3NHGA

Rb69 dna polymerase (s565g/y567a) ternary complex with dttp opposite dg
Total Genus 313
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
313
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Variation in Mutation Rates Caused by RB69pol Fidelity Mutants Can Be Rationalized on the Basis of Their Kinetic Behavior and Crystal Structures.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords DNA polymerase
total genus 313
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3nhgA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3nhgA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3nhgA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3nhgA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3nhgA03
3P5JA 3QNNA 3C6UA 4IDKA 4DSIA 3S9HA 4CHZA 5CYMA 1VSEA 5FRNA 4CE9A 4CGHA 1QHTA 3PO4A 1XHZA 4FYDA 1TKZA 4H4OA 4NYFA 3BDPA 3OVNA 4ELTA 3HPHA 3LZJA 4LSLA 2HVIA 1IG9A 3AVCA 4OGEA 1KFSA 3PX0A 2QK9A 4L8RB 4KI4A 2ZD1A 1TL1A 1VSFA 4KKOA 3OYFA 1NK4A 1EETA 3V1OA 1RNHA 2IAJA 2HHVA 4HTUA 1RT3A 1FKOA 1NK9A 3P1GA 3WNHA 1IKVA 2RPIA 4W5OA 4DQPA 1U48A 1KRPA 1NK7A 2Z1HA 4DSEA 1XC9A 3AVMA 3M8SA 2P5OA 4DU4A 2WONA 3LAMA 3OYKA 3KJVA 2PYJA 3L3UA 1JL2A 2RN2A 4CEOA 3HVRA 4DU1A 1VSJA 1IKYA 3O3GA 4E89A 3SPZA 4E7IA 1I3AA 3TANA 2G8KA 3SQ0A 2DTUA 2HHTA 4Y1DA 3V9ZA 3C94A 1X9WA 1HJRA 3L2RA 3OYMA 1RT1A 4B8AB 3EY1A 4W5TA 4DFMA 1VSMA 4LH4A 2Y1JA 3NF6A 1SKSA 4PY5A 2XY8A 3KLGA 4ELVA 1WAJA 4OVLA 5J2PA 1LWFA 1NOYA 3VQCA 4HUFA 1NOZA 4DTRA 3SI6A 4CFDA 2E4LA 1Q9YA 1NKEA 2P1JA 2X78A 4F2RA 1LWEA 1T05A 4M45A 4DTMA 3G0ZA 4CJ4A 3TAPA 4CJLA 4FCYA 2A1SA 3TAQA 5I3UA 5D3GA 3D0PA 1YT3A 3CG7A 2XY7A 3IG1A 3SV3A 3QINA 4CK2A 2OYQA 1A5VA 1TV6A 1ZBUA 4OJRA 4IFYA 4F3OA 2B6AA 3NFAA 1W0HA 1MU2A 3CFOA 4N41A 5FDLA 1YTAA 3MEGA 4CJWA 4OLBA 2X6NA 1S5JA 1I39A 3SUNA 3P83D 3PUFA 5CY4A 1KTQA 4DG1A 4ZTFA 4LH5A 3NGIA 3AO3A 3V6DA 1KVBA 2XY5A 3S3MA 3SUPA 2F8SA 3PY8A 3AV9A 3VN5A 3ZSOA 3L2QA 4LY7A 5J2QA 2FBTA 2FBVA 3CQ8A 1QSYA 1RBRA 3ZSQA 1D8YA 3SYZA 4FLXA 3L2UA 5J1EA 1S1WA 3QEIA 4B9NA 3KK2A 2IS3A 3SQ2A 3AVNA 1B9FA 4Z0UA 2FC0A 3NHGA 3O3HA 4M3ZA 4FK2A 2QKBA 4NYNA 1IKXA 4CHOA 3SCXA 2EHGA 4ZHRA 1RTHA 4Y1CA 1LW2A 5KTQA 4Z4HA 5SWMA 4C8LA 2HHWA 1RBTA 4CHQA 3QEPA 4AHVA 4HVJA 4DTUA 3RR8A 3I8DA 1SL1A 4FJ5A 3ZSZA 4K8ZA 2LSNA 4QAGA 3EZ5A 1IKWA 2OZSA 3TAGA 1XI1A 4E7KA 3D45A 3K2PA 2KFNA 4CJSA 3LWMA 2OPSA 4K8XA 1ASWA 1C0MA 1Y97A 1JLQA 2B5JA 3DM2A 3M8PA 5EU7A 3OY9A 3HP6A 1TK5A 4CCHA 4FLWA 3K58A 4IFVA 4ZTJA 5KGXA 4FM0A 4FJ7A 1QQCA 3QEWA 1EKEA 2XY6A 4KAZA 4JRPA 4CESA 1CLQA 4DQSA 3TAMA 2KW4A 5DMRA 4FM1A 2OPPA 2XO7A 4CJQA 3IAYA 4AILC 1NK5A 1RTIA 3VQ6A 3U6FA 1HYZA 1J9AA 1S9GA 2D0AA 2I5JA 2PYLA 3KLEA 4FJXA 4OPJA 3VQQA 4HHTA 1NKCA 1W9HA 3QLHA 1RT2A 2YKNA 4CFCA 1VSKA 2A1RA 3ISNC 1RTJA 4CJPA 3DOLA 1U49A 4CF2A 1ZBIA 2KZMA 3I0SA 2O4IA 1KLNA 1IO2A 4FW1A 3HP9A 3KD1E 4PUOA 4PQUA 2YNIA 3OYAA 2GV9A 4GVMA 4B9TA 4M42A 1U45A 4B3OA 3TWHA 4RW9A 3S3OA 1BCOA 4FJ8A 3O4QA 5T7BA 4DTXA 1S1UA 3DMJA 3QO9A 3ZSRA 3V4IA 2E6LA 1N5YA 1WSEA 4CIFA 1D9FA 5J2MA 3KD5E 4KI6A 1GOCA 1YVUA 3HXMA 4DLGA 2Y1IA 1NK0A 4H4MA 4DWIA 4KRFA 3SQ4A 1LWCA 1C0UA 3ULDA 3SUQA 3ALYA 3F9KA 4KB1A 4LD0A 3K59A 3V9WA 3ZT4A 2OPRA 1N6QA 1Z25A 1QSSA 4QCLA 4H8KA 1T03A 4NCAA 4BDPA 3ZSXA 4QOZB 5HRNA 3V1QA 1JLBA 1B9DA 1BHLA 4EZ6A 3NF9A 1BL3A 2HHUA 4IBNA 1UA0A 2G8FA 3OYCA 3M8RA 4I2QA 4PWDA 2VG6A 2W42A 1L3UA 1RDCA 5JS2A 5I42A 4B9MA 4CGJA 4C8KA 2P5GA 1GOAA 1KFDA 2VWKA 2VG7A 2Z1GA 3QIPA 3T1AA 4DSKA 4F3TA 1TKTA 4OKEA 5JS1A 1T7PA 4NCBA 3OYEA 1L3SA 4RW8A 4I2PA 3HL8A 4KTWA 1QS4A 2JLEA 3LDSA 1SKRA 1S1XA 4CF0A 3BGRA 2ITGA 1C1AA 1C1BA 1RDDA 1ITGA 3KLHA 4IG0A 4KHQA 3SQ1A 1RBVA 4B8CA 4CEDA 4CHPA 2BGGA 3RRGA 3IRXA 2YHBA 4JLHA 4DFPA 1L5UA 1HQUA 4CJ3A 3ZT3A 2HNZA 3RMDA 1SL2A 4ELUA 4OKJA 1J5OA 1RT4A 3IS9A 1WSFA 2E6MA 3THVA 4DF4A 3OYDA 3DLBA 3KIOA 4EP4A 1D5AA 3RR7A 1D9DA 1WAFA 3CFRA 4DTPA 3WNEA 2BANA 4FLZA 2DFFA 3VQDA 3RRHA 4F4KA 4Q0BA 4CK3A 2QKKA 4J2AA 3VA0A 1U47A 1HYVA 3NH1A 1JXBA 3PV8A 3M8QA 4N56A 3TR8A 3PX6A 4EZ9A 4DQQA 2IDOA 3DLKA 4C8NA 5KGWA 4R5PA 4KB0A 1VRUA 3NGZA 1TKDA 4JS4A 4JS5A 1JXEA 1WN7A 1RT5A 2OA8A 1REVA 3RTVA 4CERA 1F21A 3HJFA 3LAKA 1L3TA 3K57A 4I9QA 4NCGA 3V1RA 4DFKA 1NK6A 2OZMA 4KFBA 2ATQA 3TAEA 4I7FA 3K5MA 3HK2A 3V81A 2KQ2A 1S6QA 1LAVA 2ETJA 4ID1A 3VQ5A 4O5BA 1VRTA 3DOKA 4KHNA 3QEXA 4CIGA 1GOBA 2IC3A 1TL3A 3AVGA 2Z1JA 1TK0A 4YFUA 1RDAA 4DTJA 4MFBA 4RW7A 4M3RA 4FXDA 4CEAA 3VQAA 2HMIA 3L8BA 4O44A 4FJLA 3OS2A 5KRSA 4E7JA 3AVBA 1Q9XA 4DFJA 3WNFA 3OJUA 4DTNA 2FBXA 3WNGA 4FZXC 4E7HA 4F8RA 4W5RA 3MEEA 5C25A 4CJTA 4FJHA 2G8UA 4N76A 3KLFA 4M3UA 4WE1A 3DLEA 4B9LA 1TAQA 1ZBFA 1UAXA 4O55A 4DTSA 1IH7A 4E19A 4CHYA 3OS0A 3OYIA 3VQ4A 4LSNA 1DLOA 3QIOA 3VQEA 4AH9A 4BE2A 1VSHA 3OS1A 3L2VA 4ICLA 1JKHA 4J2EA 4FK4A 5HBMA 4CEZA 3T3FA 1HYSA 2HW3A 3JYTA 4OKKA 3ZT0A 1O1WA 2YV0X 4O4GA 1EXQA 1LW0A 1UA1A 4DF8A 3DYAA 1NJYA 2WOMA 1ZBLA 3LPTA 4DQRA 2F8TA 4M3XA 4FLYA 4FJKA 4CJ5A 4HUEA 1RILA 3U3GA 4FJIA 1KSPA 3HPGA 2HHQA 2AJQA 3LP3A 4DTOA 2RF2A 3SZ2A 3OYLA 2G8WA 2YKMA 2HHXA 4FLVA 4FZYA 2KTQA 3DRSA 4CGDA 4CECA 5FRMA 3AVHA 1KVAA 1RCHA 4CF1A 4CK1A 4I9LA 1NJZA 1WSIA 4CGGA 4AHSA 4Z4IA 3OYJA 2NUBA 3O3FA 1R0AA 4CJFA 1WSGA 3MXIA 3HT3A 3CFPA 3U3YA 5HRRA 4M41A 1FXXA 5C42A 3QESA 3L3VA 1X9SA 4F2SA 4CJKA 3AA5X 3A2FA 3LP2A 3C6TA 1ZYQA 2FBYA 2X74A 1C1CA 1UOCA 2EX3A 1TAUA 1RBUA 4CEBA 1BCMA 3ITHA 4C8MA 1RBSA 3ZSWA 3AVLA 4IKFA 1DTTA 4J2BA 3VQ9A 4BDZA 2G8IA 3QEVA 4N47A 1BISA 2OPQA 3AO2A 4CGFA 2D5RA 4CEQA 2KZZA 3TI0A 3AVFA 4KTZA 1WNSA 3QETA 1CXQA 1BI4A 3AVJA 4CGIA 4CEEA 1EP4A 1NK8A 4KHSA 1VSLA 4FJMA 3RMAA 3CM5A 1L3VA 3AVAA 3V9UA 5C24A 3PX4A 4CFAA 3AO4A 3NGYA 4DQIA 1HRHA 1K6YA 3AO1A 3KKSA 3L2WA 4XIUA 3C95A 3JSMA 4HUGA 3V9XA 2YNHA 3LPUA 1RTDA 4O0IA 4B9UA 4DS5A 3MEDA 1ASVA 4KHYA 4CJEA 3ZT2A 4DSFA 1T8EA 4B9SA 1TVRA 4HCBA 1BGXT 3LWLA 3MXMA 1QE1A 3VQPA 2BDPA 1KLMA 4CIEA 5K14A 5HRPA 3SJJA 1S6PA 3KK1A 3TAFA 5J2NA 3NH0A 4J2DA 4TSXA 1SL0A 4DU3A 3FFIA 5E41A 5CZ2A 3QNOA 3G10A 3V9SA 4BE0A 2IGIA 4OLAA 3O4NA 1UWBA 1B92A 4HCCA 1XWLA 5HLFA 3DI6A 4FZZA 2G8VA 5KI6A 3UIQA 1ASUA 1FKPA 2X6SA 4RG8A 4UQGA 4FJJA 3LANA 4W5QA 4E7LA 4BDYA 3DLHA 2GUIA 4GMJB 2XHBA 2YHAA 1BI4B 1RT6A 4G1QA 1JLCA 5HRSA 1VK0A 1WSJA 2DFHA 4M3WA 4AHCA 1LV5A 3RMCA 4KHUA 3AA4A 3NF7A 4Z4FA 4CF9A 1QSLA 3E01A 3OYGA 3LP1A 4AHUA 1YTUA 2F96A 3K5OA 3VQ8A 3ASMA 1JLEA 1Q8IA 2HB5A 4E3SA 3LALA 3AA2A 4FVMA 1JLGA 4ID5A 4CF8A 1G15A 3RMBA 1SKWA 1LAWA 4CFBA 4PA1A 1X9MA 2O4GA 2Z1IA 4FW2A 4OGCA 2BE2A 4M3YA 4YNQA 3MAQA 2HHSA 3AVIA 2JGUA 4E0DA 3VQ7A 3K5NA 3SUOA 2VG5A 4FLUA 3NCIA 2ZQBA 3NDKA 3CM6A 3NF8A 1Z26A 4OPKA 4BE1A 1A5XA 4DS4A 1NJXA 3DRRA 2D0CA 4DSJA 3NBPA 3VA3A 1SV5A 3B6PA 4CJUA 1TGOA 4Q5VA 3HM9A 3HPOA 1HQEA 3AO5A 4N5SA 3F73A 1NKBA 2DFEA 1HMVA 5KRTA 4M3TA 4JRQA 5CZ1A 3NH2A 3DRPA 4DMNA 1JLFA 3OYBA 3DLRA 3ZSYA 3NE6A 1JLAA 1U04A 1HNVA 1BIZA 1VSIA 2KFZA 2B4JA 4FJNA 5HROA 1SUQA 1C0TA 4FK0A 3KTQA 1CZ9A 2VWJA 1DTQA 1ZBHA 3SV4A 3HO1A 3OYNA 1A5WA 3OYHA 1WSHA 4AHRA 4CEFA 3H08A 3B6OA 3ZCMA 4CJRA 2R7YA 4C8OA 4KTQA 1S1TA 2QXFA 2DY4A 1RDBA 1WLJA 3SNNA 3KLIA 4E1MA 2P51A 2YNGA 4MQ3A 1J53A 2HNYA 3I0RA 2ZE2A 3QERA 1XHXA 1HPZA 4BWMA 3S3NA 1TK8A 3TARA 3KK3A 2RKIA 5SZTA 1X1PA 5HP1A 4GW6A 2Q3SA 3T19A 3HVTA 3SPYA 2YNFA 4AHTA 3AA3A 1BQMA 3RWUA 2IOCA 3TABA 4BWJA 4W5NA 4EP5A 5FROA 4Z4GA 4FJGA 1QTMA 4DLEA 2PZSA 4KV8A 4CJVA 4FM2A 3LZIA 4KHWA 4FJ9A 1CZBA 1S9EA 4KO0A 4RW4A 3ZT1A 4B9VA 3MECA 2HVHA 5DK5A 4B08A 1S1VA 1TKXA 1RT7A 3EYZA 4BACA 1EX4A 1J54A 3MXJA 1BQNA 1VSDA 2D0BA 1CXUA 3ZSVA 3AVKA 2PY5A 4Z4EA 2GBZA 4FLTA 3KKRA 4KREA 1KCFA 4IG3A 3VQBA 4CHNA 4KPYA 4O0JA 5CYQA 3DLGA 3PO5A 1HNIA 1BIUA 3K5LA 2G8HA 1C6VA 3NAEA 3HYFA 1FK9A 4E1NA 1JL1A 3OJSA 1U4BA 4Z4CA 2HNDA 4DSLA 3CYMA 3HSTB 3LP0A 2XRIA 1NJWA 1KVCA 4RW6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2OPPA 1FJGK 3BF1A 3IAYA 4CJQA 4AKIA 1J9AA 1NGAA 2D0AA 2I5JA 4CZMA 3HOSA 4FJXA 5JVGL 4JI0K 4YORA 2A1RA 2F7TA 4CVNE 3ISNC 3M5RA 3EEQA 1YHQN 2O4IA 4JD2B 1KLNA 5FPEA 3GG4A 4PQUA 1S72N 3TWHA 3GDQA 5AQSA 2H4TA 3A0IX 3QO9A 1VHXA 2E6LA 1N5YA 3G25A 4DLGA 3MN5A 2O8FA 4YOTA 1LWCA 4E1JA 3ULDA 4ISFA 4LD0A 3K59A 3ZT4A 2OPRA 3VF6A 4H8KA 4NCAA 2P1NB 1IBKK 4BDPA 1QZ5A 3ZSXA 3EN9A 5HRNA 3V1QA 3VEZA 5AQVA 4MLHA 1VQ5N 1S22A 2VG6A 2W42A 4CZFA 1Q18A 1VQ6N 4B9MA 2VG7A 4JKAA 2VWKA 1TKTA 5C12A 4YOUA 5BPLA 1T7PA 3ATUA 2D0OA 4I2PA 3HL8A 2NRHA 1GLLO 4JI8K 3LDSA 5KQDA 3BGRA 3OBYA 4IG0A 4KHQA 1NMNA 1TUYA 2YHBA 4DFPA 1Z6RA 4EHTA 3RMDA 5M1NA 4ELUA 4OKJA 5M1KA 3N4PA 3UKRA 3KIOA 4LF4K 1D5AA 4BRIA 1D9DA 3I8BA 2BANA 3VQDA 4C1NI 4CK3A 3PV8A 4BR5A 5KGWA 1TKDA 1VQ4N 4JS4A 1EO1A 4NLBA 3CF5L 2IVNA 4QS9A 1WN7A 1JW2A 4YOWA 3RTVA 1F21A 3LAKA 2OZMA 4KFBA 4A59A 1D4XA 4FWRA 3V81A 2KQ2A 1S6QA 1G99A 3VQ5A 4O5BA 2QWQA 3AVGA 1TK0A 4YFUA 2HD0A 4MFBA 4JEPA 4DKWA 4GV9A 1U6ZA 3L8BA 1T6DA 4A5BA 1X3MA 3OJUA 4DTNA 2FBXA 1DEJA 1WUAA 4FZXC 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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