3NHGA

Rb69 dna polymerase (s565g/y567a) ternary complex with dttp opposite dg
Total Genus 313
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
313
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Variation in Mutation Rates Caused by RB69pol Fidelity Mutants Can Be Rationalized on the Basis of Their Kinetic Behavior and Crystal Structures.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 313
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3nhgA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3nhgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nhgA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3nhgA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3nhgA03
3K5MA 4KHNA 5JS1A 4KO0A 3LZIA 3TANA 1RTIA 1S1UA 2X74A 4CGIA 4AILC 3KD1E 2HHSA 4CCHA 1J53A 1RT2A 3LP1A 3PUFA 3SJJA 1SKSA 5FRMA 4CIEA 3KKSA 3ZCMA 1WSJA 3NF8A 3P83D 4CIFA 3TAPA 3SNNA 1BQMA 4DU1A 3OS0A 4LY7A 3L2WA 3AA3A 3KK1A 4DTSA 3ASMA 2HNDA 4B9TA 1CZ9A 3AV9A 2WOMA 4B8AB 4DS4A 4B9SA 3HVRA 4ICLA 1LW2A 2FBXA 3M8QA 4RW9A 4M3TA 4EP4A 2BDPA 1D9DA 4FLTA 3P1GA 2XY5A 3VQPA 2Z1JA 1NJXA 1BL3A 4KB0A 4RW7A 4DSJA 1S6QA 4ZTFA 5I3UA 1JL1A 2DFFA 4AH9A 1NJYA 5J2MA 3OYDA 3HK2A 4E1MA 2YHBA 1RT1A 2IDOA 3CFOA 4R5PA 1QHTA 4I9LA 3JYTA 4B08A 3AVIA 4WE1A 5E41A 1HRHA 4KFBA 3AA2A 4OVLA 1VSJA 1WSFA 4FJ9A 5FDLA 4HHTA 1RBRA 1J54A 1S1XA 5HRRA 4JRPA 2F8TA 4KTWA 2HNZA 3RRHA 4KTZA 1NK8A 3CM5A 4PUOA 4IFYA 5J1EA 5J2NA 3DMJA 1C0UA 4O0JA 3QESA 1UA0A 4C8KA 2HHUA 1NK4A 4E1NA 4I2PA 1YTUA 2XY8A 4Z4IA 4MFBA 3HP9A 3SUNA 1HJRA 3TR8A 4CECA 4Z0UA 1BI4B 4FJ7A 4CF8A 3KLHA 4LD0A 3AVGA 3S9HA 3WNGA 3V9WA 3PO4A 4Z4EA 2IGIA 4IFVA 2Z1IA 3PY8A 3NH2A 5CZ2A 4JS4A 4F4KA 3LDSA 1B92A 1ZBFA 4EP5A 1U48A 1NK5A 1LV5A 3O3GA 4FM0A 1WSHA 1RDCA 1NK6A 4NYNA 1XI1A 3S3OA 4DFKA 1BGXT 1KVAA 4RW6A 3RTVA 1R0AA 1S9GA 1K6YA 2NUBA 3HYFA 4FJMA 3OS2A 4AHCA 1VSFA 4KHYA 2PYJA 4KREA 2B4JA 3NH0A 3OY9A 1MU2A 1VSMA 4E7HA 3DLGA 4K8ZA 3RMDA 3HPOA 3KK2A 4QOZB 1TKDA 4Y1CA 4KI4A 4NCAA 4FW1A 3OYMA 2VWKA 1IH7A 1S5JA 1Z26A 3PV8A 5T7BA 2O4GA 2YNHA 3K5LA 3BGRA 4J2BA 4IBNA 1QE1A 2X6NA 3THVA 1L5UA 4CJEA 1LWEA 3M8SA 1A5XA 3K2PA 3AO2A 3ZT0A 1JL2A 4DQIA 1S1VA 3DOKA 2B5JA 4ELUA 2HHQA 2HVIA 4K8XA 1WAJA 3LWLA 1ASUA 3AO3A 3OJUA 4OKJA 4OKEA 3L2RA 3HSTB 4Z4GA 1FK9A 2LSNA 4CHPA 3AVBA 4W5TA 3AVLA 2YHAA 4KKOA 4W5RA 3OYBA 2YKMA 1YT3A 3RMAA 4OPKA 3F9KA 3PX0A 3HXMA 4CJWA 3LWMA 3SI6A 3B6OA 5J2PA 3HO1A 4AHSA 2IS3A 1LAWA 4CGJA 4H8KA 4CEZA 4M3XA 1JKHA 1D5AA 4CGDA 4E19A 3D0PA 1TKTA 4N47A 1KSPA 1VSKA 2E6MA 3K57A 4FZYA 4CEEA 2P51A 1BISA 1C1AA 4DTNA 3P5JA 3TAMA 2G8IA 3OVNA 4E7KA 2DTUA 4CHNA 2ZD1A 4RG8A 3SUOA 1RT3A 1TKXA 3CM6A 3LZJA 3LP2A 4YNQA 3SV4A 3ALYA 4EZ9A 4KI6A 3I0SA 2XHBA 1ASWA 4FW2A 4PA1A 4FK2A 4J2AA 2A1SA 4M45A 1UWBA 3MEDA 4E7LA 2YNFA 1GOAA 3AA5X 3CQ8A 4DS5A 2QKKA 4IG0A 3KJVA 4HUEA 4F2SA 3HJFA 4TSXA 1EKEA 2IOCA 1VSDA 3ISNC 4DG1A 1D9FA 4CHYA 4NCBA 3QIOA 5FRNA 5JS2A 1HYZA 4OJRA 3MXIA 4GW6A 3AVMA 3IS9A 3O4NA 3VQ4A 1BHLA 4FM1A 4C8MA 3V81A 1RTHA 2P5GA 4CHOA 1JXBA 5HRNA 1TV6A 4CK3A 2HHWA 4C8LA 2PZSA 3G10A 4FJ8A 4UQGA 1RTJA 2Z1GA 3KKRA 4DTOA 1G15A 1RBTA 1BQNA 3VQEA 1VSHA 2GBZA 3DRPA 3T1AA 1KVBA 4FK4A 4FJNA 5K14A 1LWCA 4DFPA 5HROA 4FYDA 2Y1JA 2YV0X 4I7FA 1DTQA 1IKXA 1KCFA 2OPPA 4E3SA 4DTJA 1SV5A 3AVNA 4CGFA 2BGGA 1L3SA 3EYZA 4OPJA 3KTQA 1TL1A 4IDKA 1EX4A 5C25A 4DU4A 2R7YA 1SKRA 2E6LA 4DSKA 4FXDA 1RT6A 1RBUA 5EU7A 2RKIA 4CEDA 4FJHA 3LP0A 3NF7A 3EZ5A 3CFRA 4XIUA 4Z4HA 1U4BA 4DQSA 3M8PA 1VSIA 3V9SA 3NCIA 4DF4A 3AA4A 3E01A 3LPTA 3ZT4A 1L3VA 3CYMA 3UIQA 5KGWA 3SPYA 4QCLA 4M41A 4KHSA 5KTQA 4CE9A 2KFNA 1XC9A 5KI6A 3SQ0A 3ULDA 4FJLA 4OLBA 1JLQA 1I3AA 3TAQA 2EHGA 3I0RA 1L3UA 4CJFA 1ZBLA 2WONA 3VQ5A 4CF1A 4CJSA 3QEWA 1U04A 1XWLA 1JLCA 4IG3A 4CEOA 4CJQA 4DQRA 2HW3A 3K59A 1NK7A 1RBSA 1HYSA 2KFZA 1TK0A 2DFEA 3L3UA 4B8CA 1C6VA 2D0CA 4BDZA 3U6FA 1U45A 4N5SA 1J9AA 1Z25A 1TAUA 3OYFA 2XO7A 4CJPA 4N56A 3IG1A 2BE2A 3PX4A 3KLIA 3A2FA 4H4MA 1O1WA 4BWJA 1HYVA 1IO2A 3MEEA 4O55A 3VQDA 4DLGA 5HBMA 3U3GA 5C42A 3T3FA 2O4IA 4O0IA 2IAJA 3MXJA 1TVRA 3ZT1A 4CGGA 4CJ4A 4M3YA 1Q9YA 4DTXA 3WNHA 3ZT3A 3QEVA 3M8RA 1HNIA 4HVJA 4CF2A 4RW8A 2DFHA 1BCMA 3KLFA 4DMNA 3F73A 1RTDA 2YKNA 1KRPA 4B3OA 3OYNA 1RT7A 2FBTA 3AVAA 5KGXA 1LWFA 4F8RA 3ZSQA 4Z4CA 2HMIA 4Q0BA 4M3WA 3NHGA 3H08A 4AHUA 1KFDA 2HHXA 1L3TA 3L8BA 2D0BA 2FC0A 3SUQA 3OJSA 1I39A 4DSLA 2PY5A 4CHQA 3OS1A 3DLBA 4F2RA 1C1BA 2B6AA 1IKWA 4CFBA 4CJRA 2G8FA 4DTPA 5DK5A 4CIGA 1EXQA 4N41A 1N5YA 1UAXA 4O5BA 4LSNA 4BE1A 1A5VA 3K58A 4CJKA 3AVCA 4W5NA 3NGIA 1WLJA 2FBYA 2G8KA 3DYAA 4KB1A 1DLOA 3QLHA 5HP1A 3QINA 5SWMA 4KRFA 1REVA 3AO5A 3SPZA 4ID1A 3ZSZA 1ZBUA 3V9ZA 4CEQA 4CF9A 5HRSA 1TGOA 1C1CA 1SKWA 3WNFA 2VG7A 4E0DA 2BANA 3DOLA 1B9FA 5CYQA 3DLHA 4F3TA 2OPRA 4PY5A 3ZSYA 3SUPA 1S9EA 2XRIA 1TAQA 5FROA 4FLYA 4HUGA 2Y1IA 2G8VA 4O44A 4W5OA 3ZSXA 2YNGA 4CEFA 3OYLA 4M3RA 3NF6A 1JLBA 2RN2A 4RW4A 2Q3SA 1C0MA 1RDAA 4CJTA 2ATQA 3OYCA 4BDPA 3TWHA 4O4GA 4FLZA 2I5JA 4FJJA 3KD5E 4BDYA 4JS5A 4DSFA 1NK9A 4KPYA 4G1QA 3DI6A 3ZSWA 4KV8A 5HRPA 1LAVA 4NYFA 3RWUA 2ZE2A 3NFAA 2F96A 1QQCA 4DQQA 3L2QA 1BCOA 1XHXA 1IG9A 4KHUA 1ASVA 4FLXA 3OYIA 3SYZA 3AO4A 1W0HA 2FBVA 3NGZA 3O3HA 3L2VA 4LSLA 4B9LA 3VQBA 1C0TA 3DRSA 3VA0A 3V4IA 2OYQA 4FK0A 2X6SA 2W42A 3T19A 2E4LA 1TK8A 1NKBA 2HHTA 3OYAA 2G8WA 4ZHRA 1X1PA 4E89A 4J2DA 4KTQA 4DTRA 3LALA 2Z1HA 1RT5A 5CYMA 4LH4A 4C8NA 3I8DA 4ELTA 2JGUA 3L2UA 3RR7A 4CJ3A 3NBPA 4HUFA 4ELVA 1HPZA 4ZTJA 5CZ1A 2QK9A 4PWDA 1HQEA 4FJKA 4M42A 1VRUA 1NKCA 1F21A 1HMVA 3HPGA 4W5QA 4KHQA 3KLGA 3WNEA 3HT3A 4B9MA 4NCGA 4E7JA 1NJZA 3RMBA 1ITGA 3C6UA 3NDKA 3LAKA 3V9XA 2DY4A 4Z4FA 4C8OA 1W9HA 3OYJA 3LANA 2OZMA 3NH1A 1TK5A 3BDPA 1KTQA 4KHWA 3AO1A 3V1QA 4BE2A 4CHZA 1TKZA 3VQ9A 4CERA 1ZYQA 3VQ8A 4GMJB 4DWIA 3SQ2A 1S1WA 3S3NA 1UA1A 3VQQA 2P5OA 2KW4A 4DTUA 3ZSRA 1FXXA 1FKPA 4FJIA 1LW0A 4YFUA 3OYEA 1Q8IA 2P1JA 1BIUA 4CGHA 4BACA 3QEXA 3TI0A 1KLNA 4N76A 1EETA 4DLEA 4DFMA 3K5OA 1RT4A 3RR8A 3S3MA 3QETA 4FJ5A 1WSIA 2HB5A 3QNNA 3NGYA 3AVKA 4MQ3A 3VQ7A 3LAMA 1RCHA 3V9UA 1RDBA 1FKOA 3OYGA 4FLWA 1S1TA 4DTMA 1HNVA 3DM2A 3HVTA 4HCBA 1YVUA 2OPSA 4ID5A 3DRRA 3SZ2A 1QS4A 1QTMA 4DU3A 5I42A 3LPUA 2X78A 3ZT2A 2HNYA 4GVMA 3TAGA 1DTTA 1SL2A 1WNSA 1CXQA 1VSEA 3IRXA 1T7PA 1IKYA 4CESA 3C95A 4DFJA 1HQUA 3V1RA 3QEIA 3OYKA 3TAFA 2YNIA 4FZXC 4CK2A 3K5NA 4BWMA 5DMRA 3KLEA 4KAZA 3AVHA 3DLEA 1EP4A 1JXEA 4AHTA 4CFAA 4FZZA 3L3VA 1VRTA 4CJVA 4FVMA 2KZZA 2KTQA 1WSEA 1B9DA 4E7IA 2KQ2A 5D3GA 1BIZA 2HVHA 1X9SA 3LP3A 1N6QA 1JLAA 3B6PA 4DF8A 4Y1DA 4CJ5A 3VQCA 4I2QA 1XHZA 2HHVA 3KK3A 3NAEA 2RF2A 1T8EA 1GOBA 4B9UA 1NKEA 3NE6A 1T05A 3RRGA 2F8SA 1RDDA 3FFIA 1GOCA 2GUIA 3ZSVA 4Q5VA 3EY1A 2VG6A 3TARA 3ZSOA 1NJWA 2EX3A 4M3ZA 2D0AA 4HTUA 2XY7A 4CK1A 1WSGA 2QXFA 4FLVA 4OLAA 5J2QA 3HM9A 2JLEA 1ZBHA 1S6PA 4JRQA 1QSYA 3SCXA 4CEAA 1IKVA 4AHRA 2G8HA 2G8UA 4FLUA 3CFPA 1JLEA 1WAFA 3TAEA 1WN7A 1A5WA 1YTAA 3HPHA 4AHVA 1J5OA 1ZBIA 1SL0A 1BI4A 1CZBA 1KVCA 3AVFA 3C94A 1U49A 1X9MA 3DLRA 3ITHA 3IAYA 4FM2A 1TL3A 3C6TA 4OGEA 3QERA 2KZMA 2XY6A 3NF9A 3MEGA 4CJUA 1QSSA 1RILA 2VG5A 3KIOA 4CEBA 5CY4A 4CFDA 3MECA 2AJQA 2GV9A 5KRTA 3TABA 4H4OA 4I9QA 1Y97A 4FJGA 4DSEA 2A1RA 4EZ6A 4F3OA 3VQAA 4DSIA 4PQUA 3SQ1A 2OPQA 4B9NA 3QNOA 3SQ4A 2VWJA 4DQPA 3VQ6A 1CXUA 2PYLA 4BE0A 5KRSA 2IC3A 1NOYA 2ETJA 1SL1A 4FJXA 1KFSA 3RMCA 1VSLA 1NK0A 3QEPA 3HL8A 3PO5A 3AVJA 2RPIA 1NOZA 2ITGA 3HP6A 1SUQA 2QKBA 3DLKA 3V6DA 3QO9A 4QAGA 4L8RB 3D45A 5HLFA 3CG7A 3O4QA 3PX6A 1U47A 1RBVA 1X9WA 3QIPA 1D8YA 4CF0A 1JLGA 4OKKA 4M3UA 4CFCA 1CLQA 3O3FA 2OA8A 3G0ZA 1RNHA 1QSLA 1T03A 4FCYA 4B9VA 3MAQA 4JLHA 1Q9XA 3V1OA 5SZTA 3VN5A 1UOCA 1VK0A 4LH5A 4OGCA 3OYHA 3MXMA 2OZSA 4HCCA 5C24A 1KLMA 3SV3A 4J2EA 4IKFA 3U3YA 3JSMA 2ZQBA 4CJLA 2D5RA 3VA3A 1JLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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