LSLA 4FK4A 4O55A 5CYMA 4C8NA 4KHYA 4YFUA 3OYEA 4FJ8A 4W5RA 3QLHA 4CJQA 1ASUA 2F8SA 3DLKA 1WSIA 1QS4A 3TAEA 4CJRA 4AILC 2GBZA 3AVHA 4C8OA 4FM2A 4DTRA 5KTQA 4JRPA 2XY8A 1BCOA 4CJWA 3QO9A 4MFBA 3DOKA 4NYFA 4CJLA 4M3XA 3S3MA 2OZSA 1EKEA 3QINA 1RDCA 4B9UA 4CHPA 4CK2A 1WLJA 3ISNC 4CJPA 1X9SA 3L3UA 1QHTA 3MAQA 4HUEA 1KSPA 3AO5A 3QETA 4ICLA 3OS1A 3CG7A 1NJZA 2E4LA 2Z1HA 3AO1A 3LP0A 2IDOA 2IGIA 4IFVA 4CJFA 4NCAA 4E89A 4F8RA 2OZMA 2EHGA 3OYFA 2X6SA 3OJSA 2G8WA 4KPYA 3OY9A 4HUGA 3AVBA 4FJIA 1FKPA 4XIUA 3HPHA 1NOYA 3OYNA 3PX0A 4KRFA 1IKVA 3KK1A 1LWEA 3K5LA 3EY1A 2BDPA 3DRSA 3PO5A 1KVBA 2XO7A 5FRNA 4FJGA 1BHLA 1RT3A 4ID1A 5DK5A 3KKRA 3P5JA 3VQ8A 3AVLA 1RT5A 1TVRA 4Q5VA 3U3YA 1VSLA 3CFPA 1RBVA 1A5VA 4FM1A 3AVIA 2OPPA 4CGGA 3EYZA 4DQIA 4EZ6A 1RBSA 3KTQA 4NCBA 3HO1A 1WSGA 4QCLA 4LD0A 2RF2A 3ZSWA 4CF0A 3LP1A 1WAFA 1HQEA 5HRSA 1QSYA 4CHOA 3AA4A 2VG5A 3NH0A 2D0AA 3SYZA 2HVHA 1BL3A 3O3HA 3MXIA 2Q3SA 1TV6A 4KB0A 1RT2A 2BE2A 1RT7A 4AHSA 3KD1E 5J2NA 2QK9A 4CHNA 1S1WA 3F73A 3RRHA 1KCFA 3SNNA 1JL1A 4DQSA 1NKBA 4E7JA 3K5OA 3KLEA 1D5AA 4BACA 4CHZA 3AV9A 1X9WA 1S5JA 4LH5A 4N56A 2FBXA 3QESA 4ZHRA 2HHTA 2Y1JA 4CFAA 4DTPA 1REVA 3OYBA 3VQBA 3VQ6A 5T7BA 3K59A 5HP1A 3V9XA 4B9MA 1NK0A 1TL3A 1JL2A 3DM2A 3ZSVA 1RTDA 1HJRA 4AHVA 4BWMA 3VN5A 4W5QA 5J1EA 3MXJA 3LANA 5HRPA 2G8KA 1HMVA 2YHBA 5J2QA 1ZBHA 3RMDA 3VQ9A 4FLVA 4CFCA 1F21A 3ASMA 3V1QA 4KHNA 1KLMA 4KHQA 4EP4A 4KHUA 3RR8A 4B08A 3BDPA 1IKXA 1BI4A 2FBTA 5KGWA 3ZSOA 4HTUA 1NOZA 4CJVA 1UA0A 1S9GA 4JLHA 1DTQA 1VSEA 2DFHA 3O4NA 4AHTA 4CF2A 4CK1A 3VQDA 3PO4A 3SUQA 3RMBA 3P83D 4FJMA 4I7FA 5KGXA 3TAGA 4FJKA 3NBPA 5CYQA 4PWDA 3KK3A 3KIOA 3TR8A 2P5GA 1B92A 2ZD1A 3KK2A 1QE1A 1BCMA 2HB5A 1IG9A 1TKTA 3HXMA 4JRQA 3CFOA 4M3RA 4CJTA 1DLOA 1R0AA 4FJ5A 3AO4A 2GUIA 3ZSRA 1VSIA 4KO0A 3KJVA 3IS9A 4DSJA 1LWCA 3KLGA 4BDYA 4ELVA 4RW6A 1C1AA 4E0DA 3OJUA 4DFPA 1T8EA 3E01A 3MEGA 1BQNA 2EX3A 3PY8A 4CEAA 2FBVA 5EU7A 2DFFA 3SI6A 4J2BA 3V81A 4DTSA 1T03A 3QERA 4CJ5A 4M45A 3DYAA 4B9TA 4DTJA 3EZ5A 1Q9XA 4KB1A 3PV8A 4Q0BA 4N76A 2IOCA 3RMCA 4N47A 3V9ZA 2Z1IA 2G8IA 4O5BA 3O4QA 4OKKA 1FK9A 2VWJA 4DS4A 5CY4A 4I2QA 4TSXA 2OPQA 3NH1A 4BE1A 4DLEA 4C8LA 1Q9YA 1VSKA 5CZ2A 4H8KA 2PYLA 1HQUA 3LAKA 1SL1A 5SWMA 1FKOA 4Z4IA 3OYCA 4CGHA 4M41A 4FW2A 3VQCA 3ITHA 3OYMA 3L2WA 3AVNA 3HPOA 3L3VA 3OYDA 1L3SA 1JKHA 4E1MA 4PY5A 1J5OA 1C1CA 4MQ3A 4CGJA 1HNIA 2IC3A 4GVMA 1JLBA 3AVKA 3D0PA 4DQRA 4OLAA 1S1XA 2OA8A 3VQ7A 1C0TA 4M3UA 3TANA 3IRXA 3ZT3A 3WNEA 2XY6A 1U47A 1EP4A 1KTQA 4IG3A 2XHBA 1RBRA 4DU3A 2Z1GA 2O4IA 4B9NA 4KAZA 1VSDA 3DRPA 5FROA 3NGYA 3NE6A 1IKWA 1RTHA 2W42A 2Y1IA 1TKZA 2O4GA 2ETJA 3NCIA 1L5UA 2HMIA 2PY5A 1LAWA 3QEPA 1EETA 1RT6A 5SZTA 1GOBA 1NJWA 1TK0A 4W5NA 2KFNA 3HM9A 4CJUA 1YVUA 4E19A 3ZSXA 4J2DA 4Z0UA 1X9MA 1JLGA 1VSHA 3SUOA 3CM5A 3HYFA 3KKSA 3RTVA 1L3TA 1UOCA 1O1WA 3QEIA 1S9EA 3O3GA 4E3SA 4FLYA 4KHSA 3VA0A 1SKSA 3NHGA 4CHQA 4DU1A 1IKYA 4CHYA 1YTUA 3NGZA 3KLFA 2B5JA 4H4OA 1I39A 1HYVA 2R7YA 4FW1A 3ZSQA 4IFYA 3LP2A 2HHXA 3SCXA 4FJXA 4KKOA 2P1JA 4B8AB 4DMNA 5I42A 1BISA 4B9LA 3AO2A 3IAYA 2HHWA 2NUBA 5HBMA 4Z4FA 2RN2A 4FJ9A 3C94A 4PA1A 3L2VA 1XI1A 3MEDA 3SPZA 1WSEA 5E41A 1D9FA 3THVA 4EZ9A 3DRRA 1FXXA 3K5MA 4M3TA 1HYZA 2OYQA 3V9SA 4M3ZA 4FVMA 3HJFA 2X78A 4DTMA 4ZTFA 1RTJA 1GOAA 5J2MA 4B9VA 3QEXA 3CQ8A 4BE2A 1T05A 4CECA 4Y1CA 3SV4A 2WOMA 1JLAA 4GMJB 4L8RB 3V6DA 4IG0A 3DI6A 4CEDA 3K57A 3AVGA 4DFKA 3NF8A 5HRNA 3QNOA 3CYMA 1ITGA 4DG1A 3B6OA 1ZBFA 4Z4GA 4AHCA 3L2UA 2G8UA 4O44A 5KRTA 4CK3A 3SQ0A 3TABA 4CGIA 4G1QA 3VA3A 3SUPA 3RWUA 2FC0A 4DFMA 3FFIA 5KRSA 3LAMA 1KFSA 3C6TA 2HNYA 1DTTA 3MEEA 2HVIA 3L2RA 5I3UA 1K6YA 4FJNA 1YT3A 4K8ZA 4H4MA 3OYGA 1IO2A 4CF8A 1KVAA 1XHXA 1ZYQA 3ZSZA 2P5OA 2VG6A 2E6LA 4O0JA 4DTOA 4AHRA 4FXDA 3SQ4A 1GOCA 1RILA 3MECA 3OVNA 1BIZA 2KTQA 5HLFA 4E7LA 3SV3A 1LV5A 3TAMA 3HPGA 4RW8A 5KI6A 1S1UA 3BGRA 1VRTA 2QKKA 2G8FA 4F2RA 3QEWA 3V9WA 2JLEA 1ASWA 1CXQA 1S1TA 1I3AA 2DFEA 3VQPA 3TI0A 3NH2A 4BDPA 1RDDA 4F2SA 4HCCA 4BWJA 3ULDA 1BGXT 2XY7A 4HUFA 3T3FA 4WE1A 1J9AA 4HHTA 4C8KA 2JGUA 1RT4A 1ZBLA 3HP6A 3TAPA 2ATQA 4FZYA 3NFAA 3U3GA 1SL2A 3A2FA 1C6VA 1JLFA 4CJSA 5FRMA 1JXBA 3ZCMA 1TKXA 4IBNA 3ALYA 4IDKA 5K14A 1U45A 1KLNA 4BDZA 3TAFA 3T19A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DR7 K;  4FOE A;  4PUO A;  4WFA L;  1JXE A;  4I6M A;  1FYZ E;  3U6F A;  2X6N A;  3LM2 A;  1GLE G;  4ID5 A;  5MLC Q;  3RMA A;  4CZH A;  3CC2 N;  5EXW A;  2A40 A;  1D8Y A;  1ATR A;  4B1Z A;  1S1V A;  1BOT O;  1YTA A;  4FZZ A;  4CJE A;  3MN7 A;  1M1K O;  3T1A A;  3VEO A;  1HPZ A;  3ZSY A;  2XRI A;  3JYT A;  1G15 A;  3J7Z O;  1S6P A;  4RG8 A;  3P1G A;  3ZT1 A;  5IT9 O;  2ASO A;  3RRG A;  4QOZ B;  3R3L A;  4EPH A;  4H5W A;  4GV6 A;  4MO5 A;  4CVN E;  2D0B A;  4YOV A;  3HP9 A;  4LH4 A;  4KHW A;  5LJW A;  3OGK B;  4FJL A;  5JLH A;  3G25 A;  4W5O A;  3ZT2 A;  3O9U A;  1N34 K;  4KRE A;  3TU5 A;  4BRN A;  3AA5 X;  4FWS A;  3QB0 A;  5AQU A;  4CIE A;  2RKH A;  3WNH A;  5JIC A;  1ASV A;  3G10 A;  4F3O A;  3VGM A;  1CZ9 A;  4ICG C;  5LY3 A;  4FK2 A;  3O6W A;  1JLQ A;  4N41 A;  4M42 A;  1B9D A;  4CGD A;  1JCE A;  1QHA A;  4K43 A;  2OVP B;  4AKG A;  1RCH A;  2HND A;  4Y0W A;  2WON A;  3VF2 A;  4CZJ A;  2OPS A;  3F9K A;  1NEX B;  1HUX A;  1RBU A;  3KLI A;  3LDL A;  4JS4 A;  4IXC A;  3D45 A;  3HT3 A;  2P9S B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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